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Role of redox signaling by ascorbate in the performance of tomato fruit
No full textLe changement de paradigme dans la biologie de l'oxydoréduction (redox), considérant les expèces réactives de l’oxygène (EROs) comme des signaux ajustés avec précision modulant le métabolisme des plantes, a mis en exergue les réseaux d'oxydoréduction, en particulier chez les plantes où de multiples sources d’EROs sont présentes et associées à de nombreux " systèmes de traitement des EROs " (Noctor et al., 2018). De plus, les principaux tampons redox (par exemple, l’acide ascorbique, le glutathion et les nucléotides à pyridine) apparaissent clairement au premier plan des régulations redox. La production d’EROs et les signaux redox qui en découlent sont cruciaux pour préserver l'harmonie du métabolisme du fait de leur participation aux voies de signalisation adaptatives tout au long du développement et en réponse à l'environnement. En parallèle, le développement de la modélisation mathématique intégrative a permis de nouvelles approches qui fournissent une description quantitative des flux métaboliques et de leur régulations.Les progrès dans la compréhension des signatures moléculaires impliquées dans les régulations redox, contrôlant le compromis entre le développement des fruits et les voies de stress, permettront de définir de nouvelles stratégies pour une production et un stockage optimal des fruits (Beauvoit et al., 2018). Cependant, les connaissances sur la biologie de l'oxydoréduction dans les fruits sont peu documentées. Bien que les principes provenant des tissus foliaires apportent une première compréhension du métabolisme redox, des études complètes fournissant des connaissances plus étendues sur les fruits restent manquantes.A cet égard, mon projet de thèse vise à fournir la première description quantitative du métabolisme redox principal du fruit de tomate dans un contexte de développement, tout en développant et en mettant en œuvre des protocoles permettant la quantification rapide des principaux composés redox. En outre, l'utilisation d'une approche de modélisation cinétique permettra de déchiffrer l'implication des flux redox dans le contrôle de l'équilibre oxydoréducteur au cours du développement du fruit.A cette fin :1. Une étude omique multi-échelle axée sur le métabolisme du NAD au cours du développement du fruit de la tomate a permis de fournir une meilleure vue de l'implication du métabolisme du NAD dans les métabolismes redox et central,2. Les principaux tampons redox et la capacité antioxydante totale ont été évalués à l'aide d'analyses biochimiques ciblées du cycle ascorbate-glutathion, tandis que l'analyse LC-MS non ciblée a permis une comparaison globale des stades de développement, en particulier vis à vis des composés redox secondaires. D’autre part, des plantes mutantes enrichies en ascorbate ont été analysées pour étudier l'impact d'une augmentation de l'ASC sur le métabolisme et le développement du fruit de tomate,3. Les ensembles de données obtenus ont finalement été utilisées pour développer un modèle cinétique du cycle ASC-GSH, permettant l'étude des flux redox et de leur régulation au cours du développement du fruit de la tomate.D'autre part, j’ai participé au développement d'un plateau d'analyses redox mis en place au sein de la plateforme Bordeaux Metabolome, ce qui m’a permis de participer à d'autres projets, tels que la caractérisation d'une nouvelle NAD kinase (Dell'Aglio et al., 2019) et la caractérisation de mutants enrichis en ASC (Deslous et al., 2021). J'ai également eu l'occasion de participer à la rédaction de revues visant à rassembler les connaissances éparses disponibles sur le métabolisme redox dans les fruits et en réponse aux environnements extrêmes (Decros et al., 2019 ; Dussarrat et al., 2021). Par ailleurs, les données préliminaires obtenues au cours de ce projet ont permis de concevoir de nouveaux projets plus ciblés sur l'implication du métabolisme redox pendant la phase de mise à fruit.The change of paradigm in redox biology, considering ROS as finely-tuned signals modulating plant metabolism, shed new light on redox networks, especially in plants where multiple sources of ROS are possible and associated with many “ROS processing systems” (Noctor et al., 2018), while major redox buffers (e.g. ASC, GSH and NAD) clearly appear at the forefront of oxidative regulations. ROS production and redox signals arising from are crucial to harmonious metabolism and participate in adaptive signalling pathways throughout development and in response to the environment. In parallel, the development of mathematical integrative modelling permitted by new approaches providing quantitative description through metabolic fluxes.Progress in understanding the molecular signatures involved in the redox regulations controlling the trade-off between fruit development and stress pathways will help to define novel strategies for optimal fruit production and storage (Beauvoit et al., 2018). However, knowledge on redox biology in fruit is sparsely documented, although principles originating from leaves tissues are valuable while waiting for comprehensive studies that provide more extensive knowledge on fruits.In this regard, my PhD project aims to provide the first quantitative description of core redox metabolism in a developmental context while developing and implementing protocols allowing the rapid