Repozytorium UW
Not a member yet
2396 research outputs found
Sort by
Light diffraction in three-dimensional structures fabricated with two-photon 3D photolitography
Get PDFThe Lost Link: The Role of the Moscow Linguistic Circle in Establishing Modern Literary Studies
No full textZasadniczym przedmiotem rozprawy są dzieje Moskiewskiego Koła Lingwistycznego (dalej: MKL), którego członkowie od 1915 roku stawiali fundamenty pod budowę nowoczesnego, zorientowanego językoznawczo literaturoznawstwa teoretycznego. Celem pracy nie jest jednak wyłącznie analiza koncepcji poszczególnych uczonych związanych z Kołem, lecz także prześledzenie procesu konstytuowania się teorii literatury jako autonomicznej dyscypliny literaturoznawczej, mającej określony przedmiot badań, dysponującej odpowiednimi narzędziami oraz terminologią. Równie ważne zadanie, które postawiła sobie autorka rozprawy, to wskazanie, w jaki sposób niektóre koncepcje wypracowane przez członków MKL migrowały zarówno w przestrzeni geograficznej, jak i dyscyplinarnej, dostarczając inspiracji dla najpłodniejszych nurtów w XX-wiecznej humanistyce. W tym kontekście niezbędne jest prześledzenie roli badaczy związanych z kołem moskiewskim, którzy na emigracji, w większości przypadków wymuszonej okolicznościami politycznymi, rozwijali problemy dyskutowane na zebraniach MKL w innych „kolektywach myślowych”, by przywołać terminologię Ludwika Flecka.
Najbardziej reprezentatywny dla tych przemieszczeń, przestrzennych i dyscyplinarnych, jest przypadek Romana Jakobsona oraz Praskiego Koła Lingwistycznego, które nawiązywało do MKL nazwą, strukturą, obszarami badawczymi, a także współdzieliło część członków (Jakobson, Piotr Bogatyriow, Siergiej Karcewski, Nikołaj Trubiecki). Nie można jednak pominąć kolektywów myślowych, które czerpały z dziedzictwa MKL niebezpośrednio, m.in. kół lingwistycznych Kopenhaskiego i Nowojorskiego, tartusko-moskiewskiej szkoły semiotyki czy grupy tak zwanych manipulistów w Izraelu, dokąd w latach 60. i 70. wyemigrowało ze Związku Radzieckiego wielu badaczy. W tych przypadkach transfer kulturowy i naukowy był odroczony w czasie i w przestrzeni, zawsze jednak uwarunkowany, „spleciony” z prywatnymi biografiami poszczególnych uczonych, których wybory życiowe wpływały w takim samym stopniu na rozwój wymienionych nurtów, jak wypracowywane przez nich koncepcje. Wyśledzenie i wysupłanie tych zależności również wchodzi w zakres zawartych w rozprawie rozważań.
Rekonstrukcja inicjalnego etapu kształtowania się profesjonalnego literaturoznawstwa teoretycznego uwzględnia badanie dokumentów źródłowych – nie tylko archiwalnych, ale też wspomnień, utworów literackich, publicystyki, rozpraw naukowych – jako wypowiedzi kulturowych, które powstały w określonej sytuacji biograficznej, społecznej i politycznej. Odtworzenia okoliczności i motywacji ich powstania (a także interpretowania) eksponuje tezę, że w humanistyce nowe koncepcje to często zapomniane lub nieco zmodyfikowane dawne pomysły. Przypadek MKL dowodzi, że intuicje naukowe młodych uczonych z Moskwy wyrażane już w drugiej dekadzie minionego stulecia na wiele dziesięcioleci wyprzedzały wiele nurtów XX-wiecznej humanistyki (m.in. poetykę strukturalną, statystyczne badania nad wierszem, studia miejskie czy socjolingwistykę). Podjęcie dyskusji nad dziedzictwem intelektualnym koła moskiewskiego umożliwia zatem reinterpretację historii początków nowoczesnego literaturoznawstwa teoretycznego – konieczną w świetle dostępnych, choć wciąż słabo rozpoznanych świadectw.
Rozprawa składa się z czterech rozdziałów i aneksu, który zawiera komentowany przekład czterech protokołów z zebrań MKL, pochodzących z archiwum Koła. Przetłumaczone dokumenty stanowią nie tylko materiał ilustracyjny dla omówionych zagadnień, lecz także odsłaniają tryb pracy moskiewskich badaczy. Analiza protokołów pokazuje spór naukowy in statu nascendi, prezentuje używaną wówczas terminologię (często odmienną od współczesnej), wskazuje aktualne problemy badania literatury i języka, a także sposoby ich rozwiązywania. Stanowi punkt wyjścia dla zawartych w rozprawie rozważań i – zwrotnie – ich materiałowe zwieńczenie.The core aim of the thesis “The Lost Link: The Role of the Moscow Linguistic Circle in Establishing Modern Literary Studies” is the history of the Moscow Linguistic Circle (MLC) whose members have laid the foundation for the modern, linguistic-oriented literary theory. The goal of the thesis is not only to analyse the ideas of individual scientists associated with the Circle, but also to follow the process of establishing the literary theory as an autonomous scientific discipline with its specific research subject, appropriate tools, and terminology. An equally important task is a demonstration of how some of the concepts developed by the members of the MLC migrated in a geographical and disciplinary space, providing inspiration for the most prolific trends in the 20th century humanities. In this context, it is necessary to trace the role of the researchers associated with the Circle, who developed ideas discussed at meetings of MLC in other “thought collectives” (to recall the terminology of Ludwik Fleck) in exile, in most cases forced by political circumstances.
The most representative of these migrations is the case of Roman Jakobson and the Prague Linguistic Circle, which referred to the MLC with its name, structure, research areas and also shared some members (apart from Jakobson – Petr Bogatyrev, Sergei Kartsevsky, Nikolai Trubetzkoy). Some of the “thought collectives” drew on the heritage of the MLC indirectly, including the Linguistic Circle of Copenhagen and Linguistic Circle of New York, the Tartu-Moscow school of semiotics and the so-called Manipulation School in Israel, where many researchers immigrated from the Soviet Union in the 60s and 70s. In these cases cultural and scientific transfer was postponed in time and space, but always conditioned, “entangled” with the biographies of individual scholars. Their life choices influenced the development of the mentioned trends in the same way as the concepts they developed. Tracking these dependencies also falls within the scope of the thesis.
