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Etude biostratigraphique des assemblages de diatomées pyritisées des sédiments du Paléocène supérieur et de l'Eocène inférieur des Bassins Danois, de Dieppe-Hampshire et Belge - apports paléoenvironnementaux / Biostratigraphic study of the pyritised diatom assemblages from the Upper Paleocene and Lower Eocene sediments of the Danish, Dieppe-Hampshire and Belgian Basins
No full textLa distribution stratigraphique des diatomées pyritisées et leur répartition paléogéographique sont étudiées dans les sédiments du Paléocène supérieur et principalement de l'Eocène inférieur des Bassins Danois (Ølst et Hinge), de Dieppe-Hampshire (Saint-Josse et Ailly) et Belge (Knokke). Différents types de fossilisation ont été observés. D'une part, dans un stade précoce de la diagenèse, un moulage du frustule est construit par la croissance de minéraux authigéniques (pyrite et barytine). D'autre part, le frustule siliceux est remplacé épigénitiquement par de la pyrite. Ces deux processus de fossilisation, pouvant coexister, gardent les diatomées identifiables. Une méthodologie fiable et reproductible pour l'extraction de ces dernières a été mise en point. Une évolution des zones de diatomées (zonation) est mise en évidence : quatre zones (D0 à D3) d'association ou d'abondance et deux sous-zones (D3a et D3b) sont reconnues. Cette zonation est établie pour les bassins méridionaux et orientaux du Bassin de la Mer du Nord. Elle est corrélable avec les biozonations de King (1983), Fenner (1985), Mudge & Copestake (1992a) et Mitlehner (1994, 1996) valables pour la partie centrale du Bassin de la Mer du Nord. Les zones D0 à D3 autorisent les corrélations entre les unités lithostratigraphiques des différents bassins étudiés et celui de la Mer du Nord. Cela a permis, entre autres, de corréler les sédiments des faciès sparnaciens du Bassin de Dieppe-Hampshire aux formations de la Mer du Nord. Enfin, les diatomées pyritisées sont un nouvel argument pour encadrer la position de la C.I.E. (dont la base est le critère de reconnaissance de la limite Paléocène-Eocène), celle-ci étant située dans la partie inférieure de la zone D1 sous le pic d'abondance de l'espèce Coscinodiscus morsianus var. moelleri.The stratigraphic distribution of the pyritized diatoms and their paleogeographic repartition are studied in Upper Paleocene and especially Lower Eocene from the Danish (Ølst Hinge), Dieppe-Hampshire (Saint-Josse and Ailly) and Belgian (Knokke) Basins. Different kinds of fossilisation are observed. In a first step of the diagenesis, a mould of the frustule is built thanks to the growth of authigenic minerals (pyrite and barite). The siliceous skeleton may also be completely replaced epigenetically by pyrite. These two types of fossilisation, that may coexist, keep diatoms identifiable. A reliable and reproducible methodology for the extraction of pyritized diatoms has been developed.
