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    Cervical cancer and HIV infection in West Africa : Epidemiology, determinants and screening

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    Le cancer du col de l’utérus est la première cause de cancer chez la femme en Afrique de l’Ouest, une région du monde où le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) sévit de manière endémique. Ce travail s’inscrit dans le cadre de l’étude du lien entre ces deux pathologies ainsi que des spécificités du dépistage du cancer du col dans le contexte de l’infection à VIH.Notre travail de recherche a été conduit en plusieurs étapes. Une enquête hospitalière a tout d’abord comparée la fréquence du VIH chez des femmes atteintes de cancer du col et chez des femmes atteintes d’autres cancers. Nous avons ensuite mis en place un programme de dépistage des cancers du col par inspection visuelle au sein de trois cliniques VIH à Abidjan offrant cette intervention pendant une période de plusieurs mois. Un échantillon de ces femmes dépistées a enfin été prélevé pour la recherche de papillomavirus humains (PVH). Sur les 152 cas de cancer du col inclus dans la première enquête, 25% étaient VIH-positifs contre 4,7% chez les 257 patientes du groupe de comparaison, donnant un Rapport de Côte (RC) ajusté de 7,6 (3,6 – 16,2) pour l’association entre ces deux morbidités sévères. Un total de 4 046 femmes a été dépisté par inspection visuelle. La fréquence d’un test positif était de 9,0% (8,0 – 10,0) chez les 2 998 femmes VIH-positives et 3,9% (2,7 – 5,1) chez les 1 048 femmes VIH-négatives. La prévalence de l’infection à PVH oncogène était de 33,0% chez les 191 femmes VIH-négatives et de 52,8% chez les 254 femmes VIH-positives ayant pu être testé par PCR. Un taux de CD4<200 cellules/mm3 était associé à la présence d’un PVH oncogène (RC= 2,8 [1,1 – 8,3] Ref. CD4 ≥500). L’infection à VIH est fortement associée au risque de cancer du col ainsi qu’à la présence de ses précurseurs que sont les PVH. La mise en place de programmes de dépistage associé à une bonne reconstitution immunitaire semble être des mesures essentielles pour réduire le fardeau de ce cancer chez les femmes VIH-positives en Afrique de l’Ouest à l’ère de l’accès élargi aux antirétroviraux.Cervical cancer is the leading cause of cancer among women in West Africa, where infection with the Human Immunodeficiency Virus (HIV) is endemic. This work study the link between these two pathologies as well as the specificities linked to cervical cancer screening in the context of HIV infection. Our research project was conducted in several stages. A first hospital-based study compared the prevalence of HIV in women with cervical cancer and in women with other cancers. We then implement a cervical cancer screening program with visual inspection methods in three HIV clinics in Abidjan during several months. A sample of women screened was finally selected and collected for human papillomavirus (HPV) identification. Of the 152 cases of cervical cancer included during the first study, 25% were HIV-positive compared to 4.7% among the 257 patients of the comparison group, giving an adjusted odd ratio (OR) of 7.6 (3.6 - 16.2). A total of 4,046 women were screened by visual inspection. The frequency of a positive test was 9.0% (8.0 - 10.0) in the 2,998 HIV-positive women and 3.9% (2.7 - 5.1) in the 1,048 HIV-negative women. The prevalence of oncogenic HPV was 33.0% in the 191 HIV-negative women and 52.8% in the 254 HIV-positive women that underwent PCR testing. A CD4 count <200 cells/mm3 was associated with the presence of oncogenic HPV (OR = 2.8 [1.1 - 8.3] Ref. CD4≥500). HIV infection is strongly associated with cervical cancer and the presence of its precursors, oncogenic HPV. The implementation of adapted screening programs combined with good immune reconstitution seems to be key measures to reduce the burden of cervical cancer in HIV-positive women in West Africa in the era of expanded access to antiretroviral drugs

    Bull Cancer

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    Screening (secondary prevention) is a public health action aimed at identifying diseases at their earliest stages, before the onset of signs and symptoms and, thus, avoiding or mitigating their negative consequences. The abnormality can be a genetic defect, an infection or the preclinical phase of a chronic disease such as cancer. We discuss elements common to the cancer screening debate: vocabulary about screening, overdiagnosis, and program indication criteria. Finally, we present some significant evolutions on the programs since their implementation in France

