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From Epistemology to Practice: How Datafication and AI Shape Inequities in Journalism
No full textDatafication and artificial intelligence have changed the ways journalists gather information, decide what stories they should pursue, how to produce and distribute news, and commodify products. Technological innovations have been used in journalism to hold power to account, expose injustices, and understand audiences’ diverse information needs and interests. However, they also have implications for power relationships in newsrooms, between news organizations, between news organizations and tech corporations, and between journalists and their audiences. Against this backdrop, this dissertation asks how datafication and AI structure journalism’s ways of knowing (epistemology) and ways of doing (practice), and what their implications for equity are. The central argument is that inequalities and socio-technological change in journalism are not separate issues. Rather, socio-technological change should be understood as shaping power dynamics, as it restructures journalism’s way of knowing and doing. In some contexts, this has created new opportunities to address and reduce inequities in journalism. In others, it has amplified existing power asymmetries. The dissertation contributes to a more thorough understanding of the underlying logics and conditions of these processes. Empirically, it comprises four studies, using semi-structured interviews, ethnographic observations, as well as qualitative and quantitative textual analysis. It draws on experiences and perspectives of 87 news professionals situated in 27 countries in Europe, the Americas, and the APAC region. Applying a critical data perspective, the work explicitly foregrounds questions of power and discusses socio- technological change in journalism on three levels: the individual, the organizational, and the socio-institutional
Molecular characterization of interactions between bunyavirus L protein and host proteins
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Functional characterization of interdisulfide-formation in p90 ribosomal S6 kinase 1 (RSK1) in the cardiovascular system
No full textDie p90 ribosomale S6 Kinase (RSK) repräsentiert eines der Hauptsubstrate der extrazellulär regulierten Kinase (ERK) in der Phosphorylierungskaskade des Mitogen-aktivierten Proteinkinase (MAPK) Signalweges. Als Mitglied des MAPK Signalweges wurde RSK1 Aktivität in Verbindung mit der Regulation von Gentranskription, Proteintranslation, dem Fortschreiten des Zellzyklus und mit der Krebsentstehung gebracht. Reaktive Sauerstoffspezies sind in der Lage, die Aktivität von Proteinkinasen durch Induktion oxidativer posttranslationaler Modifikationen zu regulieren. Dabei kann beispielsweise eine Phosphorylierung spezifischer Aminosäuren verhindert, aber auch die Aktivität der Kinase durch die Ausbildung von inter- und intramolekularen Disulfidbrücken moduliert werden.
Zweidimensionale Gelelektrophorese und Analyse der RSK1 Krystallstruktur identifizierten Cystein-575 in der C-terminalen Kinasedomäne (CTKD) von RSK1 als oxidationsempfindlich. Dabei wurde eine mögliche intermolekulare Disulfidbrücke zwischen Cystein-575 Aminosäureseitenketten zweier CTKD Monomere beobachtet. Um die funktionelle Bedeutung dieser Oxidation von RSK1 auf die physiologische Funktion der Kinase zu untersuchen, wurde zunächst eine RSK1 Mutante generiert, in welcher das Cystein in Position 575 durch nicht-oxidierbares Glycin ersetzt wurde. Mittels Western Immunoblot Analyse und in vitro Kinaseaktivitätsuntersuchungen in transient-transfizierten HEK293T Zellen mit Wildtyp (WT) RSK1 oder der RSK1 C575G Mutante, konnte kein Unterschied in der Kinaseaktivität festgestellt werden. Die Phosphorylierung von Serin-732 (Ser-732) in RSK1 C575G transfizierten HEK293T Zellen war im Vergleich zu WT RSK1 exprimierenden Zellen signifikant reduziert. Ser-732 spielt eine Schlüsselrolle bei der Regulation der Interaktion zwischen RSK1 und ERK. Eine reduzierte Phosphorylierung indiziert eine strukturelle Veränderung der CTKD von RSK1, ohne die Phosphorylierung der N-terminalen Kinasedomäne (NTKD) von RSK1 durch die Phosphoinositid-abhängige Kinase 1 (PDK1) oder die Aktivität der NTKD zu beeinflussen. In einem Knock-In (KI) Mausmodell, welche die RSK1 C575G Mutante ubiquitär exprimiert, wurden systemische Unterschiede zu WT Geschwistern nach Gabe des pro-inflammatorischen und blutdrucksteigernden Peptidhormons Angiotensin II (AngII) untersucht. Dauerhafte Exposition mit AngII resultierte in einer signifikant verschlechterten Herzfunktion in KI versus WT Tieren. Darüber hinaus entwickelten diese Tiere einen Auswuchs im linken Atrium, welcher nicht in WT Mäuse nachgewiesen werden konnte. Die Entwicklung des Auswuchses im linken Atrium wurde auf die Proliferation von Zellen des subendokardialen Bindegewebes zurückgeführt, welches sich bis zu den Mitralklappen erstreckt. Eine direkte Beteiligung von Kardiomyozyten konnte ausgeschlossen werden. Den Beitrag von Unterschieden in der Höhe des AngII-induzierten Blutdruckes zwischen Genotypen zur Herzinsuffizienzentwicklung wurde durch radiotelemetrische Blutdruckmessungen ausgeschlossen. Um die grundlegenden Veränderungen des Transkriptoms, welche den beobachteten Phänotyp ursächlich beeinflussen könnten, zu untersuchen, wurden die Atrien und Ventrikel der Tiere nach dreitägiger Exposition mit AngII mittels RNA-Sequenzierung analysiert. Der sich dabei manifestierende Defekt in der Migration von Leukozyten nach AngII Exposition wurde durch quantitative Echtzeit PCR und Migrationsassays in Makrophagen von KI Tieren bestätigt.
