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Expresión y localización intracelular de las proteínas codificadas en los loci de apareamiento de Candida glabrata
Get PDFTesis (Doctorado en Ciencias en Biología Molecular)"La reproducción sexual en hongos diploides es regulada por los genes codificados en el locus MAT (mating type), que determinan los tipos de apareamiento. A pesar de ser un organismo asexual, Candida glabrata posee tres loci de apareamiento: MTL1, MTL2 y MTL3 que contienen genes ortólogos a los necesarios para el apareamiento en Saccharomyces cerevisiae: alfa1, alfa2 y a1. Los genes alfa1 y alfa2 se encuentran en MTL1; alfa1 y alfa3 en MTL3 y, en dos aislados clínicos que poseen información alfa en MTL2, se encuentran los genes alfa1 y alfa4. Hemos econtrado que en C. glabrata existen tres alelos del gen alfa2: alfa2, alfa3 y alfa4, los tres poseen la secuencia homeodomino que en S. cerevisiae permite a las proteínas unirse al DNA para la regulación de sus genes blanco. Para estudiar la función de los loci MTL y la localización de las proteínas que codifican hemos generado vectores de expresión para fusiones traduccionales de cualquier gen de C. glabrata con tres secuencias de fluoróforos o epítopos. Encontramos que las proteínas alfa1 y alfa2 de C. glabrata se localizan en el núcleo, lo cual es congruente con su posible función como factores transcripcionales como sucede en otras levaduras. Al sobreexpresar los genes alfa de C. glabrata encontramos que las proteínas correspondientes se localizan tanto en el núcleo como en el citoplasma. En C. glabrata los genes alfa1 y alfa2 se inducen en condiciones de limitación de nutrientes y durante estrés osmótico independientemente de la información de aparemiento de los loci MTL. El gen a1 parece no expresarse en las condiciones de estrés nutricional de estrés osmótico. Los loci MTL1a y MTL1alfa de C. glabrata no complementan para el apareamiento en S. cerevisiae. La regulación de la expresión de los genes de apareamiento en C. glabrata es distinta a la descrita en S. cerevisiae y como trabajo futuro será determinar cuáles son los genes blanco que son regulados por genes codificados en los loci MTL de C. glabrata.""Sexual reproduction in fungi is regulated by the genes encoded in the MAT (mating type) locus. Despite being an asexual organism, C. glabrata has three mating loci: MTL1, MTL2 and MTL3 containing the orthologous genes to those required for mating in Saccharomyces cerervisiae: alfa1, alfa2 y a1. alpha genes are distributed as follows in the genome: alpha1 and alpha2 are localized in MTL1; alpha1 and alpha3 in MTL3; and in only two clinical isolates in which we found alpha information in MTL2 we have alpha1 and alpha4 genes. We found that in C. glabrata there are three alpha2 alleles and all of them have a homeodomain sequences that allow DNA binding to regulate its target genes in the S. cerevisiae orthologues. To study the function of these genes and the localization of the respective proteins we generated expression vectors to generate translational fusions of any gene of C. glabrata with three fluorophores or epitopes sequences. C. glabrata alpha1 and alpha2 proteins are localized at the cell nucleus which is consistent with a possible role as transcriptional factors as in other yeasts. When alpha1 and alpha2 genes are overexpresed, we found that the proteins are localized not only in the nucleus but throughout the entire cell. In C. glabrata alpha1 and alpha2 genes are induced under conditions of nutrient limitation and during osmotic stress information regardless of the MTL aparemiento loci. The a1 gene promoter appears to be inactive under conditions of nutrient limitation and osmotic stress. C. glabrata MTL1a and MTL1alfa loci do not complement mating in S. cerevisiae. The regulation of gene expression in C. glabrata mating differs from that described in S. cerevisiae. As a future work we will determine which target genes are regulated by the MTL genes of C. glabrata.
