University of Groningen Digital Archive
Not a member yet
80723 research outputs found
Sort by
Alternating-laser excitation: single-molecule FRET and beyond
No full textThe alternating-laser excitation (ALEX) scheme continues to expand the possibilities of fluorescence-based assays to study biological entities and interactions. Especially the combination of ALEX and single-molecule Förster Resonance Energy Transfer (smFRET) has been very successful as ALEX enables the sorting of fluorescently labelled species based on the number and type of fluorophores present. ALEX also provides a convenient way of accessing the correction factors necessary for determining accurate molecular distances. Here, we provide a comprehensive overview of the concept and current applications of ALEX and we explicitly discuss how to obtain fully corrected distance information across the entire FRET range. We also present new ideas for applications of ALEX which will push the limits of smFRET-based experiments in terms of temporal and spatial resolution for the study of complex biological systems.
Vasopressin in chronic kidney disease and its effects in autosomal dominant polycystic kidney disease
No full textVasopressine, het antidiuretisch hormoon, is een belangrijk hormoon voor het in balans houden van de waterhuishouding in het menselijk lichaam. In deel 1 van dit proefschrift blijkt dat vasopressine ook een rol heeft in de progressie van chronische nierziekten. Vasopressine (of copeptin, een deel van de precursor van vasopressine) gemeten bij patienten met diabetes en bij patienten met cystenieren (autosomal dominant polycystic kidney disease, ADPKD) en er werd onderzocht wat de associatie was tussen deze waarde en nierfunctieachteruitgang. Dit bleek significant te zijn, wat betekent dat het meten van copeptin kan helpen met selecteren van patienten met een verwacht ernstiger beloop van de ziekte en dat het mogleijk helpt om de vasopressineconcentratie te verlagen om nierfunctieachteruitgang te voorkomen. In deel 2 van dit proefschrift werd het effect van stimulatie (door te dorsten) en blokkade (door een vasopressine v2 receptor antagonist) van de vasopressine-receptor in de nier op cystenieren onderzocht. Hieruit bleek dat bij cystenierpatienten met nog een normale nierfunctie de copeptinspiegel bij dorsten sterk verhoogd is in vergelijking met gezonde controles. Ook bleek dat blokkade van dit hormoon waarschijnlijk leidt tot een verlaging van de glomerulaire druk, wat op de lange termijn gunstig is, en tot een verlaging van uitscheiding van schademarkers in de urine, ook bij patienten met een verminderde nierfunctie.
Vasopressin, the antidiuretic hormone, is important for the water homeostasis in human. Besides this important function, vasopressin is also associated with kidney function decline as shown in this thesis. In the first part of this thesis is shown that baseline vasopressin, measured as copeptin (a part of the precursor of vasopressin), is associated with kidney function decline in patients with diabetes and in patients with autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD). This result suggests that measuring copeptin can help to select patients with the most progressive disease and it suggests that lowering vasopressin levels might prevent kidney function decline in these patients. In the second part of this thesis the effects of stimulating (by a water deprivation test) or blocking (by a vasopressin receptor antagonist) the vasopressin v2 receptor in the kidney were investigated in patients with ADPKD. In ADPKD patients with normal kidney function the concentration copeptin and vasopressin is already significantly more elevated compared with healthy controls during the water deprivation test. Blocking the receptor leads probably to a lower glomerular pressure, and leads to a lower excretion of urinary damage markers, even in patients with an impaired kidney function.
Driehoeksbegeerte in advertenties. Over de rol van mimetische begeerte in persuasieve documenten
No full textHet doel van dit onderzoek is het beschrijven van de rol die mimetische begeerte speelt binnen
persuasieve documenten. In dit onderzoek staat mimetische begeerte dan ook centraal. Deze term is
geïntroduceerd door René Girard en behelst in het kort dat de mens de objecten die hij begeert altijd
door iemand anders laat kiezen. De bemiddelaar van de begeerte noemt Girard de Ander. Deze
Ander is altijd een identiteit die benijdenswaardig is. Dit kan een concreet persoon zijn (je beste
vriend) of een minder concreet ideaalbeeld (de Marlboro-man). De begeerte volgens de Ander komt
tot stand door de imitatie van de Ander. De begeerte naar een object is dus eigenlijk de begeerte om
de Ander te zijn.
In het theoretisch kader wordt mimetische begeerte verder beschreven. Daarnaast worden de
bevindingen van Girard gekoppeld aan theorieën die betrekking hebben op gedrag en persuasieve
communicatie. Dit leidt tot de analyse van vierentwintig advertenties waarin de in mimetische
begeerte aanwezige driehoeksbegeerte (Ander-Subject-Object) expliciet getoond wordt.
