1,720,999 research outputs found
Comparative evaluation of indirect immunofluorescence assay and ELISA diagnostic techniques for the diagnosis of epstein-barr virus infection
No full textEBV infeksiyonunun serolojik tanısı birden fazla antikor yanıtının degerlendirilipyorumlanmasıyla yapılmaktadır. Bu çalısmada VCA IgM, VCA IgG ve EBNA IgGantikorlarının IFA ve ELISA tanı metodlarıyla çalısılması ve bu metodların tanı degerlerininkarsılastırılması amaçlandı.Gereç ve yöntem: Çalısmaya Enfeksiyöz Mononükleoz süpheli 100 hastanın serum örnekleridahil edildi. IFA referans metod olarak kabul edildi ve bu dogrultuda örnekler, EBVinfeksiyonu tanı standartları göz önüne alınarak; Seronegatif, Akut infeksiyon, Yeni geçirilmisinfeksiyon ve Eski infeksiyon gruplarına ayrıstırıldı. ELISA metodu ile aynı standart kriterlerdogrultusunda olusturulan grupların bu IFA grupları ile uyumu arastırıldı. Ayrıca VCA IgM,VCA IgG ve EBNA IgG antikorları her iki test bazında ayrı ayrı degerlendirilerek ELISAmetodu için duyarlılık ve özgüllük oranları belirlendi. IFA metodu ile ayrıca VCA IgG aviditetesti çalısıldı ve enfeksiyon dönemleri ile iliskisi irdelendi.Bulgular: ELISA metodunun IFA metodu ile uyumu Seronegatiflik, Akut infeksiyon, Yenigeçirilmis infeksiyon ve Eski infeksiyon için sırasıyla %41, 100, 14,7 ve 74,5 olarak bulundu.Tek bir antikor bazında IFA referans testine göre ELISA metodu degerlendiridiginde, VCAIgM testinin duyarlılıgı %100, özgüllügü %90,8, VCA IgG'nin duyarlılıgı ve özgüllügü %61,5ve %53, EBNA IgG'nin ise %78,7 ve %81,1 seklinde bulundu. IFA metodu ile belirlelnenVCA IgG avitidesinin enfeksiyon ilerlemesiyle genel olarak arttıgı gözlemlendi.Sonuç: Her iki testin; Seronegatif, Yeni geçirilmis infeksiyon ve Eski infeksiyon belirlemeoranlarında farklılık göze çarpmaktadır. ELISA VCA IgG testi IFA referans teste göre yetersizperformans sergilemistir. Her iki testin tercih edilebilirligi; testlerin tanı güvenilirliginin yanısıra, laboratuvarların teknik ve personel donanımı ve mali olanaklar göz önüne alınarakdegisebilir.The serologic diagnosis of EBV infection is made by evaluating and interpretingvia more than one antibody reply. In this study, it is aimed to be studied of VCA IgM andEBNA IgG antibodies by IFA and ELSA diagnosis methods and to be evaluated of thesemethods? diagnosis values.Materials and Methods: 100 patients? serum samples that suspicious of infectiousmononucleosis were included to the study. IFA was accepted as the reference method. By thismethod, considering with diagnosis standards of EBV infections, samples were decomposed toseronegative, acute infection, new afflicted infection and ex-infection groups. The harmony ofIFA groups with the groups those were formed by the same criteria with ELSA method wasresearched. Also, VCA IgM, VCA IgG and EBNA IgG antibodies were evaluated according toboth tests and their sensitivity and specificity rates were determinate for ELSA method. Also,VCA IgG avidite test was studied by IFA method and the relationship with the infectionperiods was researched.Results: The rates of harmony between ELISA method and IFA method for seronegativeacute infection, new afflicted infection and ex-infection were found; %41, 100, 14,7, 74,5respectively. When the ELISA method was evaluated according to IFA reference test in oneantibody base, the sensitivity of VCA IgM test was %100, the specificity was %90,8, thesensitivity and specificity of VCA IgG were %61,5 and %53, EBNA IgG?s results were%78,7 and %81,1. The VCA IgG avidite that was determined by IFA method rose generally.Conclusion: There was a difference in determination rates of seronegative, new afflictedinfection and ex-infection of both tests. ELISA VCA IgG test had an insufficient performanceaccording to IFA reference test. The performance of both tests can change by some factorssuch as technique and personnel rigging of the laboratory and financial possibilities
Investigation of aminoglycoside resistance genes in providencia isolates
Get PDFDoktora TeziÖzellikle uzun süre hastanede kalan kişilerde ciddi nozokomiyal
enfeksiyonlara sebebiyet veren Providencia türlerindeki çoklu ilaç direncinin bir
parçası olan aminoglikozid ilaç direncinin aydınlatılmasına yardımcı olmak amacıyla
yaptığımız çalışmada bu dirence sebep olan genlerin varlığını belirlemeyi amaçladık.
