1,213 research outputs found

    Exploring complex protein-ligand recognition mechanisms with coarse metadynamics

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    The metadynamics method has been shown to be a valuable tool to study the mechanism of molecular recognition in atomistic detail [Gervasio, F. L.; et al. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2600]. However, it requires an a priori knowledge of all slow degrees of freedom relevant to the docking/undocking mechanism. Here we investigate a combination of docking/clustering with metadynamics performed with a subset of the necessary degrees of freedom (coarse metadynamics), and show that it provides a full mechanistic insight on the protein-ligand docking mechanism. Moreover, the proposed protocol is able to clearly distinguish between crystallographic and noncrystallographic poses of protein-ligand complexes, and also to find the transition state of the full undocking mechanism, thus giving an indication on the binding free energy

    Informal Power in the Greater Middle East: Hidden Geographies

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    Over the last decade or so, academic and non-academic observers have focussed mainly, if not exclusively on the institutions and places of formal power in the Greater Middle East, depicting politics in the region as a small area limited to local authoritarian rulers.In contrast, this book aims to explore the ‘hidden geographies’ of power, i.e. the political dynamics developing inside, in parallel to, and beyond institutional forums; arguing that these hidden geographies play a crucial role, both in support of and in opposition to official power. By observing less frequented spaces of power, co-option, and negotiation, and particularly by focusing on the interplay between formal and informal power, this interdisciplinary collection provides new insights in the study of the intersection between policy-making and practical political dynamics in the Greater Middle East.Contributing a fresh perspective to a much-discussed topic, Informal Power in the Greater Middle East will be an invaluable resource for students, scholars and those interested in the politics of the region

    I mss. Gervasio : schede umanistiche

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    Tra i mss. del Gervasio e il corposo carteggio si ritrovano non pochi riferimenti agli autori napoletani gravitanti attorno all'Accademia Pontaniana: Ga- briele Altilio, Girolamo Britonio, Elisio Calenzio, il Cariteo, Angelo Colocci, Antonio Epicuro, Giovan Berardino Fuscano, Francesco Galeota, Notturno Na- poletano, Giovanni Pontano, Jacopo Sannazaro, Luigi Tansillo, e tanti altri, che, con lo storico Pietro Summonte, costituiscono le personalità di rilievo della cul- tura partenopea della prima metà del Cinquecento, che il Gervasio tentò di porre in luce attraverso la redazione di schede biobibliografiche dei singoli autori. In quelle schede ci sono ancora utili riferimenti a mss. o a opere andate ormai disperse, che attendono giovani studiosi della letteratura partenopea del Cinquecento. Ma anche dei secoli successivi.The Gervasio manuscripts and the relevant weighty correspondence contain numerous references to Neapolitan authors gravitating around the Accademia Pontaniana and that especially in the first half of the Sixteenth century made a significant contribution to poetry writing in Naples. Gabriele Altilio, Girolamo Britonio, Elisio Calenzio, Cariteo, Angelo Colocci, Antonio Epicuro, Giovan Berardino Fuscano, Francesco Galeota, Notturno Napoletano, Giovanni Pontano, Jacopo Sannazaro, Luigi Tansillo and many others who, alongside the historian Pietro Summonte, constitute the major figures of Neapolitan culture in the first half of the Sixteenth century which Gervasio attempted to describe via bio-bibliographical dossiers for each author. These dossiers also offer useful information concerning lost manuscripts or works, awaiting young scholars of Sixteenth-century Neapolitan literature. But also of the succeeding centuries

    Le politiche della regione Marche per il paesaggio. Valutazione e impatto nell'area del Moltefeltro

