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Rôle des Phosphoinositides dans la division asymétrique
No full textAsymmetric cell division is a mechanism by which cell fate diversity is generated during the development. The epithelium of Drosophila thorax has been used as a model. This monolayer epithelium is composed of precursor cells that divide asymmetrically. At each division, the cell fate determinant Numb localizes at one pole of the cell and represses the Notch pathway in one of the daughter cells. in-vitro experiments show that Numb binds to PI(4,5)P2 phospholipids by electrostatic interactions, which is a mechanism that could contribute to its asymmetric repartition. The aim of this study is to test this hypothesis in-vivo. To modulate the PI(4,5)P2 level at the plasma membrane, we developed an optogenetic approach based on the fast and reversible dimerization of two plant proteins (CRY2 and CIBN) under excitation at 488nm. To decrease the PI(4,5)P2 concentration at the plasma membrane, the inositol 5-phosphatase OCRL fused to CRY2 is relocalized by its binding to CIBN anchored at the plasma membrane. This study permitted to precize the experimental conditions of the relocalization of OCRL in a space- and time-controlled manner. This work constitute an important step to next test the role of PI(4,5)P2 in the unequal Numb localization.La division cellulaire asymétrique est un mécanisme par lequel la diversité de destins cellulaires est générée au cours du développement. L’épithélium du thorax de Drosophile a été utilisé comme modèle d’étude. Il s’agit d’un épithélium monocouche au sein duquel un précurseur subit une série de divisions asymétriques. À chaque division, le déterminant d’identité cellulaire Numb localise à un pôle de la cellule et ségrége dans une cellule fille pour réprimer la voie Notch. In-vitro Numb se lie aux phospholipides PI(4,5)P2 par des interactions électrostatiques, un mécanisme qui contribuerait à sa répartition asymétrique. L’étude a consisté à tester cette hypothèse in-vivo. Pour moduler le niveau de PI(4,5)P2 à la membrane plasmique nous avons développé une approche d’optogénétique basée sur la dimérisation rapide et réversible de deux protéines de plante (CRY2 et CIBN) suite à une excitation à 488 nm. Pour réduire la concentration de PI(4,5)P2 à la membrane plasmique, l’inositol 5-phosphatase OCRL couplée à CRY2 est relocalisée par liaison à CIBN ancrée à la membrane plasmique. Cette étude a permis de définir les conditions expérimentales de relocalisation d’OCRL de façon contrôlée dans le temps et l’espace, une étape clé pour tester le rôle de PI(4,5)P2 dans la localisation inégale de Numb
Identification of biomarkers of nutritional status in milk and nutrigenomic study of the mammary gland of Holstein and Montbéliarde cows
No full textDurant la lactation et plus particulièrement en son début les vaches peuvent subir un déficit énergétique conduisant à un déséquilibre métabolique. Ce dernier modifie la production et de la composition du lait. A l’heure de l’élevage de précision, identifier des molécules faciles d’accès pour détecter précocement les animaux en bilan énergétique négatif est un point important. Le lait est un fluide qui contient un grand nombre de molécules parmi lesquelles les métabolites et les microARN; petits ARN non-codants connus pour réguler de nombreux processus biologiques y compris dans la glande mammaire, ont été récemment détectés. L’objectif de mon travail de thèse est d’identifier des biomarqueurs du statut nutritionnel et de caractériser l’impact d’une restriction alimentaire sur le miRNome de la glande mammaire chez la vache laitière. Pour ce faire, dix-neuf vaches en milieu de lactation (9 Holstein et 10 Montbéliarde) ont été restreintes pendant 6 jours à 50% de leurs besoins énergétiques. Les effets de cette restriction sur la production et la composition fine du lait ont été déterminés. Son impact sur le fonctionnement de la glande mammaire a été étudié par des approches de nutrigénomique. Les données de production laitière et les métabolites sanguins ont confirmé le déficit énergétique des vaches. Les teneurs de certains métabolites du lait (glucose, glutamate, glucose-6P, isocitrate, β-hydroxybutyrate, acide urique et acide aminé libre) et les profils en acide gras ont été modifiés par la restriction alimentaire. L’étude de leurs corrélations avec le bilan énergétique nous ont conduits à proposer le glucose et le glutamate comme potentiels biomarqueurs non invasifs dans le lait. D’éventuelles différences entre races et des seuils critiques devront être définis sur un plus grand nombre d’animaux, et au cours de différents stades de lactation avant que ces métabolites ne soient utilisés