University of Groningen Digital Archive
Not a member yet
80723 research outputs found
Sort by
The decision exploration lab
No full textA Decision Management System (DMS) provides means to model and automate enterprise decisions and they are applied in a wide range of industries, among which health care, commerce, insurance, finance and transportation. These systems make millions of decisions each day without direct human supervision, impacting the life of millions of people and impacting economies at a large scale. The multiplicative effect of decision automation provides the opportunity to
fine-tune the decision system. By analyzing its global and emerging properties rather than focusing on the details of each decision, the system as a whole can be better adapted to the reality it models.
Like expert systems, DMSs provide a clear separation of decision logic, information related to individual decisions and decision execution. These data spaces contain a wealth of information related to the structure and functioning of a DMS. In this thesis various ways are explored to visualize and analyze this data in order to help a business user to gain a deeper understanding of automated decisions.
To address the problem of understanding the global and emerging properties of automated decision making systems, we combine interactive analysis of the decision data with analysis of the decision logic. We present a visual analytics system, the Decision Exploration Lab (DEL), which provides a verbal analysis mode and a visual decision exploration mode. In verbal mode the user can make selections on past decisions using controlled natural language. In visual de-
cision exploration mode, the decision data is analyzed using Multiple Correspondence Analysis (MCA). The analysis results are visualized using interactive techniques to show the important structure of the decision data to the user. Correlated concepts can be clustered at a level of granularity that suits the needs of the business analyst. Clustered concepts can next be linked to the
rules of the decision logic that are relevant for the subset of decisions which match these concepts. We evaluated our approach with two use case scenarios from the car insurance industry. Apart from the above, we propose a number of technical contributions, enhancements and extensions to information visualization methods, for multivariate categorical data. Firstly, we
present a generic algorithm to generate all well-known treemap layouts as well as other rectangular space-filling layouts. Secondly, we present explanatory and interactive visualization techniques to support interpretation and usage of MCA. Thirdly, we present labeling and scale adjustment techniques in order to improve the usability of 2D-plots
Peroxisome biogenesis and dynamics in Hansenula polymorpha
No full textPeroxisomen zijn cruciaal voor het optimaal functioneren van eukaryote cellen, waaronder in de mens. Hun fysiologische functie is zeer flexibel en kan snel worden aangepast aan specifieke behoeften van de cel. Dit proefschrift beschrijft een aantal aspecten van de biologie van peroxisomen in de gist Hansenula polymorpha.
In gist vermeerderen peroxisomen zich door deling. We hebben vastgesteld dat tijdens dit delingsproces een aantal belangrijke peroxisomale membraan eiwitten (PMP’s) onevenredig worden verdeeld en specifiek naar het dochterorganel worden getransporteerd. Het fysiologische voordeel hiervan is dat de dochtercel voorzien wordt van nieuwe peroxisomen die optimaal zijn toegerust om hun nieuwe functie in de cel te kunnen uitoefenen,
Naast deling, kan de novo peroxisoom vorming optreden in cellen die het organel missen b.v. als gevolg van een specifieke mutatie (als in pex3 cellen). Tot op heden werd aangenomen dat pex3 cellen geen peroxisomale membraanresten bevatten en dat nieuwe peroxisomen werden gevormd uit het ER. Zeer onverwacht bleken deze cellen toch zulke membraanresten te bevatten welke de donor membranen vormden (en niet het ER) bij inductie van de novo peroxisoom vorming. De consequentie van deze uiterst belangrijke waarneming is dat de huidige modellen van de novo peroxisoom vorming en de sorteringsroutes van PMPs niet meer kloppen en belangrijke aanpassing behoeven.
Tevens hebben we van twee eiwitten (Pex23 en Pex32) hun functie bepaald in organel biogenese (Pex23) en de novo synthese (Pex32) en een homoloog van Inp2 geïdentificeerd, die betrokken is bij een correcte verdeling van peroxisomen over moeder en dochtercel tijdens celdeling.
Peroxisomes are important organelles to sustain life, also in man. They are very flexible with respect to their metabolic function and readily adapt their function in relation to metabolic needs. This thesis describes studies on the development and dynamics of peroxisomes in the methylotrophic yeast Hansenula polymorpha.