Uit de analyse blijkt dat de Ander de begeerde identiteit weergeeft, het Subject de begeerte van de
identiteit van de Ander bevestigt, en het Object de mogelijkheid biedt om de begeerde identiteit te
bemachtigen. Deze bevindingen zijn samengevoegd in een model dat de rol van de
driehoeksbegeerte in advertenties weergeeft.
Opzet en toerekening bij medeplegen : een rechtsvergelijkend onderzoek
No full textEr is sprake van medeplegen als twee of meer personen in bewuste en nauwe samenwerking een delict begaan. In een dergelijk geval zijn de samenwerkende personen aansprakelijk voor alle handelingen die worden verricht in het kader van die samenwerking. De aandacht in dit proefschrift concentreert zich op gevallen waarin de uitvoering van het gezamenlijk plan afwijkt van de voorstelling die de medepleger zich daarvan heeft gemaakt. In dat verband kan worden gedacht aan de uitvoering van een geplande woningbraak die ontaardt in de levensberoving van een huisbewoner, of de afgesproken moord die uitloopt op het begaan van meerdere levensdelicten. Welke factoren beïnvloeden de aansprakelijkheid van de medepleger voor de overschrijding van het gezamenlijk plan door de mededader? Vanuit deze centrale vraagstelling is medeplegen vergeleken met het Mittäterschaft (Duitsland) en de joint criminal enterprise (Engeland).
Bij elk van de onderzochte aansprakelijkheidsfiguren blijkt het opzet van de samenwerkende persoon een dominante rol te spelen bij de begrenzing van diens aansprakelijkheid: voorziene (en aanvaarde) risico’s komen voor zijn rekening. In werkelijkheid geven samenwerkende personen zich echter lang niet altijd rekenschap van risico’s die kleven aan de uitvoering van het gezamenlijk plan. Dit heeft als consequentie dat de rechter soms alleen tot een wenselijke uitspraak kan komen door zeer lage eisen te stellen aan het bewijs van ‘opzet’. In deze dissertatie wordt uiteengezet dat deze onwenselijke consequentie in belangrijke mate kan worden voorkomen door de causaliteit een prominentere plaats te geven in het aansprakelijkheidsmodel. De benadering van medeplegen die wordt verdedigd, beoogt een betere grondslag te bieden voor de begrenzing van de aansprakelijkheid van de medepleger.
'Medeplegen' - a Dutch mode of participation in crime - is based on close cooperation of two or more collaborators (‘medeplegers’). In case of medeplegen, collaborators are mutually liable for acts performed within the scope of the collaboration. The present thesis focuses on cases in which the common plan is carried out in a different way by one of the collaborators than foreseen by the other collaborator. For example, in the course of a burglary the owner is being killed by one of the collaborators, whereas the common plan only encompassed burglary. Which legal principles (should) determine the liability of the other collaborator for deviations of the common plan? In this respect, medeplegen is compared with two other modes of participation: ‘Mittäterschaft’ (German law) and joint criminal enterprise (law of England).
In these modes of participation, foresight plays a major role in delimiting criminal responsibility – the liability of a collaborator is extended to the attendant risks that he has foreseen (and accepted). However, collaborators often do not take into account risks that attend the execution of the common plan. As a consequence, to reach a desirable verdict judges are more or less forced to lower the threshold for proof of ‘foresight’. It is argued, that this undesirable consequence can be prevented to a large degree when causality is being given a more significant role within the concept of medeplegen. The approach upholded, aims to give a better legal basis for the delimitation of the liability of the ‘medepleger’.
Intrinsic and extrinsic size in metallic glasses
No full textStructuur metallisch glas op nanoschaal in beeld gebracht
Enkele jaren geleden zijn metaallegeringen gemaakt met een structuur die vergelijkbaar is met die van glas, d.w.z. amorf in plaats van kristallijn. Ze worden ‘metallisch glas’ genoemd en hebben unieke eigenschappen, ze zijn bijvoorbeeld zeer goed bestand tegen beschadigingen. Oleksii Kuzmin onderzocht de mechanische eigenschappen ervan door de structuur onder verschillende druk- en trekcondities op nano-schaal te bekijken met zeer geavanceerde apparatuur.
A metallic glass represents an exceptional class of materials which possesses rather unique properties for metals. Size effects in metallic glasses can be potentially divided into intrinsic or extrinsic. The deformation is defect-nucleation-controlled in larger pillars but becomes propagation-controlled in smaller pillars. Pillars with a diameter smaller than a certain diameter show a homogeneous flow behavior without shear banding during compression. The initial structure and chemical composition of MGs also affect the deformation behavior at the nanoscale. The Al86Ni9Y5 taper-free metallic glass showed the highest transition threshold for brittle behavior, i.e. above pillar diameter of 300 nm. This composition shows plastic deformation becoming even more apparent through softening and toughening effects.
