108495 research outputs found
Sort by
Multiresistentse ja eriti resistentse tuberkuloosi diagnostika õhukesel agaril põhineva värvustestiga korvamaks seniseid puudujääke labori poolel
Full text linkDoktoritöö elektrooniline versioon ei sisalda publikatsiooneTuberkuloos (TB) on antibiootikumidega ravitav nakkushaigus, mida põhjustab väga aeglase kasvuga bakter Mycobacterium tuberculosis kompleksist. TB levib vaid inimeselt inimesele ja põhjustab ülemaailmselt iga-aastaselt 10 miljonit uut haigestumist ja 1,3 miljonit surma. Et TB poolt põhjustatud suremust ja haigestumisi vähendada, tuleb haigus diagnoosida võimalikult kiiresti. Paranemiseks ja õige raviskeemi määramiseks on lisaks tuberkuloosibakteri tuvastamisele tarvis määrata ka bakteri ravimitundlikkus antibiootikumidele, sest TB ravi koosneb vähemalt neljast efektiivsest ravimist.
Käesolevas uuringus hinnati TB mikrobioloogiliseks diagnostikaks kasutatava MDR/XDR-TB värvustesti (Colour Test, CT) meetodi usaldusväärsust, korratavust ja objektiivsust, võrreldes Maailma Terviseorganisatsiooni poolt soovitatud meetoditega nii TB diagnoosimisel kui ka ravimitundlikkuse hindamisel isoniasiidi, rifampitsiini ja levofloksatsiini suhtes. CT on laboris valmistatav külvitest, mille aluseks on tassile õhukeselt valatud värvusindikaatoriga segatud sööde. Õhuke agar võimaldab koloonia morfoloogiat läbi agari mikroskoobiga hinnata. Lisaks TB tuvastamisele (kasvavad bakterikolooniad värvuvad punasteks) võimaldab CT patsiendi materjalist samaaegselt määrata ka ravimitundlikkust, sest tassil on neli sektorit, millest kolmes sisaldub ka vastav antibiootikum.
Uuringu käigus õnnestus CT meetod pärast sissejuhatavat koolitust probleemideta kahte mükobakterioloogia laborisse kasutusele võtta. Uuringu käigus valmistati, külvati ja hinnati kokku üle 1500 CT külvi. Tulemused näitasid, et CT meetod annab järjepidevalt usaldusväärseid tulemusi, sõltumata hindajast ja proovimaterjalist. CT suutis edukalt tuvastada uuringus leiduvad ravimresistentsed TB vormid. CT kasutamine uuringu prospektiivses faasis võimaldas ravimitundlikkusi kiiremini määrata kui referentsmeetod.
Selgitamaks TB levikut Eestis võrreldi M. tuberculosis tüvede genoomis leiduvate korduvjärjestuste korduste mustreid. Leiti, et Eestis omavad identset korduvjärjestuste mustrit ehk on omavahel lähisuguluses ligi 70% bakteritüvedest. Eestis on TB leviku riskifaktoriteks muuhulgas ravimresistentsus, alkoholi kuritarvitamine, kinnipidamisasutuses viibimine ja HIV-infektsiooni olemasolu.Tuberculosis (TB) is a treatable infectious disease caused by a slow-growing bacterium from the Mycobacterium tuberculosis complex. TB spreads only from person to person and causes approximately 10 million new cases and 1.3 million deaths globally each year. To reduce TB-related mortality and morbidity, the disease must be diagnosed as early as possible. To ensure successful treatment and assign the correct treatment regimen, it is necessary to detect TB and to determine its susceptibility to antibiotics, as TB treatment consists of at least four effective drugs.
This study evaluated the reliability, repeatability and objectivity of the MDR/XDR-TB Colour Test (CT) method used for microbiological diagnosis of TB, compared to methods recommended by the World Health Organization, both for diagnosing TB and for assessing drug susceptibility to isoniazid, rifampicin, and levofloxacin. CT is an in-house culture method, based on a thin layer of agar mixed with a colour indicator. The thin agar allows for the microscopic assessment of colony morphologies through the agar. In addition to TB detection (growing colonies obtain red colour), the CT also enables simultaneous determination of drug susceptibility from patient material, as the plate has four sectors, three of which contain the respective antibiotics.
