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Genome-Wide Identification, Functional Analysis and Expression Profiling of the Aux/IAA Gene Family in Tomato
No full textAuxin is a central hormone that exerts pleiotropic effects on plant growth including the development of roots, shoots,
flowers and fruit. The perception and signaling of the plant
hormone auxin rely on the cooperative action of several components,among which auxin/indole-3-acetic acid (Aux/IAA)
proteins play a pivotal role. In this study, we identified and comprehensively analyzed the entire Aux/IAA gene family in tomato (Solanum lycopersicum), a reference species for Solanaceae plants, and the model plant for fleshy fruit development. Functional characterization using a dedicated single cell system revealed that tomato Aux/IAA proteins function as active repressors of auxin-dependent gene transcription, with, however, different Aux/IAA members displaying varying levels of repression. Phylogenetic analysis indicated that the Aux/IAA gene family is slightly contracted in tomato compared with Arabidopsis, with a lower representation of non-canonical proteins. Sl-IAA genes display distinctive expression pattern in different tomato organs and tissues, and some of them display differential responses to auxin and ethylene, suggesting that Aux/IAAs may play a role in linking both hormone signaling pathways. The data presented here shed more light on Sl-IAA genes and provides new leads towards the elucidation of their function during plant development and in mediating hormone cross-talk
IAA : Información y actualidad astronómica (32)
No full textSumario :
El laboratorio de polvo cósmico del IAA ...2
La interminable historia del agua en la Luna ...6
Multiversos y cómics ...9
HISTORIAS DE ASTRONOMÍA. Caroline Herschel ...13
DECONSTRUCCIÓN Y otros ENSAYOS. Zoom al centro galáctico ...14
EL “MOBY DICK” DE... Marta González (IAA-CSIC)...16
ACTUALIDAD ...17
ENTRE BASTIDORES ...21
CIENCIA: PILARES E INCERTIDUMBRES
Tormentas solares ...22
ACTIVIDADES IAA, AGENDA Y RECOMENDADOS ...23 y 24N
A combinatorial TIR1/AFB–Aux/IAA co-receptor system for differential sensing of auxin
No full textThe plant hormone auxin regulates virtually every aspect of plant growth and development. Auxin acts by binding the F-box protein transport inhibitor response 1 (TIR1) and promotes the degradation of the AUXIN/INDOLE-3-ACETIC ACID (Aux/IAA) transcriptional repressors. Here we show that efficient auxin binding requires assembly of an auxin co-receptor complex consisting of TIR1 and an Aux/IAA protein. Heterologous experiments in yeast and quantitative IAA binding assays using purified proteins showed that different combinations of TIR1 and Aux/IAA proteins form co-receptor complexes with a wide range of auxin-binding affinities. Auxin affinity seems to be largely determined by the Aux/IAA. As there are 6 TIR1/AUXIN SIGNALING F-BOX proteins (AFBs) and 29 Aux/IAA proteins in Arabidopsis thaliana, combinatorial interactions may result in many co-receptors with distinct auxin-sensing properties. We also demonstrate that the AFB5–Aux/IAA co-receptor selectively binds the auxinic herbicide picloram. This co-receptor system broadens the effective concentration range of the hormone and may contribute to the complexity of auxin response
IAA : Información y actualidad astronómica (37)
No full textSumario : SgrA*: nuestro aletargado monstruo galáctico.--
Una mirada no tan limitada al universo.--
CLASH.--
CIENCIA EN HISTORIAS. Una breve, muy breve, historia de los
autómatas.--
DECONSTRUCCIÓN Y otros ENSAYOS. El extraño caso
de Henrietta Leavitt y Erasmus Cefeido.--
EL “MOBY DICK” DE... René Duffard (IAA-CSIC).--
ACTUALIDAD.--
ENTRE BASTIDORES.--
SALA LIMPIA.--
CIENCIA: PILARES E INCERTIDUMBRES...
