Genomics and Biotechnology of the Fruits Laboratory
Institut National Polytechnique de Toulouse (Theses)Not a member yet
1419 research outputs found
Sort by
Optimisation de bout-en-bout du démarrage des connexions TCP
No full textDans cette thèse, nous proposons un mécanisme appelé Initial Spreading qui permet une optimisation remarquable des performances de TCP pour les connexions de petites tailles, représentant plus de 90% des connexions échangées dans l’Internet. Cette solution est d’autant plus intéressante que pour certaines technologies telles qu’un lien satellite, le temps d’aller-retour particulièrement long est très pénalisant, et des solutions spécifiques ont dû être implantées qui empêchent l’intégration du satellite dans un système de communication plus large. Nous montrons que l’Initial Spreading est non seulement plus performant, mais surtout plus général car pertinent dans toutes les situations. De plus, peu intrusif, il ne compromet aucune des évolutions de TCP passées ou à venir. ABSTRACT : In this Ph.D. Thesis, we propose a mechanism called Initial Spreading that significantly improves the TCP short-lived connexions performance, and so more than 90% of the Internet connections. Indeed, if regular TCP without our mechanism can be considered as efficient for terrestrial networks, its behavior is strongly damaged by the long delay of a satellite communication. Satellite community developed then some satellite specific solutions that provide good performance, but prevent the joint use of satellite and other technologies. We show therefore that Initial Spreading is not only more efficient than regular solutions but enables also the use of an unique protocol whatever the context. Moreover, being non-intrusive, it is suitable for past and future TCP evolutions
Evaluation de l’impact (éco) toxicologique de résidus médicamenteux présents dans les effluents hospitaliers, urbains et dans l’environnement à l’aide d’une batterie de bioessais et de biomarqueurs
No full textEn Europe, le nombre de cancers est en constante augmentation et explique l’augmentation des traitements. Les bases de ces traitements sont la chimiothérapie et la radiothérapie, seules ou en association. Les chimiothérapies sont effectuées à l’aide de médicaments anticancéreux qui ont des propriétés toxiques pour les cellules. Après administration des traitements aux patients, les médicaments sont excrétés et se concentrent dans les effluents hospitaliers et les réseaux d’égouts. Bien que beaucoup de ces composés soient éliminés dans les stations d’épuration, certains sont difficilement biodégradables et sont directement rejetées dans le milieu naturel où ils représentent un risque toxique pour la flore, la faune et l’Homme. Bien que les concentrations soient faibles (ng/L - μg/L), très peu de données sont disponibles sur leurs impacts écotoxicologiques. Leur présence dans l’environnement est d’autant plus préoccupante que les produits de métabolisation sont souvent plus toxiques que la substance d’origine. L’objectif de la thèse a été d’évaluer le risque (éco)toxicologique induit par de faibles doses de médicaments rejetés seuls ou en mélanges dans les effluents hospitaliers, urbains et dans l’environnement. De par leur utilisation courante dans les traitements anticancéreux, trois molécules ont été sélectionnées pour notre étude : la ciprofloxacine (antibiotique), le tamoxifène (perturbateur endocrinien), et le cyclophosphamide (anticancéreux). Des gammes de concentrations représentatives des effluents hospitaliers, station d’épuration et de l’environnement ont été testées à l’aide de bioessais appliqués à des organismes aquatiques (V. fischeri, P. subcapitata, L. minor) et de biomarqueurs appliqués à une levure (S. cerevisiae) et des cellules humaines hépatiques et mammaires. La viabilité cellulaire (test MTS) et la génotoxicité (cassures à l’ADN et adduit à l’ADN) ont été comparés aux tests standardisés Microtox ®, Algaltoxkit F™, ainsi que d’inhibition de croissance de Lemna minor. Le potentiel perturbateur endocrinien a été évalué en parallèle à l’aide du test YES/YAS. Cette batterie de tests a ensuite été appliquée a des effluents bruts (hospitaliers, station d’épuration) pour en évaluer le potentiel (géno)toxique. Des échantillons à proximité de l’hôpital de Gérone (Espagne) ont été prélevés en sortie de l’hôpital, en entrée et en sortie de station d’épuration, pendant trois mois consécutifs. Plusieurs effets de toxicité ont été observés sur les modèles d’étude, comme notamment l’apparition de phénomènes d’hormèses sur la viabilité des cellules hépatiques exposée au tamoxifène et à la ciprofloxacine, seuls ou en mélange. Le même schéma est observé pour les mélanges avec le test Microtox®. D’autre part, l’exposition respective des cellules hépatiques et mammaires aux médicaments n’entraîne pas de cassures de l’ADN et entraine l’apparition d’adduits seulement avec le tamoxifène, alors qu’on note une augmentation dose-dépendant des cassures et des adduits à l’ADN après exposition aux mélanges. De même, une réponse positive est observée avec le test Algaltox F™. Concernant les effluents, les effets dépendent à la fois du type d’organisme et du temps d’exposition. Les tests Microtox®, Algaltox F™ et le post-marquage des adduits à