Çalışmamıza Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Tıbbi
Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gönderilen ve kültüre alınmış biyolojik
materyallerden Providenciaspp. üreyen ve aminoglikozid ilaç direnci gözlenen
bakteriler dahil edilmiştir. İlaç direncine neden olan genleri moleküler düzeyde
araştırmak amacıyla PCR yöntemi kullanılmış ve 33 genin varlığı araştırılmıştır.
Araştırmalarımız sonucunda yedi tanesi aminoglikozidmodifiye eden enzim
geni (aac(2")-Ia, aac(3)-IIa, aac(3)-IIc, aac(6')-Ib, aac(6')-Ib-cr, ant(2')-Ia, ant(3")-Ia) ve bir tanesi de 16S rRNAmetilasyon geni (armA) olmak üzere toplamda sekiz
adet gen pozitif olarak bulunmuştur.
Çalışmamızdan elde edilen veriler doğrultusunda Providencia türlerindeki
aminoglikozid ilaç direncine sebep olan birçok gen bir arada bulunmuştur. Endişe
verici olan bu bakterilerin diğer bakterilerden horizontal olarak ilaç direnç genlerini
alabildiği ve kendi DNA’sına entegre edebildiği, aynı şekilde kendi direnç genlerini
de diğer bakterilere aktarabileceği gerçeğidir. Bunun önüne geçmek ve direnç oranını
azaltmak amacıyla antibiyotik kullanımında daha dikkatli davranılmalı ve direnç
genleri göz önüne alınarak tedavi stratejileri geliştirilmelidir.We aimed to determine the presence of genes that cause this resistance in our
study to help elucidate aminoglycoside drug resistance, which is a part of multi-drug
resistance in Providencia species that cause serious nosocomialinfections, especially
in people who stay in hospital for a long time.
Providencia spp., one of the biological materials sent to Necmettin Erbakan
University Meram Medical Faculty Medical Microbiology Laboratory and taken to
culture. Included are bacteria that grow and exhibit aminoglycoside drug resistance.
PCR method was used to investigate the genes causing drug resistance at the
molecular level and the existence of 33 genes was investigated.
As a result of our research, a total of eight genes, seven of which are
minoglycoside modifying enzyme genes (aac (2 ")- Ia, aac (3) -IIa, aac (3) -IIc, aac
(6 ')- Ib, aac (6')- Ib-cr, ant (2 ')- Ia, ant (3 ")- Ia) and one of which is 16S Rrna
methylation gene (armA), were found to be positive.
In line with the data obtained from ours tudy, many genes that cause
aminoglycoside drug resistance in Providencia species were found together. What is
alarming is the fact that bacteria can take drug resistance genes horizontally from
other bacteria and integrate them into their own DNA, as well as transmit their
resistance genes too the bacteria. In order to prevent this and to reduce the resistance
rate, more careful attention should be paid to the use of antibiotics and treatment
strategies should be developed considering the resistance genes.Bu araştırma Necmettin Erbakan Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri (BAP) Koordinatörlüğü tarafından 171418002proje numarası ile desteklenmiştir
The comparison of fecal calprotectin value with endoscopic activity score in follow up of exacerbated cases of ulcerative colitis.
Get PDFAmaç: İnflamatuvar barsak hastalıkları, gastrointestinal sistemin herhangi bir bölgesini
tutabilen, remisyon ve alevlenmelerle seyreden kronik inflamatuvar hastalıklardır. Ülseratif
kolit, Crohn hastalığı ve indetermine kolit bu grupta yer alır. Hastalık aktivasyonunun ortaya
konulmasında hastalık aktivite skorları ve bazı laboratuvar belirteçlerinden faydalanılır. Bu
çalışmada karın ağrısı, ishal/kanlı ishal gibi şikayetlerle hastaneye başvuran ülseratif kolit
hastalarının dışkı numunelerinden ölçülen kalprotektin düzeyini, aynı hastalara alevlenme
şüphesi ile intestinal mukozal enflamasyonu değerlendirmek için yapılan kolonoskopi
esnasında ortaya konulan endoskopik aktivite skorlaması ile karşılaştırmak ve dışkı
kalprotektininin noninvaziv bir belirteç olarak hastalık aktivasyonunu tahmin etmede ve
kolonoskopi ihtiyacını belirlemedeki etkinliğini ortaya koymak amaçlandı.
