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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Funktionelle Charakterisierung von Aquaporinen aus Plasmodium falciparum, Toxoplasma gondii und Trypanosoma brucei
Full text linkP. falciparum, T. gondii and T. brucei parasites cause infectious diseases that affect more than 300-400 million people world-wide and, thus, represent a major health problem. The rapid spreading of drug resistant parasite strains initiated the search for new drug targets.
Aquaporins at the parasite host interface have the potential to be used as a novel targets. I characterised biochemically a single T. gondii aquaporin (TgAQP) which has only 28% sequence similarity to the P. falciparum aquaporin (PfAQP) and 47% sequence similarity to water specific plant aquaporins (TIP 1;1) and three T. brucei aquaporins (TbAQP1-3) which show 40-45% similarity to mammalian AQP3.
The pore constriction region of TgAQP has a valine instead of a highly conserved arginine. This exchange is rather typical for above-mentioned plant aquaporins. Thus, it supports the hypothesis that apicomplexans have plant ancestors. TbAQP1 and 3 have a similar amino acid composition in the pore constriction as AQP3. TbAQP2, however, has a leucine instead of the pore arginine, and NSA and NPS motifs instead of the canonical NPA motifs.
I established that TgAQP and the TbAQPs are bifunctional pores with high glycerol and intermediate water permeability whereas in PfAQP both, water and glycerol permeability are high.
Further testing of TgAQP permeability showed that besides urea, which passes the pore equally well as glycerol, only erythritol and D-arabitol reasonably permeate TgAQP. Other larger and/or charged compounds do not pass. Strikingly, hydroxyurea, an anti-neoplastic agent with an inhibitory effect on parasite proliferation, could be identified as a permeant of TgAQP.
Solute permeability TbAQPs is more restricted. Only TbAQP3 passed erythrytol and ribitol well. TbAQP2 showed permeability for pyruvate. All TbAQPs passed urea.
The TbAQPs and PfAQP were further highly permeable for dihydroxyacetone (DHA). I could show that DHA is toxic for plasmodia parasites (IC50 2.5 mM). PfAQP was also tested for methylglyoxal (MG) permeability. MG is a side product of glycolysis and has a similar structure as DHA. MG was conducted by PfAQP and showed a toxic effect on malaria parasites (IC50 200 µM). P. falciparum glyceraldehydes phosphate dehydrogenase (PfGAPDH) was fully inhibited by 2.5 mM DHA after 6 h whereas MG did not have an inhibitory effect. Rabbit GAPDH as a control was fully inhibited by DHA after 3 h and by MG after 20h.
In addition, PfAQP is permeable for ammonia. I showed that one liter of packed plasmodia red cells produces 8.8 mmol of ammonia of ammonia per hour. PfAQP may thus be vital for malaria parasites as a pathway for ammonia release.P. falciparum, T. gondii und T brucei Parasiten verursachen Infektionskrankheiten, die mehr als 300-400 Millionen Menschen auf der Welt betreffen und stellen ein großes Gesundheitsproblem dar. Die schnelle Ausbreitung von resistenten Stämmen löste die Suche nach neuen Angriffspunkten für Medikamente aus. Aquaporine im Membransystem zwischen Parasit und Wirt könnten als neue Angriffspunkte für Medikamente genutzt werden. In der vorliegenden Arbeit wurden ein Aquaporin aus T. gondii (TgAQP) sowie drei Aquaporine aus T. brucei (TbAQP1-3) biochemisch charakterisiert.
TgAQP zeigt 28% Sequenzähnhichkeit zu dem Auqaglyceroporin aus P. falciparum (PfAQP) und 47% Sequenzähnhichkeit zu wasserspezifischen Pflanzenaquaporinen (TIP 1;1). TbAQP1-3 weisen 40-45% Ähnhichkeit zu AQP3 aus Säugern auf.
In der Porenregion von TgAQP, befindet sich ein Valin anstelle eines hochkonservierten Arginins. Dieser Aminosäurenaustausch ist typisch für die TIPs der Pflanzen und stützt die Hypothese, dass Apicomplexa pflanzliche Vorfahren haben. TbAQP1 und 3 haben eine ähnliche Aminosäurenzusammensetzung der Porenregion wie AQP3 und NPA Motive in der Region, die den Porenengpass bildet. TbAQP2 bildet eine Ausnahme, da es ein Leucin anstelle des Arginins hat und NSA und NPS Motive aufweist.