en élevage.La comparaison des miRNomes mammaires entre les vaches Holstein et Montbéliarde a identifié 22 miARN différentiellement exprimés entre les deux races. Des analyses bioinformatiques ont mis en évidence un rôle potentiel de ces miARN dans le développement mammaire, et l’étude approfondie des 6 miARN les plus exprimés parmi les 22 a révélé leur potentiel rôle dans la synthèse lipidique. Ces deux résultats peuvent en partie expliquer les différences de production observées entre ces races.La restriction alimentaire a affecté l’expression de 27 miARN et 374 ARNm chez les vaches Holstein. Cependant aucun effet n’a été détecté sur les vaches Montbéliarde. L’analyse des positions génomiques des 27 miARN et l’analyse bibliographique des 8 miARN les plus exprimés révèlent une forte implication de ces miARN dans la synthèse lipidique et la prolifération cellulaire. L’intersection des 374 ARNm différentiels avec la liste des ARNm potentiellement cibles des 8 miARN les plus exprimés a mis en évidence 59 mARN communs majoritairement impliqués dans la synthèse lipidique et le développement cellulaire. Ces résultats suggèrent un rôle des miARN via la régulation des ARNm, dans les changements de profil d’acides gras ainsi que les pertes de production observées au cours d’une restriction alimentaire.Les perspectives de ce travail à court terme, sont de valider ces résultats sur une population plus large et d’étudier les profils en miARNs dans les globules gras du lait A plus long terme il faudra s’attacher à mettre en place des méthodes de dosages applicables en ferme afin de permettre à l’éleveur de piloter les rations et les animaux de manière précoce.During early lactation cows can experience from negative energy deficit and metabolic imbalance that affect milk production and composition. At this age of precision husbandry, it is important to identify easily accessible molecules for early detection of animals suffering from extreme a negative energy balance and metabolic disorders. Milk contains a large number of molecules including metabolites and microRNA; small non-coding RNA known to regulate many biological processes, including in the mammary gland development and function. The objective of my thesis was to identify biomarkers of nutritional status and to characterize the effects of feed restriction on the mammary gland miRNome in dairy cows. Nineteen mid-lactation cows (9 Holstein and 10 Montbéliarde) were feed-restricted to 50% of their energy requirements for 6 days. The effects of this restriction on milk production and milk composition were determined. Its effects on mammary gland function was studied using nutrigenomic approaches. Milk production and blood metabolite data confirmed the energy deficit of the cows in response to the feed restriction model. The concentration of selected milk metabolites (glucose, glutamate, glucose-6P, isocitrate, β-hydroxybutyrate, uric acid and free amino acid) and fatty acids were modified by feed restriction. The study of their correlations with energy balance led us to propose glucose and glutamate as potential non-invasive biomarkers in milk. Possible differences between breeds and critical thresholds will have to be defined in a larger number of animals and during different lactation stages before these metabolites are used as on-farm indicators. 22 microRNA were differentially expressed between Holstein and Montbéliarde cows. Bioinformatic analyses highlight a potential role of these miRNAs in mammary development. The 6 most expressed miRNAs among the 22 that differentially expressed are involved in lipid synthesis. These results may partly explain the breed production differences.Feed restriction affected the expression of 27 miRNA and 374 mRNA in Holstein cows, but not in Montbéliarde. The analysis of the genomic positions of the 27 miRNAs and the literature review of the 8 most expressed miRNA reveal their role in lipid synthesis and cell proliferation. The comparison of the 374 differentially expresse mRNA with the list of potential target mRNAs of the 8 most expressed miRNA show 59 common mRNA that are mainly involved in lipid synthesis and cell development. These results suggest a role of miRNA, due to mRNA regulation, in the modulation of fatty acid profile and production during feed restriction.The short-term perspectives are to validate these results on a larger population and to study miRNA profiles in milk fat globules. In the long-term, the development of on-farm analytical methods would allow to use these indicators for the monitoring of diets and individuals
Identification de biomarqueurs du statut nutritionnel dans le lait et étude nutrigénomique de la glande mammaire de vaches Holstein et Montbéliarde.
