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C型肝炎ウイルスの蛋白翻訳開始機構に関する検討
Full text linkC型肝炎ウイルス(以下HCV)は一本鎖のプラス鎖RNAウイルスであり、その5'末端非翻訳領域(5'NTR)にはウイルス蛋白翻訳機能を有するInternal ribosomal entry site(IRES)が存在する。このIRES依存性蛋白翻訳機能を生理的条件下で検討するため、我々はまず、真核生物の発現プロモーターとして汎用されているサイトメガロウイルス(CMV)のプロモーターの下流にRenilla luciferase(R-luci),HCVの5'NTR,Firefly lucifersase(F-luci)の順で遺伝子を組み込んだベクターを作成し、この遺伝子をHuh-7細胞に導入し、安定に発現している細胞(RCF-1、RCF-26)を樹立した。この樹立細胞を用いて、通常の真核生物の蛋白翻訳機能(キャップ依存性)とHCVのIRESによる蛋白翻訳機能(IRES依存性)を比較した。サイクロヘキサミド処理では、それぞれの蛋白翻訳機能は同様に低下した。ポリオウイスル感染では、キャップ依存性の蛋白翻訳能は低下し、IRES非依存性の蛋白翻訳の上昇が認められた。細胞周期を同期させ蛋白翻訳能を検討すると、HCVのIRES非依存性蛋白翻訳能は細胞の分裂期(M)で高く、休止期で(G0)低く制御され、細胞周期依存性の変化が認められた。以上よりHCVの蛋白翻訳能は細胞周期と密接に関わっており、ウイルス複製と肝炎における細胞死、再生との関連が示唆された。研究課題/領域番号:10770226, 研究期間(年度):1998 – 1999出典：「C型肝炎ウイルスの蛋白翻訳開始機構に関する検討」研究成果報告書 課題番号10770226
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-10770226/)を加工して作成金沢大学附属病院research repor
インターフェロンによるC型肝炎ウイルス蛋白翻訳抑制機構の解明
Full text link我々は、先にサイトメガロウイルスプロモーターの下流にRenilla luciferase(R-luci), HCVの5'NTR, Firefly luciferasc(F-luci)の順で遺伝子を組み込んだベクターを作成し、この遺伝子を恒常的に発現しているHuh-7由来細胞を樹立した。この樹立細胞では、R-luciは通常の真核生物の蛋白翻訳機構であるキャップ依存性に、F-luciはHCVの5'NTRによりIRES依存性に翻訳される。この樹立細胞を用いた検討でHCVの蛋白翻訳効率は細胞分裂期で高いことを見いだしている(Gastroenterology118, 152-162, 2000)。今回、インターフェロン及び二本鎖RNA(Poly I : Poly C)処理によりIRES依存性蛋白翻訳が特異的に抑制されることを見いだした。この作用メカニズムを解明するため、インターフェロンによる、2-5AS(oligoadenylate synthetase)活性の誘導、PKR(2本鎖RNA依存性プロテインキナーゼ)の活性化、及びHCV-IRESを活性化させる宿主蛋白であるLa protein、及びPyrimidine tract binding protein(PTB)の発現を検討した。インターフェロンの投与により2-5ASは著名に上昇したが、Poly I : Poly C投与では活性の上昇は顕著でなかった。PKRの発現はインターフェロン、Poly I : Poly C投与で上昇したが、トランスフェクションによるPKR発現過剰状態ではIRES活性の特異的抑制は見られなかった。一方、IRES活性化因子のLa proteinはインターフェロン、Poly I : Poly C投与で発現が著名に抑制され、PTB及びコントロールとして用いたアルブミンの発現には変化が認められなかった。また、La proteinの過剰発現により、インターフェロン、Poly I : PolyCによる特異的IRES活性抑制は消失した。以上より、La proteinの発現がインターフェロンの抗ウイルス活性に影響を与えていることが明らかとなった(Hepatology35, 199-208, 2002)研究課題/領域番号:12770254, 研究期間(年度):2000-2001出典：「インターフェロンによるC型肝炎ウイルス蛋白翻訳抑制機構の解明」研究成果報告書 課題番号 12770254（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-12770254/)を加工して作成金沢大学医薬保健研究域医学系research repor
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Elucidation of the mechanisms of HBV infection using single cell transcriptome analysis
Full text linkB 型肝癌組織から樹立した新規肝癌細胞KM 細胞を用いてHBV 陽性細胞で発現上昇する2 遺伝子を同定した。その2 遺伝子の発現抑制によりcccDNA を抑制し、エンテカビルとの併用で95%以上のcccDNA の抑制を認めた。NTCP発現HepG2細胞で2 遺伝子をノックアウトした細胞、キメラマウス由来初代肝細胞（PXB）、及びレンチウイルス発現系にて2 遺伝子を過剰発現した細胞を樹立しHBVの複製を評価した。2 遺伝子のノックアウト細胞ではHBV-DNA、cccDNA、pgRNAの低下、過剰発現細胞ではそれらの増加を認めた。