The evolution of the diatom zones is underlined : four zones (D0 until D3) of association or abundance are recognized. This zonation is established for the southern and eastern basins of the North Sea Basin. It is interrelated with the biozonations of King (1983), Fenner (1985), Mudge & Copestake (1992a) and Mitlehner (1994, 1996) valid for the central part of the North Sea Basin. The zones D0-D3 allow correlations between the lithostratigraphic units of the various studied basins and the one of the North Sea. This enables among others to correlate the sediments of the sparnacien facies of the Dieppe-Hampshire with the formations of the North Sea. At last, the pyritized diatoms represent a new argument to locate the C.I.E. which base is the criterion for the identification of the Paleocene-Eocene boundary. The C.I.E. is located in the lower part of the D1 zone under the abundance peak of the Coscinodiscus morsianus var. moelleri species.(DOCSC04)--FUNDP, 200
Réponses à un stress environnemental induit par le cadmium chez un crustacé euryhalin,Eriocheir sinensis. Approche intégrative incluant une analyse du protéome
No full textLes xénobiotiques se trouvant dans l'environnement peuvent occasionner des effets délétères aux organismes vivants. Toutefois, nous sommes encore loin de connaître l'ensemble des mécanismes d'action des polluants et des réponses mises en place chez les organismes afin de survivre dans un environnement pollué. Dans ce travail, nous avons utilisé le crabe chinois, Eriocheir sinensis, comme modèle d'étude afin de mettre en évidence les réponses à un stress induit par le cadmium dissous dans le milieu aquatique. Nous avons focalisé notre attention sur la fonction d'osmorégulation. Différents types d'exposition ont été testés : une exposition " aiguë " (500 µg Cd l-1 de 1 à 7 jours) ; une exposition " chronique " (10 ou 50 µg Cd l-1 pendant 30 jours). On observe une diminution de la capacité d'hyper-osmorégulation suite à une exposition aiguë. Sous cette condition, les branchies antérieures sont endommagées et les activités de différentes enzymes diminuées. Par contre, le Cd semble sans effet sur les branchies postérieures. Il est par conséquent probable que les branchies antérieures auraient perdu leurs propriétés de perméabilité et laisseraient passer plus librement l'eau et/ou les ions. Une exposition chronique n'affecte pas l'osmorégulation. Cependant, une exposition chronique suivie d'une exposition aiguë montrent que le crabe s'acclimate, c'est-à-dire qu'il devient plus résistant au Cd. Chez ces crabes acclimatés, l'hépatopancréas est capable d'accumuler une plus grande quantité de Cd grâce, en partie du moins, à une teneur accrue en métallothionéines. L'analyse protéomique a permis d'observer que l'expression d'enzymes anti-oxydantes et de chaperonnes moléculaires est augmentée dans les branchies antérieures, suggérant que le Cd affecte les branchies en induisant des espèces réactives à l'oxygène et en oxydant les groupements sulfures des protéines. De plus, le potentiel de dégradation des protéines semble accru. Enfin, plusieurs enzymes impliquées dans différentes voies métaboliques sont sous exprimées, indiquant que le crabe entre dans un état compensatoire lui permettant de faire face à de fortes quantités de Cd. Ce travail démontre qu'une approche intégrative utilisant des analyses physiologiques, morphologiques, biochimiques et protéomiques, permet de caractériser l'état de stress dans lequel un organisme aquatique se trouve suite à différents types d'exposition à un xénobiotique. Même si une exposition chronique ne montre pas d'effet physiologique, elle peut toutefois induire des changements au niveau du protéome.(DOCSC03)--FUNDP, 200
Relating Inter-Agent and Intra-Agent Specifications (The Case of Live Sequence Charts)
No full textThe problem of relating inter-agent and intra-agent behavioral specifications is investigated. These two views are complimentary, in that the former is closer to scenario-based user requirements whereas the latter is design-oriented. We use a graphical, user-friendly and very simple language as inter-agent specification language: Live Sequence Charts (LSC). LSC is presented and its properties are investigated: it is highly succinct, but inexpressive. There are essentially two ways to relate inter-agent and intra-agent specifications:
(i) by checking that an intra-agent specification is correct with respect to some LSC specification and (ii) by automatically building an intra-agent specification from an LSC specification.
