190942 research outputs found
Sort by
Transcriptomic analyses of spleen cell responses to antigen-specific immunotherapy with PLGA nanoparticles in mice
No full textAutoimmune diseases arise from dysregulated immune responses, leading to chronic inflammation and tissue damage. Celiac disease and narcolepsy type I represent distinct immune-mediated disorders with some shared pathomechanistic features, such as the strongest HLA class II associations reported. This study investigated the immunomodulatory potential of PLGA nanoparticles for targeted antigen delivery, aiming to restore immune tolerance in two murine hypersensitization models of celiac disease or narcolepsy type I. Using RNA-sequencing (RNA-seq), we analysed transcriptional changes in splenocytes from nanoparticle-treated vs. untreated mice, restimulated with cognate antigens. We used a comprehensive data preprocessing pipeline to identify differentially expressed genes (DEGs) and key immune pathways modulated by PLGA-mediated antigen delivery. DEG analysis was performed using edgeR, and pathway enrichment was assessed using Gene Set Enrichment Analysis (GSEA). Transcriptional signatures revealed distinct but also shared features, demonstrating significant modulation of immune pathways in both disease models. Pathway enrichment analysis further highlighted alterations in B cell immune signalling, inflammatory signalling, and metabolic pathways, underscoring the mechanistic basis of PLGA-based therapy. Meta-analysis identified shared, treatment-dependent transcriptional signatures between the celiac disease and narcolepsy models, suggesting common mechanisms of immune modulation. Additionally, optimization of the RNA-seq pipeline led to increased sensitivity in DEG detection, revealing previously undetected gene expression changes relevant to immune regulation. This study demonstrates that antigen-coated PLGA nanoparticles offer a novel immunomodulatory strategy for autoimmune diseases by reshaping immune responses to promote immune tolerance through transcriptional reprogramming. Furthermore, it underscores the importance of computational optimization in RNA-seq analysis for improving the reliability of transcriptomic data. These findings pave the way for targeted immunotherapies with potential clinical applications in autoimmune disease treatment
Examination of self-harm clustering in adolescent peer networks : a nationwide registry cohort study in Finland
No full textBackground Clusters of self-harming behaviour among adolescents have been observed, yet population-based epidemiological evidence is lacking. This study aims to address this lack by examining the clustering of self-harming behaviour within adolescent peer networks at the population level. Methods We used nationwide registry data on Finnish people born between January 1, 1985, and December 31, 2000, to examine whether having same-grade schoolmates who had self-harmed was associated with greater subsequent self-harm risk. Cohort members were followed up until first recorded self-harm episode, emigration, death, or December 31, 2020, whichever came first. Hazard ratios (HRs) were estimated using mixed-effects Cox proportional hazards models adjusted for a comprehensive set of individual-, parental-, school-, and area-level covariates. Findings The cohort comprised 913,149 Finnish residents. Having same-grade schoolmates who had self-harmed between school-starting age and finishing ninth grade was associated with a higher, albeit small in magnitude, HR of subsequent self-harm over a median of 11.6 years of follow-up (HR 1.05, [95% CI 1.01-1.09]). HR was not consistently higher over follow-up time but was highest in the beginning of follow-up when the cohort members were around age 16 (1.45 [1.25-1.69]). Limiting exposure to schoolmates' self-harm episodes to 1 year consistently showed the highest risk around age 16, regardless of whether the exposure occurred in ninth grade (1.49 [1.21-1.82]) or eighth grade (1.36 [1.07-1.74]), with follow-up commencing after the respective grade. Interpretation While we cannot rule out residual confounding, our findings suggest that self-harm may socially transmit within adolescent peer networks. The observed highest risk around age 16 suggests that external stressors associated with transitioning to new life stages at this age may moderate the impact of peer self-harm exposure. Prevention and intervention measures that consider possible peer influences on adolescents' self-harming behaviour may help reduce the public health burden of self-harm.Peer reviewe
Lääkeaineiden konjugaattimetaboliittien kuljetus ja suolistomikrobivälitteinen uudelleenaktivaatio
No full textVarious proteins mediate the disposition of drugs that undergo conjugative metabolism. Besides metabolic enzymes, drug transporters play an important role in conjugate disposition by moving glucuronides and sulfates across cell membranes, whereas the gut microbiota can reactivate conjugate metabolites after their excretion into the intestinal lumen. Altered abundance or activity of these proteins can affect drug exposure and lead to variability in drug response. A thorough mechanistic understanding of conjugate disposition is thus needed for accurate pharmacokinetic predictions and to ensure safe and effective drug therapy for all.
This thesis first describes the in vitro characterization of the transport of raloxifene glucuronides and androgen sulfates. All three raloxifene glucuronides were transported by multidrug resistance-associated proteins 2 and 3 (MRP2 and MRP3), which are likely mainly responsible for the biliary excretion and systemic circulation, respectively, of raloxifene conjugates. MRP3 also transported all five studied androgen sulfates, which further highlights its broad substrate specificity and important role in conjugate efflux towards the systemic blood. Furthermore, breast cancer resistance protein (BCRP) and MRP4 transported select androgen sulfates, and they may thus contribute to the hepatobiliary and sinusoidal efflux of these sulfates, respectively, with MRP4 also possibly facilitating androgen sulfate excretion into urine. Finally, all but one of the eight studied conjugates were transported by organic anion-transporting polypeptide (OATP) isoforms 1B1, 1B3, and 2B1, which may further contribute to the hepatobiliary excretion of MRP2 and BCRP substrates by facilitating their uptake into hepatocytes from sinusoidal blood.
