HAL Evry
Not a member yet
19237 research outputs found
Sort by
Toutes artistes ! Construire des figures féministes de femmes artistes. Affirmer un art de la résistance créative: Artification, globalisation et réception des peintures du Mithila: pour une histoire connectée de médiations transculturelles autour d'un kairos indophile et contreculturel
No full text
Évaluation de l'impact des mutations associées à la Maladie d'Alzheimer dans le contexte du développement du cerveau à l'aide de cellules souches pluripotentes (CSIPs) et d'un modèle d'organoïdes cérébraux
No full textAlzheimer's disease (AD) is the most common form of dementia in humans. It is a multifactorial disease characterized by irreversible neurodegeneration. AD is characterized by plaques corresponding to the extracellular accumulation of a peptide known as β-amyloid. This peptide is a transformation product of the amyloid progenitor protein (APP). Furthermore, AD is characterized by intraneuronal neurofibrillary tangles due to hyperphosphorylated Tau protein. The mechanisms underlying neurodegeneration are still unknown. These events occur on average 15 years before the onset of symptoms, and understanding them represents one of the significant challenges in the fight against AD, particularly in the development of treatments.There are two types of AD, one of which develops early, before the age of 65, and affects around 5% of people with the disease. This form, known as EOAD (early onset Alzheimer's disease), is characterized by mutations in one of the genes involved in the amyloid pathway, APP, PSEN1, and PSEN2. The other, more common form, which affects 95% of AD patients, is called LOAD (late-onset Alzheimer's disease) and depends on the presence of genetic variants representing risk factors for the development of the disease. Most studies aimed at understanding the formation and development of AD have focused primarily on neuronal cells. However, recent functional genomics studies (GWAS) have linked AD risk factors also to the brain's immune cell population: microglia.Unlike other brain cells, microglial cells are not derived from the neuro-ectodermal lineage. Instead, they are of mesodermal origin, forming from a population of hematopoietic progenitor cells formed in the yolk sac and migrating into the brain during embryonic development. Microglia play a key role in brain homeostasis throughout life. It eliminates cellular debris, stimulates and controls neuronal differentiation, maturation, and organization, and eliminates amyloid plaques. In addition, microglia are known for their ability to control infections and, consequently, to establish a neuroinflammatory environment which, on the other hand, also contributes to the establishment of the neurodegenerative phenomenon. However, the role of this population and how it is affected by AD is still poorly studied.My PhD thesis aimed to model AD using induced pluripotent stem cells (iPSCs) and two- and three-dimensional cell culture models, such as brain organoids (BOrgs). We used iPSC lines corresponding to a healthy genotype and genotypes associated with AD. We focused on the APP (Swedish mutation) and PSEN1 (M146V and A246E mutations) mutations characteristic of the EOAD form. We first characterized the growth of BOrgs and assessed their size and composition according to the different iPSC lines used, over 4 months. Since microglia are not part of the BOrgs populations, we also focused on the growth of these cells in 2D, to graft them into the BOrgs. The results obtained in the course of my work show that EOAD mutations affect neural cell differentiation and maturation in BOrg generation. Also, microglia production and characterization are altered depending on the mutations analyzed. For example, one of the most striking phenotypes is altered energy and lipid metabolism.La maladie d'Alzheimer (MA) est la forme la plus fréquente de démence chez l'Homme. Il s'agit d'une maladie multifactorielle caractérisée par une neurodégénérescence irréversible. La MA se caractérise par l'existence de plaques correspondant à l'accumulation extracellulaire d'un peptide dit « β-amyloïde ». Ce peptide est un produit de la transformation de la protéine progénitrice amyloïde (APP). Par ailleurs, la MA se caractérise par la présence d'enchevêtrement neurofibrillaires intraneuronaux dus à la protéine Tau hyperphosphorylée. Les mécanismes sous-jacents à la neurodégénérescence restent encore inconnus. Ces événements surgissent en moyenne 15 ans avant le déclenchement des symptômes et leur compréhension représente l'un des principaux défis dans la lutte contre la MA notamment dans le développement de traitements.Ils existent deux types de MA, l'un qui se développe précocement, avant 65 ans et qui affecte environ 5% de la population atteinte de la maladie. Cette forme, dite EOAD (early onset Alzheimer disease) est caractérisée par des mutations dans l'un des gènes impliqués dans la voie amyloïde, APP, PSEN1 et PSEN2. L'autre forme, la plus courante qui touche 95% des patients atteint de la MA, est appelé LOAD (late onset Alzheimer disease) et dépend de la présence de variantes génétiques représentant des facteurs de risque pour le développement de la maladie. La plupart des études visées à comprendre la formation et le développement de la MA se sont principalement concentrées sur les cellules neuronales. Cependant, des récentes études de génomique