The reconstruction of the initial stage of the history of the literary theory takes into account the study of source documents – memories, literary works, journalism, scientific dissertations. They are interpreted as cultural facts that arose in a specific biographical, social and political situation. Reconstruction of these circumstances emphasises that new concepts in the humanities are often forgotten or slightly modified old ideas. The case of the MLC illustrates that the scientific intuitions of young scholars from Moscow were often ahead of many trends in the 20th century humanities (e.g. structuralism, statistical poetics, urban studies, sociolinguistics). For this reason the discussion on the intellectual heritage of the Moscow Linguistic Circle is also the reinterpretation of the history of the modern literary theory – necessary in the light of the available, yet poorly recognized archival documents.
The dissertation consists of four chapters and an annex with a commented translation of four protocols from the archive of the Circle. They are not only illustrative material for the topics discussed in the dissertation, but they also reveal the mode of work of the Moscow researchers. The analysis of the protocols shows the scientific dispute in statu nascendi, presents the terminology, points to current problems in the study of literature and language, as well as ways to solve them. It is a starting point for the considerations contained in the dissertation and also its materialised conclusion
Internet support groups as the form of assistance to individuals addicted to psychoactive substances
No full textInternetowe grupy wsparcia są jedną z nowych form pomocy osobom uzależnionym. Pierwsze badania na temat tych społeczności były prowadzone już pod koniec XX wieku. Większość z dotychczasowych analiz w tym zakresie koncentrowała się jednak na skuteczności takich grup w walce z uzależnieniem lub na poszczególnych elementach ich działania. W niniejszej pracy podjęta została próba odpowiedzi na pytanie, dlaczego osoby uzależnione poszukują pomocy w Internecie i co wpływa na ich aktywność w przestrzeni wirtualnej. Szczególną uwagę poświęcono kwestii stygmatyzacji osób uzależnionych w społeczeństwie i wpływu, jaki ma stygmat na zachowanie jednostki. W tym celu przeanalizowano teorie takich autorów jak: Frank Tannenbaum, Edwin Lemert, John Kitsuse, Howard Becker, Erving Goffman. Ponadto przedstawiono również założenia teorii neutralizacji Greshama Sykesa i Davida Matza’y. Autorzy ci w swojej pracy pokazali, w jaki sposób osoby dopuszczające się czynów potencjalnie dewiacyjnych starają się zmniejszyć poczucie winy będące następstwem takiego działania. Następnie przedstawione zostały najważniejsze funkcje i cechy Internetu, jako kanału komunikacji oraz dotychczasowe badania na temat pomocy udzielanej osobom uzależnionym w przestrzeni wirtualnej. Na podstawie zebranych materiałów uznano, że na przystąpienie do społeczności internetowej dla osób uzależnionych i aktywny w niej udział mają wpływ dwa elementy: możliwość uniknięcia stygmatyzacji w przestrzeni wirtualnej oraz otwartość, która jest cechą charakterystyczną dla komunikowania za pośrednictwem komputera. W celu sprawdzenia tych hipotez przeprowadzono badania dwóch społeczności internetowych, forumalko.akcjasos.pl oraz forum portalu monar.net, składające się z trzech części: analizy regulaminów tych grup (netykiet), analizy komentarzy wybranych na podstawie słów kluczy oraz analizy komentarzy, które pojawiły się w tzw. tematach powitalnych. Na ich podstawie ustalono m.in. czy badani mówią o stygmatyzacji lub czy sami stygmatyzują osoby uzależnione, czy widoczna jest otwartość członków grupy, jakie funkcje spełniają te społeczności dla swoich użytkowników oraz jakie typy nowych użytkowników internetowych grup wsparcia można wyróżnić na podstawie zebranych materiałów.Internet support groups are one of the new forms of assistance to addicted individuals. The first research on these communities was conducted as early as the end of the 20th century. However, most of the existing analyzes in this area are focused on their effectiveness in struggling with addiction or on their particular activities. In this work, I made an attempt to answer the questions: why addicted individuals look for help on the Internet and what affects their activity in the cyberspace. Special attention was directed to the stigmatization of addicted people in society and the impact which stigma has on the individual’s behavior. The theories of such authors as Frank Tannenbaum, Edwin Lemert, John Kitsuse, Howard Becker and Erving Goffman were analyzed to achieve this goal. The assumptions of the neutralization theory of Gresham Sykes and David Matza were also introduced. In their work, these authors showed how people who commit an act that can be considered as deviant try to reduce guilt, which is the consequence of such action. Moreover, the most important functions and features of the Internet as a communication channel and previous research on Internet-based forms of assistance to addicted individuals were presented. Based on the reviewed theories and research, it was hypothesized that the addicts’ joining and active participation in online communities is affected by two elements: the opportunity to avoid stigma in the cyberspace and to express self-disclosure, which is a characteristic feature of CMC (Computer Mediated Communication). In order to check these hypotheses two Internet communities (forumalko.akcjasos.pl and monar.net forum) were examined. Three analyses were conducted: the analysis of these groups’ regulations (netiquettes), the analysis of the comments, which were selected with particular key words and the analysis of the comments that appeared in the so-called welcome topics. Their results revealed whether the users of these forums discuss stigmatization or whether they themselves stigmatize addicted individuals, whether self-disclosure appears in these groups, what functions these Internet communities have and what types of new users of online support groups can be identified based on collected data
Przestrzeń, fluktuacje i przepływ informacji w matematycznym modelowaniu ścieżek sygnałowych
Get PDFThis thesis covers three models of theoretical biology, each one treated mathematically in a rigorous manner, using different mathematical approaches. Their common core is that they are all modelling transmission of signals in circuits, but focusing on different aspects - as chapters suggest they investigate: the spatiality of the model, its inherent stochasticity, and the phenomenon of information transmission.
In the first chapter we investigate spatial effects of a phosphorylation--dephosphorylation cycle taking place on a biological membrane. The dynamics of such a network is governed by reaction rates, which are strongly influenced by diffusivity of reactants, their subcellular localization, and nonspecifc molecular crowding. In particular, we analysed the dependence of effective macroscopic reaction rate coeffcients on diffusion and we found, among others, that effective macroscopic reaction rates depend in a nontrivial manner on the diffusion coefficient. Generally, they decrease with decreasing diffusion and their formulae contain a term linearly proportional to the diffusion coefficient. However, there is the spatial effect that complicated the analysis of in dense systems, especially at low enzyme concentration, enzymes become encircled by converted substrates, which lowers substantially the effective reaction rate. Additionally, steady states of (de)phosphorylated substrates are controlled by molecular crowders which, mostly by lowering the effective diffusion of reactants, favour the more abundant enzyme.
In the second chapter we highlight the importance of stochasticity underlying every process that involves small numbers of elements. Using stochastic analyses of a bistable genetic toggle switch, we developed a control strategy that maximizes the chances that a cell, chosen among identical cells, will express one phenotype, while the rest express another. The control mechanism uses UV radiation to enhance identically protein degradation in all cells.