Es wurde gezeigt, dass TgAQP und TbAQPs bifunktionale Poren sind, die durch eine hohe Permeabilität für Glycerin und eine mittlere Wasserpermeabilität gekennzeichnet sind. PfAQP hingegen hat eine hohe Permeabilität für sowohl Glycerin als auch Wasser.
Die weitere Untersuchung der Permeabilität von TgAQP ergab, dass neben Harnstoff, der die Pore ebenso gut wie Wasser passiert, auch Erythritol und D-Arabitol eine gewisse Durchgangigkeit besitzen. Fur andere Verbindungen, die groser und/oder geladen sind, ist TgAQP nicht durchlässig. Interessanterweise kann Hydroxyharnstoff, ein anti-neoplastischer Wirkstoff, der die Parasitenproliferation inhibiert, durch die Pore dringen. Die Solutleitfähigkeit der TbAQPe ist eingeschränkt. Nur TbAQP3 lässt Erythritol und Ribitol pasieren. TbAQP2 hat eine geringe Permeabilität fur Pyruvat. Alle TbAQPe sind permeabel fur Harnstoff.
Sowohl die TbAQPs als auch PfAQP haben eine hohe Durchlässigkeit fur Dihydroxyaceton (DHA). Es wurde nachgewiesen, dass DHA fur die Plasmodienparasiten toxisch ist (IC50 2,5 mM). PfAQP wurde positiv auf Permeabilität von Methylglyoxal (MG) getestet. MG ist ein Nebenprodukt der Glykolyse und hat eine ähnliche Struktur wie DHA. Das von PfAQP eingeschleuste DHA wirkte toxisch auf die Malariaparasiten (IC50 200 µM). Des weiterem wurde die Auswirkung von 2,5 mM DHA bzw. MG auf P. falciparum Glycerolaldehyd-Dehydrogenase (PfGAPDH) untersucht. PfGAPDH wird nach 6 h vollständig von DHA inhibiert, wohingegen MG keinen inhibitorischen Effekt zeigt. Als Kontrolle wurde GAPDH aus dem Kaninchen verwendet, das von DHA nach 3 h und von MG nach 20 h vollständig inhibiert wird.
PfAQP ist auch durchlässig für Ammoniak. Es wurde gezeigt, dass ein Liter gepackter malariainfizierter Erythrozyten 8,8 mmol Ammoniak pro Stunde produzieren. PfAQP konnte demnach überlebenswichtig fur Plasmodien sein und als Anlass für Ammoniak fungieren
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Analysis of asymmetric methylarginine metabolism by recombinant expressed and native dimethylarginine-dimethylaminohydrolase-2
Full text linkIn den letzten Jahren wurden verschiedene Wege zur Therapie pathophysiologisch erhöhter Stickstoffmonoxid (NO)-Konzentrationen entwickelt. NO wird aus L-Arginin über die NO-Synthasen (NOS) hergestellt, deren direkte Hemmung derzeit therapeu-tisch nicht genutzt werden kann. Als Alternative wurde daher die Hemmung der Di-methylarginin-Dimethylaminohydrolase (DDAH) und die Akkumulation ihrer Substrate N ω-Monomethyl-L-arginin (L NMMA) und N ω,N ω'-Dimethyl-L-arginin (ADMA), die endogen die NOS-Enzyme hemmen, interessant. Da nur die mit der DDAH-1 co-lokalisierte neuronale und induzierbare NOS gehemmt werden soll, werden selektive DDAH-1-Inhibitoren benötigt.
Für die Analyse der Isoformen-Selektivität bekannter DDAH-Hemmstoffe wurden die humanen DDAH-Isoformen rekombinant in E. coli hergestellt und gereinigt. Um die Aktivität der Proteine zu prüfen, wurden sie mit den postulierten DDAH-Substraten inkubiert. Im Gegensatz zur rekombinanten hDDAH-1 setzte die hDDAH-2 weder L NMMA und ADMA, noch die alternativ getesteten Substrate S-Methyl-L-thiocitrullin (SMTC) und N ω-Amino-L-arginin zu L Citrullin um.