l’ADN sont apparus être les pertinents pour l’analyse. Les interactions observées entre les composés mettent en avant la nécessité d’évaluer les effets des contaminants à petites doses en mélanges, à plusieurs temps d’exposition et avec différents tests. L’application d’une telle batterie de tests à des échantillons environnementaux permet de qualifier les effluents et de suivre l’efficacité de moyens d’épuration. A terme, son application pourrait permettre de mieux appréhender les risques (éco)toxiques associés aux rejets de médicaments dans l’environnement et pouvant être à l’origine de cancer secondaire chez l’Homme. ABSTRACT : In Europe, cancers rate is constantly raising, which explain the increase in treatments. They are usually chemotherapy and radiotherapy, alone or combine. Chemotherapy is done with anticancer drugs with toxic characteristics on cells. After administer the treatments to the patients, some of the drugs are excreted in significant proportion and released in hospital and communal effluents. Even though a lot of the compounds are either removed by adsorption or bio-degradation in waste water treatment plant (WWTP), some of their are not are directly released in the environment and represent a toxic risk for aquatic organisms and the Human health. Despite low concentrations (ng/L-μg/L), few data are available about the ecotoxicological impact. The importance of chemical compounds pollutants, especially anticancer drugs, are a real concern because the metabolites of the chemicals are even more toxic than the original substance. The aim of the thesis is to develop a battery based approach to evaluate the risks induct by low doses of drugs released independently or in mixture, in hospital waste water. Because of their common use in anticancer treatment procedures, three molecules have been chosen for our study: ciprofloxacin (antibiotic), tamoxifen (endocrine disruptor), cyclophosphamide (anticancer). Concentrations were range from hospital sewers and WWTP to the environment have been tested with a battery base approach using standardized bioassays applied on aquatic organisms (V fischeri, S. subcapitata, L. minor) and biomarker applied on yeast (S. cerevisia), hepatic and mammary human cell lines. Cell viability (test MTS) and genotoxicity (DNA breaks, DNA adducts) were compared with the standardized bioassays Microtox®, Algaltoxkit F™, and Lemna minor growth inhibition. In parallel, the endocrine disruptor activity was estimated the YES/YAS assay. The battery assay was then applied to evaluate the (geno)toxicity of raw effluents (hospital, wastewater-treatment plant). Samples from the hospital of Girona (Spain) were taken got out of it from the hospital, in entrance and got out of it from water-treatment plant, during three consecutive months. Several toxic effects have been observed during this work on aquatic organisms and both human cell lines. Results show especially hormetic effect on viability of hepatic cell line exposed to ciprofloxacin and tamoxifen alone or in mixture. Same results were observed the Microtox assays after mixtures exposures. On the other hand, the individually hepatic and mammary cell exposure to the drugs doesn’t induce DNA break, and induce DNA adduct only with the tamoxifen. Furthermore, we observe a dose-dependent increasing of the DNA break and adduct if the cells are exposed in mixture. Same results were observed with Algaltox F™. Concerning the effluents, effects depending on the kind of organisms and time exposure. The Microtox ®, Algaltox F ™ and the DNA adducts post-labelling appeared to be the most relevant for the analysis. The interactions observed between drugs pinpoint the necessity to assess the effect of contaminants in low doses mixtures, at many exposure times, and using different tools. The application of this battery with environmental raw samples is in use to rank outflows toxicity and follow the WWTP efficiency, which could lead to a better understanding of the human health risks
Étude de stratégies de diagnostic embarqué des réseaux filaires complexes
Full text linkCette étude s’inscrit dans le cadre du diagnostic embarqué des réseaux filaires complexes. Elle vise à détecter et localiser les défauts électriques avec précision. En effet, l’intégration du diagnostic par réflectométrie dans un système embarqué fait apparaître des problèmes d’interférence qui s’aggravent dans le cas d’un réseau complexe où plusieurs réflectomètres sont placés en différents points du réseau. L’objectif est de développer de nouvelles stratégies de diagnostic embarqué des réseaux filaires complexes pour résoudre les problèmes d’interférence d’une part et l’ambiguïté de localisation du défaut d’autre part. La première contribution concerne le développement d’une nouvelle méthode de réflectométrie baptisée OMTDR (Orthogonal Multi-tone Time Domain Reflectometry). Elle utilise des signaux numériques modulés et orthogonaux pour éliminer les interférences. Pour davantage de couverture, la deuxième contribution propose d’intégrer la communication entre les réflectomètres. Elle vise à fusionner les données afin de faciliter la prise de décision. La troisième contribution adresse la problématique de la stratégie de diagnostic, c’est-à-dire, de l’optimisation des performances