Substrate-induced dimerization of engineered monomeric variants of triosephosphate isomerase from Trichomonas vaginalis
Get PDF"The dimeric nature of triosephosphate isomerases (TIMs) is maintained by an extensive surface area interface of more than 1600 angstrom 2. TIMs from Trichomonas vaginalis (TvTIM) are held in their dimeric state by two mechanisms: a ball and socket interaction of residue 45 of one subunit that fits into the hydrophobic pocket of the complementary subunit and by swapping of loop 3 between subunits. TvTIMs differ from other TIMs in their unfolding energetics. In TvTIMs the energy necessary to unfold a monomer is greater than the energy necessary to dissociate the dimer. Herein we found that the character of residue I45 controls the dimer-monomer equilibrium in TvTIMs. Unfolding experiments employing monomeric and dimeric mutants led us to conclude that dimeric TvTIMs unfold following a four state model denaturation process whereas monomeric TvTIMs follow a three state model. In contrast to other monomeric TIMs, monomeric variants of TvTIM1 are stable and unexpectedly one of them (I45A) is only 29-fold less active than wild-type TvTIM1. The high enzymatic activity of monomeric TvTIMs contrast with the marginal catalytic activity of diverse monomeric TIMs variants. The stability of the monomeric variants of TvTIM1 and the use of cross-linking and analytical ultracentrifugation experiments permit us to understand the differences between the catalytic activities of TvTIMs and other marginally active monomeric TIMs. As TvTIMs do not unfold upon dimer dissociation, herein we found that the high enzymatic activity of monomeric TvTIM variants is explained by the formation of catalytic dimeric competent species assisted by substrate binding.
Producción de hidrógeno a partir de hidrolizados de bagazo de Agave tequilana Weber var. azul: efecto del procesamiento de la piña y de la sacarificación del bagazo
Get PDFTesis (Maestría en Ciencias Ambientales)"El bagazo de Agave tequilana Weber var. azul (BAT) es un residuo lignocelulósico que resulta del proceso de cocción de la piña de A. tequilana (PAT) para extraer azúcares fermentables para la elaboración del tequila. En este trabajo se estudiaron los cambios químicos y morfológicos de los constituyentes lignocelulósicos durante diferentes procesamientos (proceso tradicional de cocción y dos procesos mecánicos alternos) de la PAT y durante diferentes tratamientos de sacarificación (hidrólisis enzimática e hidrólisis ácida) del BAT para la producción de hidrógeno vía fermentación oscura. También se estudió la remoción de compuestos fenólicos, formados durante el proceso de cocción de la PAT y durante los tratamientos de sacarificación del BAT, empleando la resina de adsorción AMBERLITETM FPX66 y su efecto sobre la producción de hidrógeno. La caracterización de las fibras de la PAT y BAT mostró que el proceso de cocción es eficiente para extraer azúcares fermentables de la PAT. Dicha extracción estuvo asociada a la destrucción del parénquima, permitiendo que el esclerénquima quedara expuesto en el BAT. La hidrólisis ácida del BAT fue más eficiente que la hidrólisis enzimática, removiendo en mayor medida a la fracción amorfa del BAT y solubilizando los cristales de oxalato de calcio presentes en el BAT. Sin embargo, la cristalinidad de celulosa no se vio afectada. La optimización de la hidrólisis enzimática permitió incrementar modestamente el rendimiento de sacarificación del BAT y disminuir de forma importante la concentración de la enzima empleada (Celluclast 1.5L). La resina de adsorción AMBERLITETM FPX66 fue eficiente para remover compuestos fenólicos en el hidrolizado ácido permitiendo mejorar el proceso de producción de hidrógeno a partir de