24 research outputs found
Nuclear Translocation of Crk Adaptor Proteins by the Influenza A Virus NS1 Protein
No full textThe non-structural protein-1 (NS1) of many influenza A strains, especially those of avian origin, contains an SH3 ligand motif, which binds tightly to the cellular adaptor proteins Crk (Chicken tumor virus number 10 (CT10) regulator of kinase) and Crk-like adapter protein (CrkL). This interaction has been shown to potentiate NS1-induced activation of the phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K), but additional effects on the host cell physiology may exist. Here we show that NS1 can induce an efficient translocation of Crk proteins from the cytoplasm into the nucleus, which results in an altered pattern of nuclear protein tyrosine phosphorylation. This was not observed using NS1 proteins deficient in SH3 binding or engineered to be exclusively cytoplasmic, indicating a physical role for NS1 as a carrier in the nuclear translocation of Crk. These data further emphasize the role of Crk proteins as host cell interaction partners of NS1, and highlight the potential for host cell manipulation gained by a viral protein simply via acquiring a short SH3 binding motif.Peer reviewe
Kilpakosijat - Musiikkinäytelmä
No full textOpinnäytetyön tekijä sävelsi musiikit ja näytteli kaksi sivuroolia musiikkinäytelmässä
Kilpakosijat. Opinnäytetyö käsittelee Kilpakosijat musiikkinäytelmän sävellysprosessia,
sekä muusikon ja näyttelijäntyön yhdistämistä.
Opinnäytetyössä on tutkittu aihetta säveltäjän omien kokemusten näkökulmasta, sekä
aiheeseen liittyvään kirjallisuuteen pohjaten. Kirjallisessa osiossa lisänä ovat
päiväkirjamerkinnät syksystä 2016 kevääseen 2017. Päiväkirjamerkinnät avaavat
lukijalle harjoitusprosessia sekä tuntemuksista harjoituskaudelta.
Kesäteatterin näytökset esitettiin Tohmajärvellä 4.7. – 13.8.2017. Lisäksi teatteri vieraili
näytelmällä Joensuun Hasanniemen kesäteatterissa yhden esityksen verran.The author of the thesis composed the music and acted two side roles in a musical
play called Kilpakosijat. This thesis explores the composing process of the musical Kilpakosijat,
as well as the the way how to combine the work of a musician and an actor.
In the thesis the subject is explored through the personal experiences of the composer,
also based on the literature on the subject. In the written section there is a diary from
autumn 2016 until spring 2017. The diary reveals the rehearsing process and sensations
during the rehearsing period.
The summer theatre performances took place in Tohmajärvi at 4.7.-13.8.2017 The theatre
group also performed once in Hasaniemi Summer theatre in Joensu
Luova kirjasuunnittelu
No full textTämä tutkimus lähestyy kirjaa perinteisestä poikkeavalla tavalla, jossa kirjan suunnittelua tarkastellaan kokeellisesta näkökulmasta. Tavoitteena on todistaa, että luova kirjasuunnittelu antaa lukijalle ja suunnittelijalle kokemuksia tavoilla, joita perinteiset kirjat eivät mahdollista.
Teoriaosuus tarkastelee kirjoja tutustumalla eri näkemyksiin luovasta kirjasuunnittelusta. Tutkimusmateriaali koostuu taiteilijakirjoihin liittyvistä kirjoituksista sekä tutkimusta varten kerätyistä referenssitöistä. Kirjaa tarkastellaan sisällön ja ulkomuodon muodostamana kokonaisuutena, jossa yhtä ei ole ilman toista. Tutkimus alkaa kokeellisen design-ajattelun määrittelyllä jatkuen luovan kirjasuunnittelun historian ja sen identiteettiin liittyvien näkemysten analysointiin.
