Laboratoire de Physique Théorique
Thèses en ligne de l'Université Toulouse III - Paul SabatierNot a member yet
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Contribution du satellite SWOT (Surface Water Ocean Topography) pour l'analyse et la prévision océanique
Get PDFLa mission SWOT (Surface Water Ocean Topography) qui sera lancée en 2022 doit permettre grâce à un nouveau système
d'altimétrie à large fauchée d'observer beaucoup plus finement la topographie des océans (SSH). Cette capacité nouvelle d'observation pose d'importantes questions pour les communautés scientifique et océanographie opérationnelle : quelles améliorations sur l'analyse et la prévision océanique peuvent être attendues en assimilant les observations SWOT dans des modèles à haute résolution ? Afin de répondre à cette question, nous avons mené pour la première fois un ensemble d'Observing System Simulation Experiments (OSSEs) dans un système global d'assimilation de données au 1/12°. Les observations utilisées sont : les observations de trois altimètres nadir, les observations de SWOT, les observations in-situ (température et salinité) et de la température de surface de la mer. Les premières OSSEs menées montrent que par rapport aux trois altimètres nadir, les observations SWOT ont un impact équivalent sur les données d'analyse de la SSH, la température et la salinité mais améliorent les courants océaniques en profondeur et en surface. La combinaison des trois altimètres nadir et de SWOT améliore les analyses en permettant une légère réduction des erreurs d'analyse de la SSH et des courants
océaniques. Ces résultats bien qu'intéressants sous estiment cependant le potentiel de SWOT. Plusieurs pistes pouvant
améliorer l'impact de SWOT pour l'analyse et la prévision océanique ont été identifiées, ce qui nous a conduit à recalibrer les OSSEs et à améliorer le schéma d'assimilation afin de mieux représenter les différentes échelles contenues dans les observations de SWOT. Ces améliorations ont permis la réalisation d'un deuxième ensemble d'OSSEs pour lesquelles les observations de SWOT se sont avérées très efficaces. Par rapport à l'expérience assimilant uniquement trois altimètres nadir, l'ajout des observations SWOT réduit ainsi globalement la variance des erreurs d'analyse et de prévision de la SSH et de la vitesse d'environ 30 % et 20 % respectivement. Cette amélioration est plus forte pour les échelles océaniques inférieures à 200 km avec une réduction de la variance d'erreur d'analyse de la SSH supérieure à 40% en dehors des régions tropicales. Cette thèse montre ainsi que les données SWOT pourront être assimilées dans le futur système global d'analyse et de prévision à haute résolution de Mercator Ocean et du Copernicus Marine Service, avec un impact positif à toutes les latitudes et des performances excellentes. Elle souligne aussi l'importance du design et de la calibration des méthodes d'OSSEs et l'apport des améliorations des schémas d'assimilation de données afin d'obtenir des résultats les plus réalistes possibles.The SWOT (Surface Water Ocean Topography) mission, to be launched in 2022, will use a new wide swath altimetry system to observe sea surface topography (SSH) at fine scales. This new observation capability raises important questions for the scientific and operational oceanography communities: what improvements in ocean analysis and forecasting can be expected by assimilating SWOT observations into high resolution models? To answer this question, we have conducted for the first time a set of Observing System Simulating Experiments (OSSEs) in a global 1/12° data assimilation system. The observations used are: observations from three nadir altimeters, SWOT observations, in-situ observations (temperature and salinity) and sea surface temperature. The first OSSEs conducted show that compared to the three nadir altimeters, SWOT observations have an
equivalent impact on the SSH, temperature and salinity analysis data but improve the ocean currents at depth and at the surface. The combination of the three nadir altimeters and SWOT improves the analyses by slightly reducing the errors in the SSH and ocean current analyses. These results, while interesting, underestimate the potential of SWOT. Several approaches to improve the impact of SWOT for ocean analysis and forecasting have been identified, leading us to recalibrate the OSSEs and improve the assimilation scheme to better represent the different scales contained in SWOT observations. These improvements allowed the realization of a second set of OSSEs for which the SWOT observations proved to be very efficient. Compared to the experiment assimilating only three nadir altimeters, the addition of the SWOT observations reduces the overall variance of the SSH and velocity analysis and forecasting errors by about 30% and 20% respectively. This improvement is stronger for
ocean scales smaller than 200 km with a reduction of the SSH analysis error variance of more than 40% outside of tropical
regions. This thesis shows that SWOT data can be assimilated into the future Mercator Ocean and Copernicus Marine Service
global high-resolution analysis and forecasting system, with a positive impact at all latitudes and excellent performance. It also highlights the importance of the design and calibration of OSSEs methods and the use of improved data assimilation schemes to obtain the most realistic possible results
Navigation visuelle chez la fourmi : approche modélisatrice
