1,720,990 research outputs found
River buffalo (Bubalus bubalis) chromossome 14 comparative mapping in radiated hybrid somatic cell panel
No full textDissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2009.O desenvolvimento de ferramentas genômicas e a geração de informações moleculares para o búfalo (Bubalus bubalis) ainda estão em uma fase inicial em relação a outras espécies de interesse zootécnico. Nesse contexto, esse trabalho será de grande importância para a condução de estudos para identificação das bases genéticas e mecanismos moleculares que resultam em diferenças significativas entre bubalinos e bovinos, tanto na fisiologia quanto na qualidade e composição da carne e leite. A ferramenta genômica de última geração para construção de mapas físicos é o painel de células somáticas híbridas irradiadas (Painel RH), que permite a utilização de marcadores derivados de seqüências gênicas conservadas entre espécies e úteis para mapeamento comparativo. Recentemente, um consócio internacional foi estabelecido para a construção de um mapa RH bubalino de primeira geração, e o presente estudo foi realizado como contribuição a esse consórcio. Foram testadas condições de amplificação para 49 marcadores derivados de genes do cromossomo bovino 13 (BTA13), que possui alto grau de sintenia com o cromossomo bubalino 14 (BBU14). Obteve-se condições ideais de amplificação para um total de 37 marcadores, que foram testados no mínimo duas vezes em todas as linhagens do Painel para minimizar a ocorrência de resultados falsos positivos ou negativos. O software Carthagene foi utilizado para analisar os dados e gerar o mapa. Marcadores com LOD dois pontos < 3 foram excluídos da análise final. O mapa produzido contém um total de 28 marcadores, com taxa de retenção média de 20,7%. Para a construção do mapa comparativo, ancorou-se o mapa RH gerado ao mapa citogenético bubalino, e comparou-se a localização dos genes mapeados no mapa da Montagem do Genoma Bovino v4.0. O resultado obtido mostrou uma alta conservação sintênica entre os cromossomos BTA13 e BBU14, com algumas discordâncias, que não foram sustentadas pelo mapa final gerado pelo consórcio. Este estudo foi importante para a construção do primeiro mapa RH do genoma do búfalo de rio. _________________________________________________________________________________ ABSTRACTThe development of genomic tools and the generation of molecular data for the river buffalo (Bubalus bubalis) are still in an initial phase in relation to other species of interest to animal production activities. In this context, this work will be of great importance for studies geared to identifying the genetic basis and molecular mechanisms that result in significant differences between buffaloes and cattle, both in production physiology and meat and milk quality and composition. The last generation genomic tool for constructing physical maps is the Radiation Hybrid Panel (RH Panel), because it allows the use of markers derived from related species and useful for comparative mapping. Recently, an international consortium was established for the construction of a first generation buffalo RH map, and the present study was carried out as a contribution to the International Consortium. PCR amplification conditions were tested for 49 markers derived from bovine gene sequences located on chromosome 13 (BTA13), which has a high degree of sinteny with buffalo chromosome 14 (BBU14). Ideal amplification conditions were obtained for a total of 37 markers, which were tested at least twice in all RH cell linesto minimise the occurrence of false positive or negative scorings. The program Carthagene was used to analyze the data and generate the RH map. The result obtained showed high syntenic conservation between chromosomes BTA13 and BBU14, with some discrepancies, which were not supported by final map generated by the consortium. This study was important for the construction of the first generation RH genome map of river buffalo.Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária (FAV)Programa de Pós-Graduação em Ciências Animai
Transcriptome characterization of cachara (Pseudoplatystoma reticulatum) and pintado (P. corruscans) hybrids using new generation sequencing technologies
