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Correction: Filion, G.J. Analytic Combinatorics for Computing Seeding Probabilities. Algorithms 2018, 11, 3
No full textThe author wishes to make the following correction to this paper [...
Plan Canada - Volume 28, Number 1 (March/April 1988)
No full textIntroduction|Introduction / Larry Martin -- A survey of the preferred literature of Canadian planners|Enquête sur les préférences des urbanistes canadiens en matière de lecture / Larry R.G. Martin, Pierre Filion, & Eric S. Higgs -- Literature of planners: Annotated bibliography|Les lectures des urbanistes : Bibliographie annotée / Larry R.G. Martin, Eric Higgs, & Pierre Filion -- Review essays|Recensions / L.R.G. Martin, E.S. Higgs, & P. Filion -- Loin de l'agora / Guy R. Legault -- In memory ... Hans Blumenfeld and Dr. John Page -- Le zonage au Québec : Un mor en sursis / Réjane Blary -- Reflections on reading and learning / R. Stephen Rodd -- Institute news|Affaires de l'InstitutLiterature of planners|Lectures des urbanisteshttps://viurrspace.ca/bitstream/handle/10613/22518/PC.28.1.FULL.pdf?sequence=3Introduction|Introduction / Larry Martin -- A survey of the preferred literature of Canadian planners|Enquête sur les préférences des urbanistes canadiens en matière de lecture / Larry R.G. Martin, Pierre Filion, & Eric S. Higgs -- Literature of planners: Annotated bibliography|Les lectures des urbanistes : Bibliographie annotée / Larry R.G. Martin, Eric Higgs, & Pierre Filion -- Review essays|Recensions / L.R.G. Martin, E.S. Higgs, & P. Filion -- Loin de l'agora / Guy R. Legault -- In memory ... Hans Blumenfeld and Dr. John Page -- Le zonage au Québec : Un mor en sursis / Réjane Blary -- Reflections on reading and learning / R. Stephen Rodd -- Institute news|Affaires de l'Institu
Rôle et efficacité de l'acide phénazine-1-carboxylique dans le biocontrôle du mildiou de la pomme de terre par Pseudomonas spp. producteurs de phénazines
No full textDepuis plus de 150 ans, le mildiou de la pomme de terre entraîne d’importantes pertes agricoles et financières partout dans le monde. Causée par l’oomycète Phytophthora infestans, cette maladie est difficile à contrôler, et les méthodes de contrôle présentement utilisées dépendent fortement de l’usage de pesticides chimiques qui peuvent être néfastes pour l’environnement et la santé humaine. Les populations dominantes de P. infestans deviennent également plus agressives et résistantes à ces pesticides. Ainsi, ces préoccupations soulèvent le besoin de développer des moyens de contrôle durables et plus respectueux de l’environnement, tel que le biocontrôle, c’est-à-dire l’usage de micro-organismes phytobénéfiques afin de réduire les symptômes d’une maladie végétale. Plus précisément, l’utilisation d’un groupe spécifique de bactéries comme agents de biocontrôle, les Pseudomonas spp. producteurs de phénazines, s’avère être une voie intéressante et prometteuse dans la lutte contre le mildiou de la pomme de terre. Les phénazines, dont la molécule de base est l’acide phénazine-1-carboxylique (PCA), sont des antibiotiques dont l’activité inhibitrice contre divers agents pathogènes a déjà fait l’objet de plusieurs études. Les travaux présentés dans cette thèse s’intéressent spécifiquement au rôle du PCA produit par des Pseudomonas spp. dans le biocontrôle du mildiou de la pomme de terre causé par P. infestans. Dans le cadre du premier objectif, 23 souches de Pseudomonas spp. productrices de PCA ont été confrontées à la souche US-8 de P. infestans dans un système in planta en tubercules, afin d’évaluer l’activité inhibitrice de chacune de ces souches. Quoiqu’il existe une certaine variabilité au sein des espèces, les membres du groupe P. synxantha ne semblaient pas pouvoir réduire efficacement les symptômes du mildiou, tandis que les membres des groupes P. orientalis et P. yamanorum démontraient une forte activité de biocontrôle contre P. infestans. Ainsi, pour le deuxième objectif, des extractions de PCA ont été réalisées afin de voir si ces résultats pouvaient être expliques par la quantité de PCA produite par chaque souche de Pseudomonas spp. Cependant, aucune corrélation n’a été trouvée, ce qui suggère que la concentration de PCA n’influence pas significativement l’activité inhibitrice. Ainsi, d’autres traits phytobénéfiques agissant seuls en synergie avec la production de phénazines, sont possiblement impliqués dans le biocontrôle du mildiou de la pomme de terre par ces Pseudomonas spp. producteur de phénazines. Afin de répondre au troisième objectif, nous avons identifié, grâce aux séquences génomiques et outils moléculaires disponibles, plusieurs traits d’intérêts jouant potentiellement un rôle dans le biocontrôle de P. infestans, incluant des sidérophores, des lipopeptides cycliques, des pyocines, et des clusters hybrides de peptide synthase et polyketide synthase non ribosomaux. Évidemment, ces traits phytobénéfiques devront être validés par transcriptomique et/ou par génétique inverse, mais somme toute, ce projet de thèse nous a permis de mieux comprendre le rôle que joue le PCA seule et/ou avec d’autres traits d’intérêt en biocontrôle dans le contrôle de P. infestans, en plus d’enrichir nos connaissances et notre compréhension des mécanismes impliqués dans le biocontrôle du mildiou de la pomme de terre par les Pseudomonas spp. producteurs de phénazines. Mots-clés : Pseudomonas, Phytophthora infestans, mildiou de la pomme de terre, biocontrôle, phénazine, Solanum tuberosum.thesis: M. Sc. (biologie) Université de Moncton 202