Get PDFL'étude de la navigation chez l'insecte béneficie à la fois d'un riche historique en éthologie et physiologie sensorielle, et des récents progrès en neurobiologie et neuroanatomie. Mais il reste cependant difficile d'établir des liens directs entre les circuits neuronaux identifiés et le comportement, et cela ne suffit souvent pas pour parvenir à une véritable compréhension des dynamiques complexes qui sont en jeu. Pour cela, il est nécessaire de formuler des hypothèses dans un cadre théorique, et la modélisation représente pour cela un excellent outil. Cette thèse présente une telle approche modélisatrice, présentant simulations et modèles informatiques de plusieurs structures cérébrales impliquées dans la navigation chez la fourmi. Tous les modèles décrits ici ont comme but de participer à notre compréhension globale de la navigation chez l'insecte: ils cherchent à reproduire des comportements observés expérimentalement, et sont strictement bio-plausibles dans leur implémentation.The study of insect navigation has been benefitting from both a rich history in ethology and sensory physiology, and from the recent advances in neurobiology and neuroanatomy. However, it remains difficult to establish direct links between the identified neural circuits and the behaviour, and this is often not sufficient to reach a true understanding of the complex dynamics involved. For this, it is necessary to formulate hypotheses in a theoretical framework, and modelling is an excellent tool for this. This thesis presents such a modelling approach, presenting simulations and computer models of several brain structures involved in navigation in the ant. All the models described here have the common aim to contribute to our global understanding of navigation in the insect: they seek to reproduce experimentally observed behaviours, and they are strictly bio-plausible in their implementation
Usage de la connectivité pour étudier les (dys)fonctions cérébrales
Get PDFNous nous représentons le cerveau comme un réseau complexe de régions structurellement connectées et fonctionnellement couplées. Les fonctions cognitives découlent de l'activité coordonnée de régions corticales distantes. La connectivité est utilisée pour représenter la coopération de régions cérébrales ségréguées et fonctionnellement spécialisées. Qu'il s'agisse de l'analyse des liens anatomiques, des dépendances statistiques ou des interactions causales, la connectivité révèle des aspects fondamentaux du fonctionnement (dys)cérébral. Cependant, l'estimation et l'application de la connectivité posent encore des problèmes. C'est pourquoi cette thèse est consacrée à surmonter ces défis. Le premier défi provient de l'effet néfaste du bruit systématique (comme les mouvements de la tête) sur les estimations de la connectivité. Nous avons proposé un indice qui décrit la qualité de la connectivité et qui peut refléter différents types d'artefacts, d'erreurs de traitement et de pathologie cérébrale, permettant son utilisation étendue dans le suivi de la qualité des données et les investigations méthodologiques. En outre, les altérations de la connectivité jouent un rôle inestimable dans la compréhension des dysfonctionnements cérébraux. En étudiant certains mécanismes de l'épilepsie, nous montrons que la connectivité peut suivre les changements progressifs de la susceptibilité aux crises et identifier les facteurs déterminants de la génération des crises. L'identification des moments critiques de modification de la connectivité pourrait aider à prédire avec succès les crises. Enfin, on ne comprend pas bien comment le cerveau s'adapte aux exigences des tâches cognitives à une échelle de temps rapide. Nous présentons une combinaison d'EEG intracrâniens et de mesures de pointe épileptiques pour étudier la dynamique des réseaux pendant la mémoire de reconnaissance. Il est essentiel de comprendre comment le cerveau fait face dynamiquement aux changements rapides des demandes cognitives pour comprendre les bases neurales de la cognition. En conclusion, l'objectif modeste de cette thèse est de répondre au moins partiellement à certains des nombreux défis auxquels les neurosciences actuelles sont confrontées.We picture the brain as a complex network of structurally connected regions that are functionally coupled. Brain functions arise from the coordinated activity of distant cortical regions. Connectivity is used to represent the cooperation of segregated and functionally specialized brain regions. Whether it is the analysis of anatomical links, statistical dependencies, or causal interactions, connectivity reveals fundamental aspects of brain (dys)function. However, estimating and applying connectivity still faces many challenges; therefore, this work is devoted to tackling them. The first challenge stems from the detrimental effect of systematic noise (such as head movements) on connectivity estimates. We proposed an index that depicts connectivity quality and can reflect various artifacts, processing errors, and brain pathology, allowing extensive use in data quality screening and methodological investigations. Furthermore, connectivity alterations play an invaluable role in understanding brain dysfunction. Investigating the mechanisms of epilepsy, we show that connectivity can track gradual changes of seizure susceptibility and identify driving factors of seizure generation. Identifying critical times of connectivity changes could help in successful seizure prediction. Finally, how the brain adapts to task demands on fast timescales is not well understood. We present a combination of intracranial EEG and state-of-art measures to investigate network dynamics during recognition memory. Understanding how the brain dynamically faces rapid changes in cognitive demands is vital to our comprehension of the neural basis of cognition. In conclusion, the modest goal of this thesis is to at least partially answer some of the many challenges that current neuroscience is facing
