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Analyse des facteurs prédictifs de récidive des prostatites aigües bactériennes communautaires au sein d une cohorte prospective de 158 patients pris en charge en ambulatoire par un réseau de santé
No full textPARIS7-Xavier Bichat (751182101) / SudocSudocFranceF
Contrôle de la fluorescence par des nanoantennes plasmoniques
Get PDFDans ce travail de these, nous étudions comment des nano-structures métalliques modifient le processus d'émission spontannée d'objets fluorescents et jouent ainsi un rôle d'antenne. Ces structures supportent des modes optiques confinés aux interfaces metal-diélectrique: ce sont des modes plasmoniques.De par leur fort confinement, ces modes modifient la densité locale d'états optiques et permettent notamment d'accélérer le processus d'émission spontannée (facteur de Purcell). Nous étudions le cas d'une structure planaire metal-isolant-métal de type patch couplée à un ensemble de nanocristaux colloïdaux fluorescents. Nos mesures, soutenues par des calculs numériques, montrent une acceleration de l'émission fluorescente d'un facteur 80 ainsi qu'une augmentation de la directivité de l'émission. Nous décrivons ensuite le procedé de fabrication d'une structure patch metal-semiconducteur-métal pour laquelle la source fluorescente est un puits quantique émettant dans le proche infra-rouge. Nous montrons que l'antenne permet d'augmenter l'extraction fluorescente d'un facteur 8. Enfin, nous considérons le cas d'une structure sphérique composée d'un unique nanocristal fluorescent au centre d'une bille de silice entourée par une fine coquille métallique. Cette structure plasmonique accélère l'émission d'une facteur 10 et permet de supprimer le scintillement caractéristique de l'émission des nanocristaux. La coquille métallique permet également d'isoler chimiquement le nanocristal de l'environnement, assurant ainsi une grande photostabilité et une toxicité réduite. L'émetteur ainsi obtenu est donc un candidat prometteur pour des applications de marquage de fluorescence in-vivo.The present work focuses on the modification of spontaneous emission of fluorescent emitters using metallic nano-structures. These structures support confined plasmonic modes that strongly increase the local density of optical states. Consequently, the plasmonic structure enhances the spontaneous decay rate of the emitter. We use both numerical simulations and experimental results to demonstrate the potential of plasmonic antennas as tools to control spontaneous emission. First, we study a metal-dielectric-metal planar structure called patch antenna. This structure is coupled to an ensemble of quantumdots emitting visible light. We show that, in the presence of the patch antenna, the fluorescent emission is accelerated by a factor 80 and that its directivity is increased. Then, we use a similar plasmonic structure coupled to a quantum well emitting in the near infrared. Using an ad hoc hyperspectral imaging setup, we show that the antenna increases the extracted light by a factor 8. Finally, we study a spherical geometry composed of a single fluorescent quantum dot at the center of a silica bead coated with a thin gold shell. This plasmonic structurePARIS11-Inst. Optique (914712302) / SudocSudocFranceF
État de la prévention bucco-dentaire en France en 2014 et proposition d'un nouveau moyen de communication
No full textTOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocSudocFranceF
Bruit de grenaille quantique dans le graphène
No full textNous avons mené une étude expérimentale du bruit de grenaille quantique dans une mono-couche de graphène. La conductance et l'effet Hall quantique ont été également examinés. Le modèle théorique, décrivant la conductance et le bruit quantique dans du graphène idéal (balistique) a été proposé par Tworzydlo et al., 2006. Dans du graphène diffusif, plus facilement réalisable expérimentalement, le bruit de grenaille a été étudié numériquement par plusieurs auteurs (San-Jose et al., 2007, Lewenkopf et al., 2008, Logoteta et al., 2013). Les conclusions des premiers travaux expérimentaux (DiCarlo et al., 2008 and Danneau et al., 2008) sur ce sujet n'en ont pas permis une compréhension suffisamment approfondi et des études complémentaires sont nécessaires. Dans notre expérience nous avons tenté de réduire au maximum les contributions du système de mesure sur le signal détecté en effectuant une mesure du bruit en tension quatre points et en utilisant la détection en cross-corrélation. En plus, notre système de mesure inclut des amplificateurs bas bruit cryogéniques faits maison combinés avec des filtres passe-bande alors que notre couche de graphène contient une constriction au centre. n utilisant les résultats des mesures de la conductance et de l'effet Hall quantique nous avons déterminé le libre parcours moyen dans notre échantillon et conclu qu'il est dans le régime diffusif. Les valeurs du facteur de Fano que nous avons extraites sont en bon accord avec les simulations pour ce régime, un pic au point de Dirac prévu par Lewenkopf et al. a été observé. D'autre part, nos résultats sont compatibles avec ceux de Danneau et al. and DiCarlo et al.We have conducted an experimental study of the quantum shot noise in a mono-layer graphene device. Conductance of the device and the quantum Hall effect were also investigated. A theoretical model, describing conductance and quantum shot noise in ideal (ballistic) graphene was proposed by Tworzydlo et al., 2006. In