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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Exploration des réarrangements atypiques Vκ2-Vκ dans des sous-populations B ex vivo et dans un modèle de différenciation B in vitro
No full textDuring B lymphopoiesis, many recombinant mechanisms are involved allowing the synthesis of immunoglobulins. The immunoglobulins are composed of two heavy and light identical chains. Within the IGK locus, mechanisms allow the association of a gene fragment of variability Vκ and junction Jκ. This mechanism is called V (D) J recombination of immunoglobulin genes. Previous work by Prof. Brigitte Gubler identified atypical rearrangements associating two Vκ genes, called Vκ2-Vκ in samples from patients with pediatric ALL-B. During this thesis work, we continued this study by focusing on the physiological appearance of Vκ2-Vκ rearrangements in sorted cell populations of cord blood. We have identified these atypical rearrangements at a frequency of between 0.5% and 1%. Our results show a preferential use of genes depending on the stage of maturation. In addition, in a new model of in vitro B-cell differentiation developed from mature stem cells in coculture with cord stromal stem cells, we found these rearrangements at a lower frequency, but having the same characteristics of preferential use of genes than previously demonstrated. These results demonstrate the existence of atypical physiological Vκ2-Vκ rearrangements and indirectly demonstrate the existence of a functional enhancer responsible for the control of atypical Vκ2-Vκ recombination, allowing diversity and revision of the repertoire IG kappa light chainsAu cours de la lymphopoïèse B, de nombreux mécanismes recombinatoires sont mis en place pour permettre la synthèse des immunoglobulines, qui sont composées de quatre chaînes protéiques : deux chaînes lourdes et deux chaînes légères identiques. Au sein du locus IGK des chaînes légères, des mécanismes entraînent l'association d'un fragment de gène de variabilité Vκ et de jonction Jκ : c’est la recombinaison V(D)J des gènes des immunoglobulines. Des travaux antérieurs du Pr Brigitte Gubler ont identifié des réarrangements atypiques associant deux gènes Vκ, appelés Vκ2-Vκ, dans les prélèvements de patients atteints de LAL-B pédiatrique. Durant ces travaux de thèse, nous avons poursuivi cette étude en nous concentrant sur l'apparition physiologique des réarrangements Vκ2-Vκ au sein de populations cellulaires triées de sang placentaire. Nous avons découvert que ces réarrangements atypiques apparaissent à une fréquence comprise entre 0,5% et 1%. Nos résultats montrent une utilisation préférentielle des gènes en fonction du stade de maturation. Dans un nouveau modèle de différenciation B in vitro développé à partir de cellules souches matures en coculture avec des cellules souches stromales issues de sang de cordon, nous avons constaté que ces réarrangements atypiques ont une fréquence inférieure (0,2%) mais qu'ils possèdent les mêmes caractéristiques d'utilisation préférentielle des gènes au cours de la différenciation B. Ces résultats démontrent l'existence de réarrangements atypiques Vκ2-Vκ physiologiques et démontrent de façon indirecte l'existence d'un enhancer fonctionnel responsable du contrôle des recombinaisons atypiques Vκ2-Vκ permettant la diversité et la révision du répertoire des chaînes légères κ des immunoglobuline
Exploration des réarrangements atypiques Vκ2-Vκ dans des sous-populations B ex vivo et dans un modèle de différenciation B in vitro
No full textDuring B lymphopoiesis, many recombinant mechanisms are involved allowing the synthesis of immunoglobulins. The immunoglobulins are composed of two heavy and light identical chains. Within the IGK locus, mechanisms allow the association of a gene fragment of variability Vκ and junction Jκ. This mechanism is called V (D) J recombination of immunoglobulin genes. Previous work by Prof. Brigitte Gubler identified atypical rearrangements associating two Vκ genes, called Vκ2-Vκ in samples from patients with pediatric ALL-B. During this thesis work, we continued this study by focusing on the physiological appearance of Vκ2-Vκ rearrangements in sorted cell populations of cord blood. We have identified these atypical rearrangements at a frequency of between 0.5% and 1%. Our results show a preferential use of genes depending on the stage of maturation. In addition, in a new model of in vitro B-cell differentiation developed from mature stem cells in coculture with cord stromal stem cells, we found these rearrangements at a lower frequency, but having the same characteristics of preferential use of genes than previously demonstrated. These results demonstrate the existence of atypical physiological Vκ2-Vκ rearrangements and indirectly demonstrate the existence of a functional enhancer responsible for the control of atypical Vκ2-Vκ recombination, allowing diversity and revision of the repertoire IG kappa light chainsAu cours de la lymphopoïèse B, de nombreux mécanismes recombinatoires sont mis en place