The CT method was successfully implemented in two mycobacteriology laboratories in Estonia following introductory training. Over 1,500 CT cultures were prepared, inoculated and evaluated during the study. The results showed that the CT method consistently provided reliable results regardless of the technician or the sample. CT successfully identified drug-resistant TB strains. In the prospective phase of the study, CT enabled faster determination of drug susceptibility than the reference method.
To clarify the spread of TB in Estonia, the study compared patterns of repetitive units found in the genomes of M. tuberculosis strains. It was found that nearly 70% of the strains in Estonia share an identical pattern of repetitive sequences with another strain indicating close genetic relatedness. Additionally, the study identified risk factors for TB transmission in Estonia, such as drug resistance, alcohol abuse, being in a detention facility and HIV-positive.https://www.ester.ee/record=b602036
Linnakorilus inimese ja keskkonna vahelise suhte kujundajana: Tartu Ülejõe, Raadi-Kruusamäe ja Kvissentali elanike näitel
Full text linkGemedieerde receptieve meertaligheid: factoren van geslaagde ondersteuning voor taalverwerving
Full text linkDoktoritöö kaitstakse ühisnõukogu otsusega Hollandis Groningeni ülikoolis.Doktoritöö uurib, kuidas on võimalik üksteist mõista, kui kaasvestlejad räägivad keeli, mis pole omavahel suguluses. Töö keskendub vahendatud retseptiivsele mitmekeelsusele (RM) – olukorrale, kus arusaamist toetab kolmas keel, mis on ühe vestluskeele sugulaskeel. Uurimuses vaadeldakse, kuidas eesti keelt emakeelena kõnelejad mõistavad ukraina keelt vene keele vahendusel. Vene keel ja ukraina keel on lähedased sugulaskeeled; paljud eestlased oskavad vene keelt, mistõttu sobib see hästi vahendavaks keeleks. Samuti analüüsitakse suhtlust eesti ja ukraina keelt emakeelena kõnelejate vahel, kus mõlemad pooled kasutasid suhtlemisel oma emakeelt. Töös uuritakse, kuidas selline mõistmine toimib nii kirjalike tekstide lugemisel kui ka vahetus suhtluses ning millised tegurid seda mõistmist toetavad või takistavad.
Katsed viidi läbi nii enne kui ka pärast Venemaa täiemahulist sissetungi Ukrainasse 2022. aastal. See võimaldas jälgida sotsiolingvistilisi muutusi Eestis elavas Ukraina kogukonnas. Uurimus ühendab mitmeid uurimismeetodeid, sealhulgas küsimustikke, vene keele oskuse teste, ukrainakeelsete kirjalike ja suuliste materjalide mõistmist, osalejate enesekirjeldusi, keelehoiakute mõõtmist ning suhtlusülesandeid. Koos annavad need meetodid selge ülevaate sellest, kuidas vahendatud RM tegelikes olukordades toimib.
Tulemused näitavad, et vahendatud RM toetab edukalt mõistmist ja suhtlemist väga erinevate keelte kõnelejate vahel. Arusaamist mõjutavad nii keelelised kui keelevälised tegurid. Olulist rolli mängib vene keele oskus ning vene ja ukraina keele tajutud ja tegelik sarnasus, aga ka vene keele keskkonna kogemus, kontekst, õppimisvõime, keelehoiakud, mitmekeelse suhtluse kogemus, metakeeleline teadlikkus ja üldised teadmised. Kokkuvõttes näitavad tulemused, et vahendatud RM toetab järkjärgulist õppimist ning aitab kaasa mitmekeelse pädevuse kujunemisele.This PhD thesis examines how people can understand each other even when they speak languages that are different and not related to one another. It focuses on mediated Receptive Multilingualism (RM), a situation where understanding is supported by a related third language. In this study, native speakers of Estonian were asked to understand Ukrainian texts, using their knowledge of Russian, a closely related language to Ukrainian and familiar to many Estonians. In addition, they engaged in communication with the speakers of Ukrainian using their native languages. The study explores how understanding works in reading and communication, and which factors support or hinder it.