dicho hidrolizado; esto no se observó con el hidrolizado enzimático. La remoción de compuestos solubles remanentes en el BAT formados durante el proceso de cocción de la PAT, mediante lavados del BAT, mejoró la producción de hidrógeno. Sin embargo, este efecto no se debió a la remoción de compuestos fenólicos.""Agave tequilana Weber var. azul bagasse (BAT) is a lignocellulosic residue that results from cooking process of A. tequilana head (PAT) to extract fermentable sugars for the tequila production. In this thesis a study was conducted on the chemical and morphological changes of lignocellulosic constituents during different processing (traditional cooking process and two alternative mechanical processes) of the PAT and during different saccharification treatments (enzymatic hydrolysis and acid hydrolysis) for hydrogen production via fermentation dark. Also the removal of phenolic compounds formed during the cooking process of the PAT and during saccharification treatment of BAT using adsorption resin AMBERLITE FPX66 was studied, and also the effect of that removal on the hydrogen production. The characterization of PAT and BAT fibers showed that the cooking process is an efficient treatment to extract fermentable sugars of the PAT. This extraction was associated with parenchymal destruction, allowing the sclerenchyma to be exposed in the BAT. Acid hydrolysis of BAT was more efficient than the enzymatic hydrolysis, because the acid hydrolysis removed mainly the amorphous fraction of BAT, and the calcium oxalate crystals present in the BAT were also solubilized. However, the crystallinity of cellulose was unaffected. The optimization of the enzymatic hydrolysis allowed a modest increase in the performance of the saccharification of BAT and reduced the concentration of enzymes employed (Celluclast 1.5L). The adsorption resin AMBERLITETM FPX66 efficiently removed phenolic compounds in the acid hydrolysates allowing improvement of the hydrogen production. This was not observed with enzymatic hydrolysates. Removal of soluble compounds formed during the cooking process of the BAT, by washing it with water, improved hydrogen production. However, this effect was not due to the removal of phenolic compounds.
Expression and characterization of a recombinant psychrophilic Cu/Zn superoxide dismutase from deschampsia antarctica E. Desv. [Poaceae]
No full text"We present here the structural modeling and biochemical characterization of a recombinant superoxide dismutase (SOD) from Deschampsia antarctica E. Desv. [Poaceae] produced in Escherichia coli. The recombinant protein was purified by affinity chromatography nickel-nitrilotriacetic acid (Ni-NTA), and its identity was demonstrated by immunoblotting and inhibition by H2O2 and KCN. Inductively coupled plasma optical emission spectroscopy (ICP-OES) analysis confirmed the presence of Cu and Zn. Modeling of the D. antarctica Cu/Zn-SOD (DaSOD) amino acid sequence using the SWISS-MODEL and 2Q2L_B monomer of the psychrophilic Cu/Zu-SOD from Potentilla atrosanguinea (PaSOD) as template produced a structure similar to that of the typical eukaryotic Cu/Zn-SODs. Activity assays using the p-nitro blue tetrazolium chloride (NBT) solution method showed that the purified DaSOD had a specific activity of 5818 U/mg at 25 °C and pH 7.2 and that it was active in a pH interval of 5–8 and a temperature interval of 0–40 °C. Furthermore, DaSOD was still active at −20 °C as observed by a zymogram assay. We found 100 % activity when it was heated at 80 °C for 60 min, indicating a high thermostability. DaSOD properties suggest that this enzyme could be useful for preventing the oxidation of refrigerated or frozen foods, as well as in the preparation of cosmetic and pharmaceutical products.
