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Porin flexibility in Providencia stuartii: Cell-surface-exposed loops L5 and L7 are markers of Providencia porin OmpPst1
No full textEpidemiologically unrelated Providencia stuartii strains isolated in hospitals in the south of France were investigated for their porin sequences and profiles. Noticeable resistance to Î2-lactams was found to be associated with production of extended spectrum Î2-lactamases or AmpC overproduction, but not metallo-Î2-lactamases. At the same time, the expression level of outer membrane porins was unmodified in these isolates. The identity of the amino acid sequences of the major porin OmpPst1 was less than 90% in the tested clinical strains, whereas sequences of the second major porin OmpPst2 were found to be identical in all isolates. Sequence diversity identified in the OmpPst1 porins was mainly located in two cell-surface-exposed loops (L5 and L7): these loops were found to be responsible for 80% of the main movements of the protein. Parallel tempering MD simulations indicated possible coordinated movement of these loops that might affect the electrostatic interaction of the porin with membrane components (e.g. LPS) or with external molecules/surfaces. This suggests that such flexibility of surface-exposed domains of OmpPst1 may participate in bacterial adaptation to the environment
Resistance to antibiotics by efflux in multiresistant Enterobacteriaceae : detection, prevalence and development of a technique allowing use for diagnostic purposes.
No full textRésistance aux antibiotiques par efflux chez les Enterobacteriaceae multirésistantes : détection, prévalence et mise au point d'une technique permettant une utilisation à but diagnostic.Résumé :L'émergence des souches cliniques multirésistantes est un problème de santé publique dans la prise en charge et le traitement des infections associées. On assiste chez une souche à la co-existence de plusieurs mécanismes de résistance et l'efflux d'antibiotiques est souvent retrouvé en même temps que la résistance enzymatique et/ou les mutations des cibles. Les pompes d'efflux de type RND (Resistance Nodulation cell Division) avec AcrAB comme chef de file, sont les pompes majoritairement impliquées chez les entérobactéries. En routine au laboratoire, seules les résistances enzymatiques et les mutations de cible peuvent être identifiées. La mise au point d'un système de diagnostic permettant de confirmer la présence d'efflux pourrait être une aide dans l'amélioration de la prise en charge des patients infectés.L'état actuel de nos connaissances sur l'efflux chez les bactéries à Gram négatif et la régulation génétique de l'expression des pompes a été détaillé et discuté et a fait l'objet de 2 revues.Des souches cliniques d'Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, K. aerogenes, K. oxytoca, Enterobacter cloacae et Citrobacter koseri ont été utilisées dans notre étude.Des fluoroquinolones et le chloramphénicol ont été testés pour déterminer les concentrations minimales inhibitrices (CMI) en présence ou non d'un inhibiteur des pompes, la phénylalanine arginine β -naphthylamide (PAẞN) à 20µg/mL.Le test semi-quantitatif de détection d'efflux a été optimisé sur des souches représentatives. L'enrofloxacine à une concentration de 3 µg/mL a été adoptée après plusieurs essais puis utilisée pour réaliser les tests d'accumulation intracellulaire chez les Entérobactéries intactes avec ou sans carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone (CCCP) à 20 µM. La lecture des résultats a été effectuée par spectrofluorimétrie après incubation à 25°C, une nuit.L'optimisation de la détermination par spectrofluorimétrie du niveau d'accumulation intracellulaire d'enrofloxacine nous a permis d'élaborer et proposer un mode opératoire reproductible pour la routine. La détermination d'un seuil de détection semi-quantitatif de l'efflux permet d'envisager l'application de ce test à visée diagnostique en laboratoire et de répondre à nos objectifs initiaux.Certaines souches ont été séquencées et les mutations retrouvées dans les régulateurs génétiques des effecteurs de la perméabilité membranaire montrent que : 1) certaines mutations sont devenues clonales et caractérisent l'empreinte génétique des souches d'aujourd'hui, 2) K. pneumoniae représente l'espèce qui présente le plus de mutations, ces dernières concernant avant tout les répresseurs des différents systèmes de régulation ou de pompes ainsi que le canal TolC.Mots clés : Entérobactéries, pompes d'efflux, multirésistance, souches cliniques, fluoroquinolonesResistance to antibiotics by efflux in multiresistant Enterobacteriaceae: detection, prevalence and development of a technique allowing use for diagnostic purposes.Summary :The emergence of multiresistant clinical strains is a public health problem in the management and treatment of associated infections. We observe in a strain the co-existence of several resistance mechanisms and the efflux of antibiotics is often found at the same time as the enzymatic resistance and/or the mutations of the targets. Efflux pumps of the RND (Resistance Nodulation cell Division) type, with AcrAB as the leader, are the pumps mainly involved in enterobacteriaceae. Routinely in the laboratory, only enzyme resistances and target mutations can be identified. The development of a diagnostic system to confirm the presence of efflux could help