1,720,965 research outputs found
Etablering av realtime-PCR for påvisning av mecC hos meticillinresistente Staphylococcus aureus (MRSA)
Get PDFMRSA er gule stafylokokker, Staphylococcus aureus, som har utviklet resistens mot nesten alle β-laktamantibiotika, og skyldes ervervelse av mecA- eller mecC-genet. Formålet med denne bacheloroppgaven var å etablere en TaqMan real-time PCR-metode for deteksjon av mecC hos MRSA. Dette var ønskelig blant annet fordi dagens metode med konvensjonell PCR er tidkrevende. I tillegg påviser ikke den nåværende metoden mecC-genet i ekstern kvalitetskontroll fra Quality Control for Molecular Diagnostics.
Etableringen av real-time PCR for påvisning av mecC tok utgangspunkt i en tidligere publisert metode og ble optimalisert for bruk ved referanselaboratoriet. Metoden ble validert ved undersøkelse av sensitivitet, effektivitet og spesifisitet, både med og uten ROX som passiv referanse. I tillegg ble det undersøkt om metoden påviser mecC i den eksterne kvalitetskontrollen og om SYBR Green kan brukes som et alternativ til TaqMan.
Den optimaliserte real-time PCR-metoden har høy sensitivitet (copy number/antall bakterier: 27,8) og effektivitet (98,0 %). Real-time PCR-metoden viser god spesifisitet, da resultatene for alle de 52 bakterieisolatene i valideringspanelet samsvarer med konvensjonell PCR. Alle de 29 bakterieisolatene som fikk påvist mecC-genet ved real-time PCR var ved fenotypisk resistensbestemmelse resistente mot cefoxitin. Dette tyder på overensstemmelse mellom real-time PCR og fenotypisk resistensbestemmelse med cefoxitin. Den optimaliserte real-time PCR-metoden påviser mecC-genet i ekstern kvalitetskontroll. Real-time PCR-metode med ROX gir en bedre baselinjebestemmelse enn tilsvarende metode uten ROX.
Den optimaliserte real-time PCR-metoden er raskere å utføre enn den konvensjonelle PCR-metoden, og viser høy sensitivitet, effektivitet og spesifisitet. Dagens konvensjonelle PCR-metode for påvisning av mecC kan erstattes med TaqMan real-time PCR-metoden som er optimalisert i denne oppgaven.MRSA is Staphylococcus aureus which has developed resistance to almost all β-lactam antibiotics, and this is due to the acquisition of the mecA or mecC gene. This bachelor thesis aims to establish a TaqMan real-time PCR method for the detection of mecC in MRSA. This is desirable because the current method of conventional PCR is time consuming. In addition, the current method does not detect the mecC gene in external quality control from Quality Control for Molecular Diagnostics.
The establishment of real-time PCR method for mecC was based on a previously published method and was optimized for use at the reference laboratory. The optimized method was validated by examining sensitivity, efficiency and specificity, both with and without ROX as passive reference. In addition, it was examined whether the method detects mecC in the external quality control and whether SYBR Green can be used as an alternative to TaqMan.
The optimized real-time PCR method has high sensitivity (copy number: 27,8) and efficiency (98,0%). The real-time PCR method shows good specificity, as the result for all 52 bacterial isolates in the validation panel correspond to conventional PCR. All of the 29 bacterial isolates found to be mecC positive by real-time PCR were resistant to cefoxitin by phenotypic resistance determination. This indicates consistency between real-time PCR and phenotypic resistance determination with cefoxitin. The optimized real-time PCR method detects the mecC gene in external quality control. Real-time PCR method with ROX is considered to provide better baseline determination than an equivalent method without ROX.
The optimized real-time PCR method is faster to perform than the conventional PCR method, demonstrating high sensitivity, efficiency and specificity. The current conventional PCR method for detecting mecC can be replaced by the TaqMan real-time PCR method optimized in this thesis
Etablering av realtime-PCR for påvisning av mecC hos meticillinresistente Staphylococcus aureus (MRSA)
No full textMRSA er gule stafylokokker, Staphylococcus aureus, som har utviklet resistens mot nesten alle β-laktamantibiotika, og skyldes ervervelse av mecA- eller mecC-genet. Formålet med denne bacheloroppgaven var å etablere en TaqMan real-time PCR-metode for deteksjon av mecC hos MRSA. Dette var ønskelig blant annet fordi dagens metode med konvensjonell PCR er tidkrevende. I tillegg påviser ikke den nåværende metoden mecC-genet i ekstern kvalitetskontroll fra Quality Control for Molecular Diagnostics.