In yeast, peroxisomes multiply by asymmetric fission. We observed that during fission a distinct set of peroxisomal membrane proteins (PMPs) is unevenly distributed over the mother and daughter peroxisomes. As a result the new, small organelles are formed that are fully equipped to rapidly grow and incorporate novel matrix proteins to perform their function in the new cell
Next, we studied the process of de novo peroxisome formation. Until now, pex3 cells were assumed to lack peroxisomal structures and used the ER as membrane template for de novo peroxisome creation Unexpected, we observed vesicular structures in pex3 cells that developed into normal peroxisomes upon re-introduction of Pex3. This groundbreaking discovery implies that the current models on peroxisome de novo synthesis and PMP sorting are no longer valid and require adaptation
Additionally, we studied the involvement of the H. polymorpha Pex23 protein family (Pex23 and Pex32) in peroxisome biology. We discovered that Pex32 has a major impact on organelle biogenesis, whereas Pex23 most probably stimulates de novo peroxisome formation.
Finally, we identified a bona fide homologue of S. cerevisiae Inp2 in H. polymorpha, which plays a role in peroxisome distribution over mother and daughter cells during cell division.
Marfan syndrome and related connective tissue disorders
No full textIn dit proefschrift worden enkele aspecten met betrekking tot het hart en de genen van het marfansyndroom, het loeys-dietzsyndroom en familiaire mitralisklepprolaps besproken. Hart- en vaatafwijkingen zijn aanwezig bij alle drie van deze erfelijke bindweefselziekten. Zowel het marfansyndroom als het loeys-dietzsyndroom kan gepaard gaan met een vergrote lichaamsslagader met kans op ernstige complicaties hiervan. Bij mitralisklepprolaps is er sprake van een uitbolling van de mitralisklep in de linker hartboezem. Dit kan gepaard gaan met belangrijke lekkage van deze hartklep en ritmestoornissen uit de linker hartkamer.
Patiënten waarop het vermoeden bestaat van één van deze ziektebeelden moeten zorgvuldig worden geëvalueerd om te voorkomen dat ten onrechte de diagnose wordt gemist of gesteld.
De nieuwste diagnostische criteria van het marfansyndroom leiden niet tot een belangrijke verandering van het aantal patiënten dat wordt gediagnosticeerd met het marfansyndroom. Wel wordt significant vaker de diagnose mitralisklepprolapssyndroom gesteld. Terwijl dit geen duidelijk doel heeft, de meeste van deze patiënten hebben slechts een geringe afwijking van de mitralisklep. Verder wordt bij patiënten met een vergroting van de aortawortel (begin van de grote lichaamsslagader) na aanvullend onderzoek vaak een specifieke diagnose gesteld. Bijvoorbeeld marfansyndroom, loeys-dietzsyndroom en familiaire vormen van een vergrote lichaamsslagader.
Naast een vergrote lichaamsslagader hebben patiënten met het marfansyndroom een milde disfunctie van de beide hartkamers, die onafhankelijk is van de stijfheid van de grote lichaamsslagader en het gebruik van bètablokkers. Daarnaast is bij patiënten met het marfansyndroom een vergrote linkerhartkamer vaker aanwezig bij patiënten zonder een mutatie in het fibrilline-1 gen. Ook is het veilig en effectief om een protocol gebaseerd op lichaamsoppervlakte te gebruiken voor preventieve vervanging van de aortawortel (begin van de grote lichaamsslagader) bij patiënten met het marfansyndroom. Ten slotte leiden mutaties in de genen TGFBR1 en TGFBR2 waarschijnlijk niet tot geïsoleerde familiaire mitralisklepprolaps.
In this thesis several cardiological and genetic aspects of the Marfan syndrome, the Loeys-Dietz syndrome and familial mitral valve prolapse are addressed.
Cardiovascular manifestations are present in all of these heritable connective tissue disorders. Both Marfan syndrome and Loeys-Dietz syndrome can be
accompanied by disastrous aortic complications. Of course the cardiovascular hallmark of familial mitral valve prolapse speaks for itself and this can go
along with significant mitral valve insufficiency and ventricular arrhythmias. In order to prevent over- and under-diagnosis, the diagnostic evaluation of
patients suspected of one of these disorders has to be done carefully and completely. The latest diagnostic criteria for the Marfan syndrome do not cause
major changes in the number of patients diagnosed with Marfan syndrome. They do, however, lead to a significant increase in the number of patients
diagnosed with mitral valve prolapse syndrome. Furthermore, the diagnostic yield of patients with aortic root (proximal part of the aorta) dilatation seems to
be high. Patients with Marfan syndrome have a mild dysfunction of both ventricles of the heart, irrespective of aortic elasticity and beta-blocker use. In
addition, dilatation of the left ventricle in patients with Marfan syndrome is more often present in patients without an mutation in the FBN1 gene. It is also safe
and effective to use a protocol based on body surface area for preventive replacement of the aortic root (proximal part of the aorta) in patients with Marfan
syndrome. Finally, mutations in TGFBR1 and TGFBR2 probably do not cause isolated mitral valve prolapse.