improve the management of infected patients.The current state of our knowledge on efflux in Gram-negative bacteria and the genetic regulation of pump expression has been detailed and discussed and has been the subject of 2 reviews.Clinical strains of Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, K. aerogenes, K. oxytoca, Enterobacter cloacae and Citrobacter koseri were used in our study.Fluoroquinolones and chloramphenicol were tested to determine the minimum inhibitory concentrations (MIC) in the presence or absence of a pump inhibitor, phenylalanine arginine β -naphthylamide (PAẞN) at 20µg/mL.The semi-quantitative efflux detection test has been optimized on representative strains. Enrofloxacin at a concentration of 3 µg/mL was adopted after several trials and then used to perform intracellular accumulation tests in intact Enterobacteriaceae with or without carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone (CCCP) at 20 µM. The results were read by spectrofluorimetry after incubation at 25° C. overnight.The optimization of the determination by spectrofluorimetry of the level of intracellular accumulation of enrofloxacin has enabled us to develop and propose a reproducible procedure for routine use. The determination of a semi-quantitative detection threshold of the efflux makes it possible to consider the application of this test for diagnostic purposes in the laboratory and to meet our initial objectives.Some strains have been sequenced and the mutations found in the genetic regulators of membrane permeability effectors show that: 1) some mutations have become clonal and characterize the genetic fingerprint of today's strains, 2) K. pneumoniae represents the species which presents the most mutations, the latter concerning above all the repressors of the various regulatory systems or pumps as well as the TolC channel.Keywords: Enterobacteriaceae, efflux pumps, multidrug resistance, clinical strains, fluoroquinolone
Regulation of membrane permeability in Gram-negative bacteria and its relation to antibiotic susceptibility
No full textLa perméabilité membranaire joue un rôle important dans la résistance aux antibiotiques chez lesbactéries à Gram négatif.L’objectif de notre travail était de caractériser la fonction tenue par les deux régulateurs globaux dela perméabilité membranaire chez Enterobacer aerogenes: mar et ram. L’objectif initial futd’identifier le répresseur spécifique de RamA qui manquait en tant qu’élément de la cascade derégulation actuellement définie. La sélection de 60 souches nous a permis de confirmer le rôlecentral joué par RamA dans la régulation, ainsi qu’identifier des mutations pouvant être critiques, auniveau de RamR. Ainsi, l’absence variations observées dans le régulon marRAB et l’expressionmodérée des transcrits montrée par qRT-PCR laisse penser, que RamA a un rôle clef dans larégulation de l’expression des porines et des pompes d’efflux chez E. aerogenes.L’autre partie de notre travail reposait sur l’étude de la translocation des antibiotiques au traversdes porines. L’étude des interactions porine-carbapénèmes s’est faite sur la porine sauvage OmpFd'Escherichia coli et deux mutations. Les résultats indiquent également l'importance de l'aspartateen position 113 dans la sélectivité de translocation des carbapénèmes au sein de la porine OmpF.Ce travail montre ainsi que la translocation des pénicillines est aussi sous la dépendance desinteractions qui se créent entre le substrat et le résidu en position 113 de OmpF et limitent alorsleur passage au niveau du canal porine. Nous avons recherché la contribution attribuée à la porineOmp36 d'E. aerogenes dans la translocation de certaines béta-lactamines. Les mesures ont permisde conclure que les deux beta-lactaminGenetic permeability plays an important role in antibiotic resistance of Gram-negative bacteria.Our work was to characterize and better understand of the genetic regulation of membranepermeability in E. aerogenes. We focused on two global regulators, mar and ram, in about 60clinical isolates. Alterations in the upstream region of ramA and in ramR but no mutations in marAnor marR were observed. Overexpression of ramA or ramR led to an altered antibiotic susceptibilityassociated to decrease of porins expression and over-expression of efflux-pumps. qRT-PCR pointedout the estimated importance of the ram-regulon in the regulation cascade.Another part of this work was to characterize the translocation of compounds through porins andthe role of porins in drug uptake in general. Measurement of the rate of antibiotic action of threecarbapenems in an E. coli strain solely expressing OmpF as porin clearly indicated the importanceof the aspartate at position 113 in antibiotic translocation. A multi-disciplinary three way approachof computer modeling, black-lipid-bilayer assays and measurement of antibiotic action, suggestedthat interactions with residue D113 of E. coli porin OmpF are rate-limiting for transport throughthe porin channel. Combination of biological and biophysical measurements with E. aerogenesporin Omp36 denoted that interactions between the porin channel and the antibiotic facilitate andaccelerate transport
characterization of adaptation mechanisms of Enterobacter gergoviae to preservatives in cosmetics
