1,720,966 research outputs found
Carcinogenèse commune des cancers
No full textBackground: Carcinogenesis is the result of the accumulation of constitutional and acquired mutations. Constitutional genetics with high penetrance could be sufficient for carcinogenesis like BRCA mutations. Also, well-known external factors such as smoking are probably sufficient to explain carcinogenesis. However, this only explains about 20% of cancers. Most cancers are the result of a multifactorial combination of constitutional mutations of low to moderate penetrance and acquired mutations induced by external factors of lesser impact. Family segregation studies, and more recently Genome Wide Association Studies (GWAS), generally identify polymorphisms with unknown functional value, and require a lot of resources. In this work I chose to use an innovative individual approach that we have already proved in our laboratory. We have identified a constitutional mutation in the MET gene of unknown functional significance in a young woman with breast cancer, myeloproliferative syndrome and rheumatoid arthritis without a known genetic predisposition syndrome. This mutation allowed us to establish a link between cancer and inflammatory disease in a transgenic mouse model. Methods: By searching the tumor library of the Hôpital Saint-Louis, I identified seven patients with concomitant breast and thyroid cancer without known Cowden-type predisposition syndrome or obvious environmental risk factors. A laser microdissection of the tumor cells was performed for each of the cancer samples followed by a high-throughput genomic analysis using OncoScanTM technology adapted to formalin-fixed samples. In parallel, an NGS analysis was performed on the frozen samples. The aim was to search for common genetic events such as mutation, loss of heterozygosity (LOH) or gene copy number variation. Results: 1) OncoScaneTM analysis first identified two regions of the X chromosome that were predominantly lost in five of the seven patients. The probability that the same region is lost sporadically in several patients is low, and suggests that it is a constitutional event probably involved in carcinogenesis. 2) In one patient among the 7 with an intriguing history of multiple cancers without obvious risk factors, using OncoScanTM and NGS analysis of tumors and constitutional samples, I identified a constitutional mutation of unknown functional value in the PRAME gene. This gene encodes a cancer-associated antigen which is gaining progressively a wide interest as a diagnostic and therapeutic tool for different types of cancer. Conclusions: With the individual approach, we managed to identify constitutional events of low or medium penetrance and potentially involved in carcinogenesis. This approach is possible but it becomes so difficult because of the heterogeneity, and the multiple genes and factors involved. Usual biologic experiences are facing their limits. This raises the question of using mathematical models and artificial intelligence to overcome tumor heterogeneity?Contexte : La carcinogenèse est le résultat de l’accumulation de mutations constitutionnelles et acquises. La génétique constitutionnelle à forte pénétrance pourrait suffire à la cancérogenèse comme les mutations de BRCA. Également, des facteurs externes bien connus comme le tabac est probablement suffisant pour expliquer la carcinogenèse. Or, ceci n’explique que environ 20 % des cancers. La plupart des cancers sont le résultat d'une association multifactorielle de mutations constitutionnelles de pénétrance faible à modérée et de mutations acquises induites par des facteurs externes de moindre impact. Les études de ségrégation familiale, et plus récemment les études sur de larges populations (Genome Wide Association Studies, GWAS) identifient généralement des polymorphismes dont la valeur fonctionnelle reste souvent inconnue et nécessitent beaucoup de ressources. Dans ce travaille j’ai choisi d’utiliser une approche individuelle innovante que nous avons déjà fait la preuve de concept dans notre laboratoire. Nous avons identifié une mutation constitutionnelle dans le gène MET dont la signification fonctionnelle est inconnue chez une jeune femme atteinte d'un cancer du sein, d'un syndrome myéloprolifératif et d'une polyarthrite rhumatoïde sans syndrome génétique de