No full textTese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2015.A cachara do pantanal (Pseudoplatystoma reticulatum) é uma espécie de bagre neotropical nativa do Brasil historicamente importante para a pesca comercial e esportiva. A produção dos bagres e de seus híbridos em cativeiro apresentou uma taxa de crescimento de mais de 100% entre 2010 e 2011, chegando a 17.619 toneladas. A geração de híbridos com o pintado (P. corruscans) vem sendo amplamente utilizada pelo setor produtivo para obter peixes superiores para o cultivo, que apresentam vigor híbrido, além das características superiores de cada uma das espécies puras. Contudo, essa prática apresenta uma ameaça para o desenvolvimento sustentável da piscicultura dos surubins, já que os híbridos gerados são férteis e podem retrocruzar com populações selvagens e estoques puros de reprodutores mantidos em cativeiro. Ferramentas de vanguarda são necessárias para alavancar o desenvolvimento de tecnologias avançadas para a criação da cachara em cativeiro, como a detecção de introgressões interespecíficas, e métodos aprimorados de reprodução e de monitoramento e melhoramento genético de estoques de reprodutores. Inicialmente, um ensaio de minisequenciamento (SNaPshot©) foi desenvolvido e validado com base em marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) espécie-específicos disponíveis na literatura, derivados de dois genes mitocondrais (16S e COI) e quatro genes nucleares (RAG2, GLOB, 18S e EF1α). Adicionalmente, análises do transcriptoma de sete tecidos (músculo branco, músculo vermelho, hipófise, gônada, rim, fígado e brânquia) de cacharas e híbridos de cachara/pintado foram realizadas para caracterizar o transcriptoma da espécie e prospectar SNPs espécie-específicos. RNA extraído de cada um dos tecidos de 17 cacharas e nove híbridos foi combinado em quantidades equimolares e utilizado para gerar 16 bibliotecas de cDNA: uma biblioteca para cada tecido de cada espécie (n=14) e uma biblioteca contendo todos os tecidos para cada espécie (n=2); as quais foram sequenciadas com tecnologia Illumina com protocolos de sequenciamento de 100 e 300 pb de comprimento. Um total de 997.043.038 fragmentos sequenciados foram processados com os programas Trinity e BWA para montagem do transcriptoma das duas espécies (cachara e híbridos de pintado) e identificação de SNPs, respectivamente. A análise do transcriptoma da cachara revelou um total de 93.674 transcritos únicos, além de 37.917 transcritos tecido-específicos e 7.456 transcritos presentes em todos os tecidos analisados. Um total de 647.954 SNPs foram identificados nas sequências analisadas, sendo que 64 SNPs espécie-especificos foram identificados, satisfazendo critérios de espaçamento e posição nos transcritos analisados, os quais serão adequados para identificar introgressões da ordem de 1,65% entre genomas da cachara e do pintado. Adicionalmente, uma montagem do DNA mitocondrial da cachara foi produzida com base nas sequências de cDNA analisadas e sequências da região controle D-loop geradas com sequenciamento Sanger. O mitogenoma completo da cachara apresentou 16.576 pb de comprimento, e a mesma estrutura básica, ordem e organização gênica observada nos mitogenomas de outras espécies de vertebrados. As informações e conhecimentos gerados neste estudo serão disponibilizadas publicamente, e poderão ser empregadas no desenvolvimento de novos estudos em áreas como filogeografia, sistemática filogenética, genética de populações, conservação e melhoramento da cachara e de outros bagres tropicais.Pantanal (Brazilian wetlands) cachara (Pseudoplatystoma reticulatum) is a Brazilian native neotropical catfish historically important for commercial and sport fisheries. Catfish and hybrids aquaculture production showed a growth rate over 100% between 2010 and 2011, reaching 17,619 tonnes. The hybrids generation with pintado (P. corruscans) has been widely used by growers to obtain superior fishes, with hybrid vigor, in addition to pure species superior characteristics. However, this practice is a menace to sustainable catfish aquaculture development hence the hybrids are fertile and can backcross with wild populations and pure broodstocks maintained in captivity. The use of cutting-edge tools is necessary to boost the advanced technologies development for cachara farming, like interspecific introgression detection, and improved bloodstock’s