La misteriosa materia oscura.--
AGENDA/RECOMENDADOS.N
IAA : Información y actualidad astronómica (17)
No full textSumario : Misión Deep Impact: indagando en el corazón de un cometa.--
El Submillimeter Array: una nueva ventana al Universo.-- El Submillimeter Array: una nueva ventana al Universo.-- NOTICIAS : Determinan la forma de una estrella gracias a una microlente.-- Se desvelan las propiedades del meteorito de Villalbeto de la Peña.-- La formación de las grandes estrellas.--
ASTROFÍSICA EN BREVE.--
ACTIVIDADES IAA.-- AGENDA.Esta revista se publica con la ayuda de la Accion Especial DIF 2003-10261-E del Programa Nacional de Difusión de la Ciencia y la Tecnología.N
IAA : Información y actualidad astronómica (25)
No full textSumario : La química del Universo y el origen de la vida.--
Vida humana en el espacio.--
HISTORIAS DE ASTRONOMÍA: Desmenuzando la materia.--
Examen final al Modelo Estándar de Partículas.--
CIENCIA: PILARES E INCERTIDUMBRES :
Evolución del análisis armónico.--
DECONSTRUCCIÓN Y otros ENSAYOS :
Las distintas escalas de un agujero negro.--
ACTUALIDAD.--
ENTRE BASTIDORES.--
ACTIVIDADES IAA .Esta revista se publica con la ayuda FCT-08-0130 del Programa Nacional de Fomento de la Cultura Científica y Tecnológica 2008.N
IAA : Información y actualidad astronómica (18)
No full textSumario : Radiogalaxias lejanas. Nacimiento e infancia de las galaxias gigantes.--
Huygens en Titán. Desvelando misterios, generando incógnitas.--Estallidos de rayos gamma de corta duración: un nuevo campo por explorar.-- NOTICIAS : Acercándonos al centro de la Vía Láctea.-- La extraña vagabunda.-- ¿Nuevo tipo de agujero negro?.--
HISTORIAS DE ASTRONOMÍA :
el harén de Pickering.-- ASTROFÍSICA EN BREVE.--
ACTIVIDADES IAA.-- AGENDA.Esta revista se publica con la ayuda de la Accion Especial DIF 2003-10261-E del Programa Nacional de Difusión de la Ciencia y la Tecnología.N
Characterization of protein-protein interactions involved in auxin signaling pathway in tomato
No full textLa croissance et le développement des plantes sont fortement régulés par plusieurs hormones végétales, dont l’auxine qui joue un rôle prépondérant. La modification de l’expression de certains gènes en réponse à l’auxine est contrôlée par des interactions spécifiques entre les facteurs de transcription ARF (Auxin Response Factors) et les protéines Aux/IAA. Des études sur Arabidopsis thaliana ont aussi montré l’implication de corépresseurs de la famille TOPLESS pour réprimer les gènes cibles des ARF. Toutefois, cette régulation transcriptionnelle a surtout été caractérisée chez la plante modèle Arabidopsis et la validité de ce modèle n’a pas encore été confortée par l’étude d’autres modèles. La tomate (Solanum lycopersicon), espèce modèle tant pour les Solanacées que pour les plantes à fruits constitue une bonne alternative pour élucider les caractères généraux liés à la signalisation auxinique. Dans notre travail, nous avons d’abord mis en place des protocoles expérimentaux – double-hybride, pull-down, complémentation de fluorescence (BiFC, Bifluorescence Complementation) – permettant d’étudier les interactions protéines-protéines. Ces méthodes ont d’abord été validées sur des couples Aux/IAA – ARF étant connus chez la tomate pour leur implication dans le développement et la maturation des fruits (SlIAA9, SlARF8, SlIAA3, SlARF4, SlIAA27). L’utilisation du double hybride a également permis de construire une carte d’interactions entre les Aux/IAA et les ARF de tomate. Dans un deuxième temps, la disponibilité de la séquence du génome de la tomate a permis d’entreprendre une étude globale de la famille des corépresseurs TOPLESS. Cette étude a inclus : la caractérisation et le clonage des gènes, l’analyse de la