quantification of major redox compounds. In addition, the use of an integrative modelling approach will allow deciphering the implication of redox flux in the control of redox balance during fruit development.For this purpose:1. A multiscale omics study focusing on NAD metabolism during tomato fruit development provides a better view of the implication of NAD metabolism in redox and central metabolism,2. Major redox buffers and total antioxidant capacity are assessed using targeted biochemical analyses of the ascorbate-glutathione cycle, while untargeted LC-MS analysis provides a global comparison of developmental stages, in particular for secondary redox compounds. Furthermore, mutant plants enriched in ascorbate have been analysed to study the impact of an increase in ASC on tomato fruit,3. The data sets obtained are finally used to develop a kinetic-based model of the ASC-GSH cycle, allowing the investigation of redox fluxes and their regulation during tomato fruit development.Besides, I participate in developing a redox platform to implement at the Bordeaux Metabolome Facility, allowing me to participate in some other projects, such as the characterisation of new NAD kinase (Dell’Aglio et al., 2019) and the characterisation of ASC-enriched mutants (Deslous et al., 2021). I also had the opportunity to participate in the writing of reviews aiming to bring together the scattered knowledge available on redox metabolism in fruits and in response to extreme environments (Decros et al., 2019 ; Dussarrat et al., 2021). Furthermore, the preliminary data obtained allowed the designing of new projects more focused on the involvement of redox metabolism during the fruit setting phase. To this end, different ASC mutant fruits have been analysed at several flower and young fruit stages
Rôle de la signalisation redox par l’ascorbate dans la performance du fruit de tomate
No full textLe changement de paradigme dans la biologie de l'oxydoréduction (redox), considérant les expèces réactives de l’oxygène (EROs) comme des signaux ajustés avec précision modulant le métabolisme des plantes, a mis en exergue les réseaux d'oxydoréduction, en particulier chez les plantes où de multiples sources d’EROs sont présentes et associées à de nombreux " systèmes de traitement des EROs " (Noctor et al., 2018). De plus, les principaux tampons redox (par exemple, l’acide ascorbique, le glutathion et les nucléotides à pyridine) apparaissent clairement au premier plan des régulations redox. La production d’EROs et les signaux redox qui en découlent sont cruciaux pour préserver l'harmonie du métabolisme du fait de leur participation aux voies de signalisation adaptatives tout au long du développement et en réponse à l'environnement. En parallèle, le développement de la modélisation mathématique intégrative a permis de nouvelles approches qui fournissent une description quantitative des flux métaboliques et de leur régulations.Les progrès dans la compréhension des signatures moléculaires impliquées dans les régulations redox, contrôlant le compromis entre le développement des fruits et les voies de stress, permettront de définir de nouvelles stratégies pour une production et un stockage optimal des fruits (Beauvoit et al., 2018). Cependant, les connaissances sur la biologie de l'oxydoréduction dans les fruits sont peu documentées. Bien que les principes provenant des tissus foliaires apportent une première compréhension du métabolisme redox, des études complètes fournissant des connaissances plus étendues sur les fruits restent manquantes.A cet égard, mon projet de thèse vise à fournir la première description quantitative du métabolisme redox principal du fruit de tomate dans un contexte de développement, tout en développant et en mettant en œuvre des protocoles permettant la quantification rapide des principaux composés redox. En outre, l'utilisation d'une approche de modélisation cinétique permettra de déchiffrer l'implication des flux redox dans le contrôle de l'équilibre oxydoréducteur au cours du développement du fruit.A cette fin :1. Une étude omique multi-échelle axée sur le métabolisme du NAD au cours du développement du fruit de la tomate a permis de fournir une meilleure vue de l'implication du métabolisme du NAD dans les métabolismes redox et central,2. Les principaux tampons redox et la capacité antioxydante totale ont été évalués à l'aide d'analyses biochimiques ciblées du cycle ascorbate-glutathion, tandis que l'analyse LC-MS non ciblée a permis une comparaison globale des stades de développement, en particulier vis à vis des composés redox secondaires. D’autre part, des plantes mutantes enrichies en ascorbate ont été analysées pour étudier l'impact d'une augmentation de l'ASC sur le métabolisme et le développement du fruit de tomate,3. Les ensembles de données obtenus ont finalement été utilisées pour développer un modèle cinétique du cycle ASC-GSH, permettant l'étude des flux redox et de leur régulation au cours du développement du fruit de la tomate.D'autre part, j’ai participé au développement d'un plateau d'analyses redox mis en place au sein de la plateforme Bordeaux Metabolome, ce qui m’a permis de participer à d'autres projets, tels que la caractérisation d'une nouvelle NAD kinase (Dell'Aglio et al., 2019) et la caractérisation de mutants enrichis en ASC (Deslous et al., 2021). J'ai également eu l'occasion de participer à la rédaction de revues visant à rassembler les connaissances