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Eupatilina y 5,6,3’-trihidroxi-7,4’-dimetoxiflavona modulan diferencialmente la adipogénesis en células de mamífero
Full text linkLa obesidad es un problema de salud mundial, y una condición que se caracteriza por la hiperplasia e hipertrofia de los adipocitos, en la que la diferenciación adiposa juega un papel importante. La diferenciación adiposa es regulada por factores de transcripción, como PPARγ y C/EBPα, que desencadenan una cascada de señales que activan la maquinaria de síntesis de lípidos. Estudios previos muestran que flavonoides como Eupatilina (EUP) inhiben la activación de PPARγ y C/EBPα en preadipocitos 3T3-L1, pero se desconoce si tienen el mismo efecto sobre todos los linajes de preadipocitos. Los efectos de otros flavonoides como 5,6,3’-trihidroxi-7,4’-dimetoxiflavona (DIM) sobre la adipogénesis se desconocen. Nosotros purificamos EUP y DIM de Salvia amarissima y analizamos su efecto sobre la adipogénesis en preadipocitos múridos 3T3-F442A y preadipocitos humanos subcutáneos primarios, mediante la acumulación lipídica y el análisis de la expresión de PPARγ y C/EBPα. En preadipocitos 3T3-F442A se observó que EUP (10 µM) tiene un efecto anti-adipogénico al bloquear la acumulación lipídica y la expresión de PPARγ y CEBPα. Mientras que, DIM (10 µM) bloqueó la adipogénesis sobre preadipocitos humanos al disminuir la expresión de PPARγ y CEBPα. Los resultados sugieren que estos flavonoides son potenciales candidatos para estudios posteriores sobre adipogénesis.Obesity is a global health problem, which is characterized by hyperplasia and hypertrophy
of adipocytes, where the additive difference plays an important role. Adipose differentiation
is regulated by transcription factors, such as PPARγ and C/EBPα, which trigger a cascade
of signals that activate the lipid synthesis machinery. Previous studies show that
flavonoids such as Eupatilin (EUP) inhibit PPARγ activation and C/EBPα in 3T3-L1
preadipocytes, but it is unknown if they have the same effect on all preadipocyte lineages.
The effects of other flavonoids such as 5,6,3'-trihydroxy-7,4'-dimethoxyflavone (DIM) on
adipogenesis are unknown. We purified EUP and DIM of Salvia amarissima and analyzed
its effect on adipogenesis in murine preadipocytes 3T3-F442A and primary subcutaneous
human preadipocytes, through lipid accumulation and analysis of the expression of PPARγ
and C / EBPα. In preadipocytes 3T3-F442A it was observed that EUP (10 μM) has an antiadipogenic effect by blocking the lipid accumulation and the expression of PPARγ and
CEBPα. While, DIM (10 μM) blocked adipogenesis on human preadipocytes by decreasing
the expression of PPARγ and CEBPα. The results suggest that these flavonoids are
potential candidates for further studies on adipogenesis
El rol funcional de la vegetación de zonas áridas y su influencia en procesos eco-hidrológicos bajo un enfoque a diversas escalas.
Full text link"Las zonas áridas representan grandes, complejos y muy diversos ecosistemas que
cubren alrededor del 40% de la superficie terrestre. En general todas las zonas
áridas comparten la característica de ser sitios con altas tasas de
evapotranspiración potencial y una alta heterogeneidad espaciotemporal en la
precipitación, dando como resultado patrones diversos en la cobertura vegetal
presente combinados con espacios de suelo expuesto denominados interespacios.
