952 research outputs found
Exploring genetic associations with ceRNA regulation in the human genome
No full textabstract: Competing endogenous RNAs (ceRNAs) are RNA molecules that sequester shared microRNAs (miRNAs) thereby affecting the expression of other targets of the miRNAs. Whether genetic variants in ceRNA can affect its biological function and disease development is still an open question. Here we identified a large number of genetic variants that are associated with ceRNA's function using Geuvaids RNA-seq data for 462 individuals from the 1000 Genomes Project. We call these loci competing endogenous RNA expression quantitative trait loci or ‘cerQTL’, and found that a large number of them were unexplored in conventional eQTL mapping. We identified many cerQTLs that have undergone recent positive selection in different human populations, and showed that single nucleotide polymorphisms in gene 3΄UTRs at the miRNA seed binding regions can simultaneously regulate gene expression changes in both cis and trans by the ceRNA mechanism. We also discovered that cerQTLs are significantly enriched in traits/diseases associated variants reported from genome-wide association studies in the miRNA binding sites, suggesting that disease susceptibilities could be attributed to ceRNA regulation. Further in vitro functional experiments demonstrated that a cerQTL rs11540855 can regulate ceRNA function. These results provide a comprehensive catalog of functional non-coding regulatory variants that may be responsible for ceRNA crosstalk at the post-transcriptional level.The final version of this article, as published in Nucleic Acids Research, can be viewed online at: https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkx33
PARTICIPACIÓN DE LA UNIVERSIDAD POLITÉCNICA SALESIANA EN LA EXPLORACIÓN FLORÍSTICA DE LA RESERVA ECOLÓGICA LOS ILINIZAS
No full textEste proyecto se desarrolló en la
provincia de Cotopaxi con la participación
de un grupo de investigadores
de la Universidad del Valle
de Cali–Colombia, liderado
por Philip Silverstone-Sopkin; como
investigador asociado estuvo
Jorge E. Ramos-Pérez (Universidad
del Valle) y David A. Neill
(Jardín Botánico de Missouri). En
la fase de exploración participaron
Marco Cerna (Universidad Politécnica
Salesiana); Fabián Ibáñez,
Jehová Figueroa, Geovanny
Ibáñez, José Luis Medina, Telmo
Ibáñez (Alumnos de la Carrera de
Ingeniería Agropecuaria Campus
Guasaganda de la Facultad de
Ciencias Agropecuarias y Ambientales
de la Universidad Politécnica
Salesiana). El apoyo logístico estuvo
a cargo del personal del
Herbario Nacional del Ecuador.
El financiamiento del proyecto se
lo realizó con fondos de la National
Geographic Society y con la
autorización de investigación
científica n° 008-ic-flo-dbap/ma
del Ministerio del Ambiente del
Ecuador.
La fase de campo de esta investigación
se desarrolló desde el 2 de
julio hasta el 25 de agosto de
2003 y lo resultados se pudieron
presentar en julio de 2004
Role of the long non-coding RNA PVT1 in the dysregulation of the ceRNA-ceRNA network in human breast cancer
No full textRecent findings have identified competing endogenous RNAs (ceRNAs) as the drivers in many disease conditions, including cancers. The ceRNAs indirectly regulate each other by reducing the amount of microRNAs (miRNAs) available to target messenger RNAs (mRNAs). The ceRNA interactions mediated by miRNAs are modulated by a titration mechanism, i.e. large changes in the ceRNA expression levels either overcome, or relieve, the miRNA repression on competing RNAs; similarly, a very large miRNA overexpression may abolish competition. The ceRNAs are also called miRNA decoys or miRNA sponges and encompass different RNAs competing with each other to attract miRNAs for interactions: mRNA, long non-coding RNAs (lncRNAs), pseudogenes, or circular RNAs. Recently, we developed a computational method for identifying ceRNA-ceRNA interactions in breast invasive carcinoma. We were interested in unveiling which lncRNAs could exert the ceRNA activity. We found a drastic rewiring in the cross-talks between ceRNAs from the physiological to the pathological condition. The main actor of this dysregulated lncRNA-associated ceRNA network was the lncRNA PVT1, which revealed a net biding preference towards the miR-200 family members in normal breast tissues. Despite its up-regulation in breast cancer tissues, mimicked by the miR-200 family members, PVT1 stops working as ceRNA in the cancerous state. The specific conditions required for a ceRNA landscape to occur are still far from being determined. Here, we emphasized the importance of the relative concentration of the ceRNAs, and their related miRNAs. In particular, we focused on the withdrawal in breast cancer tissues of the PVT1 ceRNA activity and performed a gene expression and sequence analysis of its multiple isoforms. We found that the PVT1 isoform harbouring the binding site for a representative miRNA of the miR-200 family shows a drastic decrease in its relative concentration with respect to the miRNA abundance in breast cancer tissues, providing a plausibility argument to the breakdown of the sponge program orchestrated by the oncogene PVT1. © 2017 Conte et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited
Ethnobotanical Research at the Kutukú Scientific Station, Morona-Santiago, Ecuador
No full textThis work features the results of an ethnobotanical study on the uses of medicinal plants by the inhabitants of the region near to
the Kutuk ́u Scientific Station of Universidad Polit ́ecnica Salesiana, located in theMorona-Santiago province, southeast of Ecuador.