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    L'articolo riporta alcuni risultati di una ricerca realizzata dall’Unità dell’Università degli Studi di Urbino “Carlo Bo”, coordinata da Gervasio Antonelli, nel quadro del progetto di ricerca biennale finanziato dal Ministero dell’Istruzione, dell’Università e della Ricerca (PRIN 2003) intitolato Gli interventi paesaggistico-ambientali nelle politiche regionali di sviluppo rurale (IPAPoRe) (coordinatore nazionale Prof. Francesco Marangon). I risultati complessivi della ricerca sono stati pubblicati nel volume curato da Gervasio Antonelli e Elena Viganò (2007), Agricoltura e paesaggio nella Regione Marche, FrancoAngeli, Milano. Il capitolo propone una lettura del paesaggio e una valutazione delle politiche che la Regione Marche ha messo a punto in materia di assetto del territorio e tutela del paesaggio e, presenta un’analisi paesaggistica di un’area del Montefeltro. L’analisi affronta, in primo luogo, l’evoluzione dei modelli di agricoltura della Regione Marche e il loro impatto sul paesaggio rurale marchigiano. A tal fine, viene condotta una lettura del paesaggio in chiave storico-descrittiva, che mira ad evidenziare le trasformazioni avvenute negli ultimi decenni a carico del territorio marchigiano, a seguito dei mutamenti dello scenario socio-economico e della politica agraria (comunitaria, nazionale e regionale) e a individuare gli elementi che tipizzano il paesaggio rurale delle regione, da sottoporre a valutazione. Il lavoro analizza, quindi, la normativa della Regione Marche in materia di assetto del territorio e tutela del paesaggio e di politica agraria. Per quanto riguarda le misure di politica agraria, l’articolo si sofferma, in particolare, sul Reg. (CEE) n. 2078/92 e sulla misura F del Reg. (CE) n. 1257/99. Si tratta di provvedimenti introdotti dalla riforma della politica agricola comunitaria del 1992 (riforma MacSharry) finalizzati a promuovere forme di conduzione dei terreni agricoli compatibili con la tutela e con il miglioramento dell’ambiente, del paesaggio e delle sue caratteristiche, delle risorse naturali, del suolo e della biodiversità. Nell’analisi delle politiche, una particolare attenzione è stata rivolta alla valutazione dell’efficacia delle diverse misure previste dal Reg. (CEE) n. 2078/92 e dalla misura F del Reg. (CE) n, 1257/99. La loro valutazione è stata condotta sia in termini di capacità di realizzazione delle misure previste dai Regolamenti comunitari in termini di numero di agricoltori coinvolti e di spesa pubblica, sia in termini di confronto tra politica realizzata e politica socialmente desiderata. Nel primo caso, per il periodo 2000-2004, sono stati considerati sia i dati relativi al numero di contratti stipulati con gli agricoltori per la realizzazione delle misure previste dai Regolamenti, sia gli impegni di spesa pubblica e i relativi pagamenti. Nel secondo caso, l’articolo presenta i risultati di un’analisi di valutazione contingente volta a stimare il valore che la collettività attribuisce alla conservazione e alla valorizzazione del paesaggio, che si configura come un bene pubblico puro. Analisi, questa, che mira a verificare la rispondenza delle azioni di politica agroambientale dirette a sostenere gli agricoltori per la fornitura di tale servizio a quanto socialmente desiderato. L’analisi, che è stata condotta attraverso la somministrazione di un apposito questionario a un campione di 500 persone residenti nella Regione Marche, evidenzia come la collettività mostri un elevato interesse per la conservazione del paesaggio e, quindi, per l’implementazione delle misure agroambientali previste dalla politica per il paesaggio della Regione Marche e dalla politica agraria comunitaria. Accanto a questo interesse generale, l’analisi mette in luce anche la presenza di una diffusa sensibilità da parte degli intervistati verso i problemi specifici che interessano il territorio marchigiano e, in particolare, verso quello dell’erosione e del dissesto idrogeologico. Infine, l’articolo illustra i risultati di un’analisi paesaggistica circoscritta all’area del Montefeltro e, in particolare, a una parte del territorio comunale di Urbino, ritenuto rappresentativo della varietà delle caratteristiche del paesaggio marchigiano. Infatti, nella zona in questione, si rinviene la compresenza di tutti gli ambiti utili alla ricerca, quali settori montani boscati, alto collinari agricoli e aree di pianura, con forti pressioni antropiche. L’analisi è basata sull’elaborazione delle matrici (ovvero di grandi categorie tematiche dalla cui interrelazione deriva il paesaggio), sulla individuazione delle Unità di paesaggio e degli ambiti paesistici e sulla conseguente assegnazione di giudizi di valore per ciascun ambito. Per ognuna delle macro Unità di paesaggio individuate, conformemente alle procedure di analisi del paesaggio e alle disposizioni in materia di paesaggio introdotte dal Codice per i beni culturali e il paesaggio (D. Lgs. N. 42 del 22 gennaio 2004), l’articolo sintetizza i giudizi di valore, gli obiettivi da perseguire e gli interventi ritenuti necessari per mantenere o accrescere la qualità dei paesaggi rilevati
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