We identified two essential host genes for HBV replication by using single cell transcriptome analysis of KM cells that were established from a HCC tissue derived from a patient with chronic hepatitis B. Repression of two genes reduced cccDNA, and by the combination of ETV, more than 95% reduction of cccDNA was obtained. By using HepG2-NTCP cells in which two genes were knocked down, primary human hepatocytes (PXB) and HepG2-NTCP cells in which two genes were overexpressed by lentivirus system, we showed HBV-DNA, cccDNA and pgRNA were substantially changed by the expression of two genes.研究課題/領域番号:16K15426, 研究期間(年度):2016-04-01 - 2017-03-31出典：「包括的1細胞遺伝子発現解析を用いたB型肝炎ウイルス感染機構の解明」研究成果報告書 課題番号16K15426
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-16K15426/16K15426seika/）を加工して作成金沢大学医薬保健研究域保健学系research repor
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Identification of host factors required for HCV-IRES activity and their physiological roles in liver disease
Full text linkこれまでにHCV-IRES発現細胞RCF-26を用いてHCV-IRES関連因子の中でLa,PTB,eIF2 gamma,PSMA7がHCV-IRES活性に重要な働きを有していることを示した。本研究ではHCVレプリコンを用いて、これらの翻訳因子がHCVの複製に与える影響を検討した。siRNAを用いて各翻訳因子の発現を特異的に抑制した場合、EMCV-IRESを有する従来型HCVレプリコン(NNeowt)の複製は抑制されなかったが、HCV-IRESのみを有する新たに構築したHCVレプリコン(MH14C)の複製は著明に抑制された。従ってこれらの翻訳因子の抑制はHCV-IRES活性の低下を介して、HCVの複製を抑制したものと考えられる。興味深いことに、実際のC型慢性肝炎肝組織におけるこれらの翻訳因子の発現とHCVの複製との関連を検討すると、La,eIF2 gamma,PSMA,PCBP2の発現が、肝組織内のHCV-RNAと有意に相関することが明らかになった。マイクロアレイを用いた正常肝18例、C型慢性肝炎肝組織37例の肝組織遺伝子発現プロファイル解析ではこれらの遺伝子はC型慢性肝炎肝組織で誘導される一群の遺伝子クラスターに群別された。さらにLaの発現制御を検討すると、LaはHCVタンパク自身の発現によって誘導されることが明らかとなった。Laプロモーター領域をクローニングし、ルシフェラーゼ・レポーターアッセイにて検討すると、HCVのあるタンパクが、Laプロモーターを活性化していることが明らかとなった。以上より、Laは細胞周期亢進によっても誘導されるほか、HCV感染そのものによっても誘導されることが明らかとなった。Background and aim : Translation of the hepatitis C virus (HCV) is mediated by an internal ribosome entry site (IRES). Many translation initiation factors interact with HCV IRES; however, the functional relevance of these factors for the translation and replication of HCV has not been clarified. Methods : Two different subgenomic HCV replicons, NNeo/3-5B and MH14C, were used. NNeo/3-5B consists of an HCV replicon with a standard structure in which NS3-NS5 was translated by encephalomyocarditis (EMCV) IRES. MH14C is an HCV replicon with a modified structure in which EMCV IRES was replaced with HCV IRES. Of 14 translation initiation factors suppressed by antisense oligodeoxynucleotides or siRNA, La protein, PTB, eIF3 p170, eIF2 gamma, and PSMA 7 affected HCV IRES activity and the replication of MH14C. However, these factors did not affect EMCV IRES activity and the replication of NNeo/3-5B. La protein, eIF2 gamma, and PSMA7 were significantly correlated with HCV RNA in the liver of 37 patients with chronic hepatitis C (CH-C). Gene expression profiling using a cDNA microarray revealed these initiation factors were induced in CH-C and clustered in a group of genes representing inflammation, DNA repair and stress responses. One of the HCV coding proteins, NS5A, activated the La protein promoter and the interferon sensitivity-determining region in NS5A was responsible for the activation. Conclusions: HCV replication was highly dependent on translation initiation factors that were induced in tissue lesions of CH-C. The induction of La protein by the HCV protein NS5A might support the replication and persistent infection of HCV.研究課題/領域番号:17591036, 研究期間(年度):2005-2006出典：「C型肝炎ウイルス増殖に関わる宿主因子の同定とその肝病態における役割」研究成果報告書 課題番号17591036
(KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所）)
本文データは著者版報告書より作成research repor
Identification of host factors required for internal ribosomal entry site directed translation of hepatitis C virus
Full text link我々はこれまでに、樹立細胞システム(RCF-26)を用いて、HCV-IRES活性は細胞密度が低い状態でより活性化され、細胞密度が高い状態では抑制されること、細胞周期との関連において、HCV-IRES活性は細胞の分裂期(M期)で高く、休止期(G0)で低いことを明らかにした(Honda et al.,118:152-162,2000,Gastroenterology)。HCV-IRES活性に如何なる宿主因子が関与しているか明らかにするため、まず、真核生物の各種翻訳開始因子とHCV-IRES活性を制御すると考えられる宿主因子(eIF2,eIF3,eIF4A, eIF4E, eIF4G, PTB, Laなど)を可能な限り選出し、それらの遺伝子を含んだ新しいcDNAチップを作成し、各細胞周期における遺伝子発現とHCV-IRES活性を検討した。興味深いことに、それら翻訳関連因子の発現はそれぞれS期、G2/M期、G1期に発現する遺伝子群に群別され、HCV-IRESとの関連が報告されているPCBP2,PTB, eIF3,eIF2gamma, eIF2 beta, La protein, RNLPLはS期及びG2M期に発現誘導されていた。一方、キャップ依存性蛋白翻訳に於いてのみ必要とされるeIF4A、eIF4BはG1期で発現上昇しており、HCV-IRES活性とreciprocalな変動を示した。各翻訳関連因子の発現量がHCV-IRES活性にどの程度影響を与えるかについて、それぞれの翻訳因子に対するantisense oligoを作成し、各因子の発現を抑制して、HCV-IRES活性を検討したところ、La蛋白、PTBの発現抑制によりHCV-IRES活性の有意な低下が認められた。さらに、各宿主因子の発現ベクターを構築しRCF-26で過剰発現させHCV-IRES活性を検討すると、La蛋白、PTB、eIF3の過剰発現によりHCV-IRES活性の上昇が認められた。In vitro translationの系を用いてLa蛋白、PTB、eIF3とHCV-IRESをco-translationしLa蛋白、PTB、eIF3蛋白のHCV-IRES活性に与える影響について検討すると、La蛋白、PTB、eIF3は容量依存性にHCV-IRES活性を上昇させたが、Encephalomyocarditis virus (EMCV)-IRESには殆ど影響を与えなかった。従ってHCV-IRES活性はより宿主因子に依存していることが明らかとなった。実際の肝組織でLa蛋白、PTB、eIF3の発現をReal time RT-PCRを用いて検討すると、C型慢性肝炎肝組織においてLa蛋白が正常例より有意に発現亢進していた。さらにLa蛋白の発現が高いほど肝組織でのHCV-RNA量が多かった。実際の肝組織に於いてもLa蛋白がHCVの複製に重要な働きをしていることが明らかとなった。Background and aim : Translation of hepatitis C virus(HCV) is an essential step of the viral replication and is mediated by an internal ribosome entry site(IRES). We previously reported that HCV-IRES is most active during the synthetic(S) or mitotic(M) phases and lowest during the quiescent(G0) phases. Here we investigated responsible host factors that regulate HCV-IRES. Methods : We synchronized the cell cycle progression of RCF-26,that constitutively express dicistronic RNA transcripts containing two reporter genes separated by a functional HCV-IRES. Then we evaluated dynamism of genes expression of host factors and kinetics of HCV-IRES activity in cells at various points during the cell cycle using a CDNA microarray. We also validated a significance of identified host factors on HCV replication in vivo. Results : HCV-IRES activity correlated with a gene cluster induced in S and G2/M phases. Interestingly, most of initiation