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Mémoire consultation publique pour le plan d'action gouvernemental en matière de lutte contre la pauvreté et l'exclusion sociale
Get PDFAfin d’enrichir les réflexions sur le prochain plan d’action gouvernemental en matière de lutte contre la pauvreté et l’exclusion sociale, nous souhaitons communiquer dans ce mémoire les voix de centaines de citoyen.nes de milieux ruraux, ayant participé de près ou de loin aux travaux du Collectif de recherche participative sur la pauvreté en milieu rural – CRPPMR. Ce plan concerne l’ensemble des québécois et québécoises aux prises avec la pauvreté ou allié.es dans la lutte contre la pauvreté et l’exclusion. Or, la pauvreté en milieu rural passe trop souvent sous silence, les mesures gouvernementales étant surtout pensées à partir des logiques et des réalités des centres urbains.
Le CRPPMR est une unité de recherche reconnue par l’UQAR. Il est présent et actif sur les territoires ruraux depuis 2013. Il est composé de membres détenant une des trois expertises suivantes : académique (aux grés des années : travail social, anthropologie, géographie, sociologie, sciences humaines appliquées); pratique (milieux communautaires et institutionnels - CISSS) et de vécus (pauvreté en milieu rural et pratiques AVEC).
Les éléments et recommandations présentés dans ce mémoire sont tirés des travaux des membres du Collectif ou associés au Collectif dans le cadre d’une communauté de pratique soutenant des projets de recherche citoyens et praticiens. Ces travaux prennent la forme de croisements de savoirs, de caractérisation des communautés ainsi que de recherches (recherches qualitatives descriptives-interprétatives, études de cas, recherches-action, recherches-actions participatives). Ces travaux ont été essentiellement réalisés de 2013 jusqu’à aujourd’hui (2023). Et bien que couvrant principalement les territoires de Chaudière-Appalaches (un triangle entre L’islet, Lotbinière et Beauce-Sartigan), ils touchent également les territoires du Bas du Fleuve, du centre du Québec, de Charlevoix, de la Côte de Beaupré, de la Côte-Nord, de l’Estrie, du Lac St-Jean et de l’Abitibi
Impacts subcellulaires d'un déversement de bitumes dilués selon la méthode d'intervention sur deux espèces commerciales majeures du Québec, Mytilus edulis et Homarus americanus
Get PDFRÉSUMÉ : L'extraction des pétroles non classiques de l'Alberta au Canada ne cesse de croître et entraîne une accélération de son exportation par oléoducs, train ou encore bateau. L'ajout de condensat pour le rendre transportable, en fait un pétrole particulier, le bitume dilué (dilbit). Les deux principaux bitumes dilués exportés d'Alberta sont l'Access Western Blend (AWB) et le Cold Lake Blend (CLB). Les risques de déversements ne peuvent être niés et doivent être étudiés afin de pouvoir sélectionner la meilleure méthode d'intervention. Le fleuve du Saint-Laurent, mis en danger par le rapprochement des réseaux d'oléoducs et le passage du transport maritime, regorge d'espèces de grandes importances commerciales pour le Québec, dont la moule bleue, Mytilus edulis, et le homard américain, Homarus americanus. Ainsi, connaître les impacts à court et long termes est fondamental pour la gestion des pêches commerciales. La densité élevée de ce pétrole non classique soulève la question de l'efficacité de dispersants chimiques, méthode d'intervention autorisée au Canada, en plus du débat quant à l'augmentation possible de la toxicité de la nappe de pétrole dispersé par cette technique. Des expériences en laboratoires ont été réalisées sur les deux bitumes dilués les plus transportés, afin de vérifier l'efficacité de deux dispersants chimiques, Corexit® 9500A (CXT) et Finasol® OSR52 (FIN), selon une large gamme de températures et de salinités. On a constaté que le FIN est plus efficace sur les dilbits que le CXT dans les conditions de basses températures et salinités, mais que la taille des particules est plus grande lorsqu'elle est dispersée avec FIN que CXT. Or, la taille des gouttelettes qui vont en découler détermine la vitesse de dilution de la nappe de pétrole, de sa dégradation naturelle, mais également de sa filtration par les organismes marins. De l'eau de mer a été contaminée, en laboratoire par des bitumes dilués, avec ajout ou non de dispersant chimique et utilisée pour exposer des moules. Afin d'analyser les impacts propres aux dilbits, des tests identiques ont été effectués avec un pétrole classique importé au Canada, l'Heidrun (HEI). Les impacts physiologiques, subcellulaires et génotoxiques, ainsi que les concentrations accumulées dans les tissus, ont été mesurés tout au long de trois saisons (printemps, automne et hiver). Notre étude démontre une bioaccumulation plus importante dans les moules exposées au HEI par rapport au dilbit, surtout lorsque le dispersant chimique est utilisé. Des déstabilisations de la membrane lysosomale, une diminution de la viabilité cellulaire, ainsi qu'une augmentation des dommages à l'ADN ont été mesurées. L'apport d'un indice intégré de réponses des biomarqueurs (IBR) permet de mettre en évidence des impacts globalement plus importants lors d'une dispersion chimique du bitume dilué CLB en été, entraînant même une importante mortalité. Les dommages mesurés sur l'ADN soulèvent la question d'impact à long terme sur la moule bleue, augmentant le préjudice pour les mytiliculteurs en cas de contamination. Une exposition des moules bleues, suivie d'une période de dépuration, apporte de nouvelles données sur la capacité de ces organismes