diffusive graphene, that is much easier achievable experimentally, shot noise was investigated numerically by several authors (San-Jose et al., 2007, Lewenkopf et al., 2008, Logoteta et al., 2013). Conclusions of the first experimental works (DiCarlo et al., 2008 and Danneau et al., 2008), addressing this problem, didn t lead to an enough broad understanding of it and a further investigation was required. In our experiment we intended to maximally reduce the contributions of the measurement system to the detected signal by performing four-point voltage noise measurement as well as by using cross-correlation detection. In addition to that, our measurement system include home-made cryogenic low-noise amplifiers combined with band-pass filters, while our experimental device carries a constriction in the center of graphene layer and side-gates are used instead of back-gate. First, using the results of the conductance and of the quantum Hall effect measurements we determined the mean free path in our sample and concluded that it was in diffusive regime. The extracted values of the Fano factor show a good agreement with the above-mentioned simulations for this regime, in particular, the peak at Dirac point, predicted by Lewenkopf et al., was observed. Moreover our results are consistent with those of Danneau et al. and DiCarlo et al.PARIS-JUSSIEU-Bib.électronique (751059901) / SudocSudocFranceF
Elaboration de la biobanque du centre français de référence des maladies trophoblastiques gestationnelles
No full textElaborer une collection biologique constituée d'échantillons de patientes atteintes de maladies trophoblastiques gestationnelles afin d'encourager la recherche fondamentale sur cette thématique. Notre travail a consisté à identifier les questions pertinentes en recherche fondamentale et recherche clinique au sujet de la prise en charge des maladies trophoblastiques gestationnelles puis à envisager les meilleures techniques d'étude ainsi que les meilleures conditions de prélèvement et de conservation des échantillons biologiques destinés à cette recherche. Nous avons reçu l'accord du Centre de Ressources Biologiques (CRB) des Hospices Civils de Lyon (HCL) pour que trois collections biologiques (tissu, sang et urine) soient stockées au sein des biothèques de cette institution. De nombreuses données seront associées à ces échantillons. Les données cliniques seront recueillies par le Centre Français de Référence des maladies trophoblastiques gestationnelles (Centre Hospitalier Lyon Sud) et les données biologiques seront recueillies et gérées par le CRB HCL. Nous inclurons des patients cas et des patientes témoins selon des critères définis précisément. La biobanque du Centre Français de Référence des maladies trophoblastiques gestationnelles sera créée au sein du CRB HCL et permettra de soutenir la recherche institutionnelle mais également par le biais de collaborations académiques en fournissant des échantillons biologiques et les données clinico-biologiques associéesLYON1-BU Santé (693882101) / SudocSudocFranceF
Quelles difficultés perçues et quelles solutions proposées par les médecins généralistes dans la prise en charge du patient douloureux chronique ? ((étude qualitative par entretiens semi-directifs))
No full textLa lutte contre la douleur chronique constitue un thème prioritaire de santé publique. Médecins et patients rapportent une insatisfaction face à leur prise en charge. Cette étude vise à déterminer les difficultés du médecin généraliste dans la prise en charge du patient douloureux chronique. Etude qualitative par entretiens semi-dirigés jusqu'à saturation des données en Ardèçhe, Drôme et Haute-Savoie. Les difficultés exprimées étaient liées au ressenti, à l'attitude et aux limites du médecin généraliste. Ont été évoquées les difficultés contextuelles biopsychosociales du patient, ses mécanismes de défense, ses attentes miraculeuses répétées et la recherche de bénéfices secondaires. Des difficultés de communication entre le médecin et le patient ont été relevées. Une approche strictement biomédicale et un contexte psychologique difficile complexifiaient la prise en charge. De nombreuses difficultés liées aux thérapeutiques médicamenteuses et non médicamenteuses ont été mises en évidence. Les solutions exprimées reposaient sur la relation de confiance basée sur une approche centrée patient. Les médecins insistaient sur l'importance de l'écoute, l'explication, la négociation et l'adhésion du patient. Le manque de formation théorique des médecins, compensé par des formations complémentaires, n'était pas la difficulté principale. Les médecins interrogés évoquaient les difficultés d'accès aux soins, cet accès étant un critère indispensable à la prise en charge multidisciplinaire. La douleur chronique constitue une expérience subjective intime et personnelle. L'enjeu est le passage d'un modèle biomédical à une approche biopsychosociale de la douleur. Les médecins avaient peu recours aux thérapeutiques annexes (méthodes psychocorporelles ou comportementales, thérapie cognitive et comportementale). médecins exprimaient un sentiment d'épuisement lié au manque de temps pour explorer la complexité de l'expérience douloureuse et un sentiment d'impuissance devant l'échec des traitements et la chronicité de la plainte douloureuse. Le deuil de la toute-puissance était nécessaire à la gestion de cette difficultéLYON1-BU Santé (693882101) / SudocSudocFranceF
Les biotechnologies (la planche de salut de l'industrie pharmaceutique ?)