Several variants of these problems exist: closed/open systems and centralized/distributed systems. We give inefficient but optimal algorithms solving all problems, besides synthesis of open distributed systems, which we show is undecidable. All the problems considered are difficult, even for a very restricted subset of LSCs, without alternatives, interleaving, conditions nor loops. We investigate the cost of extending the language with control flow constructs, conditions, real-time and symbolic instances. An implementation of the algorithms is proposed. The applicability of the language is illustrated on a real-world case study.(DOCSC06)--FUNDP, 200
Etude du rôle des lysosomes et du cholestérol au cours de la différenciation des kératinocytes épidermiques
No full textEtude du rôle des lysosomes et du cholestérol au cours de la différenciation des kératinocytes épidermiques (par Ralph Jans)
La majorité des rôles protecteurs de l'épiderme, couche superficielle de la peau, sont garantis par les kératinocytes qui se différencient de manière progressive et terminale dans les couches suprabasales de ce tissu, dont le renouvellement est assuré par la prolifération de cellules-souches dans la couche basale. Toute perturbation des mécanismes qui contrôlent la prolifération et/ou la différenciation des kératinocytes conduit à des dysfonctionnements. Comprendre ces mécanismes reste donc un défi majeur pour la biologie cutanée.
Plusieurs types cellulaires subissent l'exocytose de lysosomes quand il y a entrée d'ions calcium dans les cellules. Puisque les kératinocytes subissent une entrée de calcium au cours de leur différenciation, ces cellules pourraient exocyter des lysosomes dans ces circonstances. Un traitement de kératinocytes avec un ionophore induit en effet une sécrétion de la forme mature lysosomale de la cathepsine D, une libération de l'activité des enzymes lysosomales solubles cathepsine C et β-galactosidase, ainsi que l'apparition des protéines lysosomales membranaires Lamp-1 et Lamp-2 au niveau de la membrane plasmique. L'exocytose de lysosomes peut donc faire partie de la différenciation des kératinocytes, mais permet aussi à ces cellules de réparer des ruptures de la membrane plasmique.
Puisque le cholestérol pourrait contrôler certaines voies de signalisation au cours de la différenciation des kératinocytes, nous avons analysé les effets d'une déplétion en cholestérol induite par un traitement avec la méthyl-β-cyclodextrine sur le phénotype et la signalisation du kératinocyte. Cette déplétion induit une augmentation de l'expression de l'involucrine, marqueur de différenciation tardive, et une répression de l'expression de la kératine 10, marqueur de la différenciation précoce, et de la kératine 14, marqueur des k??ratinocytes non-différenciés. Ce traitement active le récepteur de l'EGF et HER2, ainsi que la MAP kinase p38 dont l'activation (en particulier l'activation de p38α) est responsable de l'augmentation de l'expression de l'involucrine.
En résumé, nos observations suggèrent un nouveau rôle pour les lysosomes au cours de la différenciation des kératinocytes épidermiques, mais suggèrent surtout un rôle critique du cholestérol dans la régulation de ce processus.Role of lysosomes and cholesterol during the differentiation process of epidermal keratinocytes (by Ralph Jans)
A major part of the protective role of the epidermis, superficial layer of the skin, is guaranteed by the keratinocytes that differentiate progressively and terminally in the suprabasal layers of this tissue. The renewal of the epidermis is performed by proliferating stem cells in the basal layer. Perturbation of the mechanisms that regulate the proliferation and/or the differentiation of keratinocytes leads to an invalid barrier function. Therefore, elucidating these mechanisms is a major challenge for skin researchers.
In several cell types, lysosomes undergo exocytosis upon entry of calcium into the cells. Since keratinocytes are subjected to an entry of calcium during their differentiation in vivo, these cells could exhibit an exocytosis of lysosomes under these circumstances. The results presented in this work show that an incubation of keratinocytes with the calcium ionophore ionomycin triggers the secretion of the enzymatic activities of the lysosomal enzymes cathepsin C and β-galactosidase as well as the release of the lysosomal form of cathepsin D. This treatment also induces the appearance of the lysosomal membrane proteins Lamp-1 and Lamp-2 at the plasma membrane of keratinocytes. Exocytosis of lysosomes could be part of the keratinocyte differentiation process, but could also allow these cells to repair their plasma membrane upon disruption due to mechanical stresses.