fonctionnelle (GWAS) ont associé les facteurs de risque de la MA aussi à la population de cellules immunitaires du cerveau : la microglie.Les cellules microgliales, contrairement aux autres cellules du cerveau, ne sont pas issues de la lignée neuro-ectodermique. En effet, elles sont d'origine mésodermique et se forment à partir d'une population de cellules progénitrices hématopoïétiques formées dans le sac vitellin et migrant dans le cerveau au cours du développement embryonnaire. La microglie joue un rôle clef dans l'homéostasie du cerveau au cours de la vie. Elle permet l'élimination de débris cellulaires, elle stimule et contrôle la différenciation, la maturation et l'organisation neuronales et élimine également les plaques d'amyloïde. En outre, la microglie est connue pour sa capacité à contrôler les infections et, par conséquent, à établir un environnement neuroinflammatoire qui, d'autre part, contribue également à l'établissement du phénomène de neurodégénérescence. Toutefois, le rôle de cette population et la manière dont elle est affectée dans la MA sont encore peu étudiés.Les objectifs de ma thèse de doctorat ont visé la modélisation de la MA à l'aide de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) et de modèles de culture cellulaire bidimensionnelles et tridimensionnelles, tels que les organoïdes cérébraux (BOrgs, pour brain organoids). Nous avons utilisé des lignées d'iPSC correspondantes à un génotype sain et à des génotypes associés à la MA. Nous nous sommes focalisés sur les mutations APP (mutation Swedish) et PSEN1 (mutations M146V et A246E) caractéristiques de la forme EOAD. Nous avons caractérisé, dans un premier temps, la croissance des BOrgs et évalué la tailles et composition selon les différentes lignées de iPSC utilisées, durant 4 mois. Puisque les microglies ne font pas partir des populations appartenant au BOrgs, nous nous sommes également concentrés sur la croissance de ces cellules en 2D, dans l'objectif de les greffer ensuite dans les BOrgs. Les résultats obtenus au cours de mon travail montrent que les mutations EOAD affectent la différenciation et la maturation des cellules neurales sur la génération des BOrg. Aussi, la production et la caractérisation des microglies sont altérées en fonction des mutations analysées. Par exemple, l'un des phénotypes les plus remarquable correspond à une altération du métabolisme énergétique et lipidique
Les impensés de Hayek et Mises sur l’héritage
No full textInternational audienceLes impensés de Hayek et Mises sur l’héritage
Ma petite entreprise, connait (pas) la crise…: Enquête sur les pratiques de dialogue social en Ile-de-France dansentreprises inférieures à 250 salariés durant la Covid-19
No full textCette étude - qui a bénéficié du soutien de la Drieets Ile-de-France - porte sur les pratiques de dialogue social dans les TPE-PME de moins de 250 salariés en Île-de-France sur la période dite de crise sanitaire. Il s’agit de savoir si les pratiques de dialogue social ont pu jouer un rôle pour anticiper et gérer les situations de crise dans ces entreprises et de quelle manière.Ce travail s’appuie sur deux présupposés : d’une part le dialogue social est considéré comme une ressource essentielle en période de crise, d’autre part les grandes entreprises semblent mieux équipées pour gérer ces situations grâce à leurs structures de support et instances de représentation. L’étude se concentre donc sur les réponses internes de ces petites unités de production face à la « crise », notamment sur leur capacité à s’approprier le dialogue social durant ces périodes
Semi-supervised segmentation of RNA 3D structures using density-based clustering
No full textInternational audienceA growing body of evidence shows that the biological activity of RNA molecules is not only due to their primary and secondary structures, but also to their spatial conformation. This is analogous to proteins, where investigating function, folding, or evolution often requires dividing the three-dimensional (3D) structure into subparts that can be studied individually. These independent substructures, known as protein “3D domains”, are geometrically defined as compact and spatially separate regions of the polypeptide chain. In RNA macromolecules, however, and to the best of our knowledge, no equivalent 3D-based concept has yet been formulated.We present RNA3DClust, an application of the Mean Shift clustering algorithm to the RNA 3D structure partitioning problem. For this work, a dedicated post-clustering procedure was developed to address the peculiarities of delimiting 3D domains in RNA conformations. Tuning and benchmarking RNA3DClust required us to create reference datasets of RNA 3D domain annotations and to devise a new scoring function—the Chain Segment Distance (CSD)—for assessing segmentation quality. Importantly, we show that the domain decompositions produced by RNA3DClust are consistent with those based on RNA biological function and evolution. Finally, the emerging interest in long non-coding RNAs (lncRNAs) and their likeliness of containing folded regions has motivated us to generate an additional reference dataset of lncRNA predicted conformations. The resulting delineations of 3D domains by RNA3DClust illustrate the potential of our method for analyzing lncRNA 3D structures. Source code and datasets are freely available for download on the EvryRNA platform at: https://evryrna.ibisc.univ-evry.f
