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Estudo da interação da Prolil endopeptidase-like com a Alfa Sinucleína
No full textA alfa-sinucleína (αSyn) é uma proteína intrinsicamente desordenada associada a doenças neurodegenerativas, como a doença de Parkinson. Sua agregação pode ser modulada por outras proteínas, e estudos demonstraram que a prolil endopeptidase (POP) acelera esse processo. Nesse estudo decidimos investigar a prolil endopeptidase-like (PREPL) devido a sua similaridade estrutural com a POP, para verificar se essa proteína também poderia interagir com a αSyn. A PREPL humana foi clonada, expressa em Escherichia coli, purificada e caracterizada por métodos bioquímicos e biofísicos. Sua atividade foi testada com substratos fluorogênicos, para verificar sua capacidade de catalisar a hidrólise de ligações peptídicas e éster,, enquanto a interação com a αSyn foi analisada por dicroísmo circular (CD), fluorescência intrínseca de resíduos aromáticos (principalmente triptofano), ressonância plasmônica de superfície (SPR) e ensaios de agregação usando a tioflavina T (ThT) como sonda fluorescente. Os resultados reforçam dados publicados que a PREPL não apresenta atividade sobre substratos peptídicos, mas hidrolisa substratos éster. Ensaios de fluorescência de triptofano indicaram mudanças estruturais da PREPL na presença da αSyn, assim como os dados de dicroísmo circular indicaram uma mudança de espectro, quando PREPL e αSyn são misturadas,reforçando a hipótese de interação entre essas proteínas. A análise por SPR determinou uma constante de dissociação (Kd) de aproximadamente 1,4 μM para a interação PREPL-αSyn, semelhante à observada para POP-αSyn. Ensaios de agregação mostraram que a PREPL altera a cinética de agregação da αSyn de maneira concentração-dependente. Esses achados sugerem que a PREPL pode desempenhar um papel na regulação da αSyn, influenciando sua propensão à agregação e formação de fibrilas amiloides. Além disso, foi obtido dados de experimentos de RMN para investigar os resíduos da αSyn, que interagem com a POP, revelando alterações significativas de resíduos na estrutura da αSyn,. A similaridade na afinidade entre PREPL e αSyn em relação à POP levanta questões sobre possíveis mecanismos comuns. Estudos futuros são necessários para esclarecer o impacto dessa interação e suas implicações nas sinucleinopatias.Alpha-synuclein (αSyn) is an intrinsically disordered protein associated with neurodegenerative diseases, such as Parkinson’s disease. Its aggregation can be modulated by other proteins, and studies have shown that prolyl endopeptidase (POP) accelerates this process. In this study, we investigated prolyl endopeptidase-like (PREPL) due to its structural similarity to POP, to determine whether this protein could also interact with αSyn. Human PREPL was cloned, expressed in Escherichia coli, purified, and characterized using biochemical and biophysical methods. Its activity was tested with fluorogenic substrates to assess its ability to catalyze the hydrolysis of peptide and ester bonds, while its interaction with αSyn was analyzed by circular dichroism (CD), intrinsic fluorescence of aromatic residues (mainly tryptophan), surface plasmon resonance (SPR), and aggregation assays using thioflavin T (ThT) as a fluorescent probe. The results support previously published data showing that PREPL does not act on peptide substrates, but does hydrolyze ester substrates. Tryptophan fluorescence assays indicated structural changes in PREPL in the presence of αSyn, and CD data also showed spectral changes when PREPL and αSyn were mixed, supporting the hypothesis of an interaction between these proteins. SPR analysis determined a dissociation constant (Kd) of approximately 1.4 μM for the PREPL-αSyn interaction, similar to that observed for POP-αSyn. Aggregation assays demonstrated that PREPL alters the aggregation kinetics of αSyn in a concentration-dependent manner. These findings suggest that PREPL may play a role in the regulation of αSyn, influencing its propensity to aggregate and form amyloid fibrils. Additionally, NMR data were obtained to investigate the αSyn residues that interact with POP, revealing significant changes in specific residues within the αSyn structure. The similar affinity between PREPL and αSyn compared to POP raises questions about possible shared mechanisms. Further studies are needed to clarify the impact of this interaction and its implications in synucleinopathies