Osana projektia kirjoittaja suunnitteli omaehtoisesti kirjan joka tutkii digitaalista jälleensyntymistä. Suunnitteluprosessin käsittely sitoo teoreettisen tarkastelun käytäntöön. Analyysi havainnollistaa matkan monimutkaisesta kuoleman jälkeisen elämän tutkimuksesta valmiiksi kirjaksi. Kirjan teemaa avataan käymällä läpi sen aiheeseen liittyvää taustatutkimusta, minkä jälkeen siirrytään yksityiskohtaisempaan suunnitteluprosessin tarkasteluun.
Luova kirjasuunnittelu ottaa huomioon sekä kirjan muotoon liittyvät seikat että konseptiin liittyvät kysymykset. Kirjan tarkastelu eri näkökulmista esittelee luovan kirjasuunnittelun monipuolisuuden perinteisiin kirjoihin verrattuna. Teoreettinen ja toiminnallinen tutkimus yhdessä todistavat, että luova kirjasuunnittelu antaa sekä lukijalle että suunnittelijalle mahdollisuuden tulkita merkityksiä ainutlaatuisilla, perinteisen kirjan ylittävillä tavoilla.This study approaches book design in an untraditional way, by exploring it from a conceptual point of view. The aim is to prove that conceptual book design gives the reader and the designer experiences that are unattainable with traditional books.
The theoretical part explores books by looking at different approaches to conceptual book design. The research material consists of literature on this subject, and a selection of reference work. In this study, the design and content of a book is explored as a whole, where one does not exist without the other. The study starts with a definition of conceptual design thinking, followed by an overview of the history and definitions of conceptual book design.
As part of the project, the author designed a self-initiated book on the topic of digital reincarnation. This report describes the process from idea to a final product. The process links the theoretical considerations with practice. The analysis illustrates a journey from a complex topic of digital afterlife to an end product. The topic of the book is first explained by looking at the background research on the subject, then moving on to a more detailed examination of the design process.
Conceptual book design considers the components of the book form, as well as the conceptual aspects. By exploring a book from different angles, the study contrasts the diversity of conceptual book design with traditional books. The theoretical and practicebased investigations prove that both the reader and the designer can interpret meanings in ways that go beyond what traditional books can offer
Dead pasts, undead futures : identity and memory in Isaac Marion’s Warm Bodies
No full textIn this thesis, I study the themes of identity and memory in Isaac Marion’s Warm Bodies. Marion’s 2011 novel is an example of the paranormal romance genre: the novel’s plotline revolves around a romantic affair between a human and a paranormal being, a zombie. However, the story also illustrates its zombie protagonist’s quest for a lost personhood. The author explores issues of identity and memory through the macabre metaphor of death, which, however, is seen as a psychological rather than a physiological state.
The zombie mythos has developed alongside western popular culture for the past century. The living dead have been used to illustrate various prominent issues in the public sphere, and their iterations have changed in response to globally remerkable events. Thus, the study of the zombie mythos is also study of contemporary culture. It is, however, unconventional that Marion’s novel is narrated from the point of view of a zombie. This inspired me to ask what is so special about the zombie mythos that makes readers wish to identify with the monstrous. The aim of this thesis is therefore to find meanings for the imagery of zombiedom in Warm Bodies and relate these to popular culture. The central research questions in this thesis are how identities are constructed in Warm Bodies and how memory contributes to the construction of identities. Moreover, I ask what, in the novel’s reality, defines zombiedom compared to humanness, or what traits are required for a character to classify as a living person. I approach the subject through the theoretical framework of memory studies, a multidisciplinary field of study that deals with various memory phenomena. I will use Paul Ricoeur’s phenomenology of memory as the basis of my classification, with some terminology from the realm of psychology. In my analysis, I move from the level of individual memory to the collective. My methods, on the other hand, rely on phenomenological analysis of the novel’s characters.
