1,721,021 research outputs found
The investigation of the effects of activation sirt1 protein to the exosomes protein contents by using in vitro amyloid beta toxicity
No full textAlzheimer hastalığı birincil olarak senil plaklar, nörofibriler yumak ve nörodejenerasyon ile karakterize edilir. Çalışmada SH-SY5Y insan nöroblastoma hattı kullanılarak A? toksisitesi oluşturulmuştur. A? toksisitesi oluşturulan hücrelerde NAD+ bağımlı deasetilazlardan sirtuin ailesinin yedi üyesinden biri olan in vivo ve in vitro olarak APP' nin amiloidojenik yolakta işlenmesini azalttığı bilinen SIRT1 aktivasyonunun, bir çok hücre tipi tarafından salgılanabilen ve vücut sıvılarında bulunabilen nano boyutlu eksozomların protein içeriğine etkisi ve SIRT1' in protein ekspresyonları üzerine etkisi incelenmiştir. Farklı varyasyonlarda gruplar oluşturularak hücre kültürü yapılan SH-SY5Y hücrelerine bir SIRT1 aktivatörü olan CAY10602 uygulanarak SIRT1 'in enzimatik aktivitesi etkinleştirilmiştir. Deney gruplarında eksozom salınımı belirlemek için eksozom yüzey belirteci olan Tsg101' in ekspresyonu incelenmiştir ve toksisite oluşturulmuş modellerde Tsg101' in arttığı görülmüştür. Ayrıca protein ekspresyonları incelenen AKT, PTEN, GSK3 ve mTOR seviyelerinde de SIRT1' in nöroprotektif etkileri görülmüştür.Alzheimer's disease is primarily characterized by neurofibrillary tangles, senile plaques, and neurodegeneration. In this study, A? toxicity was made using SH-SY5Y human neuroblastoma cell line. One of the seven members of the sirtuin family of NAD + -dependent deacetylases, which is known to reduce the processing of APP in the amyloidogenic pathway in vivo and in vitro named SIRT1 and its activation investigated to nano-sized exosomes that can be secreted by many cell types and found in body fluids and the effect of SIRT1 activation on protein expression was examined in A? toxicity-induced cells. Enzymatic activity of SIRT1 was activated by applying CAY10602 is a SIRT1 activator, to SH-SY5Y cells cultured in different variated groups. In the experiment groups, the expression of Tsg101, an exosomal surface marker, was examined to determine exosomal release, and Tsg101 was found to increase in the toxicity-induced models. In addition, SIRT1' neuroprotective effect was also observed for AKT, PTEN, GSK3 and mTOR in which protein expressions were examined
Differentiation of human mesenchymal stem cells to functional neurons
No full textNöronlara farklılaşma kapasitesi ve klinik uygulanabilirliği ile mezenkimal kök hücreler, doku rejenerasyonu ve nörogelişimsel süreçleri anlamak için yürütülen çalışmalarda en önemli yetişkin kök hücre kaynağını oluşturmaktadır. İnsan mezenkimal kök hücre (iMKH) kaynaklı nöronlar üzerine yapılan çalışmalarda, nöronal aktivite büyük oranda sadece nörogelişimsel protein ekspresyonları ile gösterilmektedir. Nöropatolojik süreçlerin modellenmesi ve nöronal farklılaşma mekanizmasının incelenmesi gibi çalışmalar açısından insan nöron kültürlerinin oluşturulması önem kazanmaktadır. Dolayısıyla kültürde görülen yerleşik nöronal ağlar, aktivite yönüyle sinaptik sinyal iletim yeteneği ve fonksiyon spesifik olgunlaşma açısından da araştırılmalıdır. Buna göre, bu çalışmada, hEGF, bFGF, NGF, FGF-8, BDNF, IBMX ve B27 içeren tek adımlı bir sitokin bazlı indüksiyon protokolü ile nöronlara farklılaşan kemik iliği iMKH'lerin işlevselliği analiz edilmiştir. Hem iMKH hücre hatları hem de sağlıklı donörlerden elde edilen iMKH'lerden farklılaştırılan nöronlar, yapısal ve fonksiyonel nöronal mRNA ve proteinleri (?III Tübülin, NSE, NF ve Nestin) ifade etmiştir. Ayrıca iMKH kaynaklı nöronların (iMKH-Nöron), TH, ChAT, VGLUT1, DAT ve GAD67 gibi fonksiyona özgü proteinleri farklı düzeylerde ifade ettiği tespit edilmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma, uygun nöronal indükleyicilerin varlığında, kemik iliği iMKH'lerinin fonksiyonel nöronlara farklılaşabildiğini ve dopaminerjik-kolinerjik nöron popülasyonları oluşturabildiğini ortaya