The experiments were carried out before and after Russia’s full-scale invasion of Ukraine in 2022. This made it possible to observe sociolinguistic changes within the Ukrainian community in Estonia. The study combines several research methods, including questionnaires, Russian language proficiency tests, tasks measuring understanding of Ukrainian words and texts, participants’ self-reports, language attitude tests, and communication tasks. These methods provide a clear picture of how mediated RM works in real-life situations.
The results show that mediated RM can successfully support understanding and interaction between speakers of very different languages. Understanding is influenced by a combination of linguistic and extra-linguistic factors. Knowledge of Russian and perceived or actual similarities between Russian and Ukrainian, together with extra-linguistic factors such as exposure to Russian, context, learnability, language attitudes, multilingual experience, metalinguistic awareness, and general knowledge, played an important role. The findings suggest that mediated RM supports learning over time and contributes to the development of multilingual competence.https://www.ester.ee/record=b603269
Reaalsete liiklusolukordade lahendamine isejuhtivates autodes liikumise ennustamise abil
Full text linkDoktoritöö elektrooniline versioon ei sisalda publikatsiooneIsejuhtivate sõidukite valdkond on viimase kümnendi jooksul kiiresti arenenud. Üks olulisemaid komponente isejuhtivate sõidukite tarkvaras on teiste liiklejate tulevase käitumise ennustamine. Need ennustused on aluseks trajektoori planeerimisele, et valida takistusteta ja ohutu liikumistee. Antud doktoritöös keskendutakse sellele, kuidas isejuhtiva auto käitumist keerukates liiklusolukordades paremini mõista ning paremaks teha läbi teiste liiklejate käitumise parema ennustamise.
Liiklusstsenaariumite lahendamiseks liikumisennustuse kaudu uuritakse esmalt liikumismudelite kirjandust ja pakutakse välja uudne taksonoomia, mis kategoriseerib ennustuse meetodeid kolme mõõtme alusel erinevat tüüpi liikluses osalevate agentide jaoks.
Töö järgnevas osas pakutakse välja “anna teed” ristmiku navigeerimise meetod vabavaralise isejuhtivuse tarkvara jaoks, kasutades mitmemodaalseid ennustatud trajektoore. Kolmandas töö osas uuritakse stsenaariumite läbimise sõltuvust erinevatest isejuhtivuse tarkvara komponentidest. Pakutakse välja stsenaariumitel põhinev isejuhtivuse tarkvara hindamise meetod, mis võimaldab testida nii süsteemi tervikuna kui ka üksikuid komponente. Asjakohasuse tagamiseks viiakse läbi juhtumiuuring eespool nimetatud vabavaralise isejuhtivuse tarkvara osas, et hinnata stsenaariumitel põhineva metoodika sobivust objektituvastuse ja käitumise ennustamise komponentide testimiseks.
Viimases osas pakutakse välja uudne masinõppe mudeli arhitektuur, mis kasutab eesmärgipõhist tingimist sõiduradade graafi peal. Pakutud mudelit hinnatakse avalikus võrdlustestis, kus see saavutas parima tulemuse. Täiendavalt arutletakse andmepõhiste mudelite piirangute üle praktilistes isejuhtivuse lahendustes.