du diagnostic d’un réseau complexe sous contraintes opérationnelles d’utilisation. L’utilisation des Réseaux Bayésiens permet d’étudier l’impact des différents facteurs et d’obtenir une estimation de la confiance et donc, de la fiabilité du résultat du diagnostic. ABSTRACT : This study addresses embedded diagnosis of complex wired networks. Based on the reflectometry method, it aims at detecting and locating accurately electrical faults. Increasing demand for on-line diagnosis has imposed serious challenges on interference mitigation. It aims at making diagnosis while the target system is running. The interference becomes more critical in the case of complex networks where several reflectometers are injecting their test signals simultaneously. The objective is to develop new embedded diagnosis strategies in complex wired networks that would resolve interference problems and eliminate ambiguity related to the fault location. The first contribution is the development of a new method called OMTDR (Orthogonal Multi-tone Time Domain Reflectometry). It uses orthogonal modulated digital signals for interference mitigation and thereby on-line diagnosis. For better coverage of the network, the second contribution proposes to integrate communication between reflectometers. It uses sensors data fusion to facilitate decision making. The third contribution addresses the problem of the diagnosis strategy, i.e. the optimization of diagnosis performance of a complex network under operational constraints. The use of Bayesian Networks allows us to study the impact of different factors and estimate the confidence level and thereby the reliability of the diagnosis results
Modélisation statistique et segmentation d'images TEP : application à l'hétérogénéité et au suivi de tumeurs
Full text linkCette thèse étudie le traitement statistique des images TEP. Plus particulièrement, la distribution binomiale négative est proposée pour modéliser l’activité d’une région mono-tissulaire. Cette représentation a l’avantage de pouvoir prendre en compte les variations d’activité biologique (ou hétérogénéité) d’un même tissu. A partir de ces résultats, il est proposé de modéliser la distribution de l’image TEP entière comme un mélange spatialement cohérent de lois binomiales négatives. Des méthodes Bayésiennes sont considérées pour la segmentation d’images TEP et l’estimation conjointe des paramètres du modèle. La cohérence spatiale inhérente aux tissus biologiques est modélisée par un champ aléatoire de Potts-Markov pour représenter la dépendance locale entre les composantes du mélange. Un algorithme original de Monte Carlo par Chaîne de Markov (MCMC) est utilisé, faisant appel aux notions d’échantillonnage dans un espace Riemannien et d’opérateurs proximaux. L’approche proposée est appliquée avec succès à la segmentation de tumeurs en imagerie TEP. Cette méthode est ensuite étendue d’une part en intégrant au processus de segmentation des informations anatomiques acquises par tomodensitométrie (TDM), et d’autre part en traitant une série temporelle d’images correspondant aux différentes phases de respiration. Un modèle de mélange de distributions bivariées binomiale négative - normale est proposé pour représenter les images dynamiques TEP et TDM fusionnées. Un modèle Bayésien hiérarchique a été élaboré comprenant un champ de Potts-Markov à quatre dimensions pour respecter la cohérence spatiale et temporelle des images PET-TDM dynamiques. Le modèle proposé montre une bonne qualité d’ajustement aux données et les résultats de segmentation obtenus sont visuellement en concordance avec les structures anatomiques et permettent la délimitation et le suivi de la tumeur. ABSTRACT : This thesis studies statistical image processing of PET images. More specifically, the negative binomial distribution is proposed to model the activity of a single tissue. This representation has the advantage to take into account the variations of biological activity (or heterogeneity) within a single tissue. Based on this, it is proposed to model the data of the entire PET image as a spatially coherent finite mixture of negative binomial distributions. Bayesian methods are considered to jointly perform the segmentation and estimate the model parameters. The inherent spatial coherence of the biological tissue is modeled by a Potts-Markov random field to represent the local dependence between the components of the mixture. An original Markov Chain Monte Carlo (MCMC) algorithm is proposed, based on sampling in a Riemannian space and proximal operators. The proposed approach is successfully applied to the segmentation of tumors in PET imaging. This method is further extended by incorporating anatomical information acquired by computed tomography (CT) and processing a time series of images corresponding to the phases of respiration. A mixture model of bivariate negative binomial - normal distributions is proposed to represent the dynamic PET and CT fused images. A hierarchical Bayesian model was developed including a four dimensional Potts-Markov field to enforce the spatiotemporal coherence of dynamic PET-CT images. The proposed model shows a good fit to the data and the segmentation results obtained are visually consistent with the anatomical structures and allow accurate tumor delineation and tracking