filtreurs à éliminer le contaminant et à réparer les dommages. La vitesse de dépuration varie en fonction des composés, mais semble assez rapide avec les HAP (< 48 h) après une exposition de 8 jours. Cependant, les concentrations d'autres composés mesurés dans les tissus des moules bleues sont toujours supérieures à celles des moules contrôles, même après 4 jours dans des eaux propres. Cependant, ce temps est suffisant afin de revenir aux valeurs de moules non exposées pour la dégradation de la membrane lysosomale, la viabilité cellulaire et, même, le niveau de dommages à l'ADN. Toutes ces analyses biologiques ont été rendues possibles grâce à des analyses sur l'hémolymphe de la moule, permettant un suivi des mêmes individus. Les impacts d'un dilbit ont été comparés avec un produit pétrolier léger à risque pour les homards américains des Îles-de-la-Madele ne, le diesel marin. Une exposition au CLB sur le homard américain démontre que, comme chez la moule bleue, des impacts sur les membranes lysosomales et la viabilité cellulaire sont mesurés après une exposition au bitume dilué, ainsi qu'une induction de l'activité enzymatique EROD (ethoxyresorufin O-deethylase). Chez les homards, un retour au niveau basal des biomarqueurs a été mesuré après plusieurs jours, voire plusieurs semaines dans des eaux propres. De plus, des concentrations encore importantes d'hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) ont été mesurées dans la chair des homards après 3 mois de maintien en eau propre, ainsi que dans les œufs, interrogeant sur un impact sur la génération suivante. -- Mot(s) clé(s) en français : Bitume dilué, Dispersant chimique, Mytilus edulis, Homarus americanus, Bioaccumulation, Hydrocarbures, Effets subcellulaires, Dommage à l'ADN, Dépuration, Capacité de récupération. --
ABSTRACT : The extraction of unconventional oils from Alberta, Canada, continues to grow, accelerating its export by pipeline, train, or boat. The risks of spills during oil transportation cannot be denied and must be studied to understand the best intervention strategy. The St. Lawrence River, endangered by the proximity of pipeline networks and the passage of maritime transport, abounds in species of great commercial importance for Quebec, including the blue mussel, Mytilus edulis, and the American lobster, Homarus americanus. Consequently, awareness of the short- and long-term impacts of a potential spill is fundamental to commercial fishery management. In case of a spill of unconventional Albertan oil, it is important to be able to rapidly employ effective clean-up strategies. However, condensate is added to these unconventional oils to facilitate their transportation; the result of the mixing of the two is known as diluted bitumen (dilbit) and possesses unique chemical properties. The high density of diluted bitumen raises the question of the effectiveness of chemical dispersants (a method of intervention authorized in Canada), and the possible increase in the toxicity of oil dispersed by this technique is subject to debate. To fill these gaps in the knowledge, our laboratory experiments evaluated the most exported Albertan diluted bitumen: Access Western Blend (AWB) and Cold Lake Bland (CLB). Experiments allowed to verify the effectiveness of two chemical dispersants, Corexit® 9500A (CXT) and Finasol® OSR52 (FIN), over a wide range of temperatures and salinities. We found that FIN is more effective on dilbits than CXT at low temperatures and salinities, despite larger oil particle size after dispersion with FIN. The size of the resulting droplets determines the speed of dilution of the oil slick, its natural degradation, and its filtration by marine organisms. In the laboratory, we contaminated seawater with diluted bitumen. We then exposed mussels to this contaminated water, with or without the addition of chemical dispersant. Identical tests carried out with a conventional oil imported into Canada (Heidrun, HEI) allowed to identify the specific impacts of dilbits. For three seasons (spring, autumn, and winter), we measured the diluted bitumen and chemical dispersant concentrations accumulated in the tissues, as well as the physiological, subcellular, and genotoxic impacts. Our study demonstrates greater bioaccumulation in mussels exposed to HEI than those exposed to dilbit, especially when using chemical dispersant. We measured destabilization of the lysosomal membrane, decreased cell viability, and increased DNA damage. The contribution of an integrated index of biomarker responses (IBR) makes it possible to highlight the consequences of chemical dispersion of CLB diluted bitumen in summer, which even results in significant mortality. The measured DNA damage raises the question of long-term harm to the blue mussel, increasing the risk to mussel farm in the event of contamination. Blue mussels' exposure to dilbit, followed by a period of depuration, provides new data on the ability of these filter-feeding organisms to extract the contaminant and repair the damage. The depuration rate varies according to the compounds but seems rapid for polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs; < 48 h) after an exposure of eight days. However, the concentrations of other compounds measured in the tissues of exposed blue mussels are always higher than in our control mussels, even after four days in clean water. Moreover, this time period typically suffices to return to unexposed mussel values for lysosomal membrane damage, cell viability, and level of DNA damage. We obtained this biological data