No full textDans les années 1980, la naissance de la biotechnologie a bouleversé l'industrie du médicament. L'industrie des biotechnologies (biotech) a apporté une rupture dans le modèle d'innovation et dans les technologies utilisées. Aujourd'hui, la reconfiguration qui s'opère dans l'industrie pharmaceutique est fortement influencée par ce bouleversement. Ce que certains appellent le virage biotech devient une nécessité croissante pour les laboratoires pharmaceutiques. Dans le but de comprendre ces nouveaux enjeux, nous réalisons une revue historique de l'émergence de l'industrie biotech et du développement de l'industrie pharmaceutique. Nous étudions ainsi ce qui distingue ces deux industries. Dans un deuxième temps, nous montrons comment l'industrie classique des Big Pharma intègre progressivement le modèle biotech poussée par le déclin de son modèle traditionnel. Cette analyse nous permet de décrypter les évolutions actuelles dans l'industrie du médicament et de définir les facteurs clés de succès du développement des traitements innovants de demain, qui tiennent à la fois au progrès scientifique dans les sciences de la vie et à des transformations dans l'organisation de la recherche et du développement des médicaments. Enfin sous cet éclairage et à titre d'exemple, nous analysons la stratégie du groupe Sanofi et le rachat récent de la société de biotechnologies GenzymeLYON1-BU Santé (693882101) / SudocSudocFranceF
Directives anticipées (évaluation d'une information auprès de médecins généralistes des Pyrénées Atlantiques)
No full textToute personne majeure peut renseigner ses volontés de fin de vie en rédigeant ses directives anticipées (DA). Elles ont été mises en place en 2005 par la loi Léonetti. Leur pratique est quasiment inexistante car elles sont méconnues des patients et des soignants. Les médecins généralistes sont demandeurs d une information sur les DA. L objectif principal de cette étude est de montrer qu en présentant des outils informatifs sur les DA à des médecins généralistes, on peut noter une augmentation du nombre de DA rédigées par leurs patients. Après avoir créé et envoyé nos outils informatifs (plaquette informative et formulaire d aide à la rédaction des DA), nous avons inclus dans notre étude rétrospective un échantillon représentatif de 24 médecins généralistes des Pyrénées Atlantiques ayant répondu à notre questionnaire. Nous avons comparé la rédaction de DA chez 3745 patients de plus de 70 ans sur deux périodes de 3 mois, avant et après information de leur médecin. Nous n avons pas mis en évidence de différence significative. 0,05% des patients de notre échantillon de médecins généralistes ont rédigé des DA après information contre 0,18% avant. Ainsi, malgré une information reçue et ressentie satisfaisante par 91,7% des médecins généralistes, et un abord de la fin de vie par 58,3% d entre eux, les médecins généralistes n aident pas leurs patients à rédiger des DA. Pour 83,3%, le principal obstacle à cette rédaction serait une méconnaissance de la loi par les patients. Diffuser une information massive sur les DA, pourrait permettre d éviter des difficultés de prises en charge de la fin de vie. La pratique de la médecine générale, dans ce domaine, s en trouverait améliorée.Any adult can inform of his end of life wills by writing advance directives (AD). They were introduced in 2005 by the Leonetti law. As they are unknown to patients and caregivers, their practice is virtually non-existent. On their side, general practitioners are seeking information on AD. The main objective of this study is to show by presenting informative tools on AD to general practitioners, an increase in the number of AD written by their patients can be noticed. After having created and sent our informative tools (informative brochure and form helping in the writing of AD), our retrospective study is based upon a representative sample of 24 general practitioners based in Pyrenees-Atlantiques who responded to our questionnaire. We compared the writing of 3745 AD by over 70 years old patients on two 3-month periods before and after information from their doctor. The study did not reveal any significant difference. 0.05% of patients in our sample of general practitioners have written AD after getting information against 0.18% before. Thus, despite a high level of satisfaction on the quality of received information (91.7% of general practitioners) and 58.3% of general practitioners introducing of the end of life to their patients, general practitioners currently do not help them to write AD. For 83.3% of them, the main barrier of having more AD written is the lack of knowledge on the Leonetti law itself. Massive dissemination of AD information could prevent difficulties faced in taking care of the end of life. The general practice in this area would namely greatly benefit from this.BORDEAUX1-Bib.electronique (335229901) / SudocSudocFranceF