A Streamlined Energy Efficiency Performance Indicator for Water Distribution Systems: A Case Study
No full textThis technical note investigates the validity of the energy efficiency performance indicator developed by Snider Filion (2016) for water distribution systems. This performance indicator estimates the minimum mechanical energy required in a distribution system by assessing the unavoidable energy losses due to friction, leakage, and user demand. The performance indicator provides a simplified method to calculate the energy efficiency of a water distribution system without the application of a hydraulic simulation model.
To validate the proposed streamlined approach, this technical note calculates the energy indicator using a hydraulic model and extended period simulation for a number of synthetic and real water distribution system models. A Pearson correlation coefficient of 0.958 for the overall mechanical energy efficiency indicator was calculated between the two approaches (streamlined and extended period simulation). This suggests the simpler streamlined approach may be used instead of the more complicated extended period simulation approach.The presentation of the authors' names and (or) special characters in the title of the pdf file of the accepted manuscript may differ slightly from what is displayed on the item page. The information in the pdf file of the accepted manuscript reflects the original submission by the author
Caractérisation des communautés microbiennes associées au compostage de biosolides et des risques potentiels pour l'environnement et la santé humaine
No full textPseudomonas fluorescens LBUM223 et son mutant isogénique non producteur de PCA sont utilisés dans cette thèse dans le but d’étudier l’impact de LBUM223 et sa production de PCA sur les transcriptomes de P. infestans et S. scabies. Les analyses
transcriptomiques de ces deux agents pathogènes sont réalisées grâce à l’utilisation de la technique de RNA-Seq à la suite de tests de confrontation in vitro et la validation de l’expression de gènes d’intérêt par RT-qPCR. Les résultats obtenus ont démontré que chacun des deux agents pathogènes a subi des changements importants au niveau de son transcriptome à la suite de l’exposition à LBUM223 ou l’ajout de PCA synthétique, impliquant des changements transcriptionnels dans des fonctions métaboliques comme le transport, l’oxydoréduction et la pathogénèse. Deux autres axes de cette thèse s’intéressent respectivement à la caractérisation de Pseudomonas sp. LBUM223 par séquençage de son génome et aux effets de son application en champ sur les communautés bactériennes autochtones résidantes dans la rhizosphère et la géocaulosphère de la pomme de terre. Ce projet de thèse a donc permis une meilleure caractérisation de l’impact de Pseudomonas fluorescens LBUM223 et de sa production de PCA sur deux agents pathogènes importants de la pomme de terre et sur les communautés microbiennes édaphiques. Ces informations pourront s’avérer utiles dans la promotion de son utilisation éventuelle à titre de biopesticide.statement of responsibility: Amy Novinscak.thesis: Thèse (M.Sc. Biologie) -- Université de Moncton, Faculté des études supérieures et de la recherche, 2007.bibliography: Comprend des réf. bibliogr.: f. 80-94.additional physical form: Également disponible sur microfiches et en version électronique
Genetic Basis and Expression Pattern Indicate the Biocontrol Potential and Soil Adaption of Lysobacter capsici CK09
No full textLysobacter species have attracted increasing attention in recent years due to their capacities to produce diverse secondary metabolites against phytopathogens. In this research, we analyzed the genomic and transcriptomic patterns of Lysobacter capsici CK09. Our data showed that L. capsici CK09 harbored various contact-independent biocontrol traits, such as fungal cell wall lytic enzymes and HSAF/WAP-8294A2 biosynthesis, as well as several contact-dependent machineries, including type 2/4/6 secretion systems. Additionally, a variety of hydrolytic enzymes, particularly extracellular enzymes, were found in the L. capsici CK09 genome and predicted to improve its adaption in soil. Furthermore, several systems, including type 4 pili, type 3 secretion system and polysaccharide biosynthesis, can provide a selective advantage to L. capsici CK09, enabling the species to live on the surface in soil. The expression of these genes was then confirmed via transcriptomic analysis, indicating the activities of these genes. Collectively, our research provides a comprehensive understanding of the biocontrol potential and soil adaption of L. capsici CK09 and implies the potential of this strain for application in the future
