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The economic and social evolution of Chad from 1900 to 1960.
No full textA la fin du XIXe siècle, la région du Tchad n'était pas encore sous l'influence des puissances colonisatrices européennes de l'Afrique. Elle exerça ainsi des fortes attractions sur celles-ci pour des raisons diverses qui sont d'ordre plus stratégique qu'économique pour la France. Le processus de sa conquête engagé dès 1900 par cette dernière fut lent et difficile à causse de la résistance marquée des sultanats et des royaumes locaux. Il abouti, toutefois, à l'altération de ses structures économiques traditionnelles précoloniales. Le pays fut soumis ainsi de 1900 à 1920 à l'administration militaire, qui, par une organisation rigide et par une vassalisation systématique des chefs locaux, était parvenue à développer une politique fiscale basée essentiellement sur l'impôt de capitation et les autres taxes coloniales. Le Tchad fut transformé artificiellement en colonie rentable sans investissement préalable, mais dépourvu de toutes structures économiques et sociales de base. Pourtant, cette politique fiscale avait
permit de constituer d'énormes excédents budgétaires, qui furent transformés en fond de réserve pour les restes du budget de territoires de l'A.E.F au détriment de la mise en valeur du Tchad qui devint le parent pauvre de la confédération. C'est l'émergence d'un courant économique en évolution pennanente avec le Nigeria et le Soudan Anglo-Egyptien à la fin de la première guerre mondiale qui permit d'insuffler une intense activité économique dans le pays grâce au commerce du bétail et de ses dérivés dominé par des
commerçants locaux. L'orientation des courants économiques du Tchad vers ces deux colonies anglaises voisines aux dépens de la Métropole au cours de l'entre deux guerres suscita de vives inquiétudes au seine des autorités coloniales locales et fédérales, qui craignaient une intégration irréversible du pays dans l'économie anglaise. Dès lors, il fallait développer une culture de rente pour amorcer la mise en valeur du Tchad d'une part et réorienter son système de transports d'autre part; ce fut l'introduction de la culture obligatoire du coton au milieu des années 1920. Mais jusqu'à la veille de la seconde guerre mondiale, son développement se heurta aux problèmes de voies et moyens de communication et aussi au refus des
populations de s'adonner normalement à cette culture à cause de son immixtion dans le calendrier agricole traditionnel et du faible revenu qu' elle leur procurait, suffisant à peine au paiement de l'impôt de capitation.
Par son importance géostratégique et étant le premier territoire de l'Afrique à rallier la France libre; la colonie du Tchad se trouva en première ligne dans le grand conflit mondial. Dès lors, le territoire du Tchad qui faisait longtemps pâle figure au sein de la confédération d' A.E.F devint un foyer ardent dans lequel convergeaient les énergies et les moyens des forces alliées. Le pays trouva donc dans cette guerre un moyen inusité pour combler
son retard tant au point de vue de moyens de la communication que sur le plan économique. A la veille de la fm de la seconde guerre mondiale, les dignitaires de France libre avaient concédé aux populations de colonies françaises en Afrique lors de la conférence de Brazzaville 1944 une certaine libéralisation politique et adoptèrent une nouvelle politique économique et sociale envers les colonies. Ce nouvel élan se caractérisa au Tchad par un
investissement accru dans la production et l'usinage du coton. De ce fait, il est devenu le premier producteur du coton dans les colonies françaises en Afrique. Et aussi dans le secteur de l'élevage par l'action vétérinaire et par des aménagements hydrauliques. Dans le même temps, l'essentiel de dotation avait été orienté vers les voies de communication stratégiques. Elles devaient servir essentiellement à l'évacuation cotonnière. La mise en
oeuvre des transports aériens, tout en rapprochant la Métropole, donna une impulsion au commerce de viande en lui ouvrant de nouveaux débouchés. L'amélioration des transports terrestres et aériens permit en outre aux maisons de commerce de monopoliser le commerce extérieur du Tchad. Cette évolution rapide et brusque avait orienté la trajectoire économique du Tchad vers la France qui était restée longtemps ancrée vers l'orient, puis vers les colonies anglaise de Nigeria et du Soudant anglo-égyptien. Elle permit aussi l'apparition des nouvelles classes sociales et des villes tentaculaires dans lesquelles émergèrent de nouvelle mode vie.ln the late nineteenth century, the region of Chad was not yet under the influence of European colonial powers over Africa. Nevertheless, Chad remained