koymuştur. Böylece, bu fonksiyonel iMKH-Nöron'larının, nöronal farklılaşma ve nöropatoloji çalışmalarında bir in vitro model olarak kullanılabilecek nitelikte olduğu gösterilmiştir.Mesenchymal stem cells constitute the most important source of adult stem cells in studies conducted to understand tissue regeneration and neurodevelopmental processes due to its transdifferentiation capacity and clinical applicability to neurons. In studies on human mesenchymal stem cell (hMSC) derived neurons, neuronal activity is largely demonstrated only by neurodevelopmental protein expressions. Creation of human neuron cultures gains importance in terms of studies such as modeling neuropathological processes and examining neuronal differentiation mechanisms. Therefore, established neuronal networks seen in culture should be investigated for their function-specific maturation. Accordingly, in this study, the functionality of bone marrow hMSC differentiating into neurons with a single-step cytokine-based induction protocol including hEGF, bFGF, NGF, FGF-8, BDNF, IBMX and B27 was analyzed. Neurons differentiated from iMKHs obtained from both iMKH cell lines and healthy donors expressed structural and functional neuronal mRNA and proteins (?III Tubulin, NSE, NF and Nestin). In addition, hMSC-derived neurons (hMd-Neuron) were found to express function-specific proteins such as TH, ChAT, VGLUT1, DAT and GAD67 at different levels. As a result, this study revealed that bone marrow hMSCs can differentiate into functional neurons and give rise to populations of dopaminergic-cholinergic neurons in the presence of appropriate neuronal inducers. Taken together, it has been shown that these functional hMd-Neurons can be used as an in vitro model in neuronal differentiation and neuropathology studies
Investigation of the effects borax and boric acid on exosomal protein content in in vitro amyloid-beta toxicity model
No full textDoğal bir bileşik olan bor minerali doğada borat formunda bulunmakla birlikte insanlarda ve hayvanlarda borik asit olarak metabolize edilerek vücut dokularında ve sıvılarında bulunur ve bor mineralinin mineral metabolizmasında, immün yanıtta ve endokrin sistemde önemli fonksiyonları olduğu kabul görmektedir. Bu fonksiyonların bir kısmının hücreler arası iletişimde ekstraselüler veziküller yardımı ile yayıldığı bilinmektedir. Eksozomlar çapları 50 ile 100 nm arasında değişen küçük membran vezikülleri olup çeşitli vücut sıvıları ve ekstraselüler alanlarda bulunurlar. Eksozomların kargo olarak miRNA, mRNA, çeşitli mineraller ve proteinler taşıyarak hücreler arası iletişim ile birlikte Alzheimer hastalığı gibi çeşitli nörodejeneratif hastalık patolojilerini yayabildikleri düşünülmektedir. Bu tezde bor bileşiklerinin in vitro olarak oluşturulan A? toksisite modelinde eksozomal ve intraselüler protein içeriğine olan etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu araştırmanın yapılabilmesi için Alzheimer hastalığının patofizyolojisinde önemli yere sahip olan A?'nın in vitro toksisite modeli kullanılmıştır. Oksidatif stres ölçümlerinde özellikle toksisite uygulamasından sonra eklenen bor bileşenlerinin stres seviyelerini normal hücre stres seviyelerine getirdiği saptanmıştır. Toplam eksozom miktarı analizlerinde ise toksisite uygulamasından sonra eklenen boraks maddesinin eksozom salınımını anlamlı derecede düşürdüğü saptanmıştır. Ayrıca bor bileşenlerinin intraselüler protein seviyelerine anlamlı derecede etki ettiği saptanmıştır. Bu tezde elde edilen sonuçların Alzheimer hastalığı ve diğer bazı nörodejeneratif hastalıklarda görülen A? toksisitesi gibi patofizyolojik bulguların tedavisine yönelik yeni hedef moleküllerin literatüre kazandırılmasına katkı sağlaması beklenmektedir.Boron is a natural compound and found as the form of borate in nature. Also borate is metabolized as boric acid in humans and animals and exists in body tissues and fluids. Borate forms are known to have important functions in mineral metabolism, immune response