1,720,959 research outputs found
IDENTIFIKASI MOLEKULER, KLONING DAN KARAKTERISASI IN-SILICO GEN-GEN KITINASE DARI BEBERAPA ISOLAT RHIZO- DAN PHYLOBACTERIA BERSIFAT ANTIANTRAKNOSA
Get PDFIDENTIFIKASI MOLEKULER, KLONING DAN KARAKTERISASI IN-SILICO GEN-GEN KITINASE DARI BEBERAPA ISOLAT BAKTERI RHIZOSFER DAN FILOPLAN BERSIFAT ANTIANTRAKNOSA
Oleh: Elly Syafriani (1331611005)
(Di bawah bimbingan: Prof. Dr. sc. agr. Ir. Jamsari, M.P.; Prof. Fatchiyah, M.Kes., Ph.D.; dan Dr. rer. nat. Syafrizayanti, S.Si., M.Si.)
Serangan penyakit antraknosa oleh jamur Colletotrichum gloeosporioides menimbulkan kerugian signifikan terhadap beberapa tanaman penting. Untuk mengatasi permasalahan ini, dikembangkan senyawa biofungisida dari bakteri antagonis penghasil senyawa antijamur. Empat isolat bakteri dengan kemampuan antagonis terbaik terhadap jamur C. gloeosporioides yaitu UBCR_12, UBCR_36, UBCF_01 dan UBCF_13 telah diidentifikasi secara molekuler dan diketahui tiga diantaranya yaitu UBCR_12, UBCF_01 dan UBCF_13 adalah Serratia plymuthica dan UBCR_36 adalah Pseudomonas lurida. Atas dasar studi literatur, diketahui bahwa jenis bakteri S. plymuthica mampu menghasilkan senyawa enzim kitinase yang efektif menghambat pertumbuhan jamur C. gloeosporioides. Untuk itu, dilakukan pengisolasian gen-gen pengkode senyawa enzim kitinase dari isolat yang teridentifikasi sebagai S. plymuthica melalui metode kloning berbasis PCR. Empat pasang primer spesifik yang telah didesain dari penelitian ini, berhasil mengisolasi dan mengamplifikasi gen-gen pengkode kitinase yang menjadi target yaitu ChiA, ChiB, ChiC dan 1281 bp-putative chitinase. Analisis sekuens yang dilakukan terhadap keempat gen memberikan prediksi fungsionalitas masing-masing gen tersebut. Seluruh data yang diperoleh dari penelitian ini dapat digunakan sebagai informasi dasar dalam pengembangan enzim kitinase dari S. plymuthica sebagai biofungisida.
Kata kunci: antraknosa, biofungisida, Serratia plymuthica, kitinase dan analisis sekuens
Kloning Gen C1 (Rep) Geminivirus ke dalam Escherichia coli BL21
No full textSayuran merupakan salah satu komoditi yang berperan penting dalam
menunjang perekonomian Sumatera Barat. Salah satu jenis komoditi sayuran
tersebut adalah cabai merah. Cabai merah mempunyai nilai ekonomi yang penting
dibandingkan dengan jenis sayuran lainnya (Arneti et al., 2009). Sumatera Barat
merupakan salah satu provinsi penghasil cabai di Indonesia. Produksi cabai di
Sumatera Barat sangat fluktuatif dan masih jauh dari potensi yang dapat
dihasilkannya. Salah satu penyebabnya ialah adanya serangan hama dan penyakit.
Penyakit yang paling dominan dan sangat merugikan tanaman cabai merah
pada saat sekarang ini adalah penyakit kuning keriting. Penyakit ini disebabkan
oleh Geminivirus dan disebut dengan Pepper Yellow Leaf Curl Virus (PepYLCV)
(genus: Begomovirus; famili: Geminiviridae). Di Sumatera Barat gejala penyakit
ini dilaporkan pertama kali pada akhir tahun 2003 di Kabupaten Sawah Lunto,
Sijunjung dan pada tahun 2004 telah menyebar di seluruh areal pertanaman cabai
di Sumatera Barat (Syaiful, 2005).
Para pemulia tanaman saat ini berusaha untuk mengembangkan kultivarkultivar
tahan terhadap Geminivirus baik melalui pendekatan konvensional
maupun pendekatan rekayasa genetik. Pendekatan pemuliaan konvensional belum
memberikan peranan yang berarti terhadap penanganan penyakit kuning keriting
karena spesies-spesies cabai yang diketahui memiliki ketahanan terhadap penyakit
kuning keriting belum teridentifikasi sampai saat ini. Seiring dengan hal tersebut
maka pendekatan pemuliaan nonkonvensional dengan menggunakan teknik
rekayasa genetik juga dilakukan secara intensif (Gonsalves, 2002).
Strategi rekayasa genetik memiliki dua pendekatan dalam pengembangan
kultivar resisten terhadap virus berdasarkan sumber gen yang digunakan.
Pendekatan pertama disebut dengan pendekatan Pathogen Derived Resistance
(PDR) dimana gen yang digunakan untuk menghasilkan ketahanan berasal dari
patogen virus itu sendiri (Sanford dan Johnston, 1985). Pada pendekatan kedua,
gen-gen yang digunakan dapat berasal dari inang ataupun organisme lainnya
(Margareta, 2004).
