426 research outputs found

    Large and extremely low loss: The unique challenges of gravitational wave mirrors

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    This paper describes the making of large mirrors for laser interferometer gravitational wave detectors. These optics, working in the near infrared, are among the best optics ever created and played a crucial role in the first direct detection of gravitational waves from black holes or neutron star fusions

    La Baïsse : Une communauté thérapeuthique pour psychotiques

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    L’auteur décrit le fonctionnement et l’évolution d’une communauté thérapeutique nommée « La Baïsse ». Fondée en 1979, elle accueille 7 patients psychotiques et un stagiaire. La première partie décrit les principes sur lesquels la communauté est fondée, et la deuxième partie décrit la structure, les participants et les trois étapes à travers lesquelles les patients passent. L’auteur conclut que l’expérience est positive.The author describes the functioning and evolution of a therapeutic commune called "La Baisse". Founded in 1979, it houses 7 psychotic patients and one "stagiaire". The first part describes the principles upon which the commune is founded, and the second part describes the structure, the participants and the three stages through which the patients go. The author concludes that the experience is a positive one

    Inhibitory effects of in vivo oxidized high-density lipoproteins on platelet aggregation: evidence from patients with abetalipoproteinemia.: Oxidized HDLs inhibit platelet aggregation

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    International audienceThere is evidence that high-density lipoproteins (HDLs) may regulate platelet function, but disparate results exist regarding the effects of oxidized HDLs on platelets. The objective of our study was to determine the role of in vivo oxidized HDLs on platelet aggregation. Platelet aggregation and redox status were investigated in 5 patients with abetalipoproteinemia (ABLP) or homozygous hypobetalipoproteinemia, two rare metabolic diseases characterized by the absence of apolipoprotein B-containing lipoproteins, compared to 5 control subjects. Platelets isolated from plasma of patients with ABLP aggregated 4 to 10 times more than control platelets, depending on the agonist. By contrast, no differences in the extent of platelet aggregation were observed between ABLP platelet-rich plasma (PRP) and control PRP, suggesting the presence of a protective factor in ABLP plasma. ABLP HDLs inhibited agonist-induced platelet aggregation by binding to SR-BI, while control HDLs had no effect. On the other hand, lipoprotein-deficient plasma from patients with ABLP did not inhibit platelet aggregation. Severe oxidative stress was evidenced in patients with ABLP. Compared to control HDLs, ABLP HDLs showed a 40% decrease of α-tocopherol and an 11-fold increased malondialdehyde concentration. These results demonstrate that in vivo oxidized HDLs do not lose their antiaggregatory properties despite oxidation.-Calzada, C., Véricel, E., Colas, R., Guillot, N., El Khoury, G., Drai, J., Sassolas, A., Peretti, N., Ponsin, G., Lagarde, M., Moulin, P. Inhibitory effects of in vivo oxidized high-density lipoproteins on platelet aggregation: evidence from patients with abetalipoproteinemia

    Rupture du contrat de distribution et enrichissement sans cause: note sous Cass. com., 23 oct. 2012, nº 11-21.978, P+B , Mme H., ès qual. c/ SA Société française du radiotéléphone (SFR) : JurisData nº 2012-023935

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    International audienceLes règles gouvernant l'enrichissement sans cause ne peuvent être invoquées dès lors que l'appauvrissement et l'enrichissement allégués trouvent leur cause dans l'exécution ou la cessation de la convention conclue entre les parties

    Conservation et évolution du positionnement des nucléosomes médié par la séquence d'ADN chez les eucaryotes