This thesis also evaluated the extent of individual variability in gut microbial glucuronide cleavage with fecal samples from healthy donors and patients with recurrent Clostridioides difficile infection (rCDI) acting as the source of intestinal bacteria for ex vivo deglucuronidation studies. Marked substrate-dependent variability in deglucuronidation activity was observed between individuals with the abundance of specific bacterial taxa positively correlating with deglucuronidation activity. In contrast, intraindividual differences were modest, suggesting stability of deglucuronidation activity within the healthy gut microbiota. However, the deglucuronidation activity of rCDI patients increased after fecal microbiota transplantation and resolution of infection, which implies that significant compositional changes in the gut microbiota may alter its metabolic activity.
Altogether, the results presented in this thesis provide insights into possible sources of individual pharmacokinetic variability of drugs that undergo conjugative metabolism and/or are excreted as glucuronide conjugates into the intestinal lumen. In the future, incorporation of this mechanistic in vitro data into physiologically based pharmacokinetic models may help further evaluate how alterations in transporter function or the metabolic activity of the gut microbiota may affect drug exposure in vivo.Konjugaatio, jossa esimerkiksi glukuroni- tai sulfonihappomolekyyli liitetään yhdisteeseen, on tärkeä metaboliareitti useille lääkeaineille. Monet proteiinit osallistuvat glukuronidi- ja sulfaattikonjugaattien kulkeutumiseen elimistössä. Tällaisia ovat esimerkiksi kuljetinproteiinit, jotka kuljettavat konjugaatteja solukalvojen läpi, ja suolistomikrobien entsyymit, jotka pilkkovat konjugaatteja takaisin aktiiviseksi lääkeaineeksi. Muutokset näiden proteiinien toiminnassa voivat aiheuttaa vaihtelua lääkealtistuksessa ja -vasteessa. Näin ollen konjugaattien kulkeutumisprosessien tutkiminen edistää tehokasta ja turvallista lääkehoitoa.
Väitöskirjassa tunnistettiin ensin valikoituja glukuronidi- ja sulfaattikonjugaatteja kuljettavia kuljetinproteiineja solumallien avulla. Monilääkeresistenssiproteiini (MRP) 2:lla on todennäköisesti tärkeä rooli tutkittujen glukuronidien erittymisessä suolionteloon, kun taas rintasyöpäresistenssiproteiini (BCRP) voi toimia vastaavanlaisena kuljettajana osalle tutkituista sulfaateista. MRP3 voi kuljettaa kaikkia tutkittuja konjugaatteja maksasta ja suolesta verenkiertoon ja MRP4 siirtää osaa tutkituista sulfaateista virtsaan. Lisäksi orgaanisia anioneja kuljettavat polypeptidit (OATP) 1B1, 1B3 ja 2B1 voivat edistää MRP2:n ja BCRP:n kuljettamien konjugaattien erittymistä sappeen ja suolistoon toimimalla sisäänottajina maksasoluissa.
Vaihtelua glukuronidikonjugaattien pilkkoutumisessa eli deglukuronidaatiossa selvitettiin terveiltä yksilöiltä sekä uusiutuvasta Clostridioides difficile -infektiosta kärsiviltä potilailta kerättyjen ulostenäytteiden avulla. Deglukuronidaatiossa vaikuttaa olevan huomattavaa yhdisteestä riippuvaa vaihtelua terveiden yksilöiden välillä, ja tiettyjen bakteerisukujen suhteellinen runsaus voi olla kytköksissä suolistomikrobiston deglukuronidaatioaktiivisuuteen. Yksilöiden sisäinen vaihtelu deglukuronidaatioaktiivisuudessa sen sijaan vaikuttaa maltilliselta terveillä yksilöillä, mutta aktiivisuus on altis muutoksille suolistomikrobiston koostumuksen muuttuessa merkittävästi.
Kokonaisuudessaan väitöskirja lisää tietoa mahdollisista yksilöllisen vaihtelun lähteistä konjugoitumalla metaboloituvien lääkkeiden kulkeutumisessa. Jatkossa tuloksia voidaan hyödyntää arvioimaan, miten muutokset kuljetinproteiinien toiminnassa tai suoliston mikrobiston deglukuronidaatioaktiivisuudessa vaikuttavat lääkealtistukseen
Opioid Consumption After Laparoscopic Radical Nephrectomy in Early Postoperative Recovery Phase : A Retrospective Cohort Study
No full textBackground: Laparoscopic radical nephrectomy is a relatively common surgical procedure in the treatment of renal cancer and kidney anomalies. Postoperative pain is a major challenge among these patients. Although alternate solutions to conduct analgesia have been researched lately, the pain management of nephrectomy patients still relies on opioids. Methods: Retrospective study with 226 patients undergoing elective laparoscopic radical nephrectomy. Epidural, intravenous and oral opioid consumption was recorded during the first 3 postoperative days and factors associated with increased amounts of administered opioids were assessed. Results: Epidural analgesia was used in 188 (83.2%) of 226 patients and it was associated with increased opioid consumption in all 3 postoperative days. In multivariate analysis the other statistically significant risk factor for increased postoperative opioid consumption during the first 3 postoperative days was female gender, whereas higher BMI negatively correlated with high opioid consumption. Conclusions: Based on the results of this study, epidural analgesia was associated with increased opioid consumption after laparoscopic radical nephrectomy. With a more individualized pain management protocol it may be possible to decrease opioid consumption and thus the adverse effects of opioids in this patient group. Editorial Comment: In this retrospective study in postop nephrectomy cases, analgesia with or without appropriate level epidural infusions was delivered, and further pain or analgesia assessment was performed during the first 3 postoperative days. There was an association between epidural analgesia and with more total opioid equivalents administered, though plausible mechanistic explanations for this were unclear.Peer reviewe
Rintojen mikrokalkkeumien diagnostisen ja kirurgisen arvioinnin tarkentaminen: lisämammografiakuvauksen, DBT-pohjaisten rekonstruktioiden ja tekoälyn vaikutus
No full textBreast microcalcifications are a crucial mammographic finding and often the earliest radiological sign of ductal carcinoma in situ (DCIS). However, their diagnostic interpretation and preoperative assessment remain challenging due to limitations in mammographic visualization, substantial inter-reader variability, and the moderate specificity of current classification systems such as BI-RADS. This thesis aimed to refine the diagnostic workflow and preoperative evaluation of microcalcifications to reduce unnecessary biopsies, minimize radiation exposure, and optimize surgical outcomes. Three complementary studies were conducted at Helsinki University Hospital (HUH) to address these challenges.
