Biomédica
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Brote de tinea capitis tricofítica en un grupo de niños escolares en un área rural del departamento del Cauca, Colombia
No full textIntroduction. Tinea capitis is a mycosis of keratinized tissue, which affects the scalp and may cause alopecia, pruritus, and desquamation. This type of mycosis is more frequent in school-age children, and it may represent a public health problem; the main etiological agents reported for Colombia are zoophilic dermatophytes.Objective. To characterize an outbreak of Tinea capitis in 32 children from a rural school in the department of Cauca.Materials and methods. We conducted an epidemiological field study using a structured survey to characterize sociodemographic aspects and predisposing factors for this mycosis. We collected samples of affected scalp scales and hair for mycological studies. The children and the general population received recommendations, about these mycoses’ prevention, from Cauca’s health authorities and the local hospital. The parents verbally approved the informed consent.Results. The etiological agent isolated in 63% of the collected samples was Trichophyton tonsurans, an anthropophilic dermatophyte, and the main predisposing factor was sharing razors (87.5%).Conclusions. Ideally, mycological studies define the etiological agent to propose therapeutics and recommendations in agreement with management guidelines.Implementation of multidisciplinary measures to control the outbreak and educate the population is required.Introducción. La tiña de la cabeza es una micosis que se presenta en el tejido queratinizado, afecta al cuero cabelludo y puede causar alopecia, prurito y descamación. Este tipo de micosis es más frecuente en niños de edad escolar, por lo que puede desencadenar un problema de salud pública. En Colombia, los principales agentes etiológicos reportados son los dermatofitos zoofílicos.Objetivo. En el presente estudio se buscó caracterizar un brote de tinea capitis en 32 niños de un colegio de la zona rural del departamento del Cauca.Materiales y métodos. Se llevó a cabo una investigación epidemiológica de campo en la que se aplicó una encuesta estructurada para caracterizar aspectos sociodemográficos y factores predisponentes para su ocurrencia. Se recolectaron muestras de escamas de cuero cabelludo y cabellos afectados para estudios micológicos. Finalmente, por medio de la Secretaría Departamental del Cauca y del hospital local, se manejó el brote de tinea capitis y se hicieron recomendaciones a los niños, los padres de familia y la población en general para prevenir estas micosis. Este estudio contó con el consentimiento informado verbal por parte de los padres de familia y los niños.Resultados. El agente etiológico aislado en el 63 % de las muestras recolectadas fue Trichophyton tonsurans y el principal factor predisponente para esta micosis fue compartir máquinas rasuradoras (87,5 %). El agente etiológico de este brote de tinea capitis no inflamatoria fue un dermatofito antropofílico
Micología de desastres
No full textNatural and human-made disasters have long played a role in shaping the environment and microbial communities, also affecting non-microbial life on Earth. Disaster microbiology is a new concept based on the notion that a disaster changes the environment causing adaptation or alteration of microbial populations –growth, death, transportation to a new area, development traits, or resistance– that can have downstream effects on the affected ecosystem. Such downstream effects include blooms of microbial populations and the ability to colonize a new niche or host, cause disease, or survive in former extreme conditions.Throughout history, fungal populations have been affected by disasters. There are prehistoric archeological records of fungal blooms after asteroid impacts and fungi implicated in the fall of the dinosaurs. In recent times, drought and dust storms have caused disturbance of soil fungi, and hurricanes have induced the growth of molds on wet surfaces, resulting in an increased incidence of fungal disease. Probably, the anticipated increase in extreme heat would force fungi adaptation to survive at high temperatures, like those in the human body, and thus be able to infect mammals. This may lead to a drastic rise of new fungal diseases in humans.Los desastres naturales o los causados por el hombre impactan la formación de ecosistemas y comunidades microbianas, y también afectan las formas de vida no microbianas. Este