an area ofinterest in the eyes of the latter, more for strategie rather than economic reasons. The atternpt to gain control over the area initiated in 1900 by European powers was slow and difficult mainly due to the strong resistance of the local sultanates and kingdoms. This led, however, to an alteration of Chad's pre-colonial traditional economic structures. The country was, from 1900 to 1920, under military administration, which had managed, by virtue of a rigid organization and a systematic vassalage of the local chiefs, to develop a tax policy based primarily on capitation and numerous other ways of computation. Chad was transformed into an artificial colony made profitable without any such prior investment, and without any specific social or economic structures. Nevertheless, this fiscal policy had allowed a huge gain placed into a reserve fund for the other members of the A.E.F. territories at the expense of the development of Chad itself, which only became a poor relative of theConfederation. lt is only at the end of the First World War, when ties an with Nigeria and the Anglo-Egyptian Sudan allowed an intense economic
activity in the country through Iivestock trading and its derivatives which has been taken over by local traders. The orientation of Chad's economic trends towards the two neighboring English colonies at the expense of the colonial mainland during the interwar period aroUsed great concern
amongst federal and local colonial authorities, which feared an irreversible integration of Chad into the British economy. It was thus necessary to develop a pennanent profitable market towards the development of Chad on one hand, and on the other hand, to launch an overhaul of its transport system; this was accomplished by the introduction of compulsory cotton cultivation in the mid-1920s. But until the eve of the Second World War, its development was hampered due to communicational problerns and due to the abhorrence of the people to engage into the culture of cotton as it interferes with traditional agricultural calendars while generating low incarne not allowing to meet any taxation levied thereon. Due to its geostrategic importance and to' it being the fust African territory to join the Free France, the colony of Chad found itself in the
forefront of the great world conflict. As such, its territory, which was for long a weak figure within the A.E.F. confederation, became the centre in which converged the energies and resources orthe Allied forces. Chad managed, by reason orthe war, to enhance its economy and to catch up on communication means. Just before the end of World War Il, the dignitaries of Free France had granted some sort of political independence to the population of the former French colonies in Africa following the Brazzaville conference of 1944 which led to the latter adopting new economic and social policies towards the colonies. Within Chad itself, this new impetus was characterized by an increased investrnent in the production and the processing of cotton. Thus, Chad became the largest producer of cotton within the French colonies of Africa as weil as becoming, by reason of veterinary policies and hydraulic technologies, a strong livestock economy. At the same time, the focus was laid on the construction of strategic lines of communication that should serve essentially to the carriage of cotton. The development of an air-based transport drew closer mainland France and
fostered a meat industry benefiting from new markets. The irnprovement of land and air transports also allowed certain companies to establish a monopoly over Chad's foreign trade. This rapid and abrupt development had laid the direction for Chad economy as geared towards France, which was previously rather set towards the eastern side, that towards the British colony of Nigeria and the Anglo-Egyptian Soudan. It also allowed the emergence ofnew social classes and sprawling towns in which emerged a new lifestyle
Characterisation of fluid flow paths within a granitic batholith : application to the Soultz-sous-Forêts geothermal site
No full textL'objectif de ce travail est d'identifier les chemins de circulation de fluides au sein de deux massifs fracturés, constitués par des granites varisques affectés par l'ouverture du rift ouest européen (ECRIS).
Sur le site géothermique de Soultz-sous-Forêts (fossé Rhénan), des données de sismique de puits (VSP) présentent des réflexions d'ondes P-S se produisant sur des structures hecto-kilométriques et vraisemblablement perméables. Ceci révèle une importante structuration varisque réactivée du fait de la poussée alpine actuelle. Le réseau structural hectométrique ainsi imagé constitue des connexions hydrauliques efficaces entre les puits.