Study I retrospectively analyzed 157 women with biopsy-proven pure DCIS undergoing breast-conserving surgery (BCS) (2015–2018) to determine whether additional imaging - spot magnification or digital breast tomosynthesis (DBT) - improved lesion size estimation or reduced reoperation rates due to inadequate surgical margin. Results showed no statistically significant difference in reoperation rates between imaging modalities (spot: 18%, DBT: 27%, full-field digital mammography (FFDM)-only: 31%). Larger DCIS size was the strongest predictor of margin positivity (median 29 vs. 14 mm), with increasing discordance between radiological and pathological size estimates in extensive lesions.
Study II prospectively evaluated 45 patients referred for stereotactic biopsy (2020–2022), comparing conventional spot magnification with two novel DBT-derived reconstructions: synthetic spot (s-spot) and tomosynthetic magnification (t-spot). A multi-reader assessment demonstrated that t-spot provided superior microcalcification conspicuity compared to standard DBT, particularly in small clusters, and was generally preferred over s-spot. However, t-spot consistently underestimated lesion extent in larger clusters (>20 mm). Diagnostic performance was comparable to conventional spot magnification (sensitivity: 88% vs. 94%), though the difference did not meet predefined non-inferiority criteria.
In Study III, we developed and validated a deep convolutional neural network (DCNN) using a novel double transfer learning (d-TL) strategy to classify microcalcifications. Trained on 396 regions of interest (ROIs) from 194 patients, the model leveraged pretrained knowledge from both natural and medical imaging datasets to optimize performance despite limited training data. The DCNN achieved an AUC of 0.76, outperforming radiologist assessments (AUC: 0.65), with 65% sensitivity and 83% specificity - significantly higher than the radiologists' specificity (30%). Gradient-weighted Class Activation Mapping (Grad-CAM) confirmed that the model’s predictions were based on clinically relevant features.
In conclusion, this thesis shows that while additional mammographic imaging techniques increase radiation exposure, they do not statistically significantly improve surgical outcomes in DCIS. DBT-based reconstructions demonstrated improved visibility of microcalcifications compared to standard DBT without additional radiation exposure but tended to underestimate lesion extent and require further refinement. AI-based methods, particularly using a novel d-TL approach, achieved higher specificity than radiologists and may support the differential diagnosis of microcalcifications and the potential to reduce additional imaging and unnecessary biopsies. These findings support the development of integrated diagnostic tools that combine imaging, pathology, and clinical data to enable more accurate, personalized, and patient-centered management of breast microcalcifications.Rintojen mikrokalkit ovat keskeinen mammografia löydös ja usein duktaalisen in situ -karsinooman (DCIS) varhaisin radiologinen merkki. Niiden diagnostinen tulkinta ja leikkaushoitoa edeltävä arviointi ovat kuitenkin haastavia, johtuen mammografian rajoitteista taudin todellisen laajuuden arvioinnissa, merkittävästä tulkintavaihtelusta sekä nykyisten luokitusjärjestelmien, kuten BI-RADS:in, rajallisesta spesifisyydestä. Tämän väitöskirjan tavoitteena oli kehittää mikrokalkkeihin liittyvän diagnostisen ja leikkaushoitoa edeltävän arvioinnin työnkulkuja, minimoida tarpeettomia biopsioita ja säteilyaltistusta sekä parantaa kirurgisia tuloksia. Väitöskirja koostuu kolmesta toisiaan täydentävästä osatyöstä, jotka toteutettiin Helsingin yliopistollisessa sairaalassa (HUS).
Osatyössä I analysoitiin retrospektiivisesti 157 potilasta, joilla oli biopsialla varmennettu puhdas DCIS ja jotka olivat vuosina 2015–2018 hoidettu rintaa säästävällä leikkauksella. Tutkimuksessa selvitettiin, paransiko lisäkuvantaminen - spot-suurennoskuvaus tai digitaalinen tomosynteesikuvaus – mikrokalkkien laajuuden arviointia tai vähentäisikö se uusintaleikkausten tarvetta. Tulokset osoittivat, että uusintaleikkausten määrässä ei ollut tilastollisesti merkitsevää eroa eri kuvantamismenetelmien välillä (spot: 18 %, DBT: 27 %, pelkkä FFDM: 31 %). DCIS:n suurempi koko oli merkittävin positiivisen leikkausmarginaalin ennustaja (mediaani 29 mm vs. 14 mm), ja ero radiologisen ja histopatologisen koon välillä kasvoi leesiokoon kasvaessa.