Modulation of Aflatoxin B1 production by Aspergillus flavus
No full textLes mycotoxines sont des molécules toxiques produites par de nombreuses espèces fongiques. Les seules mycotoxines avérées aujourd’hui cancérigènes pour l’homme sont les aflatoxines. Elles sont produites par le genre Aspergillus principalement et sont retrouvées tout au long de la chaine alimentaire (champs, stockage, transformation, etc.). A cause du réchauffement climatique, la France devient de plus en plus exposée à la présence de ces mycotoxines. Afin de limiter l’exposition des consommateurs, de nombreuses stratégies de prévention ou de décontamination sont développées. Dans ce contexte, nous avons recherché à mettre au point un système de lutte biologique permettant de prévenir la production d’aflatoxines sur le maïs au champ. Pour cela, nous avons choisi des bactéries issues du sol et déjà connues pour être commercialisées pour la lutte biologique, les actinomycètes. Nous avons étudié l’interaction in vitro sur boites de Pétri entre Aspergillus flavus, principal producteur d’aflatoxines, et certains actinomycètes. Nous avons démontré que l’interaction peut réduire la concentration en aflatoxines mesurée par HPLC. De plus, certains isolats bactériens sont aussi capables de réduire, en culture pure, la concentration d’aflatoxine B1 dans le milieu. Des premiers tests d’adsorption ont été réalisés pour comprendre la nature de ce mécanisme. Par ailleurs, une étude approfondie via RT-qPCR sur 6 souches bactériennes du genre Streptomyces sp. A montré que celles-ci étaient capables d’impacter l’expression de différents gènes impliqués dans la voie de biosynthèse chez A. flavus et A. parasiticus. Enfin, nous avons complété les données déjà existantes sur l’impact de facteurs environnementaux (température, disponibilité en eau et du temps d’incubation) sur la production d’aflatoxines. ABSTRACT : Mycotoxins are toxic contaminants of foodstuffs produced by a wide range of fungal species. Aflatoxins are the only mycotoxins carcinogenic for humans. They are mainly produced by the Aspergillus genus and can be found at each step of the agrofood chain (e.g. field, storage, process). Due to climate changes, France is starting to be exposed to aflatoxins. In order to limit the consumer exposure, many prevention or decontamination techniques have been developed. To this aim, we started the development of a biocontrol against aflatoxins accumulation for maize field application. Actinomycetes, are soil-borne bacteria that has already been commercialized as biocontrol. In Petri dishes, we studied the in vitro interaction between some actinomycetes and Aspergillus flavus, the main aflatoxins producer. We revealed that the interaction reduced the aflatoxins content (monitored by HPLC). Moreover, some bacterial isolates were able to reduce pure-aflatoxin B1 added in the medium. To understand this mechanism, adsorption tests has been conducted. Otherwise, RT-qPCR methodology was used to study the impact of Streptomyces-Aspergillus sp. on aflatoxin gene expression. Finally, the current knowledge of the impact of environmental factors (temperature, water activity and incubation time) on aflatoxins production was supplemented
Approches génomiques des interactions entre l’implantation du microbiote digestif chez le lapereau et la maturation du système immunitaire
No full textLa santé digestive du lapin est difficile à maîtriser en élevage, notamment en période de sevrage où des troubles digestifs sont fréquents et peuvent entraîner des pertes importantes. Bien que l’utilisation d’antibiotiques diminue, afin d’éviter l’apparition de problèmes de résistance, des solutions alternatives doivent être trouvées. Nos principaux objectifs étaient : i) d’étudier l’influence de l’incorporation de fibres rapidement fermtentescibles (FRF) dans un aliment distribué précocement dès 15 jours d’âge, en comparaison d’un aliment avec antibiotiques (tiamuline et apramycine) utilisés pour lutter contre l’entéropathie épizootique du lapin ; ii) de déployer des méthodologies en génomique ciblant l’espèce lapin (amélioration et réannotation d’un microarray) et son microbiote digestif (pipeline d’analyse du gène de l’ARNr 16S), pour du phénotypage moléculaire. L’originalité de notre travail réside ainsi dans l’acquisition de données par trois approches complémentaires : phénotypique, transcriptomique, et métagénomique. Au niveau phénotypique, la stimulation de l’activité fermentaire par les FRF est vérifiée avec une hausse de la concentration caecale en AGV (+20%) et une plus forte acidité du biotope caecal. De plus, les FRF tendent à réduire la mortalité en post-sevrage et améliorent l’efficacité alimentaire. Au niveau transcriptomique, nous avons tout d’abord apporté de nouvelles connaissances sur l’immunité du lapin adulte avec la stimulation in vitro de cellules mononuclées du sang périphérique par du LPS et de la PMA-ionomycine. Cette étude confirme l’importance du lapin comme animal modèle pour la recherche biomédicale. Chez le jeune lapin, la nouvelle version du microarray nous a permis de montrer que les fonctions biologiques sont plus rapidement mises en place avec les FRF qu’avec un aliment standard, et que les antibiotiques nivellent l’expression