Integração de dados GWAS e scRNAseq para identificação de genes associados a doenças neuropsiquiátricas e metabólicas em neurônios magnocelulares do hipotálamo
No full textNeurônios magnocelulares, localizados no hipotálamo, são responsáveis pela síntese e secreção dos neuropeptídeos vasopressina (AVP) e ocitocina (OXT), que desempenham papéis essenciais na regulação da homeostase hídrica, na modulação de respostas ao estresse e na regulação de comportamentos sociais e reprodutivos. Doenças neuropsiquiátricas e metabólicas que representam as principais causas de morbimortalidade global, afetando milhões de pessoas em diferentes contextos, podem estar associadas com alterações na expressão de AVP ou OXT em neurônios magnocelulares ou de sua ação em receptores centrais ou periféricos. Este projeto, de caráter exploratório e interdisciplinar, pretende integrar dados de Genome-Wide Association Studies (GWAS), relacionados às doenças neuropsiquiátricas entre elas: Alzheimer, Ansiedade, Transtorno do Espectro Autista (TEA), Transtorno Bipolar, Epilepsia, Esclerose Múltipla, Esquizofrenia, Parkinson, Transtorno Obsessivo-Compulsivo (TOC), Depressão Maior e Estresse Crônico; e metabólicas entre elas: Diabetes Insipidus, Hipertensão, Cardiomiopatia Hipertrófica, Fibromialgia e Pré-eclâmpsia. Com dados de sequenciamento de RNA de célula única (scRNAseq) obtidos de neurônios magnocelulares do hipotálamo de Camundongo, Humano, Macaco, Rato e Sagui, com o objetivo de mapear os mecanismos patogênicos subjacentes, identificando genes e processos moleculares expressos nos neurônios magnocelulares associados a cada doença. Integrando dados de GWAS desta doenças e scRNAseq dessas espcies com a ferramenta MAGMA.Celltyping, foi identificado que condições como Depressão Maior, Cardiomiopatia Hipertrófica, Hipertensão, Parkinson e Pré-eclâmpsia apresentam enriquecimento significativo em neurônios magnocelulares expressando AVP. Em contraste, Alzheimer, Autismo e Fibromialgia se associam fortemente aos neurônios magnocelulares que expressam OXT. Esses achados ressaltam a importância dos circuitos neuroendócrinos na patogênese dessas condições, apontando para alvos terapêuticos e estratégias de medicina de precisão. A ausência de resultados significativos em dados de ratos destaca a necessidade de futuras investigações para esclarecer possíveis divergências fisiológicas entre espécies e aprimorar a integração de dados interespécies.Magnocellular neurons, located in the hypothalamus, are responsible for the synthesis and secretion of the neuropeptides vasopressin (AVP) and oxytocin (OXT), which play essential roles in regulating water homeostasis, modulating stress responses, and controlling social and reproductive behaviors. Neuropsychiatric and metabolic diseases—representing the leading causes of global morbidity and mortality and affecting millions of people in various contexts—may be associated with alterations in AVP or OXT expression in magnocellular neurons or in their actions on central or peripheral receptors. This exploratory and interdisciplinary project aims to integrate data from Genome-Wide Association Studies (GWAS) related to neuropsychiatric diseases such as Alzheimer’s, Anxiety, Autism Spectrum Disorder (ASD), Bipolar Disorder, Epilepsy, Multiple Sclerosis, Schizophrenia, Parkinson’s, Obsessive-Compulsive Disorder (OCD), Major Depression, and Chronic Stress; as well as metabolic diseases including Diabetes Insipidus, Hypertension, Hypertrophic Cardiomyopathy, Fibromyalgia, and Pre-eclampsia. Using single-cell RNA sequencing (scRNAseq) data obtained from magnocellular neurons of the hypothalamus from mouse, human, macaque, rat, and marmoset, the project seeks to map the underlying pathogenic mechanisms by identifying genes and molecular processes expressed in magnocellular neurons associated with each disease. By integrating GWAS data from these diseases and scRNAseq data from these species with the MAGMA.Celltyping tool, it was found that conditions such as Major Depression, Hypertrophic Cardiomyopathy, Hypertension, Parkinson’s, and Preeclampsia show significant enrichment in magnocellular neurons expressing AVP. In contrast, Alzheimer’s, Autism, and Fibromyalgia are strongly associated with magnocellular neurons expressing OXT. These findings underscore the importance of neuroendocrine circuits in the pathogenesis of these conditions, pointing to therapeutic targets and precision medicine strategies. The absence of significant results in rat data highlights the need for further investigations to clarify potential physiological divergences between species and enhance the integration of interspecies data