Esta matriz específica de cobertura vegetal intercalada con interespacios ejerce una
gran influencia sobre los procesos ecohidrológicos tales como la escorrentía y la
infiltración del agua. Por lo tanto se sugiere que la riqueza y diversidad de especies
serán influenciadas por la orientación de la pendiente y ubicación geográfica dentro
del paisaje. De la misma manera la forma en que el paisaje esté estructurado en
interacción con la orientación y topografía influyen en los procesos ecohidrológicos
a nivel de los ecosistemas y comunidades vegetales. El objetivo de este estudio es
examinar el efecto de factores de estado orientación de la pendiente, topografía en
la riqueza de las especies vegetales y en la funcionalidad del paisaje considerando
comunidades dominados por arbustos y gramíneas. A escala de las dos
comunidades dominantes se compararon el efecto de cuatro tipos de parches de
vegetación y tres tipos sin vegetación en procesos ecohidrológicos; esta parte del
estudio se realizó únicamente en las comunidades con orientación de la pendiente
al norte. El estudio se llevó acabo en un rancho privado con pastoreo moderado en
Santo Domingo, San Luis Potosí. La riqueza de las especies vegetales difirió entre
la orientación norte con 26 especies y la sur con 20 especies (P=0.014). El índice
de diversidad fue distinto, considerando las dos orientaciones, 1.25 para el norte y
1.17 para el sur (P=0.002). Mientras que las laderas orientadas hacia el norte
presentaron el doble de número de parches por transecto en la zona dominada por
pastizal que en el matorral, en la orientación sur el efecto fue el opuesto, ahí se
presentaron más parches en la zona dominada por matorral que en la zona
dominada por el pastizal (P=0.0002). Considerando el área de parches, en general
con exposición al norte fue mayor en los matorrales que en los pastizales, y con
exposición al sur mayor en los pastizales que los matorrales (P=0.0002). En los
pastizales, los parches de vegetación formados por gramíneas produjeron menores
tasas de escorrentía (P=0.005) y menos sedimentos (P=0.002) que los
interespacios. Entre los diversos tipos de interespacio, las biocostras retardaron al
doble de tiempo el inicio de la escorrentía (P=0.002) y redujeron significativamente
la tasa pico (P=0.005) y promedio (P=0.001) de escorrentía, así como la producción
de sedimentos (P=0.003) sobre micrositios de suelo desnudo o de suelo con
fragmentos de roca. En la comparación del funcionamiento de todos los parches a
nivel de especies, la especie nativa Buchloe dactyloides presentó consistente y
significativamente respuestas eco hidrológicas diferentes, retardó el inicio de la
XXV
escorrentía (P=0.002) redujo las tasas pico (P=0.002) y promedio (P=0.001) de
escorrentía, presentó una mayor infiltración de agua (P=0.003) y menor pérdida de
suelos (P=0.002) comparado con la especie exótica Melinis repens y las arbustivas
Dalea bicolor y Mimosa aculeaticarpa. Los esfuerzos de monitoreo sirven para
examinar el efecto de la vegetación en la funcionalidad del paisaje. Los resultados
confirman que un potencial manejo de ganado debería buscar incrementar el
número y área de los parches de la especie Buchloe dactyloides y que las costras
biológicas de suelo prevalecen en los interespacios. Un análisis funcional del paisaje
a escala local y topográfica permitió entender el papel de arbustos y gramíneas en
procesos ecohidrológicos.""Drylands represent vast, complex and diverse ecosystems covering 40% of the global land mass. All drylands have two fundamental characteristics in common: high rates of evapotranspiration and high spatiotemporal heterogeneity in precipitation, together generating discontinuous vegetation cover and areas of open vegetation-free soil called interspaces. This open vegetation structure and specific cover types of interspaces may greatly influence ecohydrological processes such as infiltration in dryland ecosystems. Hence, in dryland landscape with pronounced topography the number and size of vegetation patches together with interspace characteristics determine distinct dryland hydrological functional responses. The objective of this study was to examine the effects of the state factors orientation and topography on the richness of plant species and on the functionality of landscapes considering pant communities dominated by shrubs and grasses. At the scale of two plant community types, we compared the effect of four vegetation patch types and three interspace microsites on ecohydrological processes; this aspect of the study was only conducted in the north-exposed plant communities. This study was conducted in a private rangeland with moderate grazing in Santo Domingo, San Luis Potosi. Species richness differed between North (26) and South (20) exposed slopes (P= 0.014); also the diversity index differed with 1.25 in the North and 1.17 in the South slopes (P= 0.002). While N-exposed slopes presented twice as many vegetation patches per transect in grasslands than shrub-dominated communities, S-exposed slopes presented more patches in shrub-dominated communities than in grasslands (P=0.0002). Patch area, however was larger in N-exposed shrublands than grasslands and larger in S-exposed grasslands than shrublands (P=0.0002). Grass patches produced lower runoff rates (P=0.005) and less sediment (P=0.002) than their associated interspaces. Among all interspace types, biocrusts clearly slowed down the initiation of runoff (P=0.002), reducing the maximum (P=0.005) and average (P=0.001) rates of runoff and sediment production (P=0.003) compared to bare soils and rocky soils. Comparing the functionality of vegetated patches, patches covered with the native species Buchloe dactyloides significantly delayed the beginning of runoff (P=0.002), reduced the peak (P=0.002) and average (P=0.001) amount of runoff as well as favoring the local water budget by allowing greater depths of infiltration (P=0.003) and less soil losses (P=0.002) compared to other species present on the site. The exotic species Melinis repens although physiologically and morphologically similar to Buchloe dactyloides exhibited hydrological responses comparable with Mimosa aculeaticarpa and Dalea bicolor, the dominating shrub species in the landscape. Careful monitoring efforts serve to examine the effects of the vegetation on landscape functionality. Our results confirm that potential adaptive management of livestock should aim at increasing patch number and area of Buchloe dactyloides and by reclaiming open interspace areas with biocrust. A landscape level functional analysis including local scale and topographic aspects, allows relating the role of shrubs and grasses in ecohydrological processes.