Osatyössä II arvioitiin prospektiivisesti 45 potilasta, jotka oli ohjattu stereotaktiseen biopsiaan (2020–2022). Perinteistä spot-suurennoskuvausta verrattiin kahteen uuteen DBT-raakadatan perusteella rekonstruoituun kuvaan: synteettiseen suurennokseen (s-spot) ja tomosynteettiseen suurennokseen (t-spot). Monilukija-tutkimuksessa t-spot tarjoisi paremman mikrokalkkien näkyvyyden tomosynteesikuvauksen verrattuna, ja se oli yleisesti lukijoiden suosimia s-spotiin verrattuna. Kuitenkin t-spot aliarvioi systemaattisesti mikrokalkkien laajuuden silloin, kun ne ylittivät 20 mm. Diagnostinen suorituskyky oli verrattavissa perinteiseen spot-kuvaukseen (sensitiivisyys: t-spot 88 %, spot 94 %), mutta erot eivät täyttäneet ennalta määriteltyä yhdenveroisuuskriteereitä.
Osatyössä III kehitettiin ja validoitiin syväkonvoluutioneuroverkko (DCNN), joka luokittelee mikrokalkkeja käyttämällä uutta kaksois-siirto-oppimisen (double transfer learning, d-TL) strategiaa. Malli koulutettiin 396 mikrokalkkialueella (ROI), jotka oli kerätty 194 potilaalta, joilla mammografiassa todettiin pelkästään mikrokalkkeja. Strategiassa hyödynnettiin ennalta opetettuja malleja sekä luonnollisista että lääketieteellisistä kuvadatoista, jotta suorituskyky saatiin optimoitua pienessä, erikoistuneessa aineistossa. Mallin AUC oli 0.76, mikä ylitti radiologin suorituskyvyn (AUC: 0.65). Optimaalisella raja-arvolla saavutettiin 65 % sensitiivisyys ja 83 % spesifisyys – huomattavasti korkeampi kuin radiologin spesifisyys (30 %). Gradient-weighted Class Activation Mapping (Grad-CAM) -analyysi osoitti, että mallin ennusteet perustuivat kliinisesti merkityksellisiin kuvakohteisiin.
Yhteenvetona, tämä väitöskirja osoittaa, että lisämammografia kuvantaminen kasvattaa säteilyaltistusta, mutta ei tilastollisesti merkittävästi paranna DCIS:n kirurgisia lopputuloksia. DBT-pohjaiset rekonstruktiot parantavat mikrokalkkien näkyvyyttä tavanomaiseen DBT:hen verrattuna ilman lisäsäteilyä, mutta aliarvioivat usein leesioiden laajuuden ja vaativat jatkokehitystä. AI-pohjaiset menetelmät, erityisesti uusi d-TL-lähestymistapa, osoittivat radiologeja paremman spesifisyyden ja voivat tukea mikrokalkkien erotusdiagnostiikkaa sekä vähentää lisäkuvantamisen ja tarpeettomien biopsioiden tarvetta. Nämä tulokset tukevat integroitujen diagnostiikkatyökalujen kehittämistä, jotka yhdistävät kuvantamis-, patologiset ja kliiniset tiedot entistä tarkemman, yksilöllisemmän ja potilaskeskeisen rintasyöpädiagnostiikan ja -hoidon mahdollistamiseksi
Transmasculine Persons’ Experiences of the Effects of Testosterone Treatments on Voice and Voice-Related Resources
No full textSukupuolta vahvistavissa hoidoissa testosteroni aiheuttaa ääntä madaltavan äänenmurroksen, joka toimii äänen maskuliinisoinnin merkittävänä tekijänä. Saatavilla oleva tutkimustieto on nähtävästi osittain ristiriidassa terveydenhuollon käytäntöjen kanssa siitä, riittävätkö testosteronihoidot yksinään tarpeeksi maskuliinisen äänen saavuttamiseen. Transmaskuliinisilla henkilöillä ilmenevistä äänen ongelmista ei kuitenkaan ole paljoa tutkimustietoa. Tässä tutkielmassa pyrittiin selvittämään, millaisia äänen ongelmia transmaskuliinisilla henkilöillä ilmenee etenkin äänioireiden ja sukupuoliristiriidan muodossa. Lisäksi kartoitettiin, millaisia kokemuksia heillä oli terveydenhuollon äänen palveluiden parissa.
Tutkimukseen osallistui 12 17–36-vuotiasta transmaskuliinista henkilöä, jotka olivat olleet testosteronihoidoissa 0v8kk–9v10kk. Tutkielma oli luonteeltaan kyselytutkimus, jonka aineisto kerättiin neliosaisella sähköisellä kyselomakkeella. Laadullisen kuvailevan sisällönanalyysin ja soveltuvin deskriptiivisten tilastollisten menetelmien kautta analysoitiin osallistujien kokemia äänen ongelmia liittyen äänioireisiin (Screen11) sekä äänen ja sukupuoli-identiteetin ristiriitaan (SaRKAFAB). Lisäksi analysoitiin osallistujien kokemuksia sekä toiveita ääneen liittyvien terveydenhuollon resurssien suhteen.