Since cholesterol could be involved in the regulation of several signal transduction pathways during keratinocyte differentiation, we have investigated the effects of a depletion of cholesterol on the keratinocyte phenotype and on selected signaling pathways. Cholesterol depletion was induced by incubating the cells with methyl-β-cyclodextrin. This treatment, followed by an inhibition of cholesterol neosynthesis using lovastatin, triggers an upregulation of the expression of involucrin, a late differentiation marker, and a downregulation of keratin 10 and keratin 14, which, respectively, are markers of early-differentiating and undifferentiated keratinocytes. Cholesterol depletion activates the membrane receptors EGFR and HER2 and the MAP kinase p38. Using the specific inhibitor PD169316, we demonstrate that the p38α isoform is responsible for the upregulation of involucrin during cholesterol depletion. In summary, our observations suggest a novel role for lysosomes during keratinocyte differentiation and indicate a critical role for cholesterol in the regulation of this process.(DOCMED00)--FUNDP, 200
Etude immunocytochimique des pectines du méristème de Sinapis alba L. et de leurs modifications lors de la transition florale
No full textLes pectines de la paroi cellulaire végétale sont impliquées dans un grand nombre de processus physiologiques. Toutefois, la fonction exacte des pectines - au niveau structurel comme dans le contexte de la biologie et du développement cellulaire - est toujours un sujet de controverses. D'autre part, des observations soulèvent la question du rôle des fragments pectiques dans le contrôle de la floraison (Marfà et al., 1991) et les changements de communication intercellulaire observés au sein du méristème apical lors de la transition florale (Ormenese et al., 2000, 2002) impliquent des modifications biochimiques de la structure de la paroi cellulaire. Comme décrit par Liners et al. (1994), nous avons étudié par immunocytochimie (microscopie électronique et confocale) la nature, la localisation et le contenu en pectines dans des méristèmes de plantes de Sinapis en conditions végétatives ainsi que lors de la transition florale. Une diminution importante mais transitoire du contenu en homogalacturonanes de la paroi cellulaire est observée au cours des premières heures de la transition florale. Cette diminution du contenu en pectines doit être la conséquence d'une libération d'enzymes pectolytiques dont les pectine méthylestérases (PME) au niveau du méristème. Afin d'étudier l'expression des PME dans le méristème lors de la transition florale, nous avons produit et caractérisé un polysérum contre un zone extrêmement conservée des gènes de PME de S. alba./Immunocytochemical study of pectins and pectin modifications at floral transition in meristems of Sinapis alba L.
By Stéphanie Sobry
Abstract :
Plant cell wall pectins are implicated in a large number of physiological processes. However, the exact functions of pectins - at a structural level as well as in the context of cell biology and development - are still debatable. On the other hand, observations raise the question as to whether pectic fragments are involved in the in vivo control of flowering (Marfà et al., 1991) and communication changes between the cells of the apical meristem in floral transition (Ormenese et al., 2000, 2002) imply biochemical modifications of the cell wall structure. Using immunocytochemistry (electron and confocal as described in Liners et al. (1994), we studied the nature, localization and content of pectins in meristems of Sinapis in vegetative plants and at floral transition. A marked but transient decrease of the homopolygalacturonic content of the cell wall occurs in the first hours of the transition to flowering. This pectin content decrease must be due to the release of pectolytic enzymes like pectin methylesterase (PME) in the meristem. To study PME expression in the meristem at floral transition, we raised and characterized polyclonal antibodies to highly conserved sequences of S. alba PME genes.(DOCSC03)--FUNDP, 200
Contribution à l'étude de la transfection hydrodynamique : effet de l'injection hydrodynamique sur l'endocytose par le foie/
No full textNotre travail concerne la transfection génique. Celle-ci nécessite l'envoi au noyau cellulaire d'ADN exogène, c'est-à-dire, d'une grosse molécule hydrophile, qui, normalement ne peut pénétrer dans la cellule que par endocytose. Or, un tel processus conduit habituellement à une dégradation de la molécule, en grande partie dans les lysosomes. Dans notre introduction, après un bref rappel sur l'endocytose, nous présenterons les moyens qui permettent à l'ADN exogène d'échapper à une hydrolyse intracellulaire et d'atteindre le noyau sous une forme fonctionnelle.
