Publikationer från Uppsala Universitet
Not a member yet
127603 research outputs found
Sort by
Error Reduction in Leukemia Machine Learning Classification With Conformal Prediction
No full textPURPOSE Recent advances in machine learning have led to the development of classifiers that predict molecular subtypes of acute lymphoblastic leukemia (ALL) using RNA-sequencing (RNA-seq) data. Although these models have shown promising results, they often lack robust performance guarantees. The aim of this study was three-fold: to quantify the uncertainty of these classifiers, to provide prediction sets that control the false-negative rate (FNR), and to perform implicit error reduction by transforming incorrect predictions into uncertain predictions. METHODS Conformal prediction (CP) is a distribution-agnostic framework for generating statistically calibrated prediction sets whose size reflects model uncertainty. In this study, we applied an extension called conformal risk control to three RNA-seq ALL subtype classifiers. Leveraging RNA-seq data from 1,227 patient samples taken at diagnosis, we developed a multiclass conformal predictor ALLCoP, which generates statistically guaranteed FNR-controlled prediction sets. RESULTS ALLCoP was able to create prediction sets with specified FNR tolerances ranging from 7.5% to 30%. In a validation cohort, ALLCoP successfully reduced the FNR of the ALLIUM RNA-seq ALL subtype classifier from 8.95% to 3.5%. For patients whose subtype was not previously known, the use of ALLCoP was able to reduce the occurrence of empty predictions from 37% to 17%. Notably, up to 34% of the multiple-class prediction sets included the PAX5alt subtype, suggesting that increased prediction set size may reflect secondary aberrations and biological complexity, contributing to classifier uncertainty. Finally, ALLCoP was validated on two additional RNA-seq ALL subtype classifiers, ALLSorts and ALLCatchR. CONCLUSION Our results highlight the potential of CP in enhancing the use of oncologic RNA-seq subtyping classifiers and also in uncovering additional molecular aberrations of potential clinical importance
Music as a nursing intervention? - a literature review
No full textBakgrund: Smärta och ångest är vanligt förekommande inom en intensivvårdskontext och kan ge upphov till stort lidande för patienter som behandlas med mekanisk ventilation. Förutom lidande kan smärta och ångest också ge upphov till fysiologisk stress, sämre välbefinnande och längre vårdtid. Musik har i andra vårdkontexter visat sig vara en lovande metod för att lindra lidande. Syfte: Att sammanställa vilken effekt musik har på smärta, ångest och vitalparametrar hos patienter med mekanisk ventilation inom en intensivvårdskontext. Metod: En kvantitativ litteraturstudie med systematisk ansats. Totalt inkluderades 19 artiklar och en narrativ syntes användes för att sammanställa resultatet. Resultat: Musik sågs vara en effektiv åtgärd för att minska skattad smärta och ångest för patienter som behandlas med mekanisk ventilation. Musik påverkar också kortisolvärdet, andningsfrekvensen, hjärtfrekvensen och blodtrycket där samtliga parametrar kan stabiliseras efter en musiksession. Slutsats: Musik är en omvårdnadsåtgärd som specialistsjuksköterskan kan använda för att bidra till att patienter med mekanisk ventilation ska kunna återfå hälsa. Musik påverkar både emotionella och fysiologiska aspekter och kan bidra till att lindra lidande. Inom avancerad omvårdnad kan musik fungera som ett komplement till sedvanlig vård. För att stärka evidensläget behövs fler kvantitativa studier av hög kvalitet samt kvalitativa studier som undersöker patienternas upplevelser av interventionen.Background: Pain and anxiety are common in the intensive care unit and can cause suffering for patients treated with mechanical ventilation. In addition to suffering, pain and anxiety can also lead to physiological stress, decreased well-being and longer length of stay. Music has been shown in other healthcare contexts to be a promising method to relieve suffering. Aim: To summarize the effect of music on pain, anxiety and vital signs in mechanically ventilated patients in an intensive care setting. Method: A quantitative literature study with a systematic approach. A total of 19 articles were included and a narrative synthesis was used to summarize the results. Results: Music was found to be an effective intervention to reduce pain and anxiety for patients treated with mechanical ventilation. Music also affects cortisol levels, respiratory rate, heart rate and blood pressure, all of which can be stabilized after a music session. Conclusion: Music is a nursing intervention that the specialist nurse can use to help patients with mechanical ventilation regain health. Music influences both emotional and physiological aspects and can help to relieve suffering. In advanced nursing care, music can complement usual care. To strengthen the evidence base, more high-quality quantitative studies are needed, as well as qualitative studies examining patients' experiences of the intervention
Möjligheter till ett lustfyllt lärande av “tråkig matematik” : En kvantitativ och kvalitativ läromedelsanalys om på vilket sätt läroböcker i matematik för årskurs 5 kan väcka lust att lära
