1,721,022 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
Minkälaisia alkueliöitä Itämeren vedessä ja jäässä elää ja kuinka alkueliöiden lajirunsautta voidaan arvioida?
Full text linkProtists are unicellular eukaryotes. Some protistan species may be impossible to distinguish under the light or even electron microscope, and a complete balanced study of protistan taxonomy requires molecular analysis and light and electron microscopy. One of the main applications of taxonomic work is the assessment of diversity of organisms in an ecosystem. However, uncertainty in taxonomic precision undermines the diversity measures. DNA sequence data provide assistance since they are easily transformed to numbers that can be compared systematically and in a similar way throughout the eukaryotic domain, using sequence similarity to define operational taxonomic units (OTUs). DNA-based assessment of diversity is called environmental sequencing. The most commonly used gene in the environmental gene sequencing for eukaryotes and also in the protistan taxonomic studies has been the small subunit (18S) ribosomal RNA gene of the ribosomal operon. Also, internal transcribed spacers (ITS) are used.
The studies in this thesis were conducted with Baltic Sea protists. The Baltic Sea is a subarctic brackish-water basin that partially freezes over every winter. If the salinity of parent water is higher than 0.6, the forming ice has a semi-solid structure with solid ice crystals and saline water (brine) channels. The brine channels offer habitats for small-sized organisms. Due to the low salinity of the Baltic Sea, the brine channels are small, and therefore, the Baltic Sea ice eukaryotic community is dominated by protists. Studies on Baltic sea-ice biology have been accumulating since the 1980 s, but there are still gaps on knowledge; for example, what protistan species and how many there are associated with sea ice. In this thesis, morphological, molecular and ecological information was combined to delineate species of a Baltic Sea cryptomonad, haptophyte and dinoflagellate. Protistan community composition in Baltic Sea ice was assessed with environmental sequencing, and diversity estimates were compared in different types of ice. The taxonomic and environmental-sequencing studies were linked using the gathered taxonomic information to evaluate the accuracy of the molecular diversity-measurement method.
A new cryptomonad species, Rhinomonas nottbecki, was described based on morphological characters distinguished by light- and electron-microscopy together with molecular evidence from 18S rRNA gene and ITS region. The same approach was applied to the identification of the alternate stage Prymnesium polylepis (Haptophyta), which bloomed in the whole Baltic Proper during autumn spring 2007 2008. Also, a novel cold-water and sea-ice associated dinoflagellate subspecies, Heterocapsa arctica subsp. frigida, was described. Environmental 18S-rRNA-gene sequencing revealed that the richest eukaryotic lineages inhabiting the Baltic Sea ice were ciliates, cercozoa, dinoflagellates and diatoms. The different developmental stages and types of ice had different community composition. Protistan richness was higher in ice than water even though water included more divergent lineages. The Baltic fast ice had higher richness than pack and drift ice.
The results of this thesis showed that there remains novelty to be described in the Baltic Sea, and what we know about the protistan community in Baltic Sea ice now is very incomplete. Although the environmental sequencing produced data that met the requirements of calculation of comparable diversity indices (all taxa defined at the same level), revealed cryptic taxa, and gave higher protistan richness than basic light microscopy of fixed samples, the lack of taxonomic detail was not restricted to the light-microscopic surveys but was also a result of the environmental-sequencing approach. This was shown when the environmental-sequencing approach was applied on the 18S-rRNA-gene data of the cryptomonad family Pyrenomonadaceae and the haptophyte genus Prymnesium. Only one Pyrenomonadaceae and two Prymnesium OTUs were found although both data sets included 15 distinct taxa. Errors in environmental sequencing and alignment make the use of high similarity levels in the OTU definition questionable, and the variability in the 18S rDNA is not equal within different eukaryotic lineages. Consequently, use of lower similarity level (97 %) is justifiable in the environmental-sequencing, but the approach used gave conservative estimates of the protistan richness in the Baltic Sea ice.
The overall conclusion is that we need to apply all available techniques when assessing the diversity of protists, as each technique provides a biased perspective on nature. A labor intensive taxonomic approach that includes the study of live cells by light microscopy, detailed morphological description based on electron microscopy and phylogenetic analysis of suitable genetic markers gives us the best chance of finding out how many different species of protists live within the Baltic Sea ice or any other environment, and what they do.Alkueliö on epäsystemaattinen mutta käyttökelpoinen nimitys aitotumallisille eliöille, jotka eivät ole monisoluisia eläimiä, kasveja tai sieniä. Alkueliöiden lajinkuvauksissa on perinteisesti käytetty valo- ja elektronimikroskopiaa, mutta joissain tapauksissa lajieroja ei pystytä näillä menetelmillä määrittämään. Siksi nykyaikainen lajinkuvaus vaatii myös tiettyjen geenien, esimerkiksi ribosomaalista RNA:ta koodaavan 18S-geenin, emäsjärjestyksen (geenisekvenssin) selvittämistä. Tätä geeniä voidaan myös käyttää, kun halutaan tutkia luonnossa esiintyvien eliöiden lajirunsautta. Luonnonnäytteistä saadut 18S-geenisekvenssit voidaan luokitella ja nimetä vertaamalla niitä tietokantojen geenisekvensseihin (jotka on selvitetty lajinkuvauksissa). Eliöiden lajirunsauden arviointi tietyssä elinympäristössä on yksi lajinkuvausten tärkeimpiä sovelluksia. Geenisekvenssien avulla eri ympäristöjen lajirunsautta voidaan vertailla järjestelmällisesti ja riippumatta tutkijan lajintunnistuskyvyistä.