reproduction, monitoring and breeding methods. Initially a minisequencing assay (SNaPshot©) was developed and validated based on specie-specific SNP (Single Nucleotide Polymorphism) tracers available at literature, derived from two mitochondrial genes (16S and COI) and four nuclear genes (RAG2, GLOB, 18 S and EF1α). Additionally, transcriptome analysis of seven tissues (white muscle, red muscle, hypophysis, gonad, kidney, liver and gill) of cachara and hybrids of cachara/pintado were carried to characterize the transcriptome of the species and search for specie-specific SNPs. The RNA extracted from each tissue of 17 cachara and nine hybrids were combined in equimolar quantities and used to generate 16 cDNA libraries: one library, for each tissue of each specie (n=14) and a library containing all tissues of each specie (n=2), which were sequenced with Illumina technology with sequencing protocols of 100 and 300 pb in length. A total of 997,043,038 sequenced fragments were processed with Trinity and BWA programs to transcriptome assembly of two species (cachara and pintado hybrids) and SNPs identification, respectively. The transcriptome analysis of cachara revealed a total of 93,674 unique transcripts, in addition to 37,917 tissue-specific transcripts and 7,456 transcripts present in all analyzed tissues. A total of 647,954 SNPs were identified in the analyzed sequences, amongst them 64 specie-specific SNPs, satisfying spacing and position criteria in the studied transcripts which were suitable for introgression identification in the order of 1.65% between cachara and pintado genome. Besides, a mitochondrial DNA assembly were produced based on the analyzed cDNA and D-loop control region sequences using Sanger sequencing. The cachara complete metagenome showed 16,576 bp in length, and the same basic structure, order and gene organization observed in the metagenomes of other vertebrate species. The novel information and knowledge generated by this study will be public available and can be used in the development of new researches in filo geography, filogenetic systematics, population genetics, cachara and other tropical catfish conservation and breeding.Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária (FAV)Programa de Pós-Graduação em Ciências Animai
Análise genômica de regiões associadas a determinação do sexo em Tambaqui (Colossoma macropomum)
Get PDFO objetivo desta tese foi identificar o gene mestre determinante do sexo (MSD) do tambaqui e
obter um teste molecular simples, de 100% de acurácia, para identificar o sexo genotípico da
espécie. Foram identificados SNPs determinantes do sexo no tambaqui, e a região genômica
em que esses marcadores moleculares foram encontrados foi investigada com o sequenciamento
dos genes mestres candidatos. Os dados genotípicos de 192 amostras genotipadas com o chip
de média densidade Axiom SerraSNP foram utilizados no presente estudo. A associação
genômica ampla (GWAS) identificou cinco regiões genômicas associadas ao sexo no tambaqui.
Os genótipos de todos os SNPs indicaram um sistema genético XX/XY. O grupo de ligação e
a posição desses SNPs foram localizados no genoma referência do tambaqui (NCBI:
GCF_904425465.1). Esses marcadores foram encontrados em íntrons dos genes znrf2b,
zgc:158766 e LOC118799143 e em uma região próxima ao gene bHLH. Primers foram
desenhados em íntrons e éxons dos genes znrf2b e bHLH e em éxons dos genes fzd1 e nod1,
sendo que esses dois últimos genes estavam localizados próximos ao znrf2b. PCRs foram feitas
com os primers utilizando um subconjunto de amostras de doze machos e doze fêmeas. Esse
subconjunto é proveniente dos dados genotípicos das 192 amostras. Foi feita mais uma análise de GWAS com os SNPs recém-descobertos e com os marcadores do AxiomSerraSNP. Cinco
SNPs recém-descobertos estavam associados ao sexo. Os marcadores que apresentaram maior
acurácia estavam localizados nos íntrons do gene znrf2b e no éxon do nod1. O SNP encontrado
no nod1 é responsável por uma variação no códon do RNAm (TGC e TGT), no entanto as duas
trincas de bases codificam um mesmo aminoácido, que é a cisteína. Os primers desenhados no
éxon do gene bHLH amplificaram o fragmento de DNA principalmente nos machos. Os
resultados indicam que algum dos genes (znrf2b, bHLH, fzd1 ou nod1) pode ser o mestre da