    Joint modelling and prediction of several risks of cancer progression from repeated measurements of biomarkers

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    Dans les études longitudinales en cancer, une problématique majeure est la description de l’évolution de la maladie d’un patient ou la prédiction de son état futur, à partir de mesures répétées d’un marqueur biologique. La modélisation conjointe permet de répondre à ces objectifs, mais elle a principalement été développée pour l’étude simultanée d’un marqueur longitudinal Gaussien et d’un unique temps d’événement. Afin de caractériser les transitions entre événements successifs qu’un patient peut connaître, nous étendons la méthodologie classique en introduisant un modèle conjoint pour un processus longitudinal Gaussien et un processus multi-états Markovien non homogène. Le modèle suppose que les temps de transition individuels sont indépendants conditionnellement aux covariables incluses. Nous proposons aussi un score test afin de tester cette hypothèse. Ces développements sont appliqués à deux cohortes d’hommes avec un cancer de la prostate localisé traité par radiothérapie. Le modèle permet de quantifier l’impact des dynamiques de l’antigène spécifique de la prostate, et d’autres facteurs pronostiques mesurés à la fin du traitement, sur chaque intensité de transition entre états cliniques prédéfinis. Cette thèse fournit ensuite des outils statistiques et des lignes directrices pour le calcul de prédictions dynamiques individuelles d’événements cliniques, dans le cadre de risques compétitifs. Enfin, un dernier travail amène une réflexion sur la modélisation conjointe de données longitudinales ordinales et de données de survie, avec une technique d’inférence innovante. Ainsi, ce travail introduit des méthodes statistiques adaptées à divers types de données longitudinales et d’histoire d’événements, qui permettent de répondre aux besoins des cliniciens. Des recommandations méthodologiques et des outils logiciels sont associés à chaque développement, pour une utilisation pratique par les communautés clinique et statistique.In longitudinal studies in cancer, a major problem is the description of the patient’s disease evolution or the prediction of his future state, based on repeated measurements of a biological marker. Joint modelling enables to meet these objectives but it has mainlybeen developed for the simultaneous study of a Gaussian longitudinal marker and a single event time. In order to characterize the transitions between successive events that a patient may experience, we extend the classical methodology by introducing a joint model for a Gaussian longitudinal process and a non-homogeneous Markovian multi-state process. The model assumes that individual transition times are independent conditionally to included covariates. We also propose a score test to assess this assumption. These developments are applied on two cohorts of men with localized prostate cancer treated with radiotherapy. The model quantifies the impact of prostate specific antigen dynamics, and other prognostic factors measured at the end of treatment, on each transition intensity between predefined clinical states. This thesis then provides statistical tools and guidelines for the computation of individual dynamic predictions of clinical events in the context of competitive risks. Finally, a last work leads to a reflection on joint modelling of longitudinal ordinal data and survival data with an innovative inference technique. To conclude, this work introduces statistical methods adapted to various types of longitudinal data and event history data, which meet the needs of clinicians. Methodological recommendations and software tools are associated with each development, for practical use by the clinical and statistical communities

    Post-marketing evaluation of medications in oncogeriatry : application to the treatment of metastatic colorectal cancer

