190942 research outputs found
Sort by
Reweighting simulated events using machine-learning techniques in the CMS experiment
Abstract Data analyses in particle physics rely on an accurate simulation of particle collisions and a detailed simulation of detector effects to extract physics knowledge from the recorded data. Event generators together with a geant-based simulation of the detectors are used to produce large samples of simulated events for analysis by the LHC experiments. These simulations come at a high computational cost, where the detector simulation and reconstruction algorithms have the largest CPU demands. This article describes how machine-learning (ML) techniques are used to reweight simulated samples obtained with a given set of parameters to samples with different parameters or samples obtained from entirely different simulation programs. The ML reweighting method avoids the need for simulating the detector response multiple times by incorporating the relevant information in a single sample through event weights. Results are presented for reweighting to model variations and higher-order calculations in simulated top quark pair production at the LHC. This ML-based reweighting is an important element of the future computing model of the CMS experiment and will facilitate precision measurements at the High-Luminosity LHC
Multi-omics analysis in inclusion body myositis identifies mir-16 responsible for HLA overexpression
Abstract Background Inclusion Body Myositis is an acquired muscle disease. Its pathogenesis is unclear due to the co-existence of inflammation, muscle degeneration and mitochondrial dysfunction. We aimed to provide a more advanced understanding of the disease by combining multi-omics analysis with prior knowledge. We applied molecular subnetwork identification to find highly interconnected subnetworks with a high degree of change in Inclusion Body Myositis. These could be used as hypotheses for potential pathomechanisms and biomarkers that are implicated in this disease. Results Our multi-omics analysis resulted in five subnetworks that exhibit changes in multiple omics layers. These subnetworks are related to antigen processing and presentation, chemokine-mediated signaling, immune response-signal transduction, rRNA processing, and mRNA splicing. An interesting finding is that the antigen processing and presentation subnetwork links the underexpressed miR-16-5p to overexpressed HLA genes by negative expression correlation. In addition, the rRNA processing subnetwork contains the RPS18 gene, which is not differentially expressed, but has significant variant association. The RPS18 gene could potentially play a role in the underexpression of the genes involved in 18 S ribosomal RNA processing, which it is highly connected to. Conclusions Our analysis highlights the importance of interrogating multiple omics to enhance knowledge discovery in rare diseases. We report five subnetworks that can provide additional insights into the molecular pathogenesis of Inclusion Body Myositis. Our analytical workflow can be reused as a method to study disease mechanisms involved in other diseases when multiple omics datasets are available
Early vascular aging ambulatory score in acute ischemic stroke
Understanding the impact of early vascular aging (EVA) on acute ischemic stroke (AIS) outcomes may provide new insights for improving prognostic assessments and developing targeted therapeutic strategies. This study aimed to validate the EVA ambulatory score (EVAAs) in AIS patients, assessing its association with stroke type, severity, and prognosis. Among the 2,730 AIS patients with a mean age of 72.0 +/- 14.4 years, 83.4% exhibited EVA. EVA was identified as an independent predictor of poor outcome at both discharges (aOR:1.72, 95%CI:1.25-2.36, p < 0.001) and at 90 days (aOR:2.22, 95%CI:1.49-3.31, p < 0.001). In subgroup analyses, EVAAs showed improved predictive value in AIS patients with a lower cardiovascular disease burden and a non-atherogenic lipid profile. The EVAAs, as an indicator of EVA that could be easily integrated into daily clinical practice, are a significant predictor of adverse outcomes in AIS patients.Peer reviewe
Potilaiden raportoimien vointimittareiden hyödyntäminen suomalaisessa äitiyshuollossa
Medicine has made remarkable strides in recent decades, providing significant benefits and comfort to both professionals and patients. In an ideal world, every individual would have access to cutting-edge medical treatments, regardless of cost. Unfortunately, real-life situations are far more complex. Modern healthcare providers must navigate the dilemma of what is medically possible to treat while managing rising financial costs and limited funds. This challenge highlights the importance of integrating value-based healthcare (VBHC) withpatient-centered care (PCC).
Patient reported outcome and experience measures (PRMs) are essential tools for
assessing and improving the quality of care from the patient's perspective. By systematically using these measures, professionals and patients gain valuable insights into how patients perceive their health, the impact of treatments, and their overall experience with healthcare services.