determinação do sexo em tambaqui, uma vez que não foi possível sequenciar todos os éxons
desses genes devido à ausência de amplificação das sequências-alvo (dentre os 26 primers
desenhados nos genes, somente 15 amplificaram o fragmento de DNA). Sendo assim, é
necessário a realização de estudos complementares que explorem ainda mais essas regiões para
compreender melhor os mecanismos de determinação e diferenciação do sexo em tambaqui.The objective of this thesis was to identify the master sex-determining gene (MSD) of tambaqui
and to obtain a simple molecular test, with 100% accuracy, to identify the genotypic sex of the
species. Sex-determining SNPs were identified in tambaqui, and the genomic region in which
these molecular markers were found was investigated by sequencing the candidate master
genes. Genotypic data from 192 samples genotyped with the Axiom SerraSNP medium-density
chip were used in the present study. Genome-wide association analysis (GWAS) identified five
genomic regions associated with sex in tambaqui. The genotypes of all SNPs indicated an
XX/XY genetic system. The linkage group and position of these SNPs were in the tambaqui
reference genome (NCBI: GCF_904425465.1). These markers were found in introns of the
znrf2b, zgc:158766 and LOC118799143 genes and in a region close to the bHLH gene. Primers
were designed in introns and exons of the znrf2b and bHLH genes and in exons of the fzd1 and
nod1 genes, the latter two genes being located close to znrf2b. PCRs were performed with the
primers using a subset of samples from twelve males and twelve females. This subset came
from the genotypic data of the 192 samples. GWAS analysis was performed with the newly
discovered SNPs and with the AxiomSerraSNP markers. Five newly discovered SNPs were
associated with sex. The markers that showed the highest accuracy were in the introns of the
znrf2b gene and in the nod1 exon. The SNP found in nod1 is responsible for a variation in the
mRNA codon (TGC and TGT); however, the two triplets of bases encode the same amino acid,
which is cysteine. The primers designed in the bHLH gene exon amplified the DNA fragment
mainly in males. The results indicate that one of the genes (znrf2b, bHLH, fzd1 or nod1) may be the master of sex determination in tambaqui, since it was not possible to sequence all the
exons of these genes due to the lack of amplification of the target sequences (among the 26
primers designed in the genes, only 15 amplified the DNA fragment). Therefore, it is necessary
to carry out complementary studies that further explore these regions to better understand the
mechanisms of sex determination and differentiation in tambaqui.Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária (FAV)Programa de Pós-Graduação em Ciências Animai
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Genetic structure of pirarucu (Arapaima gigas) populations in the Amazonas and Tocantins-Araguaia Rivers Basins
No full textDissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2024.O Pirarucu é o maior peixe de escamas de água doce do mundo e é um importante recurso
alimentar e cultural dos indígenas e ribeirinhos na região amazônica. No entanto, a espécie está
ameaçada pela pesca excessiva, perda de habitat e poluição. Estudos genéticos têm sido
realizados para avaliar a diversidade genética e o estado de conservação das populações de
Pirarucu. Esses estudos mostraram que essas populações apresentam baixa diversidade
genética, principalmente na bacia hidrográfica do Tocantins-Araguaia. O objetivo deste estudo
foi analisar a estrutura genética das populações de Pirarucu selvagens e de cativeiro das bacias
Amazônica e Tocantins-Araguaia, utilizando um painel de SNPs (do inglês Single Nucleotide
Polymophisms) de baixa densidade, gerando dados úteis para subsidiar a elaboração de
estratégias de utilização e conservação do germoplasma da espécie. Foram realizadas análises
de diversidade, estrutura, distância genética e parentesco dentro e entre as populações
analisadas. Os resultados mostram que as populações da bacia Amazônica apresentaram maior
diversidade geral em comparação às populações do Tocantins-Araguaia. As médias de
heterozigosidade observada e esperada (Ho e He) foram, respectivamente de 0.125 e 0.117 para
as populações do Tocantis-Araguaia e de 0.338 e 0.317 para as populações da bacia Amazônica.