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    The nucleosome is a complex of histones and ~150 bp of DNA. It is a major constituent of chromatin in eukaryotes, covering 75-90% of genomes . Histones are present in all eukaryotes analyzed. The positioning of nucleosomes by the DNA sequence is a parameter studied since the 80s and the discovery that nucleosomes did not form on polyA. Multiple models exploiting the sequences experimentally associated with histones have been proposed to predict nucleosome positioning. Our team has developed a polymer model where the elastic parameters depend on the sequence of the DNA wrapped around histones, allowing the prediction of the positioning of nucleosomes “ab initio”.This model was first exploited in yeast, then in humans. It has been shown that the sequence encodes Nucleosome Inhibitory Energy Barriers (NIEBs) that are bordered on each side by 2 - 3 nucleosomes. We studied experimental data from Mus musculus, Danio rerio, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Saccharomyces cerevisiae, Arabidopsis thaliana, Oryza sativa and Trypanosoma brucei. We confirm that the NIEBs correspond to sequences refractory to nucleosome formation in all eukaryotes studied. NIEBs in all these organisms are associated with similar oscillations in GC-content levels in relation to substitution profiles in their evolutionary lineages.Transcription termination sites (TTS) are associated with NIEBs in yeast and humans. In contrast, the relationship of NIEBs to transcription start sites (TSS) varies: those of H. sapiens are anti-correlated with TSS, while those of S. cerevisiae are directly associated. Our analysis shows that while NIEBs are associated with TTS in all species studied, they are associated with TSS in some species (S. cerevisiae, A. thaliana, C. elegans, T. brucei), and in other anti-associated (H. sapiens, M. musculus, D. rerio, O. sativa). These results suggest that genome size influences the relationship between NIEBs and TSS.It has also been shown that Alu retroelements in humans and chimpanzees are associated with the creation of new barriers, which they generate by the insertion of their polyA tail during retrotransposition. We show that NIEBs are associated with AT-rich microsatellites and transposable elements (TEs) in all species studied. We show that L1 retroelements are associated with NIEBs in humans, pigs and mice, thus allowing inter-species comparisons. Other specific TEs are also associated with NIEBs, such as the B1 retroelements in mice or the Harbinger DNA transposons in Danio rerio. This relationship between TEs and NIEBs raises the question of their coevolution. We can propose two hypotheses, that are not mutually exclusive. Firstly, nucleosome-free regions could be used for the integration of these TEs into eukaryotic genomes. Secondly, NIEBs could also be mobilized and even created by the insertion of these TEs.In conclusion, this work reveals the existence of sequences positioning nucleosomes in the genome of all eukaryotic species analyzed, thus revealing a general principle of chromatin organization by the DNA sequence in these organisms. They also reveal how repeated sequences such as microsatellites and transposable elements can modulate this chromatin structure through their instability and mobility. Thus, this study paves the way for a comparative genomics approach to better understand the evolution of chromatin in eukaryotes.Le nucléosome est un complexe d'histones et de ~150 bp d'ADN. C'est un constituant majeur de la chromatine chez les eucaryotes, couvrant 75 - 90% des génomes. Les histones sont présentes dans l'intégralité des eucaryotes analysés. Le positionnement des nucléosomes par la séquence d'ADN est une question étudiée dès les années 80 et la découverte que les nucléosomes ne se forment pas sur les polyA. De multiples modèles exploitant les séquences expérimentalement associées aux histones ont été proposés pour prédire le positionnement des nucléosomes. Notre équipe a développé une méthode alternative reposant sur les paramètres physico-élastiques de la séquence génomique (corrélant avec le contenu en GC), permettant ainsi la prédiction du positionnement des nucléosomes « ab initio ».Ce modèle a d'abord été exploité chez la levure, puis chez l'humain. Il a été ainsi montré que la séquence d'ADN code pour des barrières inhibitrices de la formation des nucléosomes (NIEBs, pour Nucleosome Inhibitory Energy Barriers), qui sont bordées de chaque côté par 2 - 3 nucléosomes. Nous avons étudié les données expérimentales disponibles pour Mus musculus, Danio rerio, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Saccharomyces cerevisiae, Arabidopsis thaliana, Oryza sativa et Trypanosoma brucei. Nous confirmons que les NIEBs correspondent à des séquences réfractaires à la formation de nucléosomes chez tous les eucaryotes étudiés. Les NIEBs chez tous ces organismes sont associés à des oscillations similaires du contenu en GC en lien avec les profils de substitutions de bases dans leurs lignées évolutives.Les signaux de terminaison de transcription (TTS) sont associés aux NIEBs chez la levure et l'humain. En revanche, la relation des NIEBs aux éléments de démarrage de la transcription (TSS) varie : ceux de H. sapiens sont anti-corrélés aux TSS, tandis que ceux de S. cerevisiae sont directement associés. Notre analyse montre que si les NIEBs sont associés aux TTS dans toutes les espèces étudiées, ils sont associés aux TSS chez certaines espèces (S. cerevisiae, A. thaliana, C. elegans, T. brucei), et chez d'autres anti-associés (H. sapiens, M. musculus, D. rerio, O. sativa). Ces résultats suggèrent que la taille du génome influe sur la relation entre NIEBs et TSS.Il a été aussi montré que les retroéléments Alu chez l'humain et le chimpanzé sont associés à la création de nouvelles barrières, qu'ils génèrent par l'insertion de leur queue polyA lors de la rétrotransposition. Nous montrons que les NIEBs sont associés aux microsatellites riches en AT et à certains éléments transposables (TE) dans toutes les espèces étudiées. Nous montrons que les retroéléments L1 sont associés aux NIEBs chez l'humain, le porc et la souris, permettant ainsi des comparaisons inter-espèces. D'autres TE spécifiques sont également associés aux NIEBs, comme les retroéléments B1 chez la souris ou bien le transposon à ADN Harbinger chez Danio rerio. Cette relation entre TE et NIEBs soulève la question de leur coévolution. On peut supposer (a) une utilisation des régions libres en nucléosomes pour l'intégration de ces TE dans les génomes eucaryotes et / ou (b) la création ou mobilisation des NIEBs par l'insertion de ces TE.En conclusion, ces travaux révèlent l'existence de séquences positionnant les nucléosomes dans le génome de toutes les espèces eucaryotes analysées, révélant ainsi un principe général d'organisation de la chromatine par la séquence d'ADN chez ces organismes. Ils révèlent également comment les séquences répétées comme les microsatellites et les éléments transposables peuvent moduler cette structure de la chromatine par leur instabilité et mobilité. Ainsi, cette étude ouvre la voie d'une approche de génomique comparative pour mieux comprendre l'évolution de la chromatine chez les eucaryotes