In the surroundings of the station, one ethnic group, the Shuar, has been identified. The survey hereafter reports a total of 131 plant
species, with 73 different therapeutic uses
Identificación molecular de plantas tóxicas con mayor incidencia en la región interandina centro norte del Ecuador
No full textLa intoxicación por consumo de especies vegetales es común en animales y el ser humano. Las plantas tóxicas son aquellas que poseen un riesgo serio de enfermar, herir, o causar la muerte del organismo que las consume. Desde el punto de vista botánico, muchas especies de plantas contienen principios activos como alcaloides, glicósidos cianogénicos, saponinas, con previsibles consecuencias tóxicas. En nuestra cultura existen especies medicinales y ornamentales que pueden ser potencialmente tóxicas por sus principios activos e incluso por su morfología pueden ser confundidas entre ellas, por ello las técnicas convencionales de identificación han permitido caracterizar taxonómicamente las especies de interés e identificar sus principios activos, sin embargo, estas técnicas pueden emplear largas jornadas de identificación, mismas que están sujetas a la apreciación del taxónomo y que en ciertos casos puede llevar a una identificación errónea.
Las técnicas moleculares actuales permiten una rápida identificación con cantidades mínimas de muestra. El objetivo del estudio consiste en generar una base de códigos de barras genéticos y conocer la eficiencia del marcador matK en la caracterización de plantas tóxicas representativas de la región andina-centro/norte del Ecuador, ya que esta sería la base para establecer un protocolo de identificación de las especies vegetales causante de diversas intoxicaciónes.
Para la generación de códigos de barra se colectaron especies vegetales de las provincias de Imbabura, Pichincha y Cotopaxi. Se amplificó y secuenció la región matK, las secuencias obtenidas fueron comparadas con las bases de datos del GenBank y BOLD Systems.
El gen matK, permitió la identificación a nivel de especies (Identidad 96%) de 21 muestras que pertenecen principalmente a la familia Solanaceae (8 especies). Las especies colectadas en la región andina-centro/norte pertenecen a los géneros Brugmansia (37,5%), Solanum (12,5%), Nicotiana (12,5%), Cestrum (12,5%), Saracha (12,5%), y Datura (12,5%).
El gen matK es un marcador que permite identificar con porcentajes altos la identidad de una especie y tiene una contribución potencial en la filogenia de la familia Solanaceae
Análisis de marco normativo aplicable en la modalidad del teletrabajo en el Perú
No full textEl presente trabajo de investigación tiene por finalidad analizar el marco normativo de la Ley de Teletrabajo en nuestro país, promulgada en el año 2013 y reglamentada en el año 2015. Pese a que han transcurrido varios años desde la creación de la citada ley, a la fecha existe reducidas investigaciones avocadas a esta modalidad de trabajo. Por ello, vamos a analizar si su aplicación se ajusta a nuestro escenario.
El Capítulo I - Introducción, comprende: marco teórico, que contiene los antecedentes y el marco conceptual; justificación; objetivos e hipótesis; Capítulo II - Metodología, comprende: tipo de investigación, población y muestra (materiales, instrumentos y métodos); técnicas y procedimientos de recolección y análisis de datos; procedimientos y aspectos éticos; Capítulo III - Resultados; y, Capítulo IV – Discusión y Conclusiones.