concepto es conocido como “microbiología de desastres”, una subespecialización de la microbiología, basada en los cambios ambientales generados por un desastre y las posibles adaptaciones o alteraciones de las poblaciones microbianas –crecimiento, muerte, trasporte a una nueva región, o adquisición de resistencia o de nuevas características– que influirán en el moldeamiento del ecosistema transformado. Algunos de los efectos de estas adaptaciones pueden ser: el surgimiento de poblaciones microbianas, la habilidad de colonizar nuevos nichos u huéspedes, la generación de nuevas enfermedades, o el crecimiento de microorganismos en condiciones que antes eran “extremas” para ellos. A lo largo de la historia, varias poblaciones de hongos han sido afectadas por desastres. Existen registros arqueológicos prehistóricos que evidencian la presencia y el crecimiento de hongos luego del impacto de asteroides, y otros de hongos relacionados con la extinción de los dinosaurios. Actualmente, las sequías y las tormentas de polvo causan perturbaciones en las comunidades de hongos del suelo, y los huracanes inducen el crecimiento de hongos filamentosos en superficies húmedas, lo que aumenta la cantidad de enfermedades por hongos. Además, con el aumento de las temperaturas extremas es posible que los hongos puedan adaptarse para sobrevivir a temperaturas más altas, equivalentes a las temperaturas corporales, y nuevas especies puedan infectar mamíferos. Esto puede llevar a un aumento drástico de las infecciones fúngicas en humanos
Candida auris: un agente patógeno global que se ha arraigado en Colombia
No full textCandida auris has been recognized as an emerging multidrug-resistant pathogen with a significant public health burden, causing cases of invasive infection and colonization due to its persistence on inanimate surfaces, ability to colonize skin of some patients, and high transmissibility in healthcare settings.The first sporadic report of the isolation of this species from the ear canal of a patient in Asia was in 2009 and reports from other regions of the world soon followed. However, it was not until 2015 that global epidemiological alerts were communicated as a result of an increasing number of reports of invasive infections caused by C. auris in several countries.Colombia was soon added to this list in 2016 after an unusual increase in the number of C. haemulonii isolates was reported, later confirmed as C. auris. Since the issuing of a national alert by the Colombian National Institute of Health together with the Ministry of Health in 2016, the number of cases reported reached over 2,000 by 2022. Colombian isolates have not shown pan resistance to available antifungals, unlike C. auris strains reported in other regions of the world, which leaves patients in Colombia with therapeutic options for these infections. However, increasing fluconazole resistance is being observed. Whole-genome sequencing of Colombian C. auris isolates has enhanced molecular epidemiological data, grouping Colombian isolates in clade IV together with other South American isolates.Candida auris ha sido reconocido como un agente patógeno multirresistente emergente con una carga significativa en la salud pública. Genera casos de infección invasiva y colonización debido a su persistencia en superficies inanimadas, su capacidad para colonizar fácilmente la piel de algunos pacientes y su alta transmisibilidad en el ambiente hospitalario.El primer reporte esporádico de esta especie fue en Asia en el 2009 cuando se realizó su aislamiento a partir del conducto auditivo de un paciente, y pronto le siguieron reportes en otras regiones del mundo. Sin embargo, no fue hasta 2015 que se conocieron las alertas epidemiológicas a nivel mundial debido a un aumento en el número de casos de infecciones causadas por C. auris en varios países.Colombia se sumó a la lista en 2016 luego de un aumento inusual en el número de aislamientos de C. haemulonii informados, que luego se confirmaron como C. auris. Desdeque el Instituto Nacional de Salud junto con el Ministerio de Salud emitieron la Alerta Nacional en el 2016, el número de casos reportados superó los 2.000 en el 2022.Los aislamientos colombianos no han mostrado resistencia generalizada a los antifúngicos disponibles, contrario a lo reportado para cepas de C. auris en algunas regiones del mundo, por lo que los pacientes en Colombia aún cuentan con opciones terapéuticas para estas infecciones. No obstante, se ha observado un aumento en la resistencia al fluconazol.