Tutkittavista puolet sai merkittäviä Screen11 pisteitä ja laadullisessa analyysissä ilmeni, että osallistujat kokivat monenlaisia äänioireita arjessaan. Lähes kaikki osallistujat kokivat äänen muutosten tukeneen heidän sukupuoli-identiteettiään, mutta moni olisi toivonut äänensä olevan vielä maskuliinisempi. Monelle osallistujalle puhelimessa väärin sukupuolitetuksi tuleminen oli ongelma. Tutkittavilla ei juurikaan ollut kokemusta ääneen liittyvistä terveydenhuollon palveluista. He kuitenkin olisivat pääosin kiinnostuneita saamaan puheterapiaa ja ääniterapiaa.
Tutkielman johtopäätöksenä voidaan pitää, että transmaskuliiniset henkilöt voivat kokea yksilötasolla monenlaisia ääneen liittyviä haasteita. Ääni ei aina esimerkiksi vastaa sukupuoli-identiteettiä tarpeeksi hyvin. Lisäksi heillä voi esiintyä sellaisia äänioireita, jotka voivat viitata jopa äänihäiriöön. Esiintyvistä äänen ongelmista huolimatta osallistujille ei ollut juurikaan tarjottu asianmukaisia terveydenhuollon palveluita, tai he eivät itse olleet hakeutuneet hoitoon. Aiheesta olisi kuitenkin tarpeellista tehdä jatkotutkimusta isommalla otoskoolla, pidemmällä aikavälillä testosteronihoitojen aikana ja erilaisin tutkimusmenetelmin, kuten äänen konkreettisilla mittauksillaDuring gender-affirming treatments testosterone causes a deepening of the voice, which serves as a significant factor in the masculinization of the voice. The available research appears to have discrepancies with current healthcare practices regarding whether testosterone treatments alone are enough to achieve sufficiently masculine voice. Furthermore, there is little research on the topic of voice issues experienced by transmasculine people. The aim of this study was to research what types of voice issues transmasculine people may experience, especially related to voice symptoms and voice-related gender dysphoria. Additionally, the study explored participants’ experiences with voice-related healthcare services.
The study had 12 transmasculine individual participants aged 17–36, who had been undergoing testosterone treatment for between 0 years 8 months and 9 years 10 months. The study was conducted as a questionnaire study and the data was collected through an electronic four-part questionnaire. Experiences of voice issues, including voice symptoms (Screen11) as well as voice-related gender incongruence (SaRKAFAB) were analysed using inductive qualitative content analysis and descriptive statistical methods. Additionally, the study analysed the participants’ individual experiences and wishes regarding voice-related healthcare resources.
Half of the participants scored significant results on the Screen11 form, and the qualitative content analysis found that the participants experienced a wide range of voice symptoms in their daily lives. Nearly all participants felt that the changes in their voice supported their gender identity, although many still wished for their voice to be even more masculine. Many participants additionally experienced problems with being misgendered over the phone. The participants had little experience with voice-related healthcare services, however, most of them were interested in receiving speech therapy and voice therapy.
This study concludes that on an individual level transmasculine people can experience a wide range of challenges related to their voice. For example, an individual’s voice does not always properly match their gender identity. Additionally, they may experience voice symptoms that could even indicate a voice disorder. Despite the voice-related issues the participants had received little to no appropriate healthcare services for their symptoms, or they had not sought out these services themselves. Further research on the subject is needed, with a larger sample size, over a longer period of time during the testosterone treatments, and with the usage of diverse methods, such as concrete voice measurements
Understanding Sequential Patterns in Recommendation Data Sets
No full textSequential recommender systems (SRSs) aim to predict users' next actions by modeling the temporal order of past interactions. Recent studies have attempted to assess the strength of sequential structure in commonly used datasets by applying random shuffling techniques. The random shuffling approach assumes that sequential patterns in user interaction data solely reflect user behavior (e.g., watching a movie followed by its sequel), while omitting the possibility that such patterns may also arise from external factors like item availability (e.g., the release timing of items becoming accessible to users). The omission of considering item availability challenges the validity of performance-based assessments in offline evaluation. To clarify the origin of sequential patterns, the present study introduces a method that employs two data shuffling strategies: random shuffling and constrained shuffling, to distinguish patterns generated by user behavior from those induced by item availability. The method is applied to four widely used benchmark datasets (ML-1M, LastFM, Steam, and Beauty) and evaluated using three sequential recommendation models: SASRec, LightSANs, and BERT4Rec.
The experimental results reveal that the source of sequential information differs markedly across datasets. ML-1M and LastFM primarily reflect user behavior, Steam is largely shaped by item availability, and Beauty exhibits characteristics of both. These findings suggest that performance improvements on certain datasets may be attributed to models exploiting availability-based patterns rather than modeling true user intent. By quantifying the relative contributions of user behavior and item availability, the proposed approach provides a new perspective for assessing the suitability of data sets in offline evaluation of sequential recommendation models
Effects of bi-dimensional interoperability between electronic health records and smart infusion pumps in hospital settings: a systematic review.