Evidencia de la función de AtGRDP1 como una proteína chaperona de RNA
Get PDF"Las proteínas ricas glicina (GRPs) tienen una región con motivos Glyn-X contiguos, que se ubica en el extremo carboxilo terminal. Se clasifican en 5 grupos, de los cuales, las proteínas del grupo IV se caracterizan por la presencia de uno o más dominios de unión a RNA, y se han denominado proteínas de unión a RNA ricas en glicina (RB-GRPs). Estas proteínas actúan como reguladores de la expresión génica a nivel post-transcripcional durante el desarrollo y en repuesta a estrés abiótico en plantas. Recientemente, nuestro grupo reportó por primera vez al gen AtGRDP1 (Glycine-Rich Domain Protein 1) en Arabidopsis, el cual codifica para una proteína de 819 aminoácidos con un dominio rico en glicinas (GRD) en el carboxilo terminal. Además del dominio GRD, contiene un dominio de función desconocida (DUF1399), y un posible motivo de unión a RNA (RNP-1). El gen AtGRDP1 tiene 8 exones y 7 intrones, se ha reportado una variante generada por splicing alternativo sobre el transcrito primario a la que denominamos AS_AtGRDP1, que en comparación con la versión AtGRDP1 “completa”, carece del dominio GRD. A pesar de descubrir que AtGRDP1 participa en la respuesta al estrés abiótico, y que puede jugar un papel regulatorio en la vía de señalización del ácido abscísico (ABA), la función de esta proteína no ha sido definida. Con el propósito de descubrir la función de la proteína AtGRDP1 completa y de AS_AtGRDP1, se evaluó su capacidad de evitar la terminación de la transcripción del gen de resistencia a cloranfenicol en la cepa RL211 de Escherichia coli. La expresión heteróloga de la versión AtGRDP1 completa confiere resistencia a cloranfenicol a la cepa RL211, lo que sugiere la capacidad de AtGRDP1 para unirse al terminador trpL y actuar como chaperona de RNA. Por el contrario, la versión AS_AtGRDP1 no confiere resistencia a cloranfenicol. Adicionalmente, se evaluó el efecto de la aplicación exógena de ABA en bajas concentraciones sobre la línea mutante del gen AtGRDP1 (Atgrdp1) durante la germinación y la formación de cotiledones. Las semillas de la línea Atgrdp1 mostraron un retraso en la germinación y una disminución en el desarrollo de cotiledones verdes en comparación con Col-0; sin embargo, mostraron menor sensibilidad al comparar contra la línea sobre-expresora del factor de transcripción ABI5 (hipersensible a ABA). En este estudio mostramos evidencia nueva de la función de la versión AtGRDP1 completa como chaperona de RNA.""Glycine-rich proteins (GRPs) have a region with Glyn-X motifs, located at the carboxyl terminus. The GRPs are classified in 5 groups, based on the conserved domains contained. The members of group IV have one or more RNA binding domains, and they are named RNA-Binding Glycine Rich Proteins (RB-GRPs). The RB-GRPs are regulators of gene expression at the post-transcriptional level during development and in response to abiotic stress in plants. Recently, our group reported the novel gene of Arabidopsis, AtGRDP1 (Glycine Rich Domain Protein 1), which encodes a protein with a glycine rich domain (GRD) at the carboxyl terminus. Besides the GRD domain, AtGRDP1 protein contains a domain of unknown function 1399 (DUF1399) and a potential RNA binding motif (RNP-1). The AtGRDP1 gene has 8 exons and 7 introns, it has been reported a variant generated by alternative splicing of the primary transcript which lacks the GRD domain and we named AS_AtGRDP1. Despite the involvement of AtGRDP1 in the response to abiotic stress in Arabidopsis, and that AtGRDP1 could play a regulatory role in abscisic acid (ABA) signaling pathway, the function of AtGRDP1 protein has not been defined. In order to discover the function of AtGRDP1 and AS_AtGRDP1 versions, we evaluated its ability to prevent the termination of the transcription of the chloramphenicol resistance gene in Eschericha coli RL211. Heterologous expression of the full AtGRDP1 version confers chloramphenicol resistance, which suggests the ability of AtGRDP1 to bind to the trpL terminator, and acts as RNA chaperone. By contrast, the AS_AtGRDP1 version does not confer chloramphenicol resistance. Additionally, we evaluated the effect of exogenous ABA application at low concentrations on Atgrdp1 mutant line during germination and the cotyledon development. The seeds of the Atgrdp1 mutant showed a delayed germination and a reduction in the green cotyledons development compared to Col-0 seeds. However, when we compared with an ABA hypersensitive line, as ABI5 overexpressing line, the Atgrdp1 mutant is less sensitive. In this study, we show evidence that suggests that the complete AtGRDP1 protein functions as an RNA chaperone.
