21 research outputs found
Semillero en Neurociencia Computacional – Semestre 2024-2
No full textDurante el semestre 2024-2, el semillero en Neurociencia Computacional se enfocó en el
análisis computacional de señales polisomnográficas provenientes de la base de datos
Sleep-EDF Database Expanded, un repositorio abierto ampliamente utilizado en
investigaciones del sueño. El objetivo principal fue explorar patrones fisiológicos asociados
a distintas etapas del sueño mediante técnicas de procesamiento de señales, análisis
estadístico y aprendizaje automático (machine learning).
Este proyecto permitió a los estudiantes adquirir competencias en el manejo de bases de
datos biomédicas, preprocesamiento de señales fisiológicas, visualización de datos,
análisis exploratorio, y la construcción de modelos de clasificación automática de etapas
del sueño.2024-
Machine Learning Framework for Classifying and Predicting Depressive Behavior Based on PPG and ECG Feature Extraction
No full textDepression is a significant risk factor for other serious health conditions, such as heart failure, dementia, and diabetes. In this study, a quantitative method was developed to detect depressive states in individuals using electrocardiogram (ECG) and photoplethysmogram (PPG) signals. Data were obtained from 59 people affiliated with the high-specialized medical center of Bajio T1, which consists of medical professionals, administrative personnel, and service workers. Data were analyzed using the Beck Depression Inventory (BDI-II) to discern potential false positives. The statistical analyses performed elucidated distinctive features with variable behavior in response to diverse physical stimuli, which were adeptly processed through a machine learning classification framework. The method achieved an accuracy rate of up to 92% in the identification of depressive states, substantiating the potential of biophysical data in increasing the diagnostic process of depression. The results suggest that this method is innovative and has significant potential. With additional refinements, this approach could be utilized as a screening tool in psychiatry, incorporated into everyday devices for preventive diagnostics, and potentially lead to alarm systems for individuals with suicidal thoughts
Currents and circulation patterns in a Caribbean Island and their influence on effluent discharge. Case study: San Andrés, Colombia
No full textilustraciones, diagramas, mapasLos patrones de circulación de corrientes en aguas poco profundas pueden controlar procesos claves como el transporte y difusión de efluentes. En este estudio, se investigaron los patrones de circulación de corrientes y la influencia sobre las descargas de efluentes en la isla de San Andrés ubicada al noroeste del mar Caribe. Para caracterizar estos patrones se empleó el modelo numérico acoplado de olas y corrientes Delft Wave-Flow, calibrado y validado con datos de campo de corrientes, olas y marea. Los resultados revelaron que la marea ejerce una mayor influencia en la laguna arrecifal con velocidades entre 0.01 ms-1 y 0.04 ms-1. Las corrientes influenciadas por las olas alcanzaron velocidades entre 0.3 ms-1 - 0.75 ms-1 sobre la cresta de la barrera arrecifal. El viento ejerce influencia sobre las corrientes generando magnitudes de velocidad que oscilan entre 0.2 ms-1 y 0.8 ms-1 en la cresta de los arrecifes y en aguas poco profundas del oeste de la isla. En el análisis de estacionalidad de las corrientes, se encontró que durante el trimestre de diciembre, enero y febrero las magnitudes de las corrientes son máximas y pueden variar entre 0.6 ms-1 a 0.8 ms-1, mientras que para el trimestre de septiembre, octubre y noviembre las corrientes son mínimas con valores entre 0.15 ms-1 a 0.35 ms-1. Los escenarios de eventos sintéticos extremos muestran que las corrientes pueden alcanzar velocidades entre 0.75 ms-1 y 1.2 ms-1 cuando se propagan olas desde el norte con una altura de ola significante de 3.5 m. Finalmente se evaluó el transporte de las descargas de efluentes en el costado oeste y al norte de la isla, bajo condiciones estacionales y extremas. En condiciones extremas se encontró que el 10% de la concentración de la descarga en el norte cubre