Les résultats que nous avons présentés nous apportent des informations sur l'influence de l'injection hydrodynamique sur l'endocytose par le foie. Rappelons que notre travail avait deux buts principaux : contribuer à l'élucidation du mécanisme de la transfection hydrodynamique et rechercher si l'injection hydrodynamique pouvait présenter des avantages pour introduire des protéines dans les cellules hépatiques.(DOCMED00)--FUNDP, 200
A Methodology for Automating Guideline Review of Web Sites
No full textThis work consists in proposing a methodology to improve automated evaluation of the ergonomic quality of web sites (with special focus on usability and accessibility) by static analysis of HTML code of their pages using the evaluation technique called guideline review.
This methodology will be articulated around:
- A framework that defines a systematic and consistent way for structuring guidelines in order to enable their automatic evaluation;
- A guideline definition language (GDL) able to express guideline information in a sufficiently rich manner to enable an evaluation engine to perform automated evaluation of any GDL-compliant guideline;
- Tools to support the proposed methodology. The tools are (1) a structuring tool (editor) to enable the specification and manipulation of guidelines structures (structured following the framework and expressed in a GDL-compliant form) and (2) an evaluation tool which uses the guidelines to conduct the evaluation of Web sites.(DOCSC06)--FUNDP, 200
Les complexes métallo-organiques au cuivre (II), une nouvelle famille d'inhibiteurs de la protéase du virus de l'immunodéficience humaine de type 1/Metallo-organic copper (II) complexes as a new family of HIV-1 protease inhibitors
No full textLa protéase du VIH-1 est une cible de choix dans le traitement du SIDA, car l'inhibition de
son activité protéolytique contrecarre la réplication virale. Dans ce contexte, une approche de conception de novo d'inhibiteurs non peptidiques de cet enzyme, réalisée au sein de notre laboratoire, avait permis d'épingler une famille originale de complexes métallo-organiques au cuivre (II). Au cours de cette thèse, nous avons entrepris la caractérisation physico-chimique et structurale de ces composés afin d'élucider leur mode d'interaction avec la protéase, en nous appuyant sur diverses techniques expérimentales (DRX, RPE, ESI-MS) et théoriques(mécanique moléculaire, SIBFA). En particulier, nous avons montré que la stabilité
thermodynamique de ces complexes en solution était indispensable à toute activité biologique.
L'adaptation de la méthode SIBFA aux complexes au cuivre (II) nous a permis d'étudier les phénomènes énergétiques intervenant dans leur stabilité. Enfin, nous avons réuni les critères
structuraux responsables de l'activité anti-protéolytique de ces complexes au sein d'un
modèle pharmacophorique optimalisé./HIV-1 protease is a main target for the AIDS treatment, because its inhibition blocks the viral replication. De novo drug design, previously conducted in our laboratory, had pointed out
several copper (II) chelates as a new family of non peptidic protease inhibitors. In order to
provide a better understanding of their structure-activity relationships, we performed the physico-chemical characterization of these compounds using experimental (XRD, EPR, ESIMS)and theoretical (molecular mechanics, SIBFA method) techniques. We demonstrated that the thermodynamic stability of the complexes is an essential property to provide inhibitory activity. The SIBFA procedure adapted to copper (II) complexes helped us to study the energetics involved in the stability process. From our results, we derived a pharmacophore model describing the structural properties needed to achieve a good inhibition of the enzyme.(DOCSC02)--FUNDP, 200
Analyse et modélisation de nouveaux inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse du virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1)