Extrinsic size effects as opposite to intrinsic are caused by dimensional constraints due to preparation methods or influence of preparation technique. These extrinsic constraints arise due to geometry of the specimens, aspect ratio or are influenced by the FIB interface layer. The pillar aspect ratio has a large influence on deformation behavior representing a clear extrinsic size effect.
Tensile experiments were performed in order to separate the difference between extrinsic and intrinsic size effects. The transition threshold from inhomogeneous flow which is characterized by shear banding events is shifting compare to compression experiments towards a lower diameter of the specimens. It indicates the separation of volumetric extrinsic size effect which was concluded by compression experiments and intrinsic size effects on MG composition which is related to collective behavior of STZs.
'Wie horen en zien wil': Joodse kritiek op Israël. Twaalf jaar 'Een Ander Joods Geluid'.
No full textPredictions and explanations
No full textKinderen worden vaak beschouwd als relatief stabiele presteerders, maar in werkelijkheid fluctueert de prestatie van kinderen, zelfs van moment tot moment binnen één taak. Het doel van dit proefschrift (welke is uitgevoerd als onderdeel van het programma ‘TalentenKracht’) is om inzicht te verkrijgen in de korte-termijn processen van wetenschappelijk inzicht van kinderen in de leeftijd van 4 tot 6 jaar. Het eerste deel van dit proefschrift (hoofdstuk 2 en 3) richt zich op de verklaringen van kinderen met betrekking tot wetenschap en techniek. ‘Skill theory’ blijkt een veelzijdig en bruikbare methode te bieden voor het kwantificeren van de verklaringen van kinderen. Een meerderheid van de kinderen liet een hoge mate van intra-individuele variabiliteit zien waarbij de meeste kinderen neigden te stabiliseren in de inhoud en complexiteit van de verklaringen tegen het einde van een enkele taak. Het tweede deel van het proefschrift (hoofdstukken 4 tot 6) bestaat uit verschillende studies die zowel de voorspellingen als de verklaringen van de kinderen meenemen als maat voor wetenschappelijk inzicht. Beide maten worden veelvuldig als inwisselbaar gebruikt om wetenschappelijk inzicht te kwantificeren. Echter, de resultaten tonen dat voorspellingen en verklaringen van jonge kinderen beschouwd dienen te worden als twee aparte, emergerende processen. De resultaten benadrukken daarnaast het belang van de materiele en sociale context voor het wetenschappelijk inzicht bij jonge kinderen. De bevindingen in dit proefschrift demonstreren het belang van korte termijn processen bij (het onderzoek naar) de ontwikkeling van wetenschappelijk inzicht bij jonge kinderen. Deze bevindingen zijn van groot belang voor leerkrachten, onderzoekers en beleidsmakers.
Children are often referred to as stable performers, but in reality, children’s performance fluctuates, even from moment to moment in the same task setting. The aim of this dissertation (which is part of the nationwide program ‘Curious Minds’) is to gain insight into the short‐term processes of scientific understanding in young children between the ages of 4 to 6 years. The first part of this dissertation (chapters 2 and 3) focuses on the explanations of children regarding scientific phenomena. Skill theory proves to be a versatile and useful method for quantifying children’s explanations. A majority of children showed a high degree of intra‐individual variability and most children tended to stabilize in both complexity and content towards the end of a single task. The second part of the dissertation (chapters 4 through 6) consists of studies using both predictions and explanations as measures of scientific understanding. Both measures are often used almost interchangeable as rulers for scientific understanding. However, the results indicate that predictions and explanations should be regarded as distinct, emergent processes in young children. The results further emphasize the importance of the material and social context for children’s scientific understanding. The findings in this dissertation have demonstrated the importance of short-term processes in the development of young children’s scientific understanding. These findings have implications for teachers, researches and policymakers.
