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ヌクレオチド除去修復におけるDDBの機能とクロマチン構造変換機構の解析
Get PDFヌクレオチド除去修復反応におけるDDBの機能とクロマチン構造変換機構を明らかにするために、以下の点について解析を行った。
まず、昨年度解析したDDBと相互作用するヒストンアセチルトランスフェラーゼに加え、クロマチンの構造変換に関わるATP依存性クロマチンリモデリング因子の修復反応への関与について検討した。出芽酵母のATP依存性クロマチンリモデリング因子の一つであるIno80複合体は、その欠損体が紫外線を含む種々のDNA傷害剤に対して高感受性を示すことが知られている。最近になり、ATPase活性を担うIno80サブユニットのホモログ(hIno80)がヒトにおいても存在することがわかったので、cDNAを入手して外来発現系を構築した。ヒト細胞内でhIno80を発現後、局所的紫外線照射法により核の一部にDNA損傷を誘起し、蛍光免疫染色によりその局在性を解析した。しかし、ヌクレオチド除去修復の基本修復因子やDDBとは異なり、DNA損傷部位への集積は観察されなかった。また、SWI/SNF複合体のサブユニットについても検討したが、DNA損傷部位に集積することはなかった。
また、DDBの機能を明らかにするために、DDBのサブユニットのうち自然に変異体が存在しないDDB1のノックアウト細胞の作成を行った。ニワトリDT40細胞を用いた通常のターゲッティングでは、ホモ接合体細胞を得ることはできなかったが、コンディショナルミュータントの作成に成功した。そして、細胞内のDDB1タンパク質を消失させると、細胞周期のS期の進行に異常を生じ、増殖が遅延して、最終的に死に至ることがわかった。さらに、siRNAを用いてDDB1を欠損させたヒト細胞も同様な表現型を示すことを見いだし、DDB1が細胞の生存に欠くことのできない重要な機能をもっことを明らかにした。研究課題/領域番号:16710031, 研究期間(年度):2004 – 2005出典：「ヌクレオチド除去修復におけるDDBの機能とクロマチン構造変換機構の解析」研究成果報告書 課題番号1671003
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-16710031/)を加工して作成金沢大学理工研究域research repor
Analysis of secondary DNA damage elicited by nucleotide excision repair and the genome maintenance mechanism in mammalian quiescent cells
Get PDF紫外線による塩基損傷がヌクレオチド除去修復（NER）により二次的なDNA損傷に変換されるメカニズムの解明を目指すとともに、生体内での二次的DNA損傷の生成について検討した。その結果、Exo1がNER反応のssDNAギャップ中間体を拡大していることが明らかとなり、ATR経路を活性化することがわかった。また、Exo1がDSBに対するシグナリング経路にも影響を与えることや、細胞死の防御に寄与することを見出した。そしてマウス皮膚組織における諸反応について解析を行い、表皮の基底細胞層においてNER依存的なDNA損傷応答反応が起きることを示し、生体内でも二次的DNA損傷が生成することを示唆した。In quiescent cells, nucleotide excision repair (NER) process generates multiple types of secondary DNA damage. However, the mechanism of secondary DNA damage formation and their biological meanings are unclear. In this study, we have examined the possible involvement of exonuclease 1 (Exo1) in the processing of ssDNA gap intermediate during NER. We found that Exo1 plays an important role in the processing of NER-induced ssDNA gap intermediates and protects UV-induced cell death in quiescent cells. In addition, we could detect several NER-dependent DNA damage responses in mouse skin, such as H2AX phosphorylation and ATM activation, indicating that NER-dependent formation of secondary DNA damage indeed occurs in vivo as well.研究課題/領域番号:15K00534, 研究期間(年度):2015-04-01 - 2018-03-31出典：研究課題「休止期のヌクレオチド除去修復により生じる二次的DNA損傷とゲノム恒常性維持機構」課題番号15K00534
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-15K00534/15K00534seika/）を加工して作成金沢大学医薬保健研究域薬学系research repor
Functional analysis of CUL4/DDB1 ubiquitin E3 ligase in DNA damage response
Get PDF生体がもつ発がんの防御システムの1つであるDNA損傷応答反応において、ユビキチン化反応やそれを介したシグナル伝達は極めて重要である。本研究ではCul4/DDB1ユビキチンリガーゼのアダプターとして機能するDDB1のコンディショナルノックアウト細胞を用いて、DNA傷害が生じた時のCul4/DDB1ユビキチンリガーゼの破綻による影響を詳細に解析し、細胞の生存においてユビキチンリガーゼとしての機能が必須であることを示した。The Cul4/DDB1 complex is a recently identified culling-RING ubiquitin ligase, which regulates DNA repair, DNA replication and transcription. We analyzed the potential functions of DDB1 in the responses to various DNA damaging agents using a conditional knockout DT40 cells. Furthermore, we found that the interaction between DDB1 and Cul4 is absolutely required for cell viability, suggesting an essential role of DDB1 as a component of Cul4/DDB1 ubiquitin E3 ligase.出典：研究課題「ゲノム損傷応答機構におけるCUL4/DDB1ユビキチンリガーゼの新機能の解明」課題番号21510055
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-21510055/21510055seika/）を加工して作成金沢大学医薬保健研究域薬学系research repor
ヌクレオチド除去修復におけるクロマチン制御とDDBの機能
Get PDFヌクレオチド除去修復におけるクロマチン構造変換機構とDDBの機能を明らかにするために、主に以下の点について解析を行った。
まず、DDBとクロマチンリモデリングに関わるタンパク質との関連性を調べるために、免疫沈降法によりDDBと共沈降するタンパク質をウェスタンブロッティングにより解析した。その結果、今までDDBと相互作用することが知られていなかったタンパク質が含まれることがわかったので、細胞内で共発現することによりDDBとの相互作用を確認した。また興味深いことには、細胞に紫外線を照射した時に、そのタンパク質がDNA損傷部位に集積することがわかり、紫外線によるDNA損傷応答において何らかの役割を担っていることが示唆された。現在、ヌクレオチド除去修復反応に及ぼす影響についてさらに詳細な解析を進めている。
