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Rae1の動態と機能の解析
Full text link多くの癌では染色体異数体といった染色体異常が見られるが、癌悪性化における異数体発生機序やその役割については未だよくわかっていない。細胞有糸分裂における正常な染色体分離のメカニズムを知ることは、癌悪性化を引き起こす染色体不安定を理解するのに必須である。核膜孔複合体は核膜上にあって細胞質と核の間の分子の交換を制御するものであり、最近この核膜孔複合体を介した巨大分子の核内外への輸送が有糸分裂に深く関わっていることが明らかになってきた。この複合体はヌクレオポリンと呼ばれるタンパク質の集合によって構成されている。その中の一つであるRaelは核と細胞質間の分子の輸送に重要であり、また有糸分裂に関与する微小管に結合することが示されている。
申請者はこのRaelが分裂期の微小管重合体に結合し、NuMAと相互作用して紡錘体極の形成に関与していることを明らかにしており、さらに最近cohesinのサブユニットであるSMC1とも相互作用して染色体の正常な分離に深く関与していることを見いだした(PNAS, 105:15441-5,2008)。申請者は現在も引き続きRaelについての検討を継続しており、他ヌクレオポリン(Nup88、Nup98など)との相互作用や、また新たに他ヌクレオポリンについての解析も進めている。申請者の研究室では、順調に研究が進むとともに次々と新しい展開が出てきており、実験道具消耗品、新しい設備備品など、多額の研究費が必要となっている。しかしながら、現在の経済状況ではこれらを買い揃えるには、申請者が新規に取得した科研費若手研究(B)を併せても、厳しいと言わざるを得ない。近年Raelの過剰発現が乳癌患者で確認されたり、ヌクレオポリン遺伝子(Nup98)の異常が関係する白血病は難治性であると報告されるなど、核膜孔複合体の欠陥と癌との関係が示唆されている。本研究はこれらの見解と併せ考えても、基礎生物学及び臨床医学の両面から重要な課題であると思われる。研究課題/領域番号:20890083, 研究期間(年度):2008出典：研究課題「Rae1の動態と機能の解析」課題番号20890083
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-20890083/）を加工して作成金沢大学research repor
細胞環境下での核膜孔の安定かつ過渡的なナノ構造測定技術を開発
Full text link我々の体の設計図であるDNAを格納する細胞核は、核膜と呼ばれる二重膜に覆われている。核内外の物質の能動的なやりとりには、核膜にある唯一のゲートである核膜孔が使用されている。核膜孔は核膜孔複合体（Nuclear Pore Complex: NPC）から成り立っており、その複合体は約30種類のNPCタンパク質（ヌクレオポリン）により構成されている。
本研究課題では、「細胞環境下での核膜孔の安定かつ過渡的なナノ構造測定技術を開発」に関する探索を行った。腫瘍のグレードと核構造の異常性とに相関があるため、核の形態はがん診断において重要な病理学的ターゲットとなり得る。ゆえに、我々は正常細胞とがん細胞におけるNPCのナノスケール構造の安定的かつ過渡的な変化や差異の詳細を解明するため、ナノ構造測定技術を開発することを目的とした。実施期間中、当研究課題の基礎となる、大腸がん細胞における核膜孔複合体のチャネル部分を構成していると報告されているタンパク質群、FG-Nups(フェニルアラニンーグリシンーヌクレオポリン)について構造およびダイナミクスのナノスケールにおける可視化を行った。これらの結果をまとめて論文とし、現在雑誌に投稿中である。
また、ヌクレオポリンの一種であるPOM121が、核内輸送タンパク質Importin-betaと共に、前立腺がんの治療において標的となり得ることをレビューにて発表した（Cell Chem. Biol., 2018 IF5.592）。
さらに、独自のヌクレオポリンを持つインフルエンザウイルスにおいて、ヘマグルチニン(HA)前駆体タンパク質そのものと、その構造変化のナノスケールにおける可視化に成功した（BBA-general Subjects, 2019 IF4.81）。研究課題/領域番号:17H05874, 研究期間(年度):2017-04-01 – 2019-03-31金沢大学ナノ生命科学研究所research repor
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
核膜孔複合体の準安定状態複合体間の相互作用解析に関する探索
