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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
The present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Entwicklung von multivalenten Sonden zur gezielten Analyse und Beeinflussung Ras-abhängiger Signalwege
Die kleine GTPase Ras ist ein zentrales Element bei der Regulation vieler zellulärer Prozesse. Ras ist über Lipidanker in Membranen eingebettet und wird intrazellulär durch das Zusammenspiel von GEF und GAP aktiviert bzw. deaktiviert. Aktiviertes, d.h. GTP-beladenes Ras rekrutiert diverse Effektorproteine über deren Ras-bindende Domäne (RBD) an die Membran, wo diese Proteine aktiviert werden und dann die biologischen Aktivitäten von Ras vermitteln. Aufgrund seiner initialen Rolle bei der zellulären Transformation und Tumorigenese wurden verschiedene Ansätze entwickelt, um die Funktionalität von Ras zu unterdrücken, und um insbesondere der transformierenden Wirkung infolge einer deregulierten Ras-Aktivität entgegenzuwirken. Dabei zielen bisherige Ansätze vorwiegend auf die Suppression der Expression oder der Prozessierung des Proteins ab. In dieser Arbeit wird die Etablierung eines neuartigen Ansatzes beschrieben, der es erlaubt die Aktivität des vollständig prozessierten, reifen Ras-Proteins zu modulieren. Hierfür wurden RBD des Ras-Effektors Raf-1 zu Oligomeren aus zwei bzw. drei Domänen verknüpft. Um die Variabilität dieser Konstrukte zu erhöhen, wurden Oligomere bestehend aus der wildtypischen oder mutierten RBD, die eine abgeschwächte Affinität gegenüber Ras-GTP aufweisen, entwickelt. Diese Konstrukte werden zusammenfassend als multivalent scavengers of oncogenic Ras(MSOR) bezeichnet. Durch in vitroVersuche mit rekombinant hergestellten MSOR konnte gezeigt werden, dass die mutierten Varianten eine geringere Affinität für aktives Ras besitzen als die wildtypischen. Diese Versuche demonstrieren aber vor allem, dass die Stärke der Bindung an Ras-GTP mit der Zahl der jeweils miteinander verknüpften Bindedomänen zunimmt, wodurch die Interaktion stabilisiert wird. Die Wechselwirkung von MSOR und Ras ließ sich auch in vivo durch Expression fluoreszenzmarkierter Varianten (eGFP-MSOR) demonstrieren. Durch ektopische Expression verschiedener Ras-Varianten in Cos-7 Zellen konnte die GTP-spezifische Interaktion der eGFP-MSOR mit verschiedenen Mitgliedern der Ras-Subfamilie einschließlich der Ras-Isoformen nachgewiesen werden. Die Modulation der Ras-Aktivität durch MSOR wurde nach Koexpression von MSOR und Ras in verschiedenen Zelllinien durch die Analyse ausgewählter Ras-vermittelter zellulärer Prozesse studiert. Es wurde gezeigt, dass das wildtypische trimere MSOR-Konstrukt (eGFP-WT-3) die Ras(G12V)-vermittelte ERK2-Phosphorylierung und MMP1-Genexpression deutlich supprimieren kann. In Übereinstimmung mit der blockierenden Wirkung der MSOR konnte auch die Invasivität sowie das substratunabhängige Wachstum im Soft-Agar mit eGFP-WT-3 unterdrückt werden. Die Befunde korrelieren mit der Fähigkeit dieses MSOR, einerseits die Ras(G12V)-vermittelte Genexpression matrix-degradierender Enzyme wie Cathepsin L oder uPA aufzuheben und andererseits die Expression pro-apoptotischer Faktoren zu fördern. In diesem Zusammenhang wurde zudem beobachtet, dass die Expression oligomerer wildtypischer MSOR in Cos-7 Zellen zur Apoptose dieser Zellen führt. Die Wirksamkeit der MSOR in den Transformationsassays verdeutlicht deren inhibitorisches Potential gegenüber Ras-vermittelten Effekten. Viele der publizierten Untersuchungen zur Visualisierung der Ras-Aktivität erfolgten ausschließlich unter Bedingungen der Ras-Überexpression. Dies führt jedoch zu unphysiologischen Effekten, weshalb die Inzidenz einiger Befunde für die in vivoSituation fraglich ist. Ein besonders wichtiges Ergebnis dieser Arbeit ist der Nachweis, dass MSOR aufgrund ihrer effektiven Bindung an Ras-GTP auch als Reporter endogener Ras-Aktivität eingesetzt werden können. Nach Expression von eGFP-R59A,N64D-3 konnte die EGF- und TPA-induzierte Aktivierung des endogenen Ras anhand der Translokation des Reporters mittels konfokaler Mikroskopie in Echtzeit verfolgt werden. Das endogene Ras wird nach Stimulation nahezu ausschließlich an der Plasmamembran aktiviert. Die in der Literatur postulierte stimulus-abhängige Aktivierung von heterolog exprimiertem Ras im perinuklären Bereich, respektive Golgi-Apparat oder in Endosomen konnte hingegen nicht beobachtet werden. Da eGFP-R59A,N64D-3 ein sensitiver Detektor für endogenes Ras ist, belegt dieses Ergebnis die unterschiedliche räumliche Aktivierung von endogenem gegenüber überexprimiertem Ras. Die entwickelten MSOR-Konstrukte bieten ein Spektrum neuartiger Moleküle, mit denen sich zum einen die Ras-Aktivierung in vivo verfolgen lässt, die anderseits aber auch wirksam mit Ras-spezifischen Effekten interferieren können. Durch den modularen Aufbau der Konstrukte aus einzelnen Domänen, deren Affinität für Ras-GTP variiert werden kann, wird eine zielorientierte Anwendung der MSOR möglich
Variations on the Author
“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
We provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Breast Cancer Stem Cells: Eradication by Differentiation Therapy?
During metastasis, migrating breast cancer stem cells undergo a loss of polarity leading to an epithelial-to-mesenchymal transition (EMT). Gupta et al. (2009) use this attribute of cancer stem cells to develop a high-throughput screen, which successfully identifies small molecules that specifically inhibit cancer stem cell proliferation through the induction of differentiation
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
We conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
We have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
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