Modelación geológica-geofísica con uso de métodos potenciales de la estructura interna de La Caldera de Los Humeros, Puebla
Full text link"La búsqueda de fuentes alternativas de energía motivada por la inminente crisis energética mundial, crea panoramas de gran interés para el fortalecimiento de fuentes renovables como la energía geotérmica. Es por esto que la aplicación de metodologías de estudio como la geofísica y en lo particular la gravimetría y magnetometría aérea, sirven para dar mayor certidumbre en la generación de modelos geológicos los cuales orienten la investigación y definan mejor las zonas en donde sea factible la extracción del recurso.
Ubicada en el municipio de Chignautla, Puebla, la caldera de Los Humeros alberga en su interior al tercer campo geotérmico más importante en el país y su formación es una serie de eventos volcánicos en los que destacan tres etapas principales: pre-caldera (lavas rioliticas y domos rioliticos); colapso y formación de caldera (Ignimbrita Xáltipan y Toba Faby) y etapa post- caldera (vulcanismo bimodal con depósitos basálticos y andesíticos principalmente).
Mediante el uso de métodos potenciales y la integración de la información litológica de los pozos perforados en la zona del campo geotérmico fue posible llevar a cabo una metodología no convencional de modelado bidimensional y tridimensional de la estructura interna de la caldera.
Los resultados geofísicos muestran anomalías bien definidas que se correlacionan con el centro volcánico y brindan evidencias (dominios y lineamientos geofísicos) que permiten inferir límites estructurales y litológicos que no se observan de manera directa en superficie. Para reafirmar la interpretación en el subsuelo se generaron una serie de modelos geofísicos bidimensionales (GMSYS) donde la información litológica de los pozos del campo geotérmico sirvió de apoyo para lograr un ajuste coherente entre la parte geológica y su respuesta geofísica.
En la parte gravimétrica la anomalía de baja densidad se asocia a un colapso tipo pistón dentro de la etapa caldérica y al relleno de material más ligero (Ignimbrita Xáltipan y Toba Faby). Mientras que en la parte magnética la alta susceptibilidad magnética se asocia a los depósitos de composición andesitica y basáltica en la zona producto de la constante actividad volcánica en la caldera a lo largo de sus etapas de formación.
El análisis de las anomalías principales se llevó a cabo mediante un proceso de inversión de datos geofísicos conocido como VOXI el cual muestra la distribución espacial de la anomalía en el subsuelo.
Las secciones bidimensionales y el resultado de la inversión tridimensional sirvieron como base para crear una red de pozos a lo largo de las secciones antes mencionadas que suponen la distribución propuesta dando como resultado un modelo tridimensional que muestra las posibles etapas de colapso de la caldera y la distribución espacial del basamento pre-volcánico colapsado producto de la primera etapa de formación.""The imminent worldwide energy crisis has promoted great interest in finding alternative renewable sources; geothermal energy being of them. The application of geophysical methodologies, especially gravimetry and airborne magnetometry, are widely used to improve and decrease the uncertainty of geological models, which are the primary tools in the economic characterization of geothermal zones.
The Humeros Caldera is located in the municipality of Chignaulta, Puebla, and it is the host of the third-most important geothermic field in the country. The evolution of Los Humeros caldera represents a complex sequence of volcanic events divided in three principal eruptive phases; pre-caldera phase (rhyolitic lava flows and domes), collapse and caldera formation (Xaltipan Ignimbrite and Faby Tuff), and post-caldera stage (bimodal volcanism with basaltic and andesitic rocks as primary deposits). Based on the integration of potential methods and borehole logging information, a non-conventional methodology was applied to the study area, with the purpose of creating a three-dimensional model of the subsurface structure of the caldera.The geophysical results display well-defined anomalies, which coincide with the volcanic center of the caldera and offers previously unknown information about structural and lithologic characteristics of the subsurface of Los Humeros. Bidimensional geophysical models (GMSYS) were generated to enhance the interpretation of the subsurface, which were constrained by the integration of borehole logging information. This allowed a better and more coherent analysis between the geology of the area and geophysical response.
The gravity low is associated to a piston-like collapse during the caldera formation, as well as to the low-density pyroclastic deposits (Xaltipan Ignimbrite and Faby Tuff). The high-susceptibility anomaly is associated to andesitic and basaltic deposits, which were emplaced within the caldera structure by the constant volcanic activity throughout its formation.The analysis and interpretation of the geophysical anomalies was performed through an inversion process known as VOXI, which shows the distribution of density and susceptibility in the subsurface. The two-dimensional and three-dimensional models were used as basis for the creation of a borehole network along the cross-section profiles. This allowed the interpretation of a three-dimensional model of the stages of caldera formation, as well as the spatial and structural distribution of the pre-volcanic basement.