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    En France, en 2012, les sujets âgés d’au moins 65 ans représentaient 71 % de l’incidence du Cancer ColoRectal (CCR). Depuis 2005, des thérapies ciblées ont été autorisées dans le CCR métastatique (CCRm) et sont recommandées en 1ère ligne en association à une chimiothérapie. Face à un manque d’évaluation de ces médicaments chez le sujet âgé, l’objectif de ce travail était l’étude, en situation réelle de soins, de l’utilisation, des bénéfices et de la sécurité d'emploi des médicaments anticancéreux, dont les thérapies ciblées, chez le sujet âgé et/ou fragile atteint de CCRm. Une revue systématique de la littérature a confirmé la faible inclusion des sujets âgés et fragiles dans les essais cliniques évaluant les thérapies ciblées dans le CCRm. D’après une étude sur des données mondiales de pharmacovigilance et la réunion de deux cohortes de terrain de patients traités par thérapies ciblées, nous avons montré que leur effectivité et sécurité d’emploi chez le sujet âgé étaient équivalentes à celles du sujet plus jeune. Dans la cohorte, la fragilité vis-à-vis des effets indésirables graves et du décès était liée aux caractéristiques du CCRm. Enfin, d’après une étude de terrain pilote et une cohorte dans les données de l’Assurance Maladie française, nous avons montré que, chez le sujet âgé, le traitement par médicaments anticancéreux, dont les thérapies ciblées, n’était pas optimal et encore très lié à l’âge des patients. Le rapport bénéfices/risques des thérapies ciblées semble donc positif dans la population âgée atteinte de CCRm actuellement traitée. Cependant, la population âgée traitée ne semble pas encore totalement correspondre à celle qui pourrait bénéficier du traitement.In France, in 2012, patients aged at least 65 years accounted for 71% of the incidence of ColoRectal Cancer (CCR). Since 2005, targeted therapies have been authorized in metastatic CRC (mCRC) and are recommended in first-line in combination with conventional chemotherapy. Given this lack of evaluation of these drugs in the elderly, the objective of this work was the study, in real-life setting, of the use, the benefits and the safety of anticancer drugs, including targeted therapies in elderly and/or frail mCRC patients. A systematic review of the literature confirmed the low inclusion of elderly and frail patients in clinical trials evaluating targeted therapies in the mCRC. According to a study on international pharmacovigilance data and the pooling of two field cohorts of patients treated by targeted therapies, we showed that their effectiveness and safety in the elderly were equivalent to those of the younger. In the cohort, frailty regarding serious adverse events and death was related to the characteristics of the mCRC. Finally, according to a pilot field study and a cohort in the French health insurance data, we have shown that, in the elderly, the treatment with anticancer drugs, including targeted therapies, was not optimal and still very related to the age of the patients. The benefit/risk ratio of targeted therapies therefore seems positive in the elderly population with mCRC currently treated. However, the elderly population treated does not seem to be fully matching with those who would benefit from treatment

    Adaptation automatique des données de prises en charge hospitalières pour une utilisation secondaire en cancérologie

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    Avec la montée en charge de l’informatisation des systèmes d’information hospitaliers, une quantité croissante de données est produite tout au long de la prise en charge des patients. L’utilisation secondaire de ces données constitue un enjeu essentiel pour la recherche ou l’évaluation en santé. Dans le cadre de cette thèse, nous discutons les verrous liés à la représentation et à la sémantique des données, qui limitent leur utilisation secondaire en cancérologie. Nous proposons des méthodes basées sur des ontologies pour l’intégration sémantique des données de diagnostics. En effet, ces données sont représentées par des terminologies hétérogènes. Nous étendons les modèles obtenus pour la représentation de la maladie tumorale, et les liens qui existent avec les diagnostics. Enfin, nous proposons une architecture combinant entrepôts de données, registres de métadonnées et web sémantique. L’architecture proposée permet l’intégration syntaxique et sémantique d’un grand nombre d’observations. Par ailleurs, l’intégration de données et de connaissances (sous la forme d’ontologies) a été utilisée pour construire un algorithme d’identification de la maladie tumorale en fonction des diagnostics présents dans les données de prise en charge. Cet algorithme basé sur les classes de l’ontologie est indépendant des données effectivement enregistrées. Ainsi, il fait abstraction du caractère hétérogène des données diagnostiques initialement disponibles. L’approche basée sur une ontologie pour l’identification de la maladie tumorale, permet une adaptation rapide des règles d’agrégation en fonction des besoins spécifiques d’identification. Ainsi, plusieurs versions du modèle d’identification peuvent être utilisées avec des granularités différentes.With the increasing adoption of Electronic Health Records (EHR), the amount of data produced at the patient bedside is rapidly increasing. Secondary use is there by an important field to investigate in order facilitate research and evaluation. In these work we discussed issues related to data representation and semantics within EHR that need to be address in order to facilitate secondary of structured data in oncology. We propose and evaluate ontology based methods for heterogeneous diagnosis terminologies integration in oncology. We then extend obtained model to enable tumoral disease representation and links with diagnosis as recorded in EHR. We then propose and implement a complete architecture combining a clinical data warehouse, a metadata registry and web semantic technologies and standards. This architecture enables syntactic and semantic integration of a broad range of hospital information System observation. Our approach links data with external knowledge (ontology), in order to provide a knowledge resource for an algorithm for tumoral disease identification based on diagnosis recorded within EHRs. As it based on the ontology classes, the identification algorithm is uses an integrated view of diagnosis (avoiding semantic heterogeneity). The proposed architecture leading to algorithm on the top of an ontology offers a flexible solution. Adapting the ontology, modifying for instance the granularity provide a way for adapting aggregation depending on specific need