Brote de tinea capitis tricofítica en un grupo de niños escolares en un área rural del departamento del Cauca, Colombia
No full textSensibilidad in vitro a antifúngicos de aislamientos de Malassezia furfur de pacientes positivos y negativos para HIV
No full textIntroduction. Malassezia is a lipophilic and lipid-dependent yeast genus belonging to the skin microbiota of humans and other animals. However, due to dysbiosis processes or other factors in the host, this yeast can cause different pathologies, ranging from skin diseases, such as seborrheic dermatitis, to fungemia. Isolation of Malassezia furfur has been reported in HIV-positive patients with or without skin lesions. Due to its opportunistic nature and its variable resistance to antifungal compounds, it is relevant to know the Malassezia sensitivity profiles.Objective. To determine the sensitivity to different antifungal agents, of clinical isolates of M. furfur obtained from HIV-positive or negative patients, with or without seborrheic dermatitis.Materials and methods. Assessment of isolates sensitivity to itraconazole, voriconazole, fluconazole, and amphotericin B was performed by two techniques: (1) Broth microdilution using Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) protocol M27-A3 with modifications; and (2) agar tests using Etest®.Results. Isolates obtained from HIV patients showed an increase in the minimum inhibitory concentration of fluconazole, voriconazole, and amphotericin B, compared with those of non-HIV patients. Itraconazole was the antifungal with the lowest minimum inhibitory concentration (MIC) in most isolates.Conclusion. We observed differences in the sensitivity profiles of M. furfur isolates according to the context of the patient. High MIC of antifungals like fluconazole, commonly used for treating pathologies caused by Malassezia, were identified.Introducción. Malassezia es un género de levaduras lipofílicas que dependen de los lípidos y hacen parte de la microbiota de la piel de humanos y otros animales. No obstante, debido a procesos de disbiosis u otros factores en el huésped, esta levadura puede llegar a causar diferentes enfermedades: desde cutáneas (como dermatitis seborreica) hasta fungemias. Se han reportado aislamientos de Malassezia furfur en pacientes positivos para HIV, con lesiones cutáneas o sin ellas. Por su carácter oportunista y sensibilidad variable a los compuestos antifúngicos, es relevante conocer los perfiles de sensibilidad.Objetivo. Determinar la sensibilidad a diferentes antifúngicos de aislamientos clínicos de M. furfur obtenidos de pacientes positivos o negativos para HIV, con dermatitis seborreica o sin ella.Materiales y métodos. La sensibilidad de los aislamientos a itraconazol, voriconazol, fluconazol y anfotericina B, se determinó mediante dos técnicas: microdilución en caldo según el protocolo M27-A3 del Clinical & Laboratory Standards Institute (CLSI), con modificaciones, y pruebas en agar mediante Etest®.Resultados. Los aislamientos obtenidos de pacientes con HIV mostraron aumento de la concentración inhibitoria mínima a fluconazol, voriconazol y anfotericina B, en comparación con los de pacientes sin HIV. Por otro lado, al evaluar la mayoría de los aislamientos, el itraconazol fue el antifúngico con la menor concentración inhibitoria mínima.Conclusión. Se evidencian diferencias en los perfiles de sensibilidad de los aislamientos de M. furfur, según el contexto del paciente, y elevadas concentraciones inhibitorias mínimas de antifúngicos como el fluconazol, usados comúnmente para el tratamiento de las enfermedades causadas por Malassezia spp
Carta al editor. Validación clínica de la prueba RT-LAMP para el diagnóstico rápido del SARS-CoV-2. Biomédica. 2022;42(Supl.2):59-72.