Biocontrôle du mildiou de la pomme de terre par pseudomonas fluorescens LBUM636 producteur d'acide phénazine-1-carboxylique
No full textLe mildiou est la maladie la plus importante chez la pomme de terre (Solanum tuberosum) et cause des pertes économiques considérables. Cette maladie est casuée par Phytophthora infestans, un oomycète. L'utilisation des pesticides présentement disponibles contre cet agent pathogène est de moins en moins efficace, et c'est pourquoi on cherche à développer des méthodes alternatives pour le contrôler. Le biocontrôle, qui implique l'utilisation de micro-organismes bénéfiques capables de protéger la plante contre le développement d'une maladie, constitue une avenue intéressante pour tenter de contrôler le mildiou. Deux principaux mécanismes peuvent mener au biocontrôle d'agents pathogènes, soient l'antibiose et la stimulation des mécanismes de résistance chez la plante. Dans le cadre de cette étude, une rhizobactérie d'intérêt en biocontrôle appartenant aux Pseudomonas sp. (souche LBUM636), isolée dans notre laboratoire, et productrice d'acide phénazine-1-carboxylique (PCA), un composé antimicrobien, a été étudiée pour sa capacité à contrôler le mildiou de la pomme de terre. Des tests de confrontations in vitro ont été réalisés pour déterminer si la LBUM636, incapable de produire le PCA (mutation au niveau du gêne biosynthétique phzC) a permis d'isoler l'effet du PCA dans cette antibiose et démontrer que le PCA est largement impliqué dans cette interaction. Deux types de tests in vivo, le premier utilisant des tubercules isolés, et le second utilisant des plats de pommes de terre cultivées en chambre de croissance en sol agricole, ont également été réalisés pour étudier à la fois l'antibiose et la stimulation des mécanismes de résistance par LBUM636 (de types sauvage et mutant) lorsque inoculés chez la pomme de terre. L'antibiose a été étudiée en observant si une réduction des symptômes du mildiou pouvait être observée sur des tubercules suite à l'application de lLBUM636 (de types sauvage et mutant) et aussi en quantifiant les populations de P. infestans dans la rhizosphère des plantes cultivées en chambre de croissance par méthode indépendante de la culture utilisation la réaction de polymérase en chaîne quantitative (qPCR) et ciblant un gène unique à P. infestans. Une altération transcriptionnelle de gênes clés témoignant d'une stimulation des mécanismes de défense chez la plante par LBUM636 (de types sauvage et mutant), a quant à elle été étudiée par rétrotranscription de l'ARN extrait des feuilles et des racines (expérience en chambre de croissance) et de tubercules (expérience en tubercules), couplée à la réation polymérase en châine quantitative (RT-qPCR). Enfin, le génome complet de LBUM636 a été séquencé et annoté afin d'identifier et de caractériser certains gênes qui sont potentiellement impliqués dans l'interaction entre cet organisme et P. infestans.--Résumé.statement of responsibility: Christopher Morrison B.Sc. (biochimie).Thèse présentée à la Faculté des études supérieures et de la recherche en vue de l'obtention de la maîtrise ès sciences en biologie.thesis: M. Sc. (biologie). Université de Moncton 2016bibliography: Comprend des référence bibliographiques: feuilles 52-66.additional physical form: Également disponible en version électronique. Les pages contenant des informations personnelles ne sont pas reproduites.language: Thèse rédigée sous forme d'articles arbitrés, comprend du texte en français et en anglais
Activité transcriptionnelle de gènes biosynthétiques codant la production de métabolites antifongiques dans le sol et implication en biocontrôle
No full textL'antibiose, soit la production de métabolites antimicrobiens par certaines rhizobactéries, est un mécanisme important impliqué dans le biocontrôle de champignons phytopathogènes du sol causant des maladies végétales. Toutefois, l'efficacité de l'antibiose contre certaines maladies végétales, telle que la flétrissure verticillienne, demeure variable. La détection et la quantification des transcripts de gènes impliqués dans la production des métabolites antimicrobiens par les rhizobactéries est une façon efficace d'améliorer notre compréhension des facteurs, tant biotiques que abiotiques, qui régulent l'antibiose dans la rhizosphère. Toutefois, à ce jour, aucune méthode de détection quantitative directe des transcripts de gènes impliqués en biocontrôle n'a encore été testée en conditions de sol. Ainsi, la première section de cette étude consiste en l'exploration et l'optimisation de la technique de la réaction de polymérisation en chaîne quantitative avec détection en temps réel couplée à la transcriptase inverse (qRT-PCR) afin d'étudier