No full textRésumé Le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) est l'agent pathogène responsable du Syndrome del'Immunodéficience Acquise (SIDA). A l'heure actuelle, le traitement des patients infectés par le VIH estbasé sur l'emploi de substances chimiques destinées à perturber les différentes étapes du cycle deréplication du virus (chimiothérapie). Même si elles permettent d'améliorer l'état de santé des patientset d'augmenter leur espérance de vie, ces thérapies restent coûteuses, contraignantes et imparfaites.La recherche de nouveaux composés plus efficaces reste donc d'actualité. Ce travail de thèse est dédié à la conception rationnelle et à l'étude d'inhibiteurs non nucléosidiques dela transcriptase inverse du VIH-1 (INNTI) une enzyme essentielle au cycle de réplication de ce virus.Les molécules étudiées dérivent du cycle 2-pyridinone dont sont déjà issues plusieurs familles d'INNTIdécrites dans la littérature. La conception rationnelle de molécules d'intérêt pharmaceutique nécessite une bonne compréhensiondes interactions mises en jeu entre la macromolécule cible et ses ligands. Etant donné qu'aucunestructure cristallographique d'un complexe TI-pyridinone n'est disponible dans la littérature, la premièrepartie de ce travail est consacrée à la proposition d'un mode d'interaction TI-pyridnone et à larationalisation des relations structure-activité liées à cette famille de molécules. Les informationsrecueillies lors de cette étude théorique sont ensuite exploitées dans le but d'aider au développementd'une nouvelle série d'inhibiteurs.
Abstract Human Immunodeficiency Virus (HIV) is the causative agent of Acquired Immune DeficiencySyndrome (AIDS). Treatment of HIV-infected patients is currently based on the use of chemicalcompounds that interfere with various steps of the viral replication cycle (chemotherapy).Although these therapies allow for a significant improvement of a patient's health, theynonetheless remain imperfect and expensive. Research for new and improved anti-HIVcompounds is therefore necessary. This Ph. D. thesis is dedicated to the rational design and analysis of new non nucleosideinhibirors of HIV-1 reverse transcriptase (NNRTI), a key enzyme in HIV lifecycle. Most of thestudied compounds are derived from the 2-pyridinone ring, that is part of several NNRTIfamilies. Rational drug design usually requires a good understanding of the main interactions betweenthe macromolecular target (RT) and its ligands. However, no crystal structure of a RT-pyridinone complex has been reported yet. Our first objective was therefore to build atheoretical model describing RT-pyridinone interactions and providing a better understanding ofstructure-activity relationships among pyridinones. The information obtained in this theoreticalmodel was then used in order to develop new and potent inhibitors.(DOCSC02)--FUNDP, 200
Description et analyse des processus de socialisation corporelle en contexte de formation professionnelle : le cas de la formation en Soins infirmiers
No full textL'objectif de la recherche est de rendre compte de la socialisation corporelle secondaire des infirmiers, c'est-à-dire saisir, au moment où les processus se déroulent, la manière dont, au travers de la formation, des jeunes deviennent petit à petit des infirmier(e)s, et cela en particulier dans leur corps et dans leur rapport au corps.
Devenir soignant suppose de développer des aptitudes physiques particulières (au plan sensorimoteur et sensoriel, comme par exemple être capable de prendre la tension artérielle ou réaliser un pansement) et aussi un rapport particulier au corps, son propre corps de soignant (par exemple dans le fait de porter un uniforme de travail) et surtout celui d'autrui (déroger aux codes rituels d'interaction corporelle et entrer en contact avec les corps malades, nus ou stigmatisés).
Comment la formation en Soins infirmiers prend en charge ce facteur corporel particulier dans la formation des nouvelles recrues et comment l'intègre-t-elle dans la dynamique collective de professionnalisation du métier ?
Il s'agit d'une recherche de type interactionniste, basée sur l'observation participante au sein d'une classe de première année de la formation en SI et d'interviews d'étudiants.(DOCSESG02)--FUNDP, 200