áreas de la isla con presencia de ecosistemas marinos sensibles tales como, corales, pastos y manglares. El presente estudio permitiría contribuir a la formulación de lineamientos técnicos y toma de decisiones informadas en relación con la protección y conservación de los ecosistemas costeros, así como la gestión sostenible de los recursos marinos. (Texto tomado de la fuente)Current circulation patterns in shallow waters can control key processes such as effluent transport and diffusion. This study investigated current circulation patterns and their influence on effluent discharge on San Andres Island in the northwestern Caribbean Sea. The Delft Wave-Flow coupled numerical wave-current model, calibrated, and validated with current, wave, and tidal field data, was used to characterize these patterns. The results revealed that the tide exerts an influence on the reef lagoon with velocities between 0.01 ms-1 and 0.04 ms-1. Wave-influenced currents reached velocities between 0.3 ms-1to 0.75 ms-1at the coral reef crest. Wind influences the currents, generating velocity magnitudes ranging from 0.2 ms-1 to 0.8 ms-1. In the analysis of the seasonality of currents, we found that during the December, January, and February quarters, the magnitudes of currents are maximum and can vary between 0.6 ms-1to 0.8 ms-1, while for the September, October, and November quarters, the currents are minimal, with values between 0.15 ms-1 to 0.35 ms-1. The extreme synthetic event scenarios show that currents can reach velocities of 0.75 ms-1 and 1.2 ms-1 whit waves from the north with a significant wave height of 3.5 m. Finally, we evaluated the transport of effluent discharges on the west and north sides of the island under seasonal and extreme conditions. Under extreme conditions, 10% of the discharge concentration in the north covers areas of the island with marine ecosystems such as corals, grasses, and mangroves. This study contributes to the formulation of technical guidelines and informed decision-making concerning the protection and conservation of coastal ecosystems and the sustainable management of marine resources.Universidad Nacional de ColombiaFundación Universidad del Norte de BarranquillaMaestríaMagíster en Ingeniería - Recursos Hidráulicos- Mediciones de campo
- Análsis de datos de campo
- Implementación de modelos hidrodinámicosIngeniería de puertos y costasÁrea Curricular de Medio Ambient
Climatology of the potential coastal sediment transport induced by waves in San Andres island
No full textilustraciones, gráficas, tablasLas islas oceánicas arrecifales son ambientes marinos considerados altamente vulnerables a las amenazas del cambio climático, en especial la erosión costera. Para entender esta problemática es preciso considerar que la erosión costera es un proceso dinámico que opera en diferentes escalas temporales. En consecuencia, las aproximaciones deben ser múltiples, especialmente en ambientes arrecifales, donde la compleja interacción entre geomorfología, disponibilidad de sedimentos y clima marítimo determinan las variaciones morfológicas de la zona costera. Uno de los factores determinantes de la erosión costera son los gradientes espaciales en la tasa de transporte longitudinal de sedimentos. Por lo tanto, en esta investigación se propone una metodología integrada para estimar la tasa de transporte potencial longitudinal de sedimentos (TPLS) alrededor de una isla oceánica arrecifal, considerando procesos a nivel estacional, interanual y eventos extremos. La metodología fue implementada en la isla de San Andrés, en el Caribe colombiano. A partir de información de oleaje del reanálisis ERA-Interim, el modelo numérico SWAN fue empleado para simular la propagación del oleaje desde aguas abiertas hasta la zona litoral. Los resultados del modelo fueron validados con mediciones de campo. La tasa de TPLS fue estimada haciendo uso de formulaciones empíricas, y posteriormente empleada para inferir condiciones de erosión y depositación que fueron corroboradas con imágenes satelitales. Los resultados sugieren que en la isla se presentan diferencias estacionales en los patrones de TPLS y ratifican la importancia de la barrera arrecifal para la disipación de energía del