No full textMedication errors represent a significant and preventable cause of harm within healthcare systems worldwide, resulting in an estimated annual cost of $42 billion USD. Using technology to digitize healthcare processes has the potential to increase standardization and efficiency of clinical workflows and to reduce errors across healthcare settings. Interoperability of electronic records and smart infusion pumps require high investments from the hospitals; thus, studies are required to assess the benefits of this new technology. The objective of this study was to explore the effects of interoperability between electronic health records and smart infusion pumps in hospital settings. This research followed the Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses (PRISMA) 2020 criteria. The study protocol was registered in PROSPERO (CRD42024538518). The final literature search on Scopus, MEDLINE (Ovid), Web of Sciences, CINAHL and EMB Reviews was conducted on 03 October 2024. Only peer-reviewed articles in English considering interoperability between smart infusion pumps and electronic health records in hospital settings were included. Study selection and data extraction were carried out by two individual reviewers. A total of 9 articles published between 2010-2024 met the inclusion criteria. Statistically significant improvements in nursing workflow including decrease in manual keystrokes and nursing time as well as increase in chart completion were reported in 3 studies. Three studies also reported statistically significant reduction in errors involving intravenous drugs. Alerts were recorded in 4 studies and a statistically significant increase in drug library compliance was reported in two studies. This review suggests that interoperability between smart infusion pump and electronic health records have the potential to improve nursing workflow consequently contributing to reduction of errors involving intravenous drugs. Future research in controlled settings as well as considering public healthcare environments and cost savings through error prevention perspective are needed
Peptidoglykaanihydrolaasien valjastaminen Staphylococcus aureusta vastaan
No full textAntibiotic resistance towards current antibiotics is a growing threat to global health and leads to
severe untreatable infections. Staphylococci are responsible for nearly 80% of infections following
an implantation of a device in a human and the National Institutes of Health reported in a study
that 70% of human microbial infections are biofilm-associated. Bacteria living in biofilm have
shown even up to a 1,000-fold increase in drug resistance compared to bacteria living in a
planktonic state. This study set out to explore the potential of peptidoglycan hydrolases against
Staphylococcus aureus in tackling this raising issue.
Four genes coding for peptidoglycan hydrolases were chosen as targets and cloned into pET-28a
(+) and furthermore expressed in Escherichia coli BL21 DE3 pLysS. Protein purification by his-tag
was successfully done for one of these peptidoglycan hydrolases which is referred to as G5 coded by
the gene G5. The effects of G5 on S. aureus cell viability, growth, biofilm formation and
composition were explored via growth experiments. S. aureus was treated with G5 at different
concentrations at two different growth phases: planktonic and biofilm associated. The experiment
was carried out for 72 h where every 24 h a new dose of G5 was administered alongside fresh
growth media. The effects of G5 were assessed via cell density and cell viability measurements.
Additionally, G5 was administered alongside penicillin at different concentrations to S. aureus
cultures with established biofilm to assess whether it could affect the minimum bactericidal
concentration of penicillin.
The obtained results for S. aureus biofilms treated with G5 showed on average a 34% decrease in
cell density compared to the untreated control and a reduction of 10,000 µg/mL in the minimum
bactericidal concentration of penicillin. No clear effect on the cell viability of planktonic S. aureus
was observed. The results show promise for the use of peptidoglycan hydrolases in combatting S.
aureus biofilm associated antimicrobial resistance.Antibioottiresistenssi nykyisiä antibiootteja vastaan on kasvava uhka maailmanlaajuiselle
terveydelle ja johtaa vakaviin, vaikeasti hoidettaviin infektioihin. Stafylokokit aiheuttavat lähes
80 % ihmisen kehoon asennettujen lääkinnällisten laitteiden jälkeisistä infektioista, ja National
Institutes of Healthin mukaan 70 % ihmisten mikrobiperäisistä infektioista johtuu biofilmeihin
liittyvistä tartunnoista. Biofilmissä elävien bakteerien on havaittu olevan jopa 1000-kertaisesti
vastustuskykyisempiä lääkkeille verrattuna planktonisessa muodossa eläviin bakteereihin. Tässä
tutkimuksessa pyrittiin selvittämään peptidoglykaanihydrolaasien potentiaalia S. aureusta vastaan
tämän kasvavan ongelman ratkaisemisessa.
Tutkimukseen valittiin neljä geeniä ja niiden koodaamat peptidoglykaanihydrolaasit, jotka
kloonattiin pET-28a (+)-plasmidiin ja tuotettiin Escherichia coli BL21 DE3 pLysS -soluissa. Näistä
vain yksi onnistuttiin puhdistamaan his-tag puhdistuksen avulla: G5, jota koodaa geeni G5. G5:n
vaikutuksia S. aureus -solujen elinkelpoisuuteen, kasvuun, biofilmin muodostumiseen ja
koostumukseen tutkittiin kasvukokeilla. S. aureus kasvatuksia altistettiin G5-proteiinilla eri
pitoisuuksissa kahdessa kasvuvaiheessa: planktonisessa vaiheessa ja biofilmissä. Kokeet kestivät 72
tuntia, joiden aikana uutta G5-annosta ja tuoretta kasvualustaa lisättiin 24 tunnin välein.
