1,721,003 research outputs found
Impact de la prédation par les nématodes libres sur les communautés microbiennes et conséquences fonctionnelles sur la conservation des sols organiques
Get PDFL’affaissement et la dégradation des sols organiques, utilisés pour les cultures maraîchères du Québec, sont actuellement des sujets criants. Ces sols très fertiles sont utilisés pour la production d’environ 50 % des légumes au Québec. Cependant, une partie de cette ressource est perdue, à chaque année, à cause de l’érosion et de l’activité microbienne. Plusieurs mesures sont actuellement prises pour réduire ces pertes, telles que l’utilisation de brise-vent et la réduction des labours, dans le but d’augmenter la durée de vie de cette ressource. Toutefois, ces méthodes ne sont pas suffisantes et ne considèrent pas les facteurs biotiques derrière la dégradation des sols organiques. La respiration (oxydation) microbienne représente pourtant plus de 50 % de la perte totale de matière organique dans le sol. Comme les nématodes libres sont les prédateurs principaux du microbiote, leur abondance et leur diversité pourraient influencer les populations microbiennes, mais les conséquences de cette interaction sur la composition et la diversité des communautés sont peu connues. Cette étude fait ressortir le rôle indirect des nématodes dans la dégradation de la matière organique via la prédation des bactéries et des champignons dans le sol et la régulation de ces communautés. Nous avons manipulé les communautés de nématodes afin d’observer des variations de composition et de diversité dans la communauté bactérienne, ainsi que dans les processus de dégradation de la matière organique. Des variations significatives ont été observées pour la production possible d’enzymes extracellulaires provenant des bactéries, l’abondance des bactéries, la disponibilité de l’azote dans le sol et le rendement des feuilles de laitues. Ces résultats permettent de faire ressortir l’importance de la prédation des nématodes et la nécessité d’accorder à ce groupe une plus grande attention dans la mise en place de systèmes de production végétale. L’ajustement des pratiques culturales pourrait aider à maintenir des réseaux écologiques plus stables et augmenter la longévité des sols organiques.The subsidence and degradation of organic soils, used for vegetable crops in Quebec, is currently a critical issue. These very fertile soils are used for the production of about 50% of the vegetables in Quebec. However, part of this resource is lost every year due to erosion and microbial activity. Several measures are currently being taken to reduce these losses, such as the use of windbreaks and the reduction of plowing, to increase the life span of this resource. However, these methods are not sufficient and do not consider the biotic factors behind organic soil degradation. Microbial respiration (oxidation) accounts for more than 50% of the total loss of organic matter in the soil. Free-living nematodes are the main predators of the microbiota, their abundance and diversity could influence microbial populations, but the consequences of this interaction on community composition and diversity are poorly understood. This study highlights the indirect role of nematodes in the degradation of organic matter via predation of bacteria and fungi in the soil and the regulation of these communities. We manipulated nematode communities and observed variations in composition and diversity in the bacterial community, as well as in organic matter degradation processes. Specifically, significant variations were obtained for the possible production of extracellular enzymes from bacteria, bacterial abundance, soil nitrogen availability, and lettuce leaf yield. These results serve to highlight the importance of nematode predation and the need for greater attention to this group in the development of crop production systems. Adjusting cultural practices could help maintain more stable ecological networks and increase the longevity of organic soils
Étude des déterminants génétiques de la pathogénicité chez les nématodes du genre Globodera
Get PDFLes nématodes à kyste de la pomme de terre (Globodera rostochiensis et G. pallida) sont des phytoparasites causant des pertes de rendement considérables, évaluées à plus de 9 % de la production mondiale de pomme de terre. Comprendre les éléments génétiques essentiels permettant aux nématodes d’infecter la pomme de terre devrait pouvoir mener à l’élaboration d’une méthode de lutte durable et efficace contre ces nématodes parasites. Pour identifier les éléments génétiques essentiels à l’infection de la pomme de terre, nous avons séquencé leurs transcriptomes, ainsi que ceux d’espèces apparentées, mais incapables de parasiter la pomme de terre, G. tabacum et G. mexicana. En comparant ces deux groupes, nous avons identifié les gènes impliqués dans la spécificité parasitaire pour l’hôte. Près de 25 % des gènes codants pour des effecteurs, des protéines dont le nématode se sert dans différentes étapes du parasitisme, ainsi qu’une multitude de gènes régulateurs ont été trouvés significativement surexprimés chez les deux espèces capables de parasiter la pomme de terre. L’expression de ces gènes était différente lorsque les larves furent exposées à l’exsudat racinaire de tomate, suggérant