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Functional characterization of epigenetic regulatory factors identified by retroviral insertional mutagenesis
No full textレトロウイルス挿入変異によってマウスに発症した腫瘍から、ウイルスタギングを用いて新しいがん関連因子群の探索を進め、これまでにヒストンやDNAのメチル化の制御に関与する酵素群を同定した。さらに、これらのエピジェネティクス制御因子が、がんの発症ばかりでなく、がんの転移、薬剤耐性など悪性進展の様々なステップにおいて重要な役割を担っていることを示す新しい知見を得ることができた。Retroviral insertional mutagenesis in mice is one of the powerful strategies for high-throughput identification of cancer genes. Using this system, we have frequently identified the genes encoding the enzymes engaged in histone or DNA methylation. We have found that some of the enzymes are involved not only in the tumor initiation but also in the malignant tumor progression such as cell invasion and drug resistance.研究課題/領域番号:24590346, 研究期間(年度):2012-04-01 – 2015-03-3出典：研究課題「ウイルス挿入変異法で同定されたエピゲノム制御因子による疾患発症機構の解析」課題番号24590346
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-24590346/24590346seika/）を加工して作成金沢大学がん進展制御研究所research repor
白血病ウイルス感染による病原性発現に関わる細胞性因子の同定と解析
No full text申請者は、レトロウイルスの感染によって白血病を発症するモデルマウスを用いて、ウイルス挿入の標的となる遺伝子群を網羅的に同定し、その機能や相互作用の解析を通して、病原性発現に関わる細胞性因子の探索を行っている。本年度に、血液・血管の発生の研究に適したゼブラフィッシュを用いて、腫瘍から同定したがん遺伝子Meis1が、血管網の形成や血管内皮細胞、特に動脈の分化に重要であることを証明した。また、作用メカニズムとして、Meis1が血管内皮細胞増殖因子VEGFの受容体Flk1の発現を介して、VEGFシグナルを制御することを明らかにした。次に、もうひとつの標的として、タンパク質、特にヒストンのメチル化を制御する酵素群(メチル化酵素17種と脱メチル化酵素11種)を同定した。ピストンの翻訳後修飾は、転写制御、DNA複製・修復、ヘテロクロマチン形成などの生物学的現象に重要な役割を担っている。また、ヒトのがんでは、ヒストンのアセチル化を制御する酵素の変異や発現異常が観察され、脱アセチル化酵素の阻害剤が抗がん剤として開発されている。これに対し、ヒストンのメチル化と発がんの関係は、解析がまだ進んでおらず、がんの新しい分子標的として、メチル化制御酵素は大変注目される。私たちは、同定したメチル化制御酵素について、ヒト肺がんにおける発現解析や、遺伝子発現に与える影響の網羅的な解析を進行している。最近、これらの酵素のなかに、ヒストンばかりでなく、p53などの転写制御因子や、NFkBやWntシグナル経路の因子に影響を与える酵素が複数存在することがわかった。すなわち、リン酸化などの翻訳後修飾と同様、メチル化が、広くタンパク質の機能調節に重要である証拠と考えられる。さらに、特定の病原性ウイルスの増殖を阻害する可能性のある酵素も見つけており、宿主の免疫から逃れるウイルスの特性との関連や、治療の標的としての可能性を検討していきたい。研究課題/領域番号:19041032, 研究期間(年度):2007 – 2008出典：「白血病ウイルス感染による病原性発現に関わる細胞性因子の同定と解析」研究成果報告書 課題番号19041032
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
No full textThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Functional analysis of lncRNAs in cancer development identified by genome-wide retroviral insertional mutagenesis
No full textRetroviral insertional mutagenesis in mice is one of the powerful strategies for high-throughput identification of novel cancer genes. Using this system, we have identified many genes encoding epigenetic regulators such as histone modifying enzymes, RNA methyl-modifying enzymes and long noncoding RNAs. We discovered that these epigenetic regulators are involved not only in the tumor initiation but also in the tumor progression such as cell invasion, metastasis, epithelial mesenchymal transition, drug resistance and maintenance of stem cell properties. Based on the functional characterization of these factors, we aim to develop novel molecular targeted therapeutic strategies, which should be applied to clinical studies.挿入変異によって発がんモデルマウスに発症した腫瘍から、挿入エレメントを手掛かりに新しいがん関連遺伝子群の探索を進めた。その結果、ヒストンの翻訳後修飾やRNAのメチル化修飾を担う酵素、長鎖非コードRNAなどをコードする遺伝子を多数同定できた。さらに、こうしたエピジェネティック制御因子が、がん細胞の増殖だけでなく、がん悪性進展の様々な局面（細胞浸潤、転移、上皮間葉転換、薬剤耐性、幹細胞性維持など）において重要な役割を果たすことを明らかにした。研究課題/領域番号:19K07346, 研究期間(年度):2019-04-01 - 2022-03-31出典：研究課題「ゲノムワイドな挿入変異を利用した疾患関連lncRNAの機能解析」課題番号19K07346