Sobre el comportamiento dinámico de un tipo de biorreactor con un coeficiente de rendimiento no convencional
No full text"The goal of this work is to analyze by numerical bifurcation the dynamical behavior of a class of continuous bioreactor used to hydrolyze cellulose using Cellulomonas cellulans, talcing into account the effect of mo deling the growth rate of this microorganism by six different kinetics models (monotonic and non-monotonic). Furthermore, it is considered that the biomass yield can be modeled as a constant or a variable case, for the variable case, a substrate dependent Gaussian-type function was proposed. The proposed non-conventional yield function is a realistic appro ach that describes the behavior of the cellular yield, unlike other modelt, this one Is bounded to the maximum cellular yield and can be extrapolated to several operation conditions. Numerical results show changes in the equilibrium branches due to the kinetic growth model used. The non-conventional model of biomass yield produces a shift in the steady state multiplicity intervals, and new limit cycles were found with certain specific values of dilution rate and substrate feed.""El objetivo de este trabajo es analizar mediante bifurcation numerica el comportamiento dinámico de una clase de biorreactor continuo, utilizado para la hidrolisis de carboximetilcelulosa por Cellulomonas cellulans, tomando en cuenta el efecto de modelar la velocidad de crecimiento de este microorganismo por seis diferentes modelos cineticos no estructurados (monotonicos y no-monotónicos). En el analisis se considera que el rendimiento celular puede ser modelado como un valor constante o variable, para este ultimo caso, fue propuesta una funcion tipo Gaussiana dependiente de la concentration de sustrato. El modelo para el rendimiento celular variable utilizadorepresenta un enfoque mas realista para describir el rendimiento celular, a diferencia de otros modelos reportados, la funcion es acotada al maximo rendimiento celular y puede ser extrapolado a diferentes condiciones de operation. Los resultados numericos revelan cambios en las ramas de equilibrio debido al modelo de crecimiento utilizado. El modelo no convencional del coeficiente de rendimiento ocasiona un desplazamiento en los intervalos de multiplicidad de estados estacionarios, cambios en la estabilidad de los puntos de equilibrio y el surgimiento de ciclos límite a ciertos valores específicos de la tasa de dilution y de la concentration del sustrato de alimentation.
Identification of diagenetic calcium arsenates using synchrotron-based micro X-ray diffraction
Get PDF"In this work, we identify the type of calcium arsenates found in sediment samples from an aquifer located in Matehuala, San Luis Potosí, México. Sediments in contact with levels up to 158 mg/L of arsenic in neutral pH water were studied by X-ray diffraction, scanning electron microscopy coupled to energy dispersive X-ray analyses (SEM-EDS), and synchrotron based X-ray diffraction. Identification of these calcium arsenates by X-ray analysis has proved to be very difficult to achieve because the precipitates of interest are on the microscale and immerse in a matrix of calcite, gypsum, and quartz comprising nearly 100 % of the samples. Needle-like specimens composed of calcium, arsenic, and oxygen were, however, commonly observed in sediment samples during SEM-EDS analyses in backscattered mode. Synchrotron based X-ray analyses revealed some peaks that were compared with published data for guerinite, haindingerite, and pharmacolite suggesting that these were the calcium arsenates present in sediments, the calcium arsenates that control the solubility of arsenic in the contaminated aquifer in Matehuala, and the calcium arsenates that prevail in the long-term in the environment after cycles of dissolution and precipitation. The identification of these calcium arsenates is consistent with the environmental conditions prevailing at the study area and the SEM-EDS observations. However, its identification is not unequivocal as the comparison of experimental data collected in single crystal specimens against X-ray diffraction references collected in powders prevents a strictly proper identification of the specimens analyzed. In this way, scorodite was also identified by synchrotron based X-ray analyses however its presence is inconsistent with the environmental conditions and the calcium arsenate associations found in this