pour permettre la synthèse des immunoglobulines, qui sont composées de quatre chaînes protéiques : deux chaînes lourdes et deux chaînes légères identiques. Au sein du locus IGK des chaînes légères, des mécanismes entraînent l'association d'un fragment de gène de variabilité Vκ et de jonction Jκ : c’est la recombinaison V(D)J des gènes des immunoglobulines. Des travaux antérieurs du Pr Brigitte Gubler ont identifié des réarrangements atypiques associant deux gènes Vκ, appelés Vκ2-Vκ, dans les prélèvements de patients atteints de LAL-B pédiatrique. Durant ces travaux de thèse, nous avons poursuivi cette étude en nous concentrant sur l'apparition physiologique des réarrangements Vκ2-Vκ au sein de populations cellulaires triées de sang placentaire. Nous avons découvert que ces réarrangements atypiques apparaissent à une fréquence comprise entre 0,5% et 1%. Nos résultats montrent une utilisation préférentielle des gènes en fonction du stade de maturation. Dans un nouveau modèle de différenciation B in vitro développé à partir de cellules souches matures en coculture avec des cellules souches stromales issues de sang de cordon, nous avons constaté que ces réarrangements atypiques ont une fréquence inférieure (0,2%) mais qu'ils possèdent les mêmes caractéristiques d'utilisation préférentielle des gènes au cours de la différenciation B. Ces résultats démontrent l'existence de réarrangements atypiques Vκ2-Vκ physiologiques et démontrent de façon indirecte l'existence d'un enhancer fonctionnel responsable du contrôle des recombinaisons atypiques Vκ2-Vκ permettant la diversité et la révision du répertoire des chaînes légères κ des immunoglobuline
Exploration of atypical Vκ2-Vκ rearrangements in ex vivo B cells subpopulations and in a in vitro B cell differentiation model
No full textAu cours de la lymphopoïèse B, de nombreux mécanismes recombinatoires sont mis en place pour permettre la synthèse des immunoglobulines, qui sont composées de quatre chaînes protéiques : deux chaînes lourdes et deux chaînes légères identiques. Au sein du locus IGK des chaînes légères, des mécanismes entraînent l'association d'un fragment de gène de variabilité Vκ et de jonction Jκ : c’est la recombinaison V(D)J des gènes des immunoglobulines. Des travaux antérieurs du Pr Brigitte Gubler ont identifié des réarrangements atypiques associant deux gènes Vκ, appelés Vκ2-Vκ, dans les prélèvements de patients atteints de LAL-B pédiatrique. Durant ces travaux de thèse, nous avons poursuivi cette étude en nous concentrant sur l'apparition physiologique des réarrangements Vκ2-Vκ au sein de populations cellulaires triées de sang placentaire. Nous avons découvert que ces réarrangements atypiques apparaissent à une fréquence comprise entre 0,5% et 1%. Nos résultats montrent une utilisation préférentielle des gènes en fonction du stade de maturation. Dans un nouveau modèle de différenciation B in vitro développé à partir de cellules souches matures en coculture avec des cellules souches stromales issues de sang de cordon, nous avons constaté que ces réarrangements atypiques ont une fréquence inférieure (0,2%) mais qu'ils possèdent les mêmes caractéristiques d'utilisation préférentielle des gènes au cours de la différenciation B. Ces résultats démontrent l'existence de réarrangements atypiques Vκ2-Vκ physiologiques et démontrent de façon indirecte l'existence d'un enhancer fonctionnel responsable du contrôle des recombinaisons atypiques Vκ2-Vκ permettant la diversité et la révision du répertoire des chaînes légères κ des immunoglobulinesDuring B lymphopoiesis, many recombinant mechanisms are involved allowing the synthesis of immunoglobulins. The immunoglobulins are composed of two heavy and light identical chains. Within the IGK locus, mechanisms allow the association of a gene fragment of variability Vκ and junction Jκ. This mechanism is called V (D) J recombination of immunoglobulin genes. Previous work by Prof. Brigitte Gubler identified atypical rearrangements associating two Vκ genes, called Vκ2-Vκ in samples from patients with pediatric ALL-B. During this thesis work, we continued this study by focusing on the physiological appearance of Vκ2-Vκ rearrangements in sorted cell populations of cord blood. We have identified these atypical rearrangements at a frequency of between 0.5% and 1%. Our results show a preferential use of genes depending on the stage of maturation. In addition, in a new model of in vitro B-cell differentiation developed from mature stem cells in coculture with cord stromal stem cells, we found these rearrangements at a lower frequency, but having the same characteristics of preferential use of genes than previously demonstrated. These results demonstrate the existence of atypical physiological Vκ2-Vκ rearrangements and indirectly demonstrate the existence of a functional enhancer responsible for the control of atypical Vκ2-Vκ recombination, allowing diversity and revision of the repertoire IG kappa light chain
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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