Un affleurement dans les Chaînes Côtières Catalanes a permis une analyse complémentaire, avec la reconnaissance d'un réseau structural percolé lors de paléocirculations. Sur la base de marqueurs de circulation (veines) étudiés sur cet analogue et à Soultz-sous-Forêts, différents styles de drainage d'un granite fracturé ont été identifiés: localisation sur de structures majeures, ou au contraire distribution plus régulière ou aléatoire à l'échelle du massif. Par ailleurs, il a été montré que l'altération supergène a pour effet d'amplifier l'altération au niveau des failles. Ce fait peut contribuer expliquer la perméabilité importante du toit des socles cristallins maintenant enfouis sous une couverture sédimentaire. De plus, sur l'exemple de Soultz-sous-Forêts, la structuration de la couverture sédimentaire n'est que partiellement représentative de celle du socle, entre autres en raison de décollements.
Enfin, un modèle synthétique de réservoir est proposé, replaçant les objets étudiés et les résultats obtenus dans un schéma global.Two fractured variscan granites have been selected to investigate the fluid flow paths; both of them are located
within the European Cenozoic Rift System (ECRIS).
ln the Soultz-sous-Forêts (Rhine Graben) geothermal site, borehole seismic data (VSP) exhibit P-S reflections occurring on hecto-kilometric and generally permeable structures. The structural pattern revealed by this way suggests a clear expression of the variscan inheritance, reactivated because of the Alpine push. The network imaged by this approach explains the major hydraulic connections between the wells.
A complementary structural analysis has been carried out on a batholith outcropping in the Catalan Coastal Ranges. A
network of carbonate veins has been considered as a witness of paleo-circulations. The veins studied in this analogue
outcrop and at Soultz-sous-Forêts allowed to identify different drainage patterns developed in a fractured granite: the drainage may either be localised in the major structures, or be more homogeneously or randomly distributed, implying an important contribution of the protolith. In addition, the alteration is shown to be emphasised whether a fault zone is exposed to a supergene alteration. This fact could contribute to explain the favourable reservoir conditions locally observed at the top of basements covered by sediments. The Soultz-sous-Forêts case study also showed that the structures in the sedimentary cover reflect only a partial amount of the structures affecting the basement, in part because
of decollements.
A reservoir model is then proposed, in order to position the structures and the results detailed in this work within a global sketch
Study of the interactions between Arabis mosaic virus (ArMV) and its host plants
No full textLe virus de la mosaïque de l’arabette (ArMV) appartient au genre Nepovirus de la famille des Secoviridae. Dans les régions viticoles du sud-ouest de l'Allemagne, l’ArMV, le virus du court-noué de la vigne et le virus des taches annulaires du framboisier sont responsables d'une des maladies les plus répandues et dévastatrices touchant la vigne, la maladie du court-noué de la vigne. Les Népovirus ont deux ARNs génomiques simple brin de polarité positive, caractérisés par une VPg et une queue polyA à leurs extrémités 5 'et 3', respectivement. Différents isolats d’ArMV de différents hôtes et d’origines géographiques différentes ont été inoculés mécaniquement sur Chenopodium quinoa. Les symptômes obtenus avec l’isolat ArMV-NW sont très légers alors que les isolats ArMV-Lv et -Lilac produisent des symptômes de gravité différente. Pour caractériser le ou les facteurs déterminant les symptômes, des fragments de gènes correspondant aux ARNs génomiques de l’ArMV-NW ont été échangés par leurs homologues des isolats ArMV-Lv et -Lilac, et leur pouvoir infectieux et fonctionnalités ont été testés sur Chenopodium quinoa.
L’établissement de l’infection est différent entre les isolats ArMV-NW et -Lv sur Nicotiana benthamiana alors que le phénomène de « recovery » a lieu en même temps, entraînant une disparition des symptômes chez les plantes infectées par l’isolat ArMV-Lv et une accumulation faible des ARNs génomiques.
Le PTGS est un système de défense antiviral chez les plantes. Toutefois, de nombreux virus ont développé une stratégie de défense, en codant pour une protéine agissant comme un suppresseur de PTGS. Jusqu'à présent, aucun suppresseur n’a été identifié chez les nepovirus.Arabis mosaic virus (ArMV) belongs to the plant virus genus Nepovirus of the family Secoviridae. In the wine producing areas southwest of Germany, ArMV is, along with two other nepoviruses, the Grapevine fanleaf virus and the Raspberry ringspot virus, a causative agent of the grapevine fanleaf disease, one of the most widespread and damaging virus diseases affecting grapevine. Nepoviruses have two single-stranded positive sense genomic RNAs, which are linked to a VPg at their 5’ ends, and polyadenylated at their 3’ends.
