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Processed data from "Chromatin information content landscapes inform transcription factor and DNA interactions"
No full textChromatin information content landscapes inform transcription factor and DNA interactions
Authors: Ricardo D’Oliveira Albanus, Yasuhiro Kyono, John Hensley, Arushi Varshney, Peter Orchard, Jacob O. Kitzman, Stephen C. J. Parker
https://doi.org/10.1101/777532
This record contains the processed data used in our manuscript. For instructions on how to use or regenerate this data, please refer to https://github.com/ParkerLab/chromatin_information.</p
Jacob Viner’s Reminiscences from the New Deal (February 11, 1953)
No full textThis paper presents and reproduces an unpublished oral history interview given by Jacob Viner in 1953. The interview released by Viner for the Columbia Oral History Project gives us a valuable opportunity to throw light on his advisory activity during the New Deal Era. In our introduction we attempt to make a critical appraisal of Viner's reminiscences and to state the contribution they can provide to our general knowledge of the period. In addition, we also attempt to find out some biographical and interpretative elements useful to understand Viner’s own vision and his contribution to important economic policy processes during the New Deal.
Computational prediction of ribonucleic acid-based gene regulatory mechanisms in human and Tetrahymena
No full textThesis (M. Eng.)--Massachusetts Institute of Technology, Dept. of Electrical Engineering and Computer Science, 2006.Includes bibliographical references.The diversity and profound impact of gene regulation mediated by small RNAs (sRNAs) is just beginning to come into focus. RNA interference (RNAi) pathways have been shown to mediate processes such as genomic rearrangement in ciliates and developmental timing and tissue differentiation in plants and animals. Here we present a computational study into the function of two distinct classes of sRNAs. In the first section, we examine an uncharacterized class of sRNAs isolated from the ciliate Tetrahymena thermophila, present functional comparison to known classes of sRNAs in other organisms, and note a strong and specific relationship to a novel sequence motif. In the second section, we examine the evolutionary impact of microRNAs (miRNAs), which mediate potent post-transcriptional repression on their targets. We observe that miRNAs with tissue-specific expression exert remarkable evolutionary pressure, compelling many preferentially coexpressed genes to avoid accumulating target sites. We present tissue-specific patterns of such target depletion and note strong agreement with experimentally obtained miRNA expression patterns. Conversely, we report enrichment for targeting among genes with expression patterns spatially or temporally complementary to the miRNAs', suggesting a widespread role of tissue identity maintenance for miRNA-mediated regulation.by Jacob O. Kitzman.M.Eng
Do tear à tela: uma tessitura de linguagens e sentidos para o processo de aprendência
No full textTese (doutorado) - Univesidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Produção.A tese denominada Do Tear à Tela uma tessitura de linguagens e sentidos para o processo de aprendência aponta para um fazer pedagógico em cujo contexto a tecnologia e a linguagem, em suas mais variadas formas de expressão, são elementos estruturantes da cognição e da subjetividade. Um fazer no qual a totalidade pode ser vista, apreendida, reordenada de forma mais ampla e significativa. Realiza experiências voltadas para as articulações possíveis entre a tecnologia de Comunicação Digital e a linguagem, procurando, em relação a essa última, abarcar, pela exploração de seu potencial, as várias dimensões em que se constitui, bem como entre os sentidos produzidos em seu emprego em sala de aula, entrelaçando nessa tessitura palavras, imagens, formas, cores, sons, movimento, multimídia, ciberespaço como caminhos possíveis à condução de novas práticas de Aprendência no espaço educacional da cibercultura aberta para a pluralidade de sentidos. Repensa o fazer pedagógico como o espaço onde as novas relações simbólicas entre sujeitos, instituições de ensino e sociedade devem ser redimensionadas a partir da atuação interativa entre humanos e não-humanos. Apresenta ainda aplicativos pedagógicos produzidos com base neste outro modo do fazer pedagógico realizado como pesquisa-ação no Laboratório de Novas Tecnologias (LANTEC) da UFSC, como também o exercício do entrelaçamento entre o discurso científico, o discurso da pesquisadora e o discurso proferido pelos aprendentes durante as vivências educativas das quatro turmas de Tecnologia de Comunicação Digital e Transposição Didática (TCD) no lócus virtual real do Atelier que se atualizou e se atualiza cotidianamente no LANTEC e na vida de cada aprendente
Benchmarking splice variant prediction algorithms using massively parallel splicing assays