oleaje. La tasa de TPLS se incrementa durante eventos extremos. La metodología propuesta puede ser aplicable en otras islas arrecifales y provee información relevante para el manejo de la erosión costera en estos ambientes. (Texto tomado de la fuente)Ocean reef islands are marine environments considered highly vulnerable to threats of climate change, especially coastal erosion. To understand this problem, it is necessary to consider that coastal erosion is a dynamic process that operates at di_erent time scales. Consequently, the approaching must be multiple, especially in reef environments, where the complex interaction between geomorphology, sediment availability and maritime climate determines the morphological variations of the coastal zone. One of the determining factors of coastal erosion is the spatial gradients in the sediment longshore transport rate. Therefore, this research proposes an integrated methodology to estimate the potential longshore sediment transport (PLST) around an oceanic reef island, considering seasonal, interannual and extreme events processes. The methodology was implemented on San Andr_es Island, in the Colombian Caribbean. Using wave data from the ERA-Interim reanalysis, the SWAN numerical model was used to simulate the propagation of waves from open waters to the coastal zone. The results of the model were validated with _eld measurements. The PLST rate was estimated using empirical formulations and used to infer erosion and deposition conditions that were corroborated with satellite images. The results suggest that seasonal di_erences in PLST patterns occur on the island and con_rm the importance of the reef barrier for wave energy dissipation. The PLST rate increases during extreme events. The proposed methodology may be applicable in other reef islands and provides relevant information for the management of coastal erosion in these environmentsMaestríaMagíster en Ingeniería - Recursos HidráulicosÁrea Curricular de Medio Ambient
Evaluation of the Susceptibility of Diaphorina citri Kuwayama Insect Vector of HLB Against Fungal Strains With Entomopathogenic Potential Under in vitro Conditions
No full text84 pEl estudio tuvo como objetivo evaluar la susceptibilidad de Diaphorina citri Kuwayama insecto vector del HLB frente a cepas fúngicas con potencial entomopatógeno en condiciones in vitro
En el primer lugar se identificó a nivel de morfoespecie cepas fúngicas con potencial entomopatógeno perteneciente a la Colección Biología UDES (CBUDES). Mediante la descripción macroscópica obtenida en medio PDA y microscópica con la técnica de cinta adhesiva y reactivo Safranina y KOH; Por otra parte, se determinó la patogenicidad de cepas de hongos con potencial entomopatógenos, en adultos de Diaphorina citri en condiciones in vitro. A través de la preparación de soluciones conidiales 1,0^107 conidios/mL de cada una de las cepas a evaluar y sometiendo los insectos a tener un contacto con las soluciones para posteriormente someterse a un foto periodo de 12 horas luz -12 horas de oscuridad y una humedad relativa del 70% obteniendo como resultado que las cepas CNA_LIBA_HFTh_Cd_04_03 (Trichoderma sp); Beauveria sp y Metarhizium sp cuentan con un porcentaje de mortalidad entre 68% a 94 %. Seguidamente se estimó la DL50 y DL90 de cepas fúngicas con potencial entomopatógeno en control de adultos de Diaphorina citri en condiciones in vitro. Mediante la selección de las dos cepas que obtuvieron mayor patogenicidad y la preparación de soluciones conidiales a concentraciones (1,0^104; 1,0^105 1,0^106 1,0^107) en donde el porcentaje mayor de virulencia la obtuvo CNA_LIBA_HFTh_Cd_04_03 (Trichoderma sp) determinándose que a una concentración de 2,6^106 conidios/mL se produce una tasa de mortalidad del 50% (DL50), y a 1,5^107 conidios/mL, muere el 90% (DL90).
Como citar este documento: Gómez Hurtado, K.D. (2022). Evaluación de la Susceptibilidad de Diaphorina citri Kuwayama Insecto Vector del HLB Frente a Cepas Fúngicas con Potencial Entomopatógeno en Condiciones in vitroThe objective of the study was to evaluate the susceptibility of Diaphorina citri Kuwayama insect vector of HLB against fungal strains with entomopathogenic potential under in vitro conditions.