Vaikutuksia arvioitiin mittaamalla solutiheyttä ja elinkelpoisuutta. Lisäksi G5:ttä annosteltiin
yhdessä eri penisilliini pitoisuuksien kanssa S. aureus -kasvatuksiin, joissa oli muodostunut
biofilmi, sen selvittämiseksi voisiko G5 vaikuttaa penisilliinin bakterisidiseen minimipitoisuuteen
(MBC). Tulokset osoittivat, että G5:llä käsitellyt S. aureus -biofilmit vähenivät keskimäärin
solutiheydessä 34 % verrattuna kontrolliin ja penisilliinin bakterisidinen minimipitoisuus laski 10
000 µg/mL. Planktonisessa muodossa olevan S. aureus -kannan elinkelpoisuuteen ei havaittu
selkeää vaikutusta. Tulokset osoittavat, että peptidoglykaanihydrolaaseilla on lupaavaa potentiaalia
S. aureuksen biofilmiin liittyvän antimikrobiresistenssin torjunnassa
Speculative fabulation and lingering with multispecies worlds in environmental education
No full textThis thesis explores children’s storying across ecosystems through delving into temporal rhythms and affective spaces in environmental education. Theoretically and methodologically the study is located at the intersection of literacy education, multispecies studies, environmental education, relational ontologies, and post-qualitative approaches. Drawing on this diverse theoretical and methodological background, this thesis explores Donna Haraway’s (2016) concept of speculative fabulation through which scientific fact and science fiction are open-endedly combined in children’s storying to create alternative and imaginative narratives of multispecies lifeworlds. By urging us to stay with the trouble of socio-ecological worlds, speculative fiction and fabulation can offer spaces for unlearning from the unfamiliar and challenge dominant euro-western individualistic narratives in environmental education, such as linear time-as-progress, human-centredness and focusing solely on conventional language practices. In this thesis, these spaces for unlearning and re-storying through speculative fiction and fabulation have been conceptualized as speculative spaces and lingering encounters that lean into attuning, with affective spaces of silences, slow rhythms, embodied movements, hesitation and awkward becomings. Considering this background, in this thesis, I ask: How are children's encounters with more-than-human worlds manifested across temporal and spatial entanglements in their storying? How does children's storying with mythical nature spirits create spaces for exploring socio-ecological worlds? What can we learn from the polyphonous affects and temporalities in lingering encounters between children, amphibians, and invertebrates?
Following these questions, I summarized the three studies that are part of this thesis, which follow my journey as a researcher taking form during ethnographic fieldwork in two classrooms in a Finnish primary school between 2019 and 2022. I have provided a deep understanding of the complexity of spontaneous movements and rhythms of children’s speculative fabulation through speculative approaches that are interlaced with pedagogies inspired by Nordic folktales about elves, pre-modern Baltic Finnic myths and through multispecies perspective taking of invertebrates’ and amphibians’ lifeworlds. The empirical data draws on transcribed interviews with the children, photographs, field notes (written and filmed), the researcher’s autoethnographic multispecies re-storying, and video recordings of children’s diverse storying and attuning-with different digital and non-digital artefacts both inside and outside the classroom environment.
Article I is informed by a relational ontology and focuses on children’s encounters in and about more-than-human lifeworlds and the diverse spatial-temporal entanglements that unfold during two children’s digital storying with MyAr Julle, an augmented storying application. The application invites children to story with and explore local environments with a forest elf named Julle. Drawing on a relational understanding of the sociocultural concept of perezhivanie, thus lived emotional experiences, the results illuminate how digital storying created open-ended spaces where encounters connected to care could travel and transform into speculative future scenarios.
Article II was inspired by pre-modern Baltic Finnic myths and explores how children’s storying activities with a pedagogical material named Riddle of the Spirit invites children to enter spaces of speculative fabulation (Haraway, 2016) in which children are open-endedly combining scientific fact and fiction to re-imagine possible futures of socio-ecological worlds and more-than-human relations. Children’s speculative fabulation created spaces of active silence, meeting the gaze of mythical nature spirits and spontaneous embodied movements, where human and more-than-human relations were re-storied.
By drawing on diverse multispecies storying events of children, invertebrates and amphibians, Article III explores conceptually the speculative inquiry of speculative fabulation by delving into slow rhythms, silences, awkward becomings and embodied movements as lingering encounters. Lingering encounters emerge both as a pedagogical approach and a methodological concept from an active re-turning (Barad, 2017) to attuning-with and noticing more-than-human polyphonous temporal rhythms and affects in multispecies studies.
In this thesis, deep and slow explorations of children’s speculative fabulation through lingering encounters and ‘nonsensical’ events opened spaces to attune-with unfamiliar and ‘silenced’ more-than-human lifeworlds. I suggest that speculative fabulation can offer the means to re-imagine environmental education by creating affective spaces to listen to multispecies speculation, affective landscapes, and temporal rhythms of unique local ecosystems. Pedagogically and methodologically, the findings of this study show that including myths, science fiction and fabulation creates spaces in environmental education for confronting the challenges of contemporary times when the affirmative attention is drawn to multispecies worlds and relationalities in local places.Tämä väitöskirja tutkii lasten tarinankerrontaa ekosysteemien välisissä kohtaamisissa, keskittyen ajallisiin rytmeihin ja affektiivisiin tiloihin ympäristökasvatuksessa. Tutkimus sijoittuu teoreettisesti ja metodologisesti lukutaidon aloille, monilajitutkimuksen, ympäristökasvatuksen, relationaalisten ontologioiden ja postkvalitatiivisten lähestymistapojen risteyksiin. Tähän monipuoliseen teoreettiseen ja metodologiseen taustaan nojaten, väitöskirja tarkastelee Donna Harawayn (2016) kehittämää käsitettä spekulatiivinen fabulaatio, jossa tiede- ja fantasiakirjallisuus yhdistyvät avoimesti lasten tarinankerronnassa luoden vaihtoehtoisia ja mielikuvituksellisia kertomuksia monilajisista maailmoista. Kehottamalla kohtaamaan sosio-ekologisten maailmojen haasteet, spekulatiivinen fiktio ja fabulaatio voivat tarjota oppimisen tiloja ennestään tuntemattomista ulottuvuuksista. Haastaen vallitsevia länsimaalaisia yksilökeskeisiä kertomuksia ympäristökasvatuksessa, kuten lineaarista aikakäsitystä, ihmiskeskeisyyttä ja perinteisiä kielenkäytön tapoja. Tässä väitöskirjassa nämä tilat oppimiselle ja uudelleen tarinoimiselle spekulatiivisen fiktion ja fabuloinnin kautta on käsitteellistetty spekulatiivisiksi tiloiksi ja viipyviksi kohtaamisiksi, jotka nojautuvat kietoutuneisiin ja muovautuneisiin hiljaisuuden, hitaiden rytmien, kehollisten liikkeiden, epävarmuuden ja hapuilun tiloihin. Näihin taustoihin nojaten, tämä väitöskirja esittää seuraavat kysymykset: Miten lasten kohtaamiset ihmistä laajempien maailmojen kanssa ilmenevät ajallisissa ja tilallisissa kehkeytymisissä heidän tarinoissaan? Kuinka lasten tarinankerronta myyttisten luonnon haltijoiden kanssa luo tiloja sosio-ekologisten maailmojen tutkimiselle? Mitä voimme oppia moniäänisistä affekteista ja ajallisuuksista lasten, sammakkoeläinten ja selkärangattomien viipyvissä kohtaamisissa?