que le nématode est en mesure d’adapter l’expression de ces gènes effecteurs selon l’hôte par l’entremise des gènes de régulation en réponse au signal chimique de l’exsudat racinaire. Aussi, plusieurs variants non-synonymes communs à chacun des groupes ont été identifiés, ainsi que des gènes non caractérisés uniques aux nématodes à kyste de la pomme de terre, ce qui pourrait contribuer à la capacité de ces nématodes à pouvoir parasiter la pomme de terre. Une comparaison semblable a aussi été réalisée entre différents pathotypes de G. rostochiensis, afin de comprendre la différence de virulence entre ces pathotypes sur les cultivars de pomme de terre possédant le gène de résistance H1. Le gène de résistance H1 est utilisé dans les cultivars, qui sont disponibles commercialement et confère une résistance contre les pathotypes Ro1 et Ro4. Une courte liste de gènes candidats possédant des variants uniques aux pathotypes avirulents, ainsi que des gènes uniques à ces pathotypes ont été identifiés et permettront la validation future du gène d’avirulence, reconnu pas le gène de résistance H1. Étonnamment, les analyses ont permis de montrer que plusieurs gènes d’effecteurs ont un niveau d’expression différent selon le pathotype et corrèle avec le degré de virulence de ces pathotypes. Enfin, l’identification de gènes de référence a dû être réalisée, afin de normaliser les données d’expression obtenues par RT-qPCR. Onze gènes candidats ont été sélectionnés à partir de donnée de séquençage d’ARN et de gènes validés dans d’autres études. Trois gènes de référence ont été sélectionnés basés sur la stabilité de leur expression. Les résultats présentés ici permettent un avancement certain dans la compréhension de la manière dont les nématodes parasites utilisent leurs effecteurs et comment cela leur permet de définir leur gamme d’hôtes. Le but ultime de l’étude des nématodes phytoparasites est le développement d’un moyen de lutte efficace et la compréhension du mécanisme d’infection est une étape préalable pour contrer ce parasite complexe.Potato cyst nematodes (Globodera rostochiensis and G. pallida) are plant parasite causing considerable yield losses, estimated at more than 9% of global potato production. Understanding the genetic characteristics allowing the nematode to infect potato should lead to the development of sustainable and effective control methods against these parasitic nematodes. To identify the genetic elements essential for potato parasitism, I sequenced their transcriptomes, as well as those of related species unable to parasitize potato, G. tabacum and G. mexicana. By finding differences between these two groups, it may be able to identify the genes involved in the specificity of host. Nearly 25% of the genes coding for effectors, proteins used in different stages of parasitism, as well as a multitude of regulatory genes were found to be significantly overexpressed in the two species able to parasitize potato. The expression of these genes was different when the larvae were exposed to tomato root exudate suggesting that the nematode can adapt the expression of these effector genes according to the host through regulatory genes, in response to the chemical signal of the root exudate. Also, several non-synonymous variants common to each group have been identified, as well as uncharacterized genes unique to potato cyst nematodes, which could also contribute to the ability of these nematodes to be able to parasitize potato. A similar comparison was also made between different pathotypes of G. rostochiensis to understand the difference in virulence on potato cultivars carrying the H1 resistance gene. The H1 resistance gene is used in commercially available cultivars, and confers resistance against the Ro1 and Ro4 pathotypes, but remains susceptible to the Ro2, Ro3 and Ro5 pathotypes. A short list of candidate genes with variants unique to avirulent pathotypes, as well as genes unique to these pathotypes, were identified and will allow future validation of the avirulence gene. Surprisingly, gene expression analyzes have shown that the expression of several effector genes has a different expression for each pathotypes and correlates with the degree of virulence of these pathotypes. Finally, the identification of reference genes had to be performed, to normalize the expression data obtained by RT-qPCR. Eleven candidate genes were selected from RNA sequencing data and previously validated reference genes. Three reference genes were selected based on the stability of their expression. The results presented here allow important progress in understanding how parasitic nematode use their effectors and how this allows them to define their host range. The final goal of plant-parasitic nematodes studies is the development of effective control means and the understanding of the mechanism of infection is a preliminary step for this complex parasite
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Impact des changements climatiques et de la variabilité génétique sur le développement et la virulence du nématode à kyste du soya (Heterodera glycines)