No full textModelo de inteligencia artificial para la detección temprana de diabetes
No full textIntroduction. Diabetes is a chronic disease characterized by a high blood glucose level. It can lead to complications that affect the quality of life and increase the costs of healthcare. In recent years, prevalence and mortality rates have increased worldwide. The development of models with high predictive performance can help in the early identification of the disease.Objective. To develope a model based on artificial intelligence to support clinical decisionmaking in the early detection of diabetes.Materials and methods. We conducted a cross-sectional study, using a dataset that contained age, signs, and symptoms of patients with diabetes and of healthy individuals. Pre-processing techniques were applied to the data. Subsequently, we built the model based on fuzzy cognitive maps. Performance was evaluated with three metrics: accuracy, specificity, and sensitivity.Results. The developed model obtained an excellent predictive performance with an accuracy of 95%. In addition, it allowed to identify the behavior of the variables involved using simulated iterations, which provided valuable information about the dynamics of the risk factors associated with diabetes.Conclusions. Fuzzy cognitive maps demonstrated a high value for the early identification of the disease and in clinical decision-making. The results suggest the potential of these approaches in clinical applications related to diabetes and support their usefulness in medical practice to improve patient outcomes.Introducción. La diabetes es una enfermedad crónica que se caracteriza por el aumento de la concentración de la glucosa en sangre. Puede generar complicaciones que afectan la calidad de vida y aumentan los costos de la atención en salud. En los últimos años, las tasas de prevalencia y mortalidad han aumentado en todo el mundo. El desarrollo de modelos con gran desempeño predictivo puede ayudar en la identificación temprana de la enfermedad.Objetivo. Desarrollar un modelo basado en la inteligencia artificial para apoyar la toma de decisiones clínicas en la detección temprana de la diabetes.Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio de corte transversal, utilizando un conjunto de datos que incluía edad, signos y síntomas de pacientes con diabetes y de individuos sanos. Se utilizaron técnicas de preprocesamiento para los datos. Posteriormente, se construyó el modelo basado en mapas cognitivos difusos. El rendimiento se evaluó mediante tres parámetros: exactitud, especificidad y sensibilidad.Resultados. El modelo desarrollado obtuvo un excelente desempeño predictivo, con una exactitud del 95 %. Además, permitió identificar el comportamiento de las variables involucradas usando iteraciones simuladas, lo que proporcionó información valiosa sobre la dinámica de los factores de riesgo asociados con la diabetes.Conclusiones. Los mapas cognitivos difusos demostraron ser de gran valor para la identificación temprana de la enfermedad y en la toma de decisiones clínicas. Los resultados sugieren el potencial de estos enfoques en aplicaciones clínicas relacionadas con la diabetes y respaldan su utilidad en la práctica médica para mejorar los resultados de los pacientes
Pruebas funcionales en esclerosis múltiple y su comparabilidad con los valores de administración autónoma: estudio piloto
No full textIntroduction. Neurological impairment in multiple sclerosis is highly variable among patients and over time it is difficult to quantify. The Multiple Sclerosis Outcome Assessment Consortium established sensitive, cost-effective, clinically significant, and reproducible measures of different functional systems to measure outcomes in clinical trials. However, their use in clinical care routines is not widespread due to time and training constraints.Objective. To evaluate the self-administration feasibility of the timed 25-foot walking, symbol-digit-modality, and 9-peg hole tests in healthy individuals.Materials and methods. We performed a descriptive pilot study. Healthy individuals between 18 and 80 years of age were included. The Timed 25-Foot Walking Test (T25-FWT), the Symbol Digit Modality Test (SDMT), and the Nine-Hole Peg Test (9-HPT) (using the dominant and non-dominant hand) were administered by a trained