study. Scorodite identification was therefore considered tentative. A thorough examination, with additional and/or improved analytical techniques, should be undertaken to find an environmentally sound explanation for the diffraction peaks assigned to scorodite, which might be from a clay a mineral, probably with no arsenic.""En este trabajo identificamos el tipo de arseniatos de calcio que se encuentran en muestras de sedimento de un acuífero altamente contaminado con arsénico ubicado en Matehuala, San Luis Potosí, México. Los sedimentos en contacto con hasta 158 mg/L de arsénico en agua a pH neutro se estudiaron por difracción convencional de rayos X, microscopía electrónica de barrido acoplado a análisis de dispersión de energía de rayos X (SEM- EDS) y micro difracción de rayos X en sincrotrón. La identificación de arseniatos de calcio por análisis convencionales de difracción de rayos X no fue posible debido a que los especímenes de interés son de tamaño microscópico y se encuentran en una matriz de calcita, yeso y cuarzo que comprende casi el 100 % de las muestras, lo que imposibilita separar la señal de los arseniatos de la señal de la matriz y/o el ruido. No obstante, especímenes aciculares compuestos de calcio, arsénico y oxígeno se observaron comúnmente en las muestras de sedimento durante los analices SEM-EDS utilizando un detector de electrones retrodispersados. En contraste, los análisis de rayos X en sincrotrón permitieron revelar algunos picos característicos de guerinita, haidingerita y farmacolita, lo que sugiere que estos son los arseniatos de calcio presentes en los sedimentos, los arseniatos de calcio que controlan la solubilidad del arsénico en el acuífero contaminado en Matehuala y los arseniatos de calcio que prevalecen a largo plazo en el ambiente después de ciclos de disolución y precipitación. La identificación de estos arseniatos es consistente con las condiciones ambientales del sitio de estudio y las observaciones SEM-EDS, sin embargo, dicha identificación no es inequívoca debido a la comparación de patrones experimentales de difracción de rayos X tomados en monocristales contra tarjetas de difracción de polvos, lo que previene la identificación estrictamente apropiada de los especímenes analizados. En este sentido, también se identificó escorodita pero su presencia es cuestionable a pH 7 y en presencia de guerinita, haidingerita y farmacolita por lo que este último resultado debe tomarse con reserva y un estudio más profundo, con técnicas analíticas adicionales y/o mejoradas, debe llevarse a cabo para encontrarle una explicación ambientalmente consistente a los picos de difracción de rayos X asignados a la escorodita, mismos que podrían corresponder a algún mineral arcilloso que podría no contener arsénico.
Análisis funcional y estructural de la proteína Clp de Xanthomonas campestris pv. campestris
Get PDFTesis (Maestría en Ciencias en Biología Molecular)"Clp (Crp-like protein) es el factor de transcripción global de la virulencia en la bacteria Gram negativa Xanthomonas campestris pv. campestris, fitopatógeno de una gran relevancia económica. A pesar de pertenecer a la superfamilia de factores de transcripción de CAP, Clp es único en su clase al no requerir de un modulador alostérico para ser capaz de unirse al DNA. De hecho, su ligando el cdi-GMP actúa como inhibidor al producir cambios alostéricos en la estructura terciaria de Clp. Estas características y la poca homología a nivel de secuencia y estructura con otros efectores de c-di-GMP hacen de Clp un factor de transcripción único. Nuestro objetivo es resolver la estructura tridimensional del complejo Clp-DNA. Como parte de nuestro diseño experimental, expresamos Clp en la cepa BL21 (DE3) Star de Escherichia coli utilizando el vector pET28pps La inducción se realizó con 0.2 mM de IPTG a 37 ºC por 8 horas tras un choque frío de 2 horas a 4 ºC. La purificación por cromatografía de afinidad a níquel en un amortiguador optimizado con 250 mM de NaCl, 100 mM de LiCl y 20 mM de Tris a pH 8.0 presentó un rendimiento de purificación de 3mg/L. Por análisis de Thermofluor se observó que el NaCl y el LiCl aumentaron la estabilidad térmica de Clp. El ensayo de movilidad por cromatografía de exclusión molecular mostró que el tiempo de retención disminuye para el complejo Clp-DNA (12.18 min = 242391 Da) con respecto al DNA por sí solo (19.10 min = 11329 Da). Las primeras pruebas de cristalización del complejo Clp-DNA mostraron