Get PDFLes invasions biologiques dans les agroécosystèmes engendrent de lourdes pertes économiques. Parmi les nombreuses espèces en cause, on retrouve les nématodes phytoparasites, vers microscopiques s’attaquant principalement aux racines. Présent dans tous les principaux pays producteurs de soya, le nématode à kyste du soya (NKS), Heterodera glycines, serait à lui seul responsable annuellement de plusieurs milliards de dollars de pertes. La rotation avec des cultivars résistants est le moyen le plus efficace de contrôler les populations de NKS, mais la surutilisation des mêmes lignées a conduit à la sélection d’individus virulents et mené à leur inefficacité. À ce jour, les mécanismes ainsi que les gènes de virulence associés au contournement de la résistance continuent de mystifier les scientifiques. Dans cette thèse, les effets des changements climatiques sur la reproduction et l’établissement du NKS ainsi que sur la phénologie de son hôte, le soya, ont été étudiés. Le premier modèle bioclimatique simulant le cycle de vie du NKS et du soya a été développé. Il a démontré que le nématode peut déjà se reproduire dans toutes les régions du Québec et que la hausse attendue des températures dans le futur proche (2041-2070) permettrait au NKS de pratiquement doubler le nombre de générations produites par saison de croissance dans toutes les régions. De plus, la production de soya issu du groupe de maturité I pourrait s’étendre à toutes les régions du Québec d’ici 2070. Une étude sur la distribution de la variabilité génétique entre 64 populations américaines et ontariennes et les gènes associés à diverses composantes bioclimatiques et leur rôle dans l’adaptation a également été réalisée. Celle-ci a révélé que la diversité génétique était très élevée entre les populations et qu’un flux de gène continu aurait facilité l’adaptation du NKS à diverses conditions bioclimatiques et son établissement dans toutes les régions nord-américaines où l’on produit du soya. Finalement, cette thèse présente l’analyse des génotypes du NKS et des gènes différentiellement exprimés sur des plants de soya résistant (Peking et PI88788) et sensible (Essex). En plus d’identifier plusieurs protéines liées à la virulence, cette étude a permis de mettre en évidence une région génomique sous forte pression évolutive. Cet îlot génique contient plusieurs répétitions en tandem qui ont divergé et dont certaines sont maintenant utilisées de façon sélective pour le contournement de différents types de résistance.Biological invasions in agroecosystems are a major cause of economic losses. Plant parasitic nematodes are among the many species causing significant crop damages. The soybean cyst nematode (SCN) is causing billions of dollars of losses in all areas where soybean is produced. Rotation with resistant cultivars is the most effective mean of controlling SCN populations, but the overuse of the same lines has led to the selection of virulent individuals and the ineffectiveness of resistance. To this day, the virulence genes and mecanisms associated with the circumvention of resistance continue to mystify scientists. In this thesis, I explored the effects of climate change on the reproduction and establishment of SCN as well as on the phenology of its host, soybean. I have demonstrated that the nematode can already reproduce in all regions of Québec and that the expected rise in temperatures in the near future (2041-2070) will allow the development of more generations per growing season in all regions. In addition, I have demonstrated that the area suitable for the production of soybean from maturity group I will expand toward the north by 2070, further facilitating the expansion of SCN. I have also explored the genetic variability among more than 64 SCN populations from North America and analyzed the genes associated with various bioclimatic components and their role in adaptation. These analyses revealed that the genetic diversity was very high among SCN populations. This diversity associated with a continuous gene flow between populations has facilitated the adaptation of SCN to various bioclimatic conditions and its establishment in all US and Canadian soybean producing regions. Finaly, this thesis presents an analysis of the SCN genotypes and the differentially expressed genes associated with virulence in two resistant soybean lines (Peking and PI88788) and susceptible Essex. This work has identified several proteins associated with virulence and allowed the discovery of a genomic region under strong evolutionary pressure. This island contains several genes in tandem duplications that have diverged and are now used selectively for overcoming different sources of resistance
Étude et décontamination du transcriptome de novo du nématode doré Globodera rostochiensis
No full textLe nématode doré, Globodera rostochiensis, est un nématode phytoparasite qui peut infecter des plantes agricoles telles la pomme de terre, la tomate et l’aubergine. En raison des pertes de rendement considérables associées à cet organisme, il est justifiable de quarantaine dans plusieurs pays, dont le Canada. Les kystes du nématode doré protègent les œufs qu’ils contiennent, leur permettant de survivre (en état de dormance) jusqu’à 20 ans dans le sol. L’éclosion des œufs n’aura lieu qu’en présence d’exsudats racinaires d’une plante hôte compatible à proximité. Malheureusement, très peu de connaissances sont disponibles sur les mécanismes moléculaires liés à cette étape-clé du cycle vital du nématode doré.