Identities in Warm Bodies are constructed synchronically, diachronically and socially. The author challenges the synchronicity of identity by presenting a dualism of the body and the soul. However the mind-body problem is also issued on a more corporeal level, as consciousness and memory can be transmitted through corporeal means. The diachronic aspect of identity manifests as the characters use autobiographical reasoning to mend their broken identities and personal timelines. In the case of the zombies, their permanent amnesia has lead to a loss of identity. The zombies consume brains in order to acquire their victims’ personal memories and thus simulate forming social connections through cannibalism. However, the novel also presents less destructive ways of developing social bonds: collective memory can be formed through various media, such as text or music. Personhood in the novel is a matter of conscious effort: the past must be deliberately organized into meaningful wholes. Language, on the other hand, is an important signifier of personhood as it enables persons to form social bonds. The final person-making characteristic presented in the novel is imputability: the characters must assume responsibility of their past deeds in order to be forgiven. Forgiveness, on the other hand, is essential to leading a life as a person. One of the central functions of zombie imagery in Warm Bodies is therefore to illustrate the issues of changing identities in social contexts.Tässä pro gradu -tutkielmassa tarkastelen identiteetin ja muistin teemoja Isaac Marionin teoksessa Warm Bodies. Marionin 2011 ilmestynyt romaani edustaa paranormaalin romanssin lajityyppiä: sen keskiössä on romanttinen suhde ihmisen ja yliluonnollisen olennon, zombin, välillä. Romaani kuitenkin kuvaa laajasti myös päähenkilön identiteettityötä. Marion tutkii muistin ja identiteetin ongelmia kuoleman metaforan kautta. Kuolema nähdään romaanissa kuitenkin enemmän psyykkisenä kuin fyysisenä tilana.
Zombimyytti on kehittynyt länsimaisen kulttuurin rinnalla lähes sata vuotta. Eläviä kuolleita on käytetty kuvittamaan mitä erilaisimpia aiheita kulttuurin saralla, ja zombimyytin muoto on muuttunut globaalisti merkittävien tapahtumien seurauksena. Zombimyytin tutkimus on siis yhtä lailla nykykulttuurin tutkimusta. Silti on poikkeuksellista, että Marionin teoksessa kerronta tapahtuu zombin näkökulmasta. Tämä inspiroi minua tutkimaan, mikä zombimyytissä saa lukijan haluamaan samaistua hirviöön. Tutkimukseni tarkoituksena onkin löytää merkityksiä zombikuvaston käytölle romaanissa sekä rinnastaa näitä populaarikulttuuriin.
Tutkielmassa kysyn, miten identiteetti rakentuu Warm Bodies -teoksessa ja mikä on muistin funktio identiteettityössä. Lisäksi kysyn, mikä romaanin maailmassa määrittää zombin ihmiseen verrattuna, tai minkälaisia ominaisuuksia vaaditaan, jotta henkilöhahmo voidaan luokitella ihmiseksi. Lähestyn aihettani muistintutkimuksen (memory studies) näkökulmasta. Muistintutkimus on monitieteinen tutkimusala, joka tutkii monenlaisia muistin ilmiöitä. Pohjana työlleni käytön Paul Ricoeurin muistin fenomenologiaa, mutta hyödynnän myös psykologian termistöä. Analyysissäni siirryn yksilön tasolta kohti kollektiivista muistia. Tutkimusmetodini on henkilöhahmojen fenomenologinen analyysi.