una proporción de 23.2% de precipitados. De forma paralela se logró la subclonación de CAP en el vector pET28pps, la expresión y purificación arrojó un rendimiento de 24 mg/L. Esto servirá para un análisis comparativo de la interacción con el DNA de Clp y CAP por microscopía de fuerza atómica.""Crp-like protein (Clp) is the virulence global transcription factor of the Gram negative bacteria Xanthomonas campestris pv. campestris, phytopatogen of great economic relevance. Even though it belongs to the CAP transcription factors superfamily, Clp is unique because it does not require an alosteric modulator for the binding to DNA. In fact, its ligand, c-di-GMP acts in an inhibitory way by triggering alosteric changes on Clp tertiary structure. These characteristics and the low structure and sequence homology with others c-di-GMP effectors make of Clp a unique transcription factor. Our main goal was to obtain the Clp-DNA tertiary structure. Experimental design consist in Clp expression on the pET28pps vector using Escherichia coli BL21 (DE3) Star cells. Expression was induced with IPTG 0.2 mM, 8h at 37 ºC after a thermal shock of 2 h at 4 ºC. Immobilized metal ion affinity chromatography purification on a NaCl 250 mM, LiCl 100 mM and Tris-HCl 20 mM, pH 8.0 buffer showed a 3 mg/L performance. NaCl and LiCl increased Clp thermal stability as observed by Thermofluor. Size-exclusion chromatography movility shift assay (SEC-MSA) showed that the retention of the Clp-DNA complex decreased (12.18 min = 242391 Da) in accordance to the DNA by its own (19.10 min = 11329 Da). The first crystallization trials for the Clp-DNA complex showed a 23.2% precipitates proportion. CAP transcription factor was also cloned in the pET28pps vector, protein expression and purification were achieved with a 24 mg/L performance. The protein-DNA interaction of both Clp and CAP with DNA will be analyzed and compared by means of atomic force microscopy.
Modelado y análisis de redes evolutivas
Get PDF"En el presente trabajo estudiamos una red bajo dos procesos simultáneos de cambio: por una parte cada nodo es considerado un sistema dinámico y por otra parte, la estructura de la red evoluciona a lo largo del tiempo. Proponemos tres modelos de evolución estructural en los cuales, la dinámica de cambio de la estructura es interpretada como un sistema dinámico. En particular, nosotros nos basamos en el formalismo de las Autónomas Celulares y de los Sistemas Conmutados para definir las características de dicho sistema. Concerniente al análisis, realizamos la demostración de dos teoremas donde exponemos las condiciones para la estabilidad del estado sincronizado en una red dinámica bajo evolución estructural. Traducimos el problema de la estabilidad del estado sincronizado a un problema de desigualdades matriciales que involucran una matriz positiva definida y la matriz de acoplamiento. La base de nuestro análisis es el teorema de la función común de Lyapunov para sistemas conmutados.""In this work we study a network under two simultaneous dynamical processes: in the one hand each node is considered as a dynamical system and, on the other, the network structure evolves over time. We propose three structural evolution models where the dynamical change of the structure is interpreted as a dynamical system. In particular, we use the Cellular Automata formalism and Switching Systems theory in order to define the features of such dynamical system. With respect to their analysis, we propose two theorems were the synchronization stability conditions for a dynamical network under structural evolution are given. We traduce the stability problem of the synchronization state to a matrix inequalities problem involving a positive define matrix and the coupling matrix. Our analysis is based on the common Lyapunov function theorem for switching systems.
Barotropic FRW cosmologies with Chiellini damping in comoving time
Get PDF"For nonzero cosmological constant ?, we show that the barotropic FRW cosmologies as worked out in the comoving time lead in the radiation-dominated case to scale factors of identical form as for the Chiellini dissipative scale factors in conformal time obtained recently by us in Phys. Lett. A 379, 882 (2015). This is due to the Ermakov equation which is obtained in this case. For zero cosmological constant, several textbook solutions are easily obtained as particular cases of our formulas and hypergeometric solutions are also reminded.