No full textDes contaminations par Enterobacter gergoviae, dans les formulations cosmétiques diverses soulèvent le problème de la résistance bactérienne aux biocides. J'ai pu mettre en évidence, que certains épisodes de contaminations apparus au sein de l'entreprise partenaire, étaient dus à un même isolat persistant suite à un système de conservation/désinfection inefficace. Aux concentrations maximales autorisées par la commission européenne, les conservateurs ont des effets bactériostatiques mais ne présentent pas d'effets synergiques en association. Par conséquent, l'adaptation aux produits cosmétiques est favorisée. Divers mécanismes de résistance peuvent être mis en place par E. gergoviae : enzymatique (synthèse de peroxyredoxine), modifications de l'enveloppe (expression d'appendices externes : flagelles ou fimbriae/pili), modification de la mobilité, et formation de biofilms. L'apparition de ces mécanismes a aussi favorisé les résistances croisées conservateurs /désinfectants-détergents.Contaminations by Enterobacter gergoviae in various cosmetic formulations raise the problem of bacterial resistance to biocides of the species, which represent the third source of cosmetics bacterial contaminations. The collaborative cosmetic company was concerned by unrelated contaminations but some contamination events were due to persistence of isolates in internal system process, despite disinfection protocols and use of preservatives. At the maximum levels allowed by the European Commission, preservatives tested have bacteriostatic effects and do not exhibit synergistic effects in combination. Therefore, adaptation in cosmetics is facilitated. Various resistance mechanisms can be implemented by E. gergoviae: Enzymatic (peroxyredoxin synthesis), changes in the envelope (expression of external appendages: flagella or fimbriae/pili), changes in mobility and biofilm formation. The appearance of such mechanisms has also promoted a cross-resistance conservative / disinfectant - detergent
Integration of geological and geophysical data of different quality into the stochastic description of aquifers
No full textMany of the present problems in hydrogeology such as old waste disposal sites and the risk of the infiltration of contaminated riverwater concern the protection of groundwater. Solutions of qualitative and quantitative, site-specific groundwater problems require the knowledge of the site-specific heterogeneity of the subsurface. Therefore, (1) descriptive, (2) structure-imitating, and (3) process-imitating methods are combined: (1) Sedimentlogical and geophysical data – outcrop, drill-core, and georadar data – are combined in a lithofacies-based interpretation and processed to be used for stochastic simulations of sedimentary structures. This interpretation respects differences in data uncertainty and provides lithofacies probabilities for points along boreholes and grid nodes with arbitrary mesh sizes along georadar sections. The estimation of probabilities that drill-core layer descriptions and radarfacies patterns represent specified lithofacies types is based on the significance of the information included in drill-core layer descriptions and the structural information of radarfacies patterns. The specification of the lithofacies types is based on outcrop data. (2) GEOSSAV (Geostatistical Environment fOr Subsurface Simulation And Visualization) has been developed for the integration of hard and soft data into the stochastic simulation and visualization of distributions of geological structures and hydrogeological properties in the subsurface. GEOSSAV, an interface to selected geostatistical modules (bicalib, gamv, vargplt, and sisim) from the Geostatistical Software LIBrary, GSLIB (Deutsch and Journel, 1998), can be used for data analysis, variogram computation of regularly or irregularly spaced data, and sequential indicator simulation of subsurface heterogeneities. Sequential indicator simulation, based on various kriging techniques (simple, ordinary, and Bayesian), is suitable for the simulation of either continuous variables such as hydraulic conductivity of an aquifer or chemical concentrations at a contaminated site, or categorical variables which indicate the presence or absence of a particular lithofacies. Export options for finite-difference groundwater models allow either files that characterize single model layers or files that characterize the complete 3D flow model set-up for MODFLOW-based groundwater simulation systems. GEOSSAV has been successfully tested on Microsoft Windows NT 4.0/2000/XP and on SuSE Linux 7.3. The current version is available at http://www.unibas.ch/earth/pract. (3) The developed lithofacies-based interpretation of geological and geophysical data and the software GEOSSAV was applied on a field example in the groundwater recharge and production area Lange Erlen, a formerly braided river environment near Basel, Northwestern Switzerland. Two different groundwater models are used to simulate a capture zone of a well located near the infiltrating river Wiese, depending on the hydrological variations (river discharge, hydraulic conductivity of the riverbed), the water supply operation, the progress of river restoration, and the heterogeneity of the subsurface. A deterministic, large-scaled groundwater model (1.8 km x 1.2 km) is used to simulate the average behavior of groundwater flow and advective transport. It is also used to assign the hydraulic boundary conditions for a small-scaled groundwater model (550 m x 400 m), which relies on stochastically generated aquifer properties based on sitespecific drill-core and georadar data. The stochastic approach in the small-scaled groundwater model does not lead to a clearly defined well capture zone, but to a well capture zone distribution reflecting the uncertainty of the knowledge of the aquifer parameters. The developed methods and tools allow the integration of geological and geophysical data of different quality into the stochastic description of aquifers. They can be used, e.g., to define and evaluate groundwater protection zones in heterogeneous aquifers associated with infiltration from rivers under changing boundary conditions and under the uncertainty of subsurface heterogeneity