factors that bind or interact with HCV-IRES(PCBP2,PTB,eIF3,eIF2gamma,eIF2 beta, La protein and RNLPL) were induced during the S and G2/M phases. Especially, expressions of La protein, PTB and eBR3(p116,170) were predominantly repressed in quiescent(G0) and induced in S and G2/M phases. The suppression or overexpression of La protein, PTB and eIF3(p170) in RCF-26 significantly changed HCV-IRES activity. In the livers of patients with chronic hepatitis C, the expression of La protein was significantly increased and correlated with the amount of HCV-RNA. Conclusions : The translation of HCV is regulated by cellular proteins that vary in abundance during the cell cycle. Of these, La protein is a potent regulator and would enhance HCV replication in regenerating hepatocytes in patients with chronic hepatitis C.研究課題/領域番号:14570410, 研究期間(年度):2002-2003出典：「C型肝炎ウイルス増殖に関わる宿主因子の同定」研究成果報告書 課題番号14570410
(KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所）)
本文データは著者版報告書より作成research repor
Establishment of molecular basis for improving the treatment efficacy of chronic hepatitis C and preventing the occurrence of hepatocellular carcinoma.
Full text link本研究はC型慢性肝炎におけるIFN応答・不応答の機序をIL28Bに注目して解析した。末梢血と肝組織のIFN誘導遺伝子（ISGs）発現解析から、IL28Bマイナーでは両者の発現の相関が消失し、肝臓での免疫担当細胞の減少が起こっていた。IL28Bマイナーではnon-canonical wntリガンドであるWnt5Aの発現亢進が認められ、Wnt5Aは肝細胞のISGsの誘導、ストレス顆粒蛋白G3BP1の発現誘導とHCV複製増強、さらにはケモカインの発現抑制を促し肝での免疫細胞浸潤の低下を誘導していると考えられた。IL28B・KOマウスの解析から、IL28Bと肝細胞浸潤との直接的な関連が示唆された。The aim of this study is to investigate how IL28B is involved in the IFN resistance in patients of chronic hepatitis C. Comparison of gene expression profiling in PBMC and liver showed that the loss of correlation of ISGs expression between PBMC and liver in IL28B minor patients. Laser capture micro dissection analysis (LCM) of hepatocyte and liver infiltrated lymphocytes combined with immune-staining of surface marker of immune cells showed that infiltration of lymphocyte into the liver was impaired in patients with IL28B minor patients. Interestingly, non-canonical wnt ligand, WNT5A was up-regulated in the liver of IL28B minor patients and WNT5A induced ISGs and stress granule protein G3BP1, and increased HCV replication. WN5A repressed the expression of chemokines and play roles in the impairment of lymphocytes infiltration in liver. The analysis of newly developed IL28B knockout mouse showed that IL28B was directly involved in the lymphocytes infiltration in liver.研究課題/領域番号:24390187, 研究期間(年度):2012-04-01 - 2015-03-31出典：研究課題「C型慢性肝炎治療成績の向上と肝発癌阻止を目指した分子基盤の確立」課題番号24390187
（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））
（https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-24390187/24390187seika/）を加工して作成金沢大学医薬保健研究域保健学系research repor
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