    Development of dynamic prognostic tools in localized prostate cancer treated by radiation therapy

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    La prédiction d'un événement clinique à l'aide d'outils pronostiques est une question centrale en oncologie. L'émergence des biomarqueurs mesurés au cours du temps permet de proposer des outils incorporant les données répétées de ces biomarqueurs pour mieux guider le clinicien dans la prise en charge des patients. L'objectif de ce travail est de développer et valider des outils pronostiques dynamiques de rechute de cancer de la prostate, chez des patients traités initialement par radiothérapie externe, en prenant en compte les données répétées du PSA, l'antigène spécifique de la prostate, en plus des facteurs pronostiques standard. Ces outils sont dynamiques car ils peuvent être mis à jour à chaque nouvelle mesure disponible du biomarqueur. Ils sont construits à partir de modèles conjoints pour données longitudinales et de temps d'événement. Le principe de la modélisation conjointe est de décrire l'évolution du biomarqueur à travers un modèle linéaire mixte, décrire le risque d'événement à travers un modèle de survie et lier ces deux processus à travers une structure latente. Deux approches existent, les modèles conjoints à effets aléatoires partagés et les modèles conjoints à classes latentes. Dans un premier travail, nous avons tout d'abord comparé, en terme de qualité d'ajustement et de pouvoir prédictif, des modèles conjoints à effets aléatoires partagés différant par leur forme de dépendance entre le PSA et le risque de rechute clinique. Puis nous avons évalué et comparé ces deux approches de modélisation conjointe. Dans un deuxième travail, nous avons proposé un outil pronostique dynamique différentiel permettant d'évaluer le risque de rechute clinique suivant l'initiation ou non d'un second traitement (un traitement hormonal) au cours du suivi. Dans ces travaux, la validation de l'outil pronostique a été basée sur deux mesures de pouvoir prédictif: le score de Brier et l'entropie croisée pronostique. Dans un troisième travail, nous avons enfin décrit la dynamique des PSA après un second traitement de type hormonal chez des patients traités initialement par une radiothérapie seule.The prediction of a clinical event with prognostic tools is a central issue in oncology. The emergence of biomarkers measured over time can provide tools incorporating repeated data of these biomarkers to better guide the clinician in the management of patients. The objective of this work is to develop and validate dynamic prognostic tools of recurrence of prostate cancer in patients initially treated by external beam radiation therapy, taking into account the repeated data of PSA, the Prostate-Specific Antigen, in addition to standard prognostic factors. These tools are dynamic because they can be updated at each available new measurement of the biomarker. They are built from joint models for longitudinal and time-to-event data. The principle of joint modelling is to describe the evolution of the biomarker through a linear mixed model, describe the risk of event through a survival model and link these two processes through a latent structure. Two approaches exist, shared random-effect models and joint latent class models. In a first study, we first compared in terms of goodness-of-fit and predictive accuracy shared random-effect models differing in the form of dependency between the PSA and the risk of clinical recurrence. Then we have evaluated and compared these two approaches of joint modelling. In a second study, we proposed a differential dynamic prognostic tool to evaluate the risk of clinical recurrence according to the initiation or not of a second treatment (an hormonal treatment) during the follow-up. In these works, validation of the prognostic tool was based on two measures of predictive accuracy: the Brier score and the prognostic cross-entropy. In a third study, we have described the PSA dynamics after a second treatment (hormonal) in patients initially treated by a radiation therapy alone

    Social inequalities impacts of care management and survival in patients with non-hodgkin lymphoma