O Fst total foi de 0.424, com estimativas par-a-par variando entre 0.001 e 0.789. Dois clusters
principais foram identificados nas análises, separando as populações com base na bacia
hidrográfica de origem (Tocantins-Araguaia ou Amazônica), confirmando resultados de
estudos semelhantes com populações de ambas as bacias. Análises mais aprofundadas
revelaram a existência de mais dois grupos de populações. Na região do sudeste paraense foi
detectada uma possível zona de admixture entre as populações das bacias Tocantins-Araguaia
e Amazônica, e as populações da região de Santarém-PA foram separadas das outras
pertencentes a Bacia Amazônica. Foi encontrada uma correlação significativa entre as
distâncias genéticas e geográficas, sugerindo que o isolamento por distância desempenha um
papel na formação da estrutura genética dessas populações (r=0.5824). Os painéis de SNPs de
baixa densidade utilizados neste estudo foram eficientes para gerar dados genéticos uteis para
a implementação de medidas adequadas à conservação e ao cultivo da espécie, e poderão ser
utilizados para melhorar sua produção em cativeiro e atender a demanda dos piscicultores sem
causar maiores danos às populações naturais.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES).The Pirarucu is the largest scaled freshwater fish in the world and is an important food and
cultural resource for indigenous people and riverine communities in the Amazon region.
However, the species is threatened by overfishing, habitat loss, and pollution. Genetic studies
have been conducted to assess the genetic diversity and conservation status of Pirarucu
populations. These studies have shown that these populations exhibit low genetic diversity,
particularly in the Tocantins-Araguaia watershed. The aim of this study was to analyze the
genetic structure of wild and captive Pirarucu populations in the Amazon and TocantinsAraguaia basins using a panel of low-density SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) to
generate data useful for developing strategies for the use and conservation of the species'
germplasm. Analyses of diversity, structure, genetic distance, and relatedness within and
between the analyzed populations were conducted. The results indicate that populations in the
Amazon basin show higher overall diversity compared to Tocantins-Araguaia populations. The
observed and expected heterozygosity averages (Ho and He) for Tocantins-Araguaia
populations were 0.125 and 0.117, respectively, and 0.338 and 0.317 for Amazon basin
populations. The total Fst was 0.424, with pairwise estimates ranging from 0.001 to 0.789. Two
main clusters were identified in the analyses, separating populations based on their watershed
of origin (Tocantins-Araguaia or Amazon), confirming similar results from studies with
populations in both basins. Further analyses revealed two additional population groups. In the
southeast Pará region, a potential admixture zone was detected between populations from the
Tocantins-Araguaia and Amazon basins, and populations in the Santarém-PA region were
separated from others in the Amazon basin. A significant correlation was found between genetic
and geographical distances, suggesting that isolation by distance plays a role in shaping the
genetic structure of these populations (r=0.5824). The low-density SNP panels used in this
study were effective in generating genetic data useful for implementing conservation and
cultivation measures for the species, and they could be utilized to enhance captive production
while meeting the demands of fish farmers without causing significant harm to natural
populations.Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária (FAV)Programa de Pós-Graduação em Ciências Animai
Validação de um painel de SNPS de baixa densidade para análise de paternidade e parentesco e avaliação da variabilidade genética do camarão cinza (Litopenaeus vannamei)
Get PDFDissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2020.O objetivo deste estudo foi validar um painel SNP de baixa densidade em populações de núcleo de melhoramento genético e em amostras de camarão coletadas em lojas de varejo, para atribuir paternidade e parentesco, avaliar variabilidade e estruturação genética em camarão cinza. Amostras de reprodutores de três linhagens comerciais (A, B e C) e amostras de sete lojas de varejo (SPDF1-SPDF5, PEDF e PEPB) foram avaliadas, totalizando 328 amostras. Inicialmente, a validação foi feita utilizando 144 SNPs para seleção dos 96 marcadores mais informativos que iriam compor o painel. A genotipagem dos SNPs foi realizada com plataforma Fluidigm e em seguida foram feitas análises de estruturação populacional, verificação da Heterozigosidade observada (Ho) e esperada (He), avaliação da qualidade, por meio do RMSD (do inglês Root Mean Square Deviation) e RMSE (do inglês Root Mean Square Error), das estimativas de parentesco e da probabilidade de não exclusão