    Conservation et évolution du positionnement des nucléosomes médié par la séquence d'ADN chez les eucaryotes

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    The nucleosome is a complex of histones and ~150 bp of DNA. It is a major constituent of chromatin in eukaryotes, covering 75-90% of genomes . Histones are present in all eukaryotes analyzed. The positioning of nucleosomes by the DNA sequence is a parameter studied since the 80s and the discovery that nucleosomes did not form on polyA. Multiple models exploiting the sequences experimentally associated with histones have been proposed to predict nucleosome positioning. Our team has developed a polymer model where the elastic parameters depend on the sequence of the DNA wrapped around histones, allowing the prediction of the positioning of nucleosomes “ab initio”.This model was first exploited in yeast, then in humans. It has been shown that the sequence encodes Nucleosome Inhibitory Energy Barriers (NIEBs) that are bordered on each side by 2 - 3 nucleosomes. We studied experimental data from Mus musculus, Danio rerio, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Saccharomyces cerevisiae, Arabidopsis thaliana, Oryza sativa and Trypanosoma brucei. We confirm that the NIEBs correspond to sequences refractory to nucleosome formation in all eukaryotes studied. NIEBs in all these organisms are associated with similar oscillations in GC-content levels in relation to substitution profiles in their evolutionary lineages.Transcription termination sites (TTS) are associated with NIEBs in yeast and humans. In contrast, the relationship of NIEBs to transcription start sites (TSS) varies: those of H. sapiens are anti-correlated with TSS, while those of S. cerevisiae are directly associated. Our analysis shows that while NIEBs are associated with TTS in all species studied, they are associated with TSS in some species (S. cerevisiae, A. thaliana, C. elegans, T. brucei), and in other anti-associated (H. sapiens, M. musculus, D. rerio, O. sativa). These results suggest that genome size influences the relationship between NIEBs and TSS.It has also been shown that Alu retroelements in humans and chimpanzees are associated with the creation of new barriers, which they generate by the insertion of their polyA tail during retrotransposition. We show that NIEBs are associated with AT-rich microsatellites and transposable elements (TEs) in all species studied. We show that L1 retroelements are associated with NIEBs in humans, pigs and mice, thus allowing inter-species comparisons. Other specific TEs are also associated with NIEBs, such as the B1 retroelements in mice or the Harbinger DNA transposons in Danio rerio. This relationship between TEs and NIEBs raises the question of their coevolution. We can propose two hypotheses, that are not mutually exclusive. Firstly, nucleosome-free regions could be used for the integration of these TEs into eukaryotic genomes. Secondly, NIEBs could also be mobilized and even created by the insertion of these TEs.In conclusion, this work reveals the existence of sequences positioning nucleosomes in the genome of all eukaryotic species analyzed, thus revealing a general principle of chromatin organization by the DNA sequence in these organisms. They also reveal how repeated sequences such as microsatellites and transposable elements can modulate this chromatin structure through their instability and mobility. Thus, this study paves the way for a comparative genomics approach to better understand the evolution of chromatin in eukaryotes.Le nucléosome est un complexe d'histones et de ~150 bp d'ADN. C'est un constituant majeur de la chromatine chez les eucaryotes, couvrant 75 - 90% des