génique. De plus, les FRF contribueraient à limiter l’inflammation intestinale. Au niveau métagénomique et en ciblant l’ARNr 16S, nous montrons qu’une augmentation de l’activité microbienne caecale n’est pas associée à une modification majeure de la composition du microbiote, à l’exception de la stabilisation de l’abondance des Campylobacteraceae, qui limiterait l’inflammation digestive. Nos travaux, encore préliminaires, n’ont pas permis d’identifier des corrélations significatives entre l’expression génique dans le sang et/ou l’iléon, et les profils taxonomiques (OTUs) majoritaires du microbiote digestif. L’ensemble de nos résultats suggère d’une part que les FRF peuvent être proposées comme une nouvelle stratégie nutritionnelle péri-sevrage, avec une amélioration de l’efficacité alimentaire et une protection accrue de la santé digestive, et d’autre part que des approches génomiques sont prometteuses pour qualifier finement les phénotypes d’intérêt chez le lapin. ABSTRACT : Digestive health of rabbits is difficult to manage in breeding systems, especially around weaning where digestive problems are very common and can result in significant losses. The use of antibiotics decreases in order to avoid the emergence of problems with antibiotic resistance, but alternatives must be found. The objectives of this work were: i) to study effects of the incorporation of rapidly fermentable fiber (FRF) in diets fed to rabbits from 15 days of age, and compared to a feed with antibiotics (tiamulin and apramycin), used to fight against epizootic rabbit enteropathy; ii) to deploy genomics methodologies targeting the rabbit species (improvement and re-annotation of a microarray) and the digestive microbiota (pipeline analysis of 16S rRNA gene), for molecular phenotyping. An innovative approach was used in this work through the combination of three complementary approaches: phenotypic, transcriptomic, and metagenomic. At the phenotypic level, the stimulation of the fermentation activity by FRF is verified with higher cecal VFA concentrations (+ 20%) and higher cecal acidity. Moreover, the FRF tend to reduce mortality post-weaning and improve feed efficiency. At the transcriptomic level, we obtained new data on the immunity of the adult rabbit with in vitro stimulation of peripheral blood mononuclear cells with LPS and PMA-ionomycin. This study confirms the importance of the rabbit as an animal model for biomedical research. In young rabbits, the new version of the microarray allowed us to show that biological functions are more quickly implemented with FRF than a standard diet, and that antibiotics level out the gene expression. In addition, FRF help to limit intestinal inflammation. At the metagenomic level, the targeting of the 16S rRNA, we showed that an increase in cecal microbiota activity is not associated with major changes of microbiota composition, with the exception of the stabilization of the relative abundance of Campylobacteraceae, which limits gastrointestinal inflammation. Our preliminary results did not identify significant correlations between gene expression in blood and/or ileum, and principal taxonomic profiles of the digestive microbiota. Our results suggest that FRF can be proposed as a new nutrition strategy peri-weaning, with improved feed efficiency and increased protection of digestive health, and secondly that genomic approaches are promising to describe more precisely phenotypes of interest in rabbits
Hybridation de méthodes numériques pour l'étude de la susceptibilité électromagnétique de circuits planaires
No full textL'étude de la susceptibilité électromagnétique de circuits électroniques nécessite l'utilisation d'un outil de simulation rapide, précis et suffisamment flexible pour intégrer les dernières innovations technologiques. La méthode itérative basée sur le concept d'onde (notée WCIP pour Wave Concept Iterative Procedure) initialement proposée par H. Baudrand est particulièrement adaptée pour la modélisation numérique de circuits multicouches à plusieurs niveaux de métallisation. Pour ce type de circuits, elle se révèle être l'une des méthodes qui utilise le plus petit nombre d'inconnues pour atteindre une précision donnée. Néanmoins, la WCIP n'est pas adaptée à la prise en compte des diélectriques inhomogènes et des trous d'interconnexion. L'objectif de la thèse est de s'affranchir de ces limitations par un couplage avec des méthodes numériques volumiques. En premier lieu, l'hybridation a été mise en œuvre avec une méthode basée sur la théorie des lignes de transmission pour des raisons de correspondance de maillages. Par la suite, le couplage avec une technique d'éléments finis de type Galerkin Discontinu (notée GD) Hybridée permet d'atteindre des objectifs de précision et de rapidité car GD apporte une flexibilité dans la discrétisation. En effet, c'est une méthode d'éléments finis non conforme qui permet notamment de faire varier d'un élément à l'autre l'ordre polynomial d'approximation. On a ainsi développé une nouvelle méthode numérique hybride couplant la WCIP avec des méthodes volumiques qui offrent plus de souplesse pour la prise en compte des milieux complexes. Enfin, une stratégie de résolution par décomposition de domaines est également abordée à la fin du manuscrit. ABSTRACT : Electromagnetic susceptibility study of electronic circuits requires the use of a simulation tool which is fast, accurate and flexible enough to incorporate the latest technological innovations. The Wave Concept Iterative Procedure (WCIP) initially proposed by H. Baudrand is particularly adapted for numerical modeling of multilayered circuits with multilevel metallization. For this kind of circuits, it turns out to be one of the methods that uses the smallest number of unknowns to reach a given accuracy. However, the WCIP is not appropriate for inhomogeneous dielectric substrates and metallized via holes. The aim of this PhD thesis is to overcome these limitations coupling the WCIP with volume numerical methods. First, hybridization is carried out with the Frequency Domain Transmission Line Matrix (denoted FDTLM) assuming matching meshes at the interface between computational domains of both methods. Subsequently, the coupling with a finite element technique like a Hybridized Discontinuous Galerkin (denoted DG) method is considered to achieve the objectives of accuracy and speed because DG brings flexibility in the discretization. Indeed, it is a nonconforming finite element method which allows in particular changing the polynomial approximation order from one element to another. Therefore, a new hybrid method is developed coupling the WCIP with volume numerical methods which offer more flexibility for dealing with complex environments. Finally, a domain decomposition solution strategy is also discussed at the end of the manuscript
Architecture et processus de développement permettant la mise à jour dynamique de systèmes embarqués automobiles
No full textDans le contexte automobile actuel, le standard pour les calculateurs enfouis est AUTOSAR. L'un des inconvénients majeurs de cette architecture est son manque de flexibilité. Cependant, les mises à jour et la personnalisation des systèmes embarqués sont de plus en plus, non seulement plébiscités, mais également nécessaires. En effet, la complexité grandissante des systèmes exige à présent de déployer des moyens supplémentaires pour permettre leur maintenance et leur évolution de manière plus aisée. Ainsi, partant de ces constats, ce travail étudie les possibilités de faire des mises à jour dans le contexte d'AUTOSAR. Les modifications nécessaires se retrouvent non seulement dans l'architecture, mais également au sein du processus de développement et des considérations temps-réel. Tous ces aspects sont donc regardés en détails pour permettre les mises à jour partielles dans le cadre du standard AUTOSAR. Cette thèse décrit donc le processus de développement logiciel AUTOSAR et propose certaines améliorations mises en place au cours de ce travail. Un certain nombre de concepts sont également définis, afin d'aménager des espaces d'adaptation logiciels. Ces espaces sont ensuite utilisés pour intégrer des mises à jour partielles dans le calculateur embarqué. Le processus de développement est également modifié pour intégrer ces concepts ainsi que les mécanismes nécessaires à la mise à jour. Les aspects temps-réel concernant la mise à jour partielle dans les systèmes embarqués automobiles sont également traités ici. Un modèle de tâches approprié est mis en place dans le cadre d'AUTOSAR. De plus l'analyse de sensibilité est utilisée spécifiquement pour déterminer la flexibilité disponible dans un système donné. Les aspects d'implémentation sont également détaillés. En particulier, la création de mises à jour dans un contexte donné, la gestion des différentes versions possibles pour une application, l'utilisation et l'écriture dans la mémoire embarquée et enfin, les moyens nécessaires à la prise en compte des aspects de sûreté de fonctionnement. Pour terminer, tous les concepts développés dans ce travail sont appliqués à une preuve de concept reposant sur une application embarquée fournie par Renault. L'approche proposée est donc appliquée de manière pratique. ABSTRACT : Currently the standard for embedded ECUs (Electronic Control Unit) in the automotive industry is AUTOSAR. One of the drawbacks of this architecture lies in its lack of flexibility. However, updates and customization of embedded systems are increasingly demanded and necessary. Indeed, systems are more and more complex and therefore require new methods and means to ease maintenance. Thus, from these observations, we study the possibilities for updates and resulting modifications (both on an architectural level and within the development process, and from a real-time point of view) in order to integrate within the AUTOSAR standard partial updates. This PhD thesis describes the software development process in an AUTOSAR context with a number of improvement we designed in this work. We also define concepts that allow to introduce placeholders for further updates within the embedded ECU. The development process has to be subsequently modified for integrating spaces for the updates along with the necessary mechanisms. Real-time problematic regarding partial updates in automotive systems is also considered here. In particular, we deal with sensitivity analysis that helps determine flexibility within the system. A number of implementation aspects are also detailed. In particular, the creation of the updates, versions management, use of embedded memory and dependability. All these concepts are finally applied on a proof of concept using an embedded application from Renault. We present here in details how the proposed approach can be used in practice