Développement d'un biomatériau naturel, bioactif, dérivé du sang pour la régénération tissulaire
Get PDFLe Lysat Plaquettaire (LP) est un produit dérivé du sang naturellement riche en facteurs de croissance comme le VEGF, le PDGF ou encore le TGF-ß1. Cela lui confère la capacité de stimuler les cellules de l'hôte pour promouvoir la cicatrisation voire même la régénération des tissus lésés. Associé à du chlorure de calcium et de l'acide tranexamique, le LP peut former un hydrogel composé d'un réseau tridimensionnel de fibrine, mimant une matrice extracellulaire naturelle riche en facteurs de croissance dans laquelle les cellules trouvent tous les éléments nécessaires à leur développement. Les champs d'application de ces LP sont nombreux et leur utilisation en tant que matériaux bioactifs peuvent concerner toutes les disciplines médicales. L'objectif de cette thèse est de sécher l'hydrogel afin de développer un biomatériau d'origine biologique, à base de lysat plaquettaire, qui réponde au cahier des charges des structures optimisées pour la régénération tissulaire. Le manuscrit s'organise autour de cinq parties : 1) un état de l'art sur le sujet dans la littérature, 2) le protocole de conception du biomatériau, 3) sa caractérisation in vitro et in vivo, 4) les modifications qui peuvent lui être apportées pour optimiser ses performances et enfin 5) le cadre légal et règlementaire de son utilisation future. Le séchage de l'hydrogel de LP est réalisé grâce à l'utilisation du CO2 à l'état supercritique, un procédé permettant d'envisager l'obtention de matériaux secs, poreux et stériles. Ils pourront présenter une longue période de conservation, une manipulation plus aisée que celle des hydrogels, une capacité importante à se réhydrater et également un pouvoir hémostatique. Les observations réalisées au Microscope Electronique à Balayage, ainsi que les analyses au porosimètre à mercure montrent que les mousses sèches présentent une porosité totale de 83,42±4,85% avec des pores dont les diamètres varient entre 3nm et 360µm. Le suivi de la cinétique de relargage du VEGF démontre une libération prolongée de facteurs de croissance dans le temps sans qu'il n'y ait eu de perte au cours du procédé de séchage lorsque les quantités sont comparées à celles contenues dans les gels de départ. La résistance en compression des mousses se trouve supérieure à celle des hydrogels de LP. Les premières études menées in vitro sur des cellules stromales mesenchymateuses et in vivo sur un modèle murin sous-cutané confirment la biocompatibilité des biomatériaux conçus. L'ensemble de ces résultats offre des perspectives prometteuses dans le domaine de la régénération tissulaire et permet d'envisager également l'utilisation des mousses sèches de lysat plaquettaire comme support d'expansion cellulaire dans le cadre de la thérapie cellulaire.Platelet Lysate (PL) is a blood derivative product naturally rich in growth factors such as VEGF, PDGF or TGF-ß1. This gives it the ability to stimulate host cells to promote healing and even regeneration of damaged tissue. Combined with calcium chloride and tranexamic acid, the PL can form a hydrogel composed of a three-dimensional network of fibrin, mimicking a natural extracellular matrix rich in growth factors in which cells find all the elements necessary for their development. The fields of application of these PLs are numerous and their use as bioactive materials can concern all medical disciplines. The objective of this thesis is to dry the hydrogel in order to develop a biomaterial of biological origin, based on platelet lysate, which meets the specifications of structures optimized for tissue regeneration. The manuscript is organized around five parts: 1) a state of the art on the topic in the literature, 2) the protocol designed to obtain the biomaterial, 3) its in vitro and in vivo characterizations, 4) the modifications that can be made to optimize its performances and finally 5) the legal and regulatory framework for its future use. PL hydrogel is dried using CO2 in a supercritical state, a process that makes it possible to obtain dry, porous and sterile materials. They may have a long shelf life, easier handling than hydrogels, and also a high capacity to rehydrate. The observations made by Scanning Electron Microscopy, as well as the analyses with the mercury porosimeter show that the dry foams have a total porosity rate of 83.42±4.85% with pores whose diameters vary between 3nm and 360µm. Monitoring of the VEGF release kinetics shows a prolonged release of growth factors over time without any loss during the drying process when the quantities are compared to those contained in the starting gels. The compressive strength of the foams is higher than that of PL hydrogels. Initial studies conducted in vitro on mesenchymal stromal cells and in vivo in a subcutaneous mouse model confirm the biocompatibility of the designed biomaterials. All these results offer promising prospects in the field of tissue regeneration and also make it possible to envisage the use of dry platelet lysate foams as a support for cell expansion in the context of cell therapy
Etude paléogénétique de deux sépultures collectives du Néolithique (mont Aimé, Bassin parisien, 3500-3000 av. J.C.)
Get PDFEn France, deux courants culturels sont entrés en contact dès le Néolithique ancien (6000-4700 av .J.-C.) : le courant Méditerranéen par le Sud et le courant Danubien par l'Est. Dans le cadre de ce travail de thèse, nous avons étudié deux sépultures collectives du Bassin parisien qui pourraient se trouver au point de rencontre de ces deux courants ; il s'agit des hypogées 1 et 2 du Mont-Aimé (Marne, France) utilisées à la fin du Néolithique (3500-3000 av. J.C.).