Kokkuvõttes kujutab käesolev doktoritöö endast kombinatsiooni akadeemilisest ja praktilisest uurimustööst, mis teeb sellest väärtusliku panuse isejuhtivate sõidukite uurimisse.The autonomous industry has evolved rapidly in the past decade. One of the most crucial components of the autonomy pipeline is predicting the future behavior/trajectory of other traffic participants for efficiently navigating highly dynamic environments comprising complex traffic scenarios. The predicted estimates are used by the motion planner for planning obstacle-free path. This thesis delves into understanding and enriching autonomy solutions to handle such scenarios using motion prediction methods. To solve traffic scenarios using motion prediction, we first explore the literature on motion modelling and propose a novel taxonomy that categorizes the prediction models over three dimensions for different types of dynamic agents. In the follow-up contribution, we build a yielding area navigation solution for solving give-way scenarios on an open-source autonomy stack using multimodal predicted trajectories. A broader aspect of scenario dependencies over the different modules of autonomy stack is studied in the third contribution. Here, a holistic and modular level evaluation of the autonomy stack via scenarios is proposed. For relevancy, we do a case study on the above-mentioned autonomy stack testing scenarios against different modules of autonomy, specifically perception and prediction. In the final contribution, we first propose a novel motion model architecture that leverages goal conditioning over lane graphs. Here, we benchmark the proposed model on a public leaderboard, achieving state-of-the-art results. Additionally, we discuss the limitations of employing data-oriented models in practical autonomy pipelines. Overall, a blend of academic and practical research makes this thesis a significant contribution to the autonomous driving community.https://www.ester.ee/record=b603164
„Mina olen T ja I“: religioossed motiivid tehisintellektiga seotud tulevikunägemustes
Full text linkKäesoleva töö põhjal võib väita, et 2018.–2025. aastatel loodud tehisintellekti (TI-)visionääride tulevikustsenaariumites on kasutusel religioossed motiivid nagu lunastus, kohtumõistmine ja apokalüptika. Kaasaegses tehnoutoopias ja -düstoopias täidavad religioossed motiivid iidset abistavat funktsiooni: päästja, kohtumõistja ja maailmalõpuvahendaja rolli. Teema aitab mõtestada tehnoloogilise arengu ümber koonduvat tehnoärevust: ühelt poolt transhumanistlikku lunastusootust, teiselt poolt apokalüptilist hirmu inimese enda loodud hävitaja ees. Enim kasutatakse apokalüptika, järgmisena kohtumõistja ja viimasena lunastaja motiivi. Tulemused on leitud kvalitatiivse sisuanalüüsi tulemusel
The opposite effects of stringent response on phage infection of Pseudomonas putida
Full text linkAutorite ORCID:
Alicja Cecylia Lewańcyk https://orcid.org/0009-0001-4600-2277
Mariliis Hinnu https://orcid.org/0000-0002-6096-0658
Elise Mägi https://orcid.org/0009-0006-8703-8475
Roger Rikberg https://orcid.org/0009-0002-0293-3819
Age Brauer https://orcid.org/0000-0003-4779-2458
Hedvig Tamman https://orcid.org/0000-0003-4453-7814Guanosine tetra- and pentaphosphate ((p)ppGpp) are one of the key players in the stress response of bacteria. Accumulation of these alarmones activates the stringent response, usually triggered by different nutritional stresses. For Pseudomonas putida, there is only limited data available on the importance of the stringent response in stress situations. Also, in recent years, different specific phage defence systems have received much attention, but little is known about the involvement of stringent response in phage infection. Here, we show that P. putida PaW85 (p)ppGpp0 is prototrophic and tolerates chemical stress well. However, in the stationary phase P. putida cells deprived of (p)ppGpp have impaired membrane integrity. In addition, we conducted a large-scale screening of stringent response effects on phage infections using the CEPEST phage collection. We tested 67 phages of 22 different species and revealed that the lack of (p)ppGpp has opposing effects on phage infection with nearly half of the tested phages showing higher infection efficiency on the (p)ppGpp0 cells, whereas the other half shows reduced infection. We show that the differences in phage infection efficiency for phages Aura and Amme-3 are not caused by adsorption rate differences, but alterations in downstream steps of the infection cycle—prolonged latent period in the absence of (p)ppGpp or unproductive infection in the presence of (p)ppGpp. Altogether, results indicate that the role of stringent response in phage infection is highly diverse, and over half of the times the presence of (p)ppGpp facilitates phage infections rather than protects the cells.„Deciphering stringent response proteins and toxin-antitoxin systems in the arms race between bacteria and phages“ PhaBacArms, ERC-StG grant No. 101116205Estonian Research Council with EMBO „The role of stringent response in the phage defence of Pseudomonas putida“ EMBO IG-5323-202