一方、ニワトリDT40細胞を用いて作成したDDB1のコンディショナルノックアウト細胞で、紫外線以外のDNA傷害剤に対する応答についても解析を行った。その結果、DNA複製を介して二本鎖切断を生じるcamptothecin(CPT)を処理すると、野生型DT40細胞はG_2/M期に停止するのに対し、DDB1を欠損させた場合にはG_2/M期まで進まず、S期の初期で停止することがわかった。さらに、ミトコンドリアの還元酵素活性を指標にCPTに対する感受性について検討したところ、DDB1を欠損させると感受性が有意に増加することがわかった。したがって、DDB1がCPTによるDNA損傷応答において何らかの役割を担っていることが推察され、このDDB1の新しい機能に注目して解析を行っている。研究課題/領域番号:18710044, 研究期間(年度):2006 – 2007出典：「ヌクレオチド除去修復におけるクロマチン制御とDDBの機能」研究成果報告書 課題番号18710044
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
The study of the DNA damage response elicited by NER-provoked secondary damage in mammalian quiescent cells
Get PDF休止期のヌクレオチド除去修復に依存して活性化するシグナル伝達経路に着目し、その初期シグナルと生物学的意義の解明を目的として実験を行なった。その結果、その活性化はヌクレオチド除去修復の反応中間体を介して生じる２種類の二次的なDNA損傷に起因しており、致死的な作用が強い二本鎖切断が生じることを明らかにした。また、電離放射線感受性として知られる毛細血管拡張性小脳失調症患者由来の細胞が、休止期においては紫外線にも高感受性であることを示した。さらに、生体から単離した休止期もしくは休止期様の細胞について検討し、同調した培養細胞で観察されるヌクレオチド除去修復依存的な反応が生じることを明らかにした。In this study, we tried to clarify the nucleotide excision repair (NER)-related DNA structure(s) activating the signal transduction pathways and their biological impacts. We found that, under the quiescent condition, DSB (DNA double-strand break) is generated in an NER-dependent manner, in addition to the predicted single-stranded regions. In NER-proficient cells arrested in G0 phase, UV exposure activates ATM signaling pathway, which leads to the accumulation of DSV-related factors. Importantly, A-T cells are more sensitive to UV compared with normal cells when exposed under quiescent but not exponentially growing condition. Finally, we show that the NER-dependent H2AX phosphorylation is also observed in peripheral T lymphocytes and hematopoietic stem cells from mice. These all results suggest that in vivo quiescent cells may suffer from the mixed types of DNA lesions such as ssDNA gaps and DSB after UV or chemical exposure generating NER substrates.研究課題/領域番号: 24510068, 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31出典：研究課題「休止期においてNER依存的に活性化するDNA損傷応答機構の解析」課題番号24510068
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-24510068/24510068seika/）を加工して作成金沢大学医薬保健研究域薬学系research repor
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
The mechanism of NER-dependent secondary DNA damage formation and the crucial roles of the accompanying DNA damage responses in quiescent cells
Get PDFIn quiescent cells, nucleotide excision repair (NER) process generates multiple types of secondary DNA damage. However, the mechanism of secondary DNA damage formation and their biological meanings are unclear. In this study, we have examined the possible involvement of non-homologus end joining (NHEJ) in the repair of DNA double-strand break (DSB), one of the secondary DNA damages. We found that NHEJ indeed plays an important role in NER-dependent DSB repair and protects UV-induced cell death in quiescent cells. In addition, we also showed that the secondary DNA damage causes the mutations and chromosome aberrations. Furthermore, we revealed that at least two endonucleases are required for the activation of ATM as well as DNA-PKcs in the response to NER-dependent DSB. Several endonucleases may act on ssDNA gap intermediates for producing DSBs.ゲノム安定性の維持に重要なヌクレオチド除去修復（nucleotide excision repair; NER）は、休止期ではその後期過程が完了しない場合がある。それが原因で二次的なDNA損傷が生じるが、その生成機構や修復系、そして生物学的意義は不明である。本研究では、二次的DNA損傷のうち二本鎖切断（DNA double-strand break; DSB）には非相同末端結合が機能し、細胞死を抑制することを明らかにした。また、二次的DNA損傷がゲノム不安定性を誘発する結果を得た。そして、NER反応中間体にヌクレアーゼが作用することでDSBが生成し、複数のヌクレアーゼが関与することを示した。研究課題/領域番号:19K12319, 研究期間(年度):2019-04-01 - 2022-03-31出典：研究課題「NER中間体がもたらす新たなDNA損傷生成とその防御応答の解析」課題番号19K12319
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/ja/report/KAKENHI-PROJECT-19K12319/19K12319seika/）を加工して作成金沢大学医薬保健研究域薬学系research repor
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