Dans ces deux ensembles funéraires souterrains de construction analogue, des analyses génétiques ont été réalisées sur 30 des sujets inhumés. L'étude de STR (Short Tandem Repeats) autosomaux a permis la caractérisation du sexe des individus ainsi que la détermination de liens de proche parenté. L'analyse de STR et de SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) du chromosome Y a non seulement permis de retracer les lignées paternelles mais aussi de comparer ces dernières à celles portées par d'autres populations anciennes et modernes. Enfin, le séquençage de la totalité de la molécule d'ADN mitochondrial a, de la même manière, permis l'étude de lignées maternelles.
L'analyse combinée des données archéologiques et de l'ADN nucléaire a révélé les détails de la chronologie du site et démontré la présence de parentés génétiques au sein et entre les deux hypogées. Ces résultats contribuent ainsi à notre compréhension des similarités de structure entre les deux sépultures collectives, utilisées par des générations successives d'individus. L'étude des lignées uniparentales a montré une diversité d'haplotypes mitochondriaux caractéristiques du Néolithique européen mais a également mis en lumière l'homogénéité des haplotypes du chromosome Y, dont aucun n'est retrouvé dans d'autres populations anciennes ou modernes. Ce résultat suggère la présence, dans la population Néolithique du Bassin Parisien, de groupes humains porteurs de lignées maternelles typiques de la période et de lignées paternelles alors déjà rares et aujourd'hui disparues. Si la présence de ces lignées masculines, vraisemblablement issues du Paléolithique européen, ne permet pas de rattacher le groupe d'individus du Mont-Aimé à l'un ou l'autre des deux courants de migration européens, elle démontre la persistance d'un groupe d'hommes encore génétiquement non-assimilés à la fin du Néolithique. Ces analyses révèlent donc une histoire personnelle, celle de lignées paternelles demeurées majoritaires dans un groupe humain, alors même que celui-ci était progressivement incorporé à une population de nouveaux arrivants.In France, two cultural currents came into contact from the early Neolithic (6000-4700 BC): the Mediterranean current from the south and the Danubian current from the east. As part of this thesis work, we studied two multiple burials in the Paris Basin which could be located at the meeting point of these two currents; these are hypogeum 1 and 2 of Mont-Aimé (Marne, France) used at the end of the Neolithic (3500-3000 BC). In these two underground burial complexes of similar construction, genetic analyzes were carried out on 30 of the buried subjects. The study of autosomal STRs (Short Tandem Repeats) allowed the characterization of the sex of individuals as well as the determination of close family ties. The analysis of STR and SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) of the Y chromosome has not only made it possible to trace the paternal lines but also to compare them with those carried by other ancient and modern populations. Finally, the sequencing of the entire mitochondrial DNA molecule has similarly enabled the study of maternal lines. Combined analysis of archaeological data and nuclear DNA revealed details of the site's chronology and demonstrated the presence of genetic relatedness within and between the two hypogea. These results thus contribute to our understanding of the structural similarities between the two collective burials, used by successive generations of individuals. The study of uniparental lineages has shown a diversity of mitochondrial haplotypes characteristic of the European Neolithic but also shed light on the homogeneity of the Y chromosome haplotypes, none of which is found in other ancient or modern populations. This result suggests the presence, in the Neolithic population of the Paris Basin, of human groups carrying maternal lines typical of the period and paternal lines that were already rare and now extinct. If the presence of these male lineages, probably from the European Paleolithic, does not allow the group of individuals from Mont-Aimé to be linked to one or the other of the two European migration currents, it demonstrates the persistence of a group of men still genetically unassimilated at the end of the Neolithic. These analyzes, therefore, reveal a personal history, that of paternal lines which remained in the majority in a human group, even though the latter was gradually incorporated into a population of newcomers
Evaluation des propriétés du béton à l'état frais et l'état durci composé des granulats concassés sans sable naturel
Get PDFLa détérioration de la qualité du sable naturel siliceux au Liban et les restrictions imposées par l'Etat à son utilisation, suite aux effets néfastes de son exploitation, affectent le secteur de la construction libanais à travers le coût et la qualité du béton. Actuellement, ce sable trop fin pour être utilisé seul dans le béton selon la norme ASTM C33, en vigueur au Liban, est toujours mélangé avec un pourcentage approprié d'un sable calcaire concassé de carrière. Une alternative à ce sable naturel doit être trouvée pour remédier aux problèmes environnementaux et économiques et limiter la dépendance actuelle du secteur de la construction libanais que son utilisation induit. Après avoir dressé un état de l'art des alternatives existantes à travers le Monde, il apparaît que le remplacement du sable naturel par le sable calcaire concassé local pourrait être une solution adaptée au contexte Libanais grâce à l'abondance et à la bonne qualité de ce sable. Ainsi, cette étude est la première menée au Liban visant à démontrer scientifiquement la pertinence de cette solution avant de la mettre en pratique. Elle a pour objectif d'évaluer les effets de la substitution totale du