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Classical molecular dynamics simulations of human glutathione reductase complexed with NADPH and FAD
No full textAMBER topologies, coordinates, input files and output files of MD simulations of the GR:FAD:NADPH complex (homodimeric form) considering Lys-66 in its neutral form and in its protonated for
Alignment of several two dinucleotide binding domain flavoproteins
No full textAlignment of the sequences of human glutathione reductase, human high-molecular weight thioredoxin reductase, human dihydrolipoamide dehydrogenase, trypanothione reductase from Trypanosoma cruzi, mercuric ion reductase from Pseudomonas aeruginosa, mycothione reductase from Mycobacterium tuberculosis, hypothiocyanous acid reductase from Streptococcus pneumoniae, glutathione amide reductase from Marichromatium gracile, doluble pyridine dinucleotide transhydrogenase from Escherichia coli, thioredoxin glutathione reductase from Schistosoma mansoni, low-molecular-weight thioredoxin reductase from E. coli, alkyl hydroperoxide reductase subunit F from E. coli, Bacillithiol disulfide reductase from Staphylococcus aureus, NADH peroxidase from Enterococcus faecalis, nNADH oxidase from Levilactobacillus brevis, NADH-dependent persulfide reductase from Archaeoglobus fulgidus, coenzyme A disulfide reductase from S. aureus, 2-ketopropyl-coenzyme M reductase/carboxylase from Xanthobacter autotrophicus, human apoptosis inducin factor 1, biphenyl dioxygenase subunit A from Acidovorax sp., rubredoxin reductase from P. aeruginosa, monodehydroascorbate reductase from Deschampsia antarctica, putidaredoxin reductase from P. putida, toluene dioxygenase subunit A from P. putida and 2,4-dienoyl-CoA reductase from E. coli
QM/MM modeling of the mechanism of the reduction of FAD by NADPH at the active site of human glutathione reductase
No full textInput files for geometry optimization of stable species and transition states with tcl-ChemShell; AMBER coordinates and topologies used for QM/MM calculations; input files for reaction coordinate scan
Albúmina sérica humana: oxidación del tiol y glicación
Full text linkLa albúmina sérica humana (HSA) es la proteína mayoritaria en el plasma, y cumple varias funciones, entre ellas atrapar especies oxidantes y electrófilas. Esta función se asocia a su residuo de cisteína libre, Cys34, el cual representa más del 80 % de los tioles libres en plasma. Este tiol puede reaccionar con peróxidos (i.e. oxidarse) para dar un ácido sulfénico de vida media larga, el cual puede seguir tres destinos: reducirse por reacción con un tiol para formar un disulfuro mixto, oxidarse irreversiblemente a ácido sulfínico, o decaer espontáneamente a un producto aún no caracterizado. Por otro lado, dada su prolongada vida media, la HSA es susceptible a ser modificada (glicada) por compuestos carbonílicos reductores presentes en el plasma, generando productos de glicación. Dichas modificaciones alteran la estructura y función de la HSA. En particular, se ha sugerido que habría una interacción sinérgica entre la glicación de la HSA y la oxidación del tiol. En este trabajo de tesis se usó un conjunto de técnicas experimentales y de modelado computacional para estudiar las propiedades del tiol de la HSA y de su derivado ácido sulfénico, y también, la interacción entre la glicación de la HSA y la oxidación del Cys34. Seis aspectos principales fueron tratados: (1) la estructura y dinámica del entorno del residuo Cys34 en las formas tiol y tiolato; (2) los mecanismos de las reacciones del tiolato de la HSA con peróxidos; (3) la estructura y dinámica del entorno de Cys34 en las formas ácido sulfénico y sulfenato; (4) el mecanismo de la reacción del ácido sulfénico de la HSA con H2O2; (5) la interacción entre la glicación de la HSA y la oxidación del tiol; y (6) la reacción del tiol de la HSA con metilglioxal. Lateralmente, también se validó, metodología tanto experimental como computacional, para describir este tipo de problemas. En primer lugar, se determinó que los residuos Tyr84 y Asp38 cumplen un papel importante modulando propiedades del tiol tales como la acidez y la nucleofilia, y se asignó un rol estructural a His39. Otro hallazgo importante es que el tiol(ato) interacciona con moléculas de agua que hacen de puente con el carboxilato de Asp38. En segundo lugar, se confirmó el carácter SN2 del mecanismo de las reacciones del tiolato de la HSA con peróxidos, obteniendo energías libres de activación de respectivamente 14.2 y 10.4 kcal mol1 para las reacciones con H2O2 y HOONO. Como hallazgo mecanístico importante, se aprecia que, mientras en la reacción con H2O2 se da una transferencia protónica post-estado de transición , 7 esto no ocurre en su análoga con HOONO, mostrando que la naturaleza del grupo saliente determina la naturaleza del producto de reacción. En paralelo, se determinó experimentalmente un valor de entalpía de activación de 13.7 kcal mol1, próximo al valor resultante del modelado de 12.9 kcal mol1. En tercer lugar, se llegó a dos hallazgos importantes respecto al entorno del ácido sulfénico de la HSA: (a) la presencia de un enlace de hidrógeno persistente entre el ácido sulfénico y el carboxilato de Asp38; y (b) la cercanía del NH peptídico de Cys34 al S del ácido sulfénico, que además se encuentra formando enlace de hidrógeno (puenteado por agua) con el imidazol de His39. Además, se estimó que el
VHL-P138R and VHL-L163R Novel Variants: Mechanisms of VHL Pathogenicity Involving HIF-Dependent and HIF-Independent Actions