by analysing mussels' hemolymph, which allowed to follow-up on individuals' health. American lobsters' exposure to CLB demonstrates that, as in blue mussels, impacts on lysosomal membranes and cell viability are noticeable after exposure to diluted bitumen. These results are validated by observing EROD (ethoxyresorufin-o-deethylase) activit in the exposed individuals. In lobsters, biomarkers recovery was measured after several days or several weeks in clean water. High concentrations of PAHs were measured in the flesh and eggs of lobsters three months after their exposure to CLB, raising questions about impacts on their reproductive capacities and the health of future generations. -- Mot(s) clé(s) en anglais : Diluted bitumen, Chemical dispersant, Mytilus edulis, Homarus americanus, Bioaccumulation, Hydrocarbons, Subcellular effects, DNA damage, Depuration, Recovery
Le leadership clinique des infirmières de la relève au Québec et l'influence du soutien organisationnel
Get PDF« Contexte et objectifs de recherche. Le leadership clinique (LC) réfère à l'aptitude à orienter, soutenir, coordonner pour accomplir les objectifs cliniques partagés par l'équipe de soins et le patient. Il est façonné par les ressources personnelles et varie en fonction de l'engagement des infirmières envers leur organisation. Ce type de leadership est associé à des éléments favorables autant chez les patients, qu'auprès des équipes de soins. Les études se contredisent toutefois quant à la capacité des infirmières de la relève d'exercer leur leadership clinique. Cette recherche s'est donc intéressée à 1) Mesurer le niveau de LC chez les infirmières de la relève; 2) Évaluer le soutien organisationnel offert aux infirmières de la relève dans l'exercice de leur rôle professionnel et 3) Vérifier l'existence d'un lien entre le LC des infirmières et le soutien organisationnel des infirmières de la relève. Méthode. Un devis quantitatif descriptif a permis de questionner 78 infirmières dans le cadre d'un questionnaire en ligne. Les 25 questions du Clinical Leadership Survey de Patrick et al. (2011) ont permis de documenter cinq dimensions liées au leadership clinique soit le fait de : 1) questionner le processus; 2) inspirer une vision à partager; 3) permettre aux autres d'agir; 4) donner l'exemple et 5) encourager le travail fait avec cœur. Pour mesurer le soutien organisationnel perçu (SOP), l'Organizational Environment Assessment comportant six questions a été utilisé (Tourangeau & McGilton, 2004). Résultats et discussion. Le score global du LC (M = 59,9/75, ÉT = 5,8) indique que les infirmières de la relève se perçoivent comme des leaders dans leur pratique clinique au quotidien. En général, les participant.es de l'étude percevaient leur LC plutôt élevé. La dimension 3 « Permettre aux autres d'agir » (M = 13,3/15, ÉT = 1,3) est la dimension la plus fréquemment réalisée comparativement à celle « Encourager le travail fait avec cœur » qui réfère à la reconnaissance de l'infirmière des valeurs liées à la profession infirmière chez ses collègues, la capacité à leur fournir des rétroactions positives et célébrer les réussites (M = 10,1/15, ÉT = 2,7) qui était plutôt faible. Pour ce qui est du SOP dans l'environnement de travail le résultat était plutôt moyen (M = 15,8/24, ÉT = 3,8). L'analyse entre les scores globaux de LC et ceux du SOP présente une corrélation modérée (r = 0,266, p = 0,019). Conclusion. Les résultats mettent de l'avant que les infirmières de la relève exercent leur leadership clinique dans un environnement considéré soutenant. -- Mot(s) clé(s) en français : Leadership clinique, infirmière de la relève, relève infirmière, leader clinique, soutien organisationnel perçu. »--
« Context and research objectives. Clinical leadership (CL) refers to the ability to guide, support, and coordinate with others to achieve the clinical goals shared by the healthcare team and the patient. It is shaped by personal resources and varies according to nurses' commitment to their organization. This type of leadership is associated with positive elements for both users and healthcare teams. However, studies contradict each other regarding the ability of new-generation nurses to exercise clinical leadership. Therefore, the present research was interested in: 1) Measuring the level of CL of new-generation nurses; 2) Assess the organizational support available to new nurses in their professional role and 3) Verifying the existence of a link between the CL of nurses and their perceived organizational support. Method. A descriptive quantitative design was used to survey 78 nurses through an online questionnaire. The 25 questions of the Clinical Leadership Survey of Patrick et al. (2011) were used to document five dimensions related to clinical leadership: 1) challenging the process; 2) inspiring a shared vision; 3) enabling others to act; 4) modeling the way and 5) encouraging the heart. To measure the perceived organizational support (POS), the Organizational Environment Assessment questionnaire, which includes six questions, was used (Tourangeau & McGilton, 2004). Results and discussion. The overall CL score (M = 59.9/75, SD = 5.8) indicates that the new-generation nurses perceive themselves as leaders in their daily clinical practice. Overall, the participants in the study perceived their CL as being relatively high. Dimension 3, "enable others to act" (M = 13.3/15, SD = 1.3), was the goal most commonly achieved, while "encourage the heart" (M = 10.1/15, SD = 2.7), the dimension referring to nurses' recognition of nursing values among their colleagues and their ability to provide them with positive feedback and celebrate successes, had a rather low score. As for the POS in the work environment, the result was relatively average (M = 15.8/24, SD = 3.8). The analysis between the overall CL scores and the POS scores showed moderate correlation (r = 0.266, p = .019). Conclusion. The results indicate that new-generation nurses are exercising clinical leadership in an environment that is considered supportive. -- Mot(s) clé(s) en anglais : Clinical leadership, nursing clinical leader, nursing clinical leadership, staff nurse clinical leadership, perceived organizational support, new nurses, new graduate nurses. »-
La relation entre le télétravail, la satisfaction au travail et l'engagement organisationnel des employés de la fonction publique québécoise
Get PDFRÉSUMÉ : La transition soudaine des organisations vers le télétravail causée par la pandémie de la COVID-19 en 2020 a chamboulé le quotidien de nombreux employés et gestionnaires, qui ont dû adapter rapidement les moyens d'exercer leur travail. Cette nouvelle organisation du travail, à distance, bouscule des connaissances pourtant déjà établies en matière de gestion des personnes. L'objectif principal de cette étude est d'examiner les liens entre le télétravail, la satisfaction au travail et l'engagement organisationnel chez les employés de la fonction publique québécoise. Pour s'y faire, une enquête par questionnaire a été réalisée à l'hiver 2022 auprès d'un échantillon de 2986 professionnels de la fonction publique québécoise. Les données ont été recueillies alors que la consigne du télétravail obligatoire était en vigueur pour ceux dont les tâches peuvent se réaliser en télétravail. Les résultats suggèrent que le télétravail n'affecte pas négativement la satisfaction au travail et l'engagement organisationnel des employés. Ils montrent également que les employées de genre féminin semblent plus engagées et plus satisfaites au travail que leurs homologues masculins ou non binaires dans un contexte de télétravail. Cette recherche contribue aux connaissances scientifiques en se penchant sur une réalité toute nouvelle, soit celle d'un télétravail imposé en raison d'une pandémie, et en ciblant une population d'employés ayant expérimenté le télétravail pour une première fois. Les résultats permettront aux organisations et aux gestionnaires d'adapter les pratiques de gestion et de dépasser les modes traditionnels d'organisation du travail qui ont longtemps dominé dans la fonction publique. -- Mot(s) clé(s) en français : Mots-clés : télétravail, satisfaction au travail, engagement organisationnel, secteur public, gestion, COVID-19. --
ABSTRACT : The sudden transition of organizations to telecommuting caused by the COVID-19 pandemic in 2020 has turned the daily lives of many employees and managers upside down, as they have had to quickly adapt the ways they do their work. This new organization of work, at a distance, challenges already established knowledge in terms of people management. The main objective of this study is to examine the links between telework, job satisfaction and organizational commitment among employees of the Quebec public service. To do so, a questionnaire survey was conducted in the winter of 2022 with a sample of 2986 professionals in the Quebec public service. The data was collected while the mandatory telework requirement was in effect for those whose work can be done at home. The results suggest that telework does not negatively affect employees' job satisfaction and organizational commitment. They also show that female employees appear to be more engaged and satisfied at work than their male or non-binary counterparts in a telecommuting setting. This research contributes to scientific knowledge by examining a brand new reality, that of pandemic imposed telework, and by targeting a population of employees who have experienced telework for the first time. The results will enable organizations and managers to adapt management practices and move beyond the traditional modes of work organization that have long dominated the public service. -- Mot(s) clé(s) en anglais : Keywords: telework, job satisfaction, organizational commitment, public sector, management, COVID-19
Étude de l'effet de toxines sur le comportement valvaire de bivalves
Get PDFRÉSUMÉ : Les fermes aquacoles étant situées sur les côtes en milieu ouvert, elles peuvent être exposées à l'arrivée de toxines présentes dans l'eau de mer. Ces toxines peuvent entrainer la fermeture de la récolte des organismes cultivés et donc des pertes économiques pour les aquaculteurs. Une solution pour minimiser ces pertes économiques serait de détecter l'arrivée de ces toxines avant que les seuils critiques pour la fermeture de la récolte des bivalves ne soient atteints. Ainsi les aquaculteurs pourraient prendre les mesures adaptées pour continuer de commercialiser leur production comme la placer en vivier et éviter ces pertes économiques. Deux types de toxines ont été étudiées au cours de ce doctorat. La première était une substance synthétique, le dispersant d'hydrocarbures Corexit 1500, utilisé lors d'évènements tel que des marées noires dans le but de disperser les nappes d'hydrocarbures. La seconde toxine était d'origine naturelle et correspond à un groupe de composés toxiques produits par le dinoflagellé Alexandrium catenella agissant comme des toxines paralysantes (Paralytic Shellfish Toxins). L'hypothèse de ce doctorat était que les changements de comportement valvaire des bivalves pourraient être utilisés pour détecter l'arrivée de ces toxines dans les fermes aquacoles. Pour observer et enregistrer le comportement des bivalves et ainsi détecter leurs changements de comportements, la valvométrie a été utilisée. Cette technique consiste à mesurer l'ouverture d'un bivalve grâce à un capteur et un aimant placé sur chacune des valves. Le capteur est relié au boitier du valvomètre permettant d'enregistrer l'écartement entre les valves à haute fréquence et ainsi enregistrer le comportement valvaire au cours du temps et en perturbant le comportement du bivalve le moins possible, celle-ci étant non-invasive. La valvométrie permet donc également d'observer d'éventuels changements de comportement. L'enregistrement de données à haute fréquence générant une très grande quantité de données, l'automatisation du traitement de celles-ci a été obligatoire. Dans ce but, un programme informatique a été développé pour compiler les données, les convertir de mV à une amplitude d'ouverture, produire des graphiques permettant de visualiser les comportements enregistrés et finalement de calculer des indicateurs comportementaux décrivant les comportements enregistrés pour les étudier. Pour étudier la possibilité d'utiliser le comportement valvaire des bivalves pour la détection de toxines, la première étape a été de déterminer quelle espèce est la plus adaptée. Pour cela, la moule bleue M. edulis et le pétoncle géant P. magellanicus ont été comparés lors d'une exposition au Corexit 1500. Les résultats obtenus montrent que contrairement au pétoncle la moule était capable de s'isoler du milieu extérieur, ce qui lui donne une meilleure survie et offre un changement de comportement facile à détecter. Cette espèce est donc plus adaptée à la détection de toxines. L'étape suivant fut de déterminer l'effet des deux toxines étudiées sur le comportement valvaire. Dans le cas de la substance synthétique, Corexit 1500, lors d'une exposition il a été observé qu'au-dessus d'une concentration seuil la moule se ferme tant que la toxine est présente dans son environnement, révélant ainsi la présence de la toxine lors d'un suivi. Dans le cas d'une exposition à A. catenella, au contraire, il a été observé que les moules restaient plus ouvertes que le comportement classique d'une moule révélant ainsi une paralysie occasionnée par la toxine. Cette paralysie a pu être observée dès 30 µg STXeq 100g-1 (STXeq comprenant la saxitoxine et ses analogues) lors d'une exposition à une eau naturelle contaminée par cette algue toxique. Lors d'une exposition régulière à A. catenella, une résistance pourrait être acquise par la moule. Pour écarter cette hypothèse, une comparaison entre deux populations de moules, l'une régulièrement intoxiquée et l'autre rarement, a été effectuée. Les résultats obtenus montrent que chez la moule cette résistance n'est pas dévelop ée. Un système de détection utilisant le comportement des moules pourrait donc être utilisé y compris en zone régulièrement exposée à A. catenella. Finalement, l'étude de la dépuration de la moule après intoxication par A. catenella a mis en évidence un fort allongement de la dépuration en absence de nutrition comme cela pourrait être le cas lors d'un isolement en vivier confortant l'intérêt de la détection précoce des toxines. Les résultats obtenus valident la possibilité d'utiliser le comportement valvaire pour la détection précoce de toxines cela permettant de détecter l'arrivée des toxines suffisamment tôt pour laisser un délai aux aquaculteurs de prendre les mesures adaptées et commercialiser leur production. -- Mot(s) clé(s) en français : Mytilus edulis, Placopecten magellanicus, Dispersant d'hydrocarbures, Valvométrie, comportement valvaire, Saxitoxine, Toxine paralysante, Suivis biologiques. --
ABSTRACT : Aquaculture farms being situated on the coast in open environments, they are sometimes exposed to toxins present in sea water. These toxins can induce the harvesting closure of the cultivated organisms and economic losses for the producers. A solution to minimize the economic losses could be to detect these toxins before they reach the harvesting closure threshold. Thus, the producers could take the appropriates measures to continue the production commercialization and avoid the economical lost. Two toxin types were studied during this PhD. The first was a synthetic substance, the oil dispersant Corexit 1500, used during events like oil spill. The second toxin, of natural origin, is produced by the dinoflagellate Alexandrium catenella belong to a group of toxic compounds, acting as paralytic toxins (Paralytic Selfish Toxins). The hypotheses of this PhD were that the gaping behaviour changes could be used to detect the toxin arrival on the aquaculture farms. To observe and record the bivalve behaviour and detect changes, valvometry was used. This technique consists in measure the spacing between bivalve valves with a sensor and a magnet glued on each valve. The sensor is linked to the valvometer to record the space between the valves with high frequency and record the gaping behaviour over time without perturbation of the bivalve behaviour, this method being non-invasive. Thus, valvometry also permits to observe behavioral changes. The high frequency recording generates a very high amount of data. Thus, the automatization of the data treatment is necessary. In this way, a computer program was developed to compilate data, convert from to mV to opening amplitude, produce graphs to visualize the recorded behaviours and finally describe the recorded behaviour to study them. To study the possibility of using bivalve gaping behaviours for toxin detection, the first step was to determine the species the most adapted. In this objective, the response of the blue mussel Mytilus edulis and the giant scallop Placopecten magellanicus was compared during an exposure to Corexit 1500. The results showed that contrary to the scallop, the mussel was able to isolate itself from the outside environment, thus giving a better surviving capacity and offer a gaping behaviour change easily detected. Thus, this specie is the most adapted for toxin detection. The next step was to determine the impact of the two toxins on the gaping behaviour in mussels. During an exposure to Corexit 1500, a valve closure was observed when the concentration was higher than a threshold and the mussel stayed closed as long as the toxin was present, revealing the presence of the toxin during a monitoring. In contrast, an exposure to A. catenella resulted in mussels staying more opened than the classic mussel behaviour, indicating a paralysis induced by the toxin. This paralysis was observed at minimum concentration of 30 µg STXeq 100g-1 during an exposure to natural seawater contaminated by this toxic alga. During a long A. catenella exposure, a resistance could be acquired by mussels. To rule out this hypothesis, a comparison of two mussel populations, one often intoxicated and the other rarely, was made. The obtained results show that the mussel doesn't develop this resistance. Thus, an early warning system using the mussel gaping behaviour could be used evens in area often exposed to A. catenella. Finally, the study of the mussel depuration after an A. catenella intoxication showed a long prolongation of the depuration in absence of feeding like could be observed if mussels are isolated in holding tanks, confirming the usefulness of the early detection of toxins. The obtained results validate the possibility of using the gaping behaviour for the early detection of toxins, gallowing mussel farmers to detect toxin arrival early enough to give time to take appropriate measures and continue their product commercialization. -- Mot(s) clé(s) en anglais : Mytilus edulis, Placopecten magellanicus, Oil dispersant, Valvometry, Gaping behaviour, Saxitoxin, Paralyti toxin, Biomonitoring
Une approche de découverte des diagrammes de classes UML par l'apprentissage profond
Get PDFRÉSUMÉ : L'ingénierie logicielle a élaboré des outils afin de rationaliser le processus de développement d'une application informatique. Parmi ceux-ci, l'architecture dirigée par les modèles propose de passer des exigences écrites en langage naturel dans un cahier des charges au code de l'application en passant par deux modèles intermédiaires, un modèle indépendant de la plateforme puis un modèle dépendant de la plateforme. Puisque les modèles et le code sont écrits en langage semi-formel, il est possible de passer de l'un à l'autre de manière automatique, ce qui rend le processus automatisable sur les trois quarts de sa longueur. Reste la première étape qui produit un modèle indépendant de plateforme à partir d'un cahier des charges et qui n'est pas automatisable en l'état actuel du fait de la complexité du langage naturel. Nous faisons l'hypothèse que l'utilisation de techniques de l'apprentissage profond développées dans le cadre du traitement automatique des langues nous permette d'envisager l'automatisation de cette étape et de produire un diagramme de classes qui est un modèle indépendant de plateforme courant. Le traitement automatique des langues est constitué d'un ensemble de tâches dont certaines peuvent nous aider à valider notre hypothèse. Parmi celles-ci, nous pensons que la détection d'entités peut nous aider à identifier les concepts clés du diagramme de classes, que la classification de relations peut nous aider à identifier les liens entre les concepts et que la résolution de coréférences peut nous aider à rassembler l'ensemble des informations relatives à un concept. Nous proposons un modèle qui résout conjointement les trois tâches et dont les résultats doivent nous permettre d'élaborer le diagramme. Nous proposons également un jeu de données annoté pour résoudre ces tâches dans le contexte de la transformation de cahiers des charges en diagramme de classe, ce qui n'existait pas encore. Notre modèle composé d'une couche d'encodage de type BERT et trois couches de décodage de type réseau à propagation avant permet de produire un diagramme de classe simple certes imparfait, mais cohérent malgré un jeu de données encore petit, ce qui valide la démarche et présente une première série de résultats encourageante. -- Mot(s) clé(s) en français : Ingénierie logicielle, Cahier des charges, Diagramme de classes, Apprentissage profond, Réseaux de neurones, Modèles, Détection d'entités, Résolution de coréférences, Classification de relations. --
ABSTRACT : Software engineering has developed tools to streamline the process of developing an IT application. Among these, the model-driven architecture proposes going from requirements written in natural language in a specification to the application code via two intermediate models, a platform-independent model and then a platform-specific model. Since the models and code are written in a semi-formal language, it is possible to switch between them automatically, making the process automatable over three-quarters of its length. The first step which creates a platform-independent model based on specifications cannot be automated in the current state because of the complexity of natural language. We hypothesize that the use of deep learning techniques developed within the framework of automatic language processing allows us to consider the automation of this step and to produce a class diagram. Automatic language processing consists of tasks, some of which can help us validate our hypothesis. We believe that entity detection can help us identify key concepts in the class diagram, that relation classification can help us identify links between concepts, and that coreference resolution can help us gather all the information relating to a concept. We propose a model that jointly resolves the three tasks, which should allow us to construct the diagram. We also provide an annotated dataset to solve these tasks in the context of transforming specifications into class diagrams. Our model, composed of a BERT-type encoding layer and three feed-forward-neural-network-type decoding layers makes it possible to produce a simple class diagram that is imperfect but consistent despite a still small data set, which validates the approach and presents a first series of encouraging results. -- Mot(s) clé(s) en anglais : Software engineering, Specifications, Class diagram, Deep learning, Neural network, Model, Entity extraction, Coreference resolution, Relation classification
Enrichissement microbien de consortiums nitrifiants issus de l'estuaire du Saint-Laurent, caractérisation de leur activité nitrifiante et de leur diversité taxonomique
Get PDFRÉSUMÉ : La nitrification est un processus microbien essentiel du cycle de l'azote qui convertit l'azote ammoniacal en nitrate. Ce processus biologique est fréquemment utilisé dans le domaine des biotechnologies industrielles pour éliminer l'ammoniaque présent dans différents systèmes (ex : aquariophilie, traitement des eaux usées). Les consortiums microbiens utilisés pour ces applications, souvent d'origine terrestre ou de milieux aquatiques dulcicoles, présentent toutefois une faible activité nitrifiante à basse température et en milieu salé. L'objectif principal de ce projet de maîtrise est de développer un consortium nitrifiant performant à basse température (10°C) et en eau salée (25 psu) à partir du microbiome de l'estuaire du Saint-Laurent. Les hypothèses sont (1) que l'estuaire du Saint-Laurent possède des souches nitrifiantes fonctionnelles pouvant être performantes à 10°C et 25 psu et (2) que l'augmentation de l'abondance relative des bactéries nitrifiantes, par enrichissement sélectif, induira une activité nitrifiante accrue des consortiums. L'efficacité de la première étape d'enrichissement a été démontrée en étudiant la diversité microbienne des consortiums par métabarcodage (ADNr 16S) avant et après l'enrichissement. Deux genres nitrifiants, Nitrosomonas et Candidatus Nitrotoga, sont ressortis comme étant les principaux nitrifiants après enrichissement dans tous les échantillons de sédiments et d'eau de mer (abondance relative médiane de 10,5% et 11,2%, respectivement). Après les deux dernières étapes d'enrichissement, le consortium (S2F) a atteint un taux de nitrification 2 fois plus élevé qu'un homologue commercial à 10°C et 25 psu. Avec une telle performance, le consortium S2F présente un potentiel commercial intéressant pour la nitrification en eau salée et froide. De plus, cette étude constitue un exemple mettant en évidence le potentiel de valorisation de la biomasse microbienne de l'estuaire du Saint-Laurent dans le domaine des biotechnologies marines et industrielles. -- Mot(s) clé(s) en français : Enrichissement microbien, métabarcodage, nitrification, cycle de l'azote, bactéries oxydant l'ammoniac, archées oxydant l'ammoniac, bactéries oxydant le nitrite, basse température, milieu marin, estuaire du Saint-Laurent. --
ABSTRACT : Nitrification is an essential microbial process from the nitrogen cycle that converts ammonia into nitrate. This biological process is frequently used in the field of industrial biotechnology to remove ammonia from various systems (e.g. aquariums, wastewater treatment plants). The microbial consortia used for these applications, often of terrestrial or freshwater origin, present however a weak nitrification activity at low temperatures and in salty environments. To overcome this limitation, natural consortia evolving in the cold marine environment of the St. Lawrence Estuary (Quebec, Canada) were targeted to then increase their overall nitrifying activity by microbial enrichment in the laboratory. The main objective of this M. Sc. project was to develop a nitrifying consortium from the microbiome of the St. Lawrence Estuary that performs well in salty (25 psu) and low temperature (10°C) waters. It was hypothesized (1) that the St. Lawrence Estuary harbors functional nitrifying strains that can perform well at 10°C and 25 psu and (2) that increasing the relative abundance of the nitrifying bacteria by selective enrichment will induce an increased nitrifying activity of the consortium. The effectiveness of the first enrichment step was demonstrated by studying the microbial diversity of the consortia by metabarcoding (16S rDNA) before and after enrichment. Two nitrifying genera, Nitrosomonas and Candidatus Nitrotoga, emerged as the main nitrifiers after enrichment in all sediment and seawater samples (median relative abundance of 10.5% and 11.2%, respectively). After the last two steps of the enrichment strategy, the S2F consortium achieved a 2-fold higher nitrification rate than a commercial counterpart at 10°C and 25 psu. With such a high performance, the S2F consortium exhibited an interesting commercial potential for nitrification in cold and salty waters. In addition, this study is an example of the potential for valorization of the microbial biomass of the St. Lawrence Estuary in the field of marine and industrial biotechnologies. -- Mot(s) clé(s) en anglais : Microbial enrichment, metabarcoding, nitrification, nitrogen cycle, ammonia-oxidizing bacteria, ammonia-oxidizing archaea, nitrite-oxidizing bacteria, low temperature, marine environment, St. Lawrence Estuary
Effet d'un stress thermique chronique et de la sélection génétique sur la réponse métabolique et transcriptomique d'ombles de fontaine juvéniles (Salvelinus fontinalis)
Get PDFRÉSUMÉ : Plusieurs espèces de salmonidés sont particulièrement vulnérables aux changements de températures aigus et chroniques causés par le réchauffement climatique. L'omble de fontaine (Salvelinus fontinalis), espèce à forte valeur économique, est une espèce d'eau tempérée présente dans une multitude de cours d'eau en Amérique du Nord et elle est considérablement touchée par la hausse de la température actuelle. Plusieurs souches d'ombles de fontaines existent au Québec et sont utilisées en aquaculture. Certaines ont été soumises à une sélection génétique rigoureuse afin de promouvoir leur croissance, de retarder leur maturation sexuelle et ainsi d'améliorer le rendement des aquiculteurs. Dans le cadre de notre recherche, nous avons employé des ombles de fontaines provenant d'une lignée sous sélection dirigée et d'une lignée contrôle afin de déterminer si une hausse chronique de la température de l'eau les impacterait de la même manière. Pour ce faire, nous avons soumis des individus à différentes températures (15, 17 et 19 °C) pendant 35 jours, puis nous avons mesuré la variation de certains paramètres de croissance dont le taux de croissance spécifique en poids et longueur, la variation du facteur de condition Fulton et l'indice gonado-somatique. Nos résultats indiquent que la température n'affecte que le taux de croissance en longueur et le facteur de condition Fulton. Nous avons également étudié la réponse métabolique grâce à un système de respirométrie à débit intermittent en quantifiant les taux métaboliques standard (SMR) et maximal (MMR) ainsi que le registre aérobie (AS). Suite à l'exposition aux températures expérimentales, nous avons observé des différences au niveau du MMR et de AS qui ont augmenté à 17°C et chuté à 19°C. Nous avons aussi noté des différences du SMR en fonction de la lignée des individus. Nous avons finalement mesuré l'expression de divers gènes impliqués dans la réponse au stress, la croissance et le métabolisme aérobie. Nos résultats ont révélé des effets de la température au niveau de l'expression relative de Cox, hsp90, IGF1r, Caspase 9 et SOD. L'analyse trancriptomique a également montré des effets spécifiques à la lignée pour l'expression de IGF1, IGF1r, Caspase 9, Catalase, LDH, Myogénine, SOD et PK. Globalement, nos résultats suggèrent que la souche sous sélection répond mieux à une hausse de la température du milieu et que même en présence de stress thermique, elle conserve ses caractéristiques attrayantes pour les producteurs. -- Mot(s) clé(s) en français : Salvelinus fontinalis, écophysiologie, stress thermique chronique, expression génétique, respirométrie, métabolisme, croissance, souches. --
ABSTRACT : Many salmonid species are particularly susceptible to chronic and acute temperature changes caused by global warming. The brook charr (Salvelinus fontinalis) is a salmonid species present in many water bodies across North America that has considerable economic impact and has been shown to be vulnerable to the warming of ecosystems it inhabits. In Quebec, different strains of brook charr are used in the aquaculture industry. Some of these strains have undergone artificial selection programs to delay sexual maturation and enhance growth in order to increase production yields. Our research aimed to study the differences in metabolic and transcriptomic responses of a chronic heat stress on a control and selected strain of brook trout. We exposed individuals at different temperatures for 35 days (15, 17 and 19 °C) and then measured the variation of some growth parameters such as mass and length growth rates, the Fulton condition factor and the gonado-somatic index. Our results indicate that temperature influenced the growth rate (in length) and the Fulton condition factor. We then evaluated the metabolic response by quantifying the standard (SMR) and maximal metabolic rate (MMR) along with the aerobic scope (AS) by using an intermittent-flow respirometry system. Temperature affected MMR and AS; both were higher in fish reared at 17°C, while they decreased in fish maintained at at 19°C. SMR was only affected by the strain. Finally, we evaluated the relative expression of genes involved in the stress response, aerobic metabolism, and growth. Rearing temperature had an effect on the relative expression of Cox, hsp90, IGF1r, Caspase 9 et SOD. Our analysis also showed that the strain influenced the relative expression of de IGF1, IGF1r, Caspase 9, Catalase, LDH, Myogénine, SOD et PK. Globally, our results show that the selected strain kept its attributes, even when exposed to potentially stressful temperatures. This strain was also able to cope more effectively with the oxidative stress caused by the rise in temperature. -- Mot(s) clé(s) en anglais : Salvelinus fontinalis, ecophysiology, chronic thermic stress, gene expression, respirometry, metabolism, growth, strain