ArMV isolates from different hosts and geographical origins were mechanically inoculated onto Chenopodium quinoas. The symptoms obtained with ArMV-NW were very mild, whereas ArMV-Lilac and -Lv produced symptoms of different severity. To characterize the symptom determinant(s) encoded by ArMV, fragments corresponding to genes from both RNAs 1 and 2 of full-length infectious clones of ArMV-NW were exchanged by their counterpart of the ArMV-Lv or -Lilac isolates and tested by mechanical inoculations onto Chenopodium quinoa for their infectivity and functionality.
In Nicotiana benthamiana, the establishment rates of infection between ArMV-NW and -Lv differed, however the recovery phenomenon took place around the same time, resulting in a disappearance of symptoms in ArMV-Lv-infected plants and a similarly low accumulation of viral RNAs for both isolates.
Post-Transcriptional Gene Silencing is an important antiviral defense system in plants. However, numerous viruses have developed a counter-defense strategy by coding for a protein acting as a suppressor of gene silencing. So far, no suppressor of gene silencing has been identified for nepoviruses
Dub poetry. A study of oraliterature in the poems of Jean Binta Breeze, Linton Kwesi Johnson and Benjamin Zephaniah.
No full textCette étude s’appuie sur un corpus représentatif du mouvement connu sous le nom de « dub poetry », une forme de poésie antillaise anglophone contemporaine. Le travail des poètes étudiés se distingue par l’emploi généralisé du Créole, le recours à des messages politiques explicites ou encore une grande proximité avec les acteurs et les pratiques des musiques populaires jamaïcaines des soixante dernières années. Bien que les dub poets publient des textes, la performance publique de poésie reste le moyen privilégié de diffusion de leurs oeuvres et la finalité de leur travail de composition. En ce sens, l’objet principal de ce travail est l’étude des relations entre oralité et écriture dans les poèmes du corpus. Plus précisément, l’hypothèse centrale est celle d’un véritable brouillage ontologique entre ces deux régimes de signification, plutôt que d’une simple coexistence de deux éléments de natures hétérogènes. Ce brouillage, rendu par le terme
« oralittérature », s’applique aussi bien à la composition même des poèmes (qui incorporent des éléments textuels ou littéraires et des éléments de la tradition orale antillaise) qu’à leur diffusion (sous forme de textes écrits ou de performances orales) et à leur consommation
(lecture solitaire ou appréciation collective en performance). Afin de démontrer cette hypothèse, plusieurs autres points sont développés, comme la question du contenu explicitement politique des poèmes ou celle du rythme poétique dont il est proposé une analyse originale. D’un point de vue théorique, ce travail s’inscrit dans l’héritage des « cultural studies » et s’ancre dans une approche anthropologique fondée sur l’historicisation et la contextualisation.This research is based on a number of text and performances representative of the poetic movement known as “dub poetry”, a form of English-speaking West Indian contemporary
poetry. These works are noticeable for a generalised use of the Creole language, the use of explicitly political messages and very intimate links with the agents and practices of contemporary Jamaican popular music. Although dub poets publish texts, the public performance of poetry remains the privileged means of diffusion of their work and the ultimate finality of their writing process. In that respect, this research centres on the study of the relationships between orality and literacy in dub poetry. More precisely, the main hypothesis is that of a real ontological blurring of these two modes of meaning production, more than simply a coexistence of two heterogeneous elements. This blurring, captured by the term “oraliterature”, can be observed in the composition of the poems (using both textual or literary elements and features of the West Indian oral tradition), in their diffusion (as written texts and as oral performances), and
in their consumption (solitary readings of texts or collective enjoyment of public performances). In the course of this demonstration, several other points are developed like the question of the political message of the poems or that of poetic rhythm which is analysed in an original way.
From a theoretical standpoint, this study belongs to the legacy of cultural studies and favours an approach grounded in anthropology, historicisation and contextualisation
The european project, catalyst of organizational change of french SME ? Comparative study.
