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Otimiza??o e an?lise de algoritmos de ordenamento de redes proteicas
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Previous issue date: 2014-02-25Analysis by Transcriptogram was developed as a solution to noise reduction, usually present in the microarray measuring technique of the Transcriptome, and has demonstrated potential to be applied as a method of disease diagnostics. The noise reduction in the measure is achived by the protein interaction network ordering, allowing gene expression analysis in whole genome scale. The Transcriptogram's efficiency to noise reduction was analyzed, however, it still lacks an analisys of the ordering quality, so that the best parameter setting for the ordering algorithm is used by the Transcriptogram. So far, this analysis is hindered by the high runtime of the ordering algorithm. In this work, an analysis of the ordering algorithm stages allows some optimizations, and consequent reduction in execution time, also allowing further analysis on which parameters settings have the greatest influence on the ordering quality. Applying the Transcriptogram to a diagnostic problem, the diagnostic measure is used to characterize the influence of the parameters of the ordering algorithm to achive better diagnoses. The results show that the protein network used in previous works doesn't produce the best diagnostics. Moreover, the ordering minimization, achieved by executing the ordering algorithm for longer periods, does not necessarily increase the probability to find better diagnosis compared to random ordering. Eventhough the experimental diagnostic results could not statistically difFerentiate random ordering from optimized ordering, these results cannot be considered conclusive since a single disease has been evaluated.A an?lise por Transcriptograma foi desenvolvida como uma solu??o para a redu??o de ru?do, comum nas medidas do Transcriptoma provenientes da t?cnica de microarranjo, e tem demonstrando potencial se aplicada como m?todo para diagn?sticos de doen?as. A redu??o do ru?do existente nas medidas se d? pelo ordenamento da rede de intera??es proteicas do organismo, permitindo a an?lise da express?o g?nica em escala de genoma completo. A efici?ncia do Transcriptograma para a redu??o do ru?do j? foi analisada, entretanto, ainda carece a avalia??o da qualidade do ordenamento, definindo para isso, amelhor configura??o de par?metros para o algoritmo de ordenamento utilizado pelo Transcriptograma. At? o momento, essa an?lise ? dificultada pelo elevado tempo de execu??o do algoritmo de ordenamento. Neste trabalho, uma an?lise das etapas do algoritmo de ordenamento possibilita a realiza??o de otimiza??es, e consequente redu??o no tempo de execu??o, al?m de permitir a an?lise mais aprofundadadas configura??es dos par?metros que tem maior influ?ncia na qualidade do ordenamento. Aplicando o Transcriptograma a um problema de diagn?stico, utiliza-se a medida do diagn?stico para caracterizar a influ?ncia dos par?metros do algoritmo de ordenamento na obten??o de melhores diagn?sticos. Observa-se nos resultados, que a rede proteica utilizada em trabalhos anteriores n?o apresenta os melhores diagn?sticos. Al?m disso, a minimiza??o do ordenamento, alcan?ada por meio da execu??o prolongada do algoritmo de ordenamento, n?o necessariamente aumenta a probabilidade de encontrar um melhor diagn?stico comparado com o ordenamento aleat?rio. Mesmo que os resultados experimentais com o diagn?stico n?o diferenciem estatisticamente o ordenamento aleat?ria do ordenamento otimizado, estes resultados n?o podem ser considerados conclusivos pois uma ?nica doen?a foi avaliada
More than a timing resilient template: a case study on reliability-oriented improvements on blade
Get PDFÀ medida que o projeto de VLSI avança para tecnologias ultra submicron, as margens de atraso adicionadas para compensar variabilidades de processo de fabricação, temperatura de operação e tensão de alimentação, tornam-se uma parte significativa do período de relógio em circuitos síncronos tradicionais. As arquiteturas resilientes a variações de atraso surgiram como uma solução promissora para aliviar essas margens de tempo projetadas para o pior caso, melhorando o desempenho do sistema e reduzindo o consumo de energia. Essas arquiteturas incorporam circuitos adicionais para detecção e recuperação de violações de atraso que podem surgir ao projetar o circuito com margens de tempo menores. Os sistemas assíncronos apresentam potencial para melhorar a eficiência energética e o desempenho devido à ausência de um sinal de relógio global. Além disso, os circuitos assíncronos são conhecidos por serem robustos a variações de processo, tensão e temperatura. Blade é um modelo que incorpora as vantagens de projeto assíncrono e resilientes a variações