Dans cet ouvrage, nous avons utilisé la technique RNA-seq pour séquencer tous les ARNm d’un échantillon de kystes du nématode doré afin d’assembler un transcriptome de novo (sans référence) et d’identifier des gènes jouant un rôle dans les mécanismes de survie et d’éclosion. Cette méthode nous a permis de constater que les processus d’éclosion et de parasitisme sont étroitement reliés. Plusieurs effecteurs impliqués dans le mouvement vers la plante hôte et la pénétration de la racine sont induits dès que le kyste est hydraté (avant même le déclenchement de l’éclosion).
Avec l’aide du génome de référence du nématode doré, nous avons pu constater que la majorité des transcrits du transcriptome ne provenaient pas du nématode doré. En effet, les kystes échantillonnés au champ peuvent contenir des contaminants (bactéries, champignons, etc.) sur leur paroi et même à l’intérieur du kyste. Ces contaminants seront donc séquencés et assemblés avec le transcriptome de novo. Ces transcrits augmentent la taille du transcriptome et induisent des erreurs lors des analyses post-assemblages. Les méthodes de décontamination actuelles utilisent des alignements sur des bases de données d’organismes connus pour identifier ces séquences provenant de contaminants. Ces méthodes sont efficaces lorsque le ou les contaminants sont connus (possède un génome de référence) comme la contamination humaine. Par contre, lorsque le ou les contaminants sont inconnus, ces méthodes deviennent insuffisantes pour produire un transcriptome décontaminé de qualité.
Nous avons donc conçu une méthode qui utilise un algorithme de regroupement hiérarchique des séquences. Cette méthode produit, de façon récursive, des sous-groupes de séquences homogènes en fonction des patrons fréquents présents dans les séquences. Une fois les groupes créés, ils sont étiquetés comme contaminants ou non en fonction des résultats d’alignements du sous-groupe. Les séquences ambiguës ayant aucun ou plusieurs alignements différents sont donc facilement classées en fonction de l’étiquette de leur groupe. Notre méthode a été efficace pour décontaminer le transcriptome du nématode doré ainsi que d’autres cas de contamination. Cette méthode fonctionne pour décontaminer un transcriptome, mais nous avons aussi démontré qu’elle a le potentiel de décontaminer de courtes séquences brutes. Décontaminer directement les séquences brutes serait la méthode de décontamination optimale, car elle minimiserait les erreurs d’assemblage
Le nématode à kyste du soja (heterodera glycines) : enjeux des changements climatiques sur sa distribution, sa reproduction et sur les probabilités de synchronisme avec le soja (glycines max) au Québec
No full textDe nos jours, à travers le monde, on assiste à la progression des monocultures. D’une part, ces monocultures rapportent beaucoup d’argent à l’état et offrent la possibilité de réduire l’insécurité alimentaire grâce à la production de masse. Cependant, elles simplifient les écosystèmes en avantageant la culture d’un nombre très restreint d’espèces rentables. Parmi ce nombre restreint d’espèces cultivées, une grande partie est exotique et génétiquement modifiée afin de rejoindre les caractéristiques agronomiques de leur terre d’accueil. Par exemple, le soja (Glycine max L. Merr) est une plante des régions chaudes de l’Asie préférant les jours courts qui a été améliorée génétiquement afin d’être cultivée dans les régions plus nordiques. C’est ainsi que le soja a vu son aire de distribution s’étendre sur de nouveaux continents, notamment en Amérique du Nord et du Sud, où les superficies cultivées et les quantités produites ne cessent de croître. D’ailleurs, aujourd’hui le principal producteur mondial est représenté par les États-Unis suivi du Brésil et de l’Argentine. À la faveur de la mondialisation, les échanges d’équipements agricoles et le mouvement des semences ou du matériel végétal se sont incroyablement accrus ces dernières années et ont entraîné l’introduction d’espèces exotiques envahissantes qui menacent les agroécosystèmes de soja mondiaux. L’introduction en Amérique, en Europe et en Afrique, le nématode à kyste du soja (NKS) (Heterodera glycines Ichinohe), un endoparasite des racines ayant coévolué avec le soja en Asie et