Recabada dicha información, se sometió a análisis para verificar si éstas cumplían con los objetivos propuestos, obteniendo como resultado que este marco normativo posee marcadas ventajas, de mayor importancia a comparación de las desventajas, por lo que debería ser aplicado por empresas en nuestro país, a pesar de las barreras que existe, y que, a falta de promoción y difusión de parte del Estado, no permiten su debida implementación de manera masiva
A network-based matrix factorization framework for ceRNA co-modules recognition of cancer genomic data
No full text\ua9 The Author(s) 2022. Published by Oxford University Press. All rights reserved. For Permissions, please email: [email protected]. With the development of high-throughput technologies, the accumulation of large amounts of multidimensional genomic data provides an excellent opportunity to study the multilevel biological regulatory relationships in cancer. Based on the hypothesis of competitive endogenous ribonucleic acid (RNA) (ceRNA) network, lncRNAs can eliminate the inhibition of microRNAs (miRNAs) on their target genes by binding to intracellular miRNA sites so as to improve the expression level of these target genes. However, previous studies on cancer expression mechanism are mostly based on individual or two-dimensional data, and lack of integration and analysis of various RNA-seq data, making it difficult to verify the complex biological relationships involved. To explore RNA expression patterns and potential molecular mechanisms of cancer, a network-regularized sparse orthogonal-regularized joint non-negative matrix factorization (NSOJNMF) algorithm is proposed, which combines the interaction relations among RNA-seq data in the way of network regularization and effectively prevents multicollinearity through sparse constraints and orthogonal regularization constraints to generate good modular sparse solutions. NSOJNMF algorithm is performed on the datasets of liver cancer and colon cancer, then ceRNA co-modules of them are recognized. The enrichment analysis of these modules shows that >90% of them are closely related to the occurrence and development of cancer. In addition, the ceRNA networks constructed by the ceRNA co-modules not only accurately mine the known correlations of the three RNA molecules but also further discover their potential biological associations, which may contribute to the exploration of the competitive relationships among multiple RNAs and the molecular mechanisms affecting tumor development
VECTOR: An Integrated Correlation Network Database for the Identification of CeRNA Axes in Uveal Melanoma
No full textUveal melanoma (UM) is the most common primary intraocular malignant tumor in adults and, although its genetic background has been extensively studied, little is known about the contribution of non-coding RNAs (ncRNAs) to its pathogenesis. Indeed, its competitive endogenous RNA (ceRNA) regulatory network comprising microRNAs (miRNAs), long non-coding RNAs (lncRNAs) and mRNAs has been insufficiently explored. Thanks to UM findings from The Cancer Genome Atlas (TCGA), it is now possible to statistically elaborate these data to identify the expression relationships among RNAs and correlative interaction data. In the present work, we propose the VECTOR (uVeal mElanoma Correlation NeTwORk) database, an interactive tool that identifies and visualizes the relationships among RNA molecules, based on the ceRNA model. The VECTOR database contains: (i) the TCGA-derived expression correlation values of miRNA-mRNA, miRNA-lncRNA and lncRNA-mRNA pairs combined with predicted or validated RNA-RNA interactions; (ii) data of sense-antisense sequence overlapping; (iii) correlation values of Transcription Factor (TF)-miRNA, TF-lncRNA, and TF-mRNA pairs associated with ChiPseq data; (iv) expression data of miRNAs, lncRNAs and mRNAs both in UM and physiological tissues. The VECTOR web interface can be queried, by inputting the gene name, to retrieve all the information about RNA signaling and visualize this as a graph. Finally, VECTOR provides a very detailed picture of ceRNA networks in UM and could be a very useful tool for researchers studying RNA signaling in UM. The web version of Vector is freely available at the URL reported at the end of the Introduction
Marco de trabajo Scrum para la gestión de proyectos tecnológicos en una empresa privada de seguros de salud, Lima 2023
No full textEl objeto de estudio de la presente investigación tuvo como objetivo Determinar el
impacto del Marco de Trabajo Scrum en la gestión de proyectos tecnológicos en
una empresa privada de Seguros de Salud de Lima, donde se buscó evaluar los
resultados de ejecutar los requerimientos del negocio bajo la gestión tradicional y
utilizando el Marco de trabajo Scrum, basándose en los indicadores de cantidad de
defectos del proyecto, tiempo de entrega del proyecto y solicitudes de cambio del
proyecto.
La investigación es de tipo aplicada, con enfoque cuantitativo y diseño
cuasiexperimental, tuvo dos muestras independientes de 30 cada grupo, se
recolectó datos con fichas de registro. Para determinar la normalidad de cada
indicador se aplicó Shapiro Wilk, con los resultados obtenidos se aplicará el test no
paramétrico de U-Mann Whitney.
Se obtuvo como resultado la disminución de la cantidad de defectos de los
proyectos en un 36%, de igual manera se logró disminuir el tiempo de entrega de
los proyectos en 48% y finalmente se redujo la cantidad de solicitudes de cambio
en 26%. Concluyendo que aplicar el Marco de Trabajo Scrum impacta
positivamente en la Gestión de los Proyectos Tecnológicos en una empresa de
seguros de salud
Caracterización botánica del volcán Quilotoa
No full textEstudio de la laguna del volcán Quilotoa. En el tiempo de los politpecnicos, en la década de los setenta del siglo (XIX);se publica un estudio llamado Ednobiótica del Quilotoa, donde analiza las especies útiles de la zona. Actualmente es una zona de interés turístico, debido a su majestuoso paisaje, la presencia de grupos indígenas de la zona y a la relativa felicidad para llegar al siti
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