No full textNotre objectif porte sur l’étude des changements organisationnels et/ou managériaux des PME françaises, engendrés suite à la participation à des projets de coopération européenne de R&D. Nous proposons une modélisation de l’entreprise coopératrice européenne, dont le point d’ancrage est celui du modèle européen universaliste de l’équipe de Calori (1994, 1995). Ce modèle se fonde sur l’acquisition d’une cognition socioéconomique
multiculturelle durant la coopération, qui sera partagée dans l’organisation par l’institutionnalisation de Weick, et sera à l’origine de nouvelles pratiques managériales et à leur tour sources de performances. Une méthodologie comparative entre les PME participant à des projets de coopération européenne et celles à des projets nationaux a été privilégiée dans cette étude afin d’augmenter la validité des résultats. Les résultats empiriques portant sur vingt-et-un PME montrent que : la cognition socio-économique multiculturelle a été acquise ; seulement elle n’est pas passée au stade organisationnel, l’aspect multiculturalité distingue les PME coopératrices européennes de celles nationales, les objectifs dérivés des coopérations européennes tiennent autant d’importance pour les PME que ceux contractualisés dans les accords de consortium, une nouvelle gestion des ressources humaines a été décelée dans une PME coopératrice européenne et, le management par projet devient incontournable pour les deux populations de PME.Our objective concerns the study of organizational and/or managerial changes of french SME, generated after the
participation in european R&D project. We purpose a modelling of european organization cooperative, whose anchoring point is the universalist european
model of Calori and al. (1994-1995). This model bases itself on the acquisition during the cooperation of a multicultural socioeconomic cognition, which will be shared in the organization by the Weick’s institutionalization, will be at the origin of new management practices and
in turn sources of performances. A comparative methodology between SME taking part in european project cooperation and those with national projects was privileged in order to increase the validity of the results. The empirical results concerning twenty one SME show that : the multicultural socioeconomic cognition was acquired; only it is not crossed at the organizational level, the multicultural aspect distinguishes european SME cooperative of those national, the spin-offs of european project cooperative are as important than objectives in consortium agreements, a new human resources management was appeared during the european project cooperative, and project management becomes inescapable for both populations of SME
Arsenite oxidizing biofilms
No full textLes biofilms sont des communautés hautement organisées permettant aux cellules de se maintenir dans une niche écologique donnée. Ces structures sont capables de séquestrer des composés toxiques tels que l'arsenic. Des biofilms bactériens présentant en plus une activité d’oxydation de l’arsénite [As(III)] en arséniate [As(V)], qui est une forme moins mobile de l’arsenic, pourraient être avantageusement mis à profit dans un procédé de bioremédiation.
Le but de ce travail de thèse était de caractériser les souches du genre Thiomonas, considérées comme particulièrement adaptées pour le traitement d’eaux arséniées, et d’étudier l’impact de l’As(III) sur la formation et le développement de biofilms arsénite-oxydants.
La physiologie et la génomique de ces souches ont été étudiées par des analyses de protéomique différentielle et à l’aide de puces CGH (Comparative Genomic Hybridization). Ces approches ont souligné de fortes différences physiologiques entre ces souches phylogénétiquement proches, qui peuvent être expliquées en partie par la grande plasticité de leur génome qui évolue par l’acquisition d’ilots génomiques.
L’impact de l’As(III) sur la cinétique de développement des biofilms a ensuite été analysé par microscopie confocale. Cette étude a mis en évidence divers mécanismes induits en présence d’As(III) et contrôlant l'initiation, la maturation et la dispersion des biofilms. Ainsi, l’As(III) retarde la formation du biofilm d’Herminiimonas arsenicoxydans en induisant la mobilité des cellules, alors qu’il favorise le développement d’un biofilm chez Thiomonas sp. CB2 en induisant la synthèse d’exopolysaccharides.
Ces travaux soulignent la diversité des réponses adaptatives des souches bactériennes au stress arsénié. A terme, ils devraient faciliter la mise en œuvre d’une stratégie de bioremédiation des eaux arséniées en permettant d’anticiper le comportement de la population bactérienne d’intérêt.A biofilm is a highly organized microbial community, allowing the resident cells to persist in a given ecological niche. These structures are able to trap toxic compounds such as arsenic. In addition, bacterial biofilms catalyzing arsenite [As(III)] oxidation into the more easily immobilized form arsenate [As(V)] are also of particular interest for their use in an arsenic bioremediation system.
The aim of this work was to characterize strains of the Thiomonas genus, which seem to be well-suited for the treatment of arsenic contaminated waters, and to assess As(III) effects on the formation and development of arsenite oxidizing biofilms.