qui, aujourd’hui, chevauche l’aire de distribution mondiale du soja. Avec les changements climatiques (CC), l’aire de distribution, la phénologie, la morphologie et les mécanismes de défense de la plante seront altérés et cela pourrait avoir des répercussions profondes sur les interactions hôte-endoparasite avec H. glycines. Par conséquent, cet essai s’intéressera à la nature des impacts qu’auront ces modifications sur la production de soja et les modes de gestion à adopter. La modélisation bioclimatique tout comme l’utilisation d’analogues spatiaux sont deux outils complémentaires qui permettent respectivement de simuler l’impact des CC sur la phénologie du soja et sur le cycle de vie du NKS ainsi qu’identifier les modes de gestion utilisés dans les régions possédant des caractéristiques climatiques et problématiques comparables. L’étude de cas sera centrée sur le Québec, puisqu’il est urgent d’évaluer les impacts qu’aura le NKS, récemment détecté à Saint-Anicet, sur les agroécosystèmes québécois de soja et sur son potentiel d’établissement dans les différentes régions agricoles. Ainsi, des modèles mathématiques ont été développés afin de connaître la durée de la saison de croissance du soja et celle du développement du NKS en utilisant un climat de référence (1970-1999). Neuf scénarios simulant le climat du futur (2041-2070) ont été évalués pour six régions agricoles québécoises : Bas-Saint-Laurent, Capitale-Nationale, Centre-du-Québec, Lanaudière, Montérégie et Saguenay-Lac-Saint-Jean. Ces modélisations ont permis de découvrir qu’à l’horizon 2050 (période 2041-2070) pour toutes les régions ciblées, que la durée des stades phénologiques serait plus courte et le soja atteindrait la maturité jusqu’à 21 plus tôt et que l’aire de production du soja s’étalera vers le nord du Québec. Également, les résultats des modélisations démontrent que le NKS peut actuellement compléter de trois à quatre cycles de vie selon la latitude de la région. En outre, puisque la durée des stades de croissance sera plus courte dans le futur, il pourra en compléter de trois à cinq. En outre, il semble que le synchronisme entre le soja et le NKS sera maintenu dans le futur et qu’en général les phases sensibles du soja seront affectées davantage puisque, dans certaines régions, une seconde génération de juvéniles apparaîtra et ils pourraient accentuer les dommages et les pertes de rendement. Finalement, afin d’identifier des solutions de gestion respectueuses de l’environnement, certaines régions américaines productrices de soja et actuellement aux prises avec la présence du NKS ont servi d’analogues spatiaux. Ainsi, l’analyse des modes de gestion et de contrôle du NKS utilisés dans les analogues a permis de cibler des options de gestion potentielles pour le Québec telles que l’utilisation de cultivars résistants, mais également de relever diverses problématiques comparables à celles qui seront rencontrées au Québec. D’ailleurs, une des problématiques les plus importantes est sans contredit liée au développement de cultivars résistants, mais également durables dans le temps. Par conséquent, des recommandations concernant la direction que devra prendre la recherche ont été faites en insistant sur l’urgence de séquencer tous les gènes de résistance présents dans les lignées parentales habituellement utilisées pour le développement de cultivars. Grâce à cela, il sera possible de cibler les plus durables et de les adapter aux phénotypes des populations retrouvées au Québec de même qu’aux groupes de maturité pouvant être cultivés dans les différentes régions agricoles, et ce, à la faveur des CC
Le nématode à kyste du soja (heterodera glycines : enjeux des changements climatiques sur sa distribution, sa reproduction et sur les probabilités de synchronisme avec le soja (glycines max au Québec
