1,721,062 research outputs found
Integration and secondary use of heterogeneous hospital health data : from local uses to federated analysis
No full textLes données issues du soin peuvent être utilisées pour des finalités autres que celles pour lesquelles elles ont été collectées initialement : c’est l’utilisation secondaire des données de santé. Dans le contexte hospitalier, afin de lever les verrous de l’utilisation secondaire des données de santé (verrous liés aux données et verrous organisationnels), une stratégie classique consiste à mettre en place un Entrepôt de Données de Santé (EDS). Dans le cadre de cette thèse, trois contributions à l’EDS du CHU de Bordeaux sont décrites. Premièrement, une méthode d’alignement des data éléments de biologie numérique basée sur les instances et conforme aux règles de protection des données à caractère personnel est présentée, avec une F-mesure à 0,850, permettant de réduire l’hétérogénéité sémantique des données. Ensuite, une adaptation du modèle d’intégration des données cliniques d’i2b2 est proposée pour assurer la persistance des données d’un EDS dans une base de données NoSQL, Elasticsearch. Cette implémentation a été évaluée sur la base de données de l’EDS du CHU de Bordeaux et retrouve des performances améliorées en termes de stockage et de temps de requêtage, par rapport à une base de données relationnelle. Enfin, une présentation de l’environnement EDS du CHU de Bordeaux est réalisée, avec la description d’un premier EDS dédié aux usages locaux et qui peut être exploité en autonomie par les utilisateurs finaux (i2b2), et d’un second EDS, dédié aux réseaux fédérés (OMOP) permettant notamment la participation au réseau fédéré DARWIN-EU.Healthcare data can be used for purposes other than those for which it was initially collected: this is the secondary use of health data. In the hospital context, to overcome the obstacles to secondary use of healthcaree data (data and organizational barriers), a classic strategy is to set up Clinical Data Warehouses (CDWs). This thesis describes three contributions to the Bordeaux University Hospital’s CDW. Firstly, an instance-based, privacy-preserving, method for mapping numerical biology data elements is presented, with an F-measure of 0,850, making it possible to reduce the semantic heterogeneity of data. Next, an adaptation of the i2b2 clinical data integration model is proposed to enable CDW data persistence in a NoSQL database, Elasticsearch. This implementation has been evaluated on the Bordeaux University Hospital’s CDW, showing improved performance in terms of storage and query time, compared with a relational database. Finally, the Bordeaux University Hospital’s CDW environment is presented, with the description of a first CDW dedicated to local uses that can be used autonomously by end users (i2b2), and a second CDW dedicated to federated networks (OMOP) enabling participation in the DARWIN-EU federated network
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Conception d’un modèle Web sémantique appliqué à la génomique fonctionnelle
No full textThe general framework of this work is that of the Semantic Web and, more precisely, the application of Semantic Web technologies to functional genomics. The data biologists and physicians access for research purposes are typically available on the Internet. However, this information is also generally distributed over multiple autonomous, heterogeneous sources.We propose a mediator-based approach to integrating biomedical information sources. Our system provides a unique interface for biologists and physicians to access data sources in a centralized and homogeneous way. The use of a mediator is not novel in biomedicine. But existing systems have limitations in terms of conception and evolution, in particular, the need for manual intervention at many levels.To address these issues, we employed semi-automatic methods for creating a mediator-based system. First, we developed an automatic method for acquiring the schemas of the sources to be integrated. Then we used an existing terminological resource, the UMLS, to define a global schema. Finally, we proposed different approaches to mapping local schemas' elements to those of the global schema. These techniques operate at the schema and instance levels and are fully automated. Domain experts can also validate the integration process.The system we created is operational and available on the Internet. The information queried by the system is automatically integrated from multiple sources. Query processing expands users' queries by exploiting a hierarchy of relevant concepts and provides users with the values of the sources elements associated with these concepts. The system can be managed semi-automatically, as its evolution is facilitated by the methods developed for its conception.Ce travail de thèse s'inscrit dans la problématique du Web sémantique et plus précisément l'utilisation de ses technologies dans le domaine de la génomique fonctionnelle. Au cours de leurs travaux de recherche, les biologistes et médecins doivent disposer de données concernant l'existant et ces informations sont généralement accessibles sur Internet. Le problème est qu'elles sont réparties dans des sources distribuées, autonomes et hétérogènes à de multiples niveaux.C'est dans ce cadre que nous proposons le développement d'un système d'intégration basée médiateur. Celui-ci vise à offrir aux biologistes et médecins une interface unique permettant d'accéder aux différentes sources de manière centralisée et homogène. Des systèmes suivant cette approche existent dans la littérature mais présentent des limites en terme de conception et d'évolution. En effet, de nombreuses tâches restent manuelles, ce qui les rend particulièrement fastidieuses.Pour répondre à ces limites, nous avons conçu un système médiateur au moyen de méthodes semi-automatiques. Tout d'abord, nous avons développé une méthode d'acquisition automatique des schémas des sources de données à intégrer. Ensuite, nous avons utilisé une ressource terminologique existante, l'UMLS, afin de définir un schéma global. Enfin, nous avons proposé différentes approches pour mettre en correspondance les éléments des schémas locaux avec ceux du schéma global. Celles-ci sont situées aux niveaux schéma et instances et sont automatiques, avec une possible validation manuelle par des experts.Le système implémenté à partir de ces méthodes est opérationnel et accessible sur Internet et permet de traiter des requêtes simples qui impliquent plusieurs sources de données. Le processus de requêtes effectue une expansion de celles-ci en exploitant la hiérarchie des concepts identifiés comme pertinents, et rend finalement aux utilisateurs les valeurs des éléments des sources associés à ces concepts. La maintenance du système est facilitée par les méthodes développées pour sa conception, permettant ainsi de la gérer de manière semi-automatique
Enjeux liés aux ressources termino-ontologiques en santé
Get PDFOn recense un nombre important de ressources termino-ontologiques (RTOs ) en santé, qui sont non seulement volumineuses mais aussi de différents types (classifications, thésaurus, ontologies…). Ce manuscrit décrit les activités de recherche que j’ai menées depuis ma thèse pour répondre à certains enjeux liés à l’utilisation des RTOs en santé. Plus précisément, je me suis intéressée aux trois problématiques suivantes : l’évaluation de la qualité des RTOs biomédicales, leur interopérabilité sémantique et la conception de nouvelles RTOs. J’expose donc tout d’abord mes travaux sur l’évaluation de la qualité des RTOs. Les différentes évaluations que j’ai réalisées portaient sur plusieurs critères de qualité (cohérence, concision…) pour vérifier la cohérence de RTOs ayant des caractéristiques différentes (langages de représentation, types de RTO…). Je présente ensuite mes contributions quant à l’interopérabilité sémantique entre RTOs. Je décris premièrement des travaux qui visaient à aligner deux RTOs décrivant des connaissances similaires dans le contexte de la pharmacovigilance puis deux études dont l’objectif était d’intégrer des RTOs diagnostiques utilisées en cancérologie grâce à une RTO de support.Je détaille enfin mes contributions liées à la problématique de conception de RTOs au travers de deux approches : l’acquisition des connaissances à partir de textes liés à la maladie d’Alzheimer et l’intégration de différentes RTOs décrivant de manière parcellaire les connaissances concernant les interactions entre médicaments et aliments.Je termine par des travaux en cours sur la visualisation et l’intégration de données omiques et cliniques avant d’introduire les perspectives que j’envisage d’explorer dans les années à venir
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
- …