Obtención de membranas mediante electrospinning para tratamiento de agua con alto contenido de sólidos
Full text link"Hoy en día, la creciente tasa de población en el mundo ha traído como unas de las principales consecuencias la sobreexplotación de agua para consumo humano. En México, se tienen 471.5 mil millones de metros cúbicos de agua dulce renovable por año, de los cuales sólo el 14% es para abastecimiento público. La presente tesis considera la importancia de tratar y reciclar agua, a partir de la limpieza de agua proveniente del proceso de lavado de tubérculos. Para el proceso de filtrado, se generaron membranas poliméricas, mediante electrohilado (electrospinning), usando compositos con base en poliuretano termoplástico (TPU) y nano partículas de Óxido de Zirconio, buscando disminuir el ensuciamiento de la membrana después de cada ciclo de filtración. Los resultados obtenidos muestran que se logró exitosamente la incorporación y distribución homogénea del óxido de zirconio en la matriz polimérica y las membranas nano compuestas generadas con éste, fueron capaces de rechazar hasta el 93 % de sólidos en el caso de una solución acuosa con 7 % de sólidos, con un ensuciamiento 121% menor que la membrana sin el óxido de zirconio, lo cual permitió un adecuado permeado y mayor tiempo y número de ciclos de uso. En el caso de agua proveniente de lavado de papa, cuyo contenido de sólidos fue menor al 1 %, el rechazo de la membrana con óxido de zirconio, es mayor (87%) que el conseguido con la membrana sin dicho óxido (84%), asimismo el porcentaje de ensuciamiento es menor, 10.2% vs 4.6 %.""Today, the increasing population rate in the world has brought as one of the main
consequences the overexploitation of water for human consumption. In Mexico, we
have 471.5 million renewable cubic meters of freshwater per year, of which only 14%
is for public supply.
This thesis considers the importance of treating and recycling water, in water cleaning
of the tubercle washing process.
The polymeric membranes were generated, by electro-spinning (electrospinning),
using compounds based on thermoplastic polyurethane (TPU) and zirconium oxide
nanoparticles, seeking to reduce membrane fouling after each filtration cycle.
The results obtained show that the homogeneous incorporation and distribution of
zirconium oxide in the polymer matrix was successfully achieved, and the
nanocomposite membranes generated with it were able to reject up to 93% solids in
the case of an aqueous solution with 7% of solids, with a fouling 121% lower than the
membrane without the zirconium oxide, which allowed an adequate permeate and
greater time and number of cycles of use.
In the case of water from potato washing, whose solids content was less than 1%, the
rejection of the membrane with zirconium oxide is greater (87%) than that achieved
with the membrane without such oxide (84%), also the percentage of fouling was
lower, 10.2% vs. 4.6%.
Determinación de propiedades de suelos agrícolas a partir de mediciones eléctricas realizadas en campo y laboratorio
Full text link"La demanda creciente de productos agrícolas está estrechamente ligada al uso sustentable del suelo, siendo que el conocimiento de las propiedades de los suelos agrícolas es fundamental para la selección óptima de los tipos de cultivos, su riego y fertilización. En el presente trabajo se presenta los resultados de la aplicación en campo de métodos eléctricos Tomografía de Resistividad Eléctrica (TRE) y Perfilaje Eléctrico (PE), así como los resultados de mediciones eléctricas realizadas en laboratorio, los cuales permitieron, utilizando el algoritmo de Ryjov, determinar contenido de finos, porosidad, conductividad hidráulica (K) y capacidad de intercambio catiónico (CIC). La zona de estudio, ubicada en el municipio de Villa de Arriaga, San Luis Potosí, se distribuyó en tres parcelas (A, B y C) dedicadas al cultivo de cebada, cubriendo un área total de 20 Ha. Mediciones eléctricas en laboratorio realizadas muestras de suelo provenientes de las tres parcelas determinaron valores de contenido de finos muy similares a los determinados con el método tradicional de Bouyoucos. En la parcela A, un perfil de TRE de 37 m de longitud, con mediciones complementarias de humedad y salinidad de suelo, mostró resultados de alta resolución en la determinación de las propiedades del suelo, así como una imagen clara del espesor del suelo y la diferenciación de dos horizontes del mismo. El método PE, aunque de menor resolución, su alta productividad en comparación con TRE fue demostrada durante el levantamiento eléctrico en las tres parcelas, donde los mapas de propiedades de suelo mostraron en general, como referencia a su baja fertilidad, bajos valores de CIC de acuerdo a la clasificación de la NOM-021, así como alto contenido de finos y bajos valores de K. La alta resolución de los mapas de CIC resaltaban a la parcela A como la de menor rango de valores de CIC, siendo la parcela C donde predominaban los valores mayores de CIC; este resultado fue congruente con los rendimientos de cultivo por hectárea y con los análisis de fertilidad realizados en cada parcela, confirmando no solo la eficiencia sino también la efectividad del método PE y del algoritmo de Ryjov para fines de estudio de suelos agrícolas.""The growing demand for agricultural products is closely linked to the sustainable
use of the soil, and knowledge of the soil properties soils is essential for the
optimal selection of crop types, irrigation and fertilization. This work presents the
results of the application in field of electrical methods Electric Resistance
Tomography (ERT) and Electrical Profiling (EP), as well as the results of electrical
measurements performed in laboratory, using the Ryjov´algorithm, determining fine
content, porosity, hydraulic conductivity (K) and cation exchange capacity (CEC).