Finnish maternity care is well-known for its excellent quality, as evidenced by low
perinatal mortality and morbidity rates reported by the National Institute for Health (THL). However, like many other countries, Finland lacks standardized and systematic PRM implementation in maternity healthcare. The International Consortium in Healthcare Outcome measures (ICHOM) has developed valuable guidelines and measurement sets across various medical fields, including pregnancy and childbirth (PCB). These measures facilitate shared decision-making between professionals and patients, particularly when multiple treatment options and care decisions are available.
The aim of this thesis project is to identify the barriers, burdens, facilitators, and
explore the acceptability of systematically implementing the ICHOM PCB measures within the Finnish maternity healthcare pathway.
Study I explored the current knowledge of experts regarding PRMs. This research addresses a significant gap in the literature on the implementation of PRMs in Finnish maternity care and provides insights into the views of local healthcare professionals. It highlights both the potential benefits and challenges associated
with incorporating PRMs into routine practice.
Study II involved a systematic review aiming to gather and analyze existing research to assess the acceptability of PRMs in routine maternity care. It provides insights into the attitudes, views, and perspectives of various stakeholders in maternity care, helping to determine whether PRMs are well-received and considered suitable for integration into standard practices.
Study III focused on semi-structured interviews with pregnant and postpartum
women to assess the feasibility and acceptability of incorporating PRMs into routine maternity care. The study aimed to understand their opinions, concerns, and suggestions for optimizing the implementation of these standardized measures and to identify which measures are most important to women.
Study IV was a mixed method survey among maternity care professionals to explore the organizational responsibility for implementing PRMs. The overarching goal is to develop a framework for the systematic use of PRMs before their practical implementation.Lääketiede on edistynyt huomattavasti viime vuosikymmeninä, tarjoten merkittäviä etuja ja helpotuksia sekä ammattilaisille että potilaille. Ihannetilanteessa jokaisella olisi pääsy huipputason lääketieteellisiin hoitoihin riippumatta kustannuksista. Valitettavasti todellisuudessa tilanne on paljon monimutkaisempi. Terveydenhuollon toimijoiden on tasapainoteltava lääketieteellisesti mahdollisten hoitojen ja nousevien taloudellisten kustannusten sekä rajallisten resurssien välillä. Tämä haaste korostaa vaikuttavuusperustaisen terveydenhuollon integroinnin merkitystä potilaskeskeiseen hoitoon.
Potilaan raportoimat vointimittarit (Patient Reported Measures, PRM) ovat keskeisiä työkaluja hoidon laadun arvioinnissa ja parantamisessa potilaan näkökulmasta. Käyttämällä näitä mittareita järjestelmällisesti sekä ammattilaiset että potilaat saavat arvokasta tietoa siitä, miten potilaat kokevat terveytensä, hoitojen vaikutukset ja millainen on heidän kokonaiskokemuksensa terveydenhuoltopalveluista.
Suomalainen äitiyshuolto on tunnettu erinomaisesta laadusta, mikä näkyy matalina perinataalikuolleisuus- ja sairastavuuslukuina. Kuten monissa muissakin maissa, Suomessa kuitenkin puuttuu standardoitu ja systemaattinen PRM-mittareiden käyttö äitiyshuollossa. Kansainvälinen International Consortium in Healthcare Outcome Measures, ICHOM-konsortio on kehittänyt ohjeita ja
mittaristoja eri potilasryhmiin, mukaan lukien raskaus ja synnytys (Pregnancy and Childbirth, PCB). Nämä mittarit edistävät yhteistä päätöksentekoa ammattilaisten ja potilaiden välillä, erityisesti silloin, kun hoitoon on tarjolla useita eri vaihtoehtoja.
Tämän väitöskirjatutkimuksen tavoitteena on tunnistaa esteitä, haasteita ja
mahdollistajia ICHOM PCB-mittareiden järjestelmälliselle käyttöönotolle Suomen
äitiyshuoltoon. Lopullinen tavoite on rakentaa kansainvälisten standardien kanssa
yhteensopiva mittaristo Suomen äitiyshuoltoon.