No full textDuring early lactation cows can experience from negative energy deficit and metabolic imbalance that affect milk production and composition. At this age of precision husbandry, it is important to identify easily accessible molecules for early detection of animals suffering from extreme a negative energy balance and metabolic disorders. Milk contains a large number of molecules including metabolites and microRNA; small non-coding RNA known to regulate many biological processes, including in the mammary gland development and function. The objective of my thesis was to identify biomarkers of nutritional status and to characterize the effects of feed restriction on the mammary gland miRNome in dairy cows. Nineteen mid-lactation cows (9 Holstein and 10 Montbéliarde) were feed-restricted to 50% of their energy requirements for 6 days. The effects of this restriction on milk production and milk composition were determined. Its effects on mammary gland function was studied using nutrigenomic approaches. Milk production and blood metabolite data confirmed the energy deficit of the cows in response to the feed restriction model. The concentration of selected milk metabolites (glucose, glutamate, glucose-6P, isocitrate, β-hydroxybutyrate, uric acid and free amino acid) and fatty acids were modified by feed restriction. The study of their correlations with energy balance led us to propose glucose and glutamate as potential non-invasive biomarkers in milk. Possible differences between breeds and critical thresholds will have to be defined in a larger number of animals and during different lactation stages before these metabolites are used as on-farm indicators. 22 microRNA were differentially expressed between Holstein and Montbéliarde cows. Bioinformatic analyses highlight a potential role of these miRNAs in mammary development. The 6 most expressed miRNAs among the 22 that differentially expressed are involved in lipid synthesis. These results may partly explain the breed production differences.Feed restriction affected the expression of 27 miRNA and 374 mRNA in Holstein cows, but not in Montbéliarde. The analysis of the genomic positions of the 27 miRNAs and the literature review of the 8 most expressed miRNA reveal their role in lipid synthesis and cell proliferation. The comparison of the 374 differentially expresse mRNA with the list of potential target mRNAs of the 8 most expressed miRNA show 59 common mRNA that are mainly involved in lipid synthesis and cell development. These results suggest a role of miRNA, due to mRNA regulation, in the modulation of fatty acid profile and production during feed restriction.The short-term perspectives are to validate these results on a larger population and to study miRNA profiles in milk fat globules. In the long-term, the development of on-farm analytical methods would allow to use these indicators for the monitoring of diets and individuals.Durant la lactation et plus particulièrement en son début les vaches peuvent subir un déficit énergétique conduisant à un déséquilibre métabolique. Ce dernier modifie la production et de la composition du lait. A l’heure de l’élevage de précision, identifier des molécules faciles d’accès pour détecter précocement les animaux en bilan énergétique négatif est un point important. Le lait est un fluide qui contient un grand nombre de molécules parmi lesquelles les métabolites et les microARN; petits ARN non-codants connus pour réguler de nombreux processus biologiques y compris dans la glande mammaire, ont été récemment détectés. L’objectif de mon travail de thèse est d’identifier des biomarqueurs du statut nutritionnel et de caractériser l’impact d’une restriction alimentaire sur le miRNome de la glande mammaire chez la vache laitière. Pour ce faire, dix-neuf vaches en milieu de lactation (9 Holstein et 10 Montbéliarde) ont été restreintes pendant 6 jours à 50% de leurs besoins énergétiques. Les effets de cette restriction sur la production et la composition fine du lait ont été déterminés. Son impact sur le fonctionnement de la glande mammaire a été étudié par des approches de nutrigénomique. Les données de production laitière et les métabolites sanguins ont confirmé le déficit énergétique des vaches. Les teneurs de certains métabolites du lait (glucose, glutamate, glucose-6P, isocitrate, β-hydroxybutyrate, acide urique et acide aminé libre) et les profils en acide gras ont été