Diese Beobachtungen wurden begleitet durch die reduzierte Expression des Monozyten Differenzierungs-Transkriptionsfaktors C/EBP-β und die reduzierte nukleäre Translokation von RSK1 nach Stimulierung. Des Weiteren führte die reduzierte Ser-732 Phosphorylierung von RSK1 zu einer verlängerten Interaktion mit ERK und dadurch zu einer ERK-Retention im Cytosol. Die Verhinderung der nukleären Translokation von ERK verhindert dabei die Induktion des Genprograms zum Erreichen einer kompensatorischen Herzhypertrophie als Reaktion auf den erhöhten kardialen Auswurfswiderstand und prädisponiert damit das Herz von KI Tieren für eine exazerbierte Dilatation und dekompensierte Herzinsuffizienz.The p90-ribosomal S6 kinase (RSK) is a major substrate of extracellular regulated kinase (ERK) in the MAPK pathway upon mitogen stimulation. As member of the MAPK pathway, RSK1 activity has been implicated in the regulation of gene transcription, protein translation, cell cycle progression, cell survival and cancer formation. During oxidant production, protein kinase signaling has been described to be regulated by oxidative post-translational modifications, preventing protein phosphorylation, or promoting the formation of inter- and intramolecular disulfide bridges thus directly modulating kinase activity. Two-dimensional gel electrophoresis and crystal structure analysis revealed oxidant-susceptibility of Cys-575 in the C-terminal kinase domain (CTKD) of RSK1 thereby potentially formation of an interdisulfide bridge between CTKD monomers.
To investigate the functional impact of RSK1 oxidation for cardiovascular function, a RSK1 Cys 575 mutant that expresses non-oxidizable glycine (C575G) was generated. Western immunoblot analysis and in-vitro kinase assays of HEK293T cells transiently expressing either wildtype (WT) or C575G mutant RSK1 exhibited no significant difference in kinase activity. Phosphorylation of C575G RSK1 at position Ser-732 was significantly reduced. Ser-732 is the key regulatory site for the interaction with ERK. Attenuated phosphorylation at Ser-732 proposed a structural rearrangement of the CTKD without impact on the phosphorylation of the N-terminal kinase domain of RSK1 by phosphoinositide-dependent kinase-1 (PDK1) and RSK1 kinase activity.
A novel knock-in (KI) mouse model ubiquitously expressing the C575G mutant of RSK1 was compared to WT littermates regarding their response upon administration of the pro inflammatory and pro-hypertensive peptide hormone angiotensin II (AngII). Chronic exposure to AngII resulted in significantly reduced cardiac function and the formation of a left atrial growth in the hearts of KI animals, which was not observed in WT littermates. The development of the left atrial cardiac growth was traced back to the proliferation of sub-endocardial connective tissue reaching to the mitral valve, without participation of cardiomyocytes. Potential differences in the hypertensive response to AngII between KI and WT animals causally contributing to the differences in cardiac function were excluded by radio telemetric blood pressure measurements. To investigate the causative changes resulting in the observed phenotype, RNA sequencing was performed of atria and ventricles upon short term exposure to AngII and differences in the transcriptome were analyzed. This revealed reduced migration of leukocytes in response to AngII exposure, which was validated and confirmed by quantitative real-time PCR as well as chemotaxis and migration assays in macrophages of KI animals. These observations were accompanied by reduced expression of the monocyte differentiation transcription factor C/EBP-β and reduced nuclear translocation of RSK1 upon stimulation. Furthermore, reduced phosphorylation of RSK1 at Ser-732 resulted in retention of ERK1/2 in the cytosol, preventing its nuclear translocation and thereby preventing the induction of compensated cardiac hypertrophy in response to increased cardiac afterload, predisposing the hearts of KI animals to dilation and decompensation
Strukturelle Analysen von Effektor-Substrat-Interaktionen offenbaren die molekularen Mechanismen der Legionella pneumophila vermittelten (De)Phosphocholinierung von Rab1b und IMPDH2
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Functional analysis of the phosphatase UIS2 in asexual blood stages of the human malaria parasite Plasmodium falciparum
No full textInterleukin-23 wird von Makrophagen nach der Phagozytose apoptotischer Zellen produziert und beeinflusst ihre Umgebung
No full textMacrophages play a crucial role in maintaining tissue homeostasis and orchestrating the immune responses through the phagocytosis of apoptotic cells. This process encompasses the clearance of dying cells not only under physiological conditions, but also during tissue injury. Macrophages express a diverse set of phagocytic receptors that enable the efficient engulfment of apoptotic cells. Upon the uptake of dying cells, macrophages modulate the immune environment, regulating inflammation and tissue repair, through tightly controlled expression of various cytokines. Consequently, a dysregulation in the phagocytic function of macrophages, due to e.g. altered expression of phagocytic receptors, can lead to inflammatory diseases.