Approche Hybride pour l'Inversion de la Compression Dynamique en Traitement Audio à l'aide de l'Apprentissage Profond
No full textInternational audienceDynamic range compression (DRC) is a nonlinear audio effect commonly used in studios and music production.Reversing this effect is essential for restoring a signal’s original dynamic range and audio quality. In this work, we propose ahybrid approach combining a parametric dynamic range compression inversion model with deep neural networks. This combinationenables both robust estimation of compressor parameters and more faithful restoration of the audio signal. Our method relies on twoneural architectures: one to estimate the compressor class and the other to directly estimate its parameters. Comparative evaluationsconducted on several datasets show significant improvements in audio restoration when compared to some state-of-the-art methods.La compression de la dynamique du signal (abr. angl. DRC) est un effet audio non linéaire couramment utilisé en studio et en production musicale. Inverser cet effet est essentiel pour restaurer la dynamique originale d'un signal ainsi que sa qualité audio. Dans ce travail, nous proposons une approche hybride combinant un modèle paramétrique d'inversion de la compression dynamique avec des réseaux de neurones profonds. Cette combinaison permet à la fois une estimation robuste des paramètres du compresseur et une restauration plus fidèle du signal audio. Notre méthode repose sur deux architectures neuronales : l'une pour estimer la classe du compresseur et l'autre pour estimer directement ses paramètres. Les évaluations comparatives menées sur plusieurs jeux de données montrent une amélioration significative de la restauration audio par rapport aux méthodes de l'état de l'art
Synthesis of multivalent chondroitin sulfate oligosaccharides targeting the exosites of cathepsin K
No full textInternational audienceChondroitin sulfate (CS) are heteropolysaccharides that belong to a family of complex polyanionic polymers called glycosaminoglycans (GAGs). They consist of a repeating disaccharide unit composed of a D-glucuronic acid (D-GlcA) and 2-acetamindo-2-deoxy-D-galactose (D-GalNAc) and bearing sulfate groups primarily at the position 4 (CS-A) and/or position 6 (CS-E/CS-C) of the D-GalNAc [1]. Their structural diversity and sulfation patterns determine their biological functions, including neuronal development, morphogenesis, and cell-cell recognition, through interactions with various proteins [2]. Additionally, CS are major structural components of connective tissues, particularly in cartilage, skin, and bone [3]. Multivalency is a key feature in glycan-protein interactions, enhancing both affinity and specificity while enabling supramolecular organization at the cell surface [4]. Despite its importance, multivalent CS constructs remain scarce [5]. Here, we present our approach, for the synthesis of well-defined CS oligosaccharides with controlled sulfation [6] patterns and various linkage systems and platforms to promote multivalency
Genomic and genetic insights into Mendel’s pea genes
No full textAll whole-genome sequence data, transcriptome data, and population variant map data have been deposited at the National Genomics Data Center (NGDC) Genome Sequence Archive (GSA) under BioProject accession PRJCA023166. The datasets are available under GSA accession CRA014669, CRA023374 and CRA023375.International audienceMendel studied in detail seven pairs of contrasting traits in pea (Pisum sativum), establishing the foundational principles of genetic inheritance. Here we investigate the genetic architecture that underlies these traits and uncover previously undescribed alleles for the four characterized Mendelian genes2,3,4,5,6,7, including a rare revertant of Mendel’s white-flowered a allele. Primarily, we focus on the three remaining uncharacterized traits and find that (1) an approximately 100-kb genomic deletion upstream of the Chlorophyll synthase (ChlG) gene disrupts chlorophyll biosynthesis through the generation of intergenic transcriptional fusion products, conferring the yellow pod phenotype of gp mutants; (2) a MYB gene with an upstream Ogre element insertion and a CLE peptide-encoding gene with an in-frame premature stop codon explain the v and p alleles, which disrupt secondary cell wall thickening and lignification, resulting in the parchmentless, edible-pod phenotype; and (3) a 5-bp exonic deletion in a CIK-like co-receptor kinase gene, in combination with a genetic modifier locus, is associated with the fasciated stem (fa) phenotype. Furthermore, we characterize genes and alleles associated with diverse agronomic traits, such as axil ring anthocyanin pigmentation, seed size and the ‘semi-leafless’ form. This study establishes a foundation for fundamental research, education in biology and genetics, and pea breeding practices
Saisir l’économie par ses circuits : changes européens et argent des Amériques au milieu du XVIIe siècle