The physiology and genomics of the Thiomonas strains were investigated using differential proteomics analyses and a comparative genomic hybridization (CGH) approach. These studies highlighted strong physiological differences between these closely related strains. These divergences may be explained, at least in part, by a high genome plasticity and the horizontal transfer of genomic islands.
As(III) effects on arsenite oxidizing biofilms development were then assessed using confocal microscopy. This approach revealed various As(III) induced mechanisms affecting multiple biofilm developmental steps. Indeed, As(III) induces Herminiimonas arsenicoxydans flagellar motility what delays biofilm formation, whereas in Thiomonas sp. CB2 it promotes biofilm development through the induction of exopolysaccharides synthesis.
These results highlight the high diversity existing in the bacterial adaptive responses to arsenic. Moreover, they might be helpful to develop a bioremediation process, allowing the anticipation of the bacterial population behavior
Conception and integration of analog to digital converters, compact, with a low noise, dedicated to CMOS sensors for charged particle physic detectors
No full textLes capteurs CMOS ont connu un développement croissant ces dernières années dans le monde de l’instrumentation car ils permettent d’intégrer sur le même substrat un élément sensible ainsi que des éléments de traitement du signal pour un cout de fabrication faible. L’équipe CMOS-ILC de l’IPHC développe des matrices de pixels en technologie CMOS pour des détecteurs dans le domaine de la physique des particules depuis une dizaine d’année. Lors de l’utilisation de ces capteurs pour des trajectomètres, il peut être intéressant d’augmenter la résolution spatiale des détecteurs. Ceci peut être obtenu en implantant des convertisseurs analogique numérique (CAN) en bas des colonnes de matrice de pixels.
Ces CANs doivent répondre à des contraintes extrêmement fortes en termes de dimension, de vitesse de conversion et de consommation.
Trois prototypes de CAN présentant des architectures différentes ont été développés afin de répondre à ces spécifications. Le premier est un CAN double rampe numérique, le second un CAN à approximation successive, enfin le troisième prototype est un CAN à résolution progressive. Trois circuits intégrant ces différentes architectures de CAN ont été réalisés et caractérisés. Les résultats ont permis d’effectuer une comparaison des différents prototypes existant dans le cadre d’une intégration en bas de matrices de pixels utilisées pour la trajectometrie pour la physique des particules.Development of CMOS sensors has grown exponentially in the world of instrumentation in the past years because of their ability to integrate a sensitive element and the associated readout electronics on the same substrate at a low price. The CMOS-ILC team of IPHC has developed matrix of CMOS pixels for detectors used in particle physics for the last ten years. While using this kind of detectors for trajectometry, it could be interesting to raise the spatial resolution of the detectors. It could be fulfilled by implementing analog to digital converter (ADC) in the bottom of the column’s matrix.
These ADCs must response to very strong constraint in term of dimension, conversion speed and power consumption.
Three prototypes of ADCs with different architectures have been developed in order to respond to these specifications. The first one is a double numerical ramp ADC, the second one is a successive approximation ADC and the last one is an ADC with a progressive resolution. Three chips with these different architectures have been submitted and tested. The results have led to a comparison of the different technics in use in this particular field
Interférométrie holographique numérique en temps réel
No full textLa question du repliement des ordres trouve son origine dans la faible résolution des capteurs CCD : l'angle entre le faisceau objet et le faisceau référence doit être réduit à seulement quelques degrés afin de satisfaire aux conditions d'échantillonnage. Si cet angle d'enregistrement est plus grand que l’angle maximum acceptable, ce qui arrive lorsque les objets observés sont de grandes dimensions, l'hologramme sera sous-échantillonné. En conséquence, seuls de petits objets peuvent être enregistrés et ils doivent être placés loin de la caméra CCD ; les objets de grande taille devront être « réduits » via un système de lentilles. Nous avons réalisé un montage expérimental pour étudier de façon détaillée le phénomène de repliement spectral (aliasing) : ce montage permet d’analyser la reconstruction de l'hologramme lorsque le théorème d'échantillonnage n'est pas satisfait grâce à un objet qui, mobile transversalement, permet de faire varier l’ouverture angulaire de la prise de vue et donc l’interfrange de l’hologramme. Grâce à ce dispositif, nous avons observé expérimentalement que le fait d’augmenter l'angle au-delà de la limite de Nyquist conduit en effet à des repliements successifs de l'image de l'objet mais sans aucunement empêcher sa reconstruction. Nous avons alors procédé à une série d'enregistrements holographiques de la membrane vibrante et étudier si la récupération des reconstructions des hologrammes présentait des repliements et si des perturbations apparaissaient
Genotyping of single nucleotide polymorphisms in DNA extracted from ancient human tissues : application to the study of ancient Siberian populations
No full textDans ce travail de thèse, une approche méthodologique originale basée sur l’analyse de différents polymorphismes ponctuels (ou SNP) a été utilisée sur des échantillons anciens dans le but d’étudier l’histoire de populations sibériennes du passé.