Strategi berbasis PDR dapat dibagi ke dalam beberapa kelompok tergantung
kepada bagian genom virus yang digunakan. Salah satu gen yang dapat digunakan
untuk menghasilkan resistensi berbasis PDR adalah penggunaan gen-gen yang
mengkode protein untuk replikasi (gen replikasi) (Palukaitis dan Zaitlin, 1997).
Pada Geminivirus, gen yang berperan sebagai gen replikasinya ialah gen C1
(Desbiez et al., 1995; Hull, 2002). Pemanfaatan gen C1 (Rep) di dalam PDR telah
dilakukan oleh Golemboski et al. (1990) pada tanaman tembakau untuk merakit
kultivar tembakau yang tahan terhadap Tobacco Mosaic Virus (TMV).
Ketahanan yang serupa juga telah dikembangkan untuk beberapa jenis virus
lainnya seperti Pea Early Browning Virus, PVY, dan CMV. Konsep penggunaan
gen dari gen Rep yang telah digunakan untuk pembentukan ketahanan pada
tanaman, dapat terdiri dari penggunaan sekuens gen sepenuhnya dan adanya
pemotongan atau mutasi pada gen tersebut. Kebanyakan dari sifat ketahanan yang
telah diperoleh pada hasil percobaan, tidak membutuhkan sintesis protein dan
menjadi perantara pada level RNA. Jenis ketahanan ini memiliki keterbatasan
hanya untuk spektrum serangan virus yang sempit. Spektrumnya lebih sempit
daripada Coat Protein Mediated Resistance (CPMR). Untuk membuat spektrum
ketahanannya menjadi luas merupakan hal yang sangat penting dilakukan. Hal ini
dilakukan untuk memperbanyak gen Rep tersebut dari beberapa sumber virus
yang berbeda ke dalam genom tanaman yang dicobakan. Walau spektrum gen Rep
sempit, tetapi sifat ketahanan yang dihasilkannya sangat kuat. Serangan virus
dengan tingkat agresivitas yang sangat tinggi, tidak akan memberi pengaruh
terhadap tanaman transgenik yang memiliki ketahanan dari gen Rep (Dasgupta et
al., 2003).
Langkah awal dalam tahapan perakitan kultivar cabai merah tahan
Geminivirus melalui pendekatan PDR dapat dilakukan dengan mengkloning gen
target ke dalam plasmid yang diperbanyak di dalam vektor perbanyakan seperti
bakteri Escherichia coli BL21. Bakteri Escherichia coli BL21 memiliki
keunggulan untuk kloning gen dibandingkan bakteri Escherichia coli (E. coli)
strain lainnya. E. coli BL21 memiliki kemampuan memperbanyak diri dalam
jumlah rendah (low copy number) tetapi memperlihatkan ekspresi yang lebih baik
untuk tujuan transformasi gen/DNA daripada bakteri E. coli lainnya (Nellen,
2011). Selain itu, E. coli BL21 juga memiliki ketahanan terhadap antibiotik
chloramphenicol sehingga memudahkan seleksi bakteri E. coli BL21 transforman
di media selektif.
Kloning gen target sebagai langkah awal perakitan kultivar cabai merah
tahan geminivirus sangat penting untuk stok gen dan memudahkan proses ligasi
gen target ke dalam plasmid yang akan digunakan untuk proses transformasi serta
diharapkan dapat terekspresi dengan baik di dalam tanaman. Adapun plasmid
yang dapat mengekspresikan gen target dengan baik di dalam tanaman ialah
plasmid pBI121, pBin19, pET-15b, dan masih banyak plasmid komersial lainnya
yang biasa digunakan untuk proses transformasi genetik ke dalam tanaman.
Namun kekurangan plasmid-plasmid ini ialah biasanya memiliki ujung lengket
(sticky end) setelah dipotong dengan enzim restriksi, sedangkan gen target
biasanya berujung tumpul (blunt end) (Brown, 1991). Sehingga perlu dilakukan
penambahan adaptor pada proses ligasi gen target ke dalam plasmid tersebut.
Untuk memudahkan ligasi gen target ke dalam plasmid yang dapat terekspresi di
dalam tanaman, maka perlu dilakukan ligasi gen target ke dalam plasmid pGem-T
easy terlebih dahulu, karena ujung basanya telah diketahui pasti yaitu basa T
(Timin) dengan gen target hasil amplifikasi (PCR) yang ujung basanya sudah
pasti A (Adenin). Sehingga persentase keberhasilan ligasi gen target ke dalam
plasmid pGem-T easy lebih tinggi dibandingkan plasmid-plasmid lainnya.
Berdasarkan uraian di atas, peneliti tertarik dan telah melakukan penelitian
yang berjudul, “Kloning Gen C1 (Rep) Geminivirus ke dalamEscherichia coli
BL21”, sebagai langkah awal terhadap upaya perakitan kultivar cabai merah yang
resisten terhadap serangan penyakit Geminivirus melalui pendekatan PDR
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