Full text linkThe von Hippel–Lindau (VHL) disease is an autosomal dominant cancer syndrome caused by mutations in the VHL tumor suppressor gene. VHL protein (pVHL) forms a complex (VBC) with Elongins B-C, Cullin2, and Rbx1. Although other functions have been discovered, the most described function of pVHL is to recognize and target hypoxia-inducible factor (HIF) for degradation. This work comprises the functional characterization of two novel variants of the VHL gene (P138R and L163R) that have been described in our center in patients with VHL disease by in vitro, in vivo, and in silico approaches. In vitro, we found that these variants have a significantly shorter half-life compared to wild-type VHL but still form a functional VBC complex. Altered fibronectin deposition was evidenced for both variants using immunofluorescence. In vivo studies revealed that both variants failed to suppress tumor growth. By means of molecular dynamics simulations, we inspected in silico the nature of the changes introduced by each variant in the VBC complex. We have demonstrated the pathogenicity of P138R and L163R novel variants, involving HIF-dependent and HIF-independent mechanisms. These results provide the basis for future studies regarding the impact of structural alterations on posttranslational modifications that drive pVHL’s fate and functions.Fil: Mathó Pacielo, Cecilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Fundación de Endocrinología Infantil. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada"; ArgentinaFil: Fernández, María Celia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Fundación de Endocrinología Infantil. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada"; ArgentinaFil: Bonanata, Jenner. Universidad de la República; UruguayFil: Liu, Xian-De. Md Anderson Cancer Center ; University Of Texas;Fil: Martin, Ayelen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Fundación de Endocrinología Infantil. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada"; ArgentinaFil: Vieites, Ana María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Fundación de Endocrinología Infantil. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada"; ArgentinaFil: Sanso, Elsa Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Fundación de Endocrinología Infantil. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada"; ArgentinaFil: Barontini, Marta Beatriz. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Fundación de Endocrinología Infantil. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada"; ArgentinaFil: Jonasch, Eric. Md Anderson Cancer Center ; University Of Texas;Fil: Coitiño, E. Laura. Universidad de la Republica; UruguayFil: Pennisi, Patricia Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Fundación de Endocrinología Infantil. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada"; Argentin
Albúmina sérica humana: oxidación del tiol y glicación
Full text linkLa albúmina sérica humana (HSA) es la proteína mayoritaria en el plasma, y cumple varias funciones, entre ellas atrapar especies oxidantes y electrófilas. Esta función se asocia a su residuo de cisteína libre, Cys34, el cual representa más del 80 % de los tioles libres en plasma. Este tiol puede reaccionar con peróxidos (i.e. oxidarse) para dar un ácido sulfénico de vida media larga, el cual puede seguir tres destinos: reducirse por reacción con un tiol para formar un disulfuro mixto, oxidarse irreversiblemente a ácido sulfínico, o decaer espontáneamente a un producto aún no caracterizado. Por otro lado, dada su prolongada vida media, la HSA es susceptible a ser modificada (glicada) por compuestos carbonílicos reductores presentes en el plasma, generando productos de glicación. Dichas modificaciones alteran la estructura y función de la HSA. En particular, se ha sugerido que habría una interacción sinérgica entre la glicación de la HSA y la oxidación del tiol. En este trabajo de tesis se usó un conjunto de técnicas experimentales y de modelado computacional para estudiar las propiedades del tiol de la HSA y de su derivado ácido sulfénico, y también, la interacción entre la glicación de la HSA y la oxidación del Cys34. Seis aspectos principales fueron tratados: (1) la estructura y dinámica del entorno del residuo Cys34 en las formas tiol y tiolato; (2) los mecanismos de las reacciones del tiolato de la HSA con peróxidos; (3) la estructura y dinámica del entorno de Cys34 en las formas ácido sulfénico y sulfenato; (4) el mecanismo de la reacción del ácido sulfénico de la HSA con H2O2; (5) la interacción entre la glicación de la HSA y la oxidación del tiol; y (6) la reacción del tiol de la HSA con metilglioxal. Lateralmente, también se validó, metodología tanto experimental como computacional, para describir este tipo de problemas. En primer lugar, se determinó que los residuos Tyr84 y Asp38 cumplen un papel importante modulando propiedades del tiol tales como la acidez y la nucleofilia, y se asignó un rol estructural a His39. Otro hallazgo importante es que el tiol(ato) interacciona con moléculas de agua que hacen de puente con el carboxilato de Asp38. En segundo lugar, se confirmó el carácter SN2 del mecanismo de las reacciones del tiolato de la HSA con peróxidos, obteniendo energías libres de activación de respectivamente 14.2 y 10.4 kcal mol1 para las reacciones con H2O2 y HOONO. Como hallazgo mecanístico importante, se aprecia que, mientras en la reacción con H2O2 se da una transferencia protónica post-estado de transición , 7 esto no ocurre en su análoga con HOONO, mostrando que la naturaleza del grupo saliente determina la naturaleza del producto de reacción. En paralelo, se determinó experimentalmente un valor de entalpía de activación de 13.7 kcal mol1, próximo al valor resultante del modelado de 12.9 kcal mol1. En tercer lugar, se llegó a dos hallazgos importantes respecto al entorno del ácido sulfénico de la HSA: (a) la presencia de un enlace de hidrógeno persistente entre el ácido sulfénico y el carboxilato de Asp38; y (b) la cercanía del NH peptídico de Cys34 al S del ácido sulfénico, que además se encuentra formando enlace de hidrógeno (puenteado por agua) con el imidazol de His39. Además, se estimó que el
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
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