The study area, located in the municipality of Villa de Arriaga, San Luis Potosí, was
distributed in three family lands (A, B and C) dedicated to the cultivation of barley,
covering a total area of 20 Ha. Electrical measurements in laboratory performed in
samples of soil collected from three family lands determined fine content values
similar to those calculated using the Bouyoucos method. In family land A, a ERT
profile of 37 m in length, joint to complementary measurements of soil moisture
and salinity, shown high resolution results in the determination of soil properties, as
well as a clear image of soil thickness and differentiation of two soil horizons. In
spite of lower resolution, during the electrical survey carried out in the three family
land, EP method demonstrated higher productivity than ERT method, where in
general way, soil properties maps shown low CEC values according to the
classification of NOM-021, as well as the high content of fine and low values of K. The high resolution of the CEC maps highlighted family land A as the lowest range
of CEC values, and C with higher CEC values; this result was consistent with crop
yields per hectare and with the fertility analysis performed on each family land,
confirming not only the efficiency but also the effectivity of the EP method and the
Ryjov´s algorithm for the study of agricultural soils.
Análisis funcional del gen SCEI relacionado con resistencia bacteriana en tomate silvestre mediante un vector viral y CRISPR/Cas9
Full text link"El tomate (Solanum lycopersicum) es una de las hortalizas de mayor interés económico a nivel mundial, sin embargo, es un cultivo susceptible a diversos patógenos, entre los que sobresale C. michiganensis subsp. michiganensis (Cmm), bacteria causante de la devastadora enfermedad del chancro bacteriano del tomate. Dicha enfermedad se ha propagado rápidamente por todo el mundo, causando grandes pérdidas económicas porque no existen tratamientos curativos o preventivos eficientes. En el 2011, Lara-Ávila llevó a cabo un análisis de la expresión génica de un cultivar comercial y dos especies silvestres de tomate, en el curso de sus interacciones con Cmm, en el que identificó diversos genes que se sobreexpresaron horas después de la infección. Uno de éstos genes fue el que codifica a la enzima de conjugación SUMO E2 (SCEI) la cual interviene en el proceso de sumoilación, sugiriendo que juega un papel en la respuesta de defensa temprana. Por lo anterior, el objetivo de mi trabajo fue realizar un estudio funcional del gen SCEI y de sus parálogos, utilizando dos estrategias diferentes: a) silenciamiento génico inducido por virus (VIGS) y, b) la generación de un knockout de SCEI por la tecnología de CRISPR/Cas9. En ambos casos, la finalidad fue corroborar si el gen SCEI está involucrado en la defensa de la planta, y si es un gen esencial para el desarrollo de la misma. El vector viral para VIGS que contiene un fragmento del gen SCEI fue introducido por biobalística en las especies silvestres de tomate S. arcanum 2172 y 2157, y 60 días después fueron retadas con Cmm. Se analizó la expresión de SCEI y de sus 3 parálogos por RT-qPCR, 8 horas después del reto y se monitoreó, a la vez, el fenotipo de las plantas sanas y enfermas. Para la obtención de un knockout por CRISPR/Cas9 se clonaron guías específicas en el vector que contiene la endonucleasa Cas9 y otros componentes esenciales para el sistema, luego los vectores fueron usados para la transformación mediada por Agrobacterium tumefaciens de plantas de tomate, utilizando el sistema de co-cultivo y sonicación. Se obtuvieron diferentes niveles de silenciamiento en S. arcanum 2172 tanto para SCEI como de sus 3 parálogos, mismos que correlacionaron con el fenotipo de susceptibilidad observado en las plantas, lo cual indica que SCEI juega un papel en la defensa de respuesta temprana en la planta. Por el contrario, la especie más resistente, S. arcanum 2157 no presentó un claro desarrollo de la enfermedad, por lo que no fue necesario analizar el grado de silenciamiento del gen en cuestión. Finalmente, con la estrategia de CRISPR/Cas9 se lograron transformar explantes de S. lycopersicum cv. Ailsa Craig y Micro-Tom, pero los resultados de secuenciación revelaron que no hubo edición génica alguna, probablemente porque la Cas 9 no está funcionando adecuadamente in planta. Es necesario estandarizar los protocolos de transformación tanto de biobalística como de Agrobacterium.""The tomato (Solanum lycopersicum) is one of the vegetables of higher production
and economic interest worldwide, however, it is susceptible to different pathogens
attack, where outstands C. michiganensis subsp. michiganensis (Cmm), a bacteria
causative of the devastating disease the bacterial canker. This disease has rapidly
propagated around the world, causing high economic losses since there are not
efficient curative or preventive treatments. In 2011, Lara-Avila performed a genetic
expression analysis during the interaction of commercial tomato and wild type
species with Cmm, where he identified diverse genes that were overexpressed hours
later after the infection. One of these genes was the one encoding the SUMO E2