Armastuse kontseptsioonid Maximos Usutunnistaja teostes „Liber asceticus“, „Capita de charitate“ ja „Epistula ad Ioannem cubicularium, de charitate“
Full text linkBakalaureusetöö eesmärgiks oli uurida Maximos Usutunnistaja armastuse kontseptsioone tema kolme selleteemalise teose põhjal. Meetoditeks kasutati hermeneutilist meetodit ja kontseptuaalset analüüsi. Põhileiuks oli kolme armastuse kontseptsiooni – eros’e, agape ja philautia seosed ja erinevused. Autor leidis, et Maximos Usutunnistaja jaoks ei ole inimese tungid ja ihad kurjad, vaid neid suunatakse valesti. Maximos Usutunnistaja rõhutab, et inimene peab jõudma tagasi oma algsesse agape seisundisse ning sealjuures selgitab, mida selleks praktiliselt teha tuleb
Satelliidiandmete kasutamine veeökosüsteemide uurimiseks
Full text linkDoktoritöö elektrooniline versioon ei sisalda publikatsiooneSee väitekiri uurib, kuidas Itaalia kosmosagentuuri missiooni PRISMA, Maa vaatluse hüperspektraalse satelliitsensori, andmeid saab kasutada järvede ja rannikuvete ökoloogilise seisundi uurimiseks. Uuring keskendub PRISMA andmete valideerimisele ja nende kombineerimisele teiste sarnaste Euroopa missioonidega, DESIS ja EnMAP, et parandada veeökosüsteemide seiret. Veekeskkonnad on tähtsad bioloogilise mitmekesisuse, kliima reguleerimise ja inimeste heaolu jaoks, kuid neid ähvardavad üha suuremad ohud kliimamuutuste, eutrofeerumise ja reostuse tõttu. Traditsioonilised välimõõtmised, kuigi täpsed, ei suuda tabada ulatuslikke või ajutisi nähtusi. Satelliidipõhine kaugseire pakub täiendavat viisi nende keskkondade pidevaks ja globaalseks jälgimiseks. Hüperspektraalsed satelliitsensorid, nagu PRISMA, salvestavad signaali sadades kitsastes spektrivahemikes, võimaldades vee kvaliteedi ja veetaimestiku analüüsi. Uuringus hinnati PRISMA andmete täpsust, võrreldes neid rahvusvaheliste vaatlusvõrkude maapealsete võrdlusandmetega ja täiendavate välimõõtmistega. Tulemused näitasid, et PRISMA andmed on usaldusväärsed nähtava kiirguse spektripiirkonnas ja et täiustatud töötlemismeetodid saavad täpsust veelgi parandada. Valideeritud andmete abil loodi klorofüll-a, hõljuva aine ja veetaimestiku kaardid.
Koos DESIS ja EnMAP andmetega võimaldasid PRISMA andmed laiemat ja sagedasemat seiret, uurimaks Itaalia ja Eesti järvede vee kvaliteedi ja taimestiku hooajalisi muutusi ja suundumusi. Tulemused näitavad, et kosmoses asuvad hüperspektraalsed satelliitsensorid võimaldavad anda väärtuslikke andmeid loomaks veeökosüsteemide analüüsimiseks vajalikke tööriistu. Nende andmete integreerimine keskkonnaseiresse mitte ainult ei toeta Euroopa veepoliitika raamdirektiivi, vaid sillutab teed ka tulevastele missioonidele, näiteks Euroopa CHIME satelliit.This thesis explores how data from the Italian space mission PRISMA, a hyperspectral satellite for Earth Observation, can be exploited to study the ecological status of lakes and coastal waters. The research focuses on validating PRISMA data and combining it with other existing similar European missions, DESIS and EnMAP, to improve the monitoring of aquatic ecosystems. Aquatic environments are vital for biodiversity, climate regulation, and human well-being, yet they face increasing threats from climate change, eutrophication and pollution. Traditional field measurements, though accurate, cannot capture large-scale or temporary phenomena. Satellite remote sensing offers a powerful, complementary way to monitor these environments continuously and globally. Hyperspectral sensors like PRISMA records hundreds of narrow spectral bands, enabling detailed detection of water quality and aquatic vegetation. The study assessed the accuracy of PRISMA data by means of comparison with ground measurements from international observation networks and ad-hoc fieldworks.
Results showed that PRISMA performs well in key visible wavelengths, and that advanced processing methods can further improve the accuracy. Using the validated data, maps of chlorophyll-a, suspended matter, and aquatic vegetation were generated. When combined with DESIS and EnMAP, PRISMA data allowed broader and more frequent monitoring, revealing seasonal changes and trends in water quality and vegetation across Italian and Estonian lakes. The results demonstrate that spaceborne hyperspectral satellites are valuable tools for understanding and managing aquatic ecosystems. Their integration into environmental monitoring not only supports the European Water Framework Directive, but also paves the way for future missions, such as the launch of the European CHIME satellite planned for within the next five years.https://www.ester.ee/record=b602484