Full text link核膜孔複合体（NPC）は、核－細胞質間でのタンパク質、RNA等の選択的物質輸送を制御している。30種類以上あるNPCタンパク質のひとつRae1(RNA export factor）は、Nup98と共にRNAを輸送することが知られている。最近の研究ではいくつかのヌクレオポリンの中には紡錘体形成、及び、有糸分裂期後期開始に影響を与え、細胞の癌化に関与するものがあることが明らかになってきた。一方、研究代表者は最近、Rae1がNuMA及びSMC1と相互作用することを見出し、この相互作用の変化が多くの癌で見出される染色体の異数化・多極紡錘体を引き起こすことを発見した。そこで本研究課題では、Rae1-Nup98の細胞質－核間輸送、及び有糸分裂期中の詳細な機能を分子細胞生物学、及び、構造生物学の両側面から理解することを目的とした。
当該年度はNPCタンパク質が有糸分裂期に中心体で発現し、中心体恒常性に関与していることを示した（Hashizume et.al., Cell Cycle, 2013）。また、NPCタンパク質RanBP2の発現低下が染色体のミスアライメントとmitotic catastropheを誘導することを明らかにした（Hashizume et.al., Cell Death Dis., 2013）。さらに、NPCタンパク質Rae1にも深く関与していることが知られる核分裂装置タンパク質NuMAが、p53による転写を制御していることを示した（Endo et.al., Cell Death Dis., 2013）。
また、高純度のRae1タンパク質の大量培養・精製に成功し、主にRae1の構造解析を進めた。研究課題/領域番号:24121710, 研究期間(年度):2012-04-01 – 2014-03-31出典：「核膜孔複合体の準安定状態複合体間の相互作用解析に関する探索」研究成果報告書 課題番号24121710
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PUBLICLY-24121710/）を加工して作成金沢大学ナノ生命科学研究所research repor
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Rae1-Nup98の準安定状態複合体間の相互作用解析に関する探索
Full text link核膜孔複合体(NPC)は、核-細胞質間でのタンパク質、RNA等の選択的物質輸送を制御している(橋爪ら 生化学 2011)。30種類以上あるNPCタンパク質の一つRae1(RNA export factorl)は、Nup98と共にRNAを輸送することが知られている。最近の研究ではいくつかのヌクレオポリンの中には紡錘体形成、及び、有糸分裂後期開始に影響を与え、細胞の癌化に関与するものがあることが明らかになってきた(Funasaka and Wong, Cancer Metasta Rev 2011; Nakano et al., Cell Cycle 2011)。一方、研究代表者は最近、Rae1がNuMA及びSMC1と相互作用することを見出し、この相互作用の変化が多くの癌で見いだされる染色体の異数化・多極紡錘体を引き起こすことを発見した。そこで本研究課題では、Rae1-Nup98の細胞質-核間輸送、及び有糸分裂期中の詳細な機能を分子細胞生物学、及び、構造生物学の両側面から理解することを目的とした。
当該年度は、急性骨髄性白血病(AML)細胞中の染色体転座に多くみられるキメラタンパク質Nup98/HoxA9を解析した。通常Nup98は、間期では核膜孔に、有糸分裂期では紡錘体に局在するが、キメラタンパク質Nup98/HoxA9は、間期では核内に、有糸分裂期では染色体上に局在が変化していた。これらのデータをまとめ論文を発表した(Funasaka et. al., Cell Cycle 2011)。また、核膜孔複合体の構造と機能についての総説を生化学に(橋爪ら 生化学 2011)、ヌクレオポリンの一つNup88についての総説を生体の科学にて発表した(橋爪ら 生体の科学2011)。さらに、AKTAタンパク質精製装置を用いて高純度のRae1タンパク質を精製することに成功することができた。研究課題/領域番号:22121506, 研究期間(年度):2010 – 2011出典：研究課題「Rae1-Nup98の準安定状態複合体間の相互作用解析に関する探索」課題番号22121506
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PUBLICLY-22121506/）を加工して作成金沢大学 フロンティアサイエンス機構research repor
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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