Yöntem: Çalışmaya Eylül-2016 ve Şubat-2018 tarihleri arasında Konya Necmettin Erbakan
Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hepatoloji/İBH polikliniğine başvuran ve yapılan
değerlendirme sonucu endoskopi planlanan 19-68 yaş aralığındaki 50 ülseratif kolit hastası
dahil edildi. Fekal kalprotektin ölçümü Konya Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp
Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda gerçekleştirildi. Fekal kalprotektin ölçümü
CalFast (EUROSPİTAL, İtalya) immunokromatografik test kiti ile yapıldı. Test kartları CalFast
READER cihazı ile okunarak sayısal değerler elde edildi. Hastaların hastanemiz
gastroenteroloji bölümünde gerçekleştirilen kolonoskopik incelemeleri neticesinde ortaya
konan Endoskopik Aktivite İndeksi ile fekal kalprotektin ölçümleri arasındaki ilişkinin
belirlenmesi için pearson korelasyon katsayısı hesaplandı. Fekal kalprotektin tanı testinin
tanısal değeri için, endoskopi skoru altın standart olarak alınarak ROC (Receiver Operating
Characteristic) analizi yapıldı. Fekal kalprotektin için 50, 70 ve 100 mg/kg değerleri cut-off
olarak seçildi. Bu değerler için hesaplanan duyarlılık ve özgüllük oranları ile ROC analizi
gerçekleştirildi.
V
Bulgular: Çalışmaya alınan hastaların Endoskopik Aktivite İndeksleri ile dışkı kalprotektin
değerleri karşılaştırıldığında (Fekal kalprotektin>50 ve Endoskopik Aktivite İndeksi≥4 aktif
hastalık kabul edilerek) korele olduğu görüldü (r=0,888661)(p<0,001). Fekal kalprotektinin
ülseratif kolit hastalarında endoskopik aktivite indeksi ile korelasyonunun bulunması, daha
önceki çoğu çalışmanın sonuçları ile uyumludur. Cut-off 50 mg/kg için duyarlılık yüksek,
özgüllük düşük bulundu. 100 mg/kg için ise özgüllük %100 iken Negatif Prediktif Değer(NPV)
düşük olarak gerçekleşti. 50, 70 ve 100 mg/kg cut-off değerlerinden 70 kesme noktasının
ülseratif kolit hastalarında mukozal iyileşme ve aktif hastalık ayrımında daha faydalı
olabileceği değerlendirildi. Farklı cut-off değerleri (50, 70 ve 100 mg/kg) Receiver Operating
Characteristic (ROC) Curve analizi ile değerlendirildiğinde 70 mg/kg cut-off’un ülseratif kolit
hastalığında mukozal aktiviteyi ve hastalık aktivitesini değerlendirmede daha uygun bir
kesme noktası olacağı sonucuna varıldı.
Sonuç: FK, İBH teşhisi için endoskopi gereksinimi olan kişilerin belirlenmesinde , tedavi
etkinliğinin gözlenmesinde ve hastalık alevlenmesini tahmin etmede yararlı, invaziv olmayan
bir biyobelirteçtir. Belli bir hastalığa özgül değildir. Uygun cut-off düzeyleri ile
değerlendirildiği takdirde öneminin daha da belirginleşeceği düşünülmektedir.Aim: Inflammatory bowel diseases are chronic inflammatory disease with remission and
exacerbations that can contribute any part of the gastrointestinal tract. Ulcerative colitis,
Crohn’s disease and indeterminate colitis are included in this group. Disease activity scores
and some laboratory markers are used to reveal the disease activation. The purpose of this
study was to prove calprotectin levels in stool samples taken from patients with ulcerative
colitis in admission to hospitals with their complaints as abdominal pain, diarrhea/dysentery
and to determine the effectiveness of determining the need for colonoscopy and fecal
calprotectin as a noninvasive marker to predict disease activation and the comparison of
endoscopic activity scoring during colonoscopy to assess intestinal mucosal inflammation in
patients with suspicion of exacerbation.