Get PDFDe nos jours, à travers le monde, on assiste à la progression des monocultures. D’une part, ces monocultures rapportent beaucoup d’argent à l’état et offrent la possibilité de réduire l’insécurité alimentaire grâce à la production de masse. Cependant, elles simplifient les écosystèmes en avantageant la culture d’un nombre très restreint d’espèces rentables. Parmi ce nombre restreint d’espèces cultivées, une grande partie est exotique et génétiquement modifiée afin de rejoindre les caractéristiques agronomiques de leur terre d’accueil. Par exemple, le soja (Glycine max L. Merr est une plante des régions chaudes de l’Asie préférant les jours courts qui a été améliorée génétiquement afin d’être cultivée dans les régions plus nordiques. C’est ainsi que le soja a vu son aire de distribution s’étendre sur de nouveaux continents, notamment en Amérique du Nord et du Sud, où les superficies cultivées et les quantités produites ne cessent de croître. D’ailleurs, aujourd’hui le principal producteur mondial est représenté par les États-Unis suivi du Brésil et de l’Argentine. À la faveur de la mondialisation, les échanges d’équipements agricoles et le mouvement des semences ou du matériel végétal se sont incroyablement accrus ces dernières années et ont entraîné l’introduction d’espèces exotiques envahissantes qui menacent les agroécosystèmes de soja mondiaux. L’introduction en Amérique, en Europe et en Afrique, le nématode à kyste du soja (NKS (Heterodera glycines Ichinohe, un endoparasite des racines ayant coévolué avec le soja en Asie et qui, aujourd’hui, chevauche l’aire de distribution mondiale du soja. Avec les changements climatiques (CC, l’aire de distribution, la phénologie, la morphologie et les mécanismes de défense de la plante seront altérés et cela pourrait avoir des répercussions profondes sur les interactions hôte-endoparasite avec H. glycines. Par conséquent, cet essai s’intéressera à la nature des impacts qu’auront ces modifications sur la production de soja et les modes de gestion à adopter. La modélisation bioclimatique tout comme l’utilisation d’analogues spatiaux sont deux outils complémentaires qui permettent respectivement de simuler l’impact des CC sur la phénologie du soja et sur le cycle de vie du NKS ainsi qu’identifier les modes de gestion utilisés dans les régions possédant des caractéristiques climatiques et problématiques comparables. L’étude de cas sera centrée sur le Québec, puisqu’il est urgent d’évaluer les impacts qu’aura le NKS, récemment détecté à Saint-Anicet, sur les agroécosystèmes québécois de soja et sur son potentiel d’établissement dans les différentes régions agricoles. Ainsi, des modèles mathématiques ont été développés afin de connaître la durée de la saison de croissance du soja et celle du développement du NKS en utilisant un climat de référence (1970-1999. Neuf scénarios simulant le climat du futur (2041-2070 ont été évalués pour six régions agricoles québécoises : Bas-Saint-Laurent, Capitale-Nationale, Centre-du-Québec, Lanaudière, Montérégie et Saguenay-Lac-Saint-Jean. Ces modélisations ont permis de découvrir qu’à l’horizon 2050 (période 2041-2070 pour toutes les régions ciblées, que la durée des stades phénologiques serait plus courte et le soja atteindrait la maturité jusqu’à 21 plus tôt et que l’aire de production du soja s’étalera vers le nord du Québec. Également, les résultats des modélisations démontrent que le NKS peut actuellement compléter de trois à quatre cycles de vie selon la latitude de la région. En outre, puisque la durée des stades de croissance sera plus courte dans le futur, il pourra en compléter de trois à cinq. En outre, il semble que le synchronisme entre le soja et le NKS sera maintenu dans le futur et qu’en général les phases sensibles du soja seront affectées davantage puisque, dans certaines régions, une seconde génération de juvéniles apparaîtra et ils pourraient accentuer les dommages et les pertes de rendement. Finalement, afin d’identifier des solutions de gestion respectueuses de l’environnement, certaines régions américaines productrices de soja et actuellement aux prises avec la présence du NKS ont servi d’analogues spatiaux. Ainsi, l’analyse des modes de gestion et de contrôle du NKS utilisés dans les analogues a permis de cibler des options de gestion potentielles pour le Québec telles que l’utilisation de cultivars résistants, mais également de relever diverses problématiques comparables à celles qui seront rencontrées au Québec. D’ailleurs, une des problématiques les plus importantes est sans contredit liée au développement de cultivars résistants, mais également durables dans le temps. Par conséquent, des recommandations concernant la direction que devra prendre la recherche ont été faites en insistant sur l’urgence de séquencer tous les gènes de résistance présents dans les lignées parentales habituellement utilisées pour le développement de cultivars. Grâce à cela, il sera possible de cibler les plus durables et de les adapter aux phénotypes des populations retrouvées au Québec de même qu’aux groupes de maturité pouvant être cultivés dans les différentes régions agricoles, et ce, à la faveur des CC