éparses disponibles sur le métabolisme redox dans les fruits et en réponse aux environnements extrêmes (Decros et al., 2019 ; Dussarrat et al., 2021). Par ailleurs, les données préliminaires obtenues au cours de ce projet ont permis de concevoir de nouveaux projets plus ciblés sur l'implication du métabolisme redox pendant la phase de mise à fruit.The change of paradigm in redox biology, considering ROS as finely-tuned signals modulating plant metabolism, shed new light on redox networks, especially in plants where multiple sources of ROS are possible and associated with many “ROS processing systems” (Noctor et al., 2018), while major redox buffers (e.g. ASC, GSH and NAD) clearly appear at the forefront of oxidative regulations. ROS production and redox signals arising from are crucial to harmonious metabolism and participate in adaptive signalling pathways throughout development and in response to the environment. In parallel, the development of mathematical integrative modelling permitted by new approaches providing quantitative description through metabolic fluxes.Progress in understanding the molecular signatures involved in the redox regulations controlling the trade-off between fruit development and stress pathways will help to define novel strategies for optimal fruit production and storage (Beauvoit et al., 2018). However, knowledge on redox biology in fruit is sparsely documented, although principles originating from leaves tissues are valuable while waiting for comprehensive studies that provide more extensive knowledge on fruits.In this regard, my PhD project aims to provide the first quantitative description of core redox metabolism in a developmental context while developing and implementing protocols allowing the rapid quantification of major redox compounds. In addition, the use of an integrative modelling approach will allow deciphering the implication of redox flux in the control of redox balance during fruit development.For this purpose:1. A multiscale omics study focusing on NAD metabolism during tomato fruit development provides a better view of the implication of NAD metabolism in redox and central metabolism,2. Major redox buffers and total antioxidant capacity are assessed using targeted biochemical analyses of the ascorbate-glutathione cycle, while untargeted LC-MS analysis provides a global comparison of developmental stages, in particular for secondary redox compounds. Furthermore, mutant plants enriched in ascorbate have been analysed to study the impact of an increase in ASC on tomato fruit,3. The data sets obtained are finally used to develop a kinetic-based model of the ASC-GSH cycle, allowing the investigation of redox fluxes and their regulation during tomato fruit development.Besides, I participate in developing a redox platform to implement at the Bordeaux Metabolome Facility, allowing me to participate in some other projects, such as the characterisation of new NAD kinase (Dell’Aglio et al., 2019) and the characterisation of ASC-enriched mutants (Deslous et al., 2021). I also had the opportunity to participate in the writing of reviews aiming to bring together the scattered knowledge available on redox metabolism in fruits and in response to extreme environments (Decros et al., 2019 ; Dussarrat et al., 2021). Furthermore, the preliminary data obtained allowed the designing of new projects more focused on the involvement of redox metabolism during the fruit setting phase. To this end, different ASC mutant fruits have been analysed at several flower and young fruit stages
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Role of redox signaling by ascorbate in the performance of tomato fruit
No full textLe changement de paradigme dans la biologie de l'oxydoréduction (redox), considérant les expèces réactives de l’oxygène (EROs) comme des signaux ajustés avec précision modulant le métabolisme des plantes, a mis en exergue les réseaux d'oxydoréduction, en particulier chez les plantes où de multiples sources d’EROs sont présentes et associées à de nombreux " systèmes de traitement des EROs " (Noctor et al., 2018). De plus, les principaux tampons redox (par exemple, l’acide ascorbique, le glutathion et les nucléotides à pyridine) apparaissent clairement au premier plan des régulations redox. La production d’EROs et les signaux redox qui en découlent sont cruciaux pour préserver l'harmonie du métabolisme du fait de leur participation aux voies de signalisation adaptatives tout au long du développement et en réponse à l'environnement. En parallèle, le développement de la modélisation mathématique intégrative a permis de nouvelles approches qui fournissent une description quantitative des flux métaboliques et de leur régulations.Les progrès dans la compréhension des signatures moléculaires impliquées dans les régulations redox, contrôlant le compromis entre le développement des fruits et les voies de stress, permettront de définir de nouvelles stratégies pour une production et un stockage optimal des fruits (Beauvoit et al., 2018). Cependant, les connaissances sur la biologie de l'oxydoréduction dans les fruits sont peu documentées. Bien que les principes provenant des tissus foliaires apportent une première compréhension du métabolisme redox, des études complètes fournissant des connaissances plus étendues sur les fruits restent manquantes.A cet égard, mon projet de thèse vise à fournir la première description quantitative du métabolisme