No full textDen senaste TIMSS-rapporten (“Trends in Mathematics and Science Studies”) visar att Sveriges elever upplever att matematikundervisningen är allt tråkigare (Axelsson m.fl., 2024, s. 61). Denna studies syfte är därmed att synliggöra på vilket sätt och vilken utsträckning läroböcker i matematik för årskurs 5 kan bidra till ett lustfyllt lärande, då de arbetar med decimaltal och de fyra räknesätten. I vår studie, som har en deduktiv ansats, analyseras Matematik Beta (Dahlin m.fl., 2020), Mera Favorit Matematik 5B (Asikainen m.fl., 2018), Koll på matematik 5A (Björklund & Dalsmyr, 2015), och Matte Direkt Borgen 5A (Falck & Picetti, 2012) utifrån fyra forskningsfrågor som handlar om hur rutin- och problemlösningsuppgifter fördelar sig, hur läroböckerna bidrar till lustfyllt lärande genom ett syfte med uppgiften och affirmationer, uppgifternas progression och scaffolding samt böckernas utrymme för resonemang och synliggörande för meninghorisonter. Frågorna besvaras därefter genom en kvantitativ studie av balansen mellan uppgiftstyper samt en kvalitativ studie vad uppgifterna erbjuder avseende stöd, struktur och format på bokens uppgifter. För att identifiera vad lustfyllt lärande är utgår studien från teorier om mental träning, flow- teori, scaffolding, utvecklingszoner, meningshorisonter, progression och målstyrning. Teorierna utgör grunden för studiens sex analysfrågor som även beskrivs som principer för lustfyllt lärande. Studiens resultat visar, likt tidigare forskning, att läroböckerna inte är balanserade avseende uppgiftstyper i stort. Däremot finns det en balans i flera av läromedlen när det kommer till balans mellan uppgiftstyper inom räknesätten samt att det finns en balans i var uppgifterna är placerade, vilket motsätter sig resultaten i tidigare forskning. Vidare visar studien att inget av läromedlen uppfyller samtliga principer för lustfylldhet samtidigt som de olika läromedlen har olika styrkor och svagheter vad gäller lustfylldhet. Slutsatserna är att lärare behöver göra djupgående analyser av läroböckerna de använder för att få kunskap om hur och i vilken utsträckning som läromedlet kan användas i undervisningen för att bidra till ett lustfyllt lärande. Läroböckerna kan således inte ensamt stå för en lustfylld inlärning då de behöver kompletteras med andra externa resurser och läromedel för att elever ska få en lustfylld undervisning. Vidare är slutsatserna att lustfylldhet är ett komplext begrepp som behöver ses från flera perspektiv för att inkludera så många elever och lärandesituationer som möjligt.
Analysis of cellular responses following interaction with extracellular vesicles derived from HEK293T and human adipose derived stem cells
No full textExtracellular vesicles (EVs), particularly exosomes, are crucial mediators of intercellular communication that influence immune responses, cell proliferation, and angiogenesis. Their therapeutic potential has been explored for the treatment of chronic, non-healing wounds, especially in diabetic patients with chronic inflammation, impaired cellular proliferation, and poor angiogenesis. We investigated the role of exosomes derived from human embryonic kidney 293T (HEK293T) cells and human adipose-derived stem cells (hADSCs) on NIH3T3 fibroblast migration. Exosomes were characterized for size, concentration, and surface markers. Western blotting and scratch assays were used to assess ERK1/2 activation and cell migration. Characterization revealed that HEK293T exosomes were more abundant (3.1 x 10(1)(1) +/- 4.9 x 10(9) particles/mL), larger (178 +/- 4 nm), and exhibited stronger surface marker protein expression than exosomes from hADSCs (2.4 x 10(9) +/- 4.1 x 10(8) particles/mL, 153 +/- 5 nm). Both types of exosomes significantly enhanced NIH3T3 fibroblast migration with migration indices of 63.2 +/- 4.3% and 48.9 +/- 2.7% via ERK1/2 signaling, with HEK293T exosomes showing stronger effects because of their higher protein content. Western blot analysis revealed that robust ERK1/2 activation by both exosome types was crucial for fibroblast migration, with scratch assays highlighting their pro-migratory effects. Inhibition of the ERK1/2 pathway significantly reduced migration, with HEK293T exosomes showing a reduction to 9.6 +/- 3.2% and hADSC exosomes to 2.6 +/- 0.2% when treated with the MEK1/2 inhibitor PD98059. HEK293T exosomes induced more pronounced cell migration, and hADSC exosomes showed improved efficacy under stress, suggesting that both exosome types are promising candidates for targeted regenerative therapies in chronic wound healing
Intersektionalitetsblues : Låttexters didaktiska potential i svenskämnets lyrikundervisning och värdegrundsarbete i gymnasiet
No full textCeliac Disease and Incident Dupuytren's Contracture : A Matched Nationwide Cohort Analysis
No full textThis study explored the association between celiac disease (CeD) and Dupuytren's contracture (DC) using data from the Swedish ESPRESSO cohort. We analyzed 49,699 CeD patients and 245,267 matched controls, identifying 1420 incident DC cases. CeD patients had a 1.21-fold increased risk of DC compared to controls, with a more pronounced risk in women and older individuals. Further research is needed to understand the underlying mechanisms of this relationship
När makten talar om människan : En klusteranalys av regeringens migrationspolitiska pressmeddelanden
No full textFine needle aspiration cytology including the analysis of human papilloma virus (HPV) DNA enhances the diagnostic workup of solitary cystic neck lesions in a population with a high incidence of HPV positive oropharyngeal cancer