conjugation enzyme (SCEI), which participates in the sumoylation process,
suggesting that it plays a role on the early defense response. Therefore, the aim of
this work was to develop a functional analysis of SCEI gene and its paralogous
through two approaches: a) the virus-induced gene silencing strategy (VIGS) and b)
the generation of a SCEI gene knockout by the CRISPR/Cas9 technology to
corroborate if it is involved in the plant defense and if it is an essential gene for the
development of it. The viral vector for VIGS harboring a fragment of the SCEI gene
was introduced by biolistic in the wild tomato species S. arcanum 2172 and 2157,
and 60 days later they were challenged with Cmm. The expression of SCEI and 3
paralogous was analyzed 8 hours after the challenge by RT-qPCR and at the same
time, the phenotype of the healthy and diseased plants was recorded. To obtain the
knockout by CRISPR/Cas9, specific guides were cloned into a vector harboring the
endonuclease Cas9 and other essential components for the system. Then, the
vectors were used for the Agrobacterium tumefaciens mediated transformation of
tomato plants using the co-culture system and sonication. Different silencing levels
were obtained in S. arcanum 2172 both for SCEI and the paralogous, which
correlated with the susceptible plant phenotypes observed, indicating that SCEI
plays a role in plant early defense response. Conversely, S. arcanum 2157, the most
resistant specie, did not show a clear development of the disease, therefore it was
not necessary to analyze the silencing level of SCEI. Finally, with the CRISPR/Cas9
strategy we managed to transform explants from S. lycopersicum cv. Ailsa Craig and
Micro-Tom, however, the sequencing results obtained indicate that there was not
gene edition at all, probably because the Cas 9 is not working properly in planta. It
is necessary to standardize the transformation protocols both for ballistic and
Agrobacterium.
Desnaturalización térmica de productos de amplificación para genotipificar las especies del complejo Mycobacterium tuberculosis
Full text link"OBJETIVO. Desarrollar un método de qPCR basado en la desnaturalización térmica de amplicones del rDNA 16S y regiones de diferencia (RD1, RD4, RD9) del Complejo Mycobacterium tuberculosis (CMTB). MÉTODOS. Diseñamos parejas de oligonucleótidos para generar amplicones de rDNA 16S del CMTB y de RD1, RD4 y RD9 de las cepas de referencia M. tuberculosis (MTB) H37Rv, M. bovis (MB) AN5 y MB BCG str. México. Determinamos la temperatura de desnaturalización térmica (Tm) de los amplicones en presencia de EvaGreen. Con plásmidos derivados de pGEM-T Easy con insertos de los amplicones de referencia controlamos los ensayos de genotipificación de tres mezclas de qPCR: preliminar (para rDNA 16S), D1 (para RD9+/RD1 ) y D2 (para RD4+/RD4 ) validadas con DNA de 44 cepas de un panel de micobacterias CMTB (MTB y MB) y no-CMTB (MNTB). RESULTADOS. Los insertos de rDNA16S, RD1 , RD4+, RD4 y RD9 tuvieron los tamaños y secuencias esperadas y valores de Tm característicos que permitieron diferenciar RD9+ de RD1 en la mezcla D1 (Tm = 1.4 °C) y RD4+ de RD4 en la mezcla D2 (Tm = 1.53 °C). Los genotipos identificados tuvieron las siguientes concordancias con las asignaciones del panel: CMTB (MTB+MB+MA) 39/39 (100%), MTB+MA 22/23 (95.7%), MB 16/16 (100%), NMTB: 5/5 (100%). El nuevo método identificó correctamente nueve de 10 aislados de MTB y tres de tres de MB y distinguió el genotipo MA en cinco de las 23 cepas del panel asignadas a MTB. CONCLUSIONES. Aparte de ser más rápido y fácil de interpretar que la espoligotipificación, el nuevo método es menos laborioso, identifica los tres genotipos del panel (MTB, MB y MNTB), distingue el genotipo MA en cepas del panel asignadas a MTB, e identifica aislados de TB humana y bovina.""AIM. To develop a qPCR method based on thermal denaturation of amplicons from 16S
rDNA and three regions of difference (RD1, RD4, RD9) of the Mycobacterium tuberculosis
complex (MTC). METHODS. We designed oligonucleotide pairs to generate 16S rDNA
amplicon, RD1, RD4 and RD9 amplicons of the M. tuberculosis (MTB) H37Rv, M. bovis (MB)
AN5 and MB BCG str. Mexico reference strains. Thermal denaturation temperature of (Tm)
values of the amplicons were determined in the presence of EvaGreen. With plasmids
derived from pGEM-T Easy containing inserts of the reference amplicons we controlled the
genotyping assays of three qPCR mixes: preliminary (for rDNA 16S), D1 (for RD9+ / RD1-)
and D2 (for RD4+ / RD4-) validated with DNA from a mycobacterial panel of 44 MTC (MTB
and MB) and non-MTC (MNTB) strains of the Mexican Institute of Epidemiological Diagnosis
and Reference (InDRE). RESULTS. The rDNA16S, RD1-, RD4 +, RD4- and RD9 inserts had
the sizes and sequences expected, and their characteristic Tm values differentiated RD9+
from RD1- in the D1 mix (ΔTm = 1.4 ° C), and RD4+ from RD4- in the D2 mix (ΔTm = 1.53
° C). The genotypes identified had the following concordance with those assigned in the
panel: MTC (MTB+MB+MA) 39/39 (100%), MTB+MA 22/23 (95.7%), MB 16/16 (100%),
NMTB 5/5 (100%). The new method identified correctly 9/10 MTB isolates and 3/3 MB
isolates and distinguished the MA genotype in five of the 23 strains assigned to MTB.