Des SNP du génome humain ont été analysés à partir d’échantillons anciens provenant du Sud de la Sibérie afin d’apporter de nouveaux éléments quant au peuplement de cette région. Les données génétiques obtenues indiquent qu’aux Ages du Bronze et du Fer, cette région était peuplée de sujets au teint pâle, aux cheveux clairs et aux yeux bleus qui étaient originaires d’Europe de l’Est. Ces résultats ont permis de mettre en évidence l’existence de mouvements de populations d’Europe de l’Est jusqu’au Sud de la Sibérie avant 1800 avant J.-C. De plus, au vu de données archéologiques et linguistiques, il semblerait que ces mouvements puissent être liés à l’expansion vers l’Est de peuples ayant parlé le proto indo-européen.
L’analyse de SNP du génome d’agents pathogènes responsables de la tuberculose menée à partir de vertèbres yakoutes présentant des lésions osseuses évocatrices d’une atteinte tuberculeuse a permis d’appréhender l’état sanitaire de la population yakoute (Sibérie Orientale). En effet, le fait d’avoir pu diagnostiquer la tuberculose chez 3 de ces sujets et d’identifier M. tuberculosis comme agent responsable de l’infection a apporté, pour la première fois, la preuve de la présence de la tuberculose humaine en Yakoutie aux XVIIème et XVIIIème siècles.
La qualité des résultats obtenus ainsi que les hypothèses originales qui ont pu être proposées attestent de l’intérêt que présente l’analyse de SNP pour les études d’ADN ancien.In the present work, an original methodological approach based on the study of various single nucleotide polymorphisms (SNPs) was used on ancient DNA samples to study the history of ancient Siberian populations.
On the one hand, SNPs of the human genome were analyzed on ancient South Siberian samples in order to shed light on the peopling of this region. The resulting data indicate that, at the Bronze and Iron Ages, this region was inhabited by fair-skinned, light-haired and blue- or green-eyed people that originated from Eastern Europe. Our results thus show that population movements from Eastern Europe to South Siberia occurred before 1800 Before Christ. Moreover, according to archeological and linguistic data, it seems that these movements were linked to the eastward expansion of people who spoke the ancestral Indo-European or Proto-Indo-European language.
On the other hand, SNPs enabling the distinction between common tuberculosis pathogens were analyzed on ancient Yakut vertebrae with lytic lesions evocative of the diagnosis of this disease in order to investigate the sanitary state of the Yakut population (Oriental Siberia). The fact that tuberculosis was diagnosed in 3 cases and that M. tuberculosis was found to be responsible for these infections provide for the first time the proof that human tuberculosis was present in Yakutia in the 17th and 18th centuries.