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    La survie des lymphomes non hodgkiniens (LNH) en population générale s'est améliorée durant la dernière décennie. Pourtant, des disparités persistent, suggérant le rôle de certains facteurs comme les facteurs socio-économiques et des inégalités dans l’accès ou la qualité des soins.Entre 2002 et 2008, 1798 LNH diffus à grandes cellules B et folliculaire ont été diagnostiqués dans 3 registres spécialisés en hématologie (Basse Normandie, Côte d’Or et Gironde). De fortes inégalités territoriales entre les 3 zones registres sont observées concernant le lieu de leur prise en charge, les délais d'initiation au traitement ou la survie, mais aucune association entre le score de défavorisation (EDI) et ces trois critères n'a été mise en évidence.La survie s'est améliorée durant la période d'étude. Cette tendance positive peut être expliquée par l’usage de l'immunothérapie en 1ère ligne. La zone géographique de diagnostic,la spécialité médicale (onco-hématologie vs autres) sont indépendamment associées à une meilleure survie à 5 ans quel que soit l’âge. Enfin, l'amélioration de la survie chez les patients âgés (75-84 ans en particulier) peut s'expliquer par un bilan initial plus complet (TEP scan entrainant un « upstaging ») suivi de traitements plus agressifs.Le temps de déplacement était associé au lieu de prise en charge et à la survie, avec un pronostic défavorable des patients résidant à plus de 15 minutes du centre de référence le plus proche.Malgré les avancées thérapeutiques, de nombreux facteurs non biologiques peuvent affecter le pronostic des patients atteints de LNH. L'expertise des équipes prenant en charge ces maladies semble primordiale pour obtenir une prise en charge optimale.Due to the addition of innovative treatment, survival of non-Hodgkin lymphoma (NHL) increased during the last decade. Nevertheless, disparities persist, suggesting the role of certain factors as socio-economic factors and disparities in the access or the quality of healthcare.Between 2002 and 2008, 1798 Diffuse Large B-cell (DLBCL) and follicular lymphomas werediagnosed in 3 hematological malignancies specialized registries (Basse-Normandie, Côted'Or and Gironde). Important territorial disparities between the 3 registries areas were observed regarding the place of care, the delay of treatment initiation or the survival whatever the age while there was no association with the deprivation score (EDI).The survival improved during the study period. This positive trend could be explained by the use of immunotherapy as 1st line therapy. The geographical area where the patient was diagnosed, the medical specialization (onco-hematology vs others departments) are independently associated with a better 5-years survival whatever the age.Finally, the improvement of the survival in elderly (especially 75-84 years) could be explained by better work up (higher TEP scan use leading to "upstaging") and thus to use more aggressive therapies. Also, the travel time was associated with the place of care and the survival, with a poorer prognosis for patients living more than 15 min from the closest reference center. Despite therapeutic advances, various non biological factors can affect the prognosis ofpatients with lymphomas. The notion of lymphoma-specific expertise seems to be essential to achieve optimal DLBCL care management and reopen the debate of centralization of NHLpatients care in hematology/oncology departments

    Surrogate Endpoints for Overall Survival in Cancer Randomized Controlled Trials

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    Dans les essais cliniques randomisés (ECR) en cancérologie, un critère de substitution est une mesure biologique utilisée à la place d’un critère cliniquement pertinent pour le patient, par exemple la survie globale (SG), qui doit permettre de prédire l’effet attendu du traitement. Des critères alternatifs à la SG, par exemple la survie sans progression, sont de plus en plus fréquemment utilisés en tant que critère de jugement principal dans les ECR. En pratique cependant, les capacités de substitution à la SG de ces critères ne sont pas systématiquement évaluées. Nous avons dressé un état des lieux des critères de substitution validés en cancérologie à partir d’une revue systématique de la littérature. Par la suite, nous avons évalué par une approche méta-analytique des critères de substitution dans le contexte des sarcomes des tissus mous en situation avancée et du cancer du sein en situation adjuvante. Les résultats n’ont pas permis de définitivement valider de critères de substitution à la SG dans ces indications. La SG doit donc rester le critère de jugement principal des ECR, même si certains critères alternatifs restent informatifs dans des évaluations plus précoces (phase II, analyse de futilité), sous réserve que les données de survie continuent à être recueillies. Ce travail fournit des informations clés pour le développement des ECR en cancérologie afin notamment de sélectionner au mieux les critères de jugement de l’efficacité thérapeutique.In cancer randomized controlled trials (RCT), a surrogate endpoint is intended to substitute a clinically relevant endpoint, e.g. overall survival (OS), and it is supposed to predict treatment effect. Alternative endpoints, for example progression-free survival, are increasingly being used in place of OS as primary efficacy endpoints in RCTs. In practice however, the surrogate properties of these endpoints are not systematically assessed. We performed a systematic literature review to identify surrogate endpoints validated in oncology. We next conducted MAs to evaluate surrogate endpoints in two cancer settings: advanced soft-tissue sarcoma and adjuvant breast cancer. Results could not definitely validate surrogate endpoints in these indications. OS must remain the primary efficacy endpoint in these settings, even though alternative endpoints may provide valuable input in earlier phase studies (phase II trials, futility analyses). This work provides key information for the design of cancer RCTs, in particular for the choice of primary endpoints to assess treatment efficacy