sable naturel siliceux par du sable calcaire concassé, sur les performances des bétons. Pour répondre à l'objectif de l'étude, les bétons contenant des sables concassés normalisés sans sable naturel sont comparés à des bétons de référence constitués de la combinaison conventionnelle du sable naturel et du sable concassé, pour vérifier si leurs performances peuvent être maintenues, pour trois formulations de bétons ordinaires et une formulation de béton à hautes performances. Comme la granulométrie du sable concassé des carrières libanaises ne respecte actuellement pas la norme ASTM C33, un travail de construction de deux types de sable concassé calcaire dont la granulométrie est conforme à cette norme a été préalablement réalisé. Les propriétés à l'état frais, le comportement mécanique, et les propriétés de durabilité sont étudiés pour chaque type de sable. Les effets de la minéralogie, de la morphologie, et des distributions granulométriques des sables sont ainsi évalués. Cette étude est complétée par une analyse microstructurale visant à détecter les variations de l'état des interfaces entre la pâte de ciment et les grains de sable et à tenter d'expliquer les éventuelles différences qui peuvent survenir à l'échelle macrostructurale entre les différents types de béton. En outre, étant donné que la limitation du pourcentage des fines lors de la production du sable concassé normalisé induit des contraintes industrielles et économiques, une étude complémentaire du comportement de deux formulations d'un béton ordinaire et d'un béton à hautes performances a été menée selon une approche performantielle afin d'évaluer l'influence de l'incorporation du sable concassé ayant un pourcentage de fines (< 75 µm) dépassant la limite imposée par la norme ASTM C33 (7%). Les résultats obtenus permettent de conclure que, pour des mêmes rapports eau efficace sur ciment, dosages en ciment et proportions des gravillons, ainsi que pour un dosage de superplastifiant adapté de manière à atteindre le même affaissement au cône d'Abrams, les performances de ces bétons peuvent être maintenues lors d'une substitution totale du sable naturel par du sable concassé calcaire, que sa granulométrie ou que son pourcentage de fines soient conformes ou non à la norme. Du point de vue économique et environnemental, le sable concassé calcaire peut ainsi être considéré comme une solution alternative pertinente à l'utilisation du sable naturel siliceux.In Lebanon, good quality natural siliceous sand becomes rarely available, and for environmental reasons, its extraction is subjected to governmental restrictions. This problem affects the construction sector through the cost and the quality of concrete. Moreover, this sand is too fine to be used alone as fine aggregate in concrete mixes. Therefore, to meet the grading requirement of the ASTM C33, the standard applied in Lebanon, this sand is currently mixed with an appropriate proportion of a coarser crushed limestone sand which compensates the fineness of the natural sand. Accordingly, finding an alternative to natural sand in concrete becomes essential to reduce its economic and environmental problems and to avoid the dependency of the construction field on its quality and availability in the Lebanese market. After a literature review of existing alternatives around the world, it seems that the replacement of natural sand by the local crushed limestone sand could be an appropriate solution in the Lebanese context due to the abundance and good quality of this sand. Hence, the current study is the first in this country that aims to give scientific evidence of this solution before being applied in the Lebanese market. Its objective is to assess the effect on the concrete performance of the total replacement of natural siliceous sand by crushed limestone sand. In order to respond to the objective of the study, the behaviors of concrete mixes incorporating normalized crushed sands without natural sand are compared to those of reference concrete containing the conventional combination of natural sand and crushed sand, to verify that their performances could be maintained, for three normal strength concrete mixes and one high strength concrete. Since the crushed sand, provided currently from the limestone quarries, is too coarse to directly replace the natural sand, the first step consists of constructing two types of normalized crushed sand conforming to the standard grading requirements. For each type of fine aggregate, the fresh concrete properties, mechanical behavior, and durability are investigated. The effects of the mineralogy, morphology, and particle size distribution of fine aggregates on these various properties are then evaluated. A microstructural analysis is also conducted to depict the variations at the interface between the cement paste and the different types of sand grains and to try to explain the differences that could exist at the macro scale between the different types of concrete. Furthermore, since the production of the normalized crushed limestone sand could impose many industrial and economic constraints to limit the high percentage of fines, the performance of normal and high strength concretes, incorporating crushed sand with a percentage of fines (< 75 µm sieve) exceeding the limit imposed by ASTM C33 (7%), is evaluated following a performance-based approach. For fixed water to cement ratio, cement content, and coarse aggregates proportions, and for different dosages of admixture to reach the same slump value, the results prove that the concrete performance could be maintained when using the normalized crushed limestone sand conforming to the standard grading requirements or the fine crushed limestone sand with a high percentage of fines. Additionally, the overview on the economic and environmental impacts on the Lebanese context verifies the feasibility of the use of crushed limestone sand as the only fine aggregate