Réactions de carbonylation de substrats naturels de plantes
Full text linkLa fonctionnalisation par voie catalytique de substrats naturels a été menée dans le but d’accroître l’activité biologique reconnue de la molécule naturelle de départ ou de découvrir de nouvelles activités. Des réactions catalytiques telles que l’hydroformylation et l’alcoxycarbonylation mettant en jeu le monoxyde de carbone et catalysées par des complexes du rhodium et du palladium ou encore la réaction de cycloisomérisation catalysée par des complexes d’or ou du platine ont déjà permis d’accéder sélectivement à de nouvelles molécules intéressantes. Dans une première partie nous nous sommes intéressés à l’huile essentielle du cèdre de l’atlas (cedrus atlantica) qui est constituée d’une partie hydrocarbure et d’une partie oxygénée. Notre étude s’est focalisée sur la partie oxygénée de l’huile essentielle du cèdre de l’atlas qui est composée de deux cétones isomères, les Z- et E-α- atlantones. La réaction de cyclocarbonylation des alcools allyliques dérivés des α-atlantones a été étudiée. Cette réaction catalysée par des complexes du palladium permet d’obtenir des lactones à 5 et à 6 chainons. Plusieurs systèmes catalytiques de type [PdCl2L2]/SnCl2.2H2O ont été testés, lors de cette étude et nous avons montré que la regiosélectivité de la réaction peut être contrôlée par la nature du ligand utilisé. Ainsi, les ligands monophosphines favorisent la formation des lactones à 6 chainons obtenues sous forme de deux diastéréoisomères et les ligands diphosphines favorisent la formation de celles à 5 chainons obtenues sous forme de quatre diastéréoisomères. Ces lactones sont complètement caractérisées par RMN 1D et 2D et la spectrométrie de masse. Des monocristaux ont été obtenus et analysés par diffraction des rayons X. Dans une deuxième partie, la synthèse d’aldéhydes par réaction d’hydroformylation à partir de l’estragol, un allylbenzène extrait de l’huile essentielle de l’estragon, a été étudiée en présence du système catalytique [Rh(cod)(OMe)]2/ligand phosphole. Ainsi, nous avons évalué l’activité de plusieurs ligands phospholes dans cette réaction d’hydroformylation. Tous les ligands phospholes testés se sont révélés actifs et chimiosélectifs dans la réaction d’hydroformylation d’estragol pour donner majoritairement l’aldéhyde linéaire correspondant. Dans une étude préliminaire, nous avons étudié la réaction de cycloisomérisation d’énynes oxygénés dérivés d’α-atlantones catalysée par des complexes d’or ou du platine. ABSTRACT : The catalytic functionnalisation of the natural substrates have been developped to increase their own biological activity or to give them new biological properties. The reactions such as hydroformylation, alkoxycarbonylation and cyclocarbonylation in presence of carbon monoxide catalyzed by rhodium or palladium complexes or cycloisomerisation catalyzed by gold or platinium complexes give an access to new interesting molecules with high selectivity. In first part we have been interested in study of the essential oil of the Atlas Cedar (Cedrus Atlantica). We focused in this study on the oxygenated fraction, which contains the two sesquiterpenic ketone,isomers Z- and E-α-atlantone. Starting from allylic alcohols derived from α-atlantone, the cyclocarbonylation reaction catalyzed by palladium complexes have been investigated. This reaction provide a mixture of five and six membered ring lactones with excellent conversion and excellent chemioselectivity. Different catalytic systems [PdCl2L2]/SnCl2.2H2O or [Pd(OAc)2]/L have been studied. The regiochemical control depends on the nature of the ligand L. The monophosphine ligands favor the formation of the six-membered ring lactones obtained as two diastereomers, while the diphosphine ligands allow the formation of the five- membered ring lactone obtained as four diastereomers. These new lactones were fully characterized by 1D and 2D NMR and mass spectrometry. Monocrystals of the six- and five-membered ring lactones suitable for X-ray diffraction analysis have been obtained. In a second part the hydroformylation reaction of estragol, a natural allylbenzene extracted from the essential oil of estragon, have been studied with the catalytic system [Rh(cod)(OMe)]2/phospholes. All the phosphole ligands show good activities and chemoselectivities in the hydroformylation of estragol and affords the linear aldehyde corresponding as a major product. In a preliminary study, we have investigated the cycloisomerisation reaction of o-tethered enynes derived from α-atlantones catalyzed by gold or platinum complexes
Multi-objective optimisation of a hydrogen supply chain