de atraso. No entanto, o Blade ainda apresenta desafios em relação à sua testabilidade, o que dificulta sua aplicação comercial ou em larga escala. Embora o projeto visando testabilidade com Scan seja amplamente utilizado na indústria, os altos custos de silício associados com o seu uso no Blade podem ser proibitivos. Por outro lado, os circuitos assíncronos podem apresentar vantagens para testes funcionais, enquanto o circuito resiliente fornece feedback contínuo durante o funcionamento normal do circuito, uma característica que pode ser aplicada para testes concorrentes.Nesta Tese, a testabilidade do Blade é avaliada sob uma perspectiva diferente, onde o circuito implementado com o Blade apresenta propriedades de confiabilidade que podem ser exploradas para testes. Inicialmente, um método de classificação de falhas que relaciona padrões comportamentais com falhas estruturais dentro da lógica de detecção de erro e uma nova implementação orientada para teste desse módulo de detecção são propostos. A parte de controle é analisada para falhas internas, e um novo projeto é proposto, onde o teste é melhorado e o circuito pode ser otimizado pelo fluxo de projeto. Um método original de medição de tempo das linhas de atraso também é abordado. Finalmente, o teste de falhas de atrasos em caminhos críticos do caminho de dados é explorado como uma consequência natural de um circuito implementado com Blade, onde o monitoramento contínuo para detecção de violações de atraso fornece a informação necessária para a detecção concorrente de violações que extrapolam a capacidade de recuperação do circuito resiliente. A integração de todas as contribuições fornece uma cobertura de falha satisfatória para um custo de área que, para os circuitos avaliados nesta Tese, pode variar de 4,24% a 6,87%, enquanto que a abordagem Scan para os mesmos circuitos apresenta custo que varia de 50,19% a 112,70% em área, respectivamente. As contribuições desta Tese demonstraram que, com algumas melhorias na arquitetura do Blade, é possível expandir sua confiabilidade para além de um sistema de tolerância a violações de atraso no caminho de dados, e também um avanço para teste de falhas (inclusive falhas online) de todo o circuito, bem como melhorar seu rendimento, e lidar com questões de envelhecimento.As the VLSI design moves into ultra-deep-submicron technologies, timing margins added due to variabilities in the manufacturing process, operation temperature and supply voltage become a significant part of the clock period in traditional synchronous circuits. Timing resilient architectures emerged as a promising solution to alleviate these worst-case timing margins, improving system performance and/or reducing energy consumption. These architectures embed additional circuits for detecting and recovering from timing violations that may arise after designing the circuit with reduced time margins. Asynchronous systems, on the other hand, have a potential to improve energy efficiency and performance due to the absence of a global clock. Moreover, asynchronous circuits are known to be robust to process, voltage and temperature variations. Blade is an asynchronous timing resilient template that leverages the advantages of both asynchronous and timing resilient techniques. However, Blade still presents challenges regarding its testability, which hinders its commercial or large-scale application. Although the design for testability with scan chains is widely applied in the industry, the high silicon costs associated with its use in Blade can be prohibitive. Asynchronous circuits can also present advantages for functional testing, and the timing resilient characteristic provides continuous feedback during normal circuit operation, which can be applied for concurrent testing.In this Thesis, Blade’s testability is evaluated from a different perspective, where circuits implemented with Blade present reliability properties that can be explored for stuck-at and delay faults testing. Initially, a fault classification method that relates behavioral patterns with structural faults inside the error detection logic and a new test-driven implementation of this detection module are proposed. The control part is analyzed for internal faults, and a new design is proposed, where the test coverage is improved and the circuit can be further optimized by the design flow. An original method for time measuring delay lines is also addressed. Finally, delay fault testing of critical paths in the data path is explored as a natural consequence of a Blade circuit, where the continuous monitoring for detecting timing violations provide the necessary feedback for online detection of these delay faults. The integration of all the contributions provides a satisfactory fault coverage for an area overhead that, for the evaluated circuits in this thesis, can vary from 4.24% to 6.87%, while the scan approach for the same circuits implies an area overhead varying from 50.19% to 112.70%, respectively. The contributions of this Thesis demonstrated that with a few improvements in the Blade architecture it is possible to expand its reliability beyond a timing resilient system to delay violations in the data path, but also advances for fault testing (including online faults) of the entire circuit, yield, and aging