Itämeri on vuosittain jäätyvä murtovesiallas. Jos veden suolapitoisuus on yli 0,6, muodostuva jää on huokoista: kiinteä jää vuorottelee suolapitoisen veden kanssa, ja jäähän muodostuu pienten suolavesikanavien verkosto. Nämä suolavesikanavat tarjoavat otollisen elinympäristön pienille eliöille. Koska Itämeren suolapitoisuus on alhainen, nämä suolavesikanavat ovat pienikokoisia ja alkueliöt hallitsevat yhteisöä. Itämeren jään alkueliöitä on tutkittu 1980-luvulta lähtien yhä tarkemmin, mutta yhä tiedossamme on puutteita siinä, mitä ja miten paljon alkueliöitä Itämeren jäässä elää.
Tämän väitöskirjan osajulkaisuissa kuvattiin Itämeressä elävä nielulevä Rhinomonas nottbecki ja panssarilevä Heterocapsa arctica subsp. frigida sekä tarkasteltiin erään tarttumalevän (Prymnesium polylepis) muotoa yhdistäen ulko- ja sisärakenteiden valo- ja elektronimikroskooppinen tutkimus DNA:sta ja eliöiden ekologiasta saatuun tietoon. Kahdessa osajulkaisussa Itämeren alkueliöiden lajirunsautta arvioitiin ribosomaalisen 18S-geenin avulla. Näissä julkaisuissa todettiin, että lajirunsaimpia alkueliöryhmiä Itämeren jäässä ovat ripsieläimet, Cercozoa-siimaeliöt, panssarilevät ja piilevät, ja että alkueliöyhteisö on erilainen eri-ikäisessä ja -tyyppisessä jäässä. Jäässä lajirunsaus on suurempi kuin vedessä, mutta toisaalta vedessä on enemmän evolutiiviselta historialtaan poikkeavia alkueliöitä. Rantaan kiinnittyneessä kiintojäässä on monilajisempi alkueliöyhteisö kuin avomerellä virtausten mukana ajelehtivassa ajojäässä. 18S-geenimenetelmän tehokkuutta arvioitiin lajinkuvauksista saadun tiedon avulla väitöskirjan yhteenvedossa.
Jäänäytteistä saatujen geenisekvenssien perusteella pystyttiin tekemään vertailukelpoisia monimuotoisuuden arvioita (kaikki eliöt on määritetty samalle systemaattiselle tasolle geenin emäsjärjestyksen avulla) ja löydettiin aiemmin listaamattomia eliöitä. Lisäksi lajirunsaus oli 18S-geeniin perustuvalla menetelmällä määritetyissä näytteissä korkeampi kuin valomikroskoopilla määritetyissä näytteissä. Silti lajintunnistus oli vajavaista myös 18S-geenimenetelmällä. Tämä osoitettiin, kun lajintunnistuksissa käytettyjä Pyrenomonadaceae-nieluleväheimon ja Prymnesium-tarttumaleväsuvun 18S-geeniaineistoja tarkasteltiin kuin ne olisivat luonnonnäytteistä kerättyjä. Kummassakin aineistossa oli 15 eri lajia, mutta kun aineistot käsiteltiin samalla tavalla kuin jäänäytteet, löytyi vain yksi nielulevä ja kaksi tarttumalevää. Tämä ero johtuu siitä, että 18S-geenimenetelmässä tulee ottaa huomioon menetelmän sisäiset virheet. Siksi taso, jolle lajit pystytään luokittelemaan, on lähempänä suku- tai heimotasoa kuin oikeaa lajitasoa. Täten väitöskirjan kahden osajulkaisun arviot Itämeren jään alkueliöiden lajirunsaudesta ovat todellista lajirunsautta alhaisempia.
Väitöskirjan johtopäätös on, että parhaiten alkueliöiden lajirunsautta voidaan tutkia missä ympäristössä tahansa, kun yhdistetään työläs lajintunnistusmenetelmä, jossa tarkastellaan eläviä soluja valomikroskoopilla ja solujen ulko- ja sisärakenteita elektronimikroskoopilla, ja tiettyjen geenien emäsjärjestyksen selvitys.ei saavutettav
- …