Avaliação da macrófita acorus gramineus soland como objeto de fitorremediação para remoção de compostos nitrogenados e fosfatados de um corpo hídrico eutrofizado
No full textA expansão urbana desorganizada tem provocado transformações substanciais nos cursos d’água, gerando impactos prejudiciais resultantes da inexistência de um planejamento que integre desenvolvimento territorial e saneamento. O despejo de efluentes sem tratamento adequado nos ecossistemas aquáticos favorece a eutrofização, fenômeno caracterizado pelo acréscimo excessivo de matéria orgânica e nutrientes, intensificando a proliferação descontrolada de organismos fotossintetizantes e comprometendo a qualidade da água. Diante dessa problemática ambiental, têm sido investigadas estratégias capazes de atenuar os danos causados pela deterioração dos recursos hídricos, destacando-se a fitorremediação, técnica baseada no uso de vegetação aquática com capacidade de remover contaminantes por meio de processos de adsorção e acumulação. O estudo teve como objetivo avaliar a eficácia dessa abordagem em águas impactadas do Canal 1, localizado no município de Santos, utilizando quatro microcosmos compostos por recipientes plásticos preenchidos com amostras coletadas nesse corpo hídrico, sendo três unidades experimentais e um controle. A análise laboratorial contemplou a quantificação de nitrito, nitrato, fosfato e amônia, seguindo os parâmetros metodológicos do Ecokit Técnico de Água Doce/Água Salgada da Unifesp. Os dados obtidos evidenciaram uma diminuição expressiva dos compostos analisados, demonstrando a efetividade da vegetação empregada na remoção de poluentes, indicando o potencial dessa abordagem para reabilitação de ambientes aquáticos sujeitos à contaminação por nutrientes.Urban expansion without proper planning has led to substantial transformations in watercourses, generating harmful impacts due to the lack of an integrated approach to territorial development and sanitation. The discharge of untreated effluents into aquatic ecosystems promotes eutrophication, a phenomenon characterized by an excessive increase in organic matter and nutrients, intensifying the uncontrolled proliferation of photosynthetic organisms and compromising water quality. Given this environmental issue, strategies capable of mitigating the damage caused by the deterioration of water resources have been investigated, with phytoremediation standing out as a technique based on the use of aquatic vegetation capable of removing contaminants through adsorption and accumulation processes. This study aimed to evaluate the effectiveness of this approach in polluted waters from Canal 1, located in the municipality of Santos, using four microcosms composed of plastic containers filled with samples collected from this water body, with three experimental units and one control. Laboratory analysis included the quantification of nitrite, nitrate, phosphate, and ammonia, following the methodological parameters of the Unifesp Freshwater/Saltwater Technical Ecokit. The data obtained showed a significant reduction in the analyzed compounds, demonstrating the effectiveness of the vegetation used in pollutant removal, indicating the potential of this approach for rehabilitating aquatic environments subject to nutrient contamination
Game-manual for digital memory management in virtual learning environments
No full textA sociedade da informação atual está no processo de fragmentação dos locais derepositórios, sejam em sites, ambientes, fóruns e processos internos que individualizam os conteúdos digitais; logo, o usuário padrão, aquele que está
frequentando um espaço digital para estudos, trabalho e lazer, pouco sabe ou é notificado sobre a importância deste conteúdo a longo prazo. A formação destes locais de repositório, tendo um foco nos repositórios de educação, são instaladas de maneira que o público, este a cada geração menos entende os processos anteriores ao produto entregue, ficando alheio às limitações e riscos da memória digital criados durante o aprendizado. Alheio também aos processos de segurança e cópias, os formatos dos backups e das tecnologias que ali estão presentes, este usuário é privado de uma gestão conscientizadora sobre os seus próprios dados, informações e direitos a acessos destes conteúdos a longo prazo, por isso surge a necessidade de ensino a esta gestão através de um manual com instruções para esta organização, em que de uma forma rápida e lúdica seria repassado as formas de entendimento de manejo da memória, do entendimento do mundo digital, da sociedade digital e da informação além do local base na qual é instituído, guiando então para um aprendizado sobre as opções de cópias e armazenamentos diferenciais para estes dados gerados nos ambientes virtuais.Não recebi financiament