No full textAbstract Background Variants that disrupt mRNA splicing account for a sizable fraction of the pathogenic burden in many genetic disorders, but identifying splice-disruptive variants (SDVs) beyond the essential splice site dinucleotides remains difficult. Computational predictors are often discordant, compounding the challenge of variant interpretation. Because they are primarily validated using clinical variant sets heavily biased to known canonical splice site mutations, it remains unclear how well their performance generalizes. Results We benchmark eight widely used splicing effect prediction algorithms, leveraging massively parallel splicing assays (MPSAs) as a source of experimentally determined ground-truth. MPSAs simultaneously assay many variants to nominate candidate SDVs. We compare experimentally measured splicing outcomes with bioinformatic predictions for 3,616 variants in five genes. Algorithms’ concordance with MPSA measurements, and with each other, is lower for exonic than intronic variants, underscoring the difficulty of identifying missense or synonymous SDVs. Deep learning-based predictors trained on gene model annotations achieve the best overall performance at distinguishing disruptive and neutral variants, and controlling for overall call rate genome-wide, SpliceAI and Pangolin have superior sensitivity. Finally, our results highlight two practical considerations when scoring variants genome-wide: finding an optimal score cutoff, and the substantial variability introduced by differences in gene model annotation, and we suggest strategies for optimal splice effect prediction in the face of these issues. Conclusion SpliceAI and Pangolin show the best overall performance among predictors tested, however, improvements in splice effect prediction are still needed especially within exons
Nat Methods
No full textRandom mutagenesis methods only partially cover the mutational space and are constrained by DNA synthesis length limitations. Here we demonstrate programmed allelic series (PALS), a single-volume, site-directed mutagenesis approach using microarray-programmed oligonucleotides. We created libraries including nearly every missense mutation as singleton events for the yeast transcription factor Gal4 (99.9% coverage) and human tumor suppressor p53 (93.5%). PALS-based comprehensive missense mutational scans may aid structure-function studies, protein engineering, and the interpretation of variants identified by clinical sequencing.P41 GM103533/GM/NIGMS NIH HHSUnited States/DP1HG007811/DP/NCCDPHP CDC HHSUnited States/P41GM103533/GM/NIGMS NIH HHSUnited States/Howard Hughes Medical InstituteUnited States/DP1 HG007811/HG/NHGRI NIH HHSUnited States
Assinatura: um ato de responsabilidade?
No full textDissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Comunicação e Expressão, Programa de Pós-Graduação em Linguística, Florianópolis, 2010Este trabalho visa apresentar uma nova dimensão para o discurso da grafoscopia, visto pela ótica da Linguística como espaço para a filosofia da ciência, focando a ética nas questões de responsabilidade decorrentes de atos de fala e/ou assinaturas e de comunicação em enunciações escritas. O objeto da investigação é a grafoscopia e a relação entre a assinatura e seu contexto. Essa nova dimensão remete ao fato que, esse discurso da perícia grafotécnica, no sentido da imputação de responsabilidades, abriga certas contradições e comporta certos limites: as análises que confirmam ou não um ato de responsabilidade são obtidas, como se demonstra neste trabalho, a partir de marcas deixadas inconscientemente pelo autor, ou seja, a imputação de #responsabilidade# é reconhecida naquilo que o sujeito faz irresponsavelmente. Esse dado abre todo um campo de reflexão sobre o tema da responsabilidade. Claro, é impossível viver em um mundo em que não se possam imputar responsabilidades às pessoas. Essa imputação, no entanto, é permanentemente assombrada por certa contradição, um dilema, um limite que o discurso da grafoscopia justamente traz à tona: o fantasma da irresponsabilidade comportando a possibilidade de certa problematização do conceito de responsabilidade # conceito este que tal discurso deveria, contudo, reafirmar incondicionalmente.This paper presents a new dimension to the discourse of Graphoscopy, seen from the perspective of linguistics as a space for philosophy of science, focusing on the ethical issues of liability arising from speech-acts and / or signatures and communication in written utterances. The research object is the Graphoscopy and the relationship between the signature and its context. This new dimension refers to the fact that this discourse of expertise grafotécnica, towards the attribution of responsibility, is home to some contradictions and contains certain limitations: the analysis to confirm whether or not an act of responsibility are obtained, as shown in this work, from the marks left by the author unconsciously, that is, the attribution of "responsibility" is recognized in what the subject does irresponsibly. This finding opens up a whole field of reflection on the theme of responsibility. Sure, it's impossible to live in a world that can not be hold accountable to the people. This attribution, however, is constantly haunted by a certain contradiction, a dilemma, a limit that the discourse of Graphoscopy just brings up: the ghost of irresponsibility. comprising the possibility of some questioning of the concept of responsibility - a concept that such speech should, however, reaffirm unconditionally
O épico e o trágico na história do Haiti