No full textL'hydrogène produit à partir de sources renouvelables et utilisé dans les piles à combustible pour diverses applications, tant mobiles que stationnaires, constitue un vecteur énergétique très prometteur, dans un contexte de développement durable. Les « feuilles de route » stratégiques, élaborées au niveau européen, national ou régional, consacrées aux potentialités énergétiques de l’hydrogène, ainsi que l’analyse des publications scientifiques ont cependant identifié le manque d'infrastructures, comme l'un des principaux obstacles au développement de l'économie « hydrogène ». Cette étude s’inscrit dans le cadre du développement d’une méthodologie de conception d'une chaîne logistique « hydrogène » (production, stockage et transport). La formulation, basée sur une procédure de programmation mathématique linéaire en variables mixtes, implique une approche multicritère concernant la minimisation du prix de revient de l’hydrogène, l’impact sur le réchauffement climatique et un indice de risque, en prenant en compte une échelle tant régionale que nationale. L’optimisation multi-objectif repose sur une stratégie Ɛ-contrainte développée à partir d’une méthode lexicographique menant à la construction de fronts de Pareto offrant un grand nombre de solutions. La procédure d’aide à la décision M-TOPSIS est ensuite utilisée pour choisir le meilleur compromis. Le modèle est appliqué à une étude de cas en Grande-Bretagne, issue de la littérature spécialisée, qui sert de référence pour comparer les approches mono- et multi-objectif. Ensuite, la modélisation et l'optimisation de la chaîne d'approvisionnement d'hydrogène pour la région Midi-Pyrénées ont été étudiées dans le cadre du projet «H2 vert carburant». Un problème mono/multi-période est traité selon des scénarios d'optimisation basés sur la stratégie Ɛ-contrainte développée à partir d’une méthode lexicographique. Le système d’information ArcGIS® est ensuite utilisé pour valider les solutions obtenues par optimisation multi-objectif. Cette technologie permet d'associer une période de temps aux configurations de la chaîne logistique hydrogène et d’analyser plus finement les résultats de la conception du réseau H2. L’extension au cas de la France répond à un double objectif : d'une part, tester la robustesse de la méthode à une échelle géographique différente et, d’autre part, examiner si les résultats obtenus au niveau régional sont cohérents avec ceux de l'échelle nationale. Dans cette étude de cas, l'outil spatial ArcGIS® est utilisé avant optimisation pour identifier les contraintes géographiques. Un scénario prenant en compte un cycle économique est également traité. Les optimisations mono et multi-objectif présentent des différences relatives au mode de déploiement de filière, centralisé ou décentralisé, et au type de technologie des unités production, ainsi qu’à leur taille. Les résultats confirment l'importance d'étudier différentes échelles spatiales. ABSTRACT : Hydrogen produced from renewable sources and used in fuel cells both for mobile and stationary applications constitutes a very promising energy carrier in a context of sustainable development. Yet the strategic roadmaps that were currently published about the energy potentialities of hydrogen at European, national and regional level as well as the analysis of the scientific publications in this field have identified the lack of infrastructures as a major barrier to the development of a « hydrogen » economy. This study focuses on the development of a methodological framework for the design of a hydrogen supply chain (HSC) (production, storage and transportation). The formulation based on mixed integer linear programming involves a multi-criteria approach where three objectives have to be optimised simultaneously, i.e., cost, global warming potential and safety risk, either at national or regional scale. This problem is solved by implementing lexicographic and Ɛ-constraint methods. The solution consists of a Pareto front, corresponding to different design strategies in the associated variable space. Multiple choice decision making based on M-TOPSIS (Modified Technique for Order Preference by Similarity to Ideal Solution) analysis is then selected to find the best compromise. The mathematical model is applied to a case study reported in the literature survey and dedicated to Great Britain for validation purpose, comparing the results between mono- and multi-objective approaches. In the regional case, the modelling and optimisation of the HSC in the Midi-Pyrénées region was carried out in the framework of the project “H2 as a green fuel”. A mono/multi period problem is treated with different optimisation scenarios using Ɛ-constraint and lexicographic methods for the optimisation stage. The geographic information system (GIS) is introduced and allows organising, analysing and mapping spatial data. The optimisation of the HSC is then applied to the national case of France. The objective is twofold: on the one hand, to examine if the methodology is robust enough to tackle a different geographic scale and second to see if the regional approach is consistent with the national scale. In this case study, the ArcGIS® spatial tool is used before optimisation to identify the geographic items that are further used in the optimisation step. A scenario with an economic cycle is also considered. Mono- and multi-objective optimisations exhibit some differences concerning the degree of centralisation of the network and the selection of the production technology type and size. The obtained results confirm that different spatial and temporal scales are required to encompass the complexity of the problem