Control of individual cells is made possible only by monitoring stochastic protein fluctuations and applying UV control at favourable times and levels. It is shown that such control is theoretically impossible if restricted to a deterministic setting. Among other results, we showed that for two identical cells, our stochastic control law can drive protein expression of a chosen cell above its neighbour with a better than 99% success rate.
In the third chapter we model how information in a simple regulatory network is transmitted.
The analyzed models are simple regulatory circuit comprising two binary random variables. Mutual Information measured between them is considered to quantify how much information is transmitted in the system. The aim of this research was to find optimal mutual information under constraints set on the energy available, which is a function of the parameters defining the systems. We compared and classified the models without feedback and with feedback, starting in the steady state or out of the steady state, in terms of the amount of information transmitted and the energetic cost of this transmission. It turns out that if the system starts at steady state, feedback is beneficial in terms of optimal information, but the respective costs of optimal information are the same. In the case of the initial distribution subjected to optimization there is less difference in the optimal information, but the cost remains highly larger if there is no feedback.Niniejsza rozprawa dotyczy trzech modeli biologii teoretycznej, z których każdy został ujęty w możliwie ścisłe, matematyczne formy. Ich wspólnym rdzeniem jest modelowanie przekaźnictwa sygnałów, ale skupiają się na innych jego aspektach - jak sugeruj¡ tytuły rozdziałów, w poszczególnych modelach analizowane są przestrzenność, stochastyczność, i proces przekazywania informacji.
W pierwszym rozdziale badamy efekty przestrzenne w cyklach fosforylacji--defosforylacji na błonie biologicznej. Dynamika takich sieci zależy od stałych reakcji, które to z kolei silnie zależą od współczynników dyfuzji reagentów, ich lokalizacji w komórce, i zagęszczenia molekularnego. W szczególności, zanalizowaliśmy zależność efektywnych makroskopowych stałych reakcji od stałej dyfuzji i nasza analiza wykazała między innymi, że efektywne makroskopowe stałe reakcji zależą nietrywialnie od współczynnika dyfuzji. Ogólny wniosek jest taki, że maleją one wraz z malejącą dyfuzją, a wzory zawierają liniową zależność od współczynnika dyfuzji. Obliczenia komplikuje efekt przestrzenny w zapełnionych sieciach (gęstych układach), szczególnie przy niskich stężeniach enzymów, te ostatnie zostają otoczone przez substraty, które już weszły z nimi w reakcję. To istotnie zmniejsza efektywne
stałe reakcji. Ponadto, stacjonarne frakcje ufosforylowanych i zdefosforyzowanych substratów zależą od zatłoczenia molekularnego, które poprzez zmniejszenie efektywnych stałych reakcji, "sprzyjają" temu enzymowi, którego jest więcej.
W drugim rozdziale naświetlamy znaczenie stochastyczności wpisanej w każdy proces, w którym liczba rozważanych elementów (np. produkowanych cz¡steczek białka jest mała. Wykorzystując stochastyczną analizę bistabilnego przełącznika genetycznego, definiujemy strategię, która maksymalizuje prawdopodobieństwo, że jedna komórka, wybrana spośród identycznych komórek, będzie miała inny fenotyp niż reszta. Używaną strategią jest naświetlanie
wszystkich komórek jednakowo promieniowaniem UV, degradującym białka w komórkach. Taka strategia działa tylko, gdy wykorzystamy stochastyczne fluktuacje i włączając promieniowanie w odpowiednich momentach i z odpowiednim natężeniem. Pokazaliśmy, że w przypadku, gdy ewolucja układu będzie wyłącznie deterministyczna, taka strategia nie zadziała. Jednym z kilku wyników jest pokazanie, że dla dwóch identycznych komórek, przy użyciu skonstruowanej strategii poziom białka w wybranej komórce będzie wyższy niż w drugiej z prawdopodobieństwem 0.99.
W trzecim rozdziale modeluję, jak przekazywana jest informacja w prostym układzie biologicznym, składającym się z dwóch binarnych zmiennych losowych. Wyliczona ich informacja wzajemna jest interpretowana jako ilość informacji przekazanej w systemie. Celem badań zawartych w trzecim rozdziale było znalezienie maksymalnej informacji wzajemnej z ograniczeniem położonym na dostępną energię. Energia jest natomiast funkcją parametrów -
intensywności przejść między stanami. Porównałam maksymalną ilość przekazanej informacji i koszt energetyczny dla modeli bez sprzężenia i ze sprzężeniem zwrotnym, ze stacjonarnym lub niestacjonarnym warunkiem początkowym
The formation of Zn-related necrosis from Zn-accumulating cells in tobacco leaves, including apopalst role in this process
Get PDFCynk, jako mikroelement, bierze udział w regulacji wielu procesów metabolicznych, jest niezbędny dla prawidłowego wzrostu i rozwoju roślin. Nadmiar cynku jest jednak toksyczny, a zdolność roślin do akumulacji jego wysokich stężeń w liściach jest jednym z czynników warunkujących poziom tolerancji na ten metal. W roślinach tytoniu, w homogennej pod względem morfologii tkanki mezofilu liścia, komórki różnią się zdolnością do akumulacji Zn. W roślinach rosnących w obecności wysokiego stężenia cynku w podłożu, metal ten jest gromadzony w mezofilu w grupach komórek (nazwanych komórkami akumulującymi) co zgodnie z hipotezą, chroni sąsiadujące komórki przed jego toksycznym nadmiarem. Brak jednorodności w akumulacji cynku w komórkach mezofilu liścia tytoniu zinterpretowano jako formę strategii obronnej. Gdy poziom cynku w komórkach akumulujących przekroczy pewien poziom progowy, przekształcają się one w nekrozy, zatrzymując zgromadzony metal w obrębie silnie zlignifikowanych ścian komórkowych. W konsekwencji pojawienie się nekroz interpretowano nie jako symptom wrażliwości na wysoki poziom cynku, ale przejaw mechanizmu obronnego operującego na poziome liścia. Nadmiar cynku jest zgromadzony w komórkach akumulujących, a następnie w obszarach nekrotycznych, dzięki czemu sąsiadujące komórki mezofilu mogą bez utrudnień pełnić swoje funkcje. Mechanizmy powstawania zależnych od wysokiego stężenia cynku nekroz pozostają nieznane. Celem pracy było poznanie molekularnych i fizjologicznych podstaw tych mechanizmów.