No full textInternational audienceStarting from the observation that, from a merchant's point of view, all commercial activity describes a circular movement beginning with an investment and ending, after a more or less long lapse of time, with the cashing in of all or part of the initial stake with or without a profit, this study aims to present the vision of economic activity that can be achieved by the merchant circuit approach. The documentary basis is merchant accounting, whose transactions, recorded by the thousands, can be organized first into chains, and then into circuits. The presentation begins with an analysis of an accounting entry in the ledger of Louis Collage, a messenger between Ghent and Antwerp, which records a payment involving a tax collector in Ghent, a cashier active on the Antwerp stock exchange, and Giovanni Stefano Spinola, a banker in Antwerp. The analysis then introduces Spinola's interests in the king of Spain's finances, based on two bills of exchange whose journey through Europe it follows. Finally, the investigation picks up the thread of the original entry and shows that the value it records is part of the movement of funds linked both to the financing of the war and to the production and trade of linen cloth. Tracking a value within an accounting system and between different accounting systems enables us to trace the transformation of its medium (merchandise, bill of exchange, cash) as it travels between Cadiz, Genoa and Venice, as well as between Ghent, Antwerp and London. The circuits thus reconstructed concern several sectors (manufacturing, commercial, fiscal, financial), actors (producer, messenger, cashier, merchant- banker, financier) and scales (local, regional, international). By showing how the various circuits are interwoven, the approach sketches out a global, integrated vision of economic activity, and lays the foundations for a research program.Partiendo de la observación de que, desde el punto de vista de los comerciantes, toda actividad comercial describe un movimiento circular que comienza con una inversión y termina, tras un lapso de tiempo más o menos largo, con el cobro, con o sin beneficio, de la totalidad o parte de la inversión inicial, este estudio se propone presentar la visión de la actividad económica a la que puede conducir un enfoque basado en los circuitos comerciales. La documentación consiste principalmente en cuentas comerciales, donde miles de transacciones pueden organizarse primero en cadenas y luego en circuitos. En primer lugar, se expone el análisis de un asiento contable en el libro mayor de Louis Collage, mensajero entre Gante y Amberes, que registra un pago en el que intervienen un recaudador de impuestos de Gante, un cajero activo en la bolsa de Amberes y Giovanni Stefano Spinola, banquero en Amberes. A continuación, se examinan los intereses de Spinola en las finanzas del rey de España a partir de dos letras de cambio, siguiendo su recorrido por toda Europa. Por último, se retoma el hilo del asiento contable original y se muestra que el valor registrado forma parte de movimientos de fondos vinculados tanto al financiamiento de la guerra como a la producción y el comercio de telas. El seguimiento de un valor dentro de un sistema contable y entre distintos sistemas contables nos lleva a rastrear la transformación de su soporte (mercancías, letras de cambio, efectivo) a medida que viaja entre Cádiz, Génova y Venecia, así como entre Gante, Amberes y Londres. De este modo, los circuitos reconstruidos conciernen a varios sectores (manufacturero, comercial, fiscal, financiero), a varios actores (productor, mensajero, cajero, comerciante-banquero, financiero) y a varias escalas (local, regional, internacional). Al mostrar cómo se entrelazan los distintos circuitos, este enfoque esboza una visión global e integrada de la actividad económica y sienta las bases de un programa de investigación.Partant de l’observation que, du point de vue des marchands, toute activité commerciale décrit un mouvement circulaire débutant par un investissement et prenant fin, après un laps de temps plus ou moins long, par l’encaissement avec ou sans profit de tout ou partie de la mise initiale, cette étude entend présenter la vision de l’activité économique à laquelle peut aboutir l’approche par les circuits marchands. La documentation comprend essentiellement des comptabilités marchandes, où des milliers de transactions peuvent d’abord être organisées en chaînes, et ensuite en circuits. L’exposé débute par l’analyse d’une écriture comptable couchée dans le Grand livre de Louis Collage, messager entre Gand et Anvers, qui enregistre un paiement impliquant un receveur d’impôt à Gand, un caissier actif sur la bourse anversoise, et Giovanni Stefano Spinola, banquier à Anvers. Il étudie ensuite les intérêts de Spinola dans les finances du roi d’Espagne à partir de deux lettres de change dont il suit le périple à travers l’Europe. Il reprend enfin le fil de l’écriture de départ et montre que la valeur que celle-ci enregistre s’inscrit dans des mouvements de fonds liés tant au financement de la guerre qu’à la production et au commerce de toiles. Le suivi d’une valeur à l’intérieur d’une comptabilité et entre différentes comptabilités conduit à retracer la transformation de son support (marchandise, lettre de change, numéraire) dans ses voyages entre Cadix, Gênes et Venise, comme entre Gand, Anvers et Londres. Les circuits ainsi reconstitués concernent plusieurs secteurs (manufacturier, commercial, fiscal, financier), plusieurs acteurs (producteur, messager, caissier, marchand-banquier, financier) et plusieurs échelles (local, régional, international). En montrant comment les différents circuits sont imbriqués les uns dans les autres, l’approche esquisse une vision globale et intégrée de l’activité économique et jette les bases d’un programme de recherches