In the first place, a level of morphospecies fungal strains with entomopathogenic potential belonging to the UDES Biology Collection (CBUDES) was identified.
Through the macroscopic description obtained in PDA medium and microscopic with the technique of adhesive tape and Safranin and KOH reagent; On the other hand, the pathogenicity of fungal strains with potential entomopathogens will be prolonged in adults of Diaphorina citri under in vitro conditions. Through the preparation of conidial solutions 1.0^107 conidia/mL of each of the strains to be evaluated and subjecting the insects to have contact with the solutions to later undergo a photoperiod of 12 light hours -12 hours of darkness and a relative humidity of 70% obtaining as a result that the strains CNA_LIBA_HFTh_Cd_04_03(Trichoderma sp); Beauveria sp and Metarhizium sp have a mortality rate between 68% to 94%. Next, the LD50 and LD90 of fungal strains with entomopathogenic potential were estimated in control of adults of Diaphorina citri under in vitro conditions. By selecting the two strains that showed the highest pathogenicity and preparing conidial solutions at concentrations (1.0^104 ; 1.0^105 1.0^106 1.0^107 ) where the highest percentage of virulence was obtained CNA_LIBA_HFTh_Cd_04_03(Trichoderma sp) determining that at a concentration of 2.6^106 conidia/mL produces a mortality rate of 50% (LD50), and at 1.5^107 conidia/mL, 90% die (LD90).
How to cite this document: Gómez Hurtado, K.D. (2022). Evaluation of the Susceptibility of Diaphorina citri Kuwayama Insect Vector of HLB Against Fungal Strains with Entomopathogenic Potential in In Vitro Conditions. (Undergraduate Thesis, Santander University). Institutional repository.Introducción 16
Planteamiento del Problema 20
Justificación 22
Pregunta de Investigación 24
Marco Teórico 25
Diaphorina citri 25
Taxonomía 25
Ciclo de Vida 25
Características Morfológicas de Cada Estadio 26
Distribución Geográfica de D. citri 27
Control de Diaphorina citri 28
Químico.. 28
Biológico. 29
Candidatus Liberibacter 30
Caracterización de Candidatus Liberibacter 30
Especies de Candidatus Liberibacter Asociadas al Huanglongbing 31
Huanglongbing (HLB) 32
Síntomas de la Enfermedad 32
Generalidades de los Hongos 33
Hongos Entomopatógenos 33
Modo de Acción de los Hongos Entomopatógenos 34
Adherencia del Conidio a la Cutícula del Insecto.. 34
Germinación del Conidio en la Cutícula del Insecto.. 35
Penetración del Hongo al Hospedero.. 35
Colonización y Producción de Micelio en el Hemocele.. 35
Extrusión con Esporulación y Dispersión de Esporas. 36
Género Metarhizium 37
Genero Trichoderma 37
Genero Cladosporium 37
Genero Beauveria 38
Objetivos 40
Objetivo General 40
Objetivos Específicos 40
Metodología 41
Diseño de Estudio 41
Localización Muestra 41
Aislamientos de los Hongos 41
Fase 1: Caracterización e Identificación Morfológica de Cepas Fúngicas 42
Fase 2: Determinación de la Patogenicidad de Hongos Entomopatógenos, en Adultos de Diaphorina citri en Condiciones in vitro 43
Medio Para Reactivar Quitinasas 43
Determinación de Patogenicidad 43
Fase 3: Estimación de la DL50 y DL90 de Cepas Fúngicas con Potencial Entomopatógeno en Control de Adultos de Diaphorina citri en Condiciones in vitro 45
Resultados y Discusión 47
Resultado 1: Identificación de Cepas Fúngicas con Potencial Entomopatógeno 47
Resultado 2: Determinación de la Patogenicidad de Hongos Entomopatógenos, en Adultos de Diaphorina citri en Condiciones in vitro. 51
Resultado 3: Dosis Letal 50 (DL50) Para Metarhizium sp., y Trichoderma sp 55
Mortalidad Acumulada 55
Dosis Letal 50 (DL50) Para Metarhizium sp. y Trichoderma sp. 58
Conclusiones 61
Recomendaciones 62
Referencias bibliográficas 63PregradoMicrobiólogo IndustrialBiodiversidad y Biometrí
Análisis de salud mental en el personal de la unidad de cuidados intensivos del Hospital Simón Bolívar en la ciudad de Bogotá (Colombia) en el marco de la pandemia covid -19, 2020.