modifiés par la restriction alimentaire. L’étude de leurs corrélations avec le bilan énergétique nous ont conduits à proposer le glucose et le glutamate comme potentiels biomarqueurs non invasifs dans le lait. D’éventuelles différences entre races et des seuils critiques devront être définis sur un plus grand nombre d’animaux, et au cours de différents stades de lactation avant que ces métabolites ne soient utilisés en élevage.La comparaison des miRNomes mammaires entre les vaches Holstein et Montbéliarde a identifié 22 miARN différentiellement exprimés entre les deux races. Des analyses bioinformatiques ont mis en évidence un rôle potentiel de ces miARN dans le développement mammaire, et l’étude approfondie des 6 miARN les plus exprimés parmi les 22 a révélé leur potentiel rôle dans la synthèse lipidique. Ces deux résultats peuvent en partie expliquer les différences de production observées entre ces races.La restriction alimentaire a affecté l’expression de 27 miARN et 374 ARNm chez les vaches Holstein. Cependant aucun effet n’a été détecté sur les vaches Montbéliarde. L’analyse des positions génomiques des 27 miARN et l’analyse bibliographique des 8 miARN les plus exprimés révèlent une forte implication de ces miARN dans la synthèse lipidique et la prolifération cellulaire. L’intersection des 374 ARNm différentiels avec la liste des ARNm potentiellement cibles des 8 miARN les plus exprimés a mis en évidence 59 mARN communs majoritairement impliqués dans la synthèse lipidique et le développement cellulaire. Ces résultats suggèrent un rôle des miARN via la régulation des ARNm, dans les changements de profil d’acides gras ainsi que les pertes de production observées au cours d’une restriction alimentaire.Les perspectives de ce travail à court terme, sont de valider ces résultats sur une population plus large et d’étudier les profils en miARNs dans les globules gras du lait A plus long terme il faudra s’attacher à mettre en place des méthodes de dosages applicables en ferme afin de permettre à l’éleveur de piloter les rations et les animaux de manière précoce
Identification de biomarqueurs du statut nutritionnel dans le lait et étude nutrigénomique de la glande mammaire de vaches Holstein et Montbéliarde.
No full textDuring early lactation cows can experience from negative energy deficit and metabolic imbalance that affect milk production and composition. At this age of precision husbandry, it is important to identify easily accessible molecules for early detection of animals suffering from extreme a negative energy balance and metabolic disorders. Milk contains a large number of molecules including metabolites and microRNA; small non-coding RNA known to regulate many biological processes, including in the mammary gland development and function. The objective of my thesis was to identify biomarkers of nutritional status and to characterize the effects of feed restriction on the mammary gland miRNome in dairy cows. Nineteen mid-lactation cows (9 Holstein and 10 Montbéliarde) were feed-restricted to 50% of their energy requirements for 6 days. The effects of this restriction on milk production and milk composition were determined. Its effects on mammary gland function was studied using nutrigenomic approaches. Milk production and blood metabolite data confirmed the energy deficit of the cows in response to the feed restriction model. The concentration of selected milk metabolites (glucose, glutamate, glucose-6P, isocitrate, β-hydroxybutyrate, uric acid and free amino acid) and fatty acids were modified by feed restriction. The study of their correlations with energy balance led us to propose glucose and glutamate as potential non-invasive biomarkers in milk. Possible differences between breeds and critical thresholds will have to be defined in a larger number of animals and during different lactation stages before these metabolites are used as on-farm indicators. 