For an Afro-Latin American Social Service: the training of social workers at Unifesp BS
No full textEste Trabalho de Conclusão de Curso em Serviço Social é fruto de indagações teóricas e políticas que surgiram durante o curso de graduação. O curso desde 2016 introduziu na matriz curricular o debate étnico-racial e, em 2023, adotou a educação para as relações étnico-raciais como central, trazendo as discussões sobre gênero, classe e raça/etnia para os espaços acadêmicos e interventivos. Neste sentido, a reorganização da matriz curricular se aproxima do feminismo afrolatinoamericano, proposto por Lélia Gonzalez. Trata-se de examinar a construção e o contexto em que surgiu o conceito da autora e em que medida suas formulações contribuem efetivamente para um Serviço Social antirracista. Para isto, uma vez que esta pesquisa tem como motivação vivências pessoais da pesquisadora, recorre-se à análise qualitativa, sob a inspiração das reflexões metodológicas de Cecília Minayo (2001) e de Antonio Joaquim Severino (2007), a partir de levantamento bibliográfico e documental. O trabalho traz um embasamento teórico de Karl Marx (2013) no que diz respeito ao surgimento do capitalismo e o processo de acumulação primitiva; de Clóvis Moura (1994), sobre o desenvolvimento do capitalismo e do racismo no Brasil; de Silvia Federici (2017; 2019), com seus estudos a respeito do capitalismo, caça às bruxas e o processo de cercamento das mulheres; de Heleieth Saffioti (2013) e suas análises sobre patriarcado e o contexto brasileiro; de Beatriz Nascimento (2021), que introduz a reflexão acerca do trabalho da mulher negra; de Kimberlé Crenshaw (2002) e sua teoria da interseccionalidade; e de Renata Gonçalves (2018; 2022) com suas contribuições para o Serviço Social, especialmente com as formulações sobre questão racial e relações de gênero. Além disso, foram analisados o Plano Político Pedagógico do Curso de Serviço Social da Universidade Federal de São Paulo Campus Baixada Santista, no período de 2016 a 2024, a fim de compreender o impacto da criação da Unidade Curricular Gênero, raça/etnia e classe social. A pergunta que conduziu toda a pesquisa foi: dado o contexto sócio-histórico da profissão, em que medida as reflexões de Lélia Gonzalez nos ajudam a compreender o processo formativo anterior, que até por falta de maior aprofundamento, não percebia ou fingia não perceber a reprodução do racismo no interior da profissão; e como, neste mesmo texto da autora, é possível vislumbrar novos horizontes para o Serviço Social no que diz respeito à superação do racismo, da violência patriarcal e da exploração capitalista de classe.This Course Conclusion Paper in Social Work is the result of theoretical and political questions that arose during the undergraduate course. Since 2016, the course has introduced the ethnic-racial debate into the curriculum matrix and, in 2023, adopted education for ethnic-racial relations as central, bringing discussions on gender, class and race/ethnicity into academic and intervention spaces. In this sense, the reorganization of the curriculum matrix comes close to Afro-Latin American feminism, as proposed by Lélia Gonzalez. The aim is to examine the construction and context in which the author's concept emerged and the extent to which her formulations effectively contribute to anti-racist Social Work. Since this research is motivated by the researcher's personal experiences, it uses qualitative analysis, inspired by the methodological reflections of Cecília Minayo (2001) and Antonio Joaquim Severino (2007), based on a bibliographic and documentary survey. The work has a theoretical basis in Karl Marx (2013) with regard to the emergence of capitalism and the process of primitive accumulation; Clóvis Moura (1994), on the development of capitalism and racism in Brazil; Silvia Federici (2017; 2019), with her studies on capitalism, witch-hunting and the process of enclosure women; by Heleieth Saffioti (2013) and her analysis of patriarchy and the Brazilian context; by Beatriz Nascimento (2021), who introduces a reflection on black women's work; Kimberlé Crenshaw (2002) and her theory of intersectionality; and Renata Gonçalves (2018; 