W ramach prowadzonych badań uzyskano wyniki wskazujące na udział programowanej śmierci komórkowej (ang. programmed cell death, PCD) w formowaniu się nekroz w obrębie blaszek liści roślin tytoniu, rosnących w obecności wysokiego stężania Zn w podłożu. Zostało to potwierdzone poprzez:
(i) określenie udziału tlenku azotu(II) (cząsteczki sygnałowej w PCD) w procesach tworzenia się nekroz;
(ii) wykazanie udziału charakterystycznych elementów PCD takich jak poziomu ekspresji genów „markerów PCD” oraz lokalizacji fragmentów DNA specyficznie ciętych podczas PCD, w mechanizmach formowania się nekroz.
Celem pracy były także badania, mające na celu zbliżenie do poznania roli apoplastu w procesie formowania się nekroz. Wcześniejsze doświadczenia wskazują, że sygnał o stężeniu cynku w apoplaście może być generowany za pomocą cząsteczek pektyn, a odbierany i przekazywany do wnętrza komórki
za pośrednictwem kinaz związanych ze ścianą komórkową (ang. wall assocaited kinases, WAKs).
Przeprowadzone badania pokazały, że w liściach roślin tytoniu poddanych ekspozycji na wysokie stężenie cynku, następuje indukcja ekspresji NtWAK2, jak również ma miejsce wzrost zawartości ramnogalakturonanu I w ścianach komórek liści. Analizy immunolokalizacji ramnogalakturonanu I na przekrojach poprzecznych przez liście badanych roślin wykazały, że wzór lokalizacji tej frakcji pektyn jest podobny do wzoru lokalizacji wysokich zawartości cynku w komórkach akumulujących i nekrozach. Wyniki te sugerują, że sygnał inicjujący gromadzenie cynku w komórkach akumulujących liści roślin tytoniu, może być generowany za pomocą cząsteczek ramnogalakturonanu I, a przekazywany do wnętrza komórki za pośrednictwem NtWAK2.In plants grown in the presence of high zinc concentration, groups of cells in leaf blades degenerate forming lesions. Appearance of localized lesions on the leaves of plants is widely regarded as a symptom of sensitivity. In contrast to this view, a recent study suggested that the development of lesions on the tobacco leaves exposed to high Zn concentration in the medium could be a mechanism of tolerance rather than a symptom of zinc toxicity. Mentioned studies indicate that in the leaves of tobacco plants exposed to high Zn pre-necrotic regions developed from mesophyll cells accumulating high amount of Zn. Accumulation of zinc in the pre-necrotic/necrotic regions contributes to protecting the neighboring cells form Zn toxicity. The mechanisms by which morphologically identical mesophyll cells differ in their response to Zn are unknown. In this study the involvement of programmed cell death (PCD) mechanisms in formation of Zn-related pre-necrotic/necrotic regions in tobacco leaves was investigated.
Selected parameters, such as PCD markers, were determined in the leaves from tobacco plants grown in the presence of 200 µM Zn and compared with control conditions. TUNEL assay showed DNA fragmentation in the nuclei from Zn-exposed leaves together with an enhanced expression of the PCD maker genes, indicating the involvement of PCD in the formation of Zn-related lesions. It is known that nitric oxide(II) is a key factor of PCD. Upon exposure to high Zn concentration, in situ localization of NO was restricted to groups of mesophyll cells, and was correlated with the pattern of high concentrations of Zn localization. Furthermore, the inhibition of the formation of lesions in the presence of NO inhibitor was accompanied by the delayed appearance of Zn and by NO presence limited to these groups of cells. Altogether, these first demonstrate that Zn-related lesions in leaves develop from groups of mesophyll cells in which accumulation of high concentrations of zinc contributes to enhancement of the NO level
and to initiation of PCD processes.
Based on the experiments performed on the AtHMA4 – expressing tobacco plants (AtHMA4 encodes protein that exports Zn to the apoplast), it was proposed that apoplast may be regarded as a site of perception of the Zn status in cells. It was presumed that the apoplastic Zn concentration might contribute to the generation of a signal of Zn excess leading to loading of Zn to leaf areas consisting of groups of cells in which the exceptional ability to accumulate Zn is initiated. Up-to-now the question about the nature
of the signal inducing loading Zn into these specific cells remain unanswered.
Among the proteins associated with the cell wall, only the WAKs (Wall-Associated Kinases) have been implicated in a plant response to metals. It is known that the members of WAKs family have extracellular domain binding pectins. From the variety of cell wall components, pectins are among of the molecules that may play a signaling role. Furthermore, the exposure to different metals concentrations changes the level of the methylesteryfication of the cell wall pectins.
The expression analysis of NtWAKs/NtWAKLs genes showed the increase in the transcript level
of NtWAK2 in the leaves from high Zn-treated plants in comparison to the control ones. To analyze
the differences in pectin localization between control and Zn-treated plants, the immunolocalization of pectin fractions was performed on the leaf cross-sections. Only one epitope of rhamnogalacturonan I, was present exclusively in the Zn-exposed tobacco. Analysis showed that the level of rhamnogalacturonan I increased with time of exposure to high Zn concertation. Furthermore, this fraction of pectins was localized preferentially near the veins, and its distributions was correlated with the pattern of high concentrations
of Zn in the groups of mesophyll cells localized within the same regions
Biophysical studies of purine nucleoside phosphorylase from E. coli - mechanism of catalysis, relationship between protein function and its oligomeric structure
No full textFosforylaza nukleozydów purynowych (PNP) z Escherichia coli katalizuje odwracalną reakcję fosforolitycznego rozszczepienia nukleozydów purynowych na odpowiednią zasadę purynową i pentozo-1-fosforan.
Białko jest homoheksamerem i w formie apo struktura wszystkich podjednostek jest taka sama. Dane
literaturowe, dostępne w momencie rozpoczynania tej pracy, sugerowały, że strukturalnie białko jest
trimerem dimerów, ponieważ miejsce aktywne każdej podjednostki w dimerze jest współtworzone przez
dwa aminokwasy sąsiada z tego samego dimeru. To sugerowało również, że podstawową jednostką
katalityczną białka jest dimer. Wyniki badań w roztworze, wydawały się potwierdzać tę hipotezę, ponieważ,
zauważono niemichaelisowską kinetykę PNP wobec jonów fosforanowych ze współczynnikiem Hilla równym
0,5, wskazującym na silną negatywną kooperację [1]. Kilka, dostępnych w literaturze struktur
krystalograficznych apo-enzymu i różnych kompleksów nie wyjaśniało mechanizmu, za pomocą którego
informacja jest przekazywana między podjednostkami lub miejscami aktywnymi enzymu, ani też jaka jest
rola kooperacji podjednostek w katalizie. W 2002 roku, została uzyskana struktura krystalograficzna, w
której zaobserwowano zamkniętą konformację części miejsc aktywnych, po jednym w każdym dimerze,
pozostałe podjednostki zachowały konformację otwartą miejsca aktywnego, jak w formie apo. Na podstawie
tej struktury, został zaproponowany mechanizm katalizy, opisujący sekwencję zdarzeń w miejscu aktywnym
[2], która polegałaby na zamknięciu miejsca aktywnego przy udziale Arg24. W tej konformacji miejsca
aktywnego reszta Asp204, przy współpracy Arg217, może uprotonować nukleozyd, co zmienia rozkład
ładunku na pierścieniu purynowym, prowadzi do destabilizacji i pęknięcia wiązania glikozydowego.