physician, who also instructed the subjects about test self-administration. The correlation and agreement, between the guided and self-administered tests were assessed with Pearson and Spearman coefficients and the Bland-Altman method.Results. Thirty-eight healthy volunteers were included. The median age was 36 (range: 23-55) years old, and 55.26% were female. The correlation coefficient between guided and selfadministered tests was 0.37 for the T25-FWT (p=0.01), 0.54 for the SDMT (p<0.001), and 0.64 and 0.65 for the 9-HPT, in the dominant and non-dominant hands, respectively (p<0,001). Both forms of administration were concordant for the T25-FWT (95%CI: -1,49 to 1,43), the 9-HPT with dominant hand (95%CI: -5,23 to 4,09), the 9-HPT with non-dominant hand (95%CI: -7,75 to 7,14) and the SDMT (95% CI: -20,94 to 24,10).Conclusions. We provide a proof of concept related to the feasibility of the selfadministration of the T25-FWT, the 9-HPT, and the SDMT, as a tool to improve monitoring in routine clinical practice.Introducción. El deterioro neurológico en la esclerosis múltiple es variable para cada paciente y su cuantificación se dificulta con el tiempo. El Multiple Sclerosis Outcome Assessment Consortium estableció medidas clínicas sensibles, costo-efectivas y reproducibles para medir los resultados de los estudios clínicos. Sin embargo, sus valores de referencia se desconocen y, en la atención habitual, su uso no está extendido por limitaciones de tiempo y entrenamiento.Objetivo. Establecer la factibilidad de la administración autónoma de las pruebas de marcha de 25 pies, símbolos y dígitos, y clavijas y nueve hoyos en individuos sanos.Materiales y métodos. Se realizó un estudio piloto descriptivo. Se incluyeron individuos sanos entre los 18 y los 80 años. Las pruebas de Timed 25-Foot Walking Test (T25-FWT) [caminata cronometrada de 25 pies], Symbol Digit Modality Test (SDMT) [símbolos y dígitos] y Nine-Hole Peg Test (9-HPT) [clavijas y nueve agujeros] fueron administradas por un médico capacitado, quien también instruyó a los sujetos sobre la administración autónoma de las pruebas. La correlación y la concordancia entre la prueba guiada y la autónoma se evaluaron con los coeficientes de Pearson y Spearman, y el análisis gráfico de Bland-Altman.Resultados. Se incluyeron 38 voluntarios sanos. La mediana de edad fue de 36 (rango: 23-55 años) y el 55,26 % eran mujeres. El coeficiente de correlación entre la prueba de administración guiada y la autónoma fue de 0,37 para la T25-FWT (p=0,01), de 0,54 para la SDMT (p<0,001) y de 0,64 y 0,65 para la 9-HPT, en las manos dominante y no dominante, respectivamente (p<0,001). Ambas formas de administración fueron concordantes para las pruebas T25-FWT (IC95%: -1,49 a 1,43), 9-HPT con la mano dominante (IC95%: -5,23 a 4,09), 9-HPT con la mano no dominante (IC95%: -7,75 a 7,14) y SDMT (IC95%: -20,94 a 24,10).Conclusiones. Los resultados de este estudio ayudan a determinar los valores de normalidad poblacional obtenidos con las pruebas T25-FWT, 9-HPT y SDMT; además, establecen la posibilidad de practicarlas de forma autónoma
Desafío diagnóstico: PCR anidada y en tiempo real frente a un sistema de puntuación en individuos con gran riesgo de neumonía por Pneumocystis jirovecii
No full textIntroduction. Pneumocystis jirovecii is an opportunistic fungus that affects mainly people living with HIV (CD4 cell count lower than 200 cells/ml) and other immunosuppressed patients. Since P. jirovecii does not grow on routine mycological media, diagnosis of P. jirovecii pneumonia relies on indirect evidence of its presence in respiratory samples.Objectives. To associate the results of direct immunofluorescence and two molecular methods with a score to predict P. jirovecii pneumonia in patients with AIDS.Materials and methods. A prospective study was conducted with 40 patients. A respiratory sample collected before treatment was subjected to direct immunofluorescence using the Merifluor kit, to nested PCR targeting the mitochondrial large subunit ribosomal RNA, and to the VIASURE real-time PCR kit.Results. These three techniques revealed P. jirovecii in 6, 12, and 15 samples, respectively. All positive samples by direct immunofluorescence were positive by nested PCR, and all positive samples by nested PCR amplified by real-time PCR. There was a statistically