Etableringen av real-time PCR for påvisning av mecC tok utgangspunkt i en tidligere publisert metode og ble optimalisert for bruk ved referanselaboratoriet. Metoden ble validert ved undersøkelse av sensitivitet, effektivitet og spesifisitet, både med og uten ROX som passiv referanse. I tillegg ble det undersøkt om metoden påviser mecC i den eksterne kvalitetskontrollen og om SYBR Green kan brukes som et alternativ til TaqMan.
Den optimaliserte real-time PCR-metoden har høy sensitivitet (copy number/antall bakterier: 27,8) og effektivitet (98,0 %). Real-time PCR-metoden viser god spesifisitet, da resultatene for alle de 52 bakterieisolatene i valideringspanelet samsvarer med konvensjonell PCR. Alle de 29 bakterieisolatene som fikk påvist mecC-genet ved real-time PCR var ved fenotypisk resistensbestemmelse resistente mot cefoxitin. Dette tyder på overensstemmelse mellom real-time PCR og fenotypisk resistensbestemmelse med cefoxitin. Den optimaliserte real-time PCR-metoden påviser mecC-genet i ekstern kvalitetskontroll. Real-time PCR-metode med ROX gir en bedre baselinjebestemmelse enn tilsvarende metode uten ROX.
Den optimaliserte real-time PCR-metoden er raskere å utføre enn den konvensjonelle PCR-metoden, og viser høy sensitivitet, effektivitet og spesifisitet. Dagens konvensjonelle PCR-metode for påvisning av mecC kan erstattes med TaqMan real-time PCR-metoden som er optimalisert i denne oppgaven
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Metodeutvikling og validering av multiplex real-time PCR for deteksjon av meticillinresistente Staphylococcus argenteus
No full textAntibiotikaresistens er en global utfordring som i de siste årene har økt kraftig. Det er observert økende resistensutvikling også i Norge og det er derfor viktig å overvåke denne utviklingen. Denne overvåkingen gjøres blant annet av referanselaboratoriet for meticillinresistente Staphylococcus aureus (MRSA) ved avdeling for medisinsk mikrobiologi ved St. Olavs Hospital. S. aureus er en gram positiv stafylokokk med hyppig resistensutvikling. Resistensutviklingen mot antibiotikumet meticillin skyldes ervervelsen av genet mecA. S. argenteus har lenge blitt feilidentifisert som S. aureus, men har i nyere tid blitt klassifisert som en egen art. Det er også oppdaget meticillinresistente stammer av S. argenteus, som følge av ervervelse av mecA.
Hensikten med denne oppgaven var å etablere en multiplex real-time PCR-metode for å identifisere meticillinresistente S. argenteus basert på målgenene yhfT, lukE og mecA. Denne bakterien identifiseres i dag med helgenomsekvensering, noe som er kostbart, ressurs- og tidkrevende. Da avdeling for medisinsk mikrobiologi ved St. Olavs Hospital har funksjon som referanselaboratorium for MRSA, er det viktig med korrekt identifikasjon. Til tross for at behandlingen for meticillinresistente S. argenteus og MRSA er lik, er det ønskelig å kunne skille dem for å overvåke virulens- og resistensutviklingen av S. argenteus.
Metodeutviklingen innebar optimalisering av qPCR og undersøkelse av metodens effektivitet, sensitivitet og spesifisitet. Primerne og probene ble først vurdert og optimalisert som singleplex qPCR, før sammenslåing til multiplex qPCR. Som et siste trinn i metodeutviklingen ble metodens validitet undersøkt. Til dette ble 40 bakteriestammer med kjent genom benyttet. I tillegg ble det undersøkt om metoden var fungerende med to ulike ekstraksjonsmetoder; kokelysering og enzymatisk ekstraksjon med instrumentet EZ1 Advanced XL fra Qiagen.
Resultatene fra dette prosjektet viser at den nye metoden har god effektivitet og sensitivitet, samt god spesifisitet basert på den valideringen som ble gjort på de kjente bakteriestammene. Metoden fungerer godt med begge ekstraksjonsmetoder.