No full textBackground and purpose: Distinguishing branchial cleft cysts (BrCCs) from cystic metastases of human papillomavirus (HPV) positive tonsillar or base of tongue squamous cell carcinoma and cancer of unknown primary (CUP) is challenging. Fine needle aspiration cytology (FNAC) from cystic metastasis can be nonrepresentative, while reactive squamous cells from BrCC can be atypical. It is unclear whether benign characteristics and the absence of HPV-DNA in FNAC can enhance distinguishing BrCC from a cystic metastasis; therefore, we investigated here. Patients/materials and methods: Morphology and HPV-DNA in FNAC were reevaluated preoperatively and correlated to final diagnosis of 304 BrCC and CUP patients at Karolinska University Hospital during Results and interpretation: All 176 cases finally diagnosed as BrCC were HPV-DNA negative in the preoperative FNAC. HPV-DNA was present in 100/128 (78.1%) of the FNAC with a solitary cystic neck metastasis and in 3/3 CUPs separately investigated on surgical specimens, which is distributed in 40/58 (69.0%) CUP, 40/41 (97.6%) tonsillar cancer, 21/22 (95.5%) base of tongue cancer, 2/2 uterine cervical cancer, and 0/5 Interpretation: All cases with final BrCC diagnosis were HPV-DNA negative in FNAC. HPV-DNA was only present in FNAC of malignant cystic neck masses of HPV-related tumors or CUP. The data suggest that HPVDNA analysis in FNAC enhances the diagnostics of cystic masses of the neck. A FNAC with a benign morphology and the absence of HPV-DNA indicated a BrCC, while an HPV-DNA positive aspirate irrespective of morphology suggested an HPV-DNA positive cancer or CUP
From Lab to Industry : Technical Challenges in Scaling up Cultivated Meat Production
No full textKultiverat kött ofta lyfts fram som en hållbar lösning på de miljömässiga och etiska problem som förknippas med konventionell köttproduktion. Samtidigt kvarstår betydande tekniska utmaningar kopplade till att kostnadseffektivt skala upp till en industriell nivå. Denna uppsats syftar till att identifiera och analysera de faktorer som i dagsläget begränsar uppskalningen av kultiverat kött, samt att undersöka vilka tekniska och processrelaterade lösningar som föreslås inom forskning och industri. Studien bygger på en kvalitativ metod och utgår från en kombination av litteraturstudier, branschanalys och intervjuer med forskare och aktörer verksamma inom fältet. Resultaten visar att det finns ett flertal utmaningar som behöver lösas för att produktionen av kultiverat kött ska kunna skalas upp till industriella nivåer. Först så finns inte en enskild celltyp som uppfyller alla krav på robusthet, tillväxt och kostnadseffektivitet. Immortaliserade och/eller genetiskt modifierade cellinjer bedöms därför som avgörande för industriell produktion. Tillväxtmediets kostnad och komplexitet är en central utmaning och därigenom flaskhals för kostnadseffektiv uppskalning, vilket kräver enklare, standardiserade och återanvändningsbara lösningar. Strukturbildning i köttet bedöms vara tekniskt ogenomförbart i nuläget. För bioreaktorer framstår enklare STR-system med återcirkulation som mer realistiska än komplexa lösningar, ofta involverande perfusions. På systemnivå pekar studien på behovet av modularitet, standardisering och robusthet snarare än farmaceutisk precision och aseptisk hygien. Sammantaget visar uppsatsen att tekniken bakom kultiverat kött inte enbart måste fungera biologiskt och i ett laboratorium, den måste även designas för industri. Framgångsrik uppskalning kräver därmed inte mer komplexitet, utan mer förenkling.Cultivated meat is often presented as a sustainable alternative to conventional meat production, addressing both environmental and ethical concerns. However, significant technical challenges remain when it comes to scaling up production to an industrial and cost-effective level. This thesis aims to identify and analyze the key factors currently limiting the upscaling of cultivated meat, and to examine what technological and processrelated solutions are being proposed within research and industry. The study adopts a qualitative methodology and is based on a combination of literature reviews, industry analysis, and interviews with researchers and professionals active in the field. The findings indicate that there are several challenges facing cultivated meat to scale up the technology to industrial levels. Firstly, no single cell type meets all the requirements for robustness, growth potential, and economic feasibility. Immortalized and/or genetically modified cell lines are therefore considered essential for industrial-scale production. The cost and complexity of growth media present a central bottleneck for upscaling, calling for simplified, standardized, and reusable formulations. Structural formation in the meat is determined to presently be technically unfeasible. Regarding bioreactors, simpler stirred-tank systems with recirculation appear more viable than complex, often perfusion-based alternatives. At the system level, the study emphasizes the need for modularity, standardization, and operational robustness, rather than pharmaceutical-level precision and aseptic hygiene. In conclusion, the study shows that cultivated meat technologies must not only function biologically or in laboratory settings but also be designed for industrial applications. Successful upscaling therefore does not require more complexity, but strategic simplification