2022), with her contributions to Social Work, especially her formulations on race and gender relations. In addition, the Political Pedagogical Plan of the Social Work Course at the Federal University of São Paulo Baixada Santista Campus, from 2016 to 2024, was analyzed in order to understand the impact of the creation of the Gender, Race/Ethnicity and Social Class Curricular Unit. The question that guided the entire research was: given the socio-historical context of the profession, to what extent do the reflections of Lélia Gonzalez help us to understand the previous training process, which even due to a lack of greater depth, did not perceive or pretended not to perceive the reproduction of racism within the profession; and how, in this same text by the author, is it possible to glimpse new horizons for Social Work with regard to overcoming racism, patriarchal violence and capitalist class exploitation.Não recebi financiament
Laboratório virtual: uma possibilidade para suprir a carência de laboratórios físicos no ensino de Biologia
No full textAs práticas experimentais no ensino de Biologia são essenciais para a construção do conhecimento científico, pois promovem um desenvolvimento nas habilidades técnicas e consolidação do conteúdo. No entanto, os laboratórios de ciências estão entre os recursos mais precários encontrados nas escolas públicas e privadas do Brasil. Devido a esse fator, as práticas experimentais são prejudicadas, impactando negativamente o ensino e aprendizagem dos alunos. Com a grande expansão tecnológica no século XXI, surgiram recursos como os laboratórios virtuais, que simulam o ambiente de um laboratório tradicional em realidade virtual. As tecnologias digitais são ferramentas fundamentais, pois, além de se integrarem ao mundo dos alunos, contribuem para sua autonomia e motivação nas aulas. Esse recurso pode se tornar um grande aliado no processo de ensino e aprendizagem, suprindo as debilidades causadas pela escassez de infraestrutura laboratorial nas escolas. Este estudo realizou uma pesquisa bibliográfica com o objetivo de verificar e analisar o uso de laboratórios virtuais (LV) no processo de ensino e aprendizagem de Biologia. Analisou-se a disponibilidade de LV gratuitos, on-line e específicos na disciplina de Biologia que contêm características essenciais para um bom recurso com base em Sepel e Leal (2017). Entretanto, a maioria dos softwares são disponibilizados na língua inglesa o que dificulta o acesso aos alunos da Educação Básica. Os laboratórios virtuais são alternativas acessíveis e de baixo custo, que deveriam ser mais investidos a fim de suprir a carência de laboratórios físicos no ensino de Biologia.Experimental practices in Biology teaching are essential for the construction of scientific knowledge, as they promote the development of technical skills and the consolidation of content. However, science laboratories are among the most precarious resources found in public and private schools in Brazil. Due to this factor, experimental practices are compromised, negatively impacting students' teaching and learning. With the significant technological expansion in the 21st century, resources such as virtual laboratories emerged, simulating the environment of a traditional laboratory in virtual reality. Digital technologies are fundamental tools, as they not only integrate with the students' world but also contribute to their autonomy and motivation in the classroom. This resource can become a great ally in the teaching and learning process, overcoming the weaknesses caused by the lack of laboratory infrastructure in schools. This study conducted bibliographical research aimed at verifying and analyzing the use of virtual laboratories in the teaching and learning process of Biology. It analyzed the availability of free, online, and subject-specific virtual labs in Biology, which contain essential characteristics for a good resource based on Sepel and Leal, 2017. However, most software is available in English, which hinders access for students in Basic Education. Virtual laboratories are accessible and low-cost alternatives that should be further invested in to address the lack of physical laboratories in Biology education
A matemática das casas de apostas: uma abordagem crítica