The aim of the present thesis was to deeper define the impact of macrophage-mediated apoptotic cell phagocytosis on the inflammatory response. Although, under homeostatic conditions, the uptake of apoptotic cells is known to occur as an “immunology silent” process, because it does not lead to any increase in typical proinflammatory cytokine secretion, the data obtained showed that phagocytosis leads to an increase in IL-23 expression by macrophages. In particular, the uptake of distinct apoptotic cells, such as apoptotic hepatocytes or apoptotic thymocytes, differentially regulates the amount of IL-23 secreted by phagocytic macrophages. This process appears to be dependent by the type of the phagocytic receptor engaged. In a model of S. mansoni infection, secretion of IL-23 seems to be triggered by AXL/MERTK-dependent phagocytosis. Similarly, in a murine model of cholangitis, IL-23 is highly expressed by a population of hepatic macrophages enriched in different phagocytic receptors. In both models the IL-23 levels expressed by macrophages correlate with the IL-17a expressed by hepatic CD4+ T cells. Additionally, in vitro, IL-23 secreted by phagocytic macrophages also impacts the fibroblast migration, as assessed via a series of wound healing assays. Even though the fibroblasts migratory capacity is modulated by IL-23, their transcriptomic profile was not significantly altered due to IL-23 presence, suggesting an alternative IL-23-mediated regulatory mechanism, such as metabolic reprogramming. To dissect the mechanism behind IL-23 expression in phagocytic macrophages, analysis of their transcriptomic profile was performed. Among the genes induced by the uptake of apoptotic cells, Irf7 appears to correlate with Il23 expression in phagocytic macrophages. Additionally, Irf7 binding to the Il23p19 promoter sequence was detected, thus suggesting a potential mechanism for Il23 transcription in macrophages upon uptake of apoptotic cells.
Collectively, these findings define IL-23 as novel cytokine, secreted by phagocytic macrophages, which may impact the progression of inflammatory diseases
Aufklärung der Rolle zellulärer Lipidtröpfchen in der antiviralen angeborenen Immunantwort des Wirts
No full textTranscriptional regulation of male meiosis by the DREAM complex in Arabidopsis thaliana
No full textMeiosis ensures genomic stability and diversity in sexual reproduction, requiring precise gene expression regulation. Despite its importance, control of the plant meiotic transcriptome remains poorly understood due to technical challenges. This study investigates the DREAM complex as a transcriptional regulator of male meiosis in Arabidopsis thaliana. Originally described as a transcriptional repressor of cell cycle genes in quiescent animal cells, the DREAM complex is now known to have a broader role and has been described to also influence reproductive development in C. elegans, D. melanogaster, and mice. So far, the Arabidopsis DREAM complex has been associated with cell cycle regulation, DNA damage response, and DNA methylation maintenance in somatic context.
In my thesis, I focused on the putative DNA-binding subunits TCX and ALY, which localize to chromosomes during meiosis. The double mutants aly1/2 and tcx5/6 exhibits reduced seed and pollen viability, increased pollen size variability, and meiotic defects including impaired pairing, synapsis, and crossover formation, leading to unbalanced chromosome segregation. To elucidate the origin of these defects, the transcriptomes of wildtype and mutant male meiocytes are compared, which reveals differential regulation of genes involved in cross over (CO) formation, double strand break (DSB) repair, and chromosome organization. Notably, anti-CO factors are upregulated, while the Class I CO pathway member MER3 is downregulated. CUT&Tag assays shows that TCX5 binds the MER3 promoter, and MER3 overexpression partially rescues recombination defects in DREAM mutants, indicating that the DREAM transcriptionally regulates meiotic recombination to some extend via MER3 transcriptional activation.