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
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Variations on the Author
No full text“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Functional characterization of candidate disease genes identified by the efficient insertional mutagenesis
No full textレトロウイルス挿入変異によってマウスに発症した腫瘍から、ウイルスタギングを用いて新しいがん関連遺伝子群の探索を進め、これまでにヒストンやDNAのメチル化の制御に関与する酵素群を同定した。さらに、これらのエピジェネティクス制御因子が、がんの発症ばかりでなく、がんの悪性進展の様々なステップにおいて重要な役割を担っていることを示す新しい知見を得ることができた。Retroviral insertional mutagenesis in mice is one of the important strategies for high-throughput identification of cancer genes. Using this system, we have so far identified most of histone lysine methyltransferase genes and demethylase genes as candidate oncogenes or tumor suppressor genes. We have found that some of the enzymes are involved not only in the tumor initiation but also in the malignant tumor progression such as cell invasion.研究課題/領域番号:21590303, 研究期間(年度):2009-2011出典：研究課題「ゲノムへの挿入変異を利用した疾患関連遺伝子の単離とその機能解析」課題番号21590303
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
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ゲノム不安定性を示すマウスを利用した新しいがん抑制遺伝子の単離とその機能解析
No full text申請者は、レトロウイルスの感染によって白血病を発症するモデルマウスを用いて、ウイルス挿入の標的となる遺伝子群を網羅的に同定し、その機能や相互作用の解析を通して、発がんに関わる遺伝子の探索を行っている。従来の挿入変異では、ウイルス挿入で発現や機能が活性化されるがん遺伝子が主に同定され、不活性化されるがん抑制遺伝子は、ほとんど同定されなかった。そこで、ゲノム不安定性を示す変異マウスにウイルス挿入変異を適用し、両アリルへの変異導入効率を高めて、がん抑制遺伝子を効率的に単離する独自の実験系を確立した。これまでの解析から、高頻度に単離される標的として、ヒストンのメチル化酵素17種と脱メチル化酵素11種を同定した。メチル化、アセチル化、リン酸化などヒストンの翻訳後修飾は、転写制御、DNA複製、X染色体不活性化をはじめとする様々な生物学的現象に関与している。ヒトのがんでは、ヒストンのアセチル化酵素の変異や脱アセチル化酵素の発現異常が検出され、脱アセチル化酵素の阻害剤が既に抗がん剤として開発されている。一方、メチル化を制御する酵素群もまた、がんの新しい分子標的の有力な候補と考えられるため、同定した酵素について、遺伝子発現に与える影響の網羅的な解析を進行している。本年度は、食道がんで高発現が見られるJmjd2c脱メチル化酵素が、Mdm2がん遺伝子の発現上昇を誘導し、細胞内のp53がん抑制遺伝子産物の減少を引き起こすことを明らかにした。その際、Mdm2遺伝子発現制御領域にJmjd2cがリクルートされ、その領域に存在するヒストンH3の9番目のリジン(H3K9)の脱メチル化を介して、クロマチン構造を転写抑制状態から転写活性化状態に変換することを見いだした。このように、標的遺伝子の発現とともに、その発現制御領域でのヒストンの翻訳後修飾の変化を調べることで、がん細胞における遺伝情報発現異常の本質を理解していきたい。研究課題/領域番号:20012016, 研究期間(年度):2008 – 2009出典：研究課題「ゲノム不安定性を示すマウスを利用した新しいがん抑制遺伝子の単離とその機能解析」課題番号20012016
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-20012016/）を加工して作成金沢大学がん進展制御研究所research repor
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
No full textWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
No full textWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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