No full textEste trabalho de conclusão de curso ilustra como a matemática é manipulada nas casas de apostas, destacando conceitos como probabilidade, Lei dos Grandes Números, Teoria dos Jogos e Progressão Geométrica. Correlacionando cada tema matemático com o modo que beneficiará a casa de aposta esportiva, o estudo revela como as odds (cotações) são calculadas e ajustadas para garantir lucro, muitas vezes em detrimento dos apostadores. Utilizando a Educação Matemática Crítica, a pesquisa visa capacitar os usuários a tomarem decisões informadas, promovendo um pensamento consciente sobre os riscos envolvidos. Ainda, objetiva-se a importância da alfabetização matemática crítica para capacitar os indivíduos a fazer escolhas conscientes e evitar práticas exploratórias, promovendo uma cultura de maior responsabilidade e entendimento sobre o impacto da matemática nas decisões econômicas e comportamentais. Ao compreender a matemática por trás das apostas, espera-se formar cidadãos mais críticos e reflexivos sobre o papel da matemática na sociedade. Em suma, ilustra como, para um apostador casual, é difícil vencer a longo prazo, uma vez que seus retornos financeiros são embasados em probabilidades alteradas. O conceito de RTP (Return to Player), faz com que os recursos financeiros dos apostadores diminuam drasticamente a cada aposta subsequente, resultando em perdas exponenciais. A pesquisa conclui ressaltando que a matemática pode ajudar o apostador a ser mais crítico em suas reflexões perante as casas de apostas.This Course Completion Work illustrates how mathematics is manipulated in betting houses, highlighting concepts such as probability, Law of Large Numbers, Game Theory and Geometric Progression, correlating each mathematical theme with the way that it will benefit the sports betting house, the study reveals how odds (quotes) are calculated and adjusted to guarantee a profit, often to the detriment of bettors. Using Critical Mathematics Education, the research aims to enable users to make informed decisions, promoting conscious thinking about the risks involved. Furthermore, the importance of critical mathematical literacy is aimed at enabling individuals to make informed decisions and avoid exploitative practices, promoting a culture of greater responsibility and understanding about the impact of mathematics on economic and behavioral decisions. By understanding the mathematics behind betting, we hope to form more critical and aware citizens about the role of mathematics in society. In short, it illustrates how difficult it is for a casual bettor to win in the long term, since their financial returns are based on altered probabilities, and how the concept of RTP (Return to Player) causes bettors' financial resources to decrease. drastically with each subsequent bet, resulting in exponential losses. The research concludes by highlighting that mathematics can help people to be more critical in their bets, not letting themselves be fooled.
Genotipagem do vírus da Hepatite C com redes neurais profundas de arquitetura Transformer
No full textObjetivo: Este estudo tem como objetivo explorar a aplicabilidade de modelos baseados em Transformers para classificação de sequências genéticas, avaliando o desempenho do DNABERT-2 na predição de genótipos e subtipos do vírus da Hepatite C (HCV) após treinamentos de ajuste fino. Métodos: Foram utilizadas 2881 sequências de genoma completo do HCV, obtidas do banco de dados Los Alamos HCV Sequence Database. Os genótipos de 1 a 6 e todos os subtipos confirmados foram incluídos, com a exclusão dos genótipos 7 e 8 devido ao número insuficiente de amostras. Scripts foram aplicados para fragmentar as sequências em segmentos com comprimento próximo de 1000 e para atribuir um rótulo de identificação aos genótipos e subtipos de interesse. O DNABERT-2 passou por treinamentos de ajuste fino em diversos conjuntos de dados, diferindo em método de fragmentação, quantidade de dados por arquivo e rotulação. O desempenho dos modelos foi avaliado com base na perda (eval_loss), acurácia (eval_accuracy) e precisão (eval_precision), além de testes manuais para sequências individuais e dentro de um conjunto de dados. Resultados: Na classificação de genótipos, os ajustes finos que utilizaram fragmentação homogênea e distribuição equilibrada das amostras resultaram em desempenhos mais elevados, com precisão no intervalo de 98,485% a 100%. Em contrapartida, o treinamento realizado com um método de fragmentação que gerava um desbalanceamento dos dados, bem como uma distribuição arbitrária de amostras por arquivo de treinamento, teve uma precisão de 48,118%, considerada baixa em comparação aos outros modelos. Nesse treinamento, também avaliado manualmente, observou-se uma taxa elevada de erro para a predição do