Celem pracy była weryfikacja zaproponowanego mechanizmu katalizy, poprzez badania mutantów
miejsca aktywnego, oraz wyjaśnienie mechanizmu i znaczenia kooperacji między podjednostkami heksamerycznego białka.
Pierwszą przesłanką, że kooperacja zachodzi nie tylko wewnątrz dimeru, ale również pomiędzy nimi,
były krzywe wiązania jonów fosforanowych, dla opisu których model wiązania z dwiema stałymi dysocjacji
okazał się niewystarczający. Wiązanie opisywane trzema stałymi dysocjacji zostało potwierdzone przy pomocy kilku technik eksperymentalnych. Związanie pierwszego jonu fosforanowego prowadzi do powstania w
białku trzech rodzajów miejsc aktywnych, jednego w konformacji zamkniętej i dwóch w konformacji
otwartej, charakteryzujących się różnym powinowactwem do ligandu. Wobec tego fakt, że wiązanie nukleozydu okazało się być opisywane również trzema stałymi nie był zaskoczeniem. Istnienie trzech rodzajów
miejsc wiążących zaobserwowano także w strukturach krystalograficznych.
Poprzez destabilizację kontaktów pomiędzy dimerami w heksamerze, uzyskano dimery, które okazały
się nie być stabilne na tyle, aby prowadzić efektywną katalizę. Mutując Asp204, Arg217 i Arg24 na alaninę i
prowadząc badania kinetyczne względem naturalnych, a także imitujących stan uprotonowany, substratów,
wykazano, że, jak zaproponowano w 2002 roku, zmiana konformacyjna i protonacja nukleozydu są
niezbędnymi etapami katalizy. Na podstawie przeprowadzonych badań zaproponowano również mechanizm
katalizy, uwzględniający kooperację pomiędzy podjednostkami białka w dimerze. W warunkach nasycenia
substratami podjednostki otwarte i zamknięte w dimerach prowadzą katalizę w ścisłej współpracy. Gdy w
zamkniętej podjednostce zachodzi reakcja fosforolizy, podjednostka otwarta właśnie ją zakończyła,
następuje uwolnienie produktów i związanie kolejnej pary substratów, zamknięcie tej podjednostki i cykl
zaczyna się od nowa. Jest to mechanizm zwany w literaturze anglojęzycznej flip-flop.
Poza istnieniem trzech typów miejsc aktywnych, podczas badań białka zaobserwowano także kilka
1/2
Streszczenie
innych, niespodziewanych zjawisk, które nie dawały się wyjaśnić w ramach obowiązującego dla enzymów
paradygmatu, że białko jest albo aktywne, albo nieaktywne. Spadek aktywności białka przechowywanego w
-80°C ma wyraźnie dwufazowy charakter. Uwolnienie stężenia białka jako parametru dopasowania modelu
wiązania do krzywej miareczkowania niezmiennie zwracało niefizycznie niskie wartości. W analizie
miareczkowań kalorymetrycznych, gdzie parametrem dopasowania może być także stężenie frakcji nieaktywnej białka, rozumianej jako frakcja białka niezdolnego wiązać ligand, uwolnienie tego parametru, jako
parametru dopasowania zawsze zwracało wartość stężenia białka wiążącego wyższą od stężenia białka
aktywnego katalitycznie, wyznaczonego na podstawie pomiarów aktywności specyficznej wobec substratu
naturalnego. Wszystkie te spostrzeżenia sugerowały konieczność zbadania procesu dezaktywacji białka.
Badania takie przeprowadzono i wykryto przynajmniej dwa stany przejściowe, pomiędzy białkiem w pełni
aktywnym i całkowicie nieaktywnym, niezdolnym do prowadzenia katalizy i do wiązania ligandów.
W pierwszym zidentyfikowanym stanie przejściowym, jeden z trzech dimerów staje się nieaktywny
katalitycznie wobec naturalnych substratów, natomiast nadal jest w stanie wiązać ligandy i prowadzić fosforolizę substratów imitujących stan uprotonowany. Pozostałe dwa dimery są sprawne katalitycznie, każdy z
nich zawiera podjednostkę, której miejsce aktywne przybiera konformację zamkniętą. Ta forma białka
charakteryzuje się obniżoną aktywnością specyficzną w stosunku do enzymu, w którym w konformacji
zamkniętej może być jedno miejsce aktywne w każdym z trzech dimerów. W kolejnym stanie przejściowym
żadne z miejsc aktywnych nie może przejść do konformacji zamkniętej, zatem białko nie katalizuje fosforolizy
substratów naturalnych, natomiast katalizuje fosforolizę substratów imitujących stan uprotonowany.
Zaproponowano model, który wyjaśnia wszystkie zaobserwowane fakty. Pokazano, że PNP z E. coli
rzeczywiście jest heksamerem, a nie trimerem niezależnie funkcjonujących dimerów, ponieważ bez
"wsparcia" strukturalnego, jakie zapewniają sąsiednie podjednostki, dimer nie jest w stanie prowadzić
efektywnej katalizy.Purine Nucleoside Phosphorylase (PNP) from Escherichia coli catalysis reversible reaction of phosphorolytic
cleavage of purine nucleosides into corresponding purine base and pentose-1-phosphate. The protein is a
hexamer, and in apo form all subunits are in the same conformation. Literature data available at the
beginning of this work suggested, that structurally, the protein is in fact a trimer of dimers, because active
site of particular subunit in a dimer is cocreated by two aminoacids from a neighbouring subunit of the
dimer. This suggested, that the minimal catalytic unit in the protein is a dimer. Solution studies data seemed
to confirm that hypothesis, as the kinetic towards phosphate ion in non-Michaelis, and is described by Hill
coefficient equals 0,5, suggesting strong negative cooperation [1]. Several crystallographic structures of apoenzyme and various complexes, available in the literature, did not explain the mechanism of cooperation
signal transduction between subunits or active sites, neither what is the role of co-subunits in catalysis. In
2002, the crystallographic structure was obtained, in which a closed conformation of some active sites was
observed, one in each dimer, and the remaining subunits maintained the open conformation of the active
site, as in the apo form. Based on this structure, a catalysis mechanism describing the sequence of events in
the active site was proposed [2], which would consist of closing the active site with the participation of
Arg24. In this conformation of the active site Asp204 residue, in cooperation with Arg217, can protonate
nucleoside substrate. This changes the distribution of charge on the purine ring, leads to the destabilization
and breakage of the glycosidic bond.