22 microRNA were differentially expressed between Holstein and Montbéliarde cows. Bioinformatic analyses highlight a potential role of these miRNAs in mammary development. The 6 most expressed miRNAs among the 22 that differentially expressed are involved in lipid synthesis. These results may partly explain the breed production differences.Feed restriction affected the expression of 27 miRNA and 374 mRNA in Holstein cows, but not in Montbéliarde. The analysis of the genomic positions of the 27 miRNAs and the literature review of the 8 most expressed miRNA reveal their role in lipid synthesis and cell proliferation. The comparison of the 374 differentially expresse mRNA with the list of potential target mRNAs of the 8 most expressed miRNA show 59 common mRNA that are mainly involved in lipid synthesis and cell development. These results suggest a role of miRNA, due to mRNA regulation, in the modulation of fatty acid profile and production during feed restriction.The short-term perspectives are to validate these results on a larger population and to study miRNA profiles in milk fat globules. In the long-term, the development of on-farm analytical methods would allow to use these indicators for the monitoring of diets and individuals.Durant la lactation et plus particulièrement en son début les vaches peuvent subir un déficit énergétique conduisant à un déséquilibre métabolique. Ce dernier modifie la production et de la composition du lait. A l’heure de l’élevage de précision, identifier des molécules faciles d’accès pour détecter précocement les animaux en bilan énergétique négatif est un point important. Le lait est un fluide qui contient un grand nombre de molécules parmi lesquelles les métabolites et les microARN; petits ARN non-codants connus pour réguler de nombreux processus biologiques y compris dans la glande mammaire, ont été récemment détectés. L’objectif de mon travail de thèse est d’identifier des biomarqueurs du statut nutritionnel et de caractériser l’impact d’une restriction alimentaire sur le miRNome de la glande mammaire chez la vache laitière. Pour ce faire, dix-neuf vaches en milieu de lactation (9 Holstein et 10 Montbéliarde) ont été restreintes pendant 6 jours à 50% de leurs besoins énergétiques. Les effets de cette restriction sur la production et la composition fine du lait ont été déterminés. Son impact sur le fonctionnement de la glande mammaire a été étudié par des approches de nutrigénomique. Les données de production laitière et les métabolites sanguins ont confirmé le déficit énergétique des vaches. Les teneurs de certains métabolites du lait (glucose, glutamate, glucose-6P, isocitrate, β-hydroxybutyrate, acide urique et acide aminé libre) et les profils en acide gras ont été modifiés par la restriction alimentaire. L’étude de leurs corrélations avec le bilan énergétique nous ont conduits à proposer le glucose et le glutamate comme potentiels biomarqueurs non invasifs dans le lait. D’éventuelles différences entre races et des seuils critiques devront être définis sur un plus grand nombre d’animaux, et au cours de différents stades de lactation avant que ces métabolites ne soient utilisés en élevage.La comparaison des miRNomes mammaires entre les vaches Holstein et Montbéliarde a identifié 22 miARN différentiellement exprimés entre les deux races. Des analyses bioinformatiques ont mis en évidence un rôle potentiel de ces miARN dans le développement mammaire, et l’étude approfondie des 6 miARN les plus exprimés parmi les 22 a révélé leur potentiel rôle dans la synthèse lipidique. Ces deux résultats peuvent en partie expliquer les différences de production observées entre ces races.La restriction alimentaire a affecté l’expression de 27 miARN et 374 ARNm chez les vaches Holstein. Cependant aucun effet n’a été détecté sur les vaches Montbéliarde. L’analyse des positions génomiques des 27 miARN et l’analyse bibliographique des 8 miARN les plus exprimés révèlent une forte implication de ces miARN dans la synthèse lipidique et la prolifération cellulaire. L’intersection des 374 ARNm différentiels avec la liste des ARNm potentiellement cibles des 8 miARN les plus exprimés a mis en évidence 59 mARN communs majoritairement impliqués dans la synthèse lipidique et le développement cellulaire. Ces résultats suggèrent un rôle des miARN via la régulation des ARNm, dans les changements de profil d’acides gras ainsi que les pertes de production observées au cours d’une restriction alimentaire.Les perspectives de ce travail à court terme, sont de valider ces résultats sur une population plus large et d’étudier les profils en miARNs dans les globules gras du lait A plus long terme il faudra s’attacher à mettre en place des méthodes de dosages applicables en ferme afin de permettre à l’éleveur de piloter les rations et les animaux de manière précoce
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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