HCV-5, devido à sua baixa frequência nos conjuntos de dados utilizados. Na classificação de subtipos, o ajuste fino que resultou na melhor performance atingiu 99,891% de acurácia e 99,871% de precisão. Modelos que incluíram genótipos adicionais demonstraram uma leve queda no desempenho devido ao aumento da complexidade da classificação. Conclusão: O estudo demonstrou que a utilização de redes neurais baseadas em Transformers pode ser uma abordagem promissora para a classificação viral. A partir de conjuntos de dados com sequências fragmentadas, distribuídas e rotuladas de forma adequada, modelos como o DNABERT-2 podem alcançar alto desempenho na classificação de genótipos e subtipos do HCV. Segmentações que ocasionam em perda de dados, bem como distribuições desbalanceadas das amostras resultam em falhas sistemáticas de predição e reduções na acurácia e precisão, o que ressalta a importância de conjuntos de dados equilibrados e representativos, de forma a minimizar possíveis vieses e melhorar a generalização do modelo.Objective: This study aims to explore the applicability of Transformer-based models for genetic sequence classification, evaluating the performance of DNABERT-2 in predicting the hepatitis C virus (HCV) genotypes and subtypes after fine-tuning. Methods: A total of 2881 HCV whole-genome sequences obtained from the Los Alamos HCV Sequence Database were used. Genotypes 1 to 6 and all confrmed subtypes were included, with genotypes 7 and 8 being excluded due to an insuffcient number of samples. Scripts were applied to fragment the sequences into segments with a length close to 1000 and to assign a label to the genotypes and subtypes of interest. DNABERT2 underwent fine-tuning on several datasets, differing in fragmentation method, amount of data per fle, and labeling. Model performance was evaluated based on loss (eval_loss), accuracy (eval_accuracy), and precision (eval_precision), in addition to manual testing for individual sequences and within a dataset. Results: In genotype classification, fine-tuning strategies that employed homogeneous fragmentation and balanced sample distribution resulted in higher performance, with precision ranging from 98.485% to 100%. In contrast, fine-tuning conducted with a fragmentation method that caused data imbalance, as well as an arbitrary distribution of samples across training fles, achieved a precision of 48.118%, which is considered low compared to other models. In this fine-tuning, which was also manually evaluated, a high error rate was observed in the prediction of HCV-5 due to its low frequency in the datasets used. In subtype classification, the fine-tuning approach that achieved the best performance reached 99.891% accuracy and 99.871% precision. Models that included additional genotypes showed a slight decrease in performance due to the increased complexity of the classification task. Conclusion: This study demonstrated that using Transformer-based neurais networks can be a promising approach for viral classification. When datasets contain properly fragmented, distributed, and labeled sequences, models such as DNABERT-2 can achieve high performance in genotype and subtype classification of HCV. Sequence segmentations that lead to data loss, as well as imbalanced sample distributions, result in systematic prediction failures and reduced accuracy and precision, highlighting the importance of balanced and representative datasets to minimize potential biases and improve model generalization.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)FAPESP: 23/14749-
Risk behaviors and recurrence of teenage pregnancy: an analysis of vulnerabilities and associated factors
No full textA gravidez na adolescência é um tema complexo que envolve fatores sociais, psicológicos e comportamentais. Alguns dos principais pontos são: fatores de risco, como a falta de educação sexual, comportamentos de risco e vulnerabilidade emocional, que podem causar riscos para a saúde, evasão escolar e comprometimento do futuro socioeconômico. Por isso, é necessário implementar a prevenção por meio da educação sexual, acesso a métodos contraceptivos e suporte familiar. Além disso, é fundamental promover o empoderamento feminino e ações integradas para prevenir a recidiva da gravidez
Investigação de mecanismos plasmideais de resistência à fosfomicina em isolados clínicos de Escherichia coli obtidos no município de Diadema, SP