Compétition par interférence, température et dynamique des populations structurées (étude expérimentale et théorique chez le collembole folsomia candida)
Get PDFLa compétition par interférence et ses effets sur la dynamique des populations suscitent un intérêt croissant. La température a aussi un fort effet sur la physiologie et les comportements individuels ainsi que sur les dynamiques des populations. Face au changement climatique, comprendre les interactions compétition-température-dynamique des populations est un enjeu majeur en biologie des populations. Les interactions entre individus sont liées à leur taille corporelle. La structure en taille de populations de deux clones du collembole Folsomia candida a été suivie pendant 2 à 4 ans à 4 températures. L'analyse des séries temporelles de leur structure à 21C a révélé une dépendance de la dynamique aux conditions individuelles d¿accès à la ressource, liées aux plus grands individus. Nous avons modifié la structure de populations à 21C et observé leur retour à l'équilibre, puis observé le comportement d'accès à la ressource. Cela a démontré le rôle des grands adultes dans la régulation des populations, en interférant avec les plus petits pour l'accès aux ressources. Grâce à un modèle de populations structurées intégrant l'interférence, nous avons montré que son intensité croissante cause : l'amortissement des cycles de générations, la survie de grands individus, des cycles induits par l'interférence. Nous avons enfin comparé les normes de réactions à la température sur des individus isolés et dans des populations afin de comprendre les interactions compétition-température dans la régulation des populations. Plusieurs niveaux de complexité permettent de comprendre l'effet des changements environnementaux sur les populations.Interference competition and its effects on population dynamics are of growing interest. Temperature also plays an important role on the physiology and individual behavior as well as on population dynamics populations. In the context of climate change, understanding the effect of interactions between individuals on population dynamics and their interactions with temperature is an important issue for population biology. Interactions between individuals are related to their body size. The size structure of several populations of two clones of Collembola Folsomia candida was monitored for 2-4 years at four temperatures from 11 C to 26 C. The time series analysis of their structure at 21 C revealed a dependence of the dynamics on individual access to the resource related to the presence of large individuals. We then changed some population structures at 21 C and observed their return to equilibrium. We observed real-time access to the resource behavior. These studies have shown the role of large adults in population control by interfering with smaller individuals for access to resources. Through a structured model incorporating interference competition, we have shown that its intensity may have different effects on the dynamics of structured populations: damping single generation cycles, allowing the survival of large individuals, and causing interference induced cycles. Finally, we compared the reaction norms to temperature on isolated individuals and populations in order to understand the competition-temperature interactions in regulating populations. Several levels of complexity allow us to understand the effect of environmental change on populationsPARIS-JUSSIEU-Bib.électronique (751059901) / SudocSudocFranceF
Etude des mécanismes moléculaires et cellulaires responsables de la malignité des phéochromocytomes et des paragangliomes SDHB-dépendants
No full textLes phéochromocytomes (PCC) et les paragangliomes (PGL) sont des tumeurs neuroendocrines rares, pour lesquelles le déterminisme génétique est très important, avec 16 gènes de prédisposition identifiés à ce jour. Au cours de ce travail de thèse, je me suis plus particulièrement intéressée aux conséquences des mutations du gène SDHB, car il avait été préalablement démontré qu elles constituaient un facteur de risque de mauvais pronostic, associé à un phénotype métastatique et à une réduction de la survie des patients. Grâce à l analyse du transcriptome d une large cohorte de 188 échantillons de PCC/PGL humains, j ai pu mettre en évidence que la voie de la transition épithélio-mésenchymateuse (EMT) était spécifiquement activée dans les tumeurs métastatiques SDHB-dépendantes. En effet, j ai observé, dans ce sous-groupe de tumeurs, une surexpression de facteurs de transcription et de régulateurs précoces de l EMT, comme TWIST1, TFC3, ou LOXL2 ; une perte d expression de marqueurs de jonctions cellulaires, comme CDH2 et KRT19 ; ou encore une induction de gènes codant pour des enzymes pro-invasives, comme MMP1 et MMP2. Dans ces tumeurs, j