Näiden kysymysten pohjalta tiivistän väitöskirjassa kolme tutkimusta, jotka seuraavat matkaani tutkijana etnografisen kenttätyön aikana kahdessa suomalaisessa alakoululuokassa vuosina 2019–2022. Tarjoan syvällisen ymmärryksen lasten spekulatiivisen fabulaation spontaanisista liikkeistä ja rytmien moninaisuudesta spekulatiivisia lähestymistapoja hyödyntäen, pedagogisesti inspiroitumalla pohjoismaisista kansantaruista, itämerensuomalaisista myyteistä ja monilajisista näkökulmista selkärangattomien ja sammakkoeläinten maailmoista. Empiirinen aineisto koostuu lasten haastattelujen litteroinneista, valokuvista, kenttämuistiinpanoista (kirjallisista ja videokuvatuista), tutkijan autoetnografisesta monilajisesta tarinankerronnasta, lasten moninaisesta tarinankerronnasta, videotallenteista ja luoduista digitaalisista ja ei-digitaalisista artefakteista. Tutkimus sijoittui sekä luokkahuoneen sisä- että ulkopuolelle.
Artikkeli I perustuu relationaaliseen ontologiaan ja keskittyy lasten kohtaamisiin ihmistä laajempien maailmojen kanssa ja moninaisiin ajallisiin ja tilallisiin kietoutumisiin, jotka kehkeytyvät kahden lapsen digitaalisen tarinankerronnan aikana. Lasten käyttämä MyAr Julle sovellus hyödyntää lisättyä todellisuutta ja kutsuu tarinankerrontaan ja lähiympäristöjen tutkimiseen yhdessä metsätonttu Jullen kanssa. Perustuen relationaaliseen ymmärrykseen sosiokulttuurisesta perezhivanie-käsitteestä, eli eletyistä tunneperäisistä kokemuksista, tulokset valaisevat, kuinka digitaalinen tarinankerronta loi avoimia tiloja, joissa hoivaamiseen liittyvät kohtaamiset voivat matkustaa ja muuttua spekulatiivisiksi tulevaisuuden näkymiksi.
Artikkeli II inspiroituu esimoderneista Itämerensuomalaisista myyteistä ja tutkii, kuinka tarinallinen Haltijan Kuiskaus materiaali kutsuu lapsia astumaan spekulatiivisen fabulaation (Haraway, 2016) tiloihin, joissa he yhdistävät tieteellistä faktaa ja fiktiota/fantasiakirjallisuutta kuvitellakseen mahdollisia tulevaisuuden näkymiä sosio-ekologisista ja ihmistä laajemmasta maailmojen relationaalisuudesta. Lasten spekulatiivinen fabulaatio loi aktiivisia hiljaisuuden tiloja, kohtaamisia luonnonhaltijoiden katseiden kanssa ja spontaaneja kehollisia liikkeitä. Näissä tiloissa ihmisten ja ihmistä laajempien maailmojen relationaalisuus tarinoitiin uudelleen.
Artikkeli III tutkii konseptuaalisesti spekulatiivista fabulaatiota lasten, selkärangattomien ja sammakkoeläinten monilajisten tarinankerrontatapahtumien kautta. Artikkelissa syvennytään hitaisiin rytmeihin, hiljaisuuksiin, epämukavuuksien kehkeytymiin ja ruumiillisiin liikkeisiin viipyvinä kohtaamisina. Viipyvät kohtaamiset nousevat sekä pedagogisena lähestymistapana, että metodologisena käsitteenä aktiivisena uudelleen palaamisena (re-turning, Barad, 2017) virittymällä ihmistä laajempiin ajallisiin rytmeihin ja affekteihin monilajitutkimuksessa.
Tässä väitöskirjassa lasten syvä ja hidas spekulatiivinen fabulaatio viipyvien kohtaamisten ja ’merkityksettömien’ tapahtumien kautta avasivat tiloja virittyä ihmistä laajempiin ja hiljaisiin maailmoihin. Ehdotan, että spekulatiivinen fabulaatio tarjoaa keinoja kuvittelemaan uudelleen ympäristökasvatusta, luomalla affektiivisia tiloja kuunnella monilajisia spekulaatioita, ekosysteemien ainutlaatuisia affektiivisia maisemia ja ajallisia rytmejä. Pedagogisesti ja metodologisesti tämän tutkimuksen tulokset osoittavat, että spekulatiivisen fiktion ja fabulaation sisällyttäminen ympäristökasvatukseen luo tiloja nykyajan haasteiden kohtaamiselle, kunhan huomio kiinnitetään monilajisiin maailmoihin ja relationaalisuuksiin lähiympäristössä