Tutkimus I kartoitti äitiyshuollon asiantuntijoiden nykyistä tietämystä PRM-mittareista. Tutkimus käsittelee PRM-mittareiden käyttöönottoa Suomen äitiyshuollossa, ja tarjoaa paikallisten terveydenhuollon ammattilaisten näkemyksiä mittareista. Tutkimus korostaa sekä potentiaalisia hyötyjä että haasteita, jotka liittyvät PRM-mittareiden sisällyttämiseen äitiyshuollon rutiinikäytäntöihin.
Tutkimus II sisälsi systemaattisen katsauksen, jonka tarkoituksena oli kerätä ja
analysoida olemassa olevaa tietoa PRM-mittareiden hyväksyttävyydestä rutiininomaisessa äitiyshuollossa. Tutkimuksessa fokusoitiin eri sidosryhmien asenteisiin ja näkemyksiin äitiyshuollosta. Tutkimuksen avulla voidaan arvioida, kuinka hyvin PRM-mittarit on otettu vastaan ja pidetäänkö niitä sopivina osaksi vakiintuneita käytäntöjä.
Tutkimus III keskittyi puolistrukturoituihin haastatteluihin raskaana olevien ja
synnyttäneiden naisten kanssa, jotta voitaisiin arvioida PRM-mittareiden toteutettavuutta ja hyväksyttävyyttä rutiininomaisessa äitiyshuollossa. Tutkimuksen tavoitteena oli ymmärtää raskaana olevien ja synnyttäneiden mielipiteitä, huolia ja ehdotuksia standardoitujen mittareiden käyttöönoton optimoimiseksi sekä tunnistaa, mitkä mittarit ovat naisille tärkeimpiä.
Tutkimus IV oli monimenetelmätutkimus, joka toteutettiin äitiyshuollon ammattilaisten keskuudessa ja jossa tutkittiin organisaatioiden roolia ja vastuuta PRM mittareiden käyttöönotossa. Yleisenä tavoitteena oli kehittää viitekehys PRM-mittareille ennen niiden järjestelmällistä käyttöönottoa potilastyössä.ei saavutettavaVäitöskirjan yhteenveto-osa on saavutettav
Unraveling the effect of water and ethanol on ibuprofen nanoparticles formation
In this study, we investigate how water and ethanol affect the formation of ibuprofen sodium salt nanoparticles. Particle sizes were measured with the use of Nanoparticle Tracking Analysis and Transmission Electron Microscopy at concentrations of 30, 50, and 80 mg/mL. In water, nanoparticles had an average size of 93 nm, whereas in ethanol they were significantly smaller, averaging 36 nm. Molecular dynamics simulations revealed that in water, ibuprofen molecules aggregate into clusters of 80–300 molecules. In ethanol, stronger ibuprofen-ethanol interactions lead to the formation of much smaller clusters of 2–3 molecules. Both experimental data and simulations indicate that ethanol is a superior solvent for ibuprofen nanosizing. These findings provide a rational basis for selecting solvents in drug formulation and offer a broader perspective for optimizing drug delivery applications.Peer reviewe
The Relationship Between Public Policy and Grandparents' Involvement in Childcare : A Scoping Review of the International Evidence
Grandparent childcare is important to support parents' work/care reconciliation. Research has begun to identify relationships between grandparent childcare patterns and policy settings. However, this work is disparate and focused on childcare policy, with little engagement with the broader range of policies that shape grandparent childcare. A holistic approach to understanding the relationship between policies and grandparent childcare is important to capture the intergenerational dynamics of family decisions about childcare and the complementarities (or not) of policies in different domains. This scoping review identifies policies that directly aim to shape grandparents' involvement in childcare and that indirectly shape configurations of care. Most literature focuses on childcare and parental leave policies' impact on parental demand for grandparent childcare. But a wider, intergenerational, policy lens reveals that policies (such as retirement income policies) affect parents' demand for, and grandparents' supply of childcare, and that policies in different domains are not always aligned.Peer reviewe
Partially integrated teaching in the contents of worldview education : A comparison of the worldview education curricula in the city of Helsinki and its teacher training schools
Tämä Pro gradu -tutkielma käsittelee katsomusaineiden sisältöjen eroja ja yhtäläisyyksiä Helsingin kaupungin ja normaalikoulujen paikallisissa opetussuunnitelmissa. Tutkimuksen tavoitteena oli tarkastella, miten eri oppimäärien sisältöjen painotukset eroavat niin opetussuunnitelman sisäisesti kuin opetussuunnitelmien välisestikin. Erityisenä kiinnostuksen kohteena oli tutkia, missä määrin normaalikouluissa kehitettävä osittain integroidun katsomusopetuksen ODYSSEUS-hanke vaikuttaa opetussuunnitelmien sisältöjen eroihin. Hankkeessa opetus toteutetaan vuosiluokalla 1 & 6 täysin ja vuosiluokalla 5 uskontojen kesken osittain integroidusti.