No full textO AUTOR apresenta uma resenha crítica do livro de C. L. R. James, editado, no Brasil, pela Boitempo, intitulado Os jacobinos negros. Toussaint L'Ouverture e a revolução e São Domingos. James narra e analisa a rebelião dos escravos da colônia francesa situada na ilha de São Domingos, no final do século XVIII, como conseqüência da ação da Convenção surgida da Revolução Francesa de 1789, a qual proclamou a emancipação dos escravos. Nessa rebelião, o autor destaca a ação do líder negro Toussaint L'Ouverture, que, após derrotar exércitos da França, Eha e Inglaterra, ganhou o domínio da colônia francesa. Em seguida, a obra de James se detém na determinação de Bonaparte de restaurar a escravidão e o envio da força expedicionária francesa comandada por Leclerc. Toussaint L'Ouverture viria a ser derrotado e aprisionado. Seus companheiros, Dessalines e outros, os jacobinos negros, prosseguiram o combate e conquistaram, em 1804, a Independência definitiva, batizando o País com o nome nativo de Haiti. Da Independência decorreram problemas que se prolongam até os dias atuais.THE AUTHOR presents a critical review of C.L.R. James' book The black Jacobins. Toussaint L'Ouverture and the San Domingo revolution (published in Brazil by Boitempo). James narrates and analyzes the late 18th century slave rebellion in the French colony located in the island of San Domingo as a consequence of the measures taken by the Convention, established after the French Revolution, which emancipated slaves. The author highlights the activities of black leader Toussaint L'Ouverture in the uprising, who after defeating the armies of France, Spain and England, won the governance of the former French colony. James also examines Bonaparte's determination to restore slavery and his decision to send a French expeditionary force commanded by Leclerc that would defeat and imprison Toussaint L'Ouverture - whose companions, Dessalines and others, the Black Jacobins, would continue to fight. Eventually, in 1804, they achieved definite independence, baptizing the country with the native name of Haiti, but the problems that ensued endure to this day
Chuva branca caía em chãos de Maíconã : a trilogia de Paulo Jacob
No full textIt is proposed that this work analyzing three novels of Paul Jacob (1921-2003), Amazon writer of Postmodernism. The novels are: Chãos de Maiconã,Um Pedaço de Lua Caía na Mata and Chuva Branca. Each of these works works, metonymically with population segments that feature the Amazon. At first, the author focuses on the indige-nous element, which is the autochthonous, since already inhabit the soil of the region long before the first settlers arrived here. With the second novel, the author focuses on the segment of immigrants, having given preference to Jews who played important role in the early Amazonian economy, made almost exclusively exchange products through the channel of the rivers. Finally, in White Rain, Jacob focuses on the second typical population segment forest: the caboclo riverside. The set of three narratives constitute a trilogy that gives account of the different ways of life and even of winning the Amazo-nian hinterland. As hits the analysis of the mentioned works will be focused to language employed by the narrator, which recreates the Portuguese standard, reworking the syn-tax and semantics, either as reproduction of regional dialects, whether as a literary rec-reation of our language. In addition, there is the religious, indelible feature in the narra-tive. Finally, Jacob will be framed in the historical journey of both the Brazilian litera-ture as literature just as it took place, with several peculiarities in the Amazon. Keywords: Indian, mestizo , immigrant, myth, language and Amazon.Propõe-se este trabalho analisar três romances de Paulo Jacob (1921-2003), es-critor amazonense do Pós-Modernismo. Os romances são: Chãos de Maiconã, Um Pe-daço de Lua caía na Mata e Chuva Branca. Cada uma dessas obras trabalha, metonimi-camente, com segmentos populacionais que caracterizam a Amazônia. Na primeira, o autor enfoca o elemento indígena, que é a autóctone, posto já habitar o solo da região muito antes dos primeiros colonizadores aqui chegarem. Com o segundo romance, o autor focaliza o segmento dos imigrantes, tendo dado preferência aos judeus, que de-sempenharam papel importante na primitiva economia amazônica, feita quase exclusi-vamente de troca de produtos, através da calha dos rios. Finalmente, em Chuva Branca, Jacob focaliza o segundo segmento populacional típico da floresta: o caboclo ribeirinho. O conjunto das três narrativas constitui uma trilogia que dá conta dos diferentes modos de vida e, até mesmo, de conquista do sertão amazônico. Como remate à análise das obras mencionadas, focalizar-se-á a linguagem empregada pelo narrador, que recria o português padrão, retrabalhando a sintaxe e a semântica, quer como reprodução dos falares regionais, quer como recriação literária de nossa língua. Além disso, há ainda a religiosidade, característica indelével nas narrativas. Por último, Jacob será enquadrado no percurso histórico tanto da literatura brasileira quanto da mesma literatura tal como ela se realizou, com peculiaridades diversas, no Amazonas.
Palavras chave: índio, caboclo, imigrante, mito, linguagem e Amazônia
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