parental. Os resultados de PCA (Análise de Componentes Principais) e STRUCTURE das três linhagens do núcleo de melhoramento genético agregaram as amostras das linhagens A e B no mesmo grupo, enquanto a linhagem C apresentou uma composição diferenciada, indicando que a origem do germoplasma das linhagens A e B é o mesmo, e/ou que existe um forte fluxo gênico entre as duas linhagens. Em relação a estruturação das 10 populações, foi observado que as amostras dos varejistas não são oriundas do produtor de larvas abordado nesse estudo e que todas as populações das lojas de varejo aparentam ter origem de um mesmo produtor. Já as estimativas de Ho e He indicaram alta variabilidade genética das amostras, pois a maior variação encontrada entre essas estimativas foi de 4%, sendo que a média dos valores de Ho para todas as populações foi de 0,392. Quanto a qualidade das estimativas de parentesco, foi demonstrado que o valor de RMSD calculado entre as estimativas obtidas com o painel de 96 SNPs e as adquiridas com 3.857 SNPs do chip comercial da Illumina foi de 0,08. Já o RMSE desses dois grupos variou somente 0,05, indicando que os intervalos de confiança são muito próximos. O RMSD e RMSE indicam que o painel de 96 SNPs é tão eficaz para estimar parentesco quanto a ferramenta comercial da Illumina. As probabilidades de não exclusão das 10 populações também demonstraram resultados satisfatórios para P1, P2 e P3 de 4,5×10-7, 4,4×10-4 e 5,2×10-11, respectivamente. Portanto, o painel desenvolvido no presente estudo poderá ser utilizado em estudos amplos que demandem grandes números de atribuições de paternidade, avaliações de parentesco e análises de estruturação populacional do camarão cinza.The objective of this study was to validate a low density SNP panel in breeding nucleus populations and in shrimp samples collected in retail stores, to attribute paternity and kinship, to assess genetic variability and structure in pacific white shrimp. Broodstock samples from three commercial lines (A, B and C) and samples from seven retail stores (SPDF1-SPDF5, PEDF and PEPB) were evaluated, totaling 328 samples. Initially, the validation was done using 144 SNPs to select the 96 most informative markers that would compose the panel. Genotyping was performed with a Fluidigm EP1 platform, followed by population structure analysis, verification of the observed (Ho) and expected (He) heterozygosity, and calculation of Root Mean Square Deviations (RMSD) and Root Mean Square Errors (RMSE) for kinship estimates obtained with different numbers of SNP markers. PCA (Principal Component Analysis) and STRUCTURE results considering the three Broodstock lines grouped samples from lines A and B, while line C showed a different composition, indicating that the origin of the germplasm of lines A and B is the same, and / or that there is a strong gene flow between the two lines. Regarding the structuring of the 10 populations, it was observed that the retailers' samples are not from the larvae producer addressed in this study and that all the populations of the retail stores appear to have originated from the same producer. Ho and He estimates indicated high genetic variability of the samples, since the greatest variation found between these estimates was 4%, with the average Ho values for all populations being 0.392. Regarding the quality of kinship estimates, it was demonstrated that the RMSD value calculated between the estimates obtained with the 96 SNP panel and those acquired with 3,857 SNPs from Illumina's commercial chip was 0.08. The RMSE of these two groups varied only 0.05, indicating that the confidence intervals are very close. The RMSD and RMSE indicate that the 96 SNP panel is as effective at estimating kinship as Illumina's commercial tool. The probabilities of non-exclusion of the 10 populations also demonstrated satisfactory results for P1, P2 and P3 of 4.5 × 10-7, 4.4 × 10-4 and 5.2 × 10-11, respectively. Therefore, the panel developed in the present study can be used in broad studies that require large numbers of paternity assignments, kinship assessments and analyzes of the pacific white shrimp population structure.Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária (FAV)Programa de Pós-Graduação em Ciências Animai
Genetic characterization of the crioulo lageano breed to determine enrichment strategies for the Brazilian animal germoplasm bank
No full textDissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2022.A Crioula Lageana (CLAG) é uma raça taurina brasileira tradicionalmente criada nas regiões
dos Campos de Cima da Serra nos estados do Rio Grande do Sul e de Santa Catarina. O presente
estudo teve por objetivo analisar a diversidade genética e a estrutura populacional da raça para
fornecer subsídios para a elaboração de estratégias para a conservação da raça, e o
enriquecimento da coleção de amostras do Banco Brasileiro de Germoplasma Animal (BBGA).