Tutkielma toteutettiin laadullisena tutkimuksena aineistolähtöisen sisällönanalyysin menetelmin. Aineistoksi rajautui katsomusopetuksen oppimääristä elämänkatsomustieto sekä evankelisluterilainen, ortodoksinen, katolinen ja islamin uskonto, sillä näille oli ODYSSEUS-hanketta varten tehty opetussuunnitelmat. Tämä rajasikin esimerkiksi buddhalaisen uskonnon pois tarkasteltavista oppimääristä. Aineistosta muodostettiin usean luokittelukierroksen jälkeen 14 kategoriaa, joiden perusteella elämänkatsomustietoa ja uskonnon eri oppimääriä vertailtiin.
Tutkimustulosten mukaan opetussuunnitelmat yhtenevät ja eroavat toisistaan opetussuunnitelmien sisäisesti vaihtelevissa määrin. Jokaisessa uskonnossa sekä elämänkatsomustiedossa käsiteltiin ihmisoikeuksia, ympäristöön liittyviä asioita sekä eettisiä kysymyksiä, mutta käsittelyn määrä ja ajankohta vaihteli. Jokaisessa uskonnossa käsiteltiin lisäksi tietoa omasta uskonnosta sekä tapoihin, juhliin ja rituaaleihin liittyviä asioita. Sen sijaan opetussuunnitelmien välillä oli merkittävä ero kaikkien muiden kuin katolisen uskonnon välillä. Normaalikoulujen oppimäärissä käsiteltiin tiettyjä asioita, kuten ihmisoikeuksia lähinnä integroidussa opetuksissa vuosiluokilla 1 & 6, mutta ei juuri sen ulkopuolella.
Tulokset viittaavat siihen, että osittain integroitu opetus vaikuttaa opetussuunnitelmien sisältöjen valintaan kohtalaisen paljon. Tuloksista voi myös päätellä sen, että eri oppimäärät käyttävät erilaisia strategioita opetuksessa läpikäytävien sisältöjen valitsemiseen. Vaikka sisältökategoriat ovat suhteellisen yhtenäisiä oppimäärien välillä, vaihtelee niiden yksityiskohtaisuus merkittävästi. Mielenkiintoinen jatkotutkimuksen aihe olisikin tarkastella, miten eri oppimäärien opettajat tulkitsevat paikallisten opetussuunnitelmien sisältöjä.Abstract
This master’s thesis examines the differences and similarities in the contents of worldview education subjects in the local curricula of the city of Helsinki and teacher training schools in Helsinki. The study aims to explore how the emphasis of contents varies between subjects both within and between these curricula. A particular focus is on the impact of the ODYSSEUS project, which develops partially integrated worldview education in teacher training schools. In this project, worldview education is taught fully integrated in grades 1 and 6 and partially integrated among the different religions in grade 5.
The study was conducted using data driven qualitative content analysis. The data for it consisted of curricula for different worldview education subjects, including secular ethics, Evangelical Lutheran, Orthodox, Catholic, and Islamic religion, as these had been developed for the ODYSSEUS project. This selection excluded however, for example, the Buddhist religion. Through multiple rounds of categorization, 14 categories were established to compare secular ethics and curricula of the different religions.
The results indicate that while the curricula share common themes, they also differ to varying degrees both from each other and across the different local curricula. All subjects addressed human rights, environmental issues, and ethical questions, though the extent and the year at which they were taught varied. The curricula of the different religions also included topics on the theory of their own religion, and practices, festivals, and rituals related to them. However, significant differences were found between the local curricula in all but the Catholic religion. In teacher training schools, topics such as human rights were primarily limited to the integrated teaching of grades 1 and 6.