    «Caracterisation of 7 human cells lines of bladder cancer for the main markers of EMT, Twist1 and E-cadherin, and for a new drug, Saracatinib»

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    Le cancer de la vessie représente le 4ième cancer en terme d’incidence. La mortalité de ce cancer est principalement due à la formation de métastases secondaires. Actuellement, aucun des médicaments disponibles sur le marché ne permet d’éviter la rechute ni de contrôler la dissémination métastatique. L’enjeu thérapeutique principal dans ce cancer est donc le contrôle de la dissémination métastatique. Le mécanisme de formation des métastases est connu et implique la transition épithélio-mésenchymateuse (EMT) qui permet aux cellules épithéliales d’acquérir les caractéristiques des cellules mésenchymateuse, ainsi que la capacité d’invasion. Dans ce travail, nous nous sommes posés 2 questions. Twist1 protéine connue comme régulateur central dans l’EMT, peut-elle être une cible pronostique et pharmacologique dans le cancer de la vessie ? L’utilisation d’un nouvel anti-invasif le saracatinib, peut il être un nouveau traitement dans le cancer de la vessie. Pour répondre à ces questions, nous avons caractérisé nos lignées de cancer de vessie, pour la protéine Twist1, mais aussi pour les principaux marqueurs de l’EMT (E-cadhérine, N-cadhérine, vimentine). Puis nous avons testé pharmacologiquement (cytotoxicité et invasivité) nos lignées pour le saracatinib. L’expression de la molécule Twist1 a été décevante, seulement une lignée exprime Twist1, de manière faible, et non homogène. Twist n’est donc pas une cible potentielle dans le cancer de la vessie. La sensibilité d’un point de vue cytotoxique au saracatinib est liée à l’expression de la E-cadhérine. Cependant il n’existe pas de relation entre l’expression de la E-cadhérine et l’action anti-invasive du saracatinib. Toutes les lignées sont sensibles. Dans la lignée SD48 (E-cadhérine positive), il y a une augmentation de la protéine E-cadhérine, ainsi qu’une nette relocalisation à la membrane sous traitement saracatinib. La voie du saracatinib semble passer par la E-cadherine, mais cette dernière n’explique pas en totalité son action.Bladder cancer is the 4th cancer in the world. The mortality is principally caused by metastatic dissemination. Currently, no medicine can controle the relapse, and the metastatic dissemination. The principal therapeutic stategy is the contrôle of dissemination. Le mecanisme of metastate synthesis is knowed, and implicate the epithelial to mesenchymal transition (EMT) who change epithelial cells in mesenchymental cell and acquisition of invasivity. In this work, 2 questions are asking. The Twist1 protein who‘s a central regulator of EMT, can be a new prognostic, diagnostic, and therapeutic target in bladder cancer ? The use of a new anti-invasif drug saracatinib, can be a new treatment in the bladder cancer. To answer at this questions, we carcaterise your cells lines for Twist1 and main EMT marquers (E-cadhérine, N-cadhérine, vimentine). Than we test pharmacology response (cytotoxicity and anti-invasivity) of cells lines for saracatinib. The Twist1 expression is very disappointing, only one cells line is expressing Twist1, poorly, and non homogenous. Twist1 is not a good target in bladder cancer. The cytotoxic sensibility is linked to E-cadherin expression. However, there is no relation between E-cadherin expression and anti-invasive action for saracatinib. All the cells lines are sensitive. In the cells line SD48 (E-cadherin positive), there is an increase of E-cadherin protein, and a localisation at the membrane under saracatinib treatment. The saracatinib seem to use E-cadherin pathway, but thys way not expliquate all the action
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