Da es nicht immer gelingt humane Proteine in E. coli funktionsfähig herzustellen, konnte nach den Ergebnissen nicht sicher von einem Fehlen endogener Enzymaktivi-tät ausgegangen werden. Allerdings wurde die hydrolytische Aktivität der DDAH-2 bereits zu Beginn dieser Arbeit kontrovers diskutiert. Daher wurden Untersuchungen mit den nativen DDAH-Isoformen in porcinem Gewebe durchgeführt. Mittels Western Blot-Analysen wurden eine unterschiedliche Organverteilung für die DDAH-Enzyme ermittelt und repräsentative Gewebe für die Untersuchung der Aktivität nativer DDAHs identifiziert: Die Schilddrüse für die DDAH-2 und die Niere für die DDAH-1. Bei Inkubation aller Gewebe mit ADMA und der Schilddrüse und Niere mit allen vier Substraten, konnte native DDAH-2, im Gegensatz zur DDAH-1, kein Substrat zu L Citrullin abbauen.
Die Ergebnisse der Studien mit nativen und rekombinanten DDAH-Isoformen beleg-ten somit übereinstimmend, dass DDAH-2 keine endogene hydrolytische Aktivität für L-NMMA und ADMA aufweist. Der postulierte Metabolismus ist daher nicht als Aktivi-tätsassay für die DDAH-2 und zur Testung der Isoformen-Selektivität von DDAH-Inhibitoren geeignet. Die physiologische Funktion der DDAH-2 und der Mechanismus über den sie den NO-Stoffwechsel beeinflusst müssen nun weiter erforscht werden.In the last years, different strategies were developed for the therapy of diseases based on pathophysiologically raised nitric oxide (NO) concentrations. NO is synthe-sized from L-arginine by nitric oxide synthase isoenzymes (NOS). Until today, a direct inhibition of NOS to attenuate pathophysiological NO-concentrations is limited by side effects of NOS-inhibitors. Therefore, the inhibition of dimethylarginin-dimethyl-aminohydrolase (DDAH) followed by an accumulation of its substrates N ω-mono-methyl-L-arginine (L NMMA) und N ω,N ω'-dimethyl-L-arginine (ADMA) which are endogenous inhibitors of all NOS-enzymes was a favored alternative. For therapy, exclusive inhibition of inducible NOS (iNOS) and neuronal NOS (nNOS) is crucial. Hence, due to the colocalisation of nNOS/iNOS with DDAH-1, solely selective DDAH 1-inhibitors are of therapeutic interest.
To study the isoform selectivity of known DDAH-inhibitors, human DDAH isoforms are expressed and purified from E. coli. The activity of the enzymes was measured by degradation of the postulated DDAH substrates L-NMMA, ADMA, and alternative substrates S-methyl-L-thiocitrulline (SMTC), and N ω-amino-L-arginine to L citrulline. In contrast to hDDAH 1, neither methylarginines nor alternative substrates were me-tabolized by recombinant hDDAH-2.
Expression of nonfunctional human proteins in E. coli is a common problem, thus the observed lack of intrinsic activity could not reliably be interpreted as an actual state of the enzyme. However, recent works have raised doubts concerning the hydrolytic activity of DDAH-2. Therefore, studies on the activity of native DDAH were carried out in eight porcine tissues. Western blot analyses revealed an organ specific expres-sion pattern for both DDAH isoforms in tissues. In thyroid solely DDAH-2 was detected, in contrast in kidney high amounts of DDAH-1 were found. Seven tissues were incubated with ADMA, furthermore thyroid and kidney cytosols were incubated with all DDAH substrates. Again, neither ADMA nor other DDAH substrates were converted to L citrulline by native DDAH-2 while all substrates were metabolized by tissue DDAH-1.