The findings suggest that partially integrated teaching significantly influences curriculum content selection. Additionally, different curricula employ distinct strategies for choosing instructional content. Although content categories are relatively consistent across curricula, the level of detail in which they are described varies considerably. A compelling avenue for further research would be to examine how teachers of different subjects interpret the local curricula
Tree-volume and forest age increase bat species diversity in boreal urban landscape
Context Given the rate at which humankind is changing habitats, it is essential to understand its impact on the surrounding nature and biota. The intensification of human activities and the fragmentation of forested habitats now affect many taxonomic groups, such as bats, which are largely dependent on forests (e.g. roosting sites and feeding areas). Northern Europe is generally considered very forested but intensive land-use changes, caused by urbanization and forestry, contribute to forest fragmentation and loss of biodiversity. Land-use changes are classified as the biggest threats for bats, but especially in the boreal zone, the impact of these environmental changes is not yet known at a sufficient level. Objectives We explored how bats (species occurrences and activity) were influenced by forestry and urbanization, and by landscape variables (tree volume, percentage of deciduous trees, vicinity of water bodies and built areas). Methods We used a bioacoustic dataset on bats from Finnish capital area (20 × 20 km, 51 sites) recorded during the summer season (May – September) to evaluate how different habitat classes (old forest, young economical forest, rural area, suburban and urban) and landscape variables influence activity and species richness of bats across this region. We used Hierarchical Modelling of Species Communities (HMSC) approach to characterize the responses of species. We investigated with two different models: one focusing on species occurrences and the second one focusing on relative activity. Results Our findings indicate a distinct pattern, with the highest species richness in old forests, followed by a gradual decline with increased land-use intensity. Species-specific responses to habitat classes were evident in both presence and activity. Most of the species showed negative responses to built area, either by their presence or activity. Key landscape variables further underscored species-specific variations in different environmental conditions. Additionally, our study observed temporal dynamics, revealing species-specific variations in occurrences across the bats’ active season. Conclusion Our study sheds light on the complex dynamics of bats in diverse landscapes, emphasizing the crucial role of both habitats and specific environmental factors in conservation. Old natural forests emerge as vital for bats, while land-use changes, especially urbanization, pose challenges highlighting the need for continuous monitoring and strategic conservation actions.Peer reviewe
Paikkatieto ja toimintamallit valuma-aluesuunnittelussa : Esimerkkejä ja hyviä käytäntöjä
Valuma-aluesuunnittelua on kehitetty maa- ja metsätalouden vesienhallintahankkeissa, mutta vakiintuneiden menetelmien puute, alueelliset erot, rahoituksen sirpaleisuus ja yhtenäisten ohjeiden puuttuminen ovat haitanneet valuma-aluesuunnittelun laajamittaista toteutusta. Maa-ja metsätalousministeriön Hiilestä kiinni -ohjelmassa toteutetut SysteemiHiili-ja HiiliVie-hankkeet ovat vastanneet tähän haasteeseen kehittämällä ilmastoviisaita ja kestäviä toimintamalleja ja ohjeistuksia.
HiiliVie-hankkeessa analysoitiin 17 aiempaa valuma-aluetason vesienhallinta- ja kunnostushanketta. Sovelletuissa lähestymistavoissa tunnistettiin paikallis- ja aluelähtöiset lähestymistavat. Näiden vahvuudet ja heikkoudet arvioitiin, ja niiden soveltuvuuden arviointiin luotiin kriteerit. Tässä julkaisussa esitellään tarkastelluista hankkeista tunnistettuja hyviä käytäntöjä ja toimintamalleja sekä SysteemiHiili-hankkeessa kehitetty kaksivaiheinen, paikkatietoaineistoon pohjautuva indeksipohjainen lähestymistapa valuma-aluetason vesienhallinta- ja ilmastokestävyystarkasteluihin.
Ihanteellisessa valuma-aluesuunnittelussa prioriteettialueet ja toimenpiteet määritellään yhteistyössä eri toimijoiden kanssa. Käytännössä suunnittelua vaikeuttavat maanomistuksen pirstaleisuus, hyötyjen ja kustannusten epätasainen jakautuminen sekä paikalliset olosuhteet. Paikkatietoaineistot ja laskentamallit tukevat toimenpiteiden valintaa ja kohdentamista sekä keskustelua paikallistoimijoiden kanssa. Yhteistyö, paikallistoimijoiden osallistaminen sekä tavoitteiden joustavuus ja monihyötyisten ratkaisujen etsiminen lisäävät sitoutumista ja vähentävät ristiriitoja.