génomes. Les histones sont présentes dans l'intégralité des eucaryotes analysés. Le positionnement des nucléosomes par la séquence d'ADN est une question étudiée dès les années 80 et la découverte que les nucléosomes ne se forment pas sur les polyA. De multiples modèles exploitant les séquences expérimentalement associées aux histones ont été proposés pour prédire le positionnement des nucléosomes. Notre équipe a développé une méthode alternative reposant sur les paramètres physico-élastiques de la séquence génomique (corrélant avec le contenu en GC), permettant ainsi la prédiction du positionnement des nucléosomes « ab initio ».Ce modèle a d'abord été exploité chez la levure, puis chez l'humain. Il a été ainsi montré que la séquence d'ADN code pour des barrières inhibitrices de la formation des nucléosomes (NIEBs, pour Nucleosome Inhibitory Energy Barriers), qui sont bordées de chaque côté par 2 - 3 nucléosomes. Nous avons étudié les données expérimentales disponibles pour Mus musculus, Danio rerio, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Saccharomyces cerevisiae, Arabidopsis thaliana, Oryza sativa et Trypanosoma brucei. Nous confirmons que les NIEBs correspondent à des séquences réfractaires à la formation de nucléosomes chez tous les eucaryotes étudiés. Les NIEBs chez tous ces organismes sont associés à des oscillations similaires du contenu en GC en lien avec les profils de substitutions de bases dans leurs lignées évolutives.Les signaux de terminaison de transcription (TTS) sont associés aux NIEBs chez la levure et l'humain. En revanche, la relation des NIEBs aux éléments de démarrage de la transcription (TSS) varie : ceux de H. sapiens sont anti-corrélés aux TSS, tandis que ceux de S. cerevisiae sont directement associés. Notre analyse montre que si les NIEBs sont associés aux TTS dans toutes les espèces étudiées, ils sont associés aux TSS chez certaines espèces (S. cerevisiae, A. thaliana, C. elegans, T. brucei), et chez d'autres anti-associés (H. sapiens, M. musculus, D. rerio, O. sativa). Ces résultats suggèrent que la taille du génome influe sur la relation entre NIEBs et TSS.Il a été aussi montré que les retroéléments Alu chez l'humain et le chimpanzé sont associés à la création de nouvelles barrières, qu'ils génèrent par l'insertion de leur queue polyA lors de la rétrotransposition. Nous montrons que les NIEBs sont associés aux microsatellites riches en AT et à certains éléments transposables (TE) dans toutes les espèces étudiées. Nous montrons que les retroéléments L1 sont associés aux NIEBs chez l'humain, le porc et la souris, permettant ainsi des comparaisons inter-espèces. D'autres TE spécifiques sont également associés aux NIEBs, comme les retroéléments B1 chez la souris ou bien le transposon à ADN Harbinger chez Danio rerio. Cette relation entre TE et NIEBs soulève la question de leur coévolution. On peut supposer (a) une utilisation des régions libres en nucléosomes pour l'intégration de ces TE dans les génomes eucaryotes et / ou (b) la création ou mobilisation des NIEBs par l'insertion de ces TE.En conclusion, ces travaux révèlent l'existence de séquences positionnant les nucléosomes dans le génome de toutes les espèces eucaryotes analysées, révélant ainsi un principe général d'organisation de la chromatine par la séquence d'ADN chez ces organismes. Ils révèlent également comment les séquences répétées comme les microsatellites et les éléments transposables peuvent moduler cette structure de la chromatine par leur instabilité et mobilité. Ainsi, cette étude ouvre la voie d'une approche de génomique comparative pour mieux comprendre l'évolution de la chromatine chez les eucaryotes
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