Marionin romaanissa identiteetit ovat synkronisia, diakronisia ja sosiaalisia. Teoksessa kehon ja mielen dualismi haastaa identiteetin synkronisuutta. Toisaalta kehon ja mielen ongelmaa tarkastellaan myös korporeaalisemmalla tasolla, sillä tietoisuutta ja muistia voidaan teoksessa välittää myös ruumiillisesti. Identiteetin diakroninen puoli ilmenee, kun teoksen henkilöhahmot rakentavat identiteettejään narratiivin kautta. Zombien tapauksessa muistinmenetys on johtanut myös identiteetin menetykseen. Zombit syövät aivoja saadakseen itselleen uhriensa muistot ja käyttääkseen niitä omien identiteettiensä rakentamisessa. Toisaalta kannibalismin kautta pyritään simuloimaan kommunikaatiota ja sosiaalisia suhteita. Romaanissa kuitenkin esitetään myös rakentavampia tapoja muodostaa suhteita: muistia voidaan välittää myös esimerkiksi tekstin tai musiikin kautta. Identiteetti romaanissa vaatii tietoista yritystä: menneisyys täytyy järjestää merkityksellisiksi kokonaisuuksiksi. Kieli puolestaan määrittelee henkilöyttä, koska se mahdollistaa toimimisen sosiaalisissa konteksteissa. Kenties keskeisin henkilön ominaisuus teoksessa on vastuun ottaminen menneisyydestä ja omista toimista, sillä se mahdollistaa anteeksiannon. Anteeksianto puolestaan on välttämätön ehto ihmisyydelle. Yksi zombikuvaston keskeisistä funktioista teoksessa onkin kuvittaa muuttuvan identiteetin ongelmaa sosiaalisissa konteksteissa
PACER: a novel 3D plant cell wall model for the analysis of non-catalytic and enzymatic responses
No full text| openaire: EC/H2020/648925/EU//BHIVE Funding Information: We thank Kuisma Littunen and Kim Kataja who assisted with substrate preparation and Nelly Monties who assisted with enzyme production. We also thank Professor A. McGuigan (University of Toronto) for helpful discussions. Funding Information: We thank the following granting agencies for their financial support: the European Research Council (ERC) (Consolidator Grant no. BHIVE – 648925) (MM, EJ, VL and ERM); Jenny and Antti Wihuri Foundation (Centre for Young Synbio Scientists) (TK); Academy of Finland Postdoctoral Researcher Grant No. 331853 (TP); The French national research agency (anr) Grant No. ANR-18-CES43-DECO (TE and CD). Publisher Copyright: © 2022, The Author(s).Background : Substrate accessibility remains a key limitation to the efficient enzymatic deconstruction of lignocellulosic biomass. Limited substrate accessibility is often addressed by increasing enzyme loading, which increases process and product costs. Alternatively, considerable efforts are underway world-wide to identify amorphogenesis-inducing proteins and protein domains that increase the accessibility of carbohydrate-active enzymes to targeted lignocellulose components. Results : We established a three-dimensional assay, PACER (plant cell wall model for the analysis of non-catalytic and enzymatic responses), that enables analysis of enzyme migration through defined lignocellulose composites. A cellulose/azo-xylan composite was made to demonstrate the PACER concept and then used to test the migration and activity of multiple xylanolytic enzymes. In addition to non-catalytic domains of xylanases, the potential of loosenin-like proteins to boost xylanase migration through cellulose/azo-xylan composites was observed. Conclusions : The PACER assay is inexpensive and parallelizable, suitable for screening proteins for ability to increase enzyme accessibility to lignocellulose substrates. Using the PACER assay, we visualized the impact of xylan-binding modules and loosenin-like proteins on xylanase mobility and access to targeted substrates. Given the flexibility to use different composite materials, the PACER assay presents a versatile platform to study impacts of lignocellulose components on enzyme access to targeted substrates.Peer reviewe
Torque Teno Virus Primary Infection Kinetics in Early Childhood
No full textHuman torque teno viruses (TTVs) are a diverse group of small nonenveloped viruses with circular, single-stranded DNA genomes. These elusive anelloviruses are harbored in the blood stream of most humans and have thus been considered part of the normal flora. Whether the primary infection as a rule take(s) place before or after birth has been debated. The aim of our study was to determine the time of TTV primary infection and the viral load and strain variations during infancy and follow-up for up to 7 years. TTV DNAs were quantified in serial serum samples from 102 children by a pan-TTV quantitative PCR, and the amplicons from representative time points were cloned and sequenced to disclose the TTV strain diversity. We detected an unequivocal rise in TTV-DNA prevalence, from 39% at 4 months of age to 93% at 2 years; all children but one, 99%, became TTV-DNA positive before age 4 years. The TTV-DNA quantities ranged from 5 × 10(1) to 4 × 10(7) copies/mL, both within and between the children. In conclusion, TTV primary infections occur mainly after birth, and increase during the first two years with high intra- and interindividual variation in both DNA quantities and virus strains
System merits or failures? Policies for transition to sustainable P and N systems in the Netherlands and Finland
No full text201