l'expression de gènes microbiens impliqués en biocontrôle en conditions de sol. L'expression de deux gènes bactériens, soit phlD (impliqué dans la biosynthèse du 2,4-diacétylphloroglucinol, ou DAPG) et hcnC (impliqué dans la production du cyanure d'hydrogène, ou HCN), fut étudiée chez l'agent de biocontrôle Pseudomonas spp. LBUM300 et analysée en utilisant les méthodes de quantification absolue et relative de la qRT-PCR. L'utilisation de la méthode de quantification absolue s'est avérée la plus efficace pour la quantification des transcrits de gènes bactériens à l'étude. La technique de qRT-PCR développée fut ensuite appliquée dans un contexte de biocontrôle afin d'étudier l'effet d'un champignon phytopathogène, soit le Verticillium dahliae, responsable de la flétrissure verticillienne, sur l'expression de hcnC chez Pseudomonas spp. LBUM300 dans la rhizosphère de fraisiers. Dans un deuxième temps, la dynamique de population de Pseudomonas spp. LBUM300 et de V. dahliae dans la rhizosphère fut également établie. Afin de poursuivre ces objectifs, le dispositif expérimental comprenait des traitements où chacun des organismes à l'étude furent inoculés séparément ou en combinaison dans la rhizosphère de fraisiers. L'ARN bactérien fut extrait du sol de la rhizosphère à différents intervalles et les transcrits du gène hcnC furent quantifiés avec l'aide de la technique de qRT-PCR. La présence de V. dahliae dans la rhizosphère a eu comme effet de stimuler significativement l'expression de hcnC chez Pseudomonas spp. LBUM300, un effet particulièrement saillant environ 1 h après la confrontation. La présence de l'agent phytopathogène a également eu un effet positif sur la colonisation de Pseudomonas spp. LBUM300 dans la rhizosphère. Par contre, la présence de Pseudomonas spp. LBUM300 n'a pas eu d'effet sur la population de l'agent pathogène. De plus, probablement à cause de la faible pathogénicité de la souche de V dahliae utilisée, les symptômes de la flétrissure verticillienne observés chez les fraisiers furent inconsistants, rendant difficile une interprétation claire des résultats obtenus dans un contexte de biocontrôle. Néanmoins, ces résultats suggèrent une interaction spécifique entre la plante, Pseudomonas spp. LBUM300 et V. dahliae, et demeurent la première démonstration en conditions de sol de l'impact d'un agent pathogène sur l'expression de hcnC impliqué en antibiose. Les résultats obtenus lors de cette étude constituent une première étape vers l'utilisation du qRT-PCR dans l'étude de l'antibiose et autres fonctions microbiennes d'importance dans la rhizosphère. En raison de sa grande spécificité et de son puissant pouvoir de résolution, cette technique sera certainement appelée à prendre de plus en plus d'importance dans l'analyse d'échantillons environnementaux complexes tel que le sol. D'autres études seront néanmoins nécessaires afin d'élucider tous les aspects du mécanisme de l'antibiose et de permettre son application commerciale pour le contrôle de maladies végétales difficiles à maîtriser, telle la flétrissure verticillienne. Mots Clés : biocontrôle ; expression génique ; flétrissure verticillienne ; fraise ; normalisation ; Pseudomonas ; qRT-PCR ; rhizosphère ; solstatement of responsibility: Nadine J. Decoste.thesis: Thèse (M.Sc. Biologie) -- Université de Moncton, Faculté des études supérieures et de la recherche, 2010.bibliography: Comprend des réf. bibliogr.: f. 84-107reproduction: Également disponible sur microfiches et en version électronique. Les pages contenant des informations personnelles ne sont pas reproduites.language: Contient du texte en anglais et en français
Prognostic value of atrial fibrillation inducibility after right atrial flutter ablation
No full textInstrumentation and Fluorescent Chemistries Used in qPCR
No full textThe polymerase chain reaction has revolutionized the world of scientific research and its broad application has caused a tremendous development of versatile PCR instruments and chemistries to fit its purpose. This chapter provides the reader with a general introduction to the basics of real-time PCR instrumentation, including the thermal and optical systems and the software. Performance parameters such as temperature uniformity, accuracy and ramp speed as well as reaction format, optical systems, calibration of dyes, software and comparison between different real-time PCR platforms will be discussed from a user perspective leading to an instrument selection guide. Differences between fluorescent DNA binding dyes and target-specific fluorescently labeled primers or probes for detection of amplicon accumulation will be discussed, along with the properties and applications of the most frequently applied chemistries. The fluorophores and quenchers used for primer and probe labeling and their compatibility will be presented, and finally the future challenges and trends within the field of qPCR instrumentation will be discussed
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