Det kan konkluderes med at etableringen av verdens første artsspesifikke multiplex qPCR for deteksjon av meticillinresistente S. argenteus basert på målgenene yhfT, lukE og mecA var suksessfull
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Metodeutvikling og validering av multiplex real-time PCR for deteksjon av meticillinresistente Staphylococcus argenteus
Get PDFAntibiotikaresistens er en global utfordring som i de siste årene har økt kraftig. Det er observert økende resistensutvikling også i Norge og det er derfor viktig å overvåke denne utviklingen. Denne overvåkingen gjøres blant annet av referanselaboratoriet for meticillinresistente Staphylococcus aureus (MRSA) ved avdeling for medisinsk mikrobiologi ved St. Olavs Hospital. S. aureus er en gram positiv stafylokokk med hyppig resistensutvikling. Resistensutviklingen mot antibiotikumet meticillin skyldes ervervelsen av genet mecA. S. argenteus har lenge blitt feilidentifisert som S. aureus, men har i nyere tid blitt klassifisert som en egen art. Det er også oppdaget meticillinresistente stammer av S. argenteus, som følge av ervervelse av mecA.
Hensikten med denne oppgaven var å etablere en multiplex real-time PCR-metode for å identifisere meticillinresistente S. argenteus basert på målgenene yhfT, lukE og mecA. Denne bakterien identifiseres i dag med helgenomsekvensering, noe som er kostbart, ressurs- og tidkrevende. Da avdeling for medisinsk mikrobiologi ved St. Olavs Hospital har funksjon som referanselaboratorium for MRSA, er det viktig med korrekt identifikasjon. Til tross for at behandlingen for meticillinresistente S. argenteus og MRSA er lik, er det ønskelig å kunne skille dem for å overvåke virulens- og resistensutviklingen av S. argenteus.
Metodeutviklingen innebar optimalisering av qPCR og undersøkelse av metodens effektivitet, sensitivitet og spesifisitet. Primerne og probene ble først vurdert og optimalisert som singleplex qPCR, før sammenslåing til multiplex qPCR. Som et siste trinn i metodeutviklingen ble metodens validitet undersøkt. Til dette ble 40 bakteriestammer med kjent genom benyttet. I tillegg ble det undersøkt om metoden var fungerende med to ulike ekstraksjonsmetoder; kokelysering og enzymatisk ekstraksjon med instrumentet EZ1 Advanced XL fra Qiagen.
Resultatene fra dette prosjektet viser at den nye metoden har god effektivitet og sensitivitet, samt god spesifisitet basert på den valideringen som ble gjort på de kjente bakteriestammene. Metoden fungerer godt med begge ekstraksjonsmetoder.
Det kan konkluderes med at etableringen av verdens første artsspesifikke multiplex qPCR for deteksjon av meticillinresistente S. argenteus basert på målgenene yhfT, lukE og mecA var suksessfull.Antibiotic resistance is a global threat and has increased during recent years. Increasing development of resistance has also been observed in Norway, and it is essential to surveil this development. This surveillance is done, among others, by the reference laboratory for methicillin-resistant S. aureus (MRSA) at the Department of Medical Microbiology at St. Olav's Hospital. S. aureus is a gram-positive staphylococcus with rapid development of resistance, where this methicillin resistance is due to the acquisition of the mecA gene. S. argenteus has long been misidentified as S. aureus but was recently described as a novel species. Methicillin-resistant strains of S. argenteus have also been discovered due to the acquisition of mecA.
The purpose of this project was to establish a multiplex real-time PCR assay to identify methicillin-resistant S. argenteus based on the target genes yhfT, lukE, and mecA. Today the identification of this bacteria is done with whole genome sequencing (WGS), which is costly, and resource- and time-consuming. As the Department of Medical Microbiology at St. Olav's Hospital functions as a reference laboratory for MRSA, it is essential with correct identification. Even though the treatment for methicillin-resistant S. argenteus and MRSA is the same, it is beneficial to distinguish them for surveillance of the virulence- and resistance development of S. argenteus.
The development of the qPCR assay involved optimization of the method and examination of effectivity, sensitivity, and specificity. The primers and probes were first evaluated and optimized as a singleplex qPCR before merging into a multiplex qPCR. As a final step in the development, the method's validity was examined on a selection of bacterial strains. For this validation, 40 bacterial strains with a known genome were used. In addition, it was investigated whether the method worked on two different extraction methods; boiling lysis and enzymatic extraction with EZ1 Advanced XL from Qiagen.
The results from this project show that the new method has good effectivity and sensitivity, and adequate specificity, based on the validation done on the known bacterial strains. The method is well functioning with both extraction methods.
It can be concluded that the establishment of the world's first species-specific multiplex qPCR for detecting methicillin-resistant S. argenteus based on the target genes yhfT, lukE, and mecA was successful
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