The aim of the doctoral thesis was to verify the proposed mechanism of catalysis by investigating active site
mutants, and to explain the mechanism and significance of cooperation between hexameric protein
subunits.
First indication, that cooperation does not only takes place within a dimer, but also between them, were
phosphate binding curves, for which a two binding sites model was not sufficient to describe the curves
properly, and three binding sites model had to be applied. Three binding site model for phosphate binding
was confirmed with several experimental methods. The proposed model assumes that binding of first
phosphate ion leads to formation of three kinds of binding sites, one in closed conformation and two in
open conformation, but characterised with different affinity to ligands. Thus, three binding constant
describing binding of nucleoside should not be surprising. Existence of three kinds of binding sites was
observed also in crystal structures.
Through destabilisation of contacts between dimers in hexameric ecPNP, free dimers were created, but they
turned out to be not stable enough to catalyse effectively. Mechanism proposed in 2002 was confirmed by
kinetic studies of active site mutants, Asp204Ala, Arg217Ala and Arg24Ala, towards natural and mimicking
protonated state substrates. It was shown that conformational change and protonation of nucleoside are
necessary steps of catalysis. On the basis of the conducted research, a mechanism of catalysis was
proposed, taking into account the cooperation between the protein subunits in the dimer. Under conditions
of substrate saturation, open and closed subunits in dimers catalyse in close cooperation. When a
phosphorolysis reaction takes place in the closed subunit, the open subunit has just finished it, the products
are released and the next pair of substrates are bound, the subunit is closed and the cycle begins again. This
mechanism is known in the literature as flip-flop. In addition to the existence of three types of active sites, several other unexpected phenomena were
observed during protein studies, that could not be explained within the framework of the paradigm that the
enzyme is either active or inactive. The decrease in the activity of protein stored at -80°C has a clearly twophase nature. The optimisation of the protein concentration as a parameter of the binding model fit to the
titration curve repeatedly returned non-physically low values. In the analysis of calorimetric titrations,
where fraction of inactive protein, meaning a protein fraction incapable of binding ligand, can be an
adjustable parameter, optimisation of this parameter as a fit parameter always returned the binding protein
concentration higher than the concentration of catalytically active protein, determined from specific activity
measurements vs. natural substrate. All these observations suggested the need to investigate the process of
protein deactivation. Such research were performed and at least two intermediate states were detected
between the fully active and completely inactive protein, unable to catalyse and to bind ligands.
In the first identified transition state, one of the three dimers becomes catalytically inactive towards natural
substrates, while it is still able to bind ligands and carry out phosphorolysis of substrates imitating the
protonated state. The other two dimers are catalytically functional and each of them contains a subunit
whose active site adopts a closed conformation. This form of the protein is characterized by a reduced
specific activity compared to an enzyme, in which one closed site can be present in each of three dimers. In
the next transitional state, none of the active sites can adopt a closed conformation, therefore, the protein
does not catalyse the phosphorolysis of natural substrates, but it still catalyses phosphorolysis of substrates
mimicking protonated state.
A model that explains all observed facts was proposed. It was shown, that PNP from E. coli is indeed a
hexamer, and not a trimer of independently functioning dimers, because without structural "support"
provided by neighbouring subunits, the dimer is unable to catalyse effectively
Modele matematyczne dynamiki glejaków niskiego stopnia i ich reakcji na terapie
No full textIn this dissertation, mathematical models and methods were used to study the evolution and the response to treatments of low-grade gliomas. Low-grade gliomas are brain tumours usually growing slowly but causing death due to their progression to more malignant counterparts.
We constructed macroscopic models of low-grade gliomas' growth in such a way that they were accurate enough to reflect available clinical observations and simple enough so that they could be analysed analytically. The models presented in this thesis were designed in the form of systems of either ordinary differential equations or reaction-diffusion equations complemented with expressions accounting for the response to treatments.
We studied the proposed models both analytically and numerically. We also showed that the solutions of the developed mathematical models fit well to the dynamics of low-grade gliomas of individual patients. On the basis of our validated models, we addressed some problems of clinical practice. Finally, we derived analytical estimates which could be potentially useful in assessing tumours aggressiveness and selecting the best therapies.W tej rozprawie modele i metody matematyczne zostały wykorzystane do badania wzrostu i odpowiedzi na leczenie glejaków niskiego stopnia. Glejaki niskiego stopnia są to guzy mózgu, które zazwyczaj rosną powoli, ale są nieuleczalne. Śmierć następuje zwykle w konsekwencji przekształcenia się tych nowotworów w bardziej złośliwe formy.
Skonstruowaliśmy makroskopowe modele wzrostu glejaków niskiego stopnia, które wystarczająco dokładnie odzwierciedlają dostępne obserwacje kliniczne i jednocześnie są na tyle proste, że mogły być analizowane analitycznie. Modele przedstawione w tej pracy zostały sformułowane w postaci układów równań różniczkowych zwyczajnych lub równań reakcji-dyfuzji uzupełnionych wyrażeniami opisującymi wpływ leczenia.
Zbadaliśmy proponowane modele zarówno analitycznie, jak i numerycznie. Pokazaliśmy również, że ich rozwiązania dobrze dopasowują się do dynamiki glejaków niskiego stopnia poszczególnych pacjentów. Na podstawie naszych zwalidowanych modeli zajęliśmy się pewnymi problemami praktyki klinicznej. Uzyskaliśmy analityczne oszacowania, które mogą być potencjalnie wykorzystane w ocenie agresywności nowotworów i wyborze najlepszych terapii
Educational democratic breakthrough in Poland on the example of Waldorf School
No full textPraca doktorska poświęcona jest przełomowi demokratycznemu w edukacji i edukacyjnemu
ruchowi społecznemu w Polsce, który ukazany został na przykładzie szkoły waldorfskiej. Szkoła ta
ma korzenie w niemieckim kręgu kulturowym i powstała w czasach reform edukacyjnych przełomu
wieków XIX i XX – Niemieckiej Pedagogiki Reformy. Idea szkolna wyrasta z ezoterycznej myśli
Rudolfa Steinera zwanej antropozofią i wpisuje się w intelektualne mody i ruchy społeczne
międzywojnia. W Polsce pierwsze starania o założenie tego typu szkoły pojawiały się jeszcze przed
II Wojną Światową, praktycznie jednak pierwsze placówki waldorfskie zakładane były w latach 80.