Otimização e análise de algoritmos de ordenamento de redes proteicas
No full textA análise por Transcriptograma foi desenvolvida como uma solução para a redução de ruído, comum nas medidas do Transcriptoma provenientes da técnica de microarranjo, e tem demonstrando potencial se aplicada como método para diagnósticos de doenças. A redução do ruído existente nas medidas se dá pelo ordenamento da rede de interações proteicas do organismo, permitindo a análise da expressão gênica em escala de genoma completo. A eficiência do Transcriptograma para a redução do ruído já foi analisada, entretanto, ainda carece a avaliação da qualidade do ordenamento, definindo para isso, amelhor configuração de parâmetros para o algoritmo de ordenamento utilizado pelo Transcriptograma. Até o momento, essa análise é dificultada pelo elevado tempo de execução do algoritmo de ordenamento. Neste trabalho, uma análise das etapas do algoritmo de ordenamento possibilita a realização de otimizações, e consequente redução no tempo de execução, além de permitir a análise mais aprofundadadas configurações dos parâmetros que tem maior influência na qualidade do ordenamento. Aplicando o Transcriptograma a um problema de diagnóstico, utiliza-se a medida do diagnóstico para caracterizar a influência dos parâmetros do algoritmo de ordenamento na obtenção de melhores diagnósticos. Observa-se nos resultados, que a rede proteica utilizada em trabalhos anteriores não apresenta os melhores diagnósticos. Além disso, a minimização do ordenamento, alcançada por meio da execução prolongada do algoritmo de ordenamento, não necessariamente aumenta a probabilidade de encontrar um melhor diagnóstico comparado com o ordenamento aleatório. Mesmo que os resultados experimentais com o diagnóstico não diferenciem estatisticamente o ordenamento aleatória do ordenamento otimizado, estes resultados não podem ser considerados conclusivos pois uma única doença foi avaliada.Analysis by Transcriptogram was developed as a solution to noise reduction, usually present in the microarray measuring technique of the Transcriptome, and has demonstrated potential to be applied as a method of disease diagnostics. The noise reduction in the measure is achived by the protein interaction network ordering, allowing gene expression analysis in whole genome scale. The Transcriptogram's efficiency to noise reduction was analyzed, however, it still lacks an analisys of the ordering quality, so that the best parameter setting for the ordering algorithm is used by the Transcriptogram. So far, this analysis is hindered by the high runtime of the ordering algorithm. In this work, an analysis of the ordering algorithm stages allows some optimizations, and consequent reduction in execution time, also allowing further analysis on which parameters settings have the greatest influence on the ordering quality. Applying the Transcriptogram to a diagnostic problem, the diagnostic measure is used to characterize the influence of the parameters of the ordering algorithm to achive better diagnoses. The results show that the protein network used in previous works doesn't produce the best diagnostics. Moreover, the ordering minimization, achieved by executing the ordering algorithm for longer periods, does not necessarily increase the probability to find better diagnosis compared to random ordering. Eventhough the experimental diagnostic results could not statistically difFerentiate random ordering from optimized ordering, these results cannot be considered conclusive since a single disease has been evaluated
More than a timing resilient template : a case study on reliability-oriented improvements on blade
No full textSubmitted by PPG Ci?ncia da Computa??o ([email protected]) on 2018-05-21T13:19:36Z
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FELIPE_AUGUSTO_KUENTZER_TES.pdf: 3277301 bytes, checksum: 7e77c5eb72299302d091329bde56b953 (MD5)Made available in DSpace on 2018-06-01T12:33:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2018-03-28? medida que o projeto de VLSI avan?a para tecnologias ultra submicron, as margens