and endocrine system. It is known that some of these functions spread via extracellular vesicles in intercellular communication. Exosomes are small membrane vesicles with diameters ranging from 50 to 100 nm and are found in various body fluids and extracellular spaces. Exosomes are thought to spread intercellular communication as well as various neurodegenerative disease pathologies, such as Alzheimer's disease, by carrying miRNA, mRNA, various minerals and proteins as cargo. In this thesis, the aim is to investigate the effects boron compouns on exosomal and intracellular protein content in in vitro amiloid-beta toxicity model. In oxidative stress measurements, especially boric acid added after toxicity application helps to downregulation of stress levels to normal cell stress levels. In total exosomal analysis, borax added after toxicity application significantly reduced total amount of exosomal release. It has also been determined that boron compounds have a significant effect on intracellular protein levels. It is expected this thesis to contribute to the finding of novel target molecules for A? toxicity in other neurodegenerative diseases such as AD
Lentiviral MYDGF production, reproduction and transmission
No full textGen tedavisi, hastalığa sahip hücrelerde genetik bozuklukların düzeltilmesi amacıyla ilgili genlerin aktarımı olarak tanımlanan bir tedavi yöntemidir. Terapötik gen olarak adlandırılan tedavi edici bu genlerin aktarım amacı, mutasyon sonucu oluşan fonksiyon kayıplarını geri getirmek veya eksik olan gen ürününün ekspresyon seviyesini fizyolojik olarak normal seviyelere getirmektir. Ekpresyon artırma, bastırma veya gen onarma gibi ihtiyaçlara göre üretilen terapötik gen vektör adı verilen genetik materyali çeşitli hücrelere, dokulara ve tüm organlara taşıyan araçlar olan vektörler aracılığla yüklenmektedir. Gen tedavisinde taşıyıcı olarak rol alan vektörler viral ve viral olmayan vektörler olarak iki sınıfa ayrılır. Viral vektörler, viral olmayan vektörlere göre daha etkin bir gen tedavi fırsatı sunmaktadır. Lentiviral vektörler, güçlü transdüksiyon özelliklerine ve kararlı ifade yeteneklerine sahip olduklarından dolayı gen tedavisinde etkin yöntemlerden biri olarak kabul edilirler. En önemli özelliklerden biri ise sadece bölünen değil, bölünmeyen hücreleri de enfekte edebilme yetenekleridir. Miyeloid türevli büyüme faktörü (MYDGF) kemik iliği kaynaklı monositlerden/makrofajlardan salgılanan parakrin etkili bir proteindir. MYDGF, MAPK1 / 3-, STAT3- ve CCND1 aracılı sinyal yolakları üzerinden endotel hücre çoğalmasını düzenler. PI3K / AKT'ye bağımlı sinyal yolağında ise kardiyak miyosit ölümünü inhibe eder. Bu tezde, miyokardiyal enfarktüs, romatoid artrit, hepatosellüler kanser gibi çeşitli hastalıklara tedavi seçeneği sunmak adına MYDGF'yi lentiviral vektör olarak üretmek, çoğaltmak ve hücreye aktarımını sağlamak amaçlanmıştır. Bu tez çalışmasında kullanılan MYDGF geni, SH-SY5Y hücre hattından elde edilmiştir. MYDGF, pLenti-CMV-GFP-2A-Puro vektörüne klonlanıp uygun paketleme plasmidleri yardımıyla HEK293T hücrelerine verilerek lentiviral vektörü üretilmiş, çoğaltılmış ve hedef hücreye aktarımı sağlanmıştır. Bu çalışmadaki lentiviral vektör yardımı ile MYDGF geninin hücreye aktarılma yöntemi gelecekte yapılacak olan MYDGF geni ile ilgili hastalıların gen tedavisi çalışmalarına yardımcı olacaktır.Gene therapy is a treatment that is defined as the transmission of genes of interest in order to correct genetic disorders in the cells with disease. The therapeutic purpose of these genes called therapeutic genes, is to restore functional loss resulting from mutation or to bring back the level of expression of the missing gene product to physiologically normal levels. The therapeutic gene produced according to needs such as expression enhancement, suppression, or gene repair is carried by vectors, which act like a vehicle to the genetic material transportation, into a variety of cells, tissues and all organs. These