Method: After determining 50 stool samples of patients diagnosed with ulcerative colitis
were included in this study between 19-68 age group who were presented to Konya
Necmettin Erbakan University Meram Medical Faculty Hepatology / IBD outpatient clinic and
were determined as result of the evaluation and included to endoscopy schedule between
September-2016 and February-2018. Fecal calprotectin measurement was carried out at
Konya Necmettin Erbakan University, Meram Medical Faculty Medical Microbiology
Laboratory. Fecal calprotectin was measured by CalFast (EUROSPITAL, Italy)
immunochromatographic test kit. Test cards were read by CalFast READER to obtain
VII
numerical values. Pearson correlation coefficient was calculated to determine the
association between the endoscopic activity index and fecal calprotectin measurements as a
result of the colonoscopic investigations was performed at the department of
gastroenterology of our hospital. Endoscopy score was taken as a gold standard for
diagnostic value of fecal calprotectin diagnostic test and Receiver Operating Characteristic
Curve analysis was performed. Values of 50, 70 and 100 mg/kg were selected as cut-offs for
fecal calprotectin. Receiver Operating Characteristic (ROC) Curve analysis was performed
with sensitivity and specificity ratios calculated for these values.
Results: Fecal calprotectin levels in ulcerative colitis patients were consistent with the
endoscopic activity index. The correlation of fecal calprotectin level with endoscopic activity
index in ulcerative colitis patients is consistent with the results of most previous studies. Cutoff
was found to have a high specificity of sensitivity to 50 mg/kg. While the specificity was
100% for 100 mg/kg the Negative Predictive Value (NPV) was low. The cut-off points from
50, 70 and 100 mg/kg values, 70 mg/kg cut-off point were evaluated to be more useful in
demonstrating mucosal healing or disease activity in ulcerative colitis patients. When
different cut-off values were evaluated with 50, 70 and 100 mg/kg ROC curve analysis, it was
thought that 70 mg/kg cut-off would be a more suitable cut-off point in evaluating mucosal
activity and disease activity in ulcerative colitis disease.
Conclusion: Fecal calprotectin is a biomarker that is important for the detection of patients
with ambiguous symptoms and for patients with need for endoscopy for the diagnosis of
Inflammatory bowel diseases, for the treatment of efficacy, for predicting disease
exacerbation, non-invasive but at the same time non-specific, with a significant cut-off
The comparison of three diagnostic tests in hydatidozis: Indirect fluoresan antibody test, indirect hemagglutination test, in-house fluoresan antibody test
Get PDFOperasyonla karaciğer kist hidatiği olduğu kesinleşmiş hastalardan alınan serumları laboratuvarda kendi hazırladığımız IFA testi ve ticari olarak alınmış IFA, IHA kitleri ile çalışarak sonuçlarını karşılaştırmak.Gereç ve Yöntem: Et entegre tesislerinde kesilip karaciğerinde kist hidatik saptanan koyun karaciğerlerinde bulunan kistlerin germinal membranları ayrıldı. Frozen cihazında 8µm kalınlığında kesitler alındı ve lamlara tespit edildi. Lamlar indirekt Flöresan Antikor Tekniği ile Fluorescein-işaretli IgG globulin (Biomerieux) kullanılarak boyandı. 460-490 nm dalga boyunda flöresan mikroskobunda (Euroimmun EUROStar-1, Almanya) değerlendirildi. Ticari IFA (Euroimmun, Almanya) ve IHA (Fumouze Diagnostics, Fransa) kitleri de prosedürüne uygun olarak çalışıldı.Bulgular: Çalışılan serumların %66'sı IHAT ile, %86'sı ticari IFAT, %80'ni in-house IFAT ile pozitif bulundu.Sonuç: Buna göre IHAT'nin spesifitesi %66, sensitivitesi %100, IFAT'ın spesifitesi %86, sensitivitesi %100, in-house IFAT'ın spesifitesi %80, sensitivitesi %100 olarak bulundu. Sonuçlar arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunurken, ticari IFAT ve in-house IFAT sonuçları arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmadı.To compare the results of the sera provided from the patients certainly diagnosed with liver cyst hydatid disease via surgery by investigating through IFA test which we prepared in the lab, and commercial IFA and IHA preparations.Materials and Methods: Germinal membranes of the cyst in