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Pratylenchus alleni : son spectre d’hôtes, sa reproduction dans un contexte de changements climatiques et sa quantification par PCR quantitative
Get PDFAu Canada, les pertes de rendement en agriculture attribuées aux nématodes sont généralement associées aux nématodes des lésions du genre Pratylenchus. En 2011, la découverte d’une nouvelle espèce exotique au Canada et qualifiée de rare dans le Nord-Est américain, soit Pratylenchus alleni Ferris, a soulevé de nouvelles inquiétudes. Afin de déterminer si cette espèce représente une menace pour les productions agricoles du Québec, mon projet de maîtrise visait à recueillir des informations sur sa virulence. Dans un premier temps, le spectre d’hôtes de P. alleni a été étudié et les résultats ont montré que ce nématode se développe très bien sur la pomme de terre, mais non sur la luzerne et le trèfle rouge. Ensuite, la reproduction de P. alleni dans un contexte de changements climatiques a été étudiée. L’augmentation prévue des températures et CO2 devrait favoriser le développement de P. alleni puisqu’il possède un meilleur taux de reproduction sur le soya lorsque soumis à un régime de températures de 17/28 ˚C et à une concentration en CO2 de 1200 ppm comparativement à 12/23 ˚C (400 ppm) et 15/26 ˚C (800 ppm). Dans cette même étude, une réduction de 19 à 58 % du poids sec racinaire des plants de soya inoculés avec P. alleni a été observée comparativement aux plants témoins. De plus, une méthode moléculaire de détection et de quantification simultanée de P. alleni et P. penetrans, l’espèce de Pratylenchus la plus répandu dans l’Est canadien, par qPCR a également été développée. Pour chacune des deux espèces, une sonde TaqMan associée avec le fluorophore CY5 pour P. alleni et FAM pour P. penetrans ciblant la région D2/D3 de la grande sous-unité ribosomale (28S) ont été développées et celles-ci se sont avérées spécifiques à chaque espèce. Ces résultats amènent de nouvelles connaissances sur ce ravageur et mettent en lumière sa pathogénicité.In Canada, yield losses attributed to nematodes are generally associated with root-lesion nematodes from the genus Pratylenchus. In 2011, a new exotic species was detected in Canada and identified as Pratylenchus alleni Ferris. Pratylenchus alleni is rare in the Northeastern U.S. and its discovery has raised new concerns. To determine whether this species is a threat to agricultural production in Québec, my project aims to collect information about its pathogenicity. First, the host range of P. alleni was studied and the results showed that the nematode was developing well on potato, but poorly performed on alfalfa and red clover. The reproduction of P. alleni has also been studied in a context of climate change. The results showed that anticipated temperature and CO2 increases should favor P. alleni since it has a better reproduction rate on soybeans subjected to a night/day temperature regime of 17/28°C and a CO2 concentration of 1200 ppm compared to 12/23˚C (400 ppm) and 15/26°C (800 ppm) regimes. In the same study, a reduction of 19 to 58 % of roots dry weight of soybeans inoculated with P. alleni was observed compared to control plants. A simultaneous molecular detection and quantification method by qPCR of P. alleni and P. penetrans, the most widespread Pratylenchus species in Eastern Canada, was also developed. For each species, a TaqMan probe associated with the CY5 fluorophore for P. alleni and FAM for P. penetrans targeting the D2/D3 expansion segments of the large ribosomal subunit (28S) were developed and proved to be specific to each species. These results bring new insights into this new pest and highlight its pathogenicity
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