de atraso adicionadas para compensar variabilidades de processo de fabrica??o, temperatura de opera??o e tens?o de alimenta??o, tornam-se uma parte significativa do per?odo de rel?gio em circuitos s?ncronos tradicionais. As arquiteturas resilientes a varia??es de atraso surgiram como uma solu??o promissora para aliviar essas margens de tempo projetadas para o pior caso, melhorando o desempenho do sistema e reduzindo o consumo de energia. Essas arquiteturas incorporam circuitos adicionais para detec??o e recupera??o de viola??es de atraso que podem surgir ao projetar o circuito com margens de tempo menores. Os sistemas ass?ncronos apresentam potencial para melhorar a efici?ncia energ?tica e o desempenho devido ? aus?ncia de um sinal de rel?gio global. Al?m
disso, os circuitos ass?ncronos s?o conhecidos por serem robustos a varia??es de processo, tens?o e temperatura. Blade ? um modelo que incorpora as vantagens de projeto ass?ncrono e resilientes a varia??es de atraso. No entanto, o Blade ainda apresenta desafios em rela??o ? sua testabilidade, o que dificulta sua aplica??o comercial ou em larga escala. Embora o projeto visando testabilidade com Scan seja amplamente utilizado na ind?stria, os altos custos de sil?cio associados com o seu uso no Blade podem ser proibitivos. Por outro lado, os circuitos ass?ncronos podem apresentar vantagens para testes funcionais, enquanto o circuito resiliente fornece feedback cont?nuo durante o funcionamento normal do circuito, uma caracter?stica que pode ser aplicada para testes concorrentes. Nesta Tese, a testabilidade do Blade ? avaliada sob uma perspectiva diferente, onde o circuito implementado com o Blade apresenta propriedades de confiabilidade que podem ser exploradas para testes. Inicialmente, um m?todo de classifica??o de falhas que relaciona padr?es comportamentais com falhas estruturais dentro da l?gica de detec??o de erro e uma nova implementa??o orientada para teste desse m?dulo de detec??o s?o propostos. A parte de controle ? analisada para falhas internas, e um novo projeto ? proposto, onde o teste ? melhorado e o circuito pode ser otimizado pelo
fluxo de projeto. Um m?todo original de medi??o de tempo das linhas de atraso tamb?m ? abordado.
Finalmente, o teste de falhas de atrasos em caminhos cr?ticos do caminho de dados ? explorado como uma consequ?ncia natural de um circuito implementado com Blade, onde o monitoramento cont?nuo para detec??o de viola??es de atraso fornece a informa??o necess?ria para a detec??o concorrente de viola??es que extrapolam a capacidade de recupera??o do circuito resiliente. A integra??o de todas as contribui??es fornece uma cobertura de falha satisfat?ria para um custo de ?rea que, para os circuitos avaliados nesta Tese, pode variar de 4,24% a 6,87%, enquanto que a abordagem Scan para os mesmos circuitos apresenta custo que varia de 50,19% a 112,70% em ?rea, respectivamente.
As contribui??es desta Tese demonstraram que, com algumas melhorias na arquitetura do Blade, ? poss?vel expandir sua confiabilidade para al?m de um sistema de toler?ncia a viola??es de atraso no caminho de dados, e tamb?m um avan?o para teste de falhas (inclusive falhas online) de todo o circuito, bem como melhorar seu rendimento, e lidar com quest?es de envelhecimento.As the VLSI design moves into ultra-deep-submicron technologies, timing margins added due to variabilities in the manufacturing process, operation temperature and supply voltage become a significant part of the clock period in traditional synchronous circuits. Timing resilient architectures emerged as a promising solution to alleviate these worst-case timing margins, improving system performance and/or reducing energy consumption. These architectures embed additional circuits for detecting and recovering from timing violations that may arise after designing the circuit with reduced time margins. Asynchronous systems, on the other hand, have a potential to improve energy efficiency and performance due to the absence of a global clock. Moreover, asynchronous circuits are known to be robust to process, voltage and temperature variations. Blade is an asynchronous timing resilient template that leverages the advantages of both asynchronous and timing resilient techniques. However, Blade still presents challenges regarding its testability, which hinders its commercial or large-scale application. Although the design for testability with scan chains is widely applied in the industry, the high silicon costs associated with its use in Blade can be prohibitive. Asynchronous circuits can also present advantages for functional testing, and the timing resilient characteristic provides continuous feedback during normal circuit operation, which can be applied for concurrent testing. In this Thesis, Blade?s testability is evaluated from a different perspective, where circuits implemented with Blade present reliability properties that can be explored for stuck-at and delay faults testing. Initially, a fault classification method that relates behavioral patterns with structural faults inside the error detection logic and a new test-driven