Furthermore, DREAM mutants display increased reliance on alternative DSB repair pathways. Combinations with mus81 and anti-CO mutants show that DREAM is essential for effective DSB repair and genome integrity. Live-cell imaging of DREAM mutants revealed delayed and asynchronous meiotic progression and disrupted microtubule architecture in tcx5/6. Testing DREAM associated components for involvement in meiosis, I found that MYB3R3 localizes to meiotic chromosomes and that repressive MYB3Rs are required for proper chromosome segregation in meiosis II. Finally, altered DNA methylation patterns in DREAM mutants suggest that hypermethylation contributes to meiotic defects. Combining DNA methylation mutants with aly1/2 or tcx5/6 partially rescues these defects, highlighting methylation as an additional layer in DREAM-mediated regulation during meiosis.
Collectively, these findings establish the plant DREAM complex as a key regulator of meiotic gene expression, indispensable for meiotic recombination, DSB repair, and progression through meiosis.Die Meiose gewährleistet genomische Stabilität und Vielfalt im Rahmen der sexuellen Fortpflanzung und erfordert eine präzise Regulation der Genexpression. Die Kontrolle des meiotischen Transkriptoms von Pflanzen ist aufgrund technischer Heraus- forderungen noch weitgehend unverstanden. Diese Studie untersucht den DREAM- Komplex als transkriptionellen Regulator der männlichen Meiose in Arabidopsis thaliana. Ursprünglich wurde der DREAM-Komplex als transkriptioneller Repressor von Zellzyklusgenen in ruhenden tierischen Zellen beschrieben. Inzwischen ist bekannt, dass er eine breitere Rolle spielt und auch die reproduktive Entwicklung in C. elegans, D. melanogaster und Mäusen beeinflusst. Ein homologer Komplex in Arabidopsis ist an der Zellzyklusregulation, der DNA-Schadensreaktion und der Aufrechterhaltung der DNA-Methylierung im somatischen Kontext beteiligt.
In meiner Arbeit habe ich vor allem die mutmaßlich DNA-bindenden Untereinheiten TCX und ALY untersucht, die während der Meiose an den Chromosomen lokalisiert sind. Die Doppelmutanten aly1/2 und tcx5/6 zeigten eine verminderte Anzahl lebender Samen und Pollen, eine erhöhte Variabilität der Pollengröße sowie Defekte in der Meiose, z.B. gestörte Chromosomenpaarung, - synapsis und Crossover-Bildung, was zu einer unausgewogenen Chromosomensegregation führte. Um der Ursache dieser Defekte auf die Spur zu kommen, habe ich die Transkriptome von wildtypischen und mutierten männlichen Meiozyten verglichen und eine unterschiedliche Regulation von Genen beobachtet, die an der Bildung von Crossovern (CO), der Reparatur von Doppelstrangbrüchen (DSB) und der Chromosomenorganisation beteiligt sind. Während Anti-CO-Faktoren hochreguliert waren, war MER3, eine Komponente des Klasse-I-CO-Weges, herunterreguliert. CUT&Tag-Assays zeigten, dass TCX5 an den MER3-Promotor bindet und eine Überexpression von MER3 rettete zum Teil die Rekombinationsdefekte der DREAM-Mutanten, was darauf hindeutet, dass der DREAM Komplex die meiotische Rekombination unter anderem über die Transkriptionsaktivierung von MER3 reguliert.
Darüber hinaus wiesen DREAM-Mutanten eine erhöhte Abhängigkeit von alternativen DSB-Reparaturwegen auf. Die Kombination mit mus81- und Anti-CO- Mutanten zeigte, dass der DREAM für eine effektive DSB-Reparatur und die Genomintegrität essenziell ist. Lebendzellbeobachtungen von DREAM-Mutanten ergaben eine verzögerte, asynchrone Meiose und eine gestörte Mikrotubuli-Dynamik in tcx5/6. Im Rahmen der Untersuchung von DREAM-assoziierten Komponenten auf ihre Beteiligung an der Meiose stellte ich fest, dass MYB3R3 an meiotische Chromosomen lokalisiert ist und dass repressive MYB3Rs für eine ordnungsgemäße Chromosomentrennung in der Meiose II erforderlich sind. Schließlich deuteten veränderte DNA-Methylierungsmuster in den DREAM- Mutanten darauf hin, dass Hypermethylierung zu den Meiose-Defekten beiträgt. Die Kombination von DNA-Methylierungsmutanten mit aly1/2 oder tcx5/6 rettete diese Defekte teilweise, was Methylierung als eine weitere regulatorische Ebene in der DREAM-vermittelten Regulation während der Meiose identifiziert.
Insgesamt belegen diese Ergebnisse, dass der pflanzliche DREAM-Komplex einen wichtigen Regulator der meiotischen Genexpression darstellt, der für die meiotische Rekombination, die DSB-Reparatur und den Fortschritt der Meiose unverzichtbar ist