No full textEste estudio de investigación se centra en precisar las causas que generan la sobrecarga laboral en el personal que maneja las UCI de hospitales y clínicas de la capital, identificando los efectos del estrés y otras patologías que se generan y se estimulan por la actividad laboral desbordada a causa de la pandemia.
La utilidad de esta investigación aporta información destacada de los síntomas y efectos que producen el estrés en niveles altos, surgiendo otras enfermedades físicas asociadas al ritmo de trabajo acelerado y extenso que vive todos los días estos centros médicos de la capital. El compromiso es inmenso a la hora de salvar vidas, pero al mismo tiempo es arriesgado, por la exposición de estos factores y el peligro de perder la salud física, mental, laboral y familiar del trabajador.
El estudio pretende identificar, analizar y mitigar, los factores que generan el estrés y demás afectaciones a este personal y por medio de actividades, reforzar la buena salud mental de los trabajadores del sector salud.
La emergencia sanitaria ocasionada por el Covid-19, nos llevó a reflexionar el trabajo agotador que ejerce el personal de la UCI, en los diferentes procesos que a su vez contienen variedad de actividades, donde deben enfrentar este devastador virus con escaso personal y equipos de ventilación pulmonar insuficiente, ejerciendo la tarea con miedos, tensiones, agotamiento físico y mental.
El estudio de investigación visibilizará los efectos que tienen los agentes estresores en el personal de salud, en relación a la emergencia sanitaria de la pandemia Covid-19, igualmente, se plantea recomendaciones para afrontar o menguar los efectos colaterales del estrés y demás enfermedades arraigadas a esta, con el fin de mejorar la salud mental del personal de la UCI.
Por otro lado, sin entrar a departir conceptos matemáticos, partimos de la premisa que la productividad, los costos y la calidad, son una triada de conceptos que se pueden analizar como un todo prácticamente inherente, por cuanto el cambio en uno de ellos, impactara en los demás.
La productividad va muy ligada al factor psicosocial del operario, nuestra preocupación está en que muchos de los trabajadores de la UCI al tener estas afectaciones mentales disminuyen su desempeño (se presenta producción de errores, pausa, repetición en los procesos, para modificarlo y mejorarlo) lo cual va correlacionado a degradar su calidad de servicio, el cual sabemos en el ámbito medico es de suma delicadez tratándose del manejo de un producto con tan alta importancia, como es la vida de las personas.
Ahora, en la UCI las enfermedades mentales se reflejan mayormente en el presentismo, donde el personal a pesar de experimentar sintomatología, sigue cumpliendo las funciones en su puesto de trabajo, así lo realicen a baja productividad, lo cual también impacta de forma directa los costos de la organización, pues hay estudios que determinan que el impacto en la productividad del presentismo es hasta 3 veces el del absentismo (medido en días perdidos).