La chaine Equidia : une analyse des configurations socio-économiques, discursives et énonciatives d'un media spécialisé
Get PDFMédia à la fois thématique et pluri-identitaire, la chaîne Equidia a affiché pendant dix ans l'ambition de cristalliser l'ensemble des publics du cheval, pourtant caractérisés par leur grande hétérogénéité et leur autonomie. Face aux disparités socio-praxiques, économiques et culturelles qui distinguent ces communautés, Equidia a développé plusieurs stratégies énonciatives et discursives. A travers sa programmation, ses émissions et leurs contrats de lecture, elle a ainsi tenté de représenter l'ensemble de ces publics et leurs cultures. Les questionnements soulevés par cette thèse partent donc du constat de la difficulté de cet objectif fédérateur. En effet, la complexité des environnements socio-économiques et médiatiques au sein desquels évolue Equidia, interroge la capacité des chaînes de télévision à se positionner comme des ressources de construction de la réalité sociale pour les publics qu'elles ciblent. Cette thèse propose de répondre à cette problématique en se fondant sur un double ancrage théorique, constitué de l'étude des configurations socio-économiques dans lesquelles s'insère la chaîne, et celle de la percolation de ces configurations à travers ses discours et productions audiovisuelles. A partir de l'analyse de la construction éditoriale de cet objet composite qu'est Equidia, elle montre les stratégies menant à la construction d'une relation imaginée entre le média et ses destinataires, proposée dans et par le discours. La perspective socio-économique questionne enfin la dimension performative de la chaîne (et plus largement du médium télévisuel), ainsi que la capacité des publics du cheval à développer des médiacultures et se constituer en des publics de la télévision.The TV channel Equidia is both a thematic and a mutli-identities media. During its ten years of existence, it had the ambitions of bringing together the equestrian world and its diverse audience, which is characterised by its heterogeneity and autonomy. To face this socio-praxis, economical and cultural differences that are the trademarks of these communities, Equidia had/ has (c¸a depends si c¸a existe toujours ou pas) developed several strategies (both of utterance and discourse). Through its TV program, its shows and theirs respective reading contract (or viewer would seem more accurate to me), it attempted to please and represent all the diversity of its audience and their cultures. The guiding questions of this doctoral thesis came from the observation of the challenges that arise from his federative objective. The complexity of the media and socio-economical environments in which Equidia exists questions the capacities of TV channels to position themselves as resources for the social construction of their target audience. This doctoral thesis attempts to answer this problematic basing itself on a double theoretical anchorage: the study of the socio economical configuration in which Equidia is evolving; and the study of the percolation of the above-mentioned configurations though discourse and audio-visual productions. From the analysis of the editorial construct of this patchwork object that is Equidia, this doctoral thesis highlights the strategies behind the creation of imaginary relation between the media and its audience, realised within and through the discourse. The socio-economical perspective questions the perfomative action of the TV channel (and by extension of the medium TV) as well as the capacity of the equestrian audience to develop mediaculture and present itself into TV audiences
Rôles du variant d'histone macroH2A1 dans la régulation transcriptionnelle et l'organisation du génome
No full textDe nombreux facteurs sont impliqués dans l'organisation tridimensionnelle (3D) de la chromatine et ses processus associés tel que l'expression contrôlée des gènes. Parmi ces facteurs, l'incorporation locus-spécifique des variants d'histones constitue un mécanisme indispensable à de nombreux processus nucléaires. Le variant d'histone macroH2A1 (mH2A1), exprimé sous la forme de deux variants d'épissage mH2A1.1 et mH2A1.2, est important pour l'exécution contrôlée de nombreux processus moléculaires et cellulaires tels que, de manière non exhaustive, la transcription de l'ADN, la réparation des cassures d'ADN, l'organisation 3D du génome, la différenciation/reprogrammation cellulaire, la senescence et la prolifération cancéreuse. Les mécanismes moléculaires par lesquels mH2A1 régule ces processus sont toutefois encore mal caractérisés. Dans ce contexte, l'objectif de mes travaux de thèse était d'aboutir à une meilleure compréhension des actions transcriptionnelle et organisationnelle de mH2A1. Mes travaux se sont divisés en deux grands axes de recherche. Le premier axe consistait en l'analyse des rôles de l'isoforme mH2A1.1 dans une lignée cellulaire cancéreuse mammaire triple négative (TNBC) de référence à haut potentiel métastatique, la lignée MDA-MB 231. Pour cela, j'ai combiné des données transcriptomiques avec des données de ChIP-seq, HiC et PCHiC en condition contrôle et de déplétion de mH2A1.1. Le deuxième axe consistait en l'analyse du recrutement de mH2A1 sur les régions péricentromériques du génome et mesurer son impact sur l'organisation 3D de ces dernières. Pour cela, j'ai utilisé des approches de microscopie sur cellule murine contrôle et n'exprimant pas mH2A1. Concernant le premier axe, j'ai montré que l'isoforme mH2A1.1 active ou réprime l'expression de nombreux gènes associés à une large gamme de processus biologiques, en particulier importants pour la migration cellulaire. En