redox principal du fruit de tomate dans un contexte de développement, tout en développant et en mettant en œuvre des protocoles permettant la quantification rapide des principaux composés redox. En outre, l'utilisation d'une approche de modélisation cinétique permettra de déchiffrer l'implication des flux redox dans le contrôle de l'équilibre oxydoréducteur au cours du développement du fruit.A cette fin :1.Une étude omique multi-échelle axée sur le métabolisme du NAD au cours du développement du fruit de la tomate a permis de fournir une meilleure vue de l'implication du métabolisme du NAD dans les métabolismes redox et central,2.Les principaux tampons redox et la capacité antioxydante totale ont été évalués à l'aide d'analyses biochimiques ciblées du cycle ascorbate-glutathion, tandis que l'analyse LC-MS non ciblée a permis une comparaison globale des stades de développement, en particulier vis à vis des composés redox secondaires. D’autre part, des plantes mutantes enrichies en ascorbate ont été analysées pour étudier l'impact d'une augmentation de l'ASC sur le métabolisme et le développement du fruit de tomate,3.Les ensembles de données obtenus ont finalement été utilisées pour développer un modèle cinétique du cycle ASC-GSH, permettant l'étude des flux redox et de leur régulation au cours du développement du fruit de la tomate.D'autre part, j’ai participé au développement d'un plateau d'analyses redox mis en place au sein de la plateforme Bordeaux Metabolome, ce qui m’a permis de participer à d'autres projets, tels que la caractérisation d'une nouvelle NAD kinase (Dell'Aglio et al., 2019) et la caractérisation de mutants enrichis en ASC (Deslous et al., 2021). J'ai également eu l'occasion de participer à la rédaction de revues visant à rassembler les connaissances éparses disponibles sur le métabolisme redox dans les fruits et en réponse aux environnements extrêmes (Decros et al., 2019 ; Dussarrat et al., 2021). Par ailleurs, les données préliminaires obtenues au cours de ce projet ont permis de concevoir de nouveaux projets plus ciblés sur l'implication du métabolisme redox pendant la phase de mise à fruit.The change of paradigm in redox biology, considering ROS as finely-tuned signals modulating plant metabolism, shed new light on redox networks, especially in plants where multiple sources of ROS are possible and associated with many “ROS processing systems” (Noctor et al., 2018), while major redox buffers (e.g. ASC, GSH and NAD) clearly appear at the forefront of oxidative regulations. ROS production and redox signals arising from are crucial to harmonious metabolism and participate in adaptive signalling pathways throughout development and in response to the environment. In parallel, the development of mathematical integrative modelling permitted by new approaches providing quantitative description through metabolic fluxes.Progress in understanding the molecular signatures involved in the redox regulations controlling the trade-off between fruit development and stress pathways will help to define novel strategies for optimal fruit production and storage (Beauvoit et al., 2018). However, knowledge on redox biology in fruit is sparsely documented, although principles originating from leaves tissues are valuable while waiting for comprehensive studies that provide more extensive knowledge on fruits.In this regard, my PhD project aims to provide the first quantitative description of core redox metabolism in a developmental context while developing and implementing protocols allowing the rapid quantification of major redox compounds. In addition, the use of an integrative modelling approach will allow deciphering the implication of redox flux in the control of redox balance during fruit development.For this purpose:1.A multiscale omics study focusing on NAD metabolism during tomato fruit development provides a better view of the implication of NAD metabolism in redox and central metabolism,2.Major redox buffers and total antioxidant capacity are assessed using targeted biochemical analyses of the ascorbate-glutathione cycle, while untargeted LC-MS analysis provides a global comparison of developmental stages, in particular for secondary redox compounds. Furthermore, mutant plants enriched in ascorbate have been analysed to study the impact of an increase in ASC on tomato fruit,3.The data sets obtained are finally used to develop a kinetic-based model of the ASC-GSH cycle, allowing the investigation of redox fluxes and their regulation during tomato fruit development.Besides, I participate in developing a redox platform to implement at the Bordeaux Metabolome Facility, allowing me to participate in some other projects, such as the characterisation of new NAD kinase (Dell’Aglio et al., 2019) and the characterisation of ASC-enriched mutants (Deslous et al., 2021). I also had the opportunity to participate in the writing of reviews aiming to bring together the scattered knowledge available on redox metabolism in fruits and in response to extreme environments (Decros et al., 2019 ; Dussarrat et al., 2021). Furthermore, the preliminary data obtained allowed the designing of new projects more focused on the involvement of redox metabolism during the fruit setting phase. To this end, different ASC mutant fruits have been analysed at several flower and young fruit stages
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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