CONCLUSIONS. Our qPCR method is faster, easier to interpret and less laborious than
spoligotyping, identifies the three genotypes of the panel (MTB, MB and MNTB), and
distinguishes the MA genotype among panel strains assigned to MTB, and identifies human
and bovine TB isolates.
Matrices de Lyapunov para sistemas integrales con retardos
Full text link"En este trabajo de tesis se estudian las matrices de Lyapunov para sistemas integrales con retardo. Dichas matrices son fundamentales para la construcción de funcionales de Lyapunov-Krasovskii de tipo completo las cuales son utilizadas en el análisis de estabilidad , estabilidad robusta, estimados exponenciales entre otras propiedades de sistemas integrales con retardo. En trabajos recientes se demostró que las matrices de Lyapunov satisfacen un conjunto de ecuaciones que permiten su construcción. Sin embargo, no existen estudios garantizando la unicidad de soluciones de dicho conjunto de ecuaciones así como tampoco se tiene un método sistemático para la construcción de tales soluciones. En este trabajo de tesis se presentan resultados que dan respuesta a estos problemas abiertos para la clase de sistemas integrales con un solo retardo y kernel constante.""In this thesis the Lyapunov matrices for integral systems with delay are studied. These matrices are fundamental for the construction of Lyapunov-Krasovskii functionals of complete type which are used in the analysis of stability, robust stability, exponential estimates among other properties of integral delay systems. In recent works it was shown that Lyapunov matrices satisfy a set of equations that allows their construction. However, there are no studies guaranteeing the uniqueness of such set of equations as well as a systematic method for the construction of such solutions. In this thesis, results that respond to these open problems for the class of integral systems with a single delay and constant kernel are presented."CONACy
Analysis of a new begomovirus unveils a composite element conserved in the CP gene promoters of several Geminiviridae genera: Clues to comprehend the complex regulation of late genes
Full text link"A novel bipartite begomovirus, Blechum interveinal chlorosis virus (BleICV), was characterized at the genome level. Comparative analyses revealed that BleICV coat protein (CP) gene promoter is highly divergent from the equivalent region of other begomoviruses (BGVs), with the single exception of Tomato chino La Paz virus (ToChLPV) with which it shares a 23-bp phylogenetic footprint exhibiting dyad symmetry. Systematic examination of the homologous CP promoter segment of 132 New World BGVs revealed the existence of a quasi-palindromic DNA segment displaying a strongly conserved ACTT-(N7)-AAGT core. The spacer sequence between the palindromic motifs is constant in length, but its sequence is highly variable among viral species, presenting a relaxed consensus (TT)GGKCCCY, which is similar to the Conserved Late Element or CLE (GTGGTCCC), a putative TrAP-responsive element. The homologous CP promoter region of Old World BGVs exhibited a distinct organization, with the putative TATA-box overlapping the left half of the ACTT-N7 composite element. Similar CP promoter sequences, dubbed “TATA-associated composite element” or TACE, were found in viruses belonging to different Geminiviridae genera, hence hinting unsuspected evolutionary relationships among those lineages. To get cues about the TACE function, the regulatory function of the CLE was explored in distinct experimental systems. Transgenic tobacco plants harboring a GUS reporter gene driven by a promoter composed by CLE multimers expressed high beta-glucuronidase activity in absence of viral factors, and that expression was increased by begomovirus infection. On the other hand, the TrAP-responsiveness of a truncated CP promoter of Tomato golden mosaic virus (TGMV) was abolished by site-directed mutation of the only CLE present in it, whereas the artificial addition of one CLE to the -125 truncated promoter strongly enhanced the transactivation level in tobacco protoplasts. These results indicate that the CLE is a TrAP-responsive element, hence providing valuable clues to interpret the recurrent association of the CLE with the TACE. On the basis of the aforesaid direct evidences and the insights afforded by the extensive comparative analysis of BleICV CP promoter, we propose that the TACE might be involved in the TrAP-mediated derepression of CP gene in vascular tissues.
Expresión de una proteína de fusión vasostatina 30 y vasoinhibina 14.1 (Osiris) en Pichia pastoris y evaluación de la actividad biológica de la Vasostatina 30 en pez cebra.