ai par ailleurs validé l induction transcriptionnelle de l EMT en mettant en évidence la rétention nucléaire de la protéine SNAIL (un facteur de transcription clé de l EMT) sur des coupes de tissus. Dans cette même cohorte, l analyse des données de méthylation globale de l ADN nous a permis d observer un phénotype hyperméthylateur dans les tumeurs SDHx, qui est expliqué par une inhibition de déméthylases de l ADN et des histones par le succinate, qui s accumule dans ces tumeurs où la succinate déshydrogénase est inactivée. Nous avons ainsi pu démontrer que le succinate est un oncométabolite qui induit des modifications épigénétiques impliquées dans l extinction de nombreux gènes, et en particulier des gènes associés à l EMT, comme le gène KRT19 (l un des plus hyperméthylés dans les tumeurs SDHB-malignes, comparativement aux autres). J ai ensuite caractérisé le premier modèle cellulaire de PCC/PGL porteur d une inactivation complète du gène Sdhb, dans lequel j ai confirmé l activation de l EMT, au niveau transcriptionnel et au niveau protéique. La caractérisation fonctionnelle de ces cellules m a ensuite permis de mettre en évidence des propriétés migratoires, invasives, et adhésives spécifiques des cellules chromaffines Sdhb -/-. J ai par la suite focalisé mon étude sur le gène Krt19, qui code pour une protéine du cytosquelette, la kératine 19 et qui est éteint dans les tumeurs et dans les cellules Sdhb -/-. La réintroduction de ce gène dans les cellules Sdhb -/- et son inhibition dans les cellules sauvages m ont permis de conclure à l implication de la kératine 19 dans les processus d adhésion, de migration et d invasion. Cependant je n ai pas pu expliquer l ensemble du phénotype par la seule modulation de ce gène, ce qui démontre l implication d autres acteurs dans la mise en place du phénotype invasif décrit. Mes travaux de thèse ont ainsi permis de démontrer que l activation de l EMT est responsable du caractère métastatique et invasif observé dans les tumeurs porteuses d'une mutation sur le gène SDHB et que cette activation est notamment secondaire aux modifications épigénétiques induites par l inactivation de la succinate déshydrogénase.Pheochromocytomas (PCC) and paragangliomas (PGL) are rare neuroendocrine tumors for which there is a major impact of genetic determinism with 16 identified predisposition genes to date. During this PhD training, I was particularly interested in the consequences of SDHB gene mutations because it was previously demonstrated that they constitute a high risk factor of poor prognosis, associated with metastatic phenotype and reduced survival. During my thesis, thanks to the analysis of transcriptomic data of a large cohort of 188 human PCC/PGL samples, I identified epithelial to mesenchymal transition (EMT) as activated in SDHB-metastatic tumors. Indeed, I observed a transcriptional induction of TWIST1, TCF3 and LOXL2, which are transcription factors or early regulators of EMT; a loss of expression of cellular junction components such as CDH2 and KRT19; and an up regulation of genes encoding pro-invasive proteases, such as MMP1 and MMP2. In these tumors, I validated the transcriptional induction of EMT by showing a nuclear retention of SNAIL protein, the master EMT transcription factor. In the same cohort, global DNA methylation data allowed us to describe a hypermethylator phenotype in SDHx related tumors, explained by the inhibition of DNA and histones déméthylases by succinate, which accumulates massively in cells inactivated for succinate dehydrogenase. We thus demonstrated that succinate is an oncometabolite responsible for epigenetic modifications implicated in gene extinction, including EMT-related genes such as KRT19 (one of the most hypermethylated genes in SDHB-metastatic samples). Following these observations, I characterized the first PCC/PGL cellular model displaying a complete Sdhb inactivation, in which I confirmed EMT activation, at transcriptional and protein levels. Functional characterization of these cells allowed me to show Sdhb-specific migratory, invasive and adhesive properties. I thus focused my study on Krt19, which encodes keratin 19, a cytoskeleton protein, lost in Sdhb -/- cells and in human SDHB-related tumors. Krt19 rescue in Sdhb -/- cells or Krt19 inhibition in wild-type cells allowed me to conclude that keratin 19 is implicated in adhesion, migration and invasion. However I was not able to explain the whole phenotype observed, demonstrating the implication of other actors in the establishment of the invasive phenotype. The main result of my PhD work is the discovery that EMT is a molecular pathway responsible for the metastatic and invasive phenotype observed in SDHB-mutated tumors as a result of epigenetic alterations due to succinate dehydrogenase inactivation.PARIS5-Bibliotheque electronique (751069902) / SudocSudocFranceF