accord, j'ai montré que mH2A1.1 inhibait la migration cellulaire des cellules TNBC MDA-MB 231. J'ai montré que mH2A1.1 activait l'expression de ses gènes cibles en régulant la pause de l'ARN Polymerase II. En revanche, aucune preuve d'un rôle de mH2A1.1 dans le contrôle des interactions enhancers/promoteurs et dans l'organisation générale de la chromatine n'a été trouvée. Concernant le second axe, j'ai montré que les deux isoformes de mH2A1 étaient recrutées sur les régions péricentromériques suite à divers traitements influençant l'homéostasie nucléaire. Néanmoins, j'ai trouvé que l'absence de mH2A1 ne semble pas agir sur l'organisation 3D de ces loci génomiques. Mes travaux de thèse ont ainsi permis de mieux caractériser par quel processus moléculaire mH2A1, en particulier l'isoforme mH2A1.1, régule l'expression génique mais ont également remis en doute l'idée que mH2A1 serait fonctionnellement impliquée dans la structure de la chromatine, à différentes échelles organisationnelles mais aussi vis-à-vis des différents états chromatiniens.Many factors regulate three-dimensional (3D) chromatin organization and DNA-related processes such as controlled gene expression. Among them, locus-specific incorporation of histones variants is essential for many nuclear processes. The histone variant macroH2A1 (mH2A1), expressed as two splicing isoforms mH2A1.1 and mH2A1.2, is important for the controlled execution of many molecular and cellular processes such as, in a non-exhaustive way, gene transcription, DNA repair, 3D genome organization, cellular differentiation and reprogramming, senescence and cancerous proliferation. Underlying molecular mechanisms by which mH2A1 regulates these processes are still poorly characterized. Based on this, the aim of my thesis was to gain a more comprehensive view of mH2A1 transcriptional and organizational actions at specific loci and at the level of the whole genome. My work was divided into two main research axes. The first axis consisted in the analysis of the roles of the isoform mH2A1.1 in a reference triple negative breast cancer (TNBC) cell line MDA-MB 231, characterized by a high metastatic potential. To this aim, I have combined transcriptomic data with ChIP-seq, HiC and PCHiC data in control and mH2A1.1-depleted cells. The second axis consisted in the analysis of the recruitment of mH2A1 to pericentric heterochromatin regions and the investigation of its impact on their 3D chromatin organization. To this aim, I have used single cell microscopy and quantitative image analysis in control and mH2A1-depleted murine fibroblastic cells. Concerning the first axis, I found that mH2A1.1 isoform up- or down-regulates many genes associated with a wide range of biological processes, particularly important for cell migration. In agreement, mH2A1.1 inhibits cell migration of the TNBC MDA-MB 231 cells. I demonstrated that mH2A1.1 actives its target gene expression by regulating ARN Polymerase II pausing. However, no evidence for a role for mH2A1 in the control of chromatin looping between enhancers/promoters and at the genome-wide scale was found. Concerning the second axis, I showed that both isoforms of mH2A1 were recruited to pericentric heterochromatin following various treatments influencing nuclear homeostasis. However, mH2A1 did not seem to be necessary for the chromatin organization of these loci. My thesis works provide new insights into the molecular mechanisms by which mH2A1, in particular its isoform mH2A1.1, regulates gene expression but they also question the idea that mH2A1 is functionally involved in chromatin structure at different organizational scales of the genome and at different chromatin states
Impact of climate and anthropogenic effects on the energy, water, and carbon budgets of monitored agrosystems: multi-site analysis combining modelling and experimentation
Get PDFLes terres cultivées représentent une unité importante dans le climat mondial, et en réponse à la population, elles sont en expansion. Il est crucial de comprendre et de quantifier les interactions terre-atmosphère via les échanges d'eau, d'énergie et de carbone. Dans ce contexte, cette thèse a consisté à étudier la variabilité du bilan énergétique en fonction de différentes cultures, phénologies et pratiques agricoles via système Eddy-Covariance. En réponse au manque d'eau dans le sud-ouest de la France, deux modèles de surface (ISBA et ISBA-MEB) ont été évalués sur deux cultures (blé et maïs) pour évaluer leur capacité à estimer les flux d'énergie et d'eau. Enfin, en réponse à la contribution des terres cultivées à l'augmentation du dioxyde de carbone atmosphérique, la capacité du modèle ISBA-MEB à simuler correctement les principaux composants du carbone a été testée sur 11 saisons de maïs et de blé.Croplands represent an important unit within the global climate, and in response to population, they are expanding. Hence, understanding and quantifying the land-atmosphere interactions via water, energy and carbon exchanges is crucial. In this context, the first objective of this thesis studied the variability of the energy balance over different crops, phenologies, and farm practices at Lamasquère and Auradé. Secondly, in response to water scarcity and increasing drought in southwestern France, two land surface models (ISBA and ISBA-MEB) of different configurations were evaluated over some wheat and maize years to test their ability to estimate energy and water fluxes using measurements from an eddy covariance system as reference. Finally, in response to the contribution of croplands to increasing atmospheric carbon dioxide, the capability of the ISBA-MEB model to correctly simulate the major carbon components was tested over 11 seasons of maize and wheat
Caractérisation du facteur de transcription Shavenbaby par approches génomiques chez la drosophile