The quality of the ancient data obtained during this work as well as the possibility to propose new hypotheses give evidence that SNPs are valuable markers for ancient DNA studies. It also demonstrates that the SNaPshotTM -based minisequencing is a method of choice for SNP typing on degraded DNA templates
Analyse fonctionnelle de gènes impliqués dans le développement du pollen chez Arabidopsis thaliana
No full textLa paroi et le manteau du pollen des plantes supérieures se caractérisent par le haut degré de résistance qu’ils confèrent au grain de pollen. Ces fonctions reposent largement sur la synthèse de composés spécifiques dérivant du métabolisme secondaire. Au cours de ma thèse, j’ai caractérisé une nouvelle acyltransférase d’Arabidopsis thaliana, la Spermidine Hydroxycinnamoyl Transférase (SHT),
impliquée dans la synthèse de phénolamides constitutives du manteau pollinique. Nous avons montré que SHT est spécifiquement exprimée dans les cellules du tapétum de l’anthère, et que son expression est corrélée à l’accumulation d’hydroxycinnamoyl spermidines au niveau du manteau pollinique. Nous avons démontré que la protéine recombinante catalyse in vitro ce type de composé, par le transfert d’acides hydroxycinnamiques sur les fonctions amines de la spermidine. L’analyse du mutant KO sht
révèle des malformations du grain de pollen, ce qui montre l’implication du gène dans son développement. Enfin, par l’analyse de lignées silencées et par l’étude de l’activité de la protéine recombinante, nous avons identifié une CCoAOMT-like corégulée avec SHT qui intervient dans le
même métabolisme, en méthylant le conjugué de spermidine in planta.
Par une analyse de corégulation, nous avons sélectionné deux Polykétide Synthases (PKS-A et PKS-B) et deux Tétrakétide α-Pyrone Réductases (TPR1 et TPR2) d’Arabidopsis thaliana, fortement coexprimées avec des gènes intervenant dans la synthèse de la paroi du pollen. Une expression spécifique du tapétum a été démontrée, et l’activité enzymatique des protéines recombinantes étudiée
in vitro. Les deux PKS catalysent la condensation de 2 ou 3 molécules de malonyl-CoA sur différents esters de CoA d’acide gras pour former les tri et tétrakétide α-pyrones correspondants. Nous avons montré que le tétraketide produit par les PKS, pouvait être substrat de TPR-1 et -2, qui réduisaient in vitro la fonction cétone en alcool secondaire. L’analyse des mutants KO pks-a et pks-b a permis de mettre en évidence des réductions importantes des dépôts de l’exine dans la paroi du pollen, alors que
le double mutant pks-a/pks-b ne produit plus de pollen. Le mutant tpr1 est également caractérisé par une absence de pollen mature, alors que le mutant tpr2 est fertile et ne présente que de légers défauts de sa paroi pollinique. Enfin, par des analyses phylogénétiques, nous avons montré la conservation de ces gènes chez la majorité des plantes terrestres, y compris la mousse Physcomitrella, révélant ainsi l’ancienneté et la conservation de cette voie métabolique, qui conduit à la synthèse de la sporopollénine.Pollen wall and coat are caracterized by a high degree of resistance to various stress, largely through the synthesis of secondary metabolite precursors. We caracterized the Spermidine Hydroxycinnamoyl Transferase (SHT), a new Arabidopsis BAHD acyltransferase, which is involved
in the synthesis of a dihydroxyferuloyl-monosinapoyl spermidine phenolamide. We showed the specific expression of SHT in anther tapetal cells, and we investigated the in vitro activity of the recombinant protein. SHT is able to transfer an hydroxycinnamoyl moiety to each of the 3 amine
fonctions of spermidine. The analysis of sht KO mutant revealed irregularities and depressions of the
pollen wall, indicating the involvement of SHT gene in pollen development. Finally, a methyltransferase gene which is co-regulated with SHT during flower development, was shown to be involved in the O-methylation of spermidine conjugates by analyzing the consequences of its
repression in RNAi plants and by characterizing the methylation activity of the recombinant enzyme.
By in silico co-regulation analysis, we selected two Polyketide Sythases (PKS-A and PKS-B) and two Tetraketide α-pyrone Reductases (TPR1 and TPR2) tightly co-expressed with genes involved in pollen wall synthesis. The four genes were shown to be specifically expressed in tapetal cells, and the enzyme activity of each protein was determined in vitro. The two PKS recombinant proteins
catalysed the condensation of 2 or 3 malonyl-CoA with various fatty acid CoA ester, producing the
corresponding tri and tetraketide. The tetraketides produced by PKS were shown to be substrates of
the two TPR, that reduced the cetone function to a secondary alcohol. Analysis of pks-a and pks-b KO
mutants revealed severe reduction of exine deposition on their pollen wall, while pks-a/pks-b is unable
to produce mature pollen. The tpr1 mutant was also male sterile while tpr2 mutant exhibited subtle
changes on its pollen wall. Finally, by phylogenetic analysis, we showed the conservation of the genes
involved in the biosynthesis pathway, from mosses to higher plants