Valuma-aluesuunnittelun vahvistaminen on keskeistä kestävän vesivarojen käytön, tulvasuojelun, vedenlaadun parantamisen ja ekosysteemien terveyden edistämisessä. Kehityskohteina korostuvat suunnittelun koordinoinnin tehostaminen, osaamisen ja viestinnän parantaminen sekä tehokkaiden ohjauskeinojen luominen. On tärkeää tehdä toimenpiteiden suunnittelusta ja totetuksesta taloudellisesti kannattavaa maanomistajille.Geospatial data och operationsmodeller i avrinningsområdesplanering : Exempel och bästa praxis
Planering av avrinningsområden har utvecklats genom vattenhanteringsprojekt inom jord- och skogsbruk, men bristen på etablerade metoder, regionala skillnader, fragmenterad finansiering och avsaknaden av enhetliga riktlinjer har hindrat en bredare implementering. Projekten SysteemiHiili och HiiliVie, finansierade av Jord- och skogsbruksministeriets program Fånga kolet, har tagit itu med dessa utmaningar genom att utveckla metoder och riktlinjer för klimatklok och hållbar planering av avrinningsområden.
HiiliVie-projektet analyserade 17 tidigare projekt för vattenhantering och restaurering på avrinningsområdesnivå. Två huvudsakliga tillvägagångssätt identifierades: lokalt baserade och regionalt baserade strategier. Deras styrkor och svagheter utvärderades, och kriterier fastställdes för att bedöma deras lämplighet i specifika sammanhang. Denna publikation presenterar de bästa metoderna och arbetsmodellerna som identifierades i de analyserade projekten, samt en tvåfasig, GISbaserad indexmetod för vattenförvaltning och klimatanpassningsbedömningar på avrinningsområdesnivå som utvecklades i SysteemiHiili-projektet.
I idealisk planering av avrinningsområden definieras prioriterade områden och åtgärder i samarbete med olika intressenter. I praktiken försvåras processen av fragmenterat markägande, ojämn fördelning av fördelar och kostnader samt lokala förhållanden. Geografiska informationsdata och beräkningsmodeller stödjer urval, inriktning och diskussion kring åtgärder med lokala intressenter. Samarbete, involvering av intressenter, flexibilitet i målen och identifiering av lösningar med flera fördelar ökar engagemanget och minskar konflikterna.
Att stärka planeringen av avrinningsområden är avgörande för att främja hållbar användning av vattenresurser, översvämningsskydd, förbättrad vattenkvalitet och ekosystemens hälsa. Centrala utvecklingsområden inkluderar att förbättra samordningen av planering, stärka expertis och kommunikation samt skapa effektiva styrmekanismer.Geospatial Data and Operational Models in Catchment Planning : Examples and Best Practices
Catchment planning has been developed through water management projects in agriculture and forestry, but the lack of established methods, regional disparities, fragmented funding, and the absence of unified guidelines have hindered its widespread implementation. The SysteemiHiili and HiiliVie projects, funded by the Ministry of Agriculture and Forestry's Catch the Carbon program, have addressed these challenges by developing approaches and guidelines for climate-smart and sustainable catchment planning.
The HiiliVie project analysed 17 previous catchment-level water management and restoration projects. Two main approaches were identified: local-based and regional-based strategies. Their strengths and weaknesses were evaluated, and criteria were established to assess their suitability for specific contexts. This publication presents best practices and operational models identified from these 17 projects, as well as a two-phase, GIS-based index approach for catchment-level water management and climate resilience assessments developed in the SysteemiHiili project.
In ideal catchment planning, priority areas and actions are defined collaboratively with various stakeholders. In practice, the process is hindered by fragmented land ownership, uneven distribution of benefits and costs, and local conditions. Geographic information data and calculation models support the selection, targeting, and discussion of measures with local stakeholders. Collaboration, stakeholder involvement, flexibility in goals, and identifying multi-benefit solutions enhance commitment and reduce conflicts.
Strengthening catchment area planning is essential for promoting sustainable water resource use, flood protection, water quality improvement, and ecosystem health. Key areas for development include improving planning coordination, enhancing expertise and communication, and creating effective steering mechanisms