sheep livers diagnosed with liver cyst hydatid and slaughtered in slauhgterhouses were seperated. The samples were cut off in size of 8 µm in a freezing device and fixed onto the lenses. The lenses were dyed with indirect Flourescent Antibody Technique using Flourescent-labelled IgG globulin (Biomerieux, France). The results were assessed under a fluorescent microscope (Euroimmun EUROstar-1, Germany) in the wavelength of 460-490 nm.Commercial IFA (Euroimmune, Germany) and IHA (Fumouze Diagnostics, France) preparations were also studied according to the procedure.Results: Within all of the sera studied, 66% were found to be positive with IHAT, 86% with commercial IFAT and 80% with in-house IFAT.Conclusion: In light of our results, the specifity and sensitivity rates of IHAT were found as 66% 100%, respectively. The same rates for IFAT were determined as 86% and 100%, respectively. For in-house IFAT, the specifity and sensitivity rates were found to be 80% and 100%, respectively. The difference between the results were found to be statistically significant, whereas the difference between the results of commercial IFAT and in-house IFAT were statistically found to be insignificant
Gram-negatif basillerde aminoglikozit direncine sebep olan mekanizmalar
Get PDFBu çalışmada Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalın'da çeşitli klinik örneklerden izole edilen Gram negatif basillerde Aminoglikozit direnç mekanizmaları araştırıldı. Çalışmada çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve tedavide sık kullanılan Gentamisin, Anükasin, Tobramisin ve Netilmisin gibi Aminoglikozitlerin birine veya bir kaçma in-vitro direnç gösteren 49 Gram negatif basilin direnç mekanizmaları araştırıldı. 16 Pseudomonas spp susunda en çok ANT(2")-I(%39) enzimi ve pertneabilte(%32) dirence sebep olan mekanizma olarak bulundu. 1 1 adet Hpneumoniaea susunda AAC(6')-I,III ve AAC(3)-ıI enzimleri %24 oranlarında; 10 Kcoli susunda %37 oranında [AAC(3)-IV+ AAC(3)-V] enzimleri, 5 Enterobacter spp susunda AAC(6')-HI enzimleri %100 oranlarında görüldü. Proteus ve C.luteola suşlannda en çok ANT(2")-I ve APH(3')-VI enzimleri bulundu. Bölgesel ilaç kullanım rejiminin bir göstergesi olan aminoglikozit dirençlilik profili belirlenmiş oldu. SUMMARY A study performed at Selçuk Univercity, Medical Faculty Research and Training Hospital to determine resistance behaviour of Gram-negative bacillus species isolated and cultured from patients of different clinics amimgliycoside. Gram Negative 49 species resistant to either one or more amimgliycoside antibiyoticswith the trade of Gentamicin,Amicasine, Tobramicin and Netilmicin found to be studiet were under in-vitro condition to determine the bacterial resistance mechanisms. Pseudomonas strains 16 of them have the impermeability to amimgliycoside (33%) and have ANT(2")-I modyfing enzym resistance at arate of 28%. Eleven strains of K.pneumoniaea had AAC(6')-I,III and AAC(3)-II modyfing enymes resistance at level of 24%. Ten E.coli strains showed [AAC(3)-IV +AAC(3)-V] modyfing enzymes resistance at the rate of 37%. Hundret percent was found in 5 enterobacter strains. Proteus and C.luteola showed resistance only for ANT(2")-I and APH(3')-VI. As a result of this study we have gained some notion on the regional resistance profile of bacterial species against aminogliycoside antibiyotic derivates
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Covid 19 pandemi sürecinde diyaliz teknikerliği öğrencilerinin kaygi düzeylerini etkileyen değişkenler
No full textAmaç: Çalışmamızın amacı diyaliz teknikerliği öğrencilerinin Covid-19 pandemisi sürecinde aldıkları uzaktan eğitimin, duygu ve davranışları üzerindeki etkilerinin belirlenmesidir.
Yöntemler: Araştırmada örneklem grubuna 113 öğrenci alınmıştır. Araştırma verileri "Bilgi Formu" ve "Durumluluk-Sürekli Kaygı Ölçeği" kullanılarak, pandemi nedeniyle çevrimiçi olarak google form aracılığı ile toplanmıştır. Verilerin analizinde ortalama, standart sapma, ortanca değer, minimum, maksimum, sayı ve yüzdelik dilim; normallik sınaması Shapiro-Wilk ve Kolmogorov-Smirnov, gruplar arasındaki fark için Independent Samples t-testi ve ek yönlü ANOVA modelleme amacıyla da korelasyon ve hiyerarşik regresyon analizi kullanılmıştır
- …