Chi-Square and F Approximations of Hetelling's Generalized T0^2
No full textTitle: Chi-Square and F Approximations of Hetelling's Generalized T0^2, Author: Davin Y.N. Yip. Location: ThodeChi-square approximation of Retelling's generalized T0^2 have
been investigated by Professor Tiku. In this project, further results
on the approximation are presented and examined. Also, an F approximation
for the distribution of Retelling's generalized T0^2 is proposed. The
results are compared with other approximations and discussed.ThesisMaster of Science (MSc
Canberra cancels Amann's contract
No full texttag=1 data=Canberra cancels Amann's contract
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La phagothérapie, alternative au phénomène d'antibiorésistance ? Place actuelle et devenir de ces biotechnologies dans la lutte contre les maladies infectieuses
No full textDans cette thèse, je me suis penchée sur la menace préoccupante, croissante et mondiale de la résistance des bactéries aux antibiotiques et l’état de la recherche d’alternatives thérapeutiques possibles notamment la phagothérapie. Ainsi, dans une première partie, je traite l’antibiothérapie sous plusieurs aspects : son histoire, son âge d’or, et l’état actuel du marché des antibiotiques. Puis, les infections bactériennes, les mécanismes de résistance des bactéries et le constat actuel de cette antibiorésistance. Enfin, nous verrons les mesures gouvernementales prises en France, en Europe et dans le monde pour lutter contre ce phénomène inquiétant. Dans une seconde partie, j’introduis la phagothérapie comme solution alternative potentielle et prometteuse en présentant son histoire et son utilisation en Europe de l’Est, la technologie impliquée et les domaines d’application potentiels. Puis, je présente la phagothérapie en médecine humaine de nos jours, son marché, son statut règlementaire dans l’Union Européenne et en France. Enfin, je présente ses perspectives en étudiant les freins à son développement et ses inconvénients, mais aussi tous les signes d’intérêt qu’elle suscite et les avantages qu’elle présente. Notamment, dans le développement des nouvelles technologies liées à l’emploi des bactériophages. Je conclurai sur l’espoir suscité par cette thérapie à condition de veiller à son développement dans un cadre règlementaire adapté et précis
L’audit : un outil du système de management qualité de l’industrie pharmaceutique
No full textLa règlementation applicable à l’industrie pharmaceutique identifie l’audit comme élément indispensable du système d’assurance qualité. Son intérêt réside dans l’amélioration continue du système en déterminant les écarts existants entre les exigences et la réalité pour permettre la mise en place d’actions venant à faire disparaitre ou diminuer ces écarts. Tout point d’activité peut être sujet d’audit.La norme ISO 19011 décrit des lignes directrices pour l’audit de systèmes de management, dont les principes de l’audit, le management d’un programme d’audit et la réalisation d’un audit.D’une part, les audits internes ont pour objectif d’évaluer l’état actuel au sein de son établissement afin de pouvoir faire évoluer si nécessaire, le système qualité en place pour être à la fois en adéquation avec les exigences BPF et les procédures internes.D’autre part, les audits externes permettent de sélectionner, évaluer et s’assurer de la qualité de services des sous-traitants.Le déroulement d’un audit reste relativement universel quel que soit le genre d’audit réalisé ; il s’adapte au type et au champ de l’audit.Un audit comporte généralement : une phase de préparation avant l’audit, une réunion d’ouverture, une visite des locaux, une revue documentaire, une réunion de clôture, une rédaction de rapport d’audit, une réponse au rapport, un suivi de l’audit Afin que l’audit soit un outil de management efficace et fiable, les auditeurs doivent respecter des principes de déontologie, d’impartialité et d’indépendance.Ils doivent être sensibilisés aux techniques de l’audit et à ces principes
Mendonça Dias, C., Azaoui, B. & Chnane-Davin, F. (Dir.)., 2020, Allophonie. Inclusion et langues des enfants migrants à l’école. Limoges : Lambert-Lucas.
No full textL’ouvrage Allophonie. Inclusion et langues des enfants migrants à l’école (2020), dirigé par Catherine Mendonça Dias, Brahim Azaoui et Fatima Chnane-Davin, est un livre dense et riche compte tenu de sa dimension interdisciplinaire et internationale. Il se présente comme un prolongement de l’enquête pluridisciplinaire Evascol (Armagnague et al., 2018) portant sur la scolarisation des élèves allophones nouvellement arrivés en France et des enfants issus de familles itinérantes et de voyageurs, ..
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