prédisposition connu. Cette mutation nous a permis d’établir un lien entre cancer et maladie inflammatoire dans un modèle de souris transgénique. Méthodes : en interrogeant la tumorothèque de l’Hôpital Saint-Louis, j’ai identifié sept patientes avec un cancer concomitant du sein et de la thyroïde sans syndrome de prédisposition connu de type Cowden, ni facteur de risque environnemental évident. Une microdissection laser des cellules tumorales a été réalisée pour chacun des prélèvements des cancers puis une analyse génomique à haut débit de type OncoScanTM qui adaptée aux prélèvements fixés en formol. En parallèle, une analyse de type NGS a été faite sur les échantillons congelés. Le but était la recherche des événements génétiques communs de type mutation, perte d’hétérozygotie (LOH) ou variation de nombre de copies des gènes. Résultats : 1) L’analyse OncoScaneTM a permis d’abord d’identifier deux régions du chromosome X qui ont subi essentiellement des pertes de matériel chez cinq patientes parmi les sept. La probabilité qu’une même région soit le siège d’une perte ou gain de matériel sporadique chez plusieurs patientes est faible, et laisse supposer qu’il s’agit probablement d’un évènement constitutionnel impliquées dans la carcinogénèse. 2) Chez une patiente parmi le 7 avec une histoire intriguant de multiple cancers sans facteur de risque évident, j’ai identifié après une analyse par OncoScanTM et NGS des prélèvements tumoraux et constitutionnel une mutation constitutionnelle d’une valeur fonctionnelle inconnue du gène PRAME. Ce gène code pour un antigène associé au cancer qui gagne d’avantage d’intérêt comme un outil diagnostique et thérapeutique pour différentes types de cancer. Conclusions : avec l’approche individuelle, nous avons réussi à identifier des évènements constitutionnels de faible ou moyen pénétrance et potentiellement impliquée dans la carcinogenèse. Cette approche est possible mais c’est de plus en plus compliqué à cause de l’hétérogénéité et la poly génie impliquée. Les méthodes biologiques classiques arrivent à leurs limites d’où la question d’utiliser la modélisation mathématique et l’intelligence artificielle
Common carcinogenesis of cancers
No full textContexte : La carcinogenèse est le résultat de l’accumulation de mutations constitutionnelles et acquises. La génétique constitutionnelle à forte pénétrance pourrait suffire à la cancérogenèse comme les mutations de BRCA. Également, des facteurs externes bien connus comme le tabac est probablement suffisant pour expliquer la carcinogenèse. Or, ceci n’explique que environ 20 % des cancers. La plupart des cancers sont le résultat d'une association multifactorielle de mutations constitutionnelles de pénétrance faible à modérée et de mutations acquises induites par des facteurs externes de moindre impact. Les études de ségrégation familiale, et plus récemment les études sur de larges populations (Genome Wide Association Studies, GWAS) identifient généralement des polymorphismes dont la valeur fonctionnelle reste souvent inconnue et nécessitent beaucoup de ressources. Dans ce travaille j’ai choisi d’utiliser une approche individuelle innovante que nous avons déjà fait la preuve de concept dans notre laboratoire. Nous avons identifié une mutation constitutionnelle dans le gène MET dont la signification fonctionnelle est inconnue chez une jeune femme atteinte d'un cancer du sein, d'un syndrome myéloprolifératif et d'une polyarthrite rhumatoïde sans syndrome génétique de prédisposition connu. Cette mutation nous a permis d’établir un lien entre cancer et maladie inflammatoire dans un modèle de souris transgénique. Méthodes : en interrogeant la tumorothèque de l’Hôpital Saint-Louis, j’ai identifié sept patientes avec un cancer concomitant du sein et de la thyroïde sans syndrome de prédisposition connu de type Cowden, ni facteur de risque environnemental évident. Une microdissection laser des cellules tumorales a été réalisée pour chacun des prélèvements des cancers puis une analyse génomique à haut débit de type OncoScanTM qui adaptée aux prélèvements fixés en formol. En parallèle, une analyse de type NGS a été faite sur les échantillons congelés. Le but était la recherche des événements génétiques communs de type mutation, perte d’hétérozygotie (LOH) ou variation de nombre de copies des gènes. Résultats : 1) L’analyse OncoScaneTM a permis d’abord d’identifier deux régions du chromosome X qui ont subi essentiellement des pertes de matériel chez cinq patientes parmi les sept. La probabilité qu’une même région soit le siège d’une perte ou gain de matériel sporadique chez plusieurs patientes est faible, et laisse supposer qu’il s’agit probablement d’un évènement constitutionnel impliquées dans la carcinogénèse. 2) Chez une patiente parmi le 7 avec une histoire intriguant de multiple cancers sans facteur de risque évident, j’ai identifié après une analyse par OncoScanTM et NGS des prélèvements tumoraux et constitutionnel une mutation constitutionnelle d’une valeur fonctionnelle inconnue du gène PRAME. Ce gène code pour un antigène associé au cancer qui gagne d’avantage d’intérêt comme un outil diagnostique et thérapeutique pour différentes types de cancer. Conclusions : avec l’approche individuelle, nous avons réussi à identifier des évènements constitutionnels de faible ou moyen pénétrance et potentiellement impliquée dans la carcinogenèse. Cette approche est possible mais c’est de plus en plus compliqué à cause de l’hétérogénéité et la poly génie impliquée. Les méthodes biologiques classiques arrivent à leurs limites d’où la question d’utiliser la modélisation mathématique et l’intelligence artificielle.Background: Carcinogenesis is the result of the accumulation of constitutional and acquired mutations. Constitutional genetics with high penetrance could be sufficient for carcinogenesis like BRCA mutations. Also, well-known external factors such as smoking are probably sufficient to explain carcinogenesis. However, this only explains about 20% of cancers. Most cancers are the result of a multifactorial combination of constitutional mutations of low to moderate penetrance and acquired mutations induced by external factors of lesser impact. Family segregation studies, and more recently Genome Wide Association Studies (GWAS), generally identify polymorphisms with unknown functional value, and require a lot of resources. In this work I chose to use an innovative individual approach that we have already proved in our laboratory. We have identified a constitutional mutation in the MET gene of unknown functional significance in a young woman with breast cancer, myeloproliferative syndrome and rheumatoid arthritis without a known genetic predisposition syndrome. This mutation allowed us to establish a link between cancer and inflammatory disease in a transgenic mouse model. Methods: By searching the tumor library of the Hôpital Saint-Louis, I identified seven patients with concomitant breast and thyroid cancer without known Cowden-type predisposition syndrome or obvious environmental risk factors. A laser microdissection of the tumor cells was performed for each of the cancer samples followed by a high-throughput genomic analysis using OncoScanTM technology adapted to formalin-fixed samples. In parallel, an NGS analysis was performed on the frozen samples. The aim was to search for common genetic events such as mutation, loss of heterozygosity (LOH) or gene copy number variation. Results: 1) OncoScaneTM analysis first identified two regions of the X chromosome that were predominantly lost in five of the seven patients. The probability that the same region is lost sporadically in several patients is low, and suggests that it is a constitutional event probably involved in carcinogenesis. 2) In one patient among the 7 with an intriguing history of multiple cancers without obvious risk factors, using OncoScanTM and NGS analysis of tumors and constitutional samples, I identified a constitutional mutation of unknown functional value in the PRAME gene. This gene encodes a cancer-associated antigen which is gaining progressively a wide interest as a diagnostic and therapeutic tool for different types of cancer. Conclusions: With the individual approach, we managed to identify constitutional events of low or medium penetrance and potentially involved in carcinogenesis. This approach is possible but it becomes so difficult because of the heterogeneity, and the multiple genes and factors involved. Usual biologic experiences are facing their limits. This raises the question of using mathematical models and artificial intelligence to overcome tumor heterogeneity
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
- …