Get PDFLes facteurs de transcription à doigt de zinc de la famille OvoL, au nombre de trois chez les mammifères (OvoL1, 2 et 3), sont des acteurs majeurs de la régulation épithéliale durant le développement des vertébrés. Chez l'adulte, ils participent à la fois à la différenciation terminale des cellules épithéliales et au maintien de ce caractère pour l'homéostasie tissulaire. Pour ce faire, les facteurs OvoL inhibent l'action des facteurs pro-EMT (Transition Epithélio-Mésenchymateuse) ZEB et TWIST qui eux poussent vers l'état mésenchymateux. Ainsi, lors de cancer humain, OvoL1 empêche la transformation des cellules tumorales épithéliales en cellules invasives mésenchymateuses métastatiques. De plus, des maladies héréditaires, dont des pathologies sévères des yeux et de la peau, ont été associées à la dérégulation des gènes OvoL. A ce jour et malgré des intérêts biomédicaux potentiels, les mécanismes moléculaires qui soutiennent l'action des facteurs OvoL et notamment leurs gènes cibles spécifiques restent mal compris. Il est possible que la redondance fonctionnelle des facteurs OvoL chez les vertébrés complique l'accès à leur fonction. Chez la Drosophile (Drosophila melanogaster) les facteurs OvoL, fortement conservés au sein du règne animal, sont seulement représentés par le gène ovo/shavenbaby (ovo/svb), membre fondateur de cette famille. Les deux formes germinales, OvoA et OvoB soutiennent l'ovogenèse alors que la forme somatique, Svb, contrôle le remodelage tridimensionnel des cellules épithéliales. Svb est également nécessaire pour le maintien, la prolifération, mais également la différenciation des cellules souches digestives adultes. Svb est synthétisée sous une forme longue, appelée SvbREP qui, sous l'action conjuguée des petits peptides Polished-rice (Pri) et de l'Ubiquitine-E3-ligase Ubr3, est clivée par le protéasome pour obtenir une forme plus courte, SvbACT, transcriptionellement active. Pour comprendre le mode d'action individuel de chacune des deux formes de Svb, nous avons développé un modèle cellulaire (S2) permettant l'expression de l'une ou l'autre des deux formes. Nous avons effectué des expériences de génomique pour déterminer de façon globale le comportement de SvbAct et SvbRep. Pour cela, nous avons analysé leur profil de fixation à l'ADN (ChIP-seq) d'une part, et identifié les gènes cibles (RNA-seq) pour chaque forme d'autre part. L'intégration de ces données a permis de mettre en évidence que SvbREP et ACT se fixent sur les mêmes régions génomiques cis-régulatrices (enhancers) pour contrôler de manière antagoniste l'expression d'environ 250 gènes cibles directs. Nous avons également montré que Svb régule des groupes de gènes différents en fonction du type cellulaire au sein duquel il évolue et mis en évidence que l'environnement chromatinien contraint son activité. Mes travaux ont non seulement permis de mieux appréhender le mode de fixation de facteurs OvoL sur le génome, mais apportent une nouvelle perspective sur la nature de leurs gènes cibles impliqués dans le contrôle du cycle cellulaire et/ou l'adhésion cellulaire.The OvoL family of zinc finger transcription factors, three in number in mammals (OvoL1, 2 and 3) are major players in epithelial regulation during vertebrate development. In the adult, they participate in both the terminal differentiation of epithelial cells and the maintenance of this character for tissue homeostasis. To do this, OvoL factors inhibit the action of the pro-EMT (Epithelial-Mesenchymal Transition) factors ZEB and TWIST, which push towards the mesenchymal state. Thus, in human cancer, OvoL1 prevents the transformation of epithelial tumour cells into invasive metastatic mesenchymal cells. In addition, hereditary diseases, including severe eye and skin diseases, have been associated with the deregulation of OvoL genes. Currently, despite potential biomedical interests, the molecular mechanisms that underpin the action of OvoL factors, including their specific target genes, remain poorly understood. It is possible that the functional redundancy of OvoL factors in vertebrates complicates access to their function. In Drosophila (Drosophila melanogaster), OvoL factors are highly conserved in the animal kingdom and are represented only by the ovo/shavenbaby (ovo/svb) gene, a founding member of this family. The two germline forms, OvoA and OvoB, support oogenesis while the somatic form, Svb, controls three-dimensional epithelial cell remodelling. Svb is also required for the maintenance, proliferation and differentiation of adult digestive stem cells. Svb is synthesised in a long form, called SvbREP, which, under the combined action of the small Polished-rice peptides (Pri) and the Ubiquitin-E3 ligase Ubr3, is cleaved by the proteasome to obtain a shorter, transcriptionally active form, SvbACT. To understand the individual mode of action of each of the two forms of Svb, we developed a cell model (S2) that allows the expression of either form. We performed genomic experiments to determine the overall behaviour of SvbAct and SvbRep. To do this, we analysed their DNA binding profile (ChIP-seq) on the one hand, and identified the target genes (RNA-seq) for each form on the other. Integration of these data revealed that SvbREP and ACT bind to the same cis-regulatory genomic regions (enhancers) to antagonistically control the expression of approximately 250 direct target genes. We have also shown that Svb regulates different groups of genes depending on the cell type in which it evolves and that the chromatin environment constrains its activity. My work has not only provided a better understanding of how OvoL factors bind to the genome, but also provides a new perspective on the nature of their target genes involved in cell cycle control and/or cell adhesion