Comparative genomics and transcriptomics analysis of experimentally evolved Escherichia coli MC1000 in complex environments
No full textIt has recently become feasible to study the basis and nature of evolutionary changes in bacteria in an experimental setting using defined media. However, assessment of adaptive changes in complex environments has been scarce. In an effort to describe the responses in such environments, we unravel, in a comparative approach, the transcriptional and genetic profiles of 19 Escherichia coli strains that evolved in Luria Bertani medium under three different oxygen regimes over 1000 generations. A positive relationship between upregulation of gene expression and the number of mutations was observed, suggesting that a number of metabolic pathways were activated. Phenotypic polymorphisms were observed in parallel cultures, of which some were related with mutations at the regulatory level. Non-parallel responses were observed at the intrapopulational level, which is indicative of diversifying selection. Parallel responses encompassed transcriptome diversity, and their effects were directly affected by differing genomic backgrounds. A fluctuating selective force produced higher phenotypic diversity compared with constant forces. This study demonstrates how phenotypic innovations may depend on the relationship between genomic changes and local ecological conditions. Using both comparative genomics and transcriptomics approaches, the results help elucidating various adaptive responses in cultures in unexplored complex environments.
Defining the Region of Bacillus subtilis SpoIIIJ That Is Essential for Its Sporulation-Specific Function
No full textProteins of the YidC/OxaI/Alb3 family play a crucial role in the insertion, folding, and/or assembly of membrane proteins in prokaryotes and eukaryotes. Bacillus subtilis has two YidC-like proteins, denoted SpoIIIJ and YqjG. SpoIIIJ and YqjG are largely exchangeable in function, but SpoIIIJ has a unique role in sporulation, while YqjG stimulates competence development. To obtain more insight into the regions important for the sporulation specificity of SpoIIIJ, a series of SpoIIIJ/YqjG chimeras was constructed. These chimeras were tested for functionality during vegetative growth and for their ability to complement the sporulation defect of a spoIIIJ deletion strain. The data suggest an important role for the domain comprising transmembrane segment 2 (TMS2) and its flanking loops in sporulation specificity, with lesser contributions to specificity by TMS1 and TMS3.
Selection, preservation and evaluation of lungs from donors after circulatory death
No full textLongtransplantatie is een levensreddende behandelingsmethode voor zorgvuldig geselecteerde patiënten die lijden aan een goedaardig terminale longziekte zoals emfyseem, longfibrose, mucoviscidose en pulmonale hypertensie. Een van de grootste beperkingen van deze behandeling is het tekort aan orgaandonoren. Dit heeft geleid tot een vernieuwde interesse in het gebruik van organen die na het stoppen van de circulatie worden verwijderd. Deze donoren worden “donation after circulatory death” (DCD) donors genoemd. Er blijven echter belangrijke zorgen bestaan met het gebruik van deze DCD longen.
Het doel van dit proefschrift was de bezorgdheden betreffende de achterblijvende microthrombi, de invloed van de manier van overlijden op de functie van de longen en de selectie en bewaring van de DCD longen te onderzoeken en te beschrijven. Uit het experimenteel deel kunnen we concluderen dat retrograde flush in gecontroleerde- en ongecontroleerde DCD longen leidt tot een verlaagde longvaatweerstand. Daarnaast is het niet nodig om heparine te gebruiken in het geval van ongecontroleerde DCD longen. Lange periodes van hemodynamische instabiliteit na switch-off kunnen de long beschadigen. Hieraan moet aandacht besteed worden in de klinische setting. Een situatie van reanimatie in combinatie met warme ischemie geeft aanleiding tot schade. Het optreden van longoedeem was geassocieerd met een daling van de compliantie en een stijging van de luchtwegdruk voor dat er een daling zichtbaar was van de PO2.
In het klinische deel van het proefschrift wordt onze ervaring met het gebruik van DCD longen beschreven en beschrijven we een casus van een patiënt die succesvol getransplanteerd werd met geconditioneerde DCD longen.
Lung transplantation is a life saving treatment for well selected patients with benign end-stage pulmonary disease such as emphysema, lung fibrosis, cystic fibrosis or pulmonary hypertension. One of the major limitations of this treatment is the donor organ shortage. This resulted in a renewed interest in the use of organs harvested after circulatory arrest, the so called donation after circulatory death (DCD) donors. Nevertheless, there are several concerns regarding the use of DCD lungs.
The aim of this thesis was to address the concerns regarding residual microthrombi, influence of mode of death on graft performance and the selection and preservation of lungs from DCD. From the experimental part we can conclude that retrograde flush in controlled and uncontrolled DCD lungs leads to reduced pulmonary vascular resistance. In addition, it is not necessary to use heparin in the case of uncontrolled DCD lungs. Long periods of hemodynamic instability after switch-off can damage the lung. Further consideration should be given in the clinical setting. A situation of resuscitation in combination with warm ischemia leads to damage. The occurrence of pulmonary edema was associated with a decrease in the compliance and an increase in airway pressure before there was a visible decrease of the PO2.
In the clinical part of the thesis, we described our experience with the use of DCD lungs and we describe a case of a patient who was successfully transplanted with conditioned DCD lungs.