implementation of this detection module are proposed. The control part is analyzed for internal faults, and a new design is proposed, where the test coverage is improved and the circuit can be further optimized by the design flow. An original method for time measuring delay lines is also addressed. Finally, delay fault testing of critical paths in the data path is explored as a natural consequence of a Blade circuit, where the continuous monitoring for detecting timing violations provide the necessary feedback for online detection of these delay faults. The integration of all the contributions provides a satisfactory fault coverage for an area overhead that, for the evaluated circuits in this thesis, can vary from 4.24% to 6.87%, while the scan approach for the same circuits implies an area overhead varying from 50.19% to 112.70%, respectively. The contributions of this Thesis demonstrated that with a few improvements in the Blade architecture it is possible to expand its reliability beyond a timing resilient system to delay violations in the data path, but also advances for fault testing (including online faults) of the entire circuit, yield, and aging
Otimização e análise de algoritmos de ordenamento de redes proteicas
No full textA análise por Transcriptograma foi desenvolvida como uma solução para a redução de ruído, comum nas medidas do Transcriptoma provenientes da técnica de microarranjo, e tem demonstrando potencial se aplicada como método para diagnósticos de doenças. A redução do ruído existente nas medidas se dá pelo ordenamento da rede de interações proteicas do organismo, permitindo a análise da expressão gênica em escala de genoma completo. A eficiência do Transcriptograma para a redução do ruído já foi analisada, entretanto, ainda carece a avaliação da qualidade do ordenamento, definindo para isso, amelhor configuração de parâmetros para o algoritmo de ordenamento utilizado pelo Transcriptograma. Até o momento, essa análise é dificultada pelo elevado tempo de execução do algoritmo de ordenamento. Neste trabalho, uma análise das etapas do algoritmo de ordenamento possibilita a realização de otimizações, e consequente redução no tempo de execução, além de permitir a análise mais aprofundadadas configurações dos parâmetros que tem maior influência na qualidade do ordenamento. Aplicando o Transcriptograma a um problema de diagnóstico, utiliza-se a medida do diagnóstico para caracterizar a influência dos parâmetros do algoritmo de ordenamento na obtenção de melhores diagnósticos. Observa-se nos resultados, que a rede proteica utilizada em trabalhos anteriores não apresenta os melhores diagnósticos. Além disso, a minimização do ordenamento, alcançada por meio da execução prolongada do algoritmo de ordenamento, não necessariamente aumenta a probabilidade de encontrar um melhor diagnóstico comparado com o ordenamento aleatório. Mesmo que os resultados experimentais com o diagnóstico não diferenciem estatisticamente o ordenamento aleatória do ordenamento otimizado, estes resultados não podem ser considerados conclusivos pois uma única doença foi avaliada.Analysis by Transcriptogram was developed as a solution to noise reduction, usually present in the microarray measuring technique of the Transcriptome, and has demonstrated potential to be applied as a method of disease diagnostics. The noise reduction in the measure is achived by the protein interaction network ordering, allowing gene expression analysis in whole genome scale. The Transcriptogram's efficiency to noise reduction was analyzed, however, it still lacks an analisys of the ordering quality, so that the best parameter setting for the ordering algorithm is used by the Transcriptogram. So far, this analysis is hindered by the high runtime of the ordering algorithm. In this work, an analysis of the ordering algorithm stages allows some optimizations, and consequent reduction in execution time, also allowing further analysis on which parameters settings have the greatest influence on the ordering quality. Applying the Transcriptogram to a diagnostic problem, the diagnostic measure is used to characterize the influence of the parameters of the ordering algorithm to achive better diagnoses. The results show that the protein network used in previous works doesn't produce the best diagnostics. Moreover, the ordering minimization, achieved by executing the ordering algorithm for longer periods, does not necessarily increase the probability to find better diagnosis compared to random ordering. Eventhough the experimental diagnostic results could not statistically difFerentiate random ordering from optimized ordering, these results cannot be considered conclusive since a single disease has been evaluated
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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