significant association between the P. jirovecii pneumonia score and the molecular methods. Two patients were early diagnosed and responded well to treatment.Conclusion. Molecular methods, especially real-time PCR, are recommended for early diagnosis of P. jirovecii pneumonia in AIDS patients.Introducción. Pneumocystis jirovecii es un hongo oportunista que afecta principalmente a personas con HIV (recuento de CD4 menor de 200 células/ml) y a otros pacientes inmunosuprimidos. Como P. jirovecii no crece en los medios micológicos de rutina, el diagnóstico de neumonía por P. jirovecii se basa en la evidencia presente en muestra respiratorias.Objetivos. Asociar los resultados de la inmunofluorescencia directa y los de dos métodos moleculares con un puntaje para predecir la neumonía causada por P. jirovecii en pacientes con sida.Materiales y métodos. Se realizó un estudio prospectivo de 40 pacientes. Se recolectó una muestra respiratoria antes del inicio de tratamiento y se sometió a una prueba de inmunofluorescencia directa con el kit Merifluor, una PCR anidada para la amplificación de la subunidad larga del ribosoma mitocondrial y una PCR en tiempo real usando el kit VIASURE.Resultados. Estas tres técnicas evidenciaron la presencia de P. jirovecii en 6, 12 y 15 muestras, respectivamente. Todas las muestras positivas por inmunofluorescencia directa fueron positivas en la PCR anidada y todas las muestras positivas en la PCR anidada amplificaron por PCR en tiempo real. Se encontró una asociación estadística entre los valores de la neumonía causada por P. jirovecii y los métodos moleculares. Dos pacientes con diagnóstico temprano respondieron satisfactoriamente al tratamiento.Conclusión. Se recomiendan los métodos moleculares, especialmente la PCR en tiempo real, para el diagnóstico temprano de neumonía causada por P. jirovecii en pacientes con sida
Primer reporte de la prevalencia de Escherichia coli productora de toxina Shiga en carne molida en Quindío, Colombia
No full textIntroduction. Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) is a foodborne pathogen associated with clinical cases of diarrhea in humans. Its main virulence factors are the Shiga toxins (Stx1 and Stx2). Cattle are the main reservoir of STEC, and many outbreaks in humans have been related to the consumption of undercooked ground beef contaminated with this pathogen.Objective. To determine the prevalence of STEC in ground beef commercialized in all the butcher shops of a township in the department of Quindío and to characterize the virulence genes of the strains found.Materials and methods. Thirty ground beef samples were taken in three different times; stx genes and other STEC virulence factors (eae, ehxA, saa) were detected by multiplex PCR.Results. The overall prevalence of STEC was 33.33 % (10/30 positive samples). We isolated eight non-O157 (LEE-negative) strains with four different genetic profiles: stx2 / stx2-ehxA-saa / stx1-stx2-ehxA-saa / stx1-saa.Conclusion. This is the first report on the prevalence of STEC in ground beef in a township in the department of Quindío.Introducción. Escherichia coli productora de toxina Shiga (STEC) es un agente patógeno de origen alimentario asociado a casos clínicos de diarrea en humanos; sus principales factores de virulencia son las toxinas Shiga (Stx1 y Stx2). El principal reservorio de STEC es el ganado bovino y muchos brotes en humanos se han relacionado con el consumo de carne mal cocida contaminada con este agente patógeno.Objetivo. El objetivo de este trabajo fue determinar la prevalencia de STEC en carne molida comercializada en todas las carnicerías de un municipio del departamento del Quindío y caracterizar los genes de virulencia de las cepas encontradas.Materiales y métodos. Se tomaron 30 muestras de carne molida en tres momentos diferentes; se detectaron los genes stx y otros factores de virulencia de STEC (eae, ehxA, saa) mediante PCR Multiplex.Resultados. Los resultados mostraron una prevalencia global de STEC del 33,33 % (10/30 muestras positivas). En total se aislaron ocho cepas STEC no-O157 (LEE-negativas) con cuatro perfiles genéticos diferentes: stx2 / stx2-ehxA-saa / stx1-stx2-ehxA-saa / stx1-saa.Conclusión. Este es el primer reporte que muestra la prevalencia de STEC en carne molida en un municipio del departamento del Quindío