XX w., gdy zaczął kiełkować edukacyjny ruch społeczny związany z nadziejami pokładanymi w
przełomie demokratycznym, fascynacją New Age i Zachodem. Nowy ustrój niósł obietnice nowego
świata – inaczej zarządzanych instytucji, innych relacji międzyludzkich, nowych szkól kształcących
nowych ludzi. W pracy tej opisuję na jakie wartości i oczekiwania społeczne odpowiedzią miała
być szkoła waldorfska, bazując na badaniach etnograficznych prowadzonych w niemieckim i
polskim środowisku waldorfskim.
W rozdziale pierwszym, historycznym, sięgam do źródeł pedagogiki waldorfskiej. Znajduję
je w kulturowym kontekście niemieckiego fin de siecle'u, a na podstawie badań archiwalnych i
bibliotecznych staram się nakreślić polską recepcję szkoły waldorfskiej przed drugą wojną
światową oraz sytuację ruchu waldorfskiego i antropozoficznego w czasie PRL. Umieszczam
szkołę waldorfską na tle przedwojennych reform edukacyjnych i śledzę jej odbiór wśród polskich
pedagogów, związanych z ruchem antr
wspólnoty, na jakim opiera się szkoła, wartościach jakie promuje i funkcjach szkolnych
przedmiotów i rytuałów. Analiza niemieckiej szkoły waldorfskiej ważne jest nie tylko ze względu
na potrzebę szczegółowej charakterystyki tej pedagogicznej alternatywy i nakreślenie wizji świata,
jaki ona kreuje – jest to także podstawa i punkt wyjścia do dalszych rozważań o polskim,
zglokalizowanym odczytaniu szkoły waldorfskiej w latach transformacji ustrojowej.
W rozdziale trzecim skupiam się na analizie kultury czasu przełomu demokratycznego w
Polsce, która umożliwiła rozwój ruchu waldorfskiego. Używając antropologicznych kategorii
interpretacyjnych takich jak chaos kulturowy, ruch społeczny, ruch kultowy, środowisko kultowe
itp. przedstawiam ewolucję społeczności alternatywnych w Polsce lat siedemdziesiątych,
osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych. Opierając się na wywiadach etnograficznych pokazuję też,
które z rodzimych środowisk kontrkulturowych nawiązywały kontakty z zagranicznymi
środowiskami antropozoficznymi i waldorfskimi i gdzie można wytyczyć między nimi ideowe i
ideologiczne mosty. W rozdziale tym staram się pokazać te cechy kultury przełomu
demokratycznego i te środowiska, które umożliwiły pojawienie się alternatywnych ruchów
edukacyjnych, oraz to, że wśród nich znalazła swoje miejsce zapomniana przez lata PRL
pedagogika waldorfska.
Rozdział czwarty poświęcam zdefiniowaniu i analizie społecznego ruchu edukacyjnego w
Polsce i prześledzeniu współtworzących go środowisk, wśród których umieszczam szkołę
waldorfską. Dużo miejsca poświęcam solidarnościowemu wymiarowi tych ruchów i mitów z nimi
związanych, a także sposobom na budowanie narracji o miejscu szkolnych alternatyw w walce ze
szkołą-systemem utożsamianą z PRL. W rozdziale tym, wykorzystując antropologiczne narzędzia
interpretacyjne, przyglądam się też powrotowi pedagogiki waldorfskiej do Europy Wschodniej w
latach osiemdziesiątych XX wieku i sposobom znajdowania jej miejsca w polskim krajobrazie
edukacyjnym, co pozostawało w silnym związku ze zmianami polskiej powojennej kartografii,
nową stratyfikacją społeczną, nowym otwarciem na transgraniczną mobilność oraz zmianami
legislacyjnymi.
W ostatnim, piątym rozdziale przyglądam się sposobom glokalizacji szkoły waldorfskiej w
Polsce, a także – co z tym związane – edukacyjnej i kulturowej mimikrze Europy Zachodniej. Tekst
organizują cztery kategorie interpretacyjne, które wyodrębniam jako kluczowe dla rozważań o
waldorfskiej specyfice: wolność, wspólnota, twórczość i duchowość. Podejmuję kwestie związane z
wolnościami osobistymi, politycznymi i europejskimi, które jako kluczowe wartości projektowane
były na szkołę przez moich rozmówców. Rozważam klasowe usytuowanie środowiska szkolnego,
sposoby szkolnej socjalizacji, a także wagę szkolnego zaangażowania i specyfikę tożsamości
uczniowskiej. Zajmuje mnie również szeroko rozumiana w szkole twórczość, obejmująca swoim
semantycznym polem ludzką zdolność do tworzenia i wytwarzania znaczeń, interpretacji świata, nie
tylko produkcji artefaktów czy dzieł sztuki. Opisywana przeze mnie twórczość polega na
rozumieniu i przekształcaniu świata, odwoływaniu się do głębi doświadczeń kulturowych, a także
animowaniu szkolnej wspólnoty.
Finalnie skupiam się na różnych odcieniach szkolnej duchowości, relacjach z Kościołem
Katolickim, poszukiwaniach duchowych członków waldorfskiej społeczności i dyskutuję z
zastosowaniem kategorii wernakularności do opisu tego typu zjawisk w polskim kontekście
kulturowym. W rozdziale tym w największym stopniu wykorzystuję materiał badawczy, jakim są
prowadzone przeze mnie wywiady etnograficzne, a także analizuję twórczość rodziców
waldorfskich, będącą próbą zrozumienia i oswojenia nowego typu doświadczenia szkolnego.This doctoral thesis is devoted to democratic breakthrough in education and educational
social movement in Poland, portrayed on an example of Waldorf school. This educational concept is
rooted in German culture and originates at the times of educational reforms of the turn of the 19th
and 20th centuries called in German Reformpädagogik (progressive education). The schools idea is
based on esoteric thought of Rudolf Steiner – anthroposophy and fits into the intelectial pashions
and social movements of the interwar period. In Poland first attempts at establishing this kind of
school appear before the II World War, factually first Waldorf institutions started in the 1980s when
the educational social movement was growing along the hopes placed in political transformation,
fascination with New Age and Western Europe. The new political system promised new social
reality – differently managed institutions, new social relations, new schools educationg new people.