No full textInfecções do trato urinário (ITU) atingem milhares de pessoas todos os anos e o crescente número de microrganismos multirresistentes (MDR) alerta para um cenário de restrição de antimicrobianos eficazes e de necessidade de novas abordagens para o controle e prevenção dessas infecções, bem como monitoramento epidemiológico. Esse trabalho teve como objetivo avaliar a ocorrência de mecanismos adquiridos de resistência a fosfomicina, especificamente a presença de gene fos, entre isolados clínicos de Escherichia coli obtidos no município de Diadema, SP, bem como a presença de outros mecanismos de resistência a diferentes classes de antimicrobianos importantes clinicamente. Foram identificados um total de 616 isolados de E. coli no Laboratório Central (LC) do município de Diadema, entre os meses de maio e dezembro de 2019, obtidos a partir de amostras de urina de pacientes com suspeita de ITU. Após a identificação inicial por sistemas automatizados no LC, os isolados foram encaminhados ao Laboratório Multidisciplinar em Saúde e Meio Ambiente (LMSMA/UNIFESP - campus Diadema) para serem estudados. Os isolados tiveram gênero e espécie confirmados por MALDI-TOF MS. A concentração inibitória mínima (CIM) para fosfomicina foi avaliada por metodologia de diluição em ágar e a sensibilidade a outros antimicrobianos por disco-difusão, de acordo com as diretrizes do BrCAST. Isolados resistentes à fosfomicina que apresentaram CIM superior a 8 mg/L foram investigados quanto a presença de genes fos e de genes codificadores de beta-lactamases de espectro estendido (ESBLs) por PCR. Entre os resultados obtidos, verificou-se que, dos 616 isolados de E. coli analisados, 19 apresentaram fenótipo de resistência a fosfomicina, entre os quais apenas um isolado (1/19, 5,3%) apresentou gene fosA3/A4 positivo. Três isolados (3/19, 15,8%) apresentaram fenótipo positivo para produção de ESBL, sendo que apenas um isolado carregava um gene blaCTX-M do grupo 1 e um do grupo 2. Ainda, os antimicrobianos com maiores taxas de resistência após a fosfomicina foram as fluoroquinolonas, os aminoglicosídeos e os beta-lactâmicos. Os resultados obtidos indicam uma baixa prevalência de resistência à fosfomicina entre os isolados de E. coli no município de Diadema, embora a presença de determinantes genéticos associados à multirresistência justifique a importância do monitoramento contínuo dessas cepas na região.Urinary tract infections (UTIs) affect thousands of people every year, and the increasing number of multidrug-resistant microorganisms warns to a scenario of restriction of effective antimicrobials and the need for new approaches to control and prevent these infections, as well as epidemiological monitoring. This study aimed to evaluate the occurrence of acquired mechanisms of resistance to fosfomycin, specifically the presence of fos genes, among clinical isolates of Escherichia coli obtained in the city of Diadema, SP, as well as the presence of other mechanisms of resistance to different classes of clinically important antimicrobials. A total of 616 E. coli isolates were identified in the Central Laboratory (LC) of Diadema, between May and December 2019, obtained from urine samples of patients with suspected UTI. After initial identification by automated systems at the LC, the isolates were sent to the Multidisciplinary Laboratory in Health and Environment (LMSMA/UNIFESP – campus Diadema) for studies. The isolates had genus and species confirmed by MALDI-TOF MS. The minimum inhibitory concentration (MIC) for fosfomycin was evaluated by agar dilution methodology and the susceptibility to other antimicrobials by disk diffusion, according to the BrCAST guidelines. Fosfomycin-resistant isolates that presented MIC higher than 8 mg/L were investigated for the presence of fos genes and encoding extended-spectrum beta-lactamases (ESBLs) genes by PCR. Among the results obtained, it was verified that, of the 616 E. coli isolates analyzed, 19 presented a fosfomycin resistance phenotype, among which only an isolate (1/19, 5.3%) presented a positive fosA3/A4 gene. Three isolates (3/19, 15.8%) presented a positive phenotype for ESBL production, with only one carrying the blaCTX-M-1-like gene and one the blaCTX-M-2-like gene. Furthermore, the antimicrobials with the highest resistance rates after fosfomycin were fluoroquinolones, aminoglycosides and beta-lactams. The findings indicate a low prevalence of resistance to fosfomycin among E. coli isolates in the city of Diadema, although the presence of genetic determinants associated with multiresistance justifies the importance of continuous monitoring of these strains in the region