séquence protéique, une analyse phylogénétique de la famille sur un ensemble de génome séquencés, la caractérisation du profil d’expression des différentes isoformes ainsi qu’une analyse comparative de leur capacité d’interaction avec les protéines Aux/IAA. Enfin, dans un dernier temps, nous avons souhaité construire des premiers outils permettant d’entreprendre une recherche non-ciblée de nouveaux partenaires interagissant avec les protéines ARF ou Aux/IAA en partant de protoplastes de cellules BY-2 de tabac exprimant de façon transitoire des gènes codant des protéines chimères (tagged proteins). Même si ce travail reste préliminaire, il a pu notamment illustrer l’importance de l’intégrité des noyaux pour la stabilité des Aux/IAA, même en l’absence d’auxine. ABSTRACT : The plant hormone auxin plays a central role in plant growth and development. The specific Aux/IAAs and Auxin Response Factors (ARFs) interactions are involved in auxin signaling pathway to regulate the auxin-responsive gene expression. Studies in Arabidopsis showed that TOPLESS family (TPLs) also was recruited by some Aux/IAAs to repress the function of ARFs. The whole machinery of the auxin signaling pathway is not clear yet, and most of this knowledge comes from the research on Arabidopsis. As a reference for Solanaceae and fleshy fruit plant, tomato (Solanum lycopersicon) is a good alternative model to better understand general traits of the auxin regulation process. In our work, we first established in our labs three experimental protocols – Yeast two-Hybrid, Pull-down and Bifluorescence complementation to unravel protein-protein interactions. These methods were first challenged on specific Aux/IAA and ARF proteins that were already characterized as major actors in fruit tomato development or ripening (SlIAA9, SlARF8, SlIAA3, SlARF4, SlIAA27). This also enabled us to build an ARF-Aux/IAA interaction map. In a second part, taking advantage of the tomato genome sequence, we carried a whole-genome study on tomato TOPLESS family. This investigation included gene cloning and characterization, protein sequence analysis, phylogenetic analyses, expression pattern and construction of protein-protein interaction maps. In a last part, we developed tools to start a non-targeted approach aiming at identifying new potential partners or protein complex involved in auxin signaling pathway using BY-2 tobacco cell protoplasts transiently expressing tagged-proteins. Although this study is still preliminary, it demonstrated the importance of nucleus integrity for Aux/IAA stability even in absence of auxin
IAA : Información y actualidad astronómica (59) (2019)
No full textREPORTAJES: De Granada al cielo. Exploración espacial desde el IAA .-- Dallol: vida en el infierno terrestre.-- El Moby Dick de... Jesús A. Toalá (IRyA/UNAM).-- Deconstrucción. Nuevos planetas desde el Observatorio de Calar Alto.-- Actualidad.-- Pilares e incertidumbres. La inclasificable materia oscura.La página web de esta revista ha sido financiada por la Sociedad Española de Astronomía (SEA).Peer reviewe
IAA : Información y actualidad astronómica (56) (2018)
No full textREPORTAJES:
La ley de Hubble-Lemaître.--
Dos maneras de mirar al pasado.--
Guiños estelares desde los confines del Sistema Solar.--
DECONSTRUCCIÓN Y otros ENSAYOS. Electricidad atmosférica: pasado, presente y futuro.--
EL “MOBY DICK” DE... Mirjana Povic (IAA).--
CIENCIA EN HISTORIAS...El buen linaje y el horror.--
ACTUALIDAD.--
SALA LIMPIA.--
CIENCIA: PILARES E INCERTIDUMBRES. Segregación espacial en nubes moleculares:
¿masa o densidad?.--La página web de esta revista ha sido financiada por la Sociedad Española de Astronomía (SEA).N
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