Amostras previamente armazenadas no BBGA, no Banco de DNA (BDNA) da Embrapa, e
coletadas em oito fazendas localizadas na região de Lages (Santa Catarina), foram genotipadas
com diferentes painéis de marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) contendo entre
50K e 777K marcadores. As estimativas de heterozigosidade média esperada (HE = 0,373) e
observada (HO = 0,382) obtidas sugerem a presença de altos níveis de variabilidade genética na
raça. A análise de variância molecular (AMOVA) revelou que apenas 2,11% da variação
genética observada pode ser atribuída a diferenças entre as diferentes populações analisadas.
As estimativas de FST par-a-par obtidas variaram entre 0,002 e 0,056, corroborando que o grau
de diferenciação entre as populações é baixo. As análises de estrutura de população
evidenciaram subestruturações entre as populações estudadas, que puderam ser associadas com
a presença/ausência de chifres nos animais, além de outros fatores. As estimativas obtidas para
o tamanho efetivo populacional (Ne) das amostras do BBGA e do conjunto de amostras das oito
fazendas foram 6 e 22, respectivamente, revelando que o Ne da raça está muito abaixo do
recomendado pela FAO para conservação de populações de animais domésticos. Análises de
estrutura e admixture de população comparando CLAG com seis outras raças de bovinos
taurinos e zebuínos rotineiramente criadas na região revelaram evidencias de possíveis
introgressões com animais de origem índica. Os resultados obtidos apresentaram sólidos
insights sobre a diversidade e estrutura genética da raça Brasileira CLAG e oferecem subsídios
para o estabelecimento de estratégias eficazes de manejo genético para rebanhos de produção,
e para o enriquecimento do banco de germoplasma BBGA e a conservação desta raça.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES).The Crioulo Lageano (CLAG) is a Brazilian taurine breed traditionally raised in the regions of
Campos de Cima da Serra in the states of Rio Grande do Sul and Santa Catarina. The present
study aimed to analyze the genetic diversity and population structure of the breed to provide
subsidies for the development of strategies for the conservation of the breed, and the enrichment
of the sample collection of the Brazilian Animal Germoplasm Bank (BBGA). Samples
previously stored at BBGA, at Embrapa's DNA Bank (BDNA), and collected at eight farms
located in the region of Lages (Santa Catarina, Brazil), were genotyped with different panels of
SNP markers containing between 50K and 777K markers. Obtained estimates of average
expected (HE= 0.373) and observed (HO = 0.382) heterozygosities suggest the presence of high
levels of genetic variability in the breed. Molecular analysis of variance (AMOVA) revealed
that only 2.11% of the observed genetic variation can be attributed to differences between the
different populations analyzed. Obtained pairwise FST estimates varied between 0.002 and
0.056, corroborating that the degree of differentiation between populations is low. Population
structure analyzes showed substructures between the studied populations, which could be
related to the presence/absence of horns in the animals, in addition to other factors. The
estimates obtained for the effective population size (Ne) of the BBGA samples and the set of
samples from the eight farms were 6 and 22, respectively, revealing that the Ne of the breed is
far below that recommended by FAO for conservation of domestic animal populations.
Population structure and admixture analyzes comparing CLAG with six other taurine and zebu
cattle breeds routinely raised in the region revealed evidence of possible introgressions with
animals of indicine origin. Obtained results provided solid insights into the diversity and genetic
structure of the Brazilian CLGA breed and offer subsidies for the establishment of effective
genetic management strategies for production herds, and for the enrichment of the BBGA
germplasm bank and the conservation of this breed.Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária (FAV)Programa de Pós-Graduação em Ciências Animai
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
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