carrier vectors in gene therapy are divided into two classes as viral and non-viral vectors. Viral vectors offer a more efficient gene therapy compared to non-viral vectors. Lentiviral vectors are considered to be effective methods in gene therapy because of their strong transduction properties and stable expression abilities. One of the most important features is the ability not only to divide but also to infect non-dividing cells. Myeloid-derived growth factor (MYDGF) is a paracrine-effective protein secreted from bone marrow-derived monocytes / macrophages. MYDGF regulates endothelial cell proliferation through MAPK1 / 3-, STAT3- and CCND1 mediated signaling pathways. In the PI3K / ACT-dependent signaling pathway, it inhibits cardiac myocyte death. The aim of this thesis is to produce, reproduce and transfer the MYDGF as a lentiviral vector to provide treatment alternatives for various diseases such as myocardial infarction, rheumatoid arthritis, and hepatocellular cancer. The MYDGF gene used in this thesis was obtained from SH-SY5Y cell line. The MYDGF was cloned into the pLenti-CMV-GFP-2A-Puro vector and delivered to HEK293T cells with the help of appropriate packaging plasmids, produced as lentiviral vector, amplified and transfered to the target cell. Thanks to this study, in future, the method of transferring the MYDGF gene to the cell with the help of the lentiviral vector will help the gene therapy for the patients with MYDGF generelated disease
Investigation of effects of sirt1 protein inhibiton on exosomal protein content by using in-vitro amyloid beta toxicity model
No full textAlzheimer hastalığı (AH), dünya genelinde yaklaşık 50 milyon insanı etkileyen, ölümcül, nörodejeneratif bir hastalıktır. Patofizyolojisinin temelinde hücre dışı senil amiloid-beta plakları ve hücre içi nörofibriler yumaklar bulunmaktadır. Hastalığın seyrini durdurabilecek ya da yavaşlatabilecek bir tedavi henüz bulunmamaktadır. SIRT1 birçok kritik hücresel süreçte görev alan bir histon deasetilaz enzimidir. AH modellerinde inhibisyonunun kognitif fonksiyonlarda ve hafızada iyileşmeyi sağladığı gösterilmiştir. Eksozomlar nano boyutta, hücre-hücre iletişiminde görevli, tüm vücut sıvılarında bulunan, endozomal kökenli veziküllerdir. AH'de amiloid beta ve tau taşıdıkları gösterilmiştir. Bu çalışmada in-vitro amiloid beta toksisitesi uygulanan SH-SY5Y hücrelerinde, SIRT1 enzim inhibitörünün (Ex527), PI3K/AKT yolağındaki proteinlere ve hücrelerden salınan eksozom miktarına etkisi araştırılmıştır. Toksisite uygulamasından önce ve sonra hücrelere verilen Ex527'nin p-GSK3-? ve p-GSK3-?'nin ekspresyon seviyelerini arttırdığı, p-mTOR'un ekspresyonunu azalttığı bulunmuştur. Amiloid beta verilen gruba kıyasla toksisite uygulamasından önce hücrelere verilen Ex527'nin hücrelerden salınan eksozomları arttırdığı bulunmuştur.Alzheimer Disease is a fatal neurodegenerative disorder which affects nearly 50 million people worldwide. Extracellular amyloid-beta plaques and intracellular neurofibrillary tangles create the basis of disease pathology. There is no treatment which can eliminate or slow the progress of disease. SIRT1 is a histone-deacetylase enzyme which has many critical roles in cellular processes. Exosomes are endosomal vesicles with dimensions in nanometer; they are present in all body fluids and have role in cell to cell contact. In Alzheimer's disease case, exosomes carry amyloid beta and tau. In this study, the effect of SIRT1 inhibitor (Ex527) on proteins of PI3K/AKT pathway and secreted exosome amounts were investigated via SH-SY5Y cell line with amyloid beta toxicity. Both before and after amyloid beta toxicity application, Ex527 was given to the cells and in both; the levels of p-GSK3-? and p-GSK3-? were increased whereas the level of p-mTOR was decreased. When compared to amyloid beta group, the level of exosome was increased when Ex527 was given to the cells before amyloid beta
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