Taken together, the results with recombinant and native DDAH isoforms are in agreement and clearly indicate that DDAH-2 has no intrinsic hydrolytic activity for methylarginines. Therefore, the postulated metabolism is unsuitable for activity anal-ysis of DDAH-2 and for investigations on isoform selectivity of DDAH inhibitors. The true physiological function of DDAH-2 and the mechanism of the impact on NO me-tabolism have now further to be elucidated
Transportmechanismus und Selektivität der Formiat-Nitrit-Transporter
Full text linkFormiat-Nitrit-Transporter (FNT) sind in Mikroorganismen für den Transport von kleinen monovalenten Anionen zuständig und somit Schlüsselstoffe im Energiemetabolismus. Vor kurzem wurde der Plasmodium falciparum FNT als entscheidender Laktattransporter des Malariaparasiten identifiziert. FNTs werden als potentielle Wirkstoffziele gegen mikrobielle Infektionen betrachtet.
FNT-Kristalldaten zeigen einen Transportpfad mit zwei lipophilen Konstriktionen, welche ein konserviertes Histidin einschließen. Ziel dieser Arbeit war das Beantworten der Frage, ob und wie Anionen protoniert werden, um die lipophilen Engstellen passieren zu können. Weiterhin wurde die Substratselektivität von eukaryotischen und prokaryotischen FNTs untersucht.
Im Rahmen dieser Arbeit erkannten bioinformatische und funktionelle Untersuchungen einen Substratselektivitätsfilter, welcher sich oberhalb der extrazellulären Konstriktion befindet und über einen Größenausschluss selektiert. Es konnte gezeigt werden, dass sich der Selektivitätsfilter evolutionär von prokaryotischen zu eukaryotischen FNTs erweitert hat, um sich den metabolischen Anforderungen anzupassen.
Die untersuchten FNTs wiesen pH-abhängige Transportprofile auf. Messungen belegten einen Substrat-Protonen-Symport und bestätigten einen einfachen Protonierungsschritt für die Substratneutralisierung.
Die elektrostatische Anziehung des Substratanions konnte einem konservierten Lysin im Poreneingang zugewiesen werden. Durch mathemathische Modelle und Solvationssimulationen wurden pKS-Verschiebungen des Substrates aufgrund einer veränderten dielektrischen Umgebung im Protein bestimmt.
Basierend auf diesen Erkenntnissen konnte folgendes Mechanismus-Modell erstellt werden:
1. Elektrostatische Anziehung des Substratanions zum FNT, 2. gleichzeitige dielektrische Verschiebung der Substratazidität, welche zur Neutralisation bedingt durch einen Proton-Transfer des Bulkwassers führt, 3. Passage des neutralen Substrates durch die lipophilen Engstellen.Formate-nitrite transporters (FNT) regulate the flow of small monovalent acids and are therefore key regulators of the energy metabolism of microorganisms. The eukaryotic FNT of Plasmodium falciparum was recently identified as the malaria parasite’s crucial lactate transporter. FNTs are being considered as potential drug targets for treating microbial infections.
Crystal data of FNTs revealed that two hydrophobic constrictions occlude the transport path, which enclose a conserved histidine.
The objective of this work was to clarify, whether and how substrate anions become protonated for passing the hydrophobic constrictions. Furthermore, it was intended to investigate the substrate selectivity of eukaryotic and prokaryotic FNTs.
Bioinformatic and functional experiments revealed a substrate selectivity filter, which is located above the extracellular constriction and selects by exclusion. It was confirmed that the eukaryotic selectivity filter is widened compared to the prokaryotic filter due to evolutionary changes in metabolic needs.
FNTs revealed a pH-dependent transport profile. Measurements showed a substrate/proton symport and indicated a single protonation step for neutralization. The electrostatic attraction of substrate anions could be assigned to an invariant lysine in the extracellular pore entrance. Mathematical models and solvation simulations were used to identify shifts of substrate acidity as a result of a changed dielectric environment in the protein.
Based on these new insights, the following model of FNT transport mechanism was established:
1. Electrostatic attraction of substrate anions to the FNT, 2. simultaneous dielectric shift of substrate acidity leading to neutralization by means of proton transfer from the bulk solvent, 3. passage of the neutral substrate via the lipophilic constrictions
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