Partiendo de lo anterior, revelamos de nuevo la gran importancia de realizar nuestra investigación, pues al entrar a determinar y mejorar los factores mentales de los operarios de la UCI, mejoraremos desde una perspectiva cualitativa la productividad de los mismos, enriqueciendo la calidad de vida del trabajador, la calidad del servicio que brinda, el bienestar del paciente, la imagen del Hospital y probablemente, los costos financieros de las instituciones de salud que establezcan estas mismas medidas, beneficiándose en dos aspectos: En los costos directos respecto a los recursos que dejan de gastar en la recuperación del trabajador y por otro lado los costos indirectos con relación a los recursos que se dejaran de ganar al tener al trabajador enfermo.Tabla de contenido
Introducción 5
1. Titulo 7
2. Planteamiento del problema 7
2.1 Descripción del problema 8
2.2 Pregunta de investigación 10
3. Objetivos 10
3.1. Objetivo general 10
3.2. Objetivos específicos 11
4. Justificación del trabajo 11
5. Marcos Referenciales 13
5.1 Estado del arte 13
5.2 Marco Teórico 25
5.3 Marco Legal 38
6. Marco Metodológico 43
6.1 Paradigma 43
6.2 Tipo de estudio 43
6.3 Metodología 44
6.4 Población 45
6.5 Muestra 45
6.6 Instrumentos de la Investigación 46
6.7 Fases del estudio 46
6.7.1 Fase 1. 47
6.7.2. Fase 2. 47
6.7.3. Fase 3. 47
6.8 Cronograma 48
6.9 Presupuesto 48
7. Resultados 49
9. Conclusiones 70
10. Recomendaciones 71
Bibliografía 73
Anexos 77EspecializaciónEspecialización en Gerencia de la Seguridad y Salud en el trabaj
Indole alkaloids inhibit zika and chikungunya virus infection in different cell lines
No full textAbstract Background In recent years, an increase in the occurrence of illnesses caused by two clinically- important arboviruses has been reported: Zika virus (ZIKV) and Chikungunya virus (CHIKV). There is no licensed antiviral treatment for either of the two abovementioned viruses. Bearing in mind that the antiviral effect of indole alkaloids has been reported for other arboviral models, the present study proposed to evaluate the antiviral in vitro and in silico effects of four indole alkaloids on infections by these two viruses in different cell lines. Methods The antiviral effects of voacangine (VOAC), voacangine-7-hydroxyindolenine (VOAC-OH), rupicoline and 3-oxo voacangine (OXO-VOAC) were evaluated in Vero, U937 and A549 cells using different experimental strategies (Pre, Trans, Post and combined treatment). Viral infection was quantified by different methodologies, including infectious viral particles by plating, viral genome by RT-qPCR, and viral protein by cell ELISA. Moreover, molecular docking was used to evaluate the possible interactions between structural and nonstructural viral proteins and the compounds. The results obtained from the antiviral strategies for each experimental condition were compared in all cases with the untreated controls. Statistically significant differences were identified using a parametric Student’s t-test. In all cases, p values below 0.05 (p < 0.05) were considered statistically significant. Results In the pre-treatment strategy in Vero cells, VOAC and VOAC-OH inhibited both viral models and OXO-VOAC inhibited only ZIKV; in U937 cells infected with CHIKV/Col, only VOAC-OH inhibited infection, but none of the compounds had activity in A549 cells; in U937 cells and A549 cells infected with ZIKV/Col, the three compounds that were effective in Vero cells also had antiviral activity. In the trans-treatment strategy, only VOAC-OH was virucidal against ZIKV/Col. In the post-treatment strategy, only rupicoline was effective in the CHIKV/Col model in Vero and A549 cells, whereas VOAC and VOAC-OH inhibited ZIKV infection in all three cell lines. In the combined strategy, VOAC, VOAC-OH and rupicoline inhibited CHIKV/Col and ZIKV/Col, but only rupicoline improved the antiviral effect of ZIKV/Col-infected cultures with respect to the individual strategies. Molecular docking showed that all the compounds had favorable binding energies with the structural proteins E2 and NSP2 (CHIKV) and E and NS5 (ZIKV). Conclusions The present study demonstrates that indole alkaloids are promising antiviral drugs in the process of ZIKV and CHIKV infection; however, the mechanisms of action evaluated in this study would indicate that the effect is different in each viral model and, in turn, dependent on the cell line