Full text link"El proceso angiogénico consiste en la formación de nuevos vasos sanguíneos a partir de los preexistentes y son clave en el crecimiento y metástasis del cáncer; estos proveen oxígeno y nutrientes que permiten el crecimiento del tumor y le proporciona una ruta de escape y diseminación. Los péptidos anti-angiogénicos vasostatina 30 (Vs30) y vasoinhibina 14.1 kDa (Vi-II-14.1) han demostrado una potente actividad anti-proliferativa en células endoteliales, de forma independiente. Por lo que el diseño y desarrollo de una proteína de fusión que incremente la actividad biológica de dichos péptidos es de interés terapéutico. En este trabajo, se llevó a cabo la expresión constitutiva e inducida de una proteína de fusión conformada por los péptidos Vs30 y Vi-II-14.1 en Pichia pastoris, para ello se realizaron ensayos de expresión constitutiva e inducible a nivel matraz. La actividad biológica de la vasostatina 30 sintética (sVS30) y Vs30 producida en P. pastoris se evaluó in vivo en pez cebra e in vitro en cultivos de líneas celulares de cáncer de mama T47D, MDA-MB-468 y MDA-MB-231. La actividad anti-metastásica fue evaluada en embriones de pez cebra transgénicos de la cepa Tg (fli1: EGFP) y1 utilizando dichas líneas celulares de cáncer de mama previamente marcadas con DiL (C59H89ClN2O4). La diseminación de las células cancerosas fue evaluada mediante microscopía de fluorescencia y la actividad anti-angiogénica mediante microscopía confocal. Los resultados obtenidos mostraron la expresión constitutiva e inducida de la proteína de fusión a las 24 y 48 horas de cultivo y su posterior confirmación mediante Western blot. Los ensayos in vivo e in vitro mostraron que la sVs30 no afectó la proliferación de las líneas celulares, pero disminuyó significativamente la diseminación de las células T47D y MDA-MB-468 a una concentración de 1 y 10 µg/mL, así como la formación de vasos sanguíneos intratumorales in vivo a 10 µg/mL. Mientras tanto la Vs30 no mostró un efecto significativo en la diseminación de ninguna de las líneas celulares, sin embargo, mostró un efecto inhibitorio en la formación de vasos sanguíneos intratumorales a una concentración de 1 µg/mL in vivo. Mientras las células MDA-MB-231 no fueron afectadas en su diseminación por Vs30 y sVs30. En comparación, la angiostatina y la angiogenina disminuyeron significativamente la diseminación de las células T47D y MDA-MB-468 y no mostraron un efecto inhibitorio en la formación de vasos sanguíneos intratumorales a una concentración de 1 µg/mL in vivo.""The angiogenic process consists in the formation of new blood vessels from the
preexisting ones and has a key role in cancer growth and metastasis. The new
blood vessels provide oxygen and nutrients that allow tumor growth and a
dissemination route for cancer cells. The anti-angiogenic peptides vasostatin 30
(Vs30) and vasoinhibin 14.1 kDa (Vi-II-14.1) have shown a potent anti-proliferative
activity in endothelial cells and the design and development of a fusion protein with
increased biological activity is therapeutically interesting. In this work, the
expression of a fusion protein made by the peptides Vs30 and Vi-II-14.1 was
performed in Pichia pastoris. To achieve this, constitutive and inducible expression
assays were performed in flask. On the other hand, the biological activity of
synthetic vasostatin (sVs30) and Vs30 produced in Pichia pastoris was evaluated
in vivo in zebrafish and in vitro in cultures of breast cancer cell lines. The antimetastatic activity was analyzed in transgenic zebrafish embryos Tg (fli1: EGFP) y1
using breast cancer cell lines (T47D, MDA-MB-468, and MDA-MB-231) previously
labeled with DiL (C59H89ClN2O4). Breast cancer cell dissemination was evaluated
by fluorescence microscopy and the anti-angiogenic activity by confocal
microscopy. The obtained results showed a constitutive and inducible production of
the fusion protein at 24 and 48 hours of culture and its subsequent confirmation by
Western blot. The in vivo and in vitro assays showed that the sVs30 did not affect
proliferation of breast cancer cells, however, it decreased significantly T47D and
MDA-MB-468 cell dissemination at 1 and 10 µg/mL and inhibited the formation of
intratumoral blood vessels in vivo at 10 µg/mL. Meanwhile, Vs30 did not show a
significant effect on the dissemination of any of the cell lines, however, it showed
an inhibitory effect on the formation of intratumoral blood vessels at 1 µg/mL in
vivo. MDA-MB-231 cell dissemination was not affected by Vs30 or sVs30. In
comparison, angiostatin and angiogenin decreased the spread of T47D and MDAMB-468 cells and did not show an inhibitory effect on the formation of intratumoral
blood vessels at 1 µg/mL in vivo.