This dissertation outlines which values, social hopes and expectations were placed in Waldorf
school, basing on ethnographic research in German and Polish Waldorf schools,
In the first, historical chapter, I reach for the sources of Waldorf pedagogy. I find them in the
cultural context of the German fin de siécle, and basing on archival and library research, I try to
outline the Polish reception of the Waldorf school before the Second World War and the situation of
the Waldorf and anthroposophic movement during the People's Republic of Poland. I am showing
Waldorf school in the context of pre-war educational reforms and I present its reception among
Polish pedagogues associated with the movement of anthroposophists, as well as among those who
were looking at it from a research distance. In this chapter, I also present for the first time examples
of cross-border mobility of ideas and people: the relations of the first Polish student staying at the
Waldorf school in Stuttgart, as well as practical attempts to implement the Waldorf ideas in Poland.
It is emblematic that archival research indicates the reception of Steiner's ideas among specific
social classes, mainly of intellectual artistic circles, and thus a close connection between Waldorf's
pedagogy and so-called high art.
In the second chapter, I present an ethnographic reading of the German implementation of
the Waldorf school - Rudolf Steiner Schule in Berlin-Dahlem. I start with an ethnographic
description of the place, based on two-week participant observation in this school. The next part of
the chapter is enriched by analysis and anthropological interpretation of the phenomenon, focusing
primarily on the type of community on which the school is based, the values it promotes and the
functions of school subjects and rituals. The analysis of the German Waldorf school is important not
only due to the need for detailed characterization of this pedagogical alternative and sketching the
vision of the world that it creates - it is also a starting point for further consideration of the Polish,
glocalized version of the Waldorf school in the years of political transformation.
In the third chapter I focus on the analysis of the culture of the democratic breakthrough in
Poland, which enabled the development of the Waldorf movement. Using anthropological
interpretative categories such as cultural chaos, social movement, cult movement, cultic milieu, etc.,
I present the evolution of alternative societies in Poland in the seventies, eighties and nineties.
Based on ethnographic interviews, I also show which of the countercultural circles in Poland have
established contacts with foreign anthroposophic and Waldorf communities and where ideological
and ideological bridges can be drawn between them. In this chapter I try to show these features of
the culture of the democratic breakthrough and those groups that enabled the emergence of
alternative educational movements. Among them Waldorf pedagogy, forgotten during the years of
People's Republic of Poland, found its' place.
The fourth chapter is devoted to the definition and analysis of the social educational
movement in Poland and the analysis of the communities that create it, among which I place the
Waldorf school. I devote a lot of space to the influence of Solidarity social movement on these
educational movements and the myths associated with it, as well as narrations about the place of
school alternatives in the fight against the school-system identified with the People's Republic of
Poland. In this chapter, using anthropological interpretative tools, I also look at the return of
Waldorf pedagogy to Eastern Europe in the 1980s and the ways of finding its place in the Polish
educational landscape, which remained in strong connection with the changes of Polish post-war
cartography, new social stratification, a new opening on cross-border mobility and legislative
changes.
In the last, fifth chapter, I look at the ways of glocalization of the Waldorf school in Poland,
and - what is connected with it - the educational and cultural mimicry of Western Europe. The text
is organized by four interpretative categories, which I distinguish as crucial for reflections on the
Waldorf specificity: freedom, community, creativity and spirituality. I discuss personal, political and
European freedoms, which were attributed to the school as key values by my interlocutors. I reflect
upon class situation of the school environment, the ways of school socialization, as well as the
importance of school involvement and the specificity of student identity. I also write about
creativity, broadly understood at school, embracing with its semantic field the human ability to
create and interpret the world, not only the production of artifacts or works of art. The notion of
creativity I am describing means understanding and transforming the world, referring to the depth
of cultural experiences, as well as animating the school community.
Finally, I focus on various shades of school spirituality, relations with the Catholic Church,
searching for spiritual members of the Waldorf community, and discussing using the vernacular
category to describe these types of phenomena in the Polish cultural context. In this chapter I use
the research material to the greatest extent, which are ethnographic interviews that I conduct, and I
also analyze the creativity of Waldorf parents, which is an attempt to understand and familiarize a
new type of school experience
Metody macierzowe w transkryptomicznej i metabolomicznej analizie danych
No full textIn this dissertation we walk through various approaches of modelling and analysis of transcriptomic and metabolomic data. The dissertation opens with an introduction of the current state of the art in the context of high-throughput data along with genetic background description. We look through current technologies that are used for obtaining transcriptomic data as well as computational methods and tools for their analysis including various methods for decomposition of transcriptomic signal and integration with metabolomic knowledge. Throughout the main three chapters of this dissertation we discuss specific experimental settings and data for which adequate methods for transcriptomic and metabolomic data analysis are derived and applied. Each of these chapters presents a different computational method for inference of biological knowledge, and is supported with a case-study based on real life experimental data. Finally, results from joint work with Baylor Collage of Medicine concerning the role of FOXF1 gene in lungs disease are closing the dissertation.W niniejszej rozprawie omawianych jest kilka podejść do modelowania i analizy danych transkryptomicznych. Pracę otwiera krótki wstęp do obecnego stanu wiedzy dotyczącego wysokoprzepustowych danych wraz z ogólnym wprowadzeniem do genetyki. Omówione zostają obecnie używane technologie do gromadzenia danych tran- skryptomicznych, jak również obliczeniowe metody ich modelowania i analizy, w szczególności dotyczących dekompozycji sygnału transkryptomicznego oraz jego integracji z wiedzą metabolomiczną. W ramach trzech głównych rozdziałów rozprawy dyskutowane są specyficzne scenariusze i dane eksperymentalne, do których zostają opracowane i zastosowane odpowiednie metody analizy danych transkryptomicznych. Każdy z rozdziałów prezentuje pewną metodę obliczeniową służącą pozyskiwaniu wiedzy biologicznej oraz jej zastosowanie w konkretnym studium przypadku używającym danych eksperymentalnych. Ostatecznie, wyniki pochodzące ze współpracy z Baylor Collage of Medicine dotyczące roli genu FOXF1 w rozwoju chorób płuc zamykają zasadniczą część rozprawy
Analityczne własności operatorów na nierefleksywnych przestrzeniach funkcji gładkich
No full textThis doctoral thesis consist of four parts, in which the properties of operators on nonreflexive spaces of smooth functions are investigated.Moja rozprawa doktorska składa się z rezultatów, które uzyskałem badając własności operatorów na niere eksywnych przestrzeniach funkcji gładkich. W dziedzinie analizy funkcjonalnej
jednymi z najbardziej interesujących przykładów przestrzeni są przestrzenie funkcji analitycznych (n.p. przestrzenie Hardy’ego) i przestrzenie funkcji gładkich (n.p. przestrzenie Sobolewa,
przestrzenie Biesowa). W odróżnieniu od przestrzeni Hardy’ego, gdzie własności operatorów są
dobrze zbadane, nasza wiedza na temat własności operatorów w nierefleksywnych przestrzeniach Sobolewa jest wciąż niezadowalająca