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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Development of polynuclear lanthanide complexes for biological applications
No full textLes systèmes moléculaires à base de cations lanthanides luminescents possèdent des propriétés photophysiques très intéressantes pour les applications en bioimagerie optique (résistance au photoblanchiment, bandes d’émission fines, temps de vie de luminescence longs). La lumière émise peut couvrir une large gamme spectrale, selon le cation lanthanide choisi. Cependant, les lanthanides ont des coefficients d’extinction faibles. Il est donc nécessaire d’utiliser une voie de sensibilisation indirecte - l’effet d’antenne, avec un chromophore placé à proximité du lanthanide. De plus, afin d’amplifier le signal émis, plusieurs cations métalliques peuvent être introduits dans la molécule. Dans cette thèse, nous avons cherché à développer de nouveaux agents potentiels d’imagerie à base de systèmes polynucléaires de lanthanides. Notre objectif a été de programmer l’assemblage de complexes supramoléculaires tridimensionnels et d’améliorer les propriétés optiques pour les applications biologiques. Pour ce faire, nous avons choisi d’employer des ligands tripodaux composés d’une ancre centrale triaminotriptycène et de trois bras possédant les sites coordinants. Ces ligands ont ensuite été modifiés de façon à optimiser les propriétés physico-chimiques. Par ailleurs, la synthèse de nouvelles plateformes centrales a été également effectuée afin de poursuivre leur développement dans le futur. La synthèse et la caractérisation de ligands tripodaux L1 et L2 et de leurs complexes avec des lanthanides ont été réalisées. Des études détaillées de spéciations avec les ligands L1 et L2 ont permis de démontrer la stabilité thermodynamique des systèmes tétranucléaires formés en préférence avec les lanthanides légers. Des études spectroscopiques ont caractérisé leur luminescence dans le visible et dans le proche infrarouge. D’autre part, nous avons préparé et caractérisé des nouveaux composés en combinant un chromophore porphyrinique et des récepteurs complexant les lanthanides. Ces sondes bimodales peuvent trouver une application dans l’imagerie et la thérapie photodynamique.Molecular systems based on luminescent lanthanide cations have very valuable photo-physical properties for applications in optical bioimaging (resistance to photobleaching, sharp emission bands, and longue luminescence lifetimes). The emitted light can cover a wide spectral range, according to the chosen lanthanide cation. However, the lanthanides have low extinction coefficients and must be sensitized indirectly via the antenna effect by using a chromophore located in proximity. The luminescence intensity per molecule can be also increased by accommodating several lanthanides within a single compound. In this thesis, we report on the development of new potential imaging agents based on polynuclear systems with lanthanides. The main goal was to program supramolecular well-defined tridimensional complexes in order to enhance their optical properties for biological applications. To do this, we have chosen to employ tripodal ligands composed of a central triaminotriptycene anchor and three arms with coordinating sites. Moreover, these ligands have been functionalized to improve their physicochemical properties. In view of future developments, the synthesis of new central platforms was also performed. The synthesis and characterization of tripodal ligands L1 and L2 and their complexes with lanthanides were carried out. Detailed speciation studies with L1 and L2 show a high thermodynamic stability of tetranuclear systems formed preferably with lighter lanthanides. In addition, spectroscopic studies reveal that the sensitization of luminescence is achieved in the visible as well as in the near infrared. Furthermore, we have prepared and characterized novel compounds by combining a porphyrin chromophore and a receptor for lanthanide complexation. These bimodal probes may find applications in imaging and in photodynamic therapy
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Effets de non-équilibre en biologie cellulaire : Modélisation mathématique et informatique de la transduction du signal par les protéines G et autres réseaux biochimiques de réaction-diffusion
No full textLes propriétés diverses des organismes vivants émergent de réseaux complexes de réactions biochimiques. Ces systèmes reposent fortement sur des effets de non-équilibre, résultant de la conduction hors-équilibre soutenue de différentes espèces, des photons arrivant continuellement du soleil aux nucléotides di et triphosphate maintenus à des niveaux de non-équilibre dans le cytosol par le métabolisme. En effet, les systèmes biochimiques sont des systèmes ouverts, qui maintiennent leur structure en dissipant l'énergie en provenance de l'extérieur par des mécanismes complexes dont il reste encore beaucoup à comprendre. Lors de la construction de modèles aux propriétés émergentes, il est alors important de tenir rigoureusement compte des sources de non-équilibre, afin de faire la distinction entre relaxation à l'équilibre et comportements de non-équilibre et de quantifier la dissipation d'énergie associée à des conditions stationnaires de non-équilibre spécifiques. Les cellules ont la capacité de percevoir et répondre à des signaux chimiques externes. Cette capacité est désignée sous le terme de transduction du signal, et représente un concept central en biologie cellulaire. Comme pour les autres processus biochimiques, la transduction du signal repose sur des réseaux complexes de réactions chimiques, impliquant principalement des enzymes distribuées dans différents compartiments biologiques, en particulier l'environnement extracellulaire, le cytoplasme et la membrane plasmique. Il existe deux superfamilles proches de protéines jouant un rôle fondamental dans la transduction du signal : les GTPase et les Récepteurs Couplés aux Protéines G (RCPG). Nous étudions des modèles de réseaux de GTPases de complexité croissante, et présentons un modèle cinétique de signalisation par RCPG. Chaque réseau est construit de manière thermodynamiquement consistante. La réversibilité microscopique est imposée via des contraintes sur les ensembles de constantes d'équilibre. Nous présentons une méthode pour construire des ensembles complexes de contraintes par une approche modulaire. En utilisant une approche informatique, nous étudions la dynamique des différents systèmes, soulignant leurs différents régimes, correspondant à des régions caractéristiques de leur espace de paramètres cinétiques associés avec des comportements biologiques spécifiques. Dans le cas du modèle RCPG, de taille conséquente, nous avons été capables de réduire l'ensemble de ses paramètres cinétiques à trois paramètres libres spécifiques, et avons étudié les régimes correspondants. L'étude de ces systèmes biologiques requiert des approches informatiques reposant sur des outils dédiés. Durant la thèse, nous avons développé un tel outil, que nous avons dénommé STReNGHTS. Il s'agit d'un package Python open-source qui offre une interface pour la modélisation et la simulation de systèmes biologiques de réaction-diffusion dans des environnements complexes. Les systèmes sont décrits comme des espaces discrets dans lesquels les espèces peuvent réagir et diffuser. Chaque nœud de réaction individuel est appelé une « cellule ». Les compartiments biologiques sont modélisés en définissant différent types de cellules, qui sont désignées sous le terme d'environnements de réaction-diffusion. Des chémostats peuvent également être définis, localement ou globalement, pour imposer des conditions de non-équilibre. Le logiciel propose une interface générique pour les algorithmes de simulation, qui est utilisée pour implémenter à la fois des moteurs d'évolution temporelle déterministes et stochastiques. Dans cette thèse, nous présentons le logiciel, ainsi que le cadre théorique correspondant, accompagné de quelques exemples d'applications choisis à des fins d'illustration.The diverse properties of living organisms emerge from complex networks of biochemical reactions. Those systems heavily rely on non-equilibrium effects, resulting from the sustained driving of different species, from photons continuously arriving from the sun, to di and triphosphate nucleotides kept at non-equilibrium levels in the cytoplasm by the metabolism. Indeed, biochemical systems are open systems, which maintain their structure by dissipating the energy coming from the outside through complex mechanisms which are still to be understood. When building bottom-up models for such systems, it is then important to properly account for the sources of non-equilibrium driving, in order to make a distinction between equilibrium relaxation and non-equilibrium behavior and quantify the energy dissipation associated with specific stationary non-equilibrium conditions .Cells have the ability to sense and respond to external chemical signals. This ability is referred to as signal transduction, and is a central concept in cell biology. As for other biochemical processes, signal transduction relies on complex networks of chemical reactions, involving mostly enzymes spread across different biological compartments, specifically the extracellular space, the cytoplasm and the plasma membrane. There are two closely-related kinds of proteins which play a fundamental role in signal transduction: GTPases and G-protein Protein Coupled Receptors (GPCRs). On the one hand, GTPases are binary switch enzymes, which, once activated by upstream Guaine nucleotide Exchange Factors (GEFs), transduce the signal by activating a downstream effector. On the other hand, GPCRs are transmembrane receptors coupled with G-proteins, which are GTPases themselves. Upon activation by an agonist ligand, GPCRs activate the G proteins which then carry-on the signal transduction. In this thesis, we study models of GTPase networks of increasing complexity, and eventually introduce our own kinetic model of GPCR signaling. The different models use parameters gathered from the scientific literature and others from educated guesses. Each network is also thermodynamically consistent. Microscopic reversibility is imposed by constraining the sets of equilibrium constants. We present a method to build complex sets of constraints through a modular approach. Using a computational approach, we study the dynamics of the different systems, underlying their different regimes, corresponding to characteristic regions of their kinetic parameter space associated with specific biological behaviors. In the case of the large GPCR model, we were able to reduce the ensemble of its kinetics parameters to a set of three specific free parameters, and studied the corresponding regimes. The study of such biochemical systems requires computational approaches relying on dedicated tools. During the PhD, we developed such a tool, that we termed STReNGTHS. This is an open-source Python Package that offers an interface for the modeling and the simulation of biochemical reaction-diffusion systems in complex environments. Systems are described as discrete spaces in which species react and diffuse. Each individual reaction node is called a cell. Biological compartments are modeled by defining different types of cells, referred to as reaction-diffusion environments. Chemostats can also be set, locally or globally, to impose non-equilibrium conditions. The software proposes a generic interface